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Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

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Genome besitzen verschiedene Ebenen der nicht-Zuf&auml;lligkeit, insbesondere eine Inhomogenit&auml;t in ihrer Nukleotid-Zusammensetzung. Inhomogenit&auml;t ist Manifest aus dem Nahbereich wo benachbarte Nukleotide beeinflussen die Wahl der Basis in eine Website, die weitr&auml;umige, allgemein bekannt als Isochores, wo eine bestimmte base Komposition Millionen Nukleotide umfassen. Genomische Argumentationslinien, die bisher noch gr&uuml;ndlich gekl&auml;rt werden hat die Rolle RNA Sekund&auml;rstruktur (SS) in Genexpression.

Genomische Mittelklasse Inhomogenit&auml;t korreliert mit einer F&uuml;lle von RNA-Sekund&auml;rstrukturen.

Genomi possiedono diversi livelli di non-casualit&agrave;, in particolare, una disomogeneit&agrave; nella loro composizione nucleotidica. Disomogeneit&agrave; &egrave; manifesto dal corto raggio dove nucleotidi vicini influenzano la scelta della base di un sito, a lungo raggio, comunemente noto come isochores, dove una particolare composizione base pu&ograve; estendersi milioni di nucleotidi. Una questione separata genomica che deve ancora essere completamente chiarito &egrave; il ruolo che la struttura secondaria del RNA (SS) gioca nell&#39;espressione genica.

Disomogeneit&agrave; di medio livello genomico correla con un&#39;abbondanza di strutture secondarie del RNA.

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x62E5;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x975E;-&#x968F;&#x673A;&#x6027;&#xFF0C;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#xFF0C;&#x5728;&#x5B83;&#x4EEC;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x4E0D;&#x5747;&#x5300;&#x6027;&#x3002;&#x4E0D;&#x5747;&#x5300;&#x6027;&#x662F;&#x57FA;&#x5730;&#x7684;&#x4ECE;&#x77ED;&#x8DDD;&#x79BB;&#x6E05;&#x5355;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x76F8;&#x90BB;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5F71;&#x54CD;&#x7F51;&#x7AD9;&#xFF0C;&#x5230;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#xFF0C;&#x901A;&#x5E38;&#x88AB;&#x79F0;&#x4E3A; isochores&#xFF0C;&#x9009;&#x62E9;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x78B1;&#x57FA;&#x7EC4;&#x6210;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8DE8;&#x8D8A;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x4E07;&#x8BA1;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x3002;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5355;&#x72EC;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x95EE;&#x9898;&#xFF0C;&#x5C1A;&#x672A;&#x5F7B;&#x5E95;&#x9610;&#x660E;&#x662F; RNA &#x4E8C;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784; (SS) &#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

&#x4E0E;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684; RNA &#x4E8C;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x5173;&#x8054;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x6863;&#x4E0D;&#x5747;&#x5300;&#x6027;&#x3002;

Genomes possess different levels of non-randomness, in particular, an inhomogeneity in their nucleotide composition. Inhomogeneity is manifest from the short-range where neighboring nucleotides influence the choice of base at a site, to the long-range, commonly known as isochores, where a particular base composition can span millions of nucleotides. A separate genomic issue that has yet to be thoroughly elucidated is the role that RNA secondary structure (SS) plays in gene expression.

Genomic mid-range inhomogeneity correlates with an abundance of RNA secondary structures.

G&#xE9;nomes poss&#xE8;dent diff&#xE9;rents niveaux de non-al&#xE9;atoire, en particulier, une inhomog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; dans leur composition nucl&#xE9;otidique. L&#x26;#39;inhomog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; est manifeste de la courte port&#xE9;e, o&#xF9; les nucl&#xE9;otides voisins influencer le choix de la base sur un site, &#xE0; la longue distance, commun&#xE9;ment connu sous le nom isochores, o&#xF9; une composition de base notamment peuvent s&#x26;#39;&#xE9;tendre sur des millions de nucl&#xE9;otides. Une question distincte g&#xE9;nomique qui n&#x26;#39;a pas encore &#xEA;tre compl&#xE8;tement &#xE9;lucid&#xE9; est le r&#xF4;le que l&#x26;#39;ARN de structure secondaire (SS) joue dans l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes.

G&#xE9;nomique de milieu de gamme inhomog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; en corr&#xE9;lation avec une abondance de structures secondaires d&#x26;#39;ARN

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x7D44;&#x6210;&#x306E;&#x4E0D;&#x5747;&#x8CEA;&#x975E;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30E0;&#x6027;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x96A3;&#x63A5;&#x3059;&#x308B;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x7D44;&#x6210;&#x306F;&#x3001;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x6570;&#x767E;&#x4E07;&#x306B;&#x307E;&#x305F;&#x304C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;isochores&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x306B;&#x3001;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x306E;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x77ED;&#x8DDD;&#x96E2;&#x304B;&#x3089;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x5FB9;&#x5E95;&#x7684;&#x306B;&#x89E3;&#x660E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x307E;&#x3060;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x200B;&#x200B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x4E0A;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x306F;&#x3001;RNA&#x4E8C;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#xFF08;SS&#xFF09;&#x304C;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x5F79;&#x5272;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30DF;&#x30C3;&#x30C9;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B8;&#x306E;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x306F;&#x3001;RNA&#x4E8C;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x8C4A;&#x304B;&#x3055;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;

&#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCF4;&#xC720; &#xBE44;-&#xC784;&#xC758;&#xC131;, &#xD2B9;&#xD788;, &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xCEF4;&#xD3EC;&#xC9C0;&#xC158;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC774;&#xC9C8;&#xC131;&#xC758; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC218;&#xC900;. &#xC774;&#xC9C8;&#xC131; &#xB9E4;&#xB2C8;&#xD398;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xADFC;&#xAC70;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xC6C3; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; isochores, &#xB77C;&#xACE0; &#xD558; &#xAE34;-&#xBC94;&#xC704;, &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC790;&#xB8CC;&#xC758; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC5B4;&#xB514; &#xC5B4;&#xB514; &#xD2B9;&#xC815; &#xAE30;&#xBCF8; &#xAD6C;&#xC131; &#xC788;&#xC744; &#xC218;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC758; &#xC218;&#xBC31;&#xB9CC;. &#xBCC4;&#xB3C4; &#xAC8C;&#xB188; &#xBB38;&#xC81C;&#xB294; &#xC544;&#xC9C1; &#xCCA0;&#xC800; &#xD558; &#xAC8C; &#xD574;&#xBA85; &#xD558;&#xB294; RNA &#xC774;&#xCC28; &#xAD6C;&#xC870; (SS) &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xC5ED;&#xD560;.

&#xAC8C;&#xB188; &#xC911;&#xAE09;&#xD615; &#xC774;&#xC9C8;&#xC131; RNA &#xC774;&#xCC28; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xD48D;&#xC694;&#xC640; &#xC5F0;&#xAD00; &#xC2DC;&#xD0B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Genomas poseen diferentes niveles de no-aleatoriedad, en particular, una falta de homogeneidad en su composici&#xF3;n de nucle&#xF3;tidos. Falta de homogeneidad se manifiesta en el corto plazo, donde los nucle&#xF3;tidos vecinos influir en la elecci&#xF3;n de la base en un sitio, a la larga distancia, conocida com&#xFA;nmente como isocoras, en particular, una composici&#xF3;n de base pueden abarcar a millones de nucle&#xF3;tidos. Una cuesti&#xF3;n gen&#xF3;mica independiente que todav&#xED;a tiene que estar completamente dilucidado es el papel que la estructura secundaria del ARN (SS) juega en la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica.

Gen&#xF3;mica de gama media No homogeneidad se correlaciona con una gran riqueza de estructuras secundarias del ARN

&#x7528;&#x5185;&#x90E8;&#x5730;&#x533A;&#x4E00;&#x4E9B;&#x7A81;&#x53D8;&#x53D1;&#x751F;&#x5185;&#x62FC;&#x63A5;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x5242;&#x548C;&#x6D88;&#x97F3;&#x5668;&#xFF0C;&#x5F71;&#x54CD;&#x76F8;&#x5E94;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x526A;&#x63A5;&#x7684;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x4E86;&#x89E3;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5E8F;&#x5217;&#x66F4;&#x6539;&#x5982;&#x4F55;&#x5F71;&#x54CD;&#x62FC;&#x63A5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x521B;&#x5EFA;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;

&#x66FF;&#x4EE3; Splicing &#x7A81;&#x53D8;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#xFF1A; &#x526A;&#x63A5;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x8C03;&#x67E5;&#x7684;&#x67A2;&#x7EBD;&#x3002;

Some mutations in the internal regions of exons occur within splicing enhancers and silencers, influencing the pattern of alternative splicing in the corresponding genes. To understand how these sequence changes affect splicing, we created a database of these mutations.

The Alternative Splicing Mutation Database: a hub for investigations of alternative splicing using mutational evidence.

Certaines mutations dans les r&#xE9;gions internes de se produire dans les exons exhausteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage et silencieux, en influen&#xE7;ant le mod&#xE8;le de l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif dans les g&#xE8;nes correspondants. Pour comprendre comment ces changements affectent la s&#xE9;quence d&#x26;#39;&#xE9;pissage, nous avons cr&#xE9;&#xE9; une base de donn&#xE9;es de ces mutations.

La base de donn&#xE9;es &#xE9;pissage alternatif de mutation: un hub pour les enqu&#xEA;tes de l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif &#xE0; l&#x26;#39;aide preuve mutationnelle

Einige Mutationen in den inneren Regionen des Exons treten innerhalb Splei&szlig;en, Geschmacksverst&auml;rker und Schalld&auml;mpfer, das Muster der alternatives Splei&szlig;en in die entsprechenden Gene beeinflussen. Um zu verstehen wie diese Sequenz &Auml;nderungen betreffen Splei&szlig;en, haben wir eine Datenbank mit diesen Mutationen.

Die Alternative Zusammenschnitte Mutation Database: Dreh-und Angelpunkt f&uuml;r Untersuchungen der Alternative Splei&szlig;en mit mutagenen Beweis.

Alcune mutazioni nelle regioni interne di esoni si verificano all&#39;interno di splicing enhancers e silenziatori, influenzando il pattern di splicing alternativo dei geni corrispondenti. Per capire come questi cambiamenti di sequenza possono influenzare lo splicing, abbiamo creato un database di queste mutazioni.

Il Database di mutazione di impionbatura alternativa: un hub per le indagini di alternative splicing mediante prove mutazionale.

&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x5185;&#x90E8;&#x9818;&#x57DF;&#x5185;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x3001;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x3084;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x5185;&#x3067;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x304B;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#xFF1A;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30CF;&#x30D6;

Exons&#xC758; &#xB0B4;&#xBD80; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC811;&#xD569; &#xAC15;&#xD654; &#xBC0F; &#xB2EC; &#xC558; &#xC8E0;, &#xD574;&#xB2F9; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569;&#xC758; &#xD328;&#xD134;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC21C;&#xC11C;&#xB294; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC811;&#xD569; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC54C;&#xC544;&#xC57C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xB97C; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB300;&#xCCB4; Splicing &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;: mutational &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC811;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xB300;&#xC548;&#xC758; &#xC870;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD5C8;&#xBE0C;.

Algunas mutaciones en las regiones internas de los exones se producen dentro de los potenciadores de empalme y silenciadores, influyendo en el patr&#xF3;n de corte y empalme alternativo en los genes correspondientes. Para comprender c&#xF3;mo estos cambios afectan a la secuencia de empalme, hemos creado una base de datos de estas mutaciones.

El splicing alternativo de base de datos de mutaci&#xF3;n: un centro de investigaciones de splicing alternativo usando evidencia mutacional

La base de datos de empalme mutaci&#xF3;n Alternativa (ASMD) presenta una colecci&#xF3;n de todas las mutaciones conocidas dentro de los exones humanos que afectan a los potenciadores y silenciadores de empalme y causar cambios en el patr&#xF3;n de splicing alternativo de los genes correspondientes.

C&#xE1;lculo del potencial de empalme de la base de datos de empalme mutaci&#xF3;n Alternativa

&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x7A81;&#x53D8;&#x6570;&#x636E;&#x5E93; (ASMD) &#x4ECB;&#x7ECD;&#x4E86;&#x5F71;&#x54CD;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x5242;&#x548C;&#x6D88;&#x97F3;&#x5668;&#x5E76;&#x5BFC;&#x81F4;&#x76F8;&#x5E94;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x56FE;&#x6848;&#x4E2D;&#x53D1;&#x751F;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7528;&#x5185;&#x6240;&#x6709;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x96C6;&#x5408;&#x3002;

&#x62FC;&#x63A5;&#x6F5C;&#x529B;&#x4ECE;&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x7A81;&#x53D8;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x8BA1;&#x7B97;&#x3002;

The Alternative Splicing Mutation Database (ASMD) presents a collection of all known mutations inside human exons which affect splicing enhancers and silencers and cause changes in the alternative splicing pattern of the corresponding genes.

Calculation of splicing potential from the Alternative Splicing Mutation Database.

La base de donn&#xE9;es &#xE9;pissage alternatif Mutation (ASMD) pr&#xE9;sente une collection de toutes les mutations connues &#xE0; l&#x26;#39;int&#xE9;rieur exons humains qui affectent exhausteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage et silencieux et provoquer des changements dans la structure &#xE9;pissage alternatif des g&#xE8;nes correspondants.

Calcul du potentiel &#xE9;pissure de la base de donn&#xE9;es mutation d&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif

Das Alternative Splei&szlig;en Mutation Database (ASMD) pr&auml;sentiert eine Sammlung von alle bekannten Mutationen in menschlichen Exons beeinflussen Splei&szlig;en Geschmacksverst&auml;rker und Schalld&auml;mpfer und &Auml;nderungen in das alternative Splei&szlig;en Muster der entsprechenden Gene verursachen.

Berechnung der Splei&szlig;en Potenzial aus der Alternative Splei&szlig;en Mutation-Datenbank.

Le Alternative Splicing Mutation Database (ASMD) presenta una raccolta di tutte le mutazioni conosciute all&#39;interno umani esoni che interessano splicing enhancers e silenziatori e causano cambiamenti nel modello di splicing alternativo dei geni corrispondenti.

Calcolo del potenziale da Alternative Splicing Mutation Database di splicing.

&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#xFF08;ASMD&#xFF09;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x3084;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5185;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x30B3;&#x30EC;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30DD;&#x30C6;&#x30F3;&#x30B7;&#x30E3;&#x30EB;&#x306E;&#x8A08;&#x7B97;

&#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; (ASMD) &#xC811;&#xD569; &#xAC15;&#xD654; &#xBC0F; &#xB2EC; &#xC558; &#xC8E0;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; &#xD574;&#xB2F9; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569; &#xD328;&#xD134;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC77C;&#xC73C;&#xD0AC; &#xD558;&#xB294; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; exons &#xB0B4;&#xBD80;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xBAA8;&#xC74C;&#xC744; &#xC120;&#xBB3C; &#xD55C;&#xB2E4;.

&#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xB300;&#xC548; &#xC811;&#xD569; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC811;&#xD569;&#xC758; &#xACC4;&#xC0B0;.

&#x5927;&#x91CF;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x6269;&#x5C55;&#x4ECE; 30 &#x5230;&#x6570;&#x5343;&#x4E2A;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x4E2D;&#x6863;&#x4E0D;&#x5747;&#x5300;&#x6027;&#x6216; MRI&#x3002;&#x6700;&#x8457;&#x540D;&#x7684;&#x78C1;&#x5171;&#x632F;&#x6210;&#x50CF;&#x8868;&#x73B0;&#x662F; CpG &#x5C9B;&#x4EE3;&#x8868; CG &#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x5730;&#x533A;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x5C55;&#x793A;&#x4E86; MRI &#x53EF;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x4EC5;&#x5BF9; G + C &#x542B;&#x91CF;&#x4F46;&#x4E5F;&#x4E3A;&#x6240;&#x6709;&#x5176;&#x4ED6;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7F16;&#x7EC4; (&#x5982; A + G &#x548C; G + T) &#x5BF9;&#x4E2A;&#x522B;&#x57FA;&#x5730;&#x3002;4-20 &#x500D;&#x4E30;&#x5BCC;&#x76F8;&#x6BD4;&#x5176;&#x968F;&#x673A;&#x6A21;&#x578B;&#x4E2D;&#x51FA;&#x73B0;&#x7684;&#x6B21;&#x6570;&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x5404;&#x79CD;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x78C1;&#x5171;&#x632F;&#x6210;&#x50CF;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E0D;&#x5747;&#x5300;&#x6027;&#x5728;&#x4E2D;&#x6863;&#x5C3A;&#x5EA6;&#x7684;&#x6F14;&#x53D8;&#x3002;

Mid-range inhomogeneity or MRI is the significant enrichment of particular nucleotides in genomic sequences extending from 30 up to several thousands of nucleotides. The best-known manifestation of MRI is CpG islands representing CG-rich regions. Recently it was demonstrated that MRI could be observed not only for G+C content but also for all other nucleotide pairings (e.g. A+G and G+T) as well as for individual bases. Various types of MRI regions are 4-20 times enriched in mammalian genomes compared to their occurrences in random models.

Evolution of genomic sequence inhomogeneity at mid-range scales.

Mid-range inhomog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; ou IRM est l&#x26;#39;enrichissement significatif de nucl&#xE9;otides particuliers dans les s&#xE9;quences g&#xE9;nomiques s&#x26;#39;&#xE9;tendant de 30 &#xE0; plusieurs milliers de nucl&#xE9;otides. La manifestation la plus connue de l&#x26;#39;IRM est &#xEE;lots CpG repr&#xE9;sentant des r&#xE9;gions riches en CG. R&#xE9;cemment, il a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;montr&#xE9; que l&#x26;#39;IRM a pu &#xEA;tre observ&#xE9;e non seulement pour contenu G + C, mais aussi pour toutes les paires de nucl&#xE9;otides d&#x26;#39;autres (par exemple A + G et G + T) ainsi que pour les bases individuelles. Diff&#xE9;rents types de r&#xE9;gions sont IRM 4-20 fois enrichis dans les g&#xE9;nomes de mammif&#xE8;res par rapport &#xE0; leurs occurrences dans les mod&#xE8;les al&#xE9;atoires.

Evolution de l&#x26;#39;h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; de la s&#xE9;quence g&#xE9;nomique &#xE0; mi-course Balances

Mid-Range-Inhomogenit&auml;t oder MRT ist die erhebliche Anreicherung von bestimmten Nukleotide in genomic Reihenfolgen, die Verl&auml;ngerung von 30 bis zu mehreren tausend Nukleotide. Die bekannteste Manifestation der MRI ist CpG Inseln, CG-reiche Regionen darstellt. Vor kurzem wurde nachgewiesen, da&szlig; die MRI nicht nur f&uuml;r G + C-Gehalt, sondern auch f&uuml;r alle anderen Nukleotid-Paarungen (z.B. A + G und G + T) sowie f&uuml;r einzelne Basen beobachtet werden kann. Verschiedene Arten von MRI-Regionen sind 4 - 20 Mal in S&auml;ugetier-Genome im Vergleich zu ihrem Vorkommen in zuf&auml;lligen Modellen bereichert.

Entwicklung der genomischen Sequenz Inhomogenit&auml;t auf Mid-Range-Skalen.

Disomogeneit&agrave; di fascia media o MRI &egrave; il significativo arricchimento di particolare nucleotidi in sequenze genomiche che si estende da 30 fino a diverse migliaia di nucleotidi. La manifestazione pi&ugrave; conosciuta di MRI &egrave; isole CpG che rappresentano regioni ricche di CG. Recentemente &egrave; stato dimostrato che MRI potrebbe essere osservato non solo per il contenuto di G + C ma anche per tutte le altre associazioni di nucleotide (ad esempio A + G e G + T) nonch&eacute; per le singole basi. Vari tipi di regioni di MRI sono arricchiti da 4 - 20 volte nei genomi dei mammiferi rispetto ai loro occorrenze nei modelli casuali.

Evoluzione della disomogeneit&agrave; della sequenza genomica a scale di fascia media.

&#x30DF;&#x30C3;&#x30C9;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B8;&#x306E;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x6027;&#x3084;MRI&#x306F;&#x3001;30&#x307E;&#x3067;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x6570;&#x5343;&#x306B;&#x53CA;&#x3076;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x5185;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x8457;&#x3057;&#x3044;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3067;&#x3059;&#x3002; MRI&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x3088;&#x304F;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x75C7;&#x72B6;&#x306F;&#x3001;CG-&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x8868;&#x3059;CpG&#x30A2;&#x30A4;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C9;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x3067;&#x306F;MRI&#x306F;&#x3001;G + C&#x542B;&#x91CF;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3067;&#x306F;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x30DA;&#x30A2;&#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;A + G&#x3068;G + T&#xFF09;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x62E0;&#x70B9;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; MRI&#x5730;&#x57DF;&#x306E;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x7A2E;&#x985E;&#x304C;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30E0;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x5BCC;&#x3093;&#x3060;4&#x6708;20&#x65E5;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x30DF;&#x30C3;&#x30C9;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B8;&#x306E;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x6027;&#x306E;&#x9032;&#x5316;

&#xBBF8;&#xB4DC; &#xB808;&#xC778;&#xC9C0; &#xC774;&#xC9C8;&#xC131; &#xB610;&#xB294; MRI 30 &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; ~ &#xD655;&#xC7A5; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD2B9;&#xC815; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB18D;&#xCD95;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. MRI&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC798; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xBC1C;&#xD604; CpG &#xC12C; &#xB300;&#xD45C; CG &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC774;&#xB2E4;. &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; G + C &#xD568;&#xB7C9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB610;&#xD55C; &#xB2E4;&#xB978; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC30D; (&#xC608;: A + G&#xC640; G + T) &#xBB3C;&#xB860; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xAE30;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; MRI&#xB97C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD588;&#xB2E4;. MRI &#xC601;&#xC5ED;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC885;&#xB958;&#xB294; 4-20 &#xBC88; &#xC784;&#xC758;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0AC;&#xAC74;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xB18D;&#xCD95;.

&#xC911;&#xAE09; &#xC800;&#xC6B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC774;&#xC9C8;&#xC131;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Falta de homogeneidad de gama media o una resonancia magn&#xE9;tica es el importante enriquecimiento de los nucle&#xF3;tidos en particular en las secuencias gen&#xF3;micas que se extiende desde 30 hasta varios miles de nucle&#xF3;tidos. La manifestaci&#xF3;n m&#xE1;s conocida de la RM es que representan a las islas CpG regiones ricas en CG. Recientemente se ha demostrado que la RM se pudo observar, no s&#xF3;lo para contenido de G + C, pero tambi&#xE9;n para todos los otros apareamientos de nucle&#xF3;tidos (por ejemplo, A + G y G + T), as&#xED; como para las bases individuales. Varios tipos de regiones de MRI son 4-20 veces enriquecidos en los genomas de mam&#xED;feros en comparaci&#xF3;n con sus ocurrencias en modelos aleatorios.

Article	Year
Genomic mid-range inhomogeneity correlates with an abundance of RNA secondary structures. BMC genomics\| PubMed ID: 18549495	2008
The Alternative Splicing Mutation Database: a hub for investigations of alternative splicing using mutational evidence. BMC research notes\| PubMed ID: 18611286	2008
Calculation of splicing potential from the Alternative Splicing Mutation Database. BMC research notes\| PubMed ID: 18611287	2008
Evolution of genomic sequence inhomogeneity at mid-range scales. BMC genomics\| PubMed ID: 19891785	2009

Jason Bechtel

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