ampliphox-colorimetric-detection-on-a-dna-microarray-for-influenza

ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5  For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus ...

InDevR Inc.

&#x4E00;&#x90E8;&#x306E;&#x5E02;&#x8CA9;&#x8A3A;&#x65AD;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x5E0C;&#x5C11;&#x6027;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x3066; 1 &#x3064;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x306F;&#x3001;&#x86CD;&#x5149;&#x691C;&#x51FA;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x8CBB;&#x7528;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x300C;&#x5185;&#x8535;&#x300D;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5897;&#x5E45;&#x624B;&#x6CD5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5149;&#x91CD;&#x5408;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x6BD4;&#x8272;&#x6CD5;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8A3C;&#x660E;&#x306E;&#x539F;&#x7406;&#x691C;&#x8A3C;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3092;&#x8A73;&#x3057;&#x304F;&#x8A18;&#x9332;&#x3057;&#x3066;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x30C7;&#x30E2;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x521D;&#x3081;&#x3066;&#x81E8;&#x5E8A;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x5358;&#x7D14;&#x306A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x304C;&#x7D9A;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x5229;&#x70B9;&#x306F;&#x3001;&#x6025;&#x901F;&#x306A;&#x542B;&#x3081;&#x308B; (&lt; 5 &#x5206;) &#x4FE1;&#x53F7;&#x306E;&#x5897;&#x5E45; (&#x7D04; 105) DNA &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3001;&#x4F4E;&#x8A66;&#x85AC;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x5468;&#x56F2;&#x6761;&#x4EF6;&#x3067; (&lt; &#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3042;&#x305F;&#x308A; 1 &#x30C9;&#x30EB;&#xFF09;&#x3001;&#x8996;&#x899A;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5B89;&#x4FA1;&#x306A;&#x691C;&#x51FA;&#x3068;&#x4FE1;&#x53F7;&#x4FDD;&#x5B58;&#x5468;&#x56F2;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 2 &#x5E74;&#x9593;&#x3002;

&#x4F4E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x9769;&#x65B0;&#x7684;&#x306A;&#x691C;&#x51FA;&#x6CD5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5149;&#x91CD;&#x5408;&#x3002;

&#x7A00;&#x5C11;&#x7684;&#x5546;&#x4E1A;&#x4E0A;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x8BCA;&#x65AD;&#x82AF;&#x7247;&#x90E8;&#x5206;&#x5360;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x9650;&#x5236;&#x662F;&#x8367;&#x5149;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x8D39;&#x7528;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E00;&#x79CD;&#x57FA;&#x4E8E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x79CD;&quot;&#x82AF;&#x7247;&quot;&#x4FE1;&#x53F7;&#x653E;&#x5927;&#x6280;&#x672F;&#x805A;&#x5408;&#x7684;&#x6BD4;&#x8272;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x539F;&#x7406;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x660E;&#x662F;&#x8DDF;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x4E0E;&#x4E34;&#x5E8A;&#x6837;&#x54C1;&#x5C55;&#x793A;&#x6280;&#x672F;&#x7B80;&#x5355;&#x6D41;&#x611F;&#x82AF;&#x7247;&#x7684;&#x4F7F;&#x7528;&#x548C;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B0;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x4F18;&#x70B9;&#x5305;&#x62EC;&#x5FEB;&#x901F; &#xFF08;&lt; 5 &#x5206;&#x949F;) &#x4FE1;&#x53F7;&#x653E;&#x5927;&#x5668; (&#x5927;&#x7EA6; 105) &#x73AF;&#x5883;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x7684; DNA &#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x82AF;&#x7247;&#xFF0C;&#x4F4E;&#x8BD5;&#x5242;&#x6210;&#x672C; &#xFF08;&lt; &#x6D4B;&#x5B9A;&#x6BCF; 1 &#x7F8E;&#x5143;&#xFF09;&#xFF0C;&#x89C6;&#x89C9;&#x6216;&#x5EC9;&#x4EF7;&#x7684;&#x68C0;&#x6D4B;&#x548C;&#x4FE1;&#x53F7;&#x4FDD;&#x5B58;&#x73AF;&#x5883;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x81F3;&#x5C11;&#x4E24;&#x5E74;&#x3002;

&#x5149;&#x805A;&#x5408;&#x4E3A;&#x4F4E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x82AF;&#x7247;&#x521B;&#x65B0;&#x68C0;&#x6D4B;&#x6280;&#x672F;&#x3002;

One limitation that accounts in part for the scarcity of commercially available diagnostic microarrays is the expense associated with fluorescence detection. Here we present a colorimetric method based on photopolymerization as an "on-chip" signal amplification technique. Proof of principle experiments are detailed and followed by the use of a simple influenza microarray to demonstrate the technique for the first time with clinical samples. The advantages of this new technique include rapid (<5 min) signal amplification ( approximately 105) in ambient conditions for both DNA and protein microarrays, low reagent cost (<$1 per assay), visual or inexpensive detection, and signal preservation for at least two years under ambient conditions.

Photopolymerization as an innovative detection technique for low-density microarrays.

Une des limitations qui explique en partie la raret&eacute; des microarrays diagnostiques disponibles dans le commerce sont la d&eacute;pense associ&eacute;e &agrave; la d&eacute;tection par fluorescence. Nous pr&eacute;sentons ici une m&eacute;thode colorim&eacute;trique issue de photopolym&eacute;risation comme une technique d&#39;amplification de signal de &laquo; on-chip &raquo;. Preuve d&#39;exp&eacute;riences de principe sont d&eacute;taill&eacute;es et suivi de l&#39;utilisation d&#39;une simple grippe &laquo; microarray &raquo; pour d&eacute;montrer la technique pour la premi&egrave;re fois avec des &eacute;chantillons cliniques. Les avantages de cette nouvelle technique sont rapides (&lt; 5 min) signal amplification (environ 105) dans des conditions ambiantes de micror&eacute;seaux d&#39;ADN et de prot&eacute;ines, r&eacute;actif faible co&ucirc;t (&lt; 1 $ par test), une d&eacute;tection visuelle ou peu co&ucirc;teuse et la pr&eacute;servation de signal pendant au moins deux ans dans des conditions ambiantes.

Photopolym&eacute;risation comme une technique de d&eacute;tection innovant pour les puces &agrave; faible densit&eacute;.

Eine Einschr&auml;nkung, die teilweise f&uuml;r die Seltenheit der handels&uuml;blichen diagnostische Microarrays ausmacht ist mit Fluoreszenzdetektion verbundenen Kosten. Hier pr&auml;sentieren wir eine kolorimetrische Methode basierend auf Photopolymerisation als eine &quot;on-Chip&quot; Signal-Verst&auml;rker-Technik. Nachweis der Grundsatz Experimente sind detaillierte und gefolgt durch die Verwendung von eine einfache Grippe-Microarray Technik zum ersten Mal mit klinischen Proben zu demonstrieren. Bietet die Vorteile dieser neuen Technik rapid (&lt; 5Min) signal-Verst&auml;rkung (ca. 105) unter Umgebungsbedingungen f&uuml;r DNA und Protein Microarrays, niedrige Reagenz Kosten (&lt;$ 1 pro Assay), visuelle oder billig-Erkennung und Signal-Aufbewahrung f&uuml;r mindestens zwei Jahre unter Umgebungsbedingungen.

Photopolymerisation als innovative Erkennung Technik f&uuml;r Low-Density-Microarrays.

Una limitazione che conti in parte per la scarsit&agrave; di microarray diagnostici disponibili in commercio &egrave; la spesa associata con rilevazione a fluorescenza. Qui vi presentiamo un Metodo colorimetrico basato sulla fotopolimerizzazione come una tecnica di amplificazione del segnale &quot;on-chip&quot;. Prova degli esperimenti di principio sono dettagliate e seguita dall&#39;uso di un semplice influenza microarray per dimostrare la tecnica per la prima volta con campioni clinici. I vantaggi di questa nuova tecnica comprendono rapida (&lt; 5 min) amplificazione (circa 105) del segnale in condizioni ambientali per i microarrays della proteina e DNA, reagente di basso costo (&lt;$ 1 per test), rilevamento visivo o poco costoso e la conservazione di segnale per almeno due anni in condizioni ambientali.

Fotopolimerizzazione come tecnica di rilevamento innovativi per microarray a bassa densit&agrave;.

&#xC0C1;&#xC5C5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC9C4;&#xB2E8; microarrays&#xC758; &#xBD80;&#xC871;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBD80;&#xBD84; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xD55C; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC81C;&#xD55C; &#xC0AC;&#xD56D;&#xC740; &#xD615;&#xAD11; &#xD0D0;&#xC9C0;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; &quot;&#xCE69;&quot; &#xC2E0;&#xD638; &#xC99D;&#xD3ED; &#xAE30;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; photopolymerization&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC0C9;&#xB3C4;&#xACC4; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC81C;&#xC2DC;. &#xC6D0;&#xB9AC; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC758; &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; &#xC0C1;&#xC138; &#xD558; &#xACE0; &#xC784;&#xC0C1; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC98;&#xC74C;&#xC73C;&#xB85C; &#xAE30;&#xBC95;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC8FC;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xAC04;&#xB2E8;&#xD55C; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; microarray&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E4;&#xC74C;. &#xC774; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xC7A5;&#xC810;&#xC740; &#xBE60;&#xB978; &#xD3EC;&#xD568; (&lt; 5 &#xBD84;) DNA&#xC640; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; microarrays, &#xB0AE;&#xC740; &#xC2DC; &#xC57D; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC8FC;&#xBCC0; &#xC870;&#xAC74; &#xD655;&#xB300; (&#xC57D; 105) &#xC2E0;&#xD638; (&lt; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xB2F9; $1), &#xC2DC;&#xAC01;&#xC801; &#xB610;&#xB294; &#xC800;&#xB834; &#xD558; &#xAC8C; &#xAC80;&#xCD9C; &#xBC0F; &#xC8FC;&#xC704; &#xC870;&#xAC74; &#xD558;&#xC5D0;&#xC11C; 2 &#xB144; &#xC774;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2E0;&#xD638; &#xBCF4;&#xC874;.

&#xC800;&#xBC00;&#xB3C4; microarrays &#xC704;&#xD55C; &#xD601;&#xC2E0;&#xC801;&#xC778; &#xAC80;&#xC0C9; &#xAE30;&#xC220;&#xB85C; Photopolymerization.

Una limitaci&oacute;n que explica en parte la escasez de microarrays diagn&oacute;stico disponibles comercialmente es el gasto asociado con la detecci&oacute;n de fluorescencia. Aqu&iacute; presentamos un m&eacute;todo colorim&eacute;trico basado en photopolymerization como una t&eacute;cnica de amplificaci&oacute;n de la se&ntilde;al de &quot;on-chip&quot;. Prueba de experimentos de principio son detallados y seguido por el uso de una simple gripe microarray para demostrar la t&eacute;cnica por primera vez con muestras cl&iacute;nicas. Las ventajas de esta nueva t&eacute;cnica incluyen r&aacute;pida (&lt; 5min) se&ntilde;al de amplificaci&oacute;n (aproximadamente 105) en condiciones ambientales de microarrays de ADN y la prote&iacute;na, reactivo bajo costo (&lt;$ 1 por test), detecci&oacute;n visual o de bajo costo y la preservaci&oacute;n de la se&ntilde;al durante al menos dos a&ntilde;os en condiciones ambientales.

Photopolymerization como una t&eacute;cnica de detecci&oacute;n innovadoras para microarrays de baja densidad.

&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x94FE;&#x7403;&#x83CC; (&#x5929;&#x7136;&#x6C14;) &#x548C;&#x94FE;&#x7403;&#x83CC;&#x505C;&#x4E9A;&#x79CD; equisimilis (SDSE)&#xFF0C;&#x5DF2;&#x77E5;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x54BD;&#x708E;&#x548C;&#x66F4;&#x591A;&#x521B;&#x5F62;&#x5F0F;&#x7684;&#x75BE;&#x75C5;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x94FE;&#x7403;&#x83CC;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x8BCA;&#x65AD;&#x8BD5;&#x5242;&#x3002;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5B9E;&#x65F6; pcr &#x52A0;&#x4E0A;&#x5185;&#x90E8;&#x63A7;&#x5236;&#x88AB;&#x4E3A;&#x4E86;&#x5E76;&#x884C;&#x6267;&#x884C;&#x3002;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x5229;&#x7528;&#x6C14;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x76EE;&#x6807;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x5229;&#x7528;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5316;&#x9A8C;&#x663E;&#x793A; 2 3 &#x6570;&#x91CF;&#x7EA7;&#x63D0;&#x9AD8;&#x5206;&#x6790;&#x7075;&#x654F;&#x5EA6;&#x65F6;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x5546;&#x4E1A;&#x4E0A;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x5FEB;&#x901F;&#x6297;&#x539F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x76F8;&#x6BD4;&#x6807;&#x51C6;&#x57F9;&#x517B; 96 &#x54BD;&#x62ED;&#x5B50;&#x8FDB;&#x884C;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x5B9E;&#x65F6; pcr &#x9020;&#x6210;&#x4E34;&#x5E8A;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x548C;&#x7279;&#x5F02;&#x6027; 91.7 &#x548C; 100%&#xFF0C;&#x5206;&#x522B;&#x3002;&#x968F;&#x7740;&#x5B9E;&#x65F6;&#x8367;&#x5149;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#x7684;&#x8D44;&#x672C;&#x8BBE;&#x5907;&#x8D39;&#x7528;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5728;&#x8F83;&#x5C0F;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x671B;&#x800C;&#x5374;&#x6B65;&#xFF0C;&#x5B9E;&#x65F6; pcr &#x88AB;&#x8F6C;&#x6362;&#x4E3A;&#x4F4E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x82AF;&#x7247;&#x683C;&#x5F0F;&#x800C;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x4E0E;&#x5EC9;&#x4EF7;&#x57FA;&#x4E8E;&#x805A;&#x5408;&#x7684;&#x975E;&#x9176;&#x4FE1;&#x53F7;&#x653E;&#x5927; (&#x4ECE;&#x4E2D;) &#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;S.pyogenes &#x6210;&#x529F;&#x5728;&#x5C11;&#x4E8E; 4 h &#x4ECE;&#x901A;&#x8FC7;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x6837;&#x54C1;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684;&#x4F4E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x82AF;&#x7247;&#x4E0A;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x3002;

&#x94FE;&#x7403;&#x83CC;&#x548C;&#x94FE;&#x7403;&#x83CC;&#x505C;&#x4E9A;&#x79CD; equisimilis &#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;

We developed molecular diagnostic assays for the detection of Streptococcus pyogenes (GAS) and Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (SDSE), two streptococcal pathogens known to cause both pharyngitis and more invasive forms of disease in humans. Two real-time PCR assays coupled with an internal control were designed to be performed in parallel. One assay utilizes a gene target specific to GAS, and the other utilizes a gene target common to the two species. Both assays showed 2-3 orders of magnitude improved analytical sensitivity when compared to a commercially available rapid antigen test. In addition, when compared to standard culture in an analysis of 96 throat swabs, the real-time PCR assays resulted in clinical sensitivity and specificity of 91.7 and 100%, respectively. As capital equipment costs for real-time PCR can be prohibitive in smaller laboratories, the real-time PCR assays were converted to a low-density microarray format designed to function with an inexpensive photopolymerization-based non-enzymatic signal amplification (NESA) method. S. pyogenes was successfully detected on the low-density microarray in less than 4 h from sample extraction through detection.

Molecular detection of Streptococcus pyogenes and Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis.

Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; tests de diagnostic mol&#xE9;culaire pour la d&#xE9;tection de Streptococcus pyogenes (SGA) et Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (SDSE), deux agents pathog&#xE8;nes connus pour provoquer des streptocoques &#xE0; la fois la pharyngite et des formes plus envahissantes de la maladie chez les humains. Deux temps r&#xE9;el PCR coupl&#xE9;e &#xE0; un contr&#xF4;le interne ont &#xE9;t&#xE9; con&#xE7;ues pour &#xEA;tre effectu&#xE9;es en parall&#xE8;le. Un test utilise un g&#xE8;ne cible sp&#xE9;cifique &#xE0; GAZ, et l&#x26;#39;autre utilise un g&#xE8;ne cible commune aux deux esp&#xE8;ces. Les deux essais ont montr&#xE9; 2-3 ordres de grandeur la sensibilit&#xE9; analytique am&#xE9;lior&#xE9;e par rapport &#xE0; un test de d&#xE9;tection rapide des antig&#xE8;nes disponibles dans le commerce. En outre, par rapport &#xE0; la culture standard dans une analyse de 96 pr&#xE9;l&#xE8;vements de gorge, les tests PCR en temps r&#xE9;el conduit &#xE0; la sensibilit&#xE9; et la sp&#xE9;cificit&#xE9; cliniques de 91,7 et 100%, respectivement. Comme les co&#xFB;ts d&#x26;#39;&#xE9;quipement pour PCR en temps r&#xE9;el peut &#xEA;tre prohibitif dans les petits laboratoires, les tests PCR en temps r&#xE9;el ont &#xE9;t&#xE9; convertis &#xE0; un format de micror&#xE9;seau &#xE0; faible densit&#xE9; con&#xE7;u pour fonctionner avec un peu co&#xFB;teux &#xE0; base de photopolym&#xE9;risation d&#x26;#39;amplification de signal non-enzymatique (NESA) m&#xE9;thode. S. pyogenes a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9; avec succ&#xE8;s sur la puce &#xE0; faible densit&#xE9; en moins de 4 h &#xE0; partir de pr&#xE9;l&#xE8;vement de l&#x26;#39;&#xE9;chantillon gr&#xE2;ce &#xE0; la d&#xE9;tection.

D&#xE9;tection mol&#xE9;culaire de Streptococcus pyogenes et Streptococcus dysgalactiae subsp. Equisimilis

Wir entwickelten die Molekulare Diagnostik-Assays f&uuml;r den Nachweis von Streptococcus Pyogenes (GAS) und Streptococcus Dysgalactiae subsp. Equisimilis (SDSE), zwei Streptokokken Krankheitserreger, die bekannterma&szlig;en Pharyngitis und weitere invasiven Formen der Krankheit beim Menschen hervorrufen. Zwei Echtzeit-PCR-Assays gepaart mit einen internen wurden entwickelt, um parallel durchgef&uuml;hrt werden. Ein Assay nutzt ein Gen Ziel spezifisch f&uuml;r GAS, und die andere nutzt ein Gen-Ziel, die beiden Arten gemeinsam. Beide Proben, 2-3 Gr&ouml;&szlig;enordnungen verbessert analytische Sensitivit&auml;t im Vergleich zu einem handels&uuml;blichen schnelle Antigentest zeigte. Au&szlig;erdem Proben im Vergleich zu standard Kultur in einer Analyse der 96 Kehle Tupfer der Echtzeit-PCR f&uuml;hrte klinische Sensitivit&auml;t und Spezifit&auml;t 91,7 und 100 %, beziehungsweise. Wie Investitionsg&uuml;ter Kosten f&uuml;r Echtzeit-PCR in kleineren Laboren unerschwinglich sein k&ouml;nnen, wurden die Echtzeit-PCR-Assays ein niedriger Dichte Microarray-Format entwickelt, um mit einer preiswerten Photopolymerisation basierende nicht-enzymatische Signal Verst&auml;rkung (NESA) Methode Funktion umgewandelt. S. Pyogenes wurde erfolgreich auf die Low-Density Microarray in weniger als 4 h von Beispiel Extraktion durch Erkennung erkannt.

Molekulare Erkennung von Streptococcus Pyogenes und Streptococcus Dysgalactiae subsp. Equisimilis.

Abbiamo sviluppato i dosaggi di diagnostiche molecolare per il rilevamento di Streptococcus pyogenes (GAS) e Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (SDSE), due agenti patogeni streptococco noti per causare sia faringite e forme pi&ugrave; invasive della malattia negli esseri umani. Due saggi PCR in tempo reale accoppiati con un controllo interno sono stati progettati per essere eseguiti in parallelo. Un test utilizza un obiettivo gene specifico di GAS, e l&#39;altro utilizza un obiettivo gene comune alle due specie. Entrambe le analisi hanno mostrato sensibilit&agrave; analitica 2-3 ordini di grandezza migliorati rispetto ad un test dell&#39;antigene rapido disponibile in commercio. Inoltre, rispetto alla cultura standard in un&#39;analisi di 96 faringei, Real-Time PCR assays ha portato in clinica sensibilit&agrave; e specificit&agrave; del 91,7 e 100%, rispettivamente. Come i costi di beni strumentali per la PCR in tempo reale possono essere proibitivi in piccoli laboratori, analisi della PCR in tempo reale sono state convertite in un formato microarray a bassa densit&agrave; progettato per funzionare con un economico basata sulla fotopolimerizzazione non-segnale amplificazione (NESA) Metodo enzimatico. S. pyogenes &egrave; stata rilevata con successo sui microarray a bassa densit&agrave; in meno di 4 ore dall&#39;estrazione del campione attraverso il rilevamento.

Rilevazione molecolare di Streptococcus pyogenes e Streptococcus dysgalactiae sottospecie equisimilis.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x5316;&#x81BF;&#x9023;&#x9396;&#x7403;&#x83CC;&#xFF08;GAS&#xFF09;&#x3068;Streptococcus dysgalactiae&#x4E9C;&#x7A2E;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x8A3A;&#x65AD;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; equisimilis&#xFF08;SDSE&#xFF09;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x54BD;&#x982D;&#x708E;&#x3068;&#x3088;&#x308A;&#x4FB5;&#x8972;&#x7684;&#x306A;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;2&#x3064;&#x306E;&#x9023;&#x9396;&#x7403;&#x83CC;&#x306E;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x3002;&#x5185;&#x90E8;&#x7D71;&#x5236;&#x3068;&#x7D50;&#x5408;&#x3055;&#x308C;&#x305F;2&#x3064;&#x306E;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;PCR&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x4E26;&#x5217;&#x306B;&#x5B9F;&#x884C;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 1&#x3064;&#x306E;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3067;&#x306F;&#x3001;GAS&#x306B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;2&#x3064;&#x306E;&#x7A2E;&#x306B;&#x5171;&#x901A;&#x3059;&#x308B;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;&#x5E02;&#x8CA9;&#x306E;&#x8FC5;&#x901F;&#x6297;&#x539F;&#x691C;&#x67FB;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x5927;&#x304D;&#x3055;&#x306E;2-3&#x6CE8;&#x6587;&#x304C;&#x5206;&#x6790;&#x611F;&#x5EA6;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;96&#x54BD;&#x982D;&#x30B9;&#x30EF;&#x30D6;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x6A19;&#x6E96;&#x7684;&#x306A;&#x57F9;&#x990A;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;PCR&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x3001;91.7&#x304A;&#x3088;&#x3073;100&#xFF05;&#x306E;&#x81E8;&#x5E8A;&#x7684;&#x611F;&#x5EA6;&#x3068;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;PCR&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8CC7;&#x672C;&#x8A2D;&#x5099;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x304C;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044;&#x5B9F;&#x9A13;&#x5BA4;&#x3067;&#x7981;&#x6B62;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x30EA;&#x30A2;&#x30EB;&#x30BF;&#x30A4;&#x30E0;PCR&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;&#x5B89;&#x4FA1;&#x306A;&#x5149;&#x91CD;&#x5408;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x975E;&#x9175;&#x7D20;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5897;&#x5E45;&#xFF08;NESA&#xFF09;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4F4E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x5F62;&#x5F0F;&#x306B;&#x5909;&#x63DB;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; S. pyogenes&#x306E;&#x304C;&#x6B63;&#x5E38;&#x306B;&#x691C;&#x51FA;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x62BD;&#x51FA;&#x304B;&#x3089;&#x308F;&#x305A;&#x304B;4&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x4F4E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;

&#x5316;&#x81BF;&#x9023;&#x9396;&#x7403;&#x83CC;&#x3084;&#x9023;&#x9396;&#x7403;&#x83CC;Dysgalactiae&#x4E9C;&#x7A2E;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x3002; Equisimilis

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC5F0;&#xC1C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0; pyogenes (&#xAC00;&#xC2A4;) &#xBC0F; &#xC5F0;&#xC1C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0; dysgalactiae &#xB098;&#xBB34; equisimilis (SDSE), &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC778; &#xB450; &#xC5FC;&#xACFC; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xCE68;&#xB7B5; &#xC801; &#xD615;&#xD0DC;&#xC758; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC744; &#xC77C;&#xC73C;&#xD0A4;&#xB294; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xB450; &#xC5F0;&#xC1C4; &#xAD6C; &#xADE0; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xADE0;&#xC758; &#xAC80;&#xCD9C;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xBD84;&#xC790; &#xC9C4;&#xB2E8; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xB0B4;&#xBD80; &#xC81C;&#xC5B4;&#xC640; &#xACB0;&#xD569; &#xD558; &#xC5EC; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; PCR &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD55C; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xD65C;&#xC6A9; &#xAC00;&#xC2A4;, &#xD2B9;&#xC815; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB300;&#xC0C1; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xB450; &#xC885;&#xC758; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB300;&#xC0C1; &#xC774;&#xC6A9; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xB450; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC0C1;&#xC5C5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC2E0;&#xC18D;&#xD55C; &#xD56D; &#xC6D0; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; 2-3 &#xBC30;&#xB098; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xBD84;&#xC11D; &#xAC10;&#xB3C4;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xBD84;&#xC11D; &#xB610;&#xD55C;, 96 &#xC778; &#xD6C4; &#xBA74;&#xBD09;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD45C;&#xC900; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; PCR &#xC2E4;&#xD5D8; &#xACB0;&#xACFC; &#xC784;&#xC0C1; &#xBBFC;&#xAC10;&#xB3C4; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131; 91.7 &#xBC0F; 100% &#xAC01;&#xAC01;. &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; PCR &#xC704;&#xD55C; &#xC790;&#xBCF8; &#xC124;&#xBE44; &#xBE44;&#xC6A9; &#xC791;&#xC740; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAE08;&#xC9C0; &#xC788;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xC2E4;&#xC2DC;&#xAC04; PCR &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC800;&#xB834; &#xD55C; photopolymerization &#xAE30;&#xBC18; &#xBE44; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC2E0;&#xD638; &#xC99D;&#xD3ED; (NESA) &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xC791;&#xB3D9; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xACC4; &#xB41C; &#xC800;&#xBC00;&#xB3C4; microarray &#xD615;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCC0;&#xD658; &#xD588;&#xB2E4;. S. pyogenes &#xAC80;&#xC0C9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0D8;&#xD50C; &#xCD94;&#xCD9C;&#xC5D0;&#xC11C; 4 h&#xC5D0; &#xC800;&#xBC00;&#xB3C4; microarray&#xC5D0; &#xC131;&#xACF5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC80;&#xC0C9; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC5F0;&#xC1C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0; pyogenes &#xC5F0;&#xC1C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0; dysgalactiae &#xB098;&#xBB34; equisimilis&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xAC80;&#xCD9C;.

Hemos desarrollado ensayos de diagn&#xF3;stico molecular para la detecci&#xF3;n de Streptococcus pyogenes (EGA) y Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (SDSE), dos agentes pat&#xF3;genos de estreptococos que causan tanto la faringitis y las formas m&#xE1;s invasivas de la enfermedad en los seres humanos. Dos en tiempo real ensayos de PCR, junto con un control interno fueron dise&#xF1;ados para ser realizados en paralelo. Un ensayo utiliza un gen diana espec&#xED;fica a GAS, y el otro utiliza un gen diana com&#xFA;n a las dos especies. Ambos ensayos mostraron 2-3 &#xF3;rdenes de magnitud anal&#xED;tica sensibilidad mejorada cuando se compara con una prueba de ant&#xED;geno r&#xE1;pida disponible comercialmente. Adem&#xE1;s, cuando se compara con cultivo est&#xE1;ndar en un an&#xE1;lisis de 96 frotis de garganta, los ensayos de PCR en tiempo real como resultado de la sensibilidad y especificidad cl&#xED;nica de 91,7 y 100%, respectivamente. Como los costos de capital y equipo para PCR en tiempo real puede ser prohibitivo en peque&#xF1;os laboratorios, los ensayos de PCR en tiempo real fueron convertidos a un formato de microarray de baja densidad dise&#xF1;ado para funcionar con un bajo costo fotopolimerizaci&#xF3;n basada en la amplificaci&#xF3;n de la se&#xF1;al no enzim&#xE1;tica (NESA) m&#xE9;todo. S. pyogenes fue detectado con &#xE9;xito en el microarray de baja densidad en menos de 4 horas desde la extracci&#xF3;n de muestra a trav&#xE9;s de la detecci&#xF3;n.

Detecci&#xF3;n Molecular de Streptococcus pyogenes y Streptococcus dysgalactiae subsp. Equisimilis

&#xC2DC;&#xAC00; &#xB3C5; &#xC18C; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; O157 foodborne &#xC9C8;&#xBCD1; &#xC804;&#xC138;&#xACC4;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xC6D0;&#xC778;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB354; &#xB098;&#xC740; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD615; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; O157 &#xC885;&#xC790;&#xB97C; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; ampliPHOX, photopolymerization DNA microarrays&#xC640; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC18C;&#xC124; &#xC0C9;&#xB3C4;&#xACC4; &#xAC80;&#xCD9C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC800;&#xBC00;&#xB3C4; DNA oligonucleotide microarray &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xAC00; &#xB3C5; &#xC18C; &#xC0DD;&#xC0B0;, &#xC900;&#xC218; &#xB9C9; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCF54;&#xB529; eae &#xC720;&#xC804;&#xC790; stx1 &#xBC0F; stx2 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; O157 &#xD56D; &#xC6D0; perosamine &#xD569;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2F9;. &#xC720;&#xD6A8;&#xC131; &#xAC80;&#xC0AC; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xACB0;&#xACFC; &#xC99D;&#xBA85; ampliPHOX &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xAE34;&#xC7A5;&#xC758; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xD615;&#xACFC; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xAD50; &#xC7A1; &#xC2E0;&#xD638; &#xCC38;&#xC870; &#xAE34;&#xC7A5;&#xC5D0; &#xB3C5;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xB2E4;. &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;&#xB294; &#xD3C9;&#xADE0; &#xC2E0;&#xD638; &#xB300; &#xC7A1;&#xC74C; &#xBE44;&#xC728; &#xAC12;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC30;&#xC5F4; &#xD588;&#xB2E4; 47.73 &plusmn; 7.12 76.71 &plusmn; 8.33, 2.5 &#xC544;&#xB798; &#xD3C9;&#xADE0; &#xC2E0;&#xD638; &#xB300; &#xC7A1;&#xC74C; &#xBE44;&#xC728; &#xAC12; &#xC5C6;&#xB294; &#xC911;&#xD569;&#xCCB4; &#xD615;&#xC131; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC815;&#xD574; &#xC9C0;&#xB294; &#xBC18;&#xBA74; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900; &#xD2B9;&#xC815; &#xAD50; &#xC7A1;&#xC758; &#xBD80;&#xC871; &#xB54C;&#xBB38;. &#xAC10;&#xB3C4; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; O157 &#xAC80;&#xCD9C; &#xAC10;&#xB3C4; &#xC784;&#xACC4;&#xAC12; 100-1000 CFU/mL &#xD588;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, DNA microarrays photopolymerization&#xC640; &#xD568;&#xAED8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; O157 &#xC885;&#xC790;&#xC758; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xACE0; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xD615; &#xD5C8;&#xC6A9;.

&#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; O157 DNA microarrays &#xC18C;&#xC124; &#xC0C9;&#xB3C4;&#xACC4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#x5FD7;&#x8D3A;&#x6BD2;&#x7D20;&#x751F;&#x4EA7;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; O157 &#x662F;&#x4E16;&#x754C;&#x8303;&#x56F4;&#x5185;&#x98DF;&#x6E90;&#x6027;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E3B;&#x8981;&#x539F;&#x56E0;&#x3002;&#x4E3A;&#x8BC4;&#x4F30;&#x66F4;&#x597D;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x5FEB;&#x901F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x578B;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; O157 &#x682A;&#xFF0C;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x62A5;&#x544A;&#x8FDB;&#x884C;&#x8BC4;&#x4F30; ampliPHOX&#xFF0C;&#x4E00;&#x79CD;&#x57FA;&#x4E8E;&#x805A;&#x5408;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x75C5;&#x539F;&#x9274;&#x5B9A;&#x4E0E; DNA &#x5FAE;&#x9635;&#x5217;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x6BD4;&#x8272;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x4F7F;&#x7528;&#x3002;&#x4F4E;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x7684; DNA &#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x82AF;&#x7247;&#x4E3A;&#x4E86;&#x9488;&#x5BF9; stx1 &#x548C; stx2 &#x57FA;&#x56E0;&#x7F16;&#x7801;&#x5FD7;&#x8D3A;&#x6BD2;&#x7D20;&#x751F;&#x4EA7;&#xFF0C;eae &#x57FA;&#x56E0;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x819C;&#x86CB;&#x767D;&#x52A0;&#x5165;&#xFF0C;&#x548C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x7F16;&#x7801; O157 &#x6297;&#x539F; perosamine &#x5408;&#x6210;&#x9176;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x4ECE;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684; ampliPHOX &#x5141;&#x8BB8;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x7684;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x83CC;&#x682A;&#xFF0C;&#x51C6;&#x786E;&#x5206;&#x578B;&#x548C;&#x79EF;&#x6781;&#x6742;&#x4EA4;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8DCC;&#x5E45;&#x4EC5;&#x9488;&#x5BF9;&#x76EE;&#x524D;&#x5728;&#x53C2;&#x8003;&#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x6BD2;&#x529B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x63A2;&#x9488;&#x3002;&#x91CF;&#x5316;&#x663E;&#x793A;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5BF9;&#x566A;&#x58F0;&#x7684;&#x5E73;&#x5747;&#x6BD4;&#x7387;&#x503C;&#x591A;&#x79CD;&#x591A;&#x6837;&#xFF0C;&#x4ECE; 47.73 &plusmn; 7.12 &#x5230; 76.71 &plusmn; 8.33&#xFF0C;&#x800C;&#x5E73;&#x5747;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684;&#x4FE1;&#x566A;&#x6BD4;&#x4F4E;&#x4E8E; 2.5 &#x7684;&#x503C;&#x88AB;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E3A;&#x63A2;&#x6D4B;&#x5668;&#x6210;&#x7ACB;&#x6CA1;&#x6709;&#x805A;&#x5408;&#x7269;&#x4E86;&#x7531;&#x4E8E;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x6742;&#x4EA4;&#x3002;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x8868;&#x660E;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; O157 &#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x7075;&#x654F;&#x5EA6;&#x9608;&#x503C;&#x662F; 100-1000 CFU/mL&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;DNA &#x5FAE;&#x9635;&#x5217;&#x805A;&#x5408;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F7F;&#x7528;&#x5141;&#x8BB8;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; O157 &#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x5FEB;&#x901F;&#x548C;&#x51C6;&#x786E;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x578B;&#x3002;

&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; O157 &#x4E0E; DNA &#x5FAE;&#x9635;&#x5217;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x6BD4;&#x8272;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

Shiga toxin-producing Escherichia coli O157 is a leading cause of foodborne illness worldwide. To evaluate better methods to rapidly detect and genotype E. coli O157 strains, the present study evaluated the use of ampliPHOX, a novel colorimetric detection method based on photopolymerization, for pathogen identification with DNA microarrays. A low-density DNA oligonucleotide microarray was designed to target stx1 and stx2 genes encoding Shiga toxin production, the eae gene coding for adherence membrane protein, and the per gene encoding the O157-antigen perosamine synthetase. Results from the validation experiments demonstrated that the use of ampliPHOX allowed the accurate genotyping of the tested E. coli strains, and positive hybridization signals were observed for only probes targeting virulence genes present in the reference strains. Quantification showed that the average signal-to-noise ratio values ranged from 47.73â€‰Â±â€‰7.12 to 76.71â€‰Â±â€‰8.33, whereas average signal-to-noise ratio values below 2.5 were determined for probes where no polymer was formed due to lack of specific hybridization. Sensitivity tests demonstrated that the sensitivity threshold for E. coli O157 detection was 100-1000 CFU/mL. Thus, the use of DNA microarrays in combination with photopolymerization allowed the rapid and accurate genotyping of E. coli O157 strains.

Identification of Escherichia coli O157 by using a novel colorimetric detection method with DNA microarrays.

La toxine de Shiga-production Escherichia coli O157 est une cause majeure de maladies d&#x26;#39;origine alimentaire dans le monde entier. Pour mieux &#xE9;valuer les m&#xE9;thodes pour la d&#xE9;tection rapide et le g&#xE9;notype des souches de E. coli O157, la pr&#xE9;sente &#xE9;tude a &#xE9;valu&#xE9; l&#x26;#39;utilisation de ampliPHOX, une m&#xE9;thode de d&#xE9;tection roman colorim&#xE9;trique bas&#xE9; sur la photopolym&#xE9;risation, pour l&#x26;#39;identification des agents pathog&#xE8;nes avec des puces &#xE0; ADN. Un micror&#xE9;seau d&#x26;#39;ADN de faible densit&#xE9; oligonucl&#xE9;otide a &#xE9;t&#xE9; con&#xE7;u pour cibler stx1 et stx2 g&#xE8;nes codant la production de toxine Shiga, le g&#xE8;ne eae codant pour la prot&#xE9;ine membranaire adh&#xE9;sion, et le g&#xE8;ne codant pour la synth&#xE9;tase perosamine O157-antig&#xE8;ne. Les r&#xE9;sultats des exp&#xE9;riences de validation ont d&#xE9;montr&#xE9; que l&#x26;#39;utilisation de ampliPHOX a permis le g&#xE9;notypage pr&#xE9;cis des souches test&#xE9;es E. coli, et les signaux d&#x26;#39;hybridation positifs ont &#xE9;t&#xE9; observ&#xE9;s pour les sondes ciblant seulement les g&#xE8;nes de virulence pr&#xE9;sents dans les souches de r&#xE9;f&#xE9;rence. Quantification a montr&#xE9; que les valeurs moyennes du rapport signal-bruit vont de 47,73 &#xB1; 7,12 &#xE0; 76,71 &#xB1; 8,33, tandis que les valeurs moyennes du rapport signal-bruit inf&#xE9;rieures &#xE0; 2,5 ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;termin&#xE9;es pour les sondes o&#xF9; aucun polym&#xE8;re a &#xE9;t&#xE9; form&#xE9; en raison du manque d&#x26;#39;hybridation sp&#xE9;cifique. Des tests de sensibilit&#xE9; a d&#xE9;montr&#xE9; que le seuil de sensibilit&#xE9; pour la d&#xE9;tection de E. coli O157 a &#xE9;t&#xE9; 100-1000 UFC / ml. Ainsi, l&#x26;#39;utilisation de puces &#xE0; ADN en combinaison avec photopolym&#xE9;risation a permis le g&#xE9;notypage rapide et pr&#xE9;cise des souches E. coli O157.

Identification de Escherichia coli O157 &#xE0; l&#x26;#39;aide d&#x26;#39;une m&#xE9;thode de d&#xE9;tection nouveaux colorim&#xE9;trique avec puces &#xE0; ADN

Shiga-Toxin-produzierenden Escherichia coli O157 ist eine f&uuml;hrende Ursache von Lebensmittelvergiftungen weltweit. Um bessere Methoden, um schnell zu erkennen und Genotyp E. Coli O157-St&auml;mme auszuwerten, bewertet die vorliegende Studie die Verwendung von AmpliPHOX, ein neuartiger farbmetrisch Nachweisverfahren basierend auf Photopolymerisation, Pathogen Identifikation mit DNA-Microarrays. Ein niedriger Dichte DNA-Oligonukleotid-Microarray wurde entwickelt, um stx1 und stx2 Genen Shiga-Toxin-Produktion, im Eae gen f&uuml;r Einhaltung Membranprotein, Ziel und der pro-gen die O157-Antigen-Perosamine-Synthase. Ergebnisse aus der Validierung-Experimente gezeigt, dass der Einsatz von AmpliPHOX die genaue Genotypisierung der getesteten E.-Coli-St&auml;mme erlaubt, und positive Hybridisierung Signale beobachtet f&uuml;r nur Sonden Zielgruppenadressierung Virulenzgene in die Referenzst&auml;mme vorhanden. Quantifizierung hat gezeigt, dass die durchschnittliche Signal-Rausch-Verh&auml;ltnis-Werte von 47.73 &plusmn; 7,12 zu 76.71 &plusmn; 8,33 reichten, w&auml;hrend die durchschnittliche Signal-Rausch-Verh&auml;ltnis-Werte unter 2,5 f&uuml;r Sonden bestimmt wurden, wo keine Polymer wurde gebildet, durch Mangel an bestimmten Hybridisierung. Empfindlichkeit Tests gezeigt, dass die Sensibilit&auml;tsschwelle zum Nachweis von E. Coli O157 100-1000 KBE/mL. So erlaubt die Verwendung von DNA-Microarrays in Kombination mit Photopolymerisation der schnellen und pr&auml;zisen Genotypisierung von E. Coli O157-St&auml;mme.

Identifizierung von Escherichia coli O157 mithilfe ein neuartiges farbmetrisch Nachweisverfahren mit DNA-Microarrays.

Batterio Escherichia coli produttore della tossina Shiga O157 &egrave; delle principali cause di malattia di origine alimentare in tutto il mondo. Per valutare i metodi migliori per rilevare rapidamente e ceppi di e. coli O157 genotipo, il presente studio ha valutato l&#39;uso di ampliPHOX, un metodo di rilevazione colorimetrica romanzo basato sulla fotopolimerizzazione, per l&#39;identificazione di agenti patogeni con i microarrays del DNA. Un microarray di oligonucleotidi a bassa densit&agrave; del DNA &egrave; stato progettato per indirizzare i geni stx1 e stx2 codificano la produzione di tossina Shiga, il gene eae codifica per la proteina di membrana di aderenza e la per il gene che codifica per la sintetasi perosamine antigene O157. Risultati di esperimenti di convalida ha dimostrato che l&#39;uso di ampliPHOX ha permesso la precisa tipizzazione dei ceppi testati e. coli, e segnali positivi di ibridazione sono stati osservati solo sonde geni di virulenza presenti nei ceppi di riferimento di targeting. Quantificazione ha mostrato che i valori di rapporto segnale-rumore medio variavano da 47.73 &plusmn; &plusmn; 7.12 a 76,71 8.33, considerando che il rapporto segnale-rumore media valori inferiori a 2,5 sono stati determinati per sonde dove nessun polimero era formata a causa della mancanza di ibridazione specifico. Test di sensibilit&agrave; ha dimostrato che la soglia di sensibilit&agrave; per il rilevamento di e. coli O157 100-1000 CFU/mL. Cos&igrave;, l&#39;uso di microarrays del DNA in combinazione con fotopolimerizzazione ha permesso la genotipizzazione rapida e accurata dei ceppi di e. coli O157.

Identificazione di Escherichia coli O157 utilizzando un metodo di rilevazione colorimetrica romanzo con DNA microarrays.

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DNA&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3067;&#x65B0;&#x898F;&#x6BD4;&#x8272;&#x691C;&#x51FA;&#x6CD5;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;O157&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;

Productora de toxina Shiga Escherichia coli O157 es una causa importante de enfermedades transmitidas por alimentos en todo el mundo. Para evaluar los mejores m&#xE9;todos para detectar r&#xE1;pidamente y el genotipo de E. coli O157, el presente estudio se evalu&#xF3; el uso de ampliPHOX, un nuevo m&#xE9;todo colorim&#xE9;trico de detecci&#xF3;n basado en la fotopolimerizaci&#xF3;n, la identificaci&#xF3;n de pat&#xF3;genos con microarrays de ADN. Un microarreglo de ADN de baja densidad oligonucle&#xF3;tido se dise&#xF1;&#xF3; para orientar stx1 y stx2 genes que codifican la producci&#xF3;n de Shiga toxina, el gen que codifica para la prote&#xED;na EAE adhesi&#xF3;n de la membrana, y el gen que codifica por la sintetasa perosamine O157-ant&#xED;geno. Los resultados de los experimentos de validaci&#xF3;n demostrado que el uso de ampliPHOX permite el genotipado exacta de las cepas de E. coli ensayadas, y las se&#xF1;ales positivas de hibridaci&#xF3;n se observ&#xF3; s&#xF3;lo para las sondas dirigidas genes de virulencia presentes en las cepas de referencia. Cuantificaci&#xF3;n mostr&#xF3; que el promedio de la se&#xF1;al-ruido valores de la relaci&#xF3;n vari&#xF3; de 47,73 &#xB1; 7,12 a 76,71 &#xB1; 8,33, mientras que la media de la se&#xF1;al-ruido por debajo de valores de relaci&#xF3;n de 2,5 se determinaron para sondas donde se form&#xF3; ning&#xFA;n pol&#xED;mero debido a la falta de hibridaci&#xF3;n espec&#xED;fica. Las pruebas de sensibilidad demostr&#xF3; que el umbral de sensibilidad para la detecci&#xF3;n de E. coli O157 fue 100-1000 UFC / mL. As&#xED;, el uso de micromatrices de ADN en combinaci&#xF3;n con fotopolimerizaci&#xF3;n permiti&#xF3; el genotipado r&#xE1;pida y precisa de cepas de E. coli O157.

Article	Year
Photopolymerization as an innovative detection technique for low-density microarrays. BioTechniques\| PubMed ID: 18687067	2008
Molecular detection of Streptococcus pyogenes and Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis. Molecular biotechnology\| PubMed ID: 19156548	2009
Identification of Escherichia coli O157 by using a novel colorimetric detection method with DNA microarrays. Foodborne pathogens and disease\| PubMed ID: 21288130	2011

Amber W. Taylor

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