iclip-transcriptome-wide-mapping-protein-rna-interactions-with

iCLIP - Transcriptome-wide Mapping of Protein-RNA Interactions with Individual Nucleotide Resolution

The unique composition and spatial arrangement of RNA-binding proteins (RBPs) on a transcript guide the diverse aspects of post-transcriptional ...

Medical Research Council - MRC

T &#x7EC6;&#x80DE;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x6297;&#x539F;&#x51B3;&#x5B9A;&#x7C07;&#x7684;&#x81EA;&#x9002;&#x5E94;&#x514D;&#x75AB;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x6838;&#x5FC3;&#x548C;&#x5F62;&#x6210;&#x6297;&#x80BF;&#x7624;&#x591A;&#x80BD;&#x6216;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6297;&#x539F;&#x8868;&#x4F4D;&#x75AB;&#x82D7;&#x7684;&#x57FA;&#x672C;&#x6838;&#x5FC3;&#x3002;&#x4E3B;&#x8981;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x76F8;&#x5BB9;&#x6027;&#x590D;&#x5408; (MHC) &#x5206;&#x5B50;&#xFF0C;&#x5C06;&#x5B83;&#x4EEC;&#x63D0;&#x4EA4;&#x7ED9; T &#x7EC6;&#x80DE;&#x53D7;&#x4F53;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x6297;&#x539F;&#x7684; T &#x7EC6;&#x80DE;&#x6297;&#x539F;&#x8868;&#x4F4D;&#x3002;&#x8BA1;&#x7B97;&#x7ED9;&#x5B9A;&#x7684; MHC &#x5206;&#x5B50;&#x4E0E;&#x6297;&#x539F;&#x80BD;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4EB2;&#x548C;&#x529B;&#x56F0;&#x96BE;&#x548C;&#x8017;&#x65F6;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#x5404;&#x79CD;&#x8BA1;&#x7B97;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4E3A;&#x8FD9;&#x4E00;&#x76EE;&#x7684;&#x3002;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x5DF2;&#x901A;&#x8FC7;&#x751F;&#x6210;&#x7279;&#x5B9A; MHC:peptide &#x590D;&#x6742;&#x7ED3;&#x6784;&#x5E76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x6765;&#x8FD0;&#x884C;&#x5B83;&#x4EEC;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x6A21;&#x62DF;&#x6A21;&#x62DF;&#x5141;&#x8BB8;&#x7ED3;&#x6784;&#x89E3;&#x51B3;&#x95EE;&#x9898;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5236;&#x4F5C;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x5141;&#x8BB8;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x7684;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x7684; MHC:peptide &#x7ED3;&#x6784;&#x6587;&#x4EF6;&#x548C;&#x6267;&#x884C;&#x4F7F;&#x7528; NAMD &#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x76F8;&#x5E94;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x3002;&#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53EF;&#x901A;&#x8FC7;&#x57FA;&#x4E8E; web &#x7684;&#x524D;&#x7AEF;&#x548C;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x811A;&#x672C;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x5C1D;&#x8BD5;&#xFF0C;&#x5728; MHC:peptide &#x4EB2;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x9884;&#x6D4B;&#x5DF2;&#x6709;&#x9650;&#x7531;&#x4E8E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529E;&#x5B66;&#x89C4;&#x6A21;&#x5927;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x8BA1;&#x7B97;&#x8D39;&#x7528;&#x3002;MHCsim &#x670D;&#x52A1;&#x5668; (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) &#x5141;&#x8BB8;&#x7528;&#x6237;&#x8FC5;&#x901F;&#x5730;&#x4EA7;&#x751F;&#x4EFB;&#x4F55;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x590D;&#x6742; MHC:peptide&#xFF0C;&#x5E76;&#x5C06;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x89C4;&#x6A21;&#x7A7A;&#x524D;&#x7684; MHC &#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x5206;&#x5B50;&#x6A21;&#x62DF;&#x6A21;&#x62DF;&#x3002;

&#x5BF9; T &#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x539F;&#x5B50;&#x6A21;&#x62DF;&#x6297;&#x539F;&#x8868;&#x4F4D;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x7684; MHC&#xFF1A; &#x80BD;&#x7ED3;&#x6784;&#x514D;&#x8D39;&#x80FD;&#x6E90;&#x8BA1;&#x7B97;&#x3002;

Epitopes mediated by T cells lie at the heart of the adaptive immune response and form the essential nucleus of anti-tumour peptide or epitope-based vaccines. Antigenic T cell epitopes are mediated by major histocompatibility complex (MHC) molecules, which present them to T cell receptors. Calculating the affinity between a given MHC molecule and an antigenic peptide using experimental approaches is both difficult and time consuming, thus various computational methods have been developed for this purpose. A server has been developed to allow a structural approach to the problem by generating specific MHC:peptide complex structures and providing configuration files to run molecular modelling simulations upon them. A system has been produced which allows the automated construction of MHC:peptide structure files and the corresponding configuration files required to execute a molecular dynamics simulation using NAMD. The system has been made available through a web-based front end and stand-alone scripts. Previous attempts at structural prediction of MHC:peptide affinity have been limited due to the paucity of structures and the computational expense in running large scale molecular dynamics simulations. The MHCsim server (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) allows the user to rapidly generate any desired MHC:peptide complex and will facilitate molecular modelling simulation of MHC complexes on an unprecedented scale.

Toward the atomistic simulation of T cell epitopes automated construction of MHC: peptide structures for free energy calculations.

&Eacute;pitopes m&eacute;di&eacute;es par les lymphocytes T sont au c&oelig;ur de la r&eacute;ponse immunitaire adaptative et forment le noyau essentiel de peptide antitumoraux ou vaccins &eacute;pitope. Des &eacute;pitopes antig&eacute;niques des lymphocytes T sont m&eacute;di&eacute;es par les mol&eacute;cules complexes majeurs d&#39;histocompatibilit&eacute; (MHC), qui les pr&eacute;sentent aux r&eacute;cepteurs des cellules T. Calculer l&#39;affinit&eacute; entre une mol&eacute;cule MHC donn&eacute;e et un peptide antig&eacute;nique, en utilisant des approches exp&eacute;rimentales est longue et difficile, donc diverses m&eacute;thodes de calcul ont &eacute;t&eacute; d&eacute;velopp&eacute;s &agrave; cet effet. Un serveur a &eacute;t&eacute; d&eacute;velopp&eacute; pour permettre une approche structurelle au probl&egrave;me en g&eacute;n&eacute;rant des MHC:peptide sp&eacute;cifiques des structures complexes et de fournir les fichiers de configuration pour effectuer des simulations de mod&eacute;lisation mol&eacute;culaires sur eux. Un syst&egrave;me a &eacute;t&eacute; &eacute;labor&eacute; qui permet la construction automatique de fichiers de structure de MHC:peptide et les fichiers correspondants de la configuration requises pour ex&eacute;cuter une simulation de dynamique mol&eacute;culaire &agrave; l&#39;aide de per&ccedil;us. Le syst&egrave;me a &eacute;t&eacute; mis &agrave; la disposition par un bas&eacute; sur le web front end et des scripts autonomes. Pr&eacute;c&eacute;dentes tentatives de pr&eacute;diction structurelle d&#39;affinit&eacute; MHC:peptide ont &eacute;t&eacute; limit&eacute;s en raison de la raret&eacute; des structures et des d&eacute;penses informatiques en marche &agrave; grande &eacute;chelle des simulations de dynamique mol&eacute;culaire. Le serveur MHCsim (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) permet aux utilisateurs de produire rapidement tout d&eacute;sir&eacute; MHC:peptide complexes et facilitera la simulation mod&eacute;lisation mol&eacute;culaire de complexes MHC sur une &eacute;chelle sans pr&eacute;c&eacute;dent.

Vers la simulation atomistique des lymphocytes T &eacute;pitopes automatis&eacute; de construction du CMH: peptide structures gratuite de calculs d&#39;&eacute;nergie.

Epitopes von T-Zellen vermittelt stehen im Mittelpunkt der adaptiven Immunantwort und bilden den wesentlichen Kern der Antitumor Peptid- oder Epitop-basierte Impfstoffe. Antigene T-Zell-Epitope sind durch major Histocompatibility complex (MHC) Molek&uuml;le, vermittelt, die sie f&uuml;r die T-ZELLREZEPTOREN darstellen. Die Affinit&auml;t zwischen einem bestimmten MHC-Molek&uuml;l und ein Antigen Peptid mit experimentelle Ans&auml;tzen sowohl schwierig und zeitaufwendig ist berechnen, wurden so verschiedene Berechnungsmethoden f&uuml;r diesen Zweck entwickelt. Ein Server wurde entwickelt, um einen strukturellen Ansatz f&uuml;r das Problem zu erm&ouml;glichen, durch die Generierung von bestimmten MHC:peptide komplexe Strukturen und Konfigurationsdateien, um Molekulare Modellierung Simulationen auf ihnen laufen. Ein System wurde produziert erm&ouml;glicht die automatisierte Konstruktion der MHC:peptide-Struktur-Dateien und die entsprechenden Konfigurationsdateien, die f&uuml;r die Ausf&uuml;hrung eines Molek&uuml;ldynamik-Simulation, die mit NAMD. Das System worden &uuml;ber ein webbasiertes Frontend und eigenst&auml;ndige Skripts verf&uuml;gbar erzielt. Fr&uuml;here Versuche strukturelle Vorhersage der MHC:peptide Affinit&auml;t wurden durch den Mangel an Strukturen und der computational Aufwand im laufenden gro&szlig; angelegte Molekulardynamik-Simulationen beschr&auml;nkt. Der MHCsim-Server (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) erm&ouml;glicht dem Benutzer, schnell jede gew&uuml;nschte MHC:peptide komplexe generieren und molekularen Modellierung Simulation der MHC-Komplexe nie gekannten Ausma&szlig;es erleichtern.

In Richtung der atomistischen Simulation der T-Zellen Epitopes automatisierte Bau des MHC: Peptid Strukturen f&uuml;r freie Energie-Berechnungen.

Gli epitopi mediati dalle cellule T si trovano nel cuore della risposta immunitaria adattativa e formano il nucleo essenziale del peptide antitumorale o vaccini basati su epitopo. Gli epitopi antigenici delle cellule T sono mediati da molecole complesse di istocompatibilit&agrave; (MHC), che li presentano ai recettori delle cellule T. Calcolare l&#39;affinit&agrave; tra una data molecola MHC e un peptide antigenico utilizzando approcci sperimentali &egrave; difficile e richiede tempo, cos&igrave; vari metodi computazionali sono stati sviluppati per questo scopo. Un server &egrave; stato sviluppato per consentire un approccio strutturale al problema generando strutture complesse specifiche MHC:peptide e fornire i file di configurazione per eseguire simulazioni di modellazione molecolare su di loro. &Egrave; stato prodotto un sistema che permette la costruzione automatica di file struttura MHC:peptide e i corrispondenti file di configurazione necessari per eseguire una simulazione di dinamica molecolare usando NAMD. Il sistema &egrave; stato reso disponibile attraverso un front-end web-based e stand-alone script. Precedenti tentativi di predizione strutturale di MHC:peptide affinit&agrave; sono stati limitati a causa della scarsit&agrave; delle strutture e la spesa computazionale in esecuzione su larga scala di simulazioni di dinamica molecolare. Il server MHCsim (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) permette all&#39;utente di generare rapidamente qualsiasi desiderata MHC:peptide complesso e faciliter&agrave; la simulazione modellistica molecolare di complessi MHC su una scala senza precedenti.

Verso la simulazione atomistico del T cell epitopi automatizzato costruzione di MHC: peptide strutture gratuitamente i calcoli di energia.

&#x5A92;&#x4ECB;&#x306B;&#x3088;&#x308B; T &#x7D30;&#x80DE;&#x30A8;&#x30D4;&#x30C8;&#x30FC;&#x30D7;&#x306F;&#x9069;&#x5FDC;&#x514D;&#x75AB;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x306B;&#x3046;&#x305D;&#x3092;&#x3064;&#x304F;&#x3057;&#x3001;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CE;&#x30C8;&#x30ED;&#x30D4;&#x30F3; &#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30A8;&#x30D4;&#x30C8;&#x30FC;&#x30D7;&#x57FA;&#x3065;&#x304B;&#x305B;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x30EF;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x672C;&#x8CEA;&#x7684;&#x306A;&#x6838;&#x3092;&#x5F62;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6297;&#x539F;&#x6027; T &#x7D30;&#x80DE;&#x30A8;&#x30D4;&#x30C8;&#x30FC;&#x30D7;&#x306F; T &#x7D30;&#x80DE;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306B;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x4E3B;&#x8981;&#x7D44;&#x7E54;&#x9069;&#x5408;&#x6027;&#x8907;&#x5408; &#xFF08;MHC&#xFF09; &#x5206;&#x5B50;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E0E;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x305F; MHC &#x5206;&#x5B50;&#x3068;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6297;&#x539F;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x3068;&#x306E;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x56F0;&#x96E3;&#x3067;&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x304B;&#x304B;&#x308B;&#x3067;&#x3059;&#x8A08;&#x7B97;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x3053;&#x3046;&#x3057;&#x3066;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x8A08;&#x7B97;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3053;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x554F;&#x984C;&#x3078;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x7279;&#x5B9A; MHC:peptide &#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306B;&#x5206;&#x5B50;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x3059;&#x308B;&#x69CB;&#x6210;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306F;&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;&#x5EFA;&#x8A2D;&#x306E; MHC:peptide &#x69CB;&#x9020;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x69CB;&#x6210;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306F; NAMD &#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x751F;&#x7523;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0; web &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30D5;&#x30ED;&#x30F3;&#x30C8; &#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30C9;&#x30A2;&#x30ED;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5229;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x3002;MHC:peptide &#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3067;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x8A66;&#x307F;&#x306F;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x8CBB;&#x7528;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;MHCsim &#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC; (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) &#x306F;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x4EFB;&#x610F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x6240;&#x671B;&#x306E; MHC:peptide &#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3001;&#x524D;&#x4F8B;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x898F;&#x6A21;&#x306E; MHC &#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

T &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x539F;&#x5B50;&#x8AD6;&#x7684;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x5411;&#x3051;&#x3066;&#x30A8;&#x30D4;&#x30C8;&#x30FC;&#x30D7; MHC &#x306E;&#x5EFA;&#x8A2D;&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;: &#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x69CB;&#x9020;&#x7121;&#x6599;&#x30A8;&#x30CD;&#x30EB;&#x30AE;&#x30FC;&#x8A08;&#x7B97;&#x3002;

T &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC911;&#xC7AC; Epitopes &#xC801;&#xD569; &#xD55C; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBC18;&#xC751;&#xC758; &#xB9C8;&#xC74C;&#xC5D0; &#xAC70;&#xC9D3;&#xB9D0;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; anti-tumour &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; &#xB610;&#xB294; epitope &#xAE30;&#xBC18; &#xBC31;&#xC2E0;&#xC758; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xD575; &#xD615;&#xC131;. T &#xC138;&#xD3EC; &#xD56D; &#xC6D0; epitopes&#xB294; T &#xC138;&#xD3EC; &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xC81C;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC870;&#xC9C1; &#xC801;&#xD569;&#xC131; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; (MHC) &#xBD84;&#xC790;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC911;&#xC7AC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC8FC;&#xC5B4;&#xC9C4;&#xB41C; MHC &#xBD84;&#xC790;&#xC640; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC778; &#xC811;&#xADFC;&#xBC95;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD56D; &#xC6D0; &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; &#xAC04;&#xC758; &#xC120;&#xD638;&#xB3C4; &#xC5B4;&#xB835;&#xACE0; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC774; &#xAC78;&#xB9AC;&#xB294; &#xACC4;&#xC0B0;, &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xACC4;&#xC0B0; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;&#xC774; &#xBAA9;&#xC801;&#xC744; &#xC704;&#xD574;. &#xC11C;&#xBC84;&#xB294; &#xD2B9;&#xC815; MHC:peptide &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xBD84;&#xC790; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xC2E4;&#xD589; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xAD6C;&#xC131; &#xD30C;&#xC77C;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xC5EC; &#xBB38;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. MHC:peptide &#xAD6C;&#xC870; &#xD30C;&#xC77C; &#xC790;&#xB3D9;&#xB41C; &#xAC74;&#xC124; NAMD&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBD84;&#xC790; &#xB3D9;&#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xC2E4;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xD574;&#xB2F9; &#xAD6C;&#xC131; &#xD30C;&#xC77C;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xC81C;&#xC791; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC6F9; &#xAE30;&#xBC18; &#xD504;&#xB7F0;&#xD2B8; &#xC5D4;&#xB4DC; &#xBC0F; &#xB3C5;&#xB9BD; &#xC2E4;&#xD589;&#xD615; &#xC2A4;&#xD06C;&#xB9BD;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xAC8C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. MHC:peptide &#xC120;&#xD638;&#xB3C4;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xC608;&#xCE21;&#xC5D0; &#xC774;&#xC804; &#xC2DC;&#xB3C4; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xBD84;&#xC790; &#xB3D9;&#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xC2E4;&#xD589;&#xC5D0; &#xC804;&#xC0B0; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC758; &#xBD80;&#xC871;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xC81C;&#xD55C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. MHCsim &#xC11C;&#xBC84; (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) &#xD558;&#xBA74; &#xBE60;&#xB974;&#xAC8C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC6D0;&#xD558;&#xB294; mhc:peptide&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558; &#xACE0; &#xC804;&#xB840; &#xC5C6;&#xB294; &#xADDC;&#xBAA8;&#xB85C; &#xB2E8;&#xC9C0; MHC &#xBD84;&#xC790; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xCD09;&#xC9C4; &#xD55C;&#xB2E4;.

T &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; atomistic &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xD5A5;&#xD574; epitopes MHC&#xC758; &#xAC74;&#xC124; &#xC790;&#xB3D9;&#xD654;: &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; &#xAD6C;&#xC870; &#xBB34;&#xB8CC; &#xC5D0;&#xB108;&#xC9C0; &#xACC4;&#xC0B0;.

Epitopos mediadas por c&eacute;lulas T est&aacute;n en el centro de la respuesta inmune adaptativa y forman el n&uacute;cleo esencial de p&eacute;ptido antitumoral o vacunas basadas en el m&eacute;todo. Epitopos antig&eacute;nicos T cell est&aacute;n mediadas por mol&eacute;culas complejas (MHC) de histocompatibilidad, que presentan a receptores celulares T. C&aacute;lculo de la afinidad entre una determinada mol&eacute;cula MHC y un p&eacute;ptido antig&eacute;nico mediante aproximaciones experimentales es dif&iacute;cil y laborioso, as&iacute; varios m&eacute;todos computacionales han sido desarrollados para este prop&oacute;sito. Un servidor se ha desarrollado para permitir un enfoque estructural al problema generando estructuras complejas MHC:peptide espec&iacute;ficas y proporcionar archivos de configuraci&oacute;n para ejecutar simulaciones de modelizaci&oacute;n moleculares sobre ellos. Se ha producido un sistema que permite la construcci&oacute;n automatizada de archivos de estructura de MHC:peptide y los correspondientes ficheros de configuraci&oacute;n necesarios para ejecutar una simulaci&oacute;n de din&aacute;mica molecular usando NAMD. El sistema se ha hecho disponible a trav&eacute;s de secuencias de comandos independientes y un front-end basado en la web. Intentos anteriores de predicci&oacute;n estructural de afinidad MHC:peptide han limitado debido a la escasez de las estructuras y el gasto computacional en gran escala de la marcha simulaciones de din&aacute;mica molecular. El servidor de MHCsim (http://igrid-ext.cryst.bbk.ac.uk/MHCsim) permite al usuario generar r&aacute;pidamente cualquier complejo de MHC:peptide deseada y facilitar&aacute; la simulaci&oacute;n modela molecular de complejos de MHC en una escala sin precedentes.

Hacia la simulaci&oacute;n atom&iacute;stica de c&eacute;lula T ep&iacute;topos automatizado construcci&oacute;n de MHC: p&eacute;ptido gratis estructuras c&aacute;lculos de energ&iacute;a.

Protein-RNA interactions have critical roles in all aspects of gene expression. However, applying biochemical methods to understand such interactions in living tissues has been challenging. Here we develop a genome-wide means of mapping protein-RNA binding sites in vivo, by high-throughput sequencing of RNA isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP). HITS-CLIP analysis of the neuron-specific splicing factor Nova revealed extremely reproducible RNA-binding maps in multiple mouse brains. These maps provide genome-wide in vivo biochemical footprints confirming the previous prediction that the position of Nova binding determines the outcome of alternative splicing; moreover, they are sufficiently powerful to predict Nova action de novo. HITS-CLIP revealed a large number of Nova-RNA interactions in 3' untranslated regions, leading to the discovery that Nova regulates alternative polyadenylation in the brain. HITS-CLIP, therefore, provides a robust, unbiased means to identify functional protein-RNA interactions in vivo.

HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing.

&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; RNA &#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x65B9;&#x9762;&#x5177;&#x6709;&#x5173;&#x952E;&#x7684;&#x89D2;&#x8272;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x91C7;&#x7528;&#x751F;&#x5316;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E86;&#x89E3;&#x8FD9;&#x79CD;&#x6D3B;&#x4F53;&#x751F;&#x7269;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x6781;&#x5177;&#x6311;&#x6218;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x5C55;&#x5C06;&#x4F53;&#x5185;&#xFF0C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; RNA &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x6620;&#x5C04;&#x7531; RNA &#x4EA4;&#x8054;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;&#x70B9;&#x51FB;&#x526A;&#x8F91;&#xFF09; &#x88AB;&#x9694;&#x79BB;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x624B;&#x6BB5;&#x3002;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x526A;&#x63A5;&#x56E0;&#x5B50; Nova &#x547D;&#x4E2D;&#x526A;&#x8F91;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x793A;&#x5728;&#x591A;&#x4E2A;&#x8001;&#x9F20;&#x7684;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x6781;&#x53EF;&#x91CD;&#x73B0; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x5730;&#x56FE;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5730;&#x56FE;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4F53;&#x5185;&#x751F;&#x5316;&#x811A;&#x5370;&#x786E;&#x8BA4;&#x5148;&#x524D;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684; Nova &#x7ED1;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x51B3;&#x5B9A;&#x7684;&#x526A;&#x63A5; &#xFF1B; &#x7ED3;&#x679C;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x662F;&#x8DB3;&#x591F;&#x7684;&#x529B;&#x91CF;&#x6765;&#x9884;&#x6D4B; Nova &#x884C;&#x52A8;&#x5FB7;&#x8BFA;&#x3002;&#x70B9;&#x51FB;&#x526A;&#x8F91;&#x63ED;&#x793A;&#x5927;&#x91CF; Nova RNA &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x57DF;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4; Nova &#x89C4;&#x8303;&#x66FF;&#x4EE3; polyadenylation &#x5728;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x547D;&#x4E2D;-&#x526A;&#x8D34;&#x753B;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5065;&#x58EE;&#x7684;&#x3001; &#x4E0D;&#x5E26;&#x504F;&#x89C1;&#x7684;&#x624B;&#x6BB5;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x8BC6;&#x522B;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; RNA &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x3002;

&#x70B9;&#x51FB;&#x526A;&#x8F91;&#x6536;&#x76CA;&#x7387;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6DF1;&#x5165;&#x4E86;&#x89E3;&#x5927;&#x8111;&#x66FF;&#x4EE3; RNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x3002;

Protein-ARN interactions ont un r&#xF4;le essentiel dans tous les aspects de l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes. Toutefois, l&#x26;#39;application de m&#xE9;thodes biochimiques permettant de comprendre ces interactions dans les tissus vivants a &#xE9;t&#xE9; difficile. Nous d&#xE9;veloppons ici un moyen au niveau du g&#xE9;nome de la cartographie des prot&#xE9;ines-ARN sites de liaison in vivo, par s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0; haut d&#xE9;bit d&#x26;#39;ARN isol&#xE9; par immunopr&#xE9;cipitation de r&#xE9;ticulation (HITS-CLIP). HITS-CLIP analyse du neurone-sp&#xE9;cifique facteur d&#x26;#39;&#xE9;pissage Nouvelle r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; extr&#xEA;mement reproductibles liant l&#x26;#39;ARN cartes dans des cerveaux de souris multiples. Ces cartes fournissent l&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome in vivo empreintes biochimiques confirmant la pr&#xE9;diction pr&#xE9;c&#xE9;dente que la position de la Nouvelle-contraignant d&#xE9;termine le r&#xE9;sultat de l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif, d&#x26;#39;ailleurs, ils sont suffisamment puissants pour pr&#xE9;dire l&#x26;#39;action en Nouvelle-novo. HITS-CLIP a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; un grand nombre de Nouvelle-ARN interactions dans les r&#xE9;gions non traduites 3 &#x26;#39;, ce qui conduit &#xE0; la d&#xE9;couverte que la Nouvelle-r&#xE9;gule polyad&#xE9;nylation alternative dans le cerveau. HITS-CLIP, par cons&#xE9;quent, fournit un solide, des moyens pour identifier impartiales fonctionnelles des prot&#xE9;ines-ARN interactions in vivo.

Aper&#xE7;us HITS-CLIP rendements &#xE9;chelle du g&#xE9;nome entier dans le cerveau de traitement alternatif d&#x26;#39;ARN

Protein-RNA-Interaktionen haben wichtige Rollen in allen Aspekten der Genexpression. Anwendung biochemische Methoden um diese Wechselwirkungen in lebendes Gewebe zu verstehen wurde anspruchsvoll jedoch. Hier entwickeln wir genomweiten Mittel zur Zuordnung von in vivo Protein-RNA-Bindungsstellen von Hochdurchsatz-Sequenzierung der RNA isoliert durch Vernetzung Immunopr&auml;zipitation (HITS-CLIP). HITS-CLIP Analyse des Neuron-spezifische Splei&szlig;en Faktors Nova ergab extrem reproduzierbare RNS-bindene Karten in mehrere Maus-Gehirnen. Diese Karten bieten genomweiten in-vivo biochemische Fu&szlig;abdr&uuml;cke best&auml;tigt die fr&uuml;here Prognose, die die Position des Nova-Bindung, das Ergebnis bestimmt der alternatives Splei&szlig;en; Dar&uuml;ber hinaus sind sie ausreichend leistungsf&auml;hige Nova Aktion de Novo vorherzusagen. HITS-CLIP offenbart eine gro&szlig;e Anzahl von Nova-RNA-Interaktionen in 3&#39; nicht &uuml;bersetzte Regionen, was zu der Entdeckung, dass Nova alternative Polyadenylierung im Gehirn reguliert. HITS-CLIP, bietet daher robust, unvoreingenommene Mittel zur funktionellen Protein-RNA-Interaktionen in-vivo zu identifizieren.

HITS-CLIP ergibt genomweiten Einblicke in Gehirn alternative RNA Verarbeitung.

Interazioni della proteina-RNA hanno ruoli importanti in tutti gli aspetti dell&#39;espressione genica. Tuttavia, applicando metodi biochimici per comprendere tali interazioni in tessuti viventi &egrave; stato impegnativo. Qui possiamo sviluppare un mezzo genome-wide di mappatura in vivo, i siti di legame proteina-RNA high-throughput sequenziamento di RNA isolato da immunoprecipitazione reticolazione (HITS-CLIP). Analisi HITS-CLIP del neurone-specifico fattore splicing Nova ha rivelato estremamente riproducibile mappe di RNA-binding nel cervello del mouse multipli. Queste mappe forniscono genome-wide impronte biochimiche in vivo confermando la precedente previsione che la posizione dell&#39;associazione Nova determina l&#39;esito di splicing alternativo; Inoltre, essi sono sufficientemente potente per predire Nova azione de novo. HITS-CLIP ha rivelato un gran numero di interazioni di Nova-RNA non tradotta 3&#39; regioni, portando alla scoperta che Nova disciplina poliadenilazione alternativa nel cervello. HITS-CLIP, quindi, fornisce un mezzo robusto, imparziale per identificare le interazioni proteina-RNA funzionale in vivo.

HITS-CLIP rendimenti genome-wide intuizioni nella elaborazione di RNA alternativo di cervello.

&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;-RNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x3042;&#x3089;&#x3086;&#x308B;&#x9762;&#x3067;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x751F;&#x4F53;&#x7D44;&#x7E54;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x6311;&#x6226;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x67B6;&#x6A4B;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;HITS-CLIP&#xFF09;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5358;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;RNA&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;-RNA&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x624B;&#x6BB5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30CB;&#x30E5;&#x30FC;&#x30ED;&#x30F3;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306A;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x30CE;&#x30F4;&#x30A1;&#x306E;HITS-CLIP&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x8133;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x518D;&#x73FE;&#x6027;&#x306E;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;&#x30CE;&#x30F4;&#x30A1;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x304C;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x524D;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3059;&#x308B;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x306E;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x8DB3;&#x8DE1;&#x306B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;de novo&#x306E;&#x30CE;&#x30F4;&#x30A1;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306F;&#x5341;&#x5206;&#x306B;&#x5F37;&#x529B;&#x3067;&#x3059;&#x3002; HITS-CLIP&#x306F;&#x3001;&#x30CE;&#x30F4;&#x30A1;&#x306F;&#x3001;&#x8133;&#x5185;&#x306E;&#x5225;&#x306E;&#x30DD;&#x30EA;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CB;&#x30EB;&#x5316;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x767A;&#x898B;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x3001;3 &#x26;#39;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;Nova-RNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x591A;&#x6570;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002; HITS-CLIP&#x306F;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x3067;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;-RNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5805;&#x7262;&#x306A;&#x3001;&#x516C;&#x5E73;&#x306A;&#x624B;&#x6BB5;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

HITS-CLIP&#x306E;&#x53CE;&#x91CF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30D6;&#x30EC;&#x30A4;&#x30F3;&#x4EE3;&#x66FF;RNA&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;

&#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;-RNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xCE21;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC0B4;&#xC544;&#xC788;&#xB294; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0; &#xADF8;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xC0DD; &#xD654; &#xD559;&#xC801; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC801;&#xC6A9; &#xB3C4;&#xC804; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xAC00;&#xAD50; immunoprecipitation (&#xC548;&#xD0C0;-&#xD074;&#xB9BD;)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACE0;&#xB9BD; &#xB41C; RNA&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2A4;&#xB8E8;&#xD48B; &#xC5F0;&#xC18D; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;-RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB9E4;&#xD551;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xC218;&#xB2E8;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xC870;&#xD68C; &#xC218; &#xD074;&#xB9BD; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E0;&#xACBD; &#xAD00;&#xB828; &#xC811;&#xD569; &#xACC4;&#xC218; &#xB178;&#xBC14;&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xB450;&#xB1CC;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC7AC;&#xD604; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xBC1D;&#xD600;. &#xC774; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD; &#xD654; &#xD559;&#xC801; &#xBC1C;&#xC790;&#xAD6D; &#xB178;&#xBC14; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC704;&#xCE58; &#xACB0;&#xC815; &#xACB0;&#xACFC; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569;;&#xC758; &#xC774;&#xC804; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xC81C;&#xACF5; &#xB610;&#xD55C;, &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xCDA9;&#xBD84;&#xD788; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC608;&#xCE21; &#xB178;&#xBC14; &#xC561;&#xC158; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC870;&#xD68C; &#xC218; &#xD074;&#xB9BD; &#xB178;&#xBC14; &#xC870;&#xC808; &#xB1CC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xCCB4; polyadenylation &#xBC1C;&#xACAC;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xC5B4;&#xC9C0;&#xB294; 3&#39; untranslated &#xC9C0;&#xC5ED;, &#xB178;&#xBC14; RNA &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xACF5;&#xAC1C;. &#xC870;&#xD68C; &#xC218; &#xD074;&#xB9BD; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; in vivo &#xAE30;&#xB2A5;&#xC131; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;-RNA &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xACE0;, &#xD3B8;&#xACAC; &#xC218;&#xB2E8;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC870;&#xD68C; &#xC218; &#xD074;&#xB9BD; &#xC0DD;&#xC131; &#xB1CC; &#xB300;&#xCCB4; RNA &#xCC98;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;.

ARN interacciones entre las prote&#xED;nas tienen un papel fundamental en todos los aspectos de la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica. Sin embargo, la aplicaci&#xF3;n de m&#xE9;todos bioqu&#xED;micos para comprender las interacciones de este tipo en los tejidos vivos ha sido un desaf&#xED;o. Aqu&#xED; desarrollamos un medio en todo el genoma de la cartograf&#xED;a de la prote&#xED;na-ARN sitios de uni&#xF3;n en vivo, por el alto rendimiento de secuenciaci&#xF3;n de ARN aislado por inmunoprecipitaci&#xF3;n reticulaci&#xF3;n (HITS-CLIP). HITS-CLIP an&#xE1;lisis del factor Nova neuronal espec&#xED;fica de empalme revel&#xF3; muy reproducibles de uni&#xF3;n al ARN mapas en varios cerebros de los ratones. Estos mapas proporcionan todo el genoma en vivo huellas bioqu&#xED;micas que confirman la predicci&#xF3;n anterior de que la posici&#xF3;n de Nueva enlace determina el resultado del splicing alternativo y, adem&#xE1;s, son lo suficientemente poderosa para predecir la acci&#xF3;n Nova de novo. HITS-CLIP revel&#xF3; un gran n&#xFA;mero de Nova-ARN interacciones en las regiones no traducidas 3 &#x26;#39;, que conduce al descubrimiento de que Nova regula poliadenilaci&#xF3;n alternativa en el cerebro. HITS-CLIP, por lo tanto, proporciona un m&#xE9;todo eficaz e imparciales para identificar funcionales de ARN-prote&#xED;na interacciones in vivo.

Insights CLIP HITS-Rendimientos del genoma completo en el cerebro de Alternativa el procesamiento del ARN

Nel nucleo delle cellule eucariotiche, nascente trascrizioni sono associate con particelle eterogenee ribonucleoproteina nucleare (hnRNP) che sono nucleate dal hnRNP C. Nonostante la loro abbondanza, tuttavia, &egrave; rimasto poco chiaro se queste particelle controllano l&#39;elaborazione pre-mRNA. Qui, abbiamo sviluppato la risoluzione del singolo-nucleotide UV cross-linking e immunoprecipitazione (iCLIP) per studiare il ruolo di hnRNP C regolamento splicing. iCLIP dati mostrano che hnRNP C riconosce tratti uridina con una spaziatura a lungo raggio definito coerenza con l&#39;organizzazione delle particelle hnRNP. hnRNP particelle montare su entrambi gli introni e gli esoni ma rimangono generalmente esclusi dai siti di splicing. Integrazione di dati di livello transcriptome iCLIP e alternative splicing profili in una mappa di&#39; RNA&#39; indica come il posizionamento delle particelle hnRNP determina il loro effetto sull&#39;inclusione degli esoni alternativi. La capacit&agrave; di dati ad alta risoluzione iCLIP per fornire intuizioni, il meccanismo di questo regolamento mantiene la promessa per gli studi di altri complessi di ordine superiore ribonucleoproteina.

iCLIP rivela la funzione di particelle hnRNP nello splicing alla risoluzione di singoli nucleotidi.

&#x771F;&#x6838;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6838;&#x5185;&#x306B;&#x3001;&#x65B0;&#x751F;&#x8EE2;&#x5199;&#x7269;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x306E;hnRNP C&#x3067;&#x6838;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7C92;&#x5B50;&#x304C;&#x3001;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7C92;&#x5B50;&#x306F;pre-mRNA&#x306E;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x7570;&#x7A2E;&#x6838;&#x30EA;&#x30DC;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;&#x306E;hnRNP&#xFF09;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x306E;hnRNP C&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;UV&#x67B6;&#x6A4B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;iCLIP&#xFF09;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; iCLIP&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x306E;hnRNP C&#x306F;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x3068;&#x306E;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9577;&#x671F;&#x306E;&#x9593;&#x9694;&#x3067;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x7BA1;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306F;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x3068;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304B;&#x3089;&#x9664;&#x5916;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x307E;&#x307E;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; &#x26;quot;RNA&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x26;quot;&#x306B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;iCLIP&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x7D71;&#x5408;&#x306F;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x304C;&#x5225;&#x306E;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30F3;&#x3092;&#x542B;&#x3081;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306E;iCLIP&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x9AD8;&#x6B21;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x79D8;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

ICLIP&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3067;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;hnRNP&#x7C92;&#x5B50;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xC9C4; &#xD575; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xD575;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD08;&#xAE30; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C; hnRNP c.&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; nucleated &#xC774;&#xC885; &#xD575; ribonucleoprotein (hnRNP) &#xC785;&#xC790;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xD48D;&#xC694;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xB0A8;&#xC544; &#xBD88;&#xBD84;&#xBA85;&#xC774; &#xC785;&#xC790; &#xC911; mRNA &#xCC98;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xBD80;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC1C;&#xC778; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xAD50;&#xCC28; &#xBC0F; immunoprecipitation (iCLIP) &#xC811;&#xD569; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xC158;&#xC5D0; hnRNP C&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xAC1C;&#xBC1C;. iCLIP &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC815;&#xC758; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xAC04;&#xACA9;&#xC774; &#xC77C;&#xCE58; hnRNP &#xC785;&#xC790; &#xC870;&#xC9C1; uridine &#xCC45;&#xC790;&#xB97C; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558;&#xB294; &#xADF8; hnRNP C &#xD45C;&#xC2DC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. hnRNP &#xC785;&#xC790; &#xB450; introns&#xC5D0; &#xBAA8;&#xC774;&#xACE0; exons &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC678; &#xB41C; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC;. Transcriptome &#xC804;&#xCCB4; iCLIP &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#39;RNA &#xC9C0;&#xB3C4;&#39;&#xC5D0; &#xC811;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xB300;&#xC548;&#xC758; &#xD1B5;&#xD569; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xB300;&#xCCB4; exons&#xC758; &#xD3EC;&#xD568;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; hnRNP &#xC785;&#xC790;&#xC758; &#xC704;&#xCE58;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xADDC;&#xC815;&#xC758; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; iCLIP &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB2E4;&#xB978; &#xB192;&#xC740; &#xC21C;&#xC11C; ribonucleoprotein &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC57D;&#xC18D;&#xC744; &#xBCF4;&#xC720; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;.

iCLIP hnRNP &#xC785;&#xC790; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC811;&#xD569; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xBC1D;&#xD799;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#x5728;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6838;&#xFF0C;&#x65B0;&#x751F;&#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x90FD;&#x7531; hnRNP C.&#x5FAE;&#x6676;&#x7684;&#x5F02;&#x6784;&#x6838;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D; (hnRNP) &#x7C92;&#x5B50;&#x4E0E;&#x5173;&#x8054;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x4E30;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5B83;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7C92;&#x5B50;&#x662F;&#x5426;&#x63A7;&#x5236;&#x9884; mRNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x5B9A;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x51B3;&#x8BAE;&#x7D2B;&#x5916;&#x5149;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; (iCLIP) &#x7814;&#x7A76; hnRNP C &#x62FC;&#x63A5;&#x8C03;&#x63A7;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;iCLIP &#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x663E;&#x793A;&#xFF0C;hnRNP C &#x786E;&#x8BA4;&#x5C3F;&#x82F7;&#x5927;&#x7247;&#x7684;&#x5DF2;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x95F4;&#x8DDD;&#x7B26;&#x5408; hnRNP &#x7C92;&#x5B50;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;hnRNP &#x7C92;&#x5B50;&#x88C5;&#x914D;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x548C;&#x4ECE;&#x63A5;&#x5934;&#x5730;&#x70B9;&#x7528;&#x4F46;&#x4ECD;&#x666E;&#x904D;&#x88AB;&#x6392;&#x9664;&#x5728;&#x5916;&#x3002;&#x96C6;&#x6210;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168; iCLIP &#x6570;&#x636E;&#x548C;&#x526A;&#x63A5;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x8FDB; &#39;RNA &#x5730;&#x56FE;&#39; &#x6307;&#x793A;&#x5982;&#x4F55;&#x5B9A;&#x4F4D; hnRNP &#x7C92;&#x5B50;&#x786E;&#x5B9A;&#x5B83;&#x4EEC;&#x5BF9;&#x5217;&#x5165;&#x66FF;&#x4EE3;&#x7528;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387; iCLIP &#x6570;&#x636E;&#x80FD;&#x591F;&#x6DF1;&#x5165;&#x4E86;&#x89E3;&#x6B64;&#x8C03;&#x63A7;&#x673A;&#x5236;&#x7814;&#x7A76;&#x5176;&#x4ED6;&#x9AD8;&#x9636;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x6709;&#x524D;&#x9014;&#x3002;

iCLIP &#x63ED;&#x793A;&#x4E86; hnRNP &#x4E2D;&#x7684;&#x7C92;&#x5B50;&#x5728;&#x5355;&#x4E2A;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x62FC;&#x63A5;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;

In the nucleus of eukaryotic cells, nascent transcripts are associated with heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) particles that are nucleated by hnRNP C. Despite their abundance, however, it remained unclear whether these particles control pre-mRNA processing. Here, we developed individual-nucleotide resolution UV cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP) to study the role of hnRNP C in splicing regulation. iCLIP data show that hnRNP C recognizes uridine tracts with a defined long-range spacing consistent with hnRNP particle organization. hnRNP particles assemble on both introns and exons but remain generally excluded from splice sites. Integration of transcriptome-wide iCLIP data and alternative splicing profiles into an 'RNA map' indicates how the positioning of hnRNP particles determines their effect on the inclusion of alternative exons. The ability of high-resolution iCLIP data to provide insights into the mechanism of this regulation holds promise for studies of other higher-order ribonucleoprotein complexes.

iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution.

Dans le noyau des cellules eucaryotes, les transcriptions naissantes sont associ&#xE9;es &#xE0; ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;ine nucl&#xE9;aire h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE8;ne (hnRNP) des particules qui sont nucl&#xE9;&#xE9;es par hnRNP C. En d&#xE9;pit de leur abondance, cependant, il n&#x26;#39;&#xE9;tait pas &#xE9;vident de savoir si ces particules contr&#xF4;ler pr&#xE9;-ARNm de traitement. Ici, nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; UV r&#xE9;solution individuelle-nucl&#xE9;otide r&#xE9;ticulation et immunopr&#xE9;cipitation (iClip) pour &#xE9;tudier le r&#xF4;le de hnRNP C dans la r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage. les donn&#xE9;es montrent que iClip hnRNP C reconna&#xEE;t tracts uridine avec une d&#xE9;finition &#xE0; long terme compatible avec l&#x26;#39;espacement organisation de particules hnRNP. particules hnRNP monter sur les deux introns et des exons, mais restent g&#xE9;n&#xE9;ralement exclus des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage. L&#x26;#39;int&#xE9;gration des donn&#xE9;es du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle iClip et les profils d&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif dans un &#xAB;ARN carte&#xBB; indique la fa&#xE7;on dont le positionnement des particules hnRNP d&#xE9;termine leur effet sur l&#x26;#39;inclusion des exons alternatifs. La capacit&#xE9; de donn&#xE9;es iClip haute r&#xE9;solution pour fournir des indications sur le m&#xE9;canisme de cette r&#xE9;gulation est tr&#xE8;s prometteuse pour les &#xE9;tudes d&#x26;#39;autres complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques d&#x26;#39;ordre sup&#xE9;rieur.

IClip R&#xE9;v&#xE8;le la fonction des particules hnRNP dans l&#x26;#39;&#xE9;pissage &#xE0; la r&#xE9;solution de nucl&#xE9;otides individuels

Im Zellkern des eukaryotischen Zellen sind entstehende Transkripte heterogene nuclear Ribonucleoprotein (HnRNP) Teilchen, die durch HnRNP C. kernhaltigen sind zugeordnet Trotz ihrer F&uuml;lle blieb jedoch unklar, ob diese Partikel Pre-mRNA-Verarbeitung zu steuern. Hier entwickelten wir individuell-Nukleotid-Aufl&ouml;sung UV Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (iCLIP), die Rolle der HnRNP C Splei&szlig;en Verordnung zu studieren. iCLIP Daten zeigen, dass diese HnRNP C Uridin Landstriche mit einer definierten Langstrecken Abstand mit HnRNP Partikel Organisation erkennt. HnRNP Teilchen montieren auf beiden Introns und Exons bleiben aber generell ausgeschlossen von Splice-Sites. Integration von Transkriptom-weite iCLIP Daten und Alternative Splei&szlig;en Profile in eine &#39;RNA-Zuordnung&#39; gibt an, wie die Positionierung der HnRNP Teilchen ihre Wirkung auf die Einbeziehung des alternativer Exons bestimmt. Die F&auml;higkeit des hochaufl&ouml;senden iCLIP Daten, Einblicke in den Mechanismus dieser Verordnung vielversprechend f&uuml;r Studien der anderen h&ouml;herer Ordnung-Gebiets-komplexe.

iCLIP zeigt die Funktion HnRNP Teilchen in Splei&szlig;en bei einzelnen Nukleotid-Aufl&ouml;sung.

En el n&#xFA;cleo de las c&#xE9;lulas eucariotas, las transcripciones nacientes est&#xE1;n asociadas con ribonucleoprote&#xED;na nuclear heterog&#xE9;neo (hnRNP) las part&#xED;culas que son nucleados por hnRNP C. A pesar de su abundancia, sin embargo, no qued&#xF3; claro si estas part&#xED;culas controlar pre-mRNA de procesamiento. En este sentido, hemos desarrollado el individuo nucle&#xF3;tidos UV resoluci&#xF3;n de entrecruzamiento e inmunoprecipitaci&#xF3;n (iClip) para estudiar el papel de hnRNP C en la regulaci&#xF3;n de empalme. los datos muestran que iClip hnRNP C reconoce extensiones de uridina con una definida a largo plazo en consonancia con la organizaci&#xF3;n de separaci&#xF3;n de part&#xED;culas hnRNP. part&#xED;culas hnRNP montamos en ambos intrones y exones, pero siguen por lo general excluidos de los sitios de empalme. Integraci&#xF3;n de datos de toda la transcriptoma iClip y perfiles de splicing alternativo en un &#x26;#39;mapa de ARN&#x26;#39; indica la posici&#xF3;n de las part&#xED;culas de hnRNP determina su efecto sobre la inclusi&#xF3;n de los exones alternativos. La capacidad de datos de alta resoluci&#xF3;n iClip para proporcionar informaci&#xF3;n sobre el mecanismo de este reglamento es una promesa para los estudios de otros complejos de ribonucleoprote&#xED;na de orden superior.

IClip revela la funci&#xF3;n de las part&#xED;culas hnRNP en el empalme en la Resoluci&#xF3;n Individual de nucle&#xF3;tidos

&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x526A;&#x63A5;&#x7684;&#x8C03;&#x63A7;&#x6D89;&#x53CA; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x63A5;&#x5934;&#x5730;&#x70B9;&#x9760;&#x8FD1;&#x524D; mRNA &#x9635;&#x5730;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;T &#x7EC6;&#x80DE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5185;&#x6297;&#x539F; 1 (TIA1) &#x548C; TIA1 &#x6837; 1 (TIAL1) &#x672C;&#x5730;&#x62DB;&#x8058;&#x5230; 5&#39; U1 snRNP &#x901A;&#x8FC7;&#x589E;&#x5F3A;&#x5916;&#x663E;&#x5B50;&#x5217;&#x5165;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x77ED;&#x6682;&#x6027;&#x8111;&#x7F3A;&#x8840;&#x53D1;&#x4F5C;&#x86CB;&#x767D;&#x5BF9;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x7528;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x6709;&#x6CA1;&#x6709;&#x5C1A;&#x672A;&#x63A2;&#x8BA8;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x7D2B;&#x5916;&#x5149;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; (iCLIP) &#x6765;&#x67E5;&#x627E; TIA1 &#x548C; TIAL1 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B; RNAs &#x4E0A;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3002;&#x5177;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7684;&#x4E0B;&#x6E38; 5 &#39; &#x63A5;&#x5934;&#x5730;&#x70B9;&#x7528;&#x6765;&#x9884;&#x6D4B;&#x5728;&#x52A0;&#x5F3A;&#x7684;&#x8FD1;&#x7AEF;&#x7528;&#x5305;&#x5BB9;&#x548C;&#x6C89;&#x9ED8;&#x7684;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x7528;&#x5305;&#x5BB9;&#x7684;&#x77ED;&#x6682;&#x6027;&#x8111;&#x7F3A;&#x8840;&#x53D1;&#x4F5C;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x9884;&#x6D4B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x4F7F;&#x7528;&#x63A5;&#x5934;&#x4EA4;&#x754C;&#x82AF;&#x7247;&#x3001; &#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;-&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x94FE;&#x53CD;&#x5E94;&#x548C;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x7684;&#x6784;&#x9020;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E; TIA &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4FDD;&#x6301;&#x62FC;&#x63A5;&#x4FDD;&#x771F;&#x5EA6;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x901A;&#x8FC7;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7684;&#x4E13;&#x95E8;&#x4E0B;&#x6E38;&#x526A;&#x63A5;&#x4E0D;&#x504F;&#x4E0D;&#x501A;&#x5730; 5 &#39; &#x526A;&#x63A5;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;&#x5947;&#x602A;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;TIA &#x62FC;&#x63A5;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728; 5&#39; &#x6C89;&#x9ED8;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x5361;&#x5E26;&#x548C;&#x4E0D;&#x53D7;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3; 3&#39; &#x63A5;&#x8FD1;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x53D8;&#x91CF;&#x957F;&#x5EA6;&#x7528;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528; TIA RNA &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x6620;&#x5C04;&#x8BA1;&#x7B97;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x62FC;&#x63A5;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x77ED;&#x6682;&#x6027;&#x8111;&#x7F3A;&#x8840;&#x53D1;&#x4F5C;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x90FD;&#x7B26;&#x5408; TIA &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5728;&#x7F29;&#x77ED;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x66FF;&#x4EE3;&#x7684;&#x5916;&#x663E;&#x5B50;&#x7684;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x52A0;&#x5F3A;&#x524D;&#x9762;&#x7684; 5&#39; &#x526A;&#x63A5;&#x4F4D;&#x7AD9;&#x70B9;&#x8BC6;&#x522B;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x62FC;&#x63A5;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8C03;&#x89E3;&#x7684;&#x526A;&#x63A5;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x89C4;&#x7BA1;&#x3002;

iCLIP &#x9884;&#x6D4B; TIA RNA &#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x53CC;&#x91CD;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

The regulation of alternative splicing involves interactions between RNA-binding proteins and pre-mRNA positions close to the splice sites. T-cell intracellular antigen 1 (TIA1) and TIA1-like 1 (TIAL1) locally enhance exon inclusion by recruiting U1 snRNP to 5' splice sites. However, effects of TIA proteins on splicing of distal exons have not yet been explored. We used UV-crosslinking and immunoprecipitation (iCLIP) to find that TIA1 and TIAL1 bind at the same positions on human RNAs. Binding downstream of 5' splice sites was used to predict the effects of TIA proteins in enhancing inclusion of proximal exons and silencing inclusion of distal exons. The predictions were validated in an unbiased manner using splice-junction microarrays, RT-PCR, and minigene constructs, which showed that TIA proteins maintain splicing fidelity and regulate alternative splicing by binding exclusively downstream of 5' splice sites. Surprisingly, TIA binding at 5' splice sites silenced distal cassette and variable-length exons without binding in proximity to the regulated alternative 3' splice sites. Using transcriptome-wide high-resolution mapping of TIA-RNA interactions we evaluated the distal splicing effects of TIA proteins. These data are consistent with a model where TIA proteins shorten the time available for definition of an alternative exon by enhancing recognition of the preceding 5' splice site. Thus, our findings indicate that changes in splicing kinetics could mediate the distal regulation of alternative splicing.

iCLIP predicts the dual splicing effects of TIA-RNA interactions.

La r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif implique des interactions entre les prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN et de pr&#xE9;-ARNm des positions proches des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage. T-antig&#xE8;ne de cellule intracellulaire 1 (TIA1) et TIA1-like 1 (TIAL1) localement renforcer l&#x26;#39;inclusion exon en recrutant U1 snRNP &#xE0; des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage 5 &#x26;#39;. Cependant, les effets des prot&#xE9;ines TIA sur l&#x26;#39;&#xE9;pissage des exons distales n&#x26;#39;ont pas encore &#xE9;t&#xE9; explor&#xE9;. Nous avons utilis&#xE9; UV-r&#xE9;ticulation et immunopr&#xE9;cipitation (iClip) pour trouver qui se lient et TIA1 TIAL1 aux m&#xEA;mes positions sur des ARN de l&#x26;#39;homme. Aval de liaison de sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage 5 &#x26;#39;a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9; pour pr&#xE9;dire les effets des prot&#xE9;ines TIA dans l&#x26;#39;am&#xE9;lioration de l&#x26;#39;inclusion des exons proximales et faire taire l&#x26;#39;inclusion des exons distales. Les pr&#xE9;dictions ont &#xE9;t&#xE9; valid&#xE9;es de mani&#xE8;re impartiale &#xE0; l&#x26;#39;aide d&#x26;#39;&#xE9;pissage jonction microarrays, RT-PCR, et les constructions minig&#xE8;ne, qui ont montr&#xE9; que les prot&#xE9;ines TIA maintenir la fid&#xE9;lit&#xE9; &#xE9;pissage et de r&#xE9;glementer l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif en se liant exclusivement en aval de sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage 5 &#x26;#39;. &#xC9;tonnamment, la TIA contraignant &#xE0; 5 &#x26;#39;des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage silence cassettes distale et de longueur variable exons sans se lier &#xE0; proximit&#xE9; des r&#xE9;glement&#xE9;es solution 3&#x26;#39; des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage. Utilisation du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle cartographie haute r&#xE9;solution de la norme TIA-ARN interactions, nous avons &#xE9;valu&#xE9; les effets d&#x26;#39;&#xE9;pissage distales des prot&#xE9;ines TIA. Ces donn&#xE9;es sont compatibles avec un mod&#xE8;le o&#xF9; les prot&#xE9;ines TIA raccourcir le temps disponible pour la d&#xE9;finition d&#x26;#39;un exon alternatif par la reconnaissance de l&#x26;#39;am&#xE9;lioration du site d&#x26;#39;&#xE9;pissage 5 qui pr&#xE9;c&#xE8;de &#xBB;. Ainsi, nos r&#xE9;sultats indiquent que les changements dans la cin&#xE9;tique d&#x26;#39;&#xE9;pissage pourrait servir de m&#xE9;diateur de la r&#xE9;glementation distale de l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif.

IClip pr&#xE9;dit les effets d&#x26;#39;&#xE9;pissage double de la norme TIA-ARN Interactions

Die Regulierung der alternatives Splei&szlig;en beinhaltet Interaktionen zwischen RNA-bindende Proteine und Pre-mRNA Positionen nahe der Splei&szlig;-Sehensw&uuml;rdigkeiten. Intrazellul&auml;re T-Zell-Antigen 1 (TIA1) und TIA1 wie 1 (TIAL1) lokal Exon-Integration zu verbessern, durch die Einstellung von U1 SnRNP bis 5&#39; splice Sites. Jedoch haben Auswirkungen der TIA Proteine auf Splei&szlig;en des distalen Exons noch nicht erforscht. UV-Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (iCLIP) k&ouml;nnen wir feststellen, dass TIA1 und TIAL1 an den gleichen Positionen auf menschliche RNAs binden verwendet. Verbindliche stromabw&auml;rts der 5&#39; Splei&szlig;stelle Websites wurde verwendet, um die Auswirkungen des TIA-Proteine in der Verbesserung der Eingliederung des proximalen Exons und Unterdr&uuml;ckender Aufnahme des distalen Exons. Die Vorhersagen waren auf unvoreingenommene Weise mit Splei&szlig;-Kreuzung Microarrays, RT-PCR und Minigene Konstrukte, die zeigte, dass TIA Proteine Splei&szlig;en Treue pflegen und alternatives Splei&szlig;en durch binden ausschlie&szlig;lich stromabw&auml;rts zu Regeln validiert der 5&#39; Splei&szlig;stelle Websites. &Uuml;berraschenderweise TIA Bindung auf 5&#39; Splei&szlig;stelle Websites zum Schweigen distale Kassette und variabler L&auml;nge Exons ohne Bindung in der N&auml;he der geregelten Alternative 3&#39; Splei&szlig;stelle Websites. Transkriptom-weite hochaufl&ouml;sende Zuordnung von TIA-RNA Interaktionen werteten wir die distalen Splei&szlig;en Auswirkungen der TIA Proteine. Diese Daten stehen im Einklang mit einem Modell wo TIA Proteine der Frist f&uuml;r die Definition einer alternative Exon verk&uuml;rzen, durch verst&auml;rkte Anerkennung der vorhergehenden 5&#39; Splice Site. Unsere Einsch&auml;tzungen zufolge somit &Auml;nderungen im Splei&szlig;en Kinetik die distale Regulierung von alternatives Splei&szlig;en vermitteln konnte.

iCLIP prognostiziert die dualen Splei&szlig;en Auswirkungen der TIA-RNA-Interaktionen.

Il regolamento di splicing alternativo coinvolge interazioni tra posizioni pre-mRNA nei pressi dei siti di splicing e RNA-binding proteins. Antigene intracellulare delle cellule T 1 (TIA1) e TIA1-like 1 (TIAL1) localmente migliorare l&#39;inclusione esone reclutando U1 snRNP al 5&#39; impiombare siti. Tuttavia, gli effetti delle proteine di TIA su splicing degli esoni distali non sono ancora stati esplorati. Abbiamo usato la reticolazione UV e immunoprecipitazione (iCLIP) per trovare che la TIA1 e TIAL1 associare presso le stesse posizioni sulla RNAs umana. Associazione a valle di 5&#39; siti splice &egrave; stato utilizzato per prevedere gli effetti delle proteine di TIA nel migliorare l&#39;inclusione degli esoni prossimali e mettendo a tacere l&#39;inclusione degli esoni distali. Le previsioni sono state convalidate in modo imparziale usando i microarrays splice junction, RT-PCR e costrutti minigene, che ha mostrato che le proteine TIA mantengano fedelt&agrave; splicing e regolano lo splicing alternativo legandosi esclusivamente a valle di 5&#39; impiombare siti. Sorprendentemente, TIA vincolante al 5&#39; siti splice tacere cassetta distale e lunghezza variabile esoni senza legame in prossimit&agrave; di regolamentati alternativi 3&#39; impiombare siti. Utilizzando livello transcriptome mappatura ad alta risoluzione delle interazioni TIA-RNA abbiamo valutato gli effetti di splicing distali delle proteine di TIA. Questi dati sono coerenti con un modello dove proteine TIA abbreviare il tempo disponibile per la definizione di un esone alternativo per migliorare il riconoscimento del precedente sito splicing 5&#39;. I nostri risultati indicano quindi che cambiamenti nella cinetica di splicing potrebbero mediare il regolamento distale di splicing alternativo.

iCLIP predice gli effetti dual impionbatura delle interazioni RNA-TIA.

&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306B;&#x8FD1;&#x3044;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;mRNA&#x524D;&#x99C6;&#x4F53;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002; T&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x6297;&#x539F;1&#xFF08;TIA1&#xFF09;&#x3068;1&#xFF08;TIAL1&#xFF09;TIA1&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x3001;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EB;&#x3067;5 &#x26;#39;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306B;U1 snRNP&#x3092;&#x52DF;&#x96C6;&#x3057;&#x3066;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x5305;&#x542B;&#x3092;&#x5F37;&#x5316;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x9060;&#x4F4D;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;TIA&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x306F;&#x307E;&#x3060;&#x691C;&#x8A0E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;RNA&#x306E;&#x540C;&#x3058;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;TIA1&#x3068;TIAL1&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;UV&#x67B6;&#x6A4B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;iCLIP&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 5 &#x26;#39;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x4E0B;&#x6D41;&#x306F;&#x3001;&#x8FD1;&#x4F4D;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x5305;&#x542B;&#x3092;&#x9AD8;&#x3081;&#x3001;&#x9060;&#x4F4D;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x5305;&#x542B;&#x3092;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;TIA&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306F;&#x3001;TIA&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5FE0;&#x5B9F;&#x6027;&#x3092;&#x7DAD;&#x6301;&#x3057;&#x3001;&#x6392;&#x4ED6;&#x7684;&#x306B;&#x4E0B;&#x6D41;&#x306B;5 &#x26;#39;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x63A5;&#x5408;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3001;RT-PCR&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30DF;&#x30CB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30B3;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x516C;&#x5E73;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x691C;&#x8A3C;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9A5A;&#x304F;&#x3079;&#x304D;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;5&#x6642;TIA&#x7D50;&#x5408;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D; &#x26;#39;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;&#x898F;&#x5236;&#x4EE3;&#x66FF;&#x624B;&#x6BB5;3&#x306B;&#x8FD1;&#x63A5;&#x3057;&#x3066;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x9060;&#x4F4D;&#x30AB;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x53EF;&#x5909;&#x9577;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x3092;&#x9ED9;&#x3089;&#x305B;&#x305F; &#x26;quot;&#x3002; TIA-RNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;TIA&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x9060;&#x4F4D;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;TIA&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x524D;&#x8FF0;&#x306E;5 &#x26;#39;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3092;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x5225;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x3001;&#x4F7F;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x6642;&#x9593;&#x3092;&#x77ED;&#x7E2E;&#x3059;&#x308B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x53CD;&#x5FDC;&#x901F;&#x5EA6;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306F;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x9060;&#x4F4D;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

ICLIP&#x306F;&#x3001;TIA-RNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30C7;&#x30E5;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;

&#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569;&#xC758; &#xADDC;&#xC81C; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC0F; pre mRNA &#xC704;&#xCE58; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC774; &#xBD99;&#xC5EC; &#xC11C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xAC04; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C;&#xB2E4;. 1 (TIA1) &#xBC0F; TIA1 &#xAC19;&#xC740; 1 (TIAL1) &#xB85C;&#xCEEC;&#xB85C; exon &#xD3EC;&#xD568; 5 &#39; U1 snRNP &#xBAA8;&#xC9D1; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC15;&#xD654; T-&#xC140; &#xC138;&#xD3EC;&#xB0B4; &#xD56D; &#xC6D0; &#xACB0;&#xD569; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC6D0;&#xC2EC; exons&#xC758; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; &#xD2F0;&#xC544; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC544;&#xC9C1; &#xD0D0;&#xD5D8; &#xB418;&#xC9C0;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; Rnas&#xC5D0; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD560; TIA1 &#xBC0F; tial1&#xC744; &#xCC3E;&#xC73C;&#xB824;&#xACE0; &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xAC00;&#xAD50; &#xBC0F; immunoprecipitation (iCLIP)&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD558;&#xB958; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC758; 5&#39; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xADFC; exons&#xC758; &#xD3EC;&#xD568;&#xC744; &#xAC15;&#xD654; &#xD558; &#xACE0; &#xC785;&#xC744; &#xC6D0;&#xC2EC; exons&#xC758; &#xD3EC;&#xD568;&#xC5D0; &#xD2F0;&#xC544; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD55C;. &#xC608;&#xCE21; &#xD3B8;&#xACAC;&#xC73C;&#xB85C; &#xBD99;&#xC5EC; &#xC11C; &#xC811;&#xD569; microarrays, RT-PCR, &#xD2F0;&#xC544; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC811;&#xD569; &#xCDA9;&#xC2E4;&#xB3C4; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xB3C5;&#xC810;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB958;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xC5EC; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569; &#xADDC;&#xC81C; minigene &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4; 5&#39;&#xC758; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xACB0;&#xD569; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB180;&#xB78D;&#xAC8C;&#xB3C4;, &#xC6D0;&#xC2EC; &#xCE74;&#xC138;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC785; &#xB9C9; &#xC74C; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; 5&#39; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC0F; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xADDC;&#xC81C; &#xB300;&#xC548; 3&#39;&#xC5D0; &#xADFC;&#xC811; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xACE0; &#xAC00;&#xBCC0; &#xAE38;&#xC774; exons &#xC811;&#xCC29; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD2F0;&#xC544;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD2F0;&#xC544; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC6D0;&#xC2EC; &#xC811;&#xD569; &#xD6A8;&#xACFC; &#xB4E4;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD2F0;&#xC544; RNA &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; transcriptome &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xB9E4;&#xD551;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB294; &#xC77C;&#xCE58; &#xD2F0;&#xC544; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC55E; 5&#39; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC778;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC15;&#xD654; &#xD558; &#xC5EC; &#xB300;&#xCCB4; exon&#xC758; &#xC815;&#xC758; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC744; &#xB2E8;&#xCD95; &#xD558;&#xB294; &#xBAA8;&#xB378;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBCC0;&#xD654; &#xC18D;&#xB3C4; &#xB860;&#xC744; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569;&#xC758; &#xC6D0;&#xC2EC; &#xADDC;&#xC81C; &#xC911;&#xC7AC;&#xD560; &#xC218; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

iCLIP &#xD2F0;&#xC544; RNA &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xC774;&#xC911; &#xC811;&#xD569; &#xD6A8;&#xACFC;&#xB97C; &#xC804;&#xB9DD; &#xD588;&#xB2E4;.

La regulaci&#xF3;n del splicing alternativo implica interacciones entre prote&#xED;nas de uni&#xF3;n a ARN y las posiciones de ARNm de pre-cercanas a los sitios de empalme. De c&#xE9;lulas T ant&#xED;geno intracelular 1 (TIA1) y TIA1 tipo 1 (TIAL1) localmente mejorar la inclusi&#xF3;n del ex&#xF3;n mediante la contrataci&#xF3;n de snRNP U1 de los sitios de empalme 5 &#x26;#39;. Sin embargo, los efectos de las prote&#xED;nas TIA en el empalme de los exones distales a&#xFA;n no han sido exploradas. Se utiliz&#xF3; la radiaci&#xF3;n UV-reticulaci&#xF3;n y la inmunoprecipitaci&#xF3;n (iClip) para encontrar que se unen TIA1 y TIAL1 en las mismas posiciones en ARNs humanos. Aguas abajo de uni&#xF3;n de los sitios de empalme 5 &#x26;#39;se utiliz&#xF3; para predecir los efectos de las prote&#xED;nas de la TIA en la mejora de la inclusi&#xF3;n de los exones proximal y silenciar a la inclusi&#xF3;n de los exones distales. Las predicciones fueron validadas en forma imparcial con uniones de empalme de microarrays, RT-PCR, y los modelos minigene, que mostraron que las prote&#xED;nas de la TIA mantener la fidelidad de empalme y regular el splicing alternativo mediante la uni&#xF3;n exclusivamente de aguas abajo de los sitios de empalme 5 &#x26;#39;. Sorprendentemente, la TIA vinculante a los 5 &#x26;#39;sitios de empalme silenciada casete distal y exones de longitud variable sin trabarse en la proximidad de las reguladas 3 alternativo&#x26;#39; sitios de empalme. Uso de transcriptoma en toda la cartograf&#xED;a de alta resoluci&#xF3;n de la TIA-ARN interacciones se evaluaron los efectos de empalme distales de las prote&#xED;nas de la TIA. Estos datos son consistentes con un modelo en el que las prote&#xED;nas de la TIA acortar el tiempo disponible para la definici&#xF3;n de un ex&#xF3;n alternativo por el refuerzo del reconocimiento del sitio de empalme del anterior 5 &#x26;#39;. Por lo tanto, nuestros resultados indican que los cambios en la cin&#xE9;tica de empalme podr&#xED;a mediar la regulaci&#xF3;n distal de splicing alternativo.

IClip predice los efectos de empalme doble de la norma TIA-ARN interacciones

TDP-43 is a predominantly nuclear RNA-binding protein that forms inclusion bodies in frontotemporal lobar degeneration (FTLD) and amyotrophic lateral sclerosis (ALS). The mRNA targets of TDP-43 in the human brain and its role in RNA processing are largely unknown. Using individual nucleotide-resolution ultraviolet cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP), we found that TDP-43 preferentially bound long clusters of UG-rich sequences in vivo. Analysis of RNA binding by TDP-43 in brains from subjects with FTLD revealed that the greatest increases in binding were to the MALAT1 and NEAT1 noncoding RNAs. We also found that binding of TDP-43 to pre-mRNAs influenced alternative splicing in a similar position-dependent manner to Nova proteins. In addition, we identified unusually long clusters of TDP-43 binding at deep intronic positions downstream of silenced exons. A substantial proportion of alternative mRNA isoforms regulated by TDP-43 encode proteins that regulate neuronal development or have been implicated in neurological diseases, highlighting the importance of TDP-43 for the regulation of splicing in the brain.

Characterizing the RNA targets and position-dependent splicing regulation by TDP-43.

TDP 43 &#x662F;&#x4E3B;&#x8981;&#x6838; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x5F62;&#x6210;&#x5305;&#x6DB5;&#x4F53;&#x5728;&#x989D;&#x989E;&#x90E8;&#x5927;&#x53F6;&#x6027;&#x53D8;&#x6027; (FTLD) &#x548C;&#x808C;&#x840E;&#x7F29;&#x4FA7;&#x7D22;&#x786C;&#x5316; (ALS)&#x3002;MRNA &#x6307;&#x6807;&#x7684; TDP 43 &#x4E2D;&#xFF0C;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x5927;&#x8111;&#x548C;&#x5176; RNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x662F;&#x5F88;&#x5927;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x662F;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5355;&#x4E2A;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x51B3;&#x8BAE;&#x7D2B;&#x5916;&#x5149;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;iCLIP&#xFF09;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0; TDP 43 &#x4F18;&#x5148;&#x7EA6;&#x675F;&#x957F;&#x96C6;&#x7FA4;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x5BCC;&#x542B; UG &#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7684; TDP-43 &#x79D1;&#x76EE;&#x4ECE;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x4E0E; FTLD &#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x793A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x4E2D;&#x7684;&#x589E;&#x52A0;&#x6700;&#x591A;&#x7684; MALAT1 &#x548C; NEAT1 &#x975E;&#x7F16;&#x7801; Rna&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x53D1;&#x73B0;&#x8BE5;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684; TDP 43 &#x5230; pre &#x5206;&#x6CCC;&#x5F71;&#x54CD;&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x65B9;&#x5F0F;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x4F9D;&#x8D56;&#x6027; Nova &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x8D85;&#x957F;&#x96C6;&#x7FA4;&#x7684; TDP 43 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728;&#x4E0B;&#x6E38;&#x7684;&#x6C89;&#x9ED8;&#x7528;&#x6DF1;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x7684;&#x7ACB;&#x573A;&#x3002;&#x5927;&#x91CF;&#x66FF;&#x4EE3; mRNA &#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x8868;&#x8FBE;&#x53D7; TDP 43 &#x7F16;&#x7801;&#x86CB;&#x767D;&#x8C03;&#x8282;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x53D1;&#x5C55;&#x6216;&#x7275;&#x8FDE;&#x5728;&#x5F3A;&#x8C03; TDP 43&#xFF0C;&#x76D1;&#x7BA1;&#x7684;&#x62FC;&#x63A5;&#x5728;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x7684;&#x795E;&#x7ECF;&#x75BE;&#x75C5;&#x3002;

&#x8868;&#x5F81;&#x7684; RNA &#x9776;&#x6807;&#x548C;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x4F9D;&#x8D56;&#x6027; TDP 43 &#x62FC;&#x63A5;&#x89C4;&#x7BA1;&#x3002;

TDP-43 est un ARN nucl&#xE9;aire principalement la prot&#xE9;ine de liaison qui forme des corps d&#x26;#39;inclusion dans la d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence lobaire fronto-temporale (DLFT) et la scl&#xE9;rose lat&#xE9;rale amyotrophique (SLA). Les cibles d&#x26;#39;ARNm de TDP-43 dans le cerveau humain et son r&#xF4;le dans la maturation des ARN sont largement inconnues. Utilisation individuelle nucl&#xE9;otidique r&#xE9;solution ultraviolet r&#xE9;ticulation et immunopr&#xE9;cipitation (iClip), nous avons constat&#xE9; que TDP-43 pr&#xE9;f&#xE9;rentiellement li&#xE9; longues grappes de UG-s&#xE9;quences riches en in vivo. Analyse de l&#x26;#39;ARN de liaison par TDP-43 dans le cerveau de sujets atteints de DLFT a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que les plus fortes augmentations en mati&#xE8;re de liaison &#xE9;taient aux MALAT1 et NEAT1 ARN non codantes. Nous avons &#xE9;galement constat&#xE9; que la liaison de TDP-43 de pr&#xE9;-ARNm influenc&#xE9;e &#xE9;pissage alternatif dans un m&#xEA;me d&#xE9;pendant de la position de mani&#xE8;re &#xE0; prot&#xE9;ines Nova. En outre, nous avons identifi&#xE9; des groupes anormalement longs de TDP-43 de liaison &#xE0; des positions introniques profondes en aval des exons r&#xE9;duits au silence. Une proportion importante des isoformes d&#x26;#39;ARNm alternatifs r&#xE9;gi par TDP-43 codent pour des prot&#xE9;ines qui r&#xE9;gulent le d&#xE9;veloppement neuronal ou ont &#xE9;t&#xE9; impliqu&#xE9;s dans des maladies neurologiques, en soulignant l&#x26;#39;importance de la prot&#xE9;ine TDP-43 pour la r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage dans le cerveau.

Caract&#xE9;riser les cibles ARN et asservi &#xE0; la r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage par TDP-43

TDP-43 ist ein &uuml;berwiegend nukleare RNA-Bindung-Protein, die Einschlussk&ouml;rperchen in Frontotemporale lobar Degeneration (FTLD) und Amyotrophe Lateralsklerose (ALS) bildet. Die mRNA-Ziele des TDP-43 im menschlichen Gehirn und seine Rolle in der RNA-Verarbeitung sind weitgehend unbekannt. Mit einzelnen Nukleotid-Aufl&ouml;sung UV Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (iCLIP), fanden wir, dass die TDP-43 bevorzugt lange Bl&ouml;cken von UG-reichen Sequenzen in-vivo gebunden. Analyse der RNA-Bindung von TDP-43 in den Gehirnen von Probanden mit FTLD ergab, dass die gr&ouml;&szlig;ten Zuw&auml;chse in Bindung an die MALAT1 und NEAT1 noncoding RNAs waren. Wir fanden auch die Bindung der TDP-43 an Pre-mRNAs beeinflusst alternatives Splei&szlig;en wegabh&auml;ngigen &auml;hnlich Nova Proteine. Dar&uuml;ber hinaus haben wir festgestellt, ungew&ouml;hnlich lange Bl&ouml;cken TDP-43 Bindung an tief verband intronic Positionen stromabw&auml;rts des zum Schweigen gebrachten Exons. Ein erheblicher Teil der alternative mRNA-Isoformen von TDP-43 geregelt kodieren Proteine, die neuronale Entwicklung zu regulieren oder haben bei neurologischen Krankheiten, die Bedeutung des TDP-43 f&uuml;r die Regulierung von Splei&szlig;en im Gehirn verwickelt worden.

Charakterisierung der RNA-Ziele und wegabh&auml;ngigen Splei&szlig;en Regulierung von TDP-43.

TDP-43 &egrave; un RNA-binding protein prevalentemente nucleare che forma i corpi di inclusione nella degenerazione lobare frontotemporale (FTLD) e sclerosi laterale amiotrofica (SLA). Gli obiettivi di mRNA di TDP-43 nel cervello umano e il suo ruolo nell&#39;elaborazione di RNA sono in gran parte sconosciuti. Utilizzando singoli nucleotidi-risoluzione reticolazione ultravioletta e immunoprecipitazione (iCLIP), abbiamo trovato che TDP-43 associata preferenzialmente lungo cluster di sequenze UG-ricco in vivo. Analisi di RNA binding di TDP-43 nei cervelli da soggetti con FTLD ha rivelato che i pi&ugrave; grandi aumenti in associazione sono stati a MALAT1 e NEAT1 RNA non codificante. Abbiamo anche trovato quell&#39;associazione di TDP-43 al pre-mRNA influenzato alternative splicing in maniera dipendente dalla posizione simile alle proteine Nova. Inoltre, abbiamo identificato insolitamente lunghi grappoli di TDP-43 associazione al profondo intronic posizioni a valle degli esoni silenziati. Una parte sostanziale delle isoforme di mRNA alternativi regolata da TDP-43 codificano proteine che regolano lo sviluppo neuronale o sono state implicate nelle malattie neurologiche, evidenziando l&#39;importanza di TDP-43 per la regolazione di splicing nel cervello.

Che caratterizzano gli obiettivi di RNA e regolamento splicing dipendente dalla posizione di TDP-43.

TDP-43&#x306F;&#x3001;&#x524D;&#x982D;&#x5074;&#x982D;&#x8449;&#x5909;&#x6027;&#x75C7;&#xFF08;FTLD&#xFF09;&#x3068;&#x7B4B;&#x840E;&#x7E2E;&#x6027;&#x5074;&#x7D22;&#x786C;&#x5316;&#x75C7;&#xFF08;ALS&#xFF09;&#x3067;&#x5C01;&#x5165;&#x4F53;&#x3092;&#x5F62;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x4E3B;&#x306B;&#x6838;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; mRNA&#x306E;&#x30D2;&#x30C8;&#x8133;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;TDP-43&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x3068;RNA&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x305D;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x306A;&#x70B9;&#x304C;&#x591A;&#x3044;&#x3002;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x7D2B;&#x5916;&#x7DDA;&#x67B6;&#x6A4B;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;iCLIP&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;TDP-43&#x304C;&#x512A;&#x5148;&#x7684;&#x306B;in vivo&#x3067;&#x306E;UG-&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x200B;&#x200B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002; FTLD&#x60A3;&#x8005;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x8133;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;TDP-43&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306F;MALAT1&#x3068;NEAT1&#x30CE;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;RNA&#x306B;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x30D7;&#x30EC;mRNA&#x306B;TDP-43&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x304C;&#x30CE;&#x30F4;&#x30A1;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306B;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x305F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x4E0B;&#x6D41;&#x306E;&#x6C88;&#x9ED9;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;TDP-43&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x306B;&#x9577;&#x3044;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; TDP-43&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x4EE3;&#x66FF;mRNA&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x795E;&#x7D4C;&#x767A;&#x9054;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3092;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x8133;&#x5185;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;TDP-43&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x3001;&#x795E;&#x7D4C;&#x75BE;&#x60A3;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

TDP-43&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x3068;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x898F;&#x5236;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;

TDP-43 frontotemporal lobar &#xBCC0;&#xC131; (FTLD)&#xACFC; &#xB8E8; &#xAC8C; &#xB9AD; &#xBCD1; &#xCE21;&#xBA74; &#xACBD;&#xD654; &#xC99D; (ALS) &#xD3EC;&#xD568; &#xC2DC;&#xCCB4;&#xB97C; &#xD615;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xC8FC;&#xB85C; &#xD575; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xB450;&#xB1CC;&#xC5D0; TDP-43&#xC640; RNA &#xCC98;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xC5ED;&#xD560;&#xC758; mRNA &#xD45C;&#xC801; &#xC8FC;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. TDP 43 &#xC6B0;&#xC120;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; UG &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; vivo&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xAE34; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC790;&#xC678;&#xC120; &#xAD50;&#xCC28; &#xBC0F; immunoprecipitation (iCLIP)&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBD84;&#xC11D; FTLD&#xC640; &#xACFC;&#xBAA9;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB450;&#xB1CC;&#xC5D0; TDP 43 RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC99D;&#xAC00; MALAT1 &#xBC0F; NEAT1 noncoding RNAs &#xD588;&#xB2E4; &#xBC1D;&#xD614;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xC0AC;&#xC804; mRNAs &#xC601;&#xD5A5;&#xC5D0; TDP-43&#xC758; &#xD574;&#xB2F9; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xB178;&#xBC14; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xC885;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC811;&#xD569; &#xB300;&#xCCB4; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC785; &#xB9C9; &#xC74C;&#xB41C; exons&#xC758; &#xD558;&#xB958; &#xAE4A;&#xC740; intronic &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; TDP 43 &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC758; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAE34; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB300;&#xCCB4; mRNA isoforms TDP-43&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xADDC;&#xC81C;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBE44;&#xC728; &#xC2E0;&#xACBD; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xADDC;&#xC81C; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xB1CC;&#xC5D0; &#xC811;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; TDP-43&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD558;&#xB294; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

TDP-43&#xC5D0;&#xC758; &#xD55C; &#xC811;&#xD569; &#xC704;&#xCE58; &#xC885;&#xC18D; &#xADDC;&#xC81C; &#xBC0F; RNA &#xB300;&#xC0C1;&#xC744; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654;.

TDP-43 es predominantemente nuclear de ARN-prote&#xED;na de uni&#xF3;n que forma cuerpos de inclusi&#xF3;n en la degeneraci&#xF3;n lobar frontotemporal (DLFT) y la esclerosis lateral amiotr&#xF3;fica (ELA). Los objetivos de mRNA de TDP-43 en el cerebro humano y su papel en el procesamiento del ARN son en gran parte desconocido. Usando individuo nucle&#xF3;tidos resoluci&#xF3;n ultravioleta entrecruzamiento e inmunoprecipitaci&#xF3;n (iClip), se encontr&#xF3; que TDP-43 une de forma preferente largos racimos de UG secuencias ricas en vivo. El an&#xE1;lisis de uni&#xF3;n a ARN por TDP-43 en los cerebros de los sujetos con FTLD revel&#xF3; que los mayores incrementos en la uni&#xF3;n fueron los MALAT1 y NEAT1 ARN no codificadores. Tambi&#xE9;n se encontr&#xF3; que la uni&#xF3;n de TDP-43 a pre-ARNm influenciado empalme alternativo en una posici&#xF3;n parecida forma dependiente a las prote&#xED;nas Nova. Adem&#xE1;s, se identificaron grupos inusualmente largos de TDP-43 en uni&#xF3;n profunda posiciones intr&#xF3;nicas aguas abajo de los exones silenciados. Una proporci&#xF3;n sustancial de las isoformas de mRNA alternativo regulado por TDP-43 codifican prote&#xED;nas que regulan el desarrollo neuronal o han sido implicados en enfermedades neurol&#xF3;gicas, destacando la importancia de TDP-43 para la regulaci&#xF3;n de empalme en el cerebro.

Caracterizaci&#xF3;n de los objetivos de ARN, y el Reglamento dependiente de la posici&#xF3;n de empalme por la TDP-43

&#x5E74;&#x9F84;&#x662F;&#x4E3A;&#x795E;&#x7ECF;&#x53D8;&#x6027; &#xFF1B; &#x6700;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x5371;&#x9669;&#x56E0;&#x7D20;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6700;&#x5E38;&#x5DF2;&#x5206;&#x522B;&#x7814;&#x7A76;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x5BF9;&#x8001;&#x5316;&#x548C;&#x795E;&#x7ECF;&#x53D8;&#x6027;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x4E86;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x548C;&#x526A;&#x63A5;&#x989E;&#x53F6;&#x76AE;&#x8D28;&#x4EBA;&#x4E0D;&#x540C;&#x5E74;&#x9F84;&#x6BB5;&#x7684;&#x8BA4;&#x77E5;&#x80FD;&#x529B;&#x6B63;&#x5E38;&#xFF0C;&#x53D7;&#x989D;&#x989E;&#x90E8;&#x5927;&#x53F6;&#x6027;&#x53D8;&#x6027; (FTLD) &#x6216;&#x53D7;&#x963F;&#x5C14;&#x8328;&#x6D77;&#x9ED8;&#x75C5; (AD)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5E74;&#x9F84;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x8BA4;&#x77E5;&#x80FD;&#x529B;&#x6B63;&#x5E38;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x62FC;&#x63A5;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53D1;&#x73B0;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x662F;&#x76EE;&#x524D;&#x8FD8;&#x5728;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x4E0E; FTLD &#x6216; AD&#xFF0C;&#x72EC;&#x7ACB;&#x4E8E;&#x5176;&#x5E74;&#x9F84;&#x7684; 95%&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x90FD;&#x7B26;&#x5408;&#x589E;&#x52A0;&#x7684; polypyrimidine &#x9053;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (PTB)-&#x4F9D;&#x8D56;&#x62FC;&#x63A5;&#x6D3B;&#x52A8;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x5728;&#x573A;&#x4E2D;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x4E0E; FTLD &#x6216;&#x5E7F;&#x544A;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F;&#x5728;&#x8BA4;&#x77E5;&#x80FD;&#x529B;&#x6B63;&#x5E38;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x5177;&#x4F53;&#x75BE;&#x75C5;&#x62FC;&#x63A5;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x90FD;&#x7B26;&#x5408; (NOVA) &#x7684;&#x51CF;&#x5C11;&#x8179;&#x795E;&#x7ECF;&#x80BF;&#x7624;&#x6297;&#x539F;-&#x4F9D;&#x8D56;&#x62FC;&#x63A5;&#x76D1;&#x7BA1;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x51CF;&#x5C11;&#x6838;&#x4E30;&#x5EA6;&#x7684; NOVA &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x4E0D;&#x51FA;&#x6240;&#x6599;&#xFF0C;&#x6025;&#x5267;&#x4E0B;&#x964D;&#x8C03;&#x8282;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x57FA;&#x56E0;&#x662F;&#x4E0E;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x6709;&#x5173;&#xFF0C;&#x800C;&#x80F6;&#x8D28;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x57FA;&#x56E0;&#x9002;&#x5EA6;&#x4E0B;&#x8C03;&#x662F;&#x4E0E;&#x8001;&#x5316;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x800C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x793A;&#x4E0E;&#x5E74;&#x9F84;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x62FC;&#x63A5;&#x53D8;&#x5316;&#x89C4;&#x8303;&#x72EC;&#x7ACB;&#x8A8A;&#x672C;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x66F4;&#x6539;&#xFF0C;&#x5219;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x76D1;&#x7BA1;&#x673A;&#x5236;&#x5F71;&#x54CD;&#x5177;&#x6709;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C; DNA &#x4FEE;&#x590D;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x6807;&#x8BC6;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x66F4;&#x6539;&#x63D0;&#x4F9B;&#x8870;&#x8001;&#x4E0E;&#x795E;&#x7ECF;&#x53D8;&#x6027;&#x7684;&#x65B0;&#x94FE;&#x63A5;&#x3002;

&#x526A;&#x63A5;&#x4E0E;&#x8001;&#x5316;&#x548C;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5927;&#x8111;&#x4E2D;&#x7684;&#x795E;&#x7ECF;&#x53D8;&#x6027;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Age is the most important risk factor for neurodegeneration; however, the effects of aging and neurodegeneration on gene expression in the human brain have most often been studied separately. Here, we analyzed changes in transcript levels and alternative splicing in the temporal cortex of individuals of different ages who were cognitively normal, affected by frontotemporal lobar degeneration (FTLD), or affected by Alzheimer's disease (AD). We identified age-related splicing changes in cognitively normal individuals and found that these were present also in 95% of individuals with FTLD or AD, independent of their age. These changes were consistent with increased polypyrimidine tract binding protein (PTB)-dependent splicing activity. We also identified disease-specific splicing changes that were present in individuals with FTLD or AD, but not in cognitively normal individuals. These changes were consistent with the decreased neuro-oncological ventral antigen (NOVA)-dependent splicing regulation, and the decreased nuclear abundance of NOVA proteins. As expected, a dramatic down-regulation of neuronal genes was associated with disease, whereas a modest down-regulation of glial and neuronal genes was associated with aging. Whereas our data indicated that the age-related splicing changes are regulated independently of transcript-level changes, these two regulatory mechanisms affected expression of genes with similar functions, including metabolism and DNA repair. In conclusion, the alternative splicing changes identified in this study provide a new link between aging and neurodegeneration.

Analysis of alternative splicing associated with aging and neurodegeneration in the human brain.

L&#x26;#39;&#xE2;ge est le facteur de risque le plus important pour la neurod&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence, mais les effets du vieillissement et de la neurod&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence sur l&#x26;#39;expression g&#xE9;nique dans le cerveau humain ont &#xE9;t&#xE9; le plus souvent &#xE9;tudi&#xE9;s s&#xE9;par&#xE9;ment. Ici, nous avons analys&#xE9; les changements dans les niveaux de transcription et l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif dans le cortex temporal d&#x26;#39;individus d&#x26;#39;&#xE2;ges diff&#xE9;rents qui &#xE9;taient cognitif normal, la d&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence lobaire touch&#xE9;s par frontotemporale (DLFT), ou affect&#xE9;es par la maladie d&#x26;#39;Alzheimer (AD). Nous avons identifi&#xE9; les changements d&#x26;#39;&#xE9;pissage li&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;&#xE2;ge chez les personnes cognitivement normales et a constat&#xE9; que ceux-ci &#xE9;taient aussi pr&#xE9;sents dans 95% des personnes atteintes DLFT ou AD, ind&#xE9;pendamment de leur &#xE2;ge. Ces changements &#xE9;taient compatibles avec la prot&#xE9;ine de liaison accrue des voies polypyrimidine (PTB)-d&#xE9;pendante l&#x26;#39;activit&#xE9; d&#x26;#39;&#xE9;pissage. Nous avons &#xE9;galement identifi&#xE9; des changements d&#x26;#39;&#xE9;pissage sp&#xE9;cifiques &#xE0; certaines maladies qui &#xE9;taient pr&#xE9;sentes chez les personnes atteintes DLFT ou AD, mais pas chez les individus cognitivement normales. Ces changements &#xE9;taient compatibles avec la diminution de neuro-oncologique antig&#xE8;ne ventrale (NOVA)-d&#xE9;pendante r&#xE9;gulation de l&#x26;#39;&#xE9;pissage, et l&#x26;#39;abondance des prot&#xE9;ines a diminu&#xE9; nucl&#xE9;aire NOVA. Comme pr&#xE9;vu, une dramatique sous-r&#xE9;gulation de g&#xE8;nes neuronaux a &#xE9;t&#xE9; associ&#xE9;e &#xE0; la maladie, alors que d&#x26;#39;un modeste sous-r&#xE9;gulation de g&#xE8;nes gliales et neuronales a &#xE9;t&#xE9; associ&#xE9;e au vieillissement. Alors que nos donn&#xE9;es indiquent que les changements d&#x26;#39;&#xE9;pissage li&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;&#xE2;ge sont r&#xE9;glement&#xE9;s de mani&#xE8;re ind&#xE9;pendante de la transcription au niveau des changements, ces deux m&#xE9;canismes de r&#xE9;gulation d&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes affect&#xE9;s &#xE0; des fonctions similaires, y compris le m&#xE9;tabolisme et la r&#xE9;paration de l&#x26;#39;ADN. En conclusion, les changements d&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif identifi&#xE9;s dans cette &#xE9;tude fournira un nouveau lien entre le vieillissement et les maladies neurod&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;ratives.

Analyse de l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif associ&#xE9;e au vieillissement et neurod&#xE9;g&#xE9;n&#xE9;rescence dans le cerveau humain

Alter ist der wichtigste Risikofaktor f&uuml;r Neurodegeneration. Allerdings wurden die Auswirkungen des Alterns und Neurodegeneration auf Genexpression im menschlichen Gehirn am h&auml;ufigsten getrennt untersucht. Hier analysierten wir &Auml;nderungen in Abschrift Ebenen und alternatives Splei&szlig;en im temporalen Kortex von Personen unterschiedlichen Alters, die kognitiv normal, wurden von Frontotemporale lobar Degeneration (FTLD), oder betroffen von der Alzheimer-Krankheit (AD). Wir altersbedingte Splei&szlig;en Ver&auml;nderungen in kognitiv normalen Personen identifiziert und fanden, dass dies auch bei 95 % der Personen mit FTLD oder AD, unabh&auml;ngig von ihrem Alter. Diese &Auml;nderungen wurden mit erh&ouml;hter Polypyrimidine Trakt verbindliches Protein (PTB)-abh&auml;ngige Aktivit&auml;t Splei&szlig;en. Wir wurden auch krankheitsspezifische Splei&szlig;en &Auml;nderungen bei Personen mit FTLD oder AD, aber nicht in kognitiv normalen Personen anwesend waren. Diese &Auml;nderungen waren konsistent mit dem verminderten Neuro-onkologischen ventralen Antigen (NOVA)-abh&auml;ngige Splei&szlig;en, Regulierung und die geringere nukleare F&uuml;lle von NOVA Proteine. Wie erwartet, war eine dramatische Herunterregulation der neuronalen Gene Krankheit zugeordnet, w&auml;hrend eine bescheidene Herunterregulation Gliazellen und neuronaler Gene mit dem &Auml;lterwerden verbunden war. W&auml;hrend unsere Daten angegeben, dass die altersbedingte Splei&szlig;en &Auml;nderungen unabh&auml;ngig von Protokoll-Ebene &Auml;nderungen geregelt sind, beeinflusst diese zwei Regulierungsmechanismen Expression von Genen mit &auml;hnlichen Funktionen wie Stoffwechsel und DNA-Reparatur. Zusammenfassend bieten die alternativen Splei&szlig;en &Auml;nderungen, die in dieser Studie identifiziert eine neue Verbindung zwischen Altern und Neurodegeneration.

Analyse der alternatives Splei&szlig;en Altern und Neurodegeneration im menschlichen Gehirn zugeordnet.

L&#39;et&agrave; &egrave; il pi&ugrave; importante fattore di rischio per la neurodegenerazione; Tuttavia, gli effetti dell&#39;invecchiamento e neurodegenerazione sull&#39;espressione del gene nel cervello umano sono spesso stati studiati separatamente. Qui, abbiamo analizzato le modifiche nei livelli di trascrizione e lo splicing alternativo nella corteccia temporale di individui di et&agrave; diverse che erano cognitivamente normali, affetti da degenerazione lobare frontotemporale (FTLD), o affetti da malattia di Alzheimer (AD). Abbiamo individuato in et&agrave;-correlate modifiche splicing in soggetti cognitivamente normali e trovato che questi erano presenti anche nel 95% dei soggetti affetti da FTLD o annuncio, indipendente della loro et&agrave;. Questi cambiamenti sono stati coerenti con polypyrimidine maggiore del tratto binding protein (PTB)-splicing attivit&agrave; dipendente. Abbiamo anche individuato malattie specifiche modifiche di splicing che erano presenti in individui con FTLD o annuncio, ma non in soggetti cognitivamente normali. Questi cambiamenti sono stati coerenti con l&#39;antigene ventrale neuro-oncologica &egrave; diminuito (NOVA)-dipendente lo splicing regolamento e l&#39;abbondanza di nucleare diminuzione delle proteine NOVA. Come previsto, una drammatica down-regulation dei geni neuronali era associato con la malattia, mentre un modesto down-regulation dei geni neuronali e gliali &egrave; stato associato con l&#39;invecchiamento. Considerando che i nostri dati hanno indicato che i cambiamenti di splicing et&agrave;-correlate sono regolati indipendentemente dalle modifiche a livello di trascrizione, questi due meccanismi di regolamentazione interessate espressione di geni con funzioni simili, tra cui il metabolismo e la riparazione del DNA. In conclusione, i cambiamenti di splicing alternativi identificati in questo studio forniscono un nuovo collegamento tra invecchiamento e neurodegenerazione.

Analisi di splicing alternativo associato con invecchiamento e neurodegenerazione nel cervello umano.

&#x5E74;&#x9F62;&#x306F;&#x795E;&#x7D4C;&#x5909;&#x6027;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5371;&#x967A;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x8133;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x52A0;&#x9F62;&#x3068;&#x795E;&#x7D4C;&#x5909;&#x6027;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x304C;&#x6700;&#x3082;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x500B;&#x5225;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x524D;&#x982D;&#x5074;&#x982D;&#x8449;&#x5909;&#x6027;&#x75C7;&#xFF08;FTLD&#xFF09;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3068;&#x8A8D;&#x77E5;&#x306F;&#x6B63;&#x5E38;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x5E74;&#x9F62;&#x306E;&#x500B;&#x4F53;&#x306E;&#x5074;&#x982D;&#x8449;&#x76AE;&#x8CEA;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x308A;&#x3001;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C4;&#x30CF;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x75C5;&#xFF08;AD&#xFF09;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x8A8D;&#x77E5;&#x5065;&#x5E38;&#x8005;&#x306E;&#x52A0;&#x9F62;&#x306B;&#x4F34;&#x3046;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x5E74;&#x9F62;&#x306E;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;FTLD&#x307E;&#x305F;&#x306F;AD&#x60A3;&#x8005;&#x306E;95&#xFF05;&#x306B;&#x3082;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x306F;&#x5897;&#x52A0;&#x30DD;&#x30EA;&#x30D4;&#x30EA;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x9818;&#x57DF;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;PTB&#xFF09;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6D3B;&#x6027;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;FTLD&#x307E;&#x305F;&#x306F;AD&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x8A8D;&#x77E5;&#x6B63;&#x5E38;&#x306A;&#x500B;&#x4F53;&#x306E;&#x500B;&#x4F53;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x305F;&#x75BE;&#x60A3;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x306F;&#x3001;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;&#x795E;&#x7D4C;&#x816B;&#x760D;&#x5B66;&#x8179;&#x6297;&#x539F;&#xFF08;NOVA&#xFF09;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3001;NOVA&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3001;&#x6838;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x4E88;&#x60F3;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x30B0;&#x30EA;&#x30A2;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x795E;&#x7D4C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x63A7;&#x3048;&#x3081;&#x306A;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x8001;&#x5316;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x795E;&#x7D4C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5287;&#x7684;&#x306A;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x75BE;&#x60A3;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x5E74;&#x9F62;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x304C;&#x8EE2;&#x5199;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3068;&#x306F;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x3066;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4E00;&#x65B9;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;2&#x3064;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3084;DNA&#x4FEE;&#x5FA9;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x200B;&#x200B;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3002;&#x7D50;&#x8AD6;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x306F;&#x3001;&#x8001;&#x5316;&#x3084;&#x795E;&#x7D4C;&#x5909;&#x6027;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x8133;&#x306E;&#x8001;&#x5316;&#x3068;&#x795E;&#x7D4C;&#x5909;&#x6027;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;

&#xC5F0;&#xB839;&#xC740; neurodegeneration;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC704;&#xD5D8; &#xC694;&#xC18C; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xB1CC;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0; &#xB178;&#xD654; &#xBC0F; neurodegeneration &#xD6A8;&#xACFC; &#xBCC4;&#xB3C4;&#xB85C; &#xACF5;&#xBD80; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC790;&#xC8FC; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB300; &#xBCF8; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xD654; &#xBC0F; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569; cognitively &#xC815;&#xC0C1; frontotemporal lobar &#xBCC0;&#xC131; (FTLD)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xB610;&#xB294; &#xC54C; &#xCE20; &#xD558;&#xC774; &#xBA38; &#xBCD1; (AD)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC54A;&#xC740; &#xB2E4;&#xB978; &#xB098;&#xAC00;&#xC758; &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; &#xCE21; &#xB450; &#xC5FD; &#xD53C; &#xC9C8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; cognitively &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; &#xB098;&#xC774; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC774;&#xB4E4; &#xB610;&#xD55C; FTLD &#xB610;&#xB294; &#xAD11;&#xACE0;, &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xB098;&#xC774; &#xAD00;&#xACC4; &#xC5C6;&#xC774; &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; 95%&#xC5D0; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB0B4;&#xC6A9;&#xC774; &#xC99D;&#xAC00; polypyrimidine&#xB85C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (PTB)&#xC640; &#xC77C;&#xCE58;-&#xC885;&#xC18D; &#xC791;&#xC5C5; &#xC811;&#xD569;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; FTLD &#xB610;&#xB294; &#xAD11;&#xACE0;, &#xAC1C;&#xC778; cognitively &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0;&#xB9CC; &#xC788;&#xB358; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xD2B9;&#xC815; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xACBD; &#xD655;&#xC778;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBCC0;&#xD654; &#xD588;&#xB2E4; &#xAC10;&#xC18C; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC885;&#xC591;&#xD559; &#xBCF5; &#xBD80; &#xD56D; (&#xB178;&#xBC14;)&#xC640; &#xC77C;&#xCE58;-&#xC885;&#xC18D; &#xC811;&#xD569; &#xADDC;&#xC815;&#xACFC; &#xB178;&#xBC14; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAC10;&#xC18C; &#xD575; &#xD48D;&#xBD80;. &#xC608;&#xC0C1; &#xD588;&#xB358; &#xB300;&#xB85C;, &#xAD50; &#xBC0F; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xACB8;&#xC190; &#xD55C; &#xB2E4;&#xC6B4; &#xADDC;&#xC81C;&#xB294; &#xB178;&#xD654;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xBC18;&#xBA74; &#xC5F0;&#xAD00; &#xC9C8;&#xBCD1;, &#xC2E0;&#xACBD; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xADF9;&#xC801;&#xC778; &#xB2E4;&#xC6B4; &#xADDC;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB098;&#xC774; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xD654; &#xB300; &#xBCF8; &#xC218;&#xC900; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB0B4;&#xC6A9;&#xC744; &#xBCC4;&#xB3C4;&#xB85C; &#xADDC;&#xC81C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC18;&#xBA74;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB450; &#xADDC;&#xC81C; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xBC0F; DNA &#xBCF5;&#xAD6C;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD45C;&#xD604;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744;. &#xB05D;&#xC73C;&#xB85C;,&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xD654; &#xB178;&#xD654; neurodegeneration &#xC0AC;&#xC774; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB9C1;&#xD06C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBD84;&#xC11D; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569; neurodegeneration &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xB1CC;&#xC758; &#xB178;&#xD654;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C;.

La edad es el factor de riesgo m&#xE1;s importante para la neurodegeneraci&#xF3;n, sin embargo, los efectos del envejecimiento y la neurodegeneraci&#xF3;n en la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica en el cerebro humano han sido estudiados con mayor frecuencia por separado. En este sentido, se analizaron los cambios en los niveles de transcripci&#xF3;n y splicing alternativo en la corteza temporal de individuos de diferentes edades que eran cognitivamente normales, afectados por la degeneraci&#xF3;n lobar frontotemporal (DLFT), o afectados por la enfermedad de Alzheimer (EA). Se identificaron los cambios relacionados con la edad de corte y empalme en personas cognitivamente normales y descubrieron que &#xE9;stos estaban presentes tambi&#xE9;n en el 95% de las personas con DLFT o AD, independientemente de su edad. Estos cambios son compatibles con el aumento de la prote&#xED;na del tracto polypyrimidine vinculante (PTB)-dependiente de la actividad de empalme. Tambi&#xE9;n se identificaron los cambios espec&#xED;ficos de la enfermedad de empalme que estaban presentes en los individuos con DLFT o AD, pero no en personas cognitivamente normales. Estos cambios fueron consistentes con la disminuci&#xF3;n de la neuro-oncol&#xF3;gico del ant&#xED;geno ventral (NOVA) que dependen de la regulaci&#xF3;n de empalme, y la disminuci&#xF3;n de la abundancia de las prote&#xED;nas nucleares NOVA. Como era de esperar, una dram&#xE1;tica baja regulaci&#xF3;n de los genes neuronales se asoci&#xF3; con la enfermedad, mientras que una modesta baja regulaci&#xF3;n de los genes gliales y las neuronas se asocia con el envejecimiento. Mientras que nuestros datos indican que los cambios relacionados con la edad de corte y empalme se regulan de forma independiente de los cambios a nivel de la transcripci&#xF3;n-, estos dos mecanismos de regulaci&#xF3;n de expresi&#xF3;n de los genes afectados con funciones similares, incluyendo el metabolismo y la reparaci&#xF3;n del ADN. En conclusi&#xF3;n, los cambios de splicing alternativo identificados en este estudio proporcionan un nuevo v&#xED;nculo entre el envejecimiento y la neurodegeneraci&#xF3;n.

Article	Year
Toward the atomistic simulation of T cell epitopes automated construction of MHC: peptide structures for free energy calculations. Journal of molecular graphics & modelling\| PubMed ID: 17766153	2008
HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing. Nature\| PubMed ID: 18978773	2008
iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. Nature structural & molecular biology\| PubMed ID: 20601959	2010
iCLIP predicts the dual splicing effects of TIA-RNA interactions. PLoS biology\| PubMed ID: 21048981	2010
Characterizing the RNA targets and position-dependent splicing regulation by TDP-43. Nature neuroscience\| PubMed ID: 21358640	2011
Analysis of alternative splicing associated with aging and neurodegeneration in the human brain. Genome research\| PubMed ID: 21846794	2011

Melis Kayikci

Biography

JoVE Journal Publications

Other Publications