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Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Arnold School of Public Health, University of South Carolina

&#x7EC6;&#x83CC;&#x5229;&#x7528;&#x539F;&#x6CB9;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x5982; n-&#x70F7;&#x70C3;&#xFF0C;&#x9700;&#x8981;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x9002;&#x5E94;&#x5141;&#x8BB8;&#x52A0;&#x5165;&#x6CB9;&#x3002;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x4E86;&#x89E3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x9002;&#x5E94;&#x539F;&#x6CB9;&#x4E0A;&#x751F;&#x957F;&#xFF0C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x7279;&#x6027;&#x7684;&#x4E24;&#x682A;&#x94DC;&#x7EFF;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x3001; U1 &#x548C; U3&#xFF0C;&#x4E24;&#x8005;&#x5206;&#x79BB;&#x540C;&#x4E00;&#x539F;&#x6CB9;&#x964D;&#x89E3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x4E30;&#x5BCC;&#xFF0C;&#x90A6;&#x5C3C;&#x8F7B;&#x8D28;&#x539F;&#x6CB9; (BLC) &#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x589E;&#x957F;&#x7387;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E; U1 &#x7EC6;&#x80DE; U3 &#x7EC6;&#x80DE;&#x76F8;&#x6BD4;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x5EF6;&#x8FDF;&#x65F6;&#x95F4;&#x3002;&#x4FEE;&#x8BA2;&#x4E0E; EDTA &#x6291;&#x5236; U1 &#x548C; U3 &#x7684;&#x589E;&#x957F;&#x548C;&#x9000;&#x5316;&#x7684;&#x70F7;&#x70C3;&#x5206;&#x91CF;&#x7684;&#x4FDD;&#x7A0E;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0E;&#x539F;&#x6CB9;&#x9000;&#x5316;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x8054;&#x7CFB;&#x3002;U1 &#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x65F6;&#x867D;&#x7136; U3 &#x7EC6;&#x80DE;&#x5C55;&#x51FA;&#x7C97;&#x7CD9;&#x6B96;&#x6C11;&#x5730;&#x5F62;&#x6001;&#x5728;&#x4E00;&#x5F00;&#x59CB;&#x5C31;&#x751F;&#x957F;&#x5728;&#x4FDD;&#x7A0E;&#xFF0C;&#x5149;&#x6ED1;-&#x7C97;&#x6B96;&#x6C11;&#x5730;&#x5F62;&#x6001;&#x8FC7;&#x6E21;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7ED3;&#x5408;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x548C;&#x94A0;&#x5341;&#x4E8C;&#x70F7;&#x57FA;&#x786B;&#x9178;&#x76D0;-&#x805A;&#x4E19;&#x70EF;&#x9170;&#x80FA;&#x51DD;&#x80F6;&#x7535;&#x6CF3;&#x7684;&#x63D0;&#x53D6;&#x8102;&#x591A;&#x7CD6; (LPS) &#x7684;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x7684;&#x539F;&#x5B50;&#x529B;&#x663E;&#x5FAE;&#x955C;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x5206;&#x79BB;&#x682A;&#x751F;&#x957F;&#x5728;&#x4FDD;&#x7A0E;&#x51CF;&#x5C11;&#x4E86; O &#x6297;&#x539F;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E0E;&#x8461;&#x8404;&#x7CD6;&#x589E;&#x52A0;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x76F8;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;O &#x6297;&#x539F;&#x7684;&#x635F;&#x5931;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5728;&#x8F83;&#x77ED;&#x7684;&#x8102;&#x591A;&#x7CD6;&#x5206;&#x5B50;&#x3001; &#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#xFF0C;&#x4E0A;&#x5347;&#x53CA;&#x70F7;&#x70C3;&#x964D;&#x89E3;&#x3002;

&#x539F;&#x6CB9;&#x964D;&#x89E3;&#x94DC;&#x7EFF;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x8102;&#x591A;&#x7CD6;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;

Bacterial utilization of crude oil components, such as the n-alkanes, requires complex cell surface adaptation to allow adherence to oil. To better understand microbial cell surface adaptation to growth on crude oil, the cell surface characteristics of two Pseudomonas aeruginosa strains, U1 and U3, both isolated from the same crude oil-degrading microbial community enriched on Bonny Light crude oil (BLC), were compared. Analysis of growth rates demonstrated an increased lag time for U1 cells compared to U3 cells. Amendment with EDTA inhibited U1 and U3 growth and degradation of the n-alkane component of BLC, suggesting a link between cell surface structure and crude oil degradation. U1 cells demonstrated a smooth-to-rough colony morphology transition when grown on BLC, while U3 cells exhibited rough colony morphology at the outset. Combining high-resolution atomic force microscopy of the cell surface and sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis of extracted lipopolysaccharides (LPS), we demonstrate that isolates grown on BLC have reduced O-antigen expression compared with that of glucose-grown cells. The loss of O-antigen resulted in shorter LPS molecules, increased cell surface hydrophobicity, and increased n-alkane degradation.

Variability in Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharide expression during crude oil degradation.

L&#x26;#39;utilisation de composants bact&#xE9;rienne du p&#xE9;trole brut, tels que le n-alcanes, n&#xE9;cessite complexe d&#x26;#39;adaptation de surface cellulaire pour permettre l&#x26;#39;adh&#xE9;rence de l&#x26;#39;huile. Afin de mieux comprendre l&#x26;#39;adaptation microbienne surface de la cellule &#xE0; la croissance sur le p&#xE9;trole brut, les caract&#xE9;ristiques de surface des cellules de deux souches de Pseudomonas aeruginosa, U1 et U3, les deux isol&#xE9;s de la communaut&#xE9; de p&#xE9;trole brut de d&#xE9;gradation microbienne m&#xEA;me enrichi sur Bonny p&#xE9;trole brut l&#xE9;ger (BLC), ont &#xE9;t&#xE9; compar&#xE9;s . L&#x26;#39;analyse des taux de croissance fait preuve d&#x26;#39;un temps de latence accrue de cellules U1 U3 par rapport &#xE0; des cellules. Amendement &#xE0; l&#x26;#39;EDTA inhibe la croissance U1 et U3 et la d&#xE9;gradation de la composante n-alcanes de BLC, sugg&#xE9;rant un lien entre la structure de surface cellulaire et de la d&#xE9;gradation du p&#xE9;trole brut. Cellules U1 d&#xE9;montr&#xE9; une transition en douceur &#xE0; la morphologie rugueuse colonie lorsqu&#x26;#39;elle est cultiv&#xE9;e sur BLC, tandis que U3 cellules expos&#xE9;es morphologie de la colonie rugueuse d&#xE8;s le d&#xE9;but. Alliant haute r&#xE9;solution microscopie &#xE0; force atomique de la surface cellulaire et de sodium &#xE9;lectrophor&#xE8;se sur gel de polyacrylamide-de lipopolysaccharides extraits (LPS), nous d&#xE9;montrons que les isolats cultiv&#xE9;s sur BLC ont r&#xE9;duit l&#x26;#39;expression de l&#x26;#39;antig&#xE8;ne O par rapport &#xE0; celle du glucose des cellules cultiv&#xE9;es. La perte de l&#x26;#39;antig&#xE8;ne O entra&#xEE;n&#xE9; mol&#xE9;cules courtes LPS, augment&#xE9; hydrophobicit&#xE9; de la surface cellulaire, et l&#x26;#39;augmentation de n-alcane d&#xE9;gradation.

Variabilit&#xE9; dans l&#x26;#39;expression de Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharide lors de la d&#xE9;gradation du p&#xE9;trole brut

Die Variabilit&#xE4;t in Pseudomonas aeruginosa Lipopolysaccharid Expression w&#xE4;hrend der Roh&#xF6;l-Abbau.

Batterica utilizzo di componenti di petrolio greggio, come il n-alcani, richiede adattamento superficiale cellule complesse per consentire aderenza all&#39;olio. Per comprendere meglio l&#39;adattamento superficiale delle cellule microbiche in crescita su petrolio greggio, le caratteristiche di superficie delle cellule di due ceppi di Pseudomonas aeruginosa, U1 e U3, entrambi isolati dalla stessa petrolio greggio-degradanti comunit&agrave; microbica arricchita su petrolio greggio Bonny Light (BLC), sono state confrontate. L&#39;analisi dei tassi di crescita ha dimostrato un maggiore ritardo per U1 cellule rispetto alle cellule di U3. Emendamento con EDTA ha inibito la crescita U1 e U3 e degradazione della componente n-alcano del BLC, suggerendo un legame tra struttura della superficie delle cellule e la degradazione del petrolio greggio. U1 cellule ha dimostrato una transizione di morfologia liscia-ruvida Colonia Quando coltivate su BLC, mentre U3 cellule esposte morfologia ruvida Colonia fin dall&#39;inizio. La combinazione di microscopia a forza atomica ad alta risoluzione della cellula superficie e sodio dodecil solfato-poliacrilammide elettroforesi di estratti lipopolisaccaridi (LPS), dimostreremo che isolati coltivati su BLC hanno ridotta espressione dell&#39;antigene O rispetto a quello delle cellule coltivate in glucosio. La perdita dell&#39;antigene O portato a brevi molecole di LPS, idrofobicit&agrave; superficiale delle cellule &egrave; aumentato e aumentata degradazione alcano.

Variabilit&agrave; nell&#39;espressione di Pseudomonas aeruginosa lipopolisaccaride durante la degradazione del petrolio greggio.

&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;n-&#x30A2;&#x30EB;&#x30AB;&#x30F3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x539F;&#x6CB9;&#x6210;&#x5206;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5229;&#x7528;&#x7387;&#x306F;&#x3001;&#x77F3;&#x6CB9;&#x3078;&#x306E;&#x6E96;&#x62E0;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x3078;&#x306E;&#x9069;&#x5FDC;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x512A;&#x308C;&#x305F;&#x539F;&#x6CB9;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x306B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x3078;&#x306E;&#x9069;&#x5FDC;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;2&#x3064;&#x306E;&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#x306E;&#x83CC;&#x682A;&#x306F;&#x3001;U1&#x3068;U3&#x306F;&#x3001;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x7279;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x30DC;&#x30CB;&#x30FC;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C8;&#x539F;&#x6CB9;&#xFF08;BLC&#xFF09;&#x306B;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x540C;&#x3058;&#x539F;&#x6CB9;&#x5206;&#x89E3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x304B;&#x3089;&#x5206;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6210;&#x9577;&#x7387;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;U3&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;U1&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306E;&#x9045;&#x308C;&#x6642;&#x9593;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; EDTA&#x306E;&#x6539;&#x6B63;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x539F;&#x6CB9;&#x306E;&#x52A3;&#x5316;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;BLC&#x306E;n-&#x30A2;&#x30EB;&#x30AB;&#x30F3;&#x6210;&#x5206;&#x306E;U1&#x3068;U3&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x3068;&#x52A3;&#x5316;&#x3092;&#x6291;&#x5236;&#x3057;&#x305F;&#x3002; BLC&#x4E0A;&#x306B;&#x6210;&#x9577;&#x3055;&#x305B;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x306B;U3&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x5192;&#x982D;&#x3067;&#x5927;&#x307E;&#x304B;&#x306A;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x5F62;&#x614B;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;U1&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30E0;&#x30FC;&#x30BA;&#xB7;&#x30C4;&#x30FC;&#xB7;&#x30E9;&#x30D5;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x5F62;&#x614B;&#x306E;&#x9077;&#x79FB;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x3068;&#x62BD;&#x51FA;&#x3057;&#x305F;&#x30EA;&#x30DD;&#x30DD;&#x30EA;&#x30B5;&#x30C3;&#x30AB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C9;&#xFF08;LPS&#xFF09;&#x306E;&#x30C9;&#x30C7;&#x30B7;&#x30EB;&#x786B;&#x9178;&#x30CA;&#x30C8;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0; - &#x30DD;&#x30EA;&#x30A2;&#x30AF;&#x30EA;&#x30EB;&#x30A2;&#x30DF;&#x30C9;&#x30B2;&#x30EB;&#x96FB;&#x6C17;&#x6CF3;&#x52D5;&#x6CD5;&#x306E;&#x9AD8;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x539F;&#x5B50;&#x9593;&#x529B;&#x9855;&#x5FAE;&#x93E1;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;BLC&#x4E0A;&#x306B;&#x6210;&#x9577;&#x3055;&#x305B;&#x305F;&#x5206;&#x96E2;&#x682A;&#x306F;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x57F9;&#x990A;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;O-&#x6297;&#x539F;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x304C;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; O-&#x6297;&#x539F;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x306F;&#x3001;&#x77ED;&#x3044;LPS&#x5206;&#x5B50;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x306E;&#x758E;&#x6C34;&#x6027;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3001;n-&#x30A2;&#x30EB;&#x30AB;&#x30F3;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x305F;&#x3002;

&#x539F;&#x6CB9;&#x5206;&#x89E3;&#x4E2D;&#x306B;&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#x30EA;&#x30DD;&#x591A;&#x7CD6;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;

N-&#xC54C;&#xCE78; &#xB4F1; &#xC6D0;&#xC720;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xC758; &#xC138;&#xADE0; &#xD65C;&#xC6A9; &#xC900;&#xC218; &#xC11D;&#xC720;&#xB97C; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xBA74; &#xC801;&#xC751;&#xC744; &#xD574;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6D0;&#xC720;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC131;&#xC7A5; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xBA74; &#xC801;&#xC751; &#xB354; &#xC798; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xB450; &#xB179; &#xB18D; &#xADE0; &#xC885;&#xC790;, u 1&#xACFC; U3 &#xAC19;&#xC740; &#xC6D0;&#xC720; &#xC800;&#xD558; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC84; &#xB2C8; &#xBE5B; &#xC6D0;&#xC720; (BLC)&#xC5D0; &#xB18D;&#xCD95; &#xBD84;&#xB9AC; &#xB41C; &#xB458;&#xC758; &#xC140; &#xD45C;&#xBA74; &#xD2B9;&#xC131; &#xBE44;&#xAD50; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC131;&#xC7A5; &#xC18D;&#xB3C4; &#xBD84;&#xC11D; U3 &#xC140;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; u 1 &#xC140;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC99D;&#xAC00; &#xC9C0;&#xC5F0; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC744; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD588;&#xB2E4;. EDTA&#xC640; &#xC218;&#xC815;&#xC548; &#xC800;&#xD574; u 1&#xACFC; U3 &#xC131;&#xC7A5;&#xACFC; BLC, &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xBA74; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC6D0;&#xC720; &#xC800;&#xD558; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xB9C1;&#xD06C;&#xB97C; &#xC81C;&#xC548; n-&#xC54C;&#xCE78;&#xC758; &#xC800;&#xD558;. U 1 &#xC140; U3 &#xC140; &#xC804;&#xC2DC; &#xCD08;&#xAE30;&#xC5D0; &#xAC70;&#xCE5C; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xD615;&#xD0DC; &#xB3D9;&#xC548; BLC&#xC5D0; &#xC131;&#xC7A5; &#xB420; &#xB54C; &#xBD80;&#xB4DC;&#xB7EC;&#xC6B4; &#xAC70;&#xCE5C; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xD615;&#xD0DC; &#xC804;&#xD658;&#xC744; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC140; &#xD45C;&#xBA74; &#xBC0F; &#xB098;&#xD2B8;&#xB968; &#xB77C;&#xC6B0;&#xB9B4; &#xD669;&#xC0B0; polyacrylamide &#xC824; &#xC804;&#xAE30; &#xC774;&#xB3D9; &#xBC95;&#xC758; &#xCD94;&#xCD9C; &#xB41C; lipopolysaccharides (LPS)&#xC758; &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC6D0;&#xC790; &#xD798; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD;&#xC744; &#xACB0;&#xD569;, &#xACA9;&#xB9AC; BLC&#xC5D0;&#xC11C; &#xC790;&#xB780; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xC7AC;&#xBC30; &#xC140;&#xC758; &#xADF8;&#xAC83;&#xACFC; &#xBE44;&#xAD50; &#xD558;&#xB294; O-&#xD56D; &#xC6D0; &#xC2DD; &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. O-&#xD56D; &#xC6D0; &#xC190;&#xC2E4; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418; &#xC5C8; &#xB2E4; &#xC9E7;&#xC740; LPS &#xBD84;&#xC790;, &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xBA74; hydrophobicity &#xC99D;&#xAC00; &#xBC0F; n-&#xC54C;&#xCE78; &#xC800;&#xD558; &#xC99D;&#xAC00;.

&#xB179; &#xB18D; &#xADE0; lipopolysaccharide &#xC2DD; &#xC6D0;&#xC720; &#xC800;&#xD558; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548;&#xC758; &#xAC00;&#xBCC0;&#xC131;.

Utilizaci&#xF3;n bacteriana de los componentes del petr&#xF3;leo crudo, tales como el n-alcanos, requiere una adaptaci&#xF3;n compleja superficie de la c&#xE9;lula para permitir la adherencia al aceite. Para comprender mejor la adaptaci&#xF3;n microbiana de la superficie celular para el crecimiento en el petr&#xF3;leo crudo, las caracter&#xED;sticas de la superficie celular de dos cepas de Pseudomonas aeruginosa, U1 y U3, tanto aislado de la comunidad de petr&#xF3;leo crudo de degradaci&#xF3;n microbiana misma enriquecido en el petr&#xF3;leo crudo Bonny Light (BLC), se compararon . An&#xE1;lisis de las tasas de crecimiento demostrado un aumento de tiempo de retardo para U1 c&#xE9;lulas en comparaci&#xF3;n con las c&#xE9;lulas U3. Modificaci&#xF3;n con EDTA inhibi&#xF3; el crecimiento U1 y U3 y la degradaci&#xF3;n del componente de n-alcano de BLC, lo que sugiere una relaci&#xF3;n entre la estructura de la superficie celular y la degradaci&#xF3;n del aceite crudo. U1 c&#xE9;lulas demostrado una transici&#xF3;n suave colonia-a-bruto morfolog&#xED;a cuando se cultiva en BLC, mientras U3 c&#xE9;lulas exhiben morfolog&#xED;a de las colonias &#xE1;spero al principio. La combinaci&#xF3;n de alta resoluci&#xF3;n microscop&#xED;a de fuerza at&#xF3;mica de la superficie celular y sodio dodecil sulfato-poliacrilamida electroforesis en gel de lipopolisac&#xE1;ridos (LPS extra&#xED;dos), demuestran que a&#xED;sla crecido en BLC han reducido ant&#xED;geno O-expresi&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con la de glucosa en c&#xE9;lulas cultivadas. La p&#xE9;rdida de O-ant&#xED;geno dado lugar a mol&#xE9;culas m&#xE1;s cortas LPS, el aumento de la hidrofobicidad de la superficie celular, y el aumento de n-alcano degradaci&#xF3;n.

Variabilidad en la expresi&#xF3;n de Pseudomonas aeruginosa lipopolisac&#xE1;rido durante la degradaci&#xF3;n de petr&#xF3;leo crudo

&#x94DC;&#x7EFF;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x662F;&#x70F7;&#x70C3; degrader&#xFF0C;&#x662F;&#x4ECE;&#x77F3;&#x6CB9;&#x6C61;&#x67D3;&#x7684;&#x573A;&#x6240;&#x7ECF;&#x5E38;&#x5B64;&#x7ACB;&#x5E76;&#x751F;&#x6210;&#x63D0;&#x9AD8;&#x5176;&#x7ADE;&#x4E89;&#x529B;&#x548C;&#x5728;&#x8BB8;&#x591A;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x7684;&#x751F;&#x5B58;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x56E0;&#x7D20;&#xFF0C;pyocyanin&#xFF0C;&#x542B;&#x7EFF;&#x8113;&#x6CB9;&#x6709;&#x8FB1;&#x4EBA;&#x683C;&#x7684;&#x6587;&#x5316;&#x4E2D;&#x5DF2;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x5E76;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x6C27;&#x5316;&#x8FD8;&#x539F;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x80FD;&#x6291;&#x5236;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x751F;&#x957F;&#x3002;&#x68C0;&#x67E5; pyocyanin &#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x7684;&#x6548;&#x679C;&#xFF0C;&#x6CB9;&#x6709;&#x8FB1;&#x4EBA;&#x683C;&#x7684;&#x6587;&#x5316;&#x662F;&#x4E0E;&#x79CD;&#x690D;&#x548C;&#x65E0; 9.5 microM pyocyanin &#x548C;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x6CB9;&#x9000;&#x5316;&#x76D1;&#x6D4B; 50 &#x5929;&#x3002;&#x53D8;&#x6027;&#x68AF;&#x5EA6;&#x51DD;&#x80F6;&#x7535;&#x6CF3; (DGGE) &#x5206;&#x6790;&#x6587;&#x5316;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x672A;&#x7ECF;&#x6587;&#x5316;&#x7684; pyocyanin &#x4FEE;&#x6B63;&#x6587;&#x5316;&#x4E2D;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x8DCC;&#x5E45;&#x3002;&#x7EAF;&#x57F9;&#x517B;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x4E24;&#x540D;&#x6210;&#x5458;&#x5C55;&#x793A;&#x5230; pyocyanin &#x5206;&#x522B;&#x5BF9;&#x5E94;&#x4E2D;&#x7EA7;&#x548C;&#x4F4E;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x6297;&#x6C27;&#x5316;&#x5242;&#x9176;&#x8FC7;&#x6C27;&#x5316;&#x6C22;&#x9176;&#x3001; &#x8D85;&#x6C27;&#x5316;&#x7269;&#x6B67;&#x5316;&#x9176;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x4E2D;&#x95F4;&#x548C;&#x9AD8;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x3002;&#x53E6;&#x4E00;&#x4E2A;&#x793E;&#x4F1A;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#xFF0C;&#x5728; 50 &#x5929;&#x6587;&#x5316;&#x5B75;&#x5316;&#x671F;&#x95F4;&#x4FDD;&#x6301;&#x4E0D;&#x53D8;&#x5728; DGGE &#x51DD;&#x80F6;&#x5C55;&#x51FA;&#x6CA1;&#x6709;&#x7075;&#x654F;&#x5EA6;&#x4E3A; pyocyanin&#xFF0C;&#x5BF9;&#x5E94;&#x4E8E;&#x9AD8;&#x6C34;&#x5E73;&#x7684;&#x8FC7;&#x6C27;&#x5316;&#x6C22;&#x9176;&#x3001; &#x8D85;&#x6C27;&#x5316;&#x7269;&#x6B67;&#x5316;&#x9176;&#x7EAF;&#x6587;&#x5316;&#x5728;&#x5BA1;&#x67E5;&#x65F6;&#x3002;Pyocyanin &#x4E5F;&#x5F71;&#x54CD;&#x539F;&#x6CB9;&#x7684;&#x6574;&#x4F53;&#x9000;&#x5316;&#x3002;50 &#x5929;&#xFF0C;&#x65E0; pyocyanin &#x6587;&#x5316;&#x5DF2;&#x4E0B;&#x964D;&#x76F8;&#x6BD4;&#x5177;&#x6709;&#x7279;&#x5B9A;&#x51CF;&#x5C11;&#x9000;&#x5316;&#x7684; dibenzothiophenes&#x3001; &#x8418;&#x3001; &#x548C; C(29) &#x548C; C(30) &#x85FF;&#x70F7;&#x7C7B;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684; pyocyanin &#x4FEE;&#x6B63;&#x6587;&#x5316;&#x7684;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x9999;&#x70C3;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;pyocyanin &#x5F71;&#x54CD;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x548C;&#x8868;&#x660E;&#x7406;&#x89E3;&#x5982;&#x4F55;&#x79CD;&#x83CC;&#x79CD;&#x95F4;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x964D;&#x89E3;&#x80FD;&#x529B;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;

&#x539F;&#x6CB9;&#x77F3;&#x6CB9;&#x964D;&#x89E3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x5BF9; pyocyanin &#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

Pseudomonas aeruginosa is an n-alkane degrader that is frequently isolated from petroleum-contaminated sites and produces factors that enhance its competitiveness and survival in many environments. In this study, one such factor, pyocyanin, has been detected in an oil-degrading culture containing P. aeruginosa and is a redox-active compound capable of inhibiting microbial growth. To examine the effects of pyocyanin further, an oil-degrading culture was grown with and without 9.5 microM pyocyanin and microbial community structure and oil degradation were monitored for 50 days. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of cultures revealed a decrease in the microbial community diversity in the pyocyanin-amended cultures compared to that of the unamended cultures. Two members of the microbial community in pure culture exhibited intermediate and high sensitivities to pyocyanin corresponding to intermediate and low levels of activity for the antioxidant enzymes catalase and superoxide dismutase, respectively. Another member of the community that remained constant in the DGGE gels over the 50-day culture incubation period exhibited no sensitivity to pyocyanin, corresponding to a high level of catalase and superoxide dismutase when examined in pure culture. Pyocyanin also affected the overall degradation of the crude oil. At 50 days, the culture without pyocyanin had decreased polycyclic aromatic hydrocarbons compared to the pyocyanin-amended culture, with a specific reduction in the degradation of dibenzothiophenes, naphthalenes, and C(29) and C(30) hopanes. This study demonstrated that pyocyanin influenced the diversity of the microbial community and suggests the importance of understanding how interspecies interactions influence the degradation capability of a microbial community.

Effect of pyocyanin on a crude-oil-degrading microbial community.

Pseudomonas aeruginosa est un d&#xE9;gradeur des n-alcanes qui est fr&#xE9;quemment isol&#xE9; &#xE0; partir de p&#xE9;trole des sites contamin&#xE9;s et produit des facteurs qui am&#xE9;liorent sa comp&#xE9;titivit&#xE9; et la survie dans de nombreux environnements. Dans cette &#xE9;tude, un de ces facteurs, de la pyocyanine, a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;tect&#xE9; dans une culture d&#x26;#39;huile de d&#xE9;gradation contenant P. aeruginosa et est un compos&#xE9; redox-actif capable de inhiber la croissance microbienne. Pour examiner les effets de pyocyanine en outre, une culture de l&#x26;#39;huile de d&#xE9;gradation a &#xE9;t&#xE9; cultiv&#xE9; avec et sans 9,5 pyocyanine microM et structure des communaut&#xE9;s microbiennes et la d&#xE9;gradation de l&#x26;#39;huile ont &#xE9;t&#xE9; suivis pendant 50 jours. D&#xE9;naturation &#xE9;lectrophor&#xE8;se sur gel de gradient (DGGE) l&#x26;#39;analyse des cultures a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; une diminution de la diversit&#xE9; des communaut&#xE9;s microbiennes dans les cultures pyocyanine-modifi&#xE9;es par rapport &#xE0; celle des cultures non modifi&#xE9;es. Deux membres de la communaut&#xE9; microbienne en culture pure une hypersensibilit&#xE9;, interm&#xE9;diaires et secondaires &#xE0; pyocyanine correspondant &#xE0; des niveaux interm&#xE9;diaires et faibles de l&#x26;#39;activit&#xE9; pour les enzymes antioxydantes catalase et la superoxyde dismutase, respectivement. Un autre membre de la communaut&#xE9; qui est rest&#xE9;e constante dans les gels DGGE au cours de la p&#xE9;riode de 50 jours d&#x26;#39;incubation de la culture ne pr&#xE9;sentait aucune sensibilit&#xE9; &#xE0; la pyocyanine, correspondant &#xE0; un niveau &#xE9;lev&#xE9; de la superoxyde dismutase et de catalase quand on l&#x26;#39;examine en culture pure. Pyocyanine &#xE9;galement affect&#xE9; la d&#xE9;gradation g&#xE9;n&#xE9;rale du p&#xE9;trole brut. &#xC0; 50 jours, la culture sans pyocyanine avait diminu&#xE9; hydrocarbures aromatiques polycycliques par rapport &#xE0; la culture pyocyanine-modifi&#xE9;e, avec une r&#xE9;duction sp&#xE9;cifique de la d&#xE9;gradation de dibenzothioph&#xE8;nes, naphtal&#xE8;nes, et C (29) et C (30) hopanes. Cette &#xE9;tude a d&#xE9;montr&#xE9; que la pyocyanine influenc&#xE9; la diversit&#xE9; de la communaut&#xE9; microbienne et sugg&#xE8;re l&#x26;#39;importance de comprendre comment les interactions intersp&#xE9;cifiques influencer la capacit&#xE9; de d&#xE9;gradation d&#x26;#39;une communaut&#xE9; microbienne.

Effet de la pyocyanine sur une communaut&#xE9; microbienne du p&#xE9;trole brut de d&#xE9;gradation

Wirkung von Pyocyanin auf einem Roh&#xF6;l-abbauenden mikrobiellen Gemeinschaft.

Pseudomonas aeruginosa &egrave; un alcano degrader che &egrave; frequentemente isolato da siti contaminati da petrolio e produce fattori che migliorano la sua competitivit&agrave; e la sopravvivenza in molti ambienti. In questo studio, una tale fattore, piocianina, &egrave; stato rilevato in una cultura degradanti olio contenente p. aeruginosa ed &egrave; un composto redox-attiva in grado di inibire la crescita microbica. Per esaminare gli effetti di piocianina ulteriormente, un&#39;olio-degradante cultura era cresciuta con e senza microM 9,5 piocianina e degrado olio e struttura comunit&agrave; microbica sono stati monitorati per 50 giorni. Denaturazione dell&#39;analisi di gradient gel electrophoresis (DGGE) di culture, ha rivelato una diminuzione della diversit&agrave; della comunit&agrave; microbica nelle culture piocianina modificata rispetto a quella delle culture senza modifiche. Due membri della comunit&agrave; microbica in coltura pura esposto intermedia ed alta sensibilit&agrave; al piocianina corrispondenti ai livelli intermedi e bassi di attivit&agrave; per l&#39;antiossidante enzimi catalasi e superossido dismutasi, rispettivamente. Un altro membro della comunit&agrave; che &egrave; rimasta costante in gel la DGGE durante il periodo di incubazione di giorno 50-cultura non esposto alcuna sensibilit&agrave; alla piocianina, corrispondente a un livello elevato di catalasi e superossido dismutasi quando esaminate in coltura pura. Piocianina colpiti anche il degrado globale del petrolio greggio. A 50 giorni, la cultura senza piocianina era diminuita rispetto alla cultura piocianina modificata, con una riduzione specifica della degradazione di dibenzothiophenes, Naftaleni e hopanes C(29) e C(30) gli idrocarburi policiclici aromatici. Questo studio ha dimostrato che piocianina influenzato la diversit&agrave; della comunit&agrave; microbica e suggerisce l&#39;importanza di comprendere come interspecie interazioni influenzano la capacit&agrave; di degradazione di una comunit&agrave; microbica.

Effetto di piocianina su una comunit&agrave; microbica grezzo-olio-degradanti.

&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#xFF08;Pseudomonas aeruginosa&#xFF09;&#x306F;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x77F3;&#x6CB9;&#x6C5A;&#x67D3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x7AF6;&#x4E89;&#x529B;&#x3068;&#x751F;&#x5B58;&#x7387;&#x3092;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x8981;&#x56E0;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;n-&#x30A2;&#x30EB;&#x30AB;&#x30F3;&#x5206;&#x89E3;&#x83CC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x8981;&#x56E0;&#x3001;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x6CB9;&#x3092;&#x5206;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x6587;&#x5316;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x691C;&#x51FA;&#x3057;&#x3001;&#x6291;&#x5236;&#x3059;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5897;&#x6B96;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30EC;&#x30C9;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6CB9;&#x3092;&#x5206;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x6587;&#x5316;&#x304C;&#x3067;&#x6210;&#x9577;&#x3057;&#x305F;&#x3001;9.5&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30E2;&#x30EB;&#x306E;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x3068;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x30AA;&#x30A4;&#x30EB;&#x52A3;&#x5316;&#x3055;&#x305B;&#x305A;&#x306B;50&#x65E5;&#x9593;&#x30E2;&#x30CB;&#x30BF;&#x30FC;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6587;&#x5316;&#x306E;&#x5909;&#x6027;&#x52FE;&#x914D;&#x30B2;&#x30EB;&#x96FB;&#x6C17;&#x6CF3;&#x52D5;&#xFF08;DGGE&#xFF09;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;unamended&#x6587;&#x5316;&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;-&#x6539;&#x6B63;&#x57F9;&#x990A;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306E;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D14;&#x7C8B;&#x57F9;&#x990A;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x4E8C;&#x3064;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x3001;&#x6297;&#x9178;&#x5316;&#x9175;&#x7D20;&#x30AB;&#x30BF;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x30B9;&#x30FC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30C9;&#x30B8;&#x30B9;&#x30E0;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x4E2D;&#x9593;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3068;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x3059;&#x200B;&#x200B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x4E2D;&#x9593;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9AD8;&#x3044;&#x611F;&#x5EA6;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D14;&#x7C8B;&#x57F9;&#x990A;&#x3067;&#x8ABF;&#x3079;&#x305F;&#x3068;&#x304D;50&#x65E5;&#x57F9;&#x990A;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30AD;&#x30E5;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x671F;&#x9593;DGGE&#x30B2;&#x30EB;&#x4E2D;&#x3067;&#x4E00;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x30AB;&#x30BF;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x30B9;&#x30FC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30C9;&#x30B8;&#x30B9;&#x30E0;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3057;&#x3001;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x3078;&#x306E;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3055;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x539F;&#x6CB9;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x52A3;&#x5316;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3002; 50&#x65E5;&#x3067;&#x3001;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x306A;&#x3044;&#x57F9;&#x990A;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B8;&#x30D9;&#x30F3;&#x30BE;&#x30C1;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A7;&#x30F3;&#x985E;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3001;&#x30CA;&#x30D5;&#x30BF;&#x30EC;&#x30F3;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;C&#xFF08;29&#xFF09;&#x3068;C&#xFF08;30&#xFF09;hopanes&#x3067;&#x3001;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;-&#x6539;&#x6B63;&#x6587;&#x5316;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x591A;&#x74B0;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x70AD;&#x5316;&#x6C34;&#x7D20;&#x3092;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3055;&#x305B;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x305F;&#x3068;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x7A2E;&#x9593;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x529B;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x539F;&#x6CB9;&#x5206;&#x89E3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x4E0A;&#x306B;&#x30D4;&#x30AA;&#x30B7;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;

&#xB179; &#xB18D; &#xADE0;&#xC740; &#xC11D;&#xC720; &#xC624;&#xC5FC; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC790;&#xC8FC; &#xACE0;&#xB9BD; &#xB418;&#xBA70; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xC694;&#xC778; &#xACBD;&#xC7C1;&#xB825; &#xBC0F; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC874;&#xC744; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xD558; &#xACE0; n-&#xC54C;&#xCE78; degrader. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xAC19;&#xC740; &#xC694;&#xC18C;, pyocyanin, P. &#xB18D; &#xADE0;&#xC774; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC624;&#xC77C; &#xD0C0;&#xB77D; &#xBB38;&#xD654;&#xB97C; &#xD0D0;&#xC9C0; &#xD558; &#xACE0; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC131;&#xC7A5; &#xC5B5;&#xC81C; &#xB2A5;&#xB825;&#xC774; redox &#xD65C;&#xC131; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; &#xC774;&#xB2E4;. Pyocyanin &#xCD94;&#xAC00;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xAC80;&#xC0AC;&#xD560; &#xC624;&#xC77C; &#xC800;&#xD558; &#xBB38;&#xD654;&#xB294; &#xD568;&#xAED8; &#xC131;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; 9.5 microM &#xC5C6;&#xC774; pyocyanin &#xBC0F; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC624;&#xC77C; &#xC800;&#xD558; 50 &#xC77C; &#xB3D9;&#xC548; &#xAC10;&#xC2DC; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xBB38;&#xD654;&#xC758; &#xADF8;&#xB77C;&#xB370;&#xC774;&#xC158; &#xC824; &#xC804;&#xAE30; &#xC774;&#xB3D9; &#xBC95; (DGGE) &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xBCC0;&#xC131; pyocyanin &#xAC1C;&#xC815; &#xBB38;&#xD654; unamended &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xAC10;&#xC18C;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC21C;&#xC218;&#xD55C; &#xBB38;&#xD654; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xB450; &#xBA64;&#xBC84; &#xC804;&#xC2DC; &#xC911;&#xAC04; &#xBC0F; &#xB0AE;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xD56D; &#xC0B0;&#xD654; &#xD6A8;&#xC18C; catalase &#xBC0F; superoxide dismutase&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xAC01;&#xAC01; &#xD574;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; pyocyanin ~ &#xC911;&#xAC04; &#xBC0F; &#xB192;&#xC740; &#xAC10;&#xB3C4;. 50 &#xC77C; &#xBB38;&#xD654; &#xC7A0;&#xBCF5;&#xAE30; &#xB3D9;&#xC548; DGGE &#xC824;&#xC5D0; &#xC77C;&#xC815; &#xD558; &#xAC8C; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xD68C;&#xC6D0; &#xC804;&#xC2DC; &#xC544;&#xBB34; &#xAC10;&#xB3C4; pyocyanin, catalase &#xBC0F; superoxide dismutase &#xC21C;&#xC218; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC80;&#xC0AC;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9;. Pyocyanin &#xC6D0;&#xC720;&#xC758; &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC800;&#xD558;&#xB97C;&#xB3C4; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 50 &#xC77C;&#xC5D0; pyocyanin &#xC5C6;&#xC774; &#xBB38;&#xD654; polycyclic &#xC544;&#xB85C;&#xB9C8; &#xD0C4; &#xD654; &#xC218;&#xC18C; pyocyanin &#xAC1C;&#xC815; &#xBB38;&#xD654; dibenzothiophenes, naphthalenes, C(29) &#xBC0F; C(30) hopanes&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xC815; &#xAC10;&#xC18C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; pyocyanin &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; interspecies &#xC0C1;&#xD638; &#xC774;&#xD574;&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xC800;&#xD558; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC81C;&#xC548; &#xC124;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC6D0;&#xC720; &#xC624;&#xC77C; &#xC800;&#xD558; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0; pyocyanin&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC;.

Pseudomonas aeruginosa es un degradador de n-alcanos que es frecuentemente aislada de sitios contaminados con petr&#xF3;leo y produce factores que mejoran su competitividad y la supervivencia en muchos entornos. En este estudio, un factor de tal, piocianina, ha sido detectado en un cultivo que degrada el petr&#xF3;leo que contiene P. aeruginosa y es un compuesto redox-activo capaz de inhibir el crecimiento microbiano. Para examinar los efectos de piocianina m&#xE1;s, una cultura que degrada el petr&#xF3;leo se cultiv&#xF3; con y sin 9,5 piocianina microM y estructura de la comunidad microbiana y la degradaci&#xF3;n del aceite fueron controlados durante 50 d&#xED;as. Electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante (DGGE) an&#xE1;lisis de las culturas revel&#xF3; una disminuci&#xF3;n en la diversidad de la comunidad microbiana en las culturas piocianina-modificado con respecto a la de las culturas no modificadas. Dos miembros de la comunidad microbiana en cultivos puros mostraron sensibilidad intermedia y alta de piocianina correspondientes a los niveles intermedios y bajos de actividad de las enzimas antioxidantes catalasa y super&#xF3;xido dismutasa, respectivamente. Otro miembro de la comunidad que se mantuvo constante en los geles de DGGE durante el per&#xED;odo de cultivo 50-d&#xED;as de incubaci&#xF3;n exhibi&#xF3; ninguna sensibilidad a piocianina, correspondiente a un alto nivel de catalasa y super&#xF3;xido dismutasa cuando se examina en un cultivo puro. Piocianina afectado tambi&#xE9;n a la degradaci&#xF3;n global del crudo. En 50 d&#xED;as, la cultura sin piocianina hab&#xED;an disminuido los hidrocarburos arom&#xE1;ticos polic&#xED;clicos en comparaci&#xF3;n con la cultura piocianina-modificado, con una reducci&#xF3;n espec&#xED;fica en la degradaci&#xF3;n de dibenzotiofenos, naftalenos, y C (29) y C (30) hopanos. Este estudio demostr&#xF3; que piocianina influido en la diversidad de la comunidad microbiana y sugiere la importancia de la comprensi&#xF3;n de c&#xF3;mo las interacciones entre especies influyen en la capacidad de degradaci&#xF3;n de una comunidad microbiana.

Efecto de la piocianina de una comunidad microbiana crudo-que degrada el petr&#xF3;leo

&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x70C3; (PAHs) &#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x964D;&#x89E3;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x5F88;&#x591A;&#x7EAF;&#x6587;&#x5316;&#x5DF2;&#x5F97;&#x5230;&#x5206;&#x79BB;&#x548C;&#x5B9A;&#x6027;&#x4E3A;&#x6210;&#x957F;&#x4E0A;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x70C3;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#xFF0C;&#x6240;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x9999;&#x70C3;&#x5728;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x964D;&#x89E3;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x4E0A;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x4FE1;&#x606F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x4E86;&#x901A;&#x7528; PCR &#x5F15;&#x7269;&#x9488;&#x5BF9;&#x7F16;&#x7801; Rieske &#x94C1;&#x786B;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x5171;&#x540C;&#x5BF9;&#x6240;&#x6709;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x9999;&#x70C3;&#x53CC;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x9176;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7247;&#x6BB5;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B; Rieske &#x5F15;&#x7269;&#x88AB;&#x96C7;&#x7528;&#x6765;&#x8DDF;&#x8E2A;&#x540E;&#x66B4;&#x9732;&#x4E8E;&#x8418;&#x3001; &#x83F2;&#x3001; &#x6216;&#x8298;&#x7684;&#x571F;&#x58E4;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6587;&#x5316;&#x53CC;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4EBA;&#x53E3;&#x8FC1;&#x79FB;&#x3002;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x9999;&#x70C3;&#x9000;&#x5316;&#x76D1;&#x6D4B;&#x4E0E;&#x706B;&#x7130;&#x7535;&#x79BB;&#x68C0;&#x6D4B;&#x6C14;&#x76F8;&#x8272;&#x8C31;&#x4EEA;&#x3002;DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x81EA;&#x540E;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x9999;&#x70C3;&#x9000;&#x5316;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6587;&#x5316;&#x3002;&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x94FE;&#x53CD;&#x5E94;&#x4ECE;&#x4ECE;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6D53;&#x7F29;&#x6587;&#x5316;&#x4E0E;&#x672A;&#x7ECF;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684; DNA &#x6269;&#x589E; 16S rRNA &#x548C; Rieske &#x57FA;&#x56E0;&#x7247;&#x6BB5;&#x3002;PCR &#x4EA7;&#x7269;&#x7684;&#x514B;&#x9686;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x5206;&#x5B50;&#x76D1;&#x6D4B;&#x7684;&#x4E4B;&#x524D;&#x7684;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6587;&#x5316;&#x548C;&#x540E;&#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x6027;&#x68AF;&#x5EA6;&#x51DD;&#x80F6;&#x7535;&#x6CF3;&#x548C; 16S rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x5E93;&#x7684;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x9999;&#x70C3;&#x9000;&#x5316;&#x8868;&#x660E;&#x7279;&#x5B9A;&#x7259;&#x5468;&#x75C5;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6709;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x9999;&#x70C3;&#x9000;&#x5316;&#x3002;&#x514B;&#x9686;&#x7684; Rieske &#x57FA;&#x56E0;&#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x8868;&#x660E;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5957;&#x4EF6;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5B58;&#x5728;&#x4E8E;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5BCC;&#x96C6;&#x57F9;&#x517B;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x571F;&#x58E4;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x79CD;&#x7FA4;&#x3002;&#x8BB8;&#x591A; Rieske &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7247;&#x6BB5;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x4E3A;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E8E;&#x7528;&#x6765;&#x8BBE;&#x8BA1; PCR &#x5F15;&#x7269;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x53CC;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684; clades&#x3002;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x4E0D;&#x4EC5;&#x662F;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x793E;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E14;&#x4E5F;&#x662F;&#x53CC;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#xFF0C;&#x5B83;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6709;&#x529B;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#xFF0C;&#x5728;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x8BC4;&#x4F30;&#x751F;&#x7269;&#x4FEE;&#x590D;&#x6F5C;&#x529B;&#x548C;&#x65B0;&#x578B;&#x53CC;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x53CC;&#x52A0;&#x6C27;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x5728;&#x591A;&#x73AF;&#x82B3;&#x70C3;&#x751F;&#x7269;&#x964D;&#x89E3;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;

The degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) by bacteria has been widely studied. While many pure cultures have been isolated and characterized for their ability to grow on PAHs, limited information is available on the diversity of microbes involved in PAH degradation in the environment. We have designed generic PCR primers targeting the gene fragment encoding the Rieske iron sulfur center common to all PAH dioxygenase enzymes. These Rieske primers were employed to track dioxygenase gene population shifts in soil enrichment cultures following exposure to naphthalene, phenanthrene, or pyrene. PAH degradation was monitored by gas chromatograph with flame ionization detection. DNA was extracted from the enrichment cultures following PAH degradation. 16S rRNA and Rieske gene fragments were PCR amplified from DNA extracted from each enrichment culture and an unamended treatment. The PCR products were cloned and sequenced. Molecular monitoring of the enrichment cultures before and after PAH degradation using denaturing gradient gel electrophoresis and 16S rRNA gene libraries suggests that specific phylotypes of bacteria were associated with the degradation of each PAH. Sequencing of the cloned Rieske gene fragments showed that different suites of genes were present in soil microbe populations under each enrichment culture condition. Many of the Rieske gene fragment sequences fell into clades which are distinct from the reference dioxygenase gene sequences used to design the PCR primers. The ability to profile not only the bacterial community but also the dioxygenases which they encode provides a powerful tool for both assessing bioremediation potential in the environment and for the discovery of novel dioxygenase genes.

Microbial dioxygenase gene population shifts during polycyclic aromatic hydrocarbon biodegradation.

La d&#xE9;gradation des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) par les bact&#xE9;ries a &#xE9;t&#xE9; largement &#xE9;tudi&#xE9;e. Alors que de nombreuses cultures pures ont &#xE9;t&#xE9; isol&#xE9;s et caract&#xE9;ris&#xE9;s par leur capacit&#xE9; &#xE0; cro&#xEE;tre sur les HAP, peu d&#x26;#39;informations disponibles sur la diversit&#xE9; des microbes impliqu&#xE9;s dans la d&#xE9;gradation des HAP dans l&#x26;#39;environnement. Nous avons con&#xE7;u des amorces de PCR g&#xE9;n&#xE9;riques ciblant le fragment de g&#xE8;ne codant le centre fer-soufre Rieske commun &#xE0; toutes les enzymes dioxyg&#xE9;nase HAP. Ces amorces ont &#xE9;t&#xE9; employ&#xE9;es pour Rieske retracer les mouvements de population dans les g&#xE8;nes de dioxyg&#xE9;nase cultures d&#x26;#39;enrichissement du sol suite &#xE0; une exposition au naphtal&#xE8;ne, le ph&#xE9;nanthr&#xE8;ne, ou le pyr&#xE8;ne. HAP d&#xE9;gradation a &#xE9;t&#xE9; suivie par chromatographie en phase gazeuse avec d&#xE9;tection par ionisation de flamme. L&#x26;#39;ADN a &#xE9;t&#xE9; extrait &#xE0; partir des cultures d&#x26;#39;enrichissement apr&#xE8;s la d&#xE9;gradation des HAP. ARNr 16S et des fragments de g&#xE8;nes ont &#xE9;t&#xE9; amplifi&#xE9;s par PCR Rieske &#xE0; partir d&#x26;#39;ADN extrait de chaque culture d&#x26;#39;enrichissement et un traitement sans modification. Les produits de PCR ont &#xE9;t&#xE9; clon&#xE9;s et s&#xE9;quenc&#xE9;s. Surveillance mol&#xE9;culaire des cultures d&#x26;#39;enrichissement avant et apr&#xE8;s la d&#xE9;gradation des HAP en utilisant &#xE9;lectrophor&#xE8;se sur gel d&#xE9;naturant de gradient et des biblioth&#xE8;ques g&#xE8;ne 16S rRNA sugg&#xE8;re que phylotypes sp&#xE9;cifiques de bact&#xE9;ries ont &#xE9;t&#xE9; associ&#xE9;s &#xE0; la d&#xE9;gradation de chaque HAP. Le s&#xE9;quen&#xE7;age des fragments clon&#xE9;s de g&#xE8;nes Rieske a montr&#xE9; que diff&#xE9;rentes suites de g&#xE8;nes &#xE9;taient pr&#xE9;sents dans les populations microbiennes du sol sous chaque condition de culture d&#x26;#39;enrichissement. La plupart des s&#xE9;quences Rieske fragment de g&#xE8;ne est tomb&#xE9; dans clades distincts de s&#xE9;quences de r&#xE9;f&#xE9;rence des g&#xE8;nes dioxyg&#xE9;nase utilis&#xE9;s pour concevoir des amorces de PCR. La capacit&#xE9; &#xE0; profiler non seulement la communaut&#xE9; bact&#xE9;rienne, mais aussi les dioxyg&#xE9;nases qu&#x26;#39;ils codent fournit un outil puissant &#xE0; la fois pour &#xE9;valuer le potentiel de biorestauration dans l&#x26;#39;environnement et pour la d&#xE9;couverte de g&#xE8;nes de dioxyg&#xE9;nase de nouveaux.

Population microbienne Gene dioxyg&#xE9;nase D&#xE9;cale Lors de la biod&#xE9;gradation en hydrocarbures aromatiques polycycliques

Der Abbau der polyzyklischen aromatischen Kohlenwasserstoffe (PAK) durch Bakterien ist weitgehend studiert worden. W&auml;hrend viele Reinkulturen wurden isoliert und charakterisiert, um ihre F&auml;higkeit zu wachsen auf Pak, gibt begrenzter Informationen &uuml;ber die Vielfalt der Mikroben PAH-Abbau in der Umwelt beteiligt. Wir haben generische PCR Z&uuml;ndkapseln gezielt das Gen-Fragment Codierung Rieske Eisen Schwefel Zentrum, alle PAH Dioxygenase Enzyme gemeinsam gestaltet. Diese Rieske-Grundierungen waren Dioxygenase gen Bev&ouml;lkerungsverschiebungen in Boden Bereicherung Kulturen nach Exposition gegen&uuml;ber Naphthalin, Phenanthren und pyren verfolgen besch&auml;ftigt. PAH-Abbau wurde von Gaschromatograph mit Flamme Ionisation Erkennung beobachtet. DNA wurde aus der Bereicherung-Kulturen nach Pak Abbau gewonnen. 16S rRNA und Rieske-gen-Fragmente wurden PCR Verst&auml;rkung von DNA aus jede Bereicherung Kultur und eine unge&auml;ndert Behandlung extrahiert. Die PCR-Produkte wurden geklont und sequenziert. Molekulare &Uuml;berwachung der Anreicherung Kulturen vor und nach Pak Abbau mit Denaturierung gradient Gel Elektrophorese und 16S rRNA-Gen-Bibliotheken legt nahe, dass bestimmte Phylotypen von Bakterien mit der Verschlechterung der einzelnen PAH verbunden waren. Sequenzierung der geklonte Rieske-gen-Fragmente zeigte, dass verschiedene Suiten von Genen in Boden durch Mikroben Populationen unter jede Bereicherung Kultur Bedingung vorhanden waren. Viele der Rieske Fragment Gensequenzen fiel in Kladen getrennten der Verweis Dioxygenase Gensequenzen benutzt, um die PCR Z&uuml;ndkapseln zu entwerfen. Die M&ouml;glichkeit nicht nur die bakterielle Gemeinschaft, sondern auch die Dioxygenases kodieren sie ein Profil ist ein leistungsstarkes Tool f&uuml;r sowohl Bewertung Bioremediation-Potenzial in der Umgebung und f&uuml;r die Entdeckung neuartiger Dioxygenase Gene.

Mikrobielle Dioxygenase gen Bev&ouml;lkerung Verschiebungen w&auml;hrend polyzyklischer aromatischer Kohlenwasserstoffe biologischer Abbau.

La degradazione di idrocarburi policiclici aromatici (IPA) da batteri &egrave; stata ampiamente studiata. Mentre molte colture pure sono state isolate e caratterizzate per la loro capacit&agrave; di crescere su IPA, limitate informazioni sono disponibile la diversit&agrave; dei microbi coinvolti nella degradazione di IPA nell&#39;ambiente. Abbiamo progettato gli iniettori di PCR generici il frammento di gene codifica comune a tutti gli enzimi diossigenasi PAH centro zolfo ferro Rieske di targeting. Questi iniettori Rieske sono stati impiegati per monitorare spostamenti di popolazione gene diossigenasi in colture di arricchimento del suolo dopo esposizione naftalene, fenantrene, pirene o. PAH degradazione &egrave; stata monitorata da gascromatografo con rilevazione di ionizzazione di fiamma. DNA &egrave; stato estratto dalle culture arricchimento successivo degrado PAH. 16S rRNA e frammenti di gene Rieske erano PCR amplificati da DNA Estratto da ogni cultura arricchimento e un trattamento senza modifiche. I prodotti di PCR sono stati clonati e sequenziati. Monitoraggio molecolare delle culture arricchimento prima e dopo la degradazione di PAH mediante denaturing gradient gel electrophoresis 16S rRNA gene librerie e suggerisce che phylotypes di specifiche di batteri sono stati associati con la degradazione di ogni IPA. Sequenziamento di frammenti gene Rieske clonati hanno dimostrato che diverse suite di geni erano presenti in popolazioni microbo del terreno in ogni condizione di coltura di arricchimento. Molte delle sequenze del frammento di gene Rieske cadde in cladi che sono distinte dalle sequenze geniche diossigenasi riferimento utilizzate per progettare gli iniettori PCR. La capacit&agrave; di profilo non solo la comunit&agrave; batterica, ma anche le diossigenasi che essi codificano fornisce un potente strumento per entrambi valutazione potenziale bioremediation in ambiente e per la scoperta di geni romanzo diossigenasi.

Popolazione gene microbico diossigenasi spostamenti durante la biodegradazione degli idrocarburi aromatici policiclici.

&#x7D30;&#x83CC;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x591A;&#x74B0;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x70AD;&#x5316;&#x6C34;&#x7D20;&#xFF08;PAHs&#xFF09;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x304C;&#x5E83;&#x304F;&#x691C;&#x8A0E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x7D14;&#x7C8B;&#x57F9;&#x990A;&#x304C;&#x5358;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x591A;&#x74B0;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x70AD;&#x5316;&#x6C34;&#x7D20;&#x3067;&#x6210;&#x9577;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x60C5;&#x5831;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x5185;&#x306E;PAH&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;PAH&#x30B8;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x9175;&#x7D20;&#x306B;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30B1;&#x9244;&#x786B;&#x9EC4;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x3092;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x65AD;&#x7247;&#x3092;&#x6A19;&#x7684;&#x3068;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;PCR&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3092;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x30EA;&#x30B9;&#x30B1;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x30CA;&#x30D5;&#x30BF;&#x30EC;&#x30F3;&#x3001;&#x30D5;&#x30A7;&#x30CA;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EC;&#x30F3;&#x3001;&#x30D4;&#x30EC;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x66B4;&#x9732;&#x5F8C;&#x306E;&#x571F;&#x58CC;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x57F9;&#x990A;&#x306B;&#x304A;&#x3044;&#x3066;&#x30B8;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x79FB;&#x52D5;&#x3092;&#x8FFD;&#x8DE1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x3002; PAH&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306F;&#x3001;&#x6C34;&#x7D20;&#x708E;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x5316;&#x691C;&#x51FA;&#x5668;&#x4ED8;&#x304D;&#x30AC;&#x30B9;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x76E3;&#x8996;&#x3057;&#x305F;&#x3002; DNA&#x306F;&#x3001;PAH&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x5F8C;&#x306B;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x57F9;&#x990A;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 16S rRNA&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30EA;&#x30B9;&#x30B1;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x65AD;&#x7247;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x96C6;&#x7A4D;&#x57F9;&#x990A;&#x3068;unamended&#x6CBB;&#x7642;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3057;&#x305F;DNA&#x304B;&#x3089;&#x5897;&#x5E45;&#x3057;&#x305F;PCR&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002; PCR&#x7523;&#x7269;&#x3092;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3057;&#x3001;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5909;&#x6027;&#x52FE;&#x914D;&#x30B2;&#x30EB;&#x96FB;&#x6C17;&#x6CF3;&#x52D5;&#x304A;&#x3088;&#x3073;16S rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;PAH&#x5206;&#x89E3;&#x524D;&#x3068;&#x5F8C;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x57F9;&#x990A;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x30E2;&#x30CB;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;phylotypes&#x306F;&#x3001;&#x5404;PAH&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x3068;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3057;&#x305F;&#x30EA;&#x30B9;&#x30B1;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30B9;&#x30A4;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x57F9;&#x990A;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x571F;&#x58CC;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x96C6;&#x56E3;&#x5185;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x30EA;&#x30B9;&#x30B1;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306F;&#x3001;PCR&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3092;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x57FA;&#x6E96;&#x30B8;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x306B;&#x843D;&#x3061;&#x305F;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x30B8;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30EC;&#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3068;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30B8;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B8;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B2;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306F;&#x591A;&#x74B0;&#x5F0F;&#x82B3;&#x9999;&#x65CF;&#x70AD;&#x5316;&#x6C34;&#x7D20;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;

&#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; polycyclic &#xBC29;&#xD5A5;&#xC871; &#xD0C4;&#xD654;&#xC218;&#xC18C; (PAHs)&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xB97C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB9CE;&#xC740; &#xC21C;&#xC218; &#xBB38;&#xD654;&#xB97C; &#xC808;&#xC5F0; &#xD558; &#xACE0; Pahs&#xC5D0; &#xC131;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xC81C;&#xD55C; &#xC815;&#xBCF4;&#xB294; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; PAH &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; Rieske &#xCCA0; &#xD669; &#xC13C;&#xD130; &#xBAA8;&#xB4E0; PAH dioxygenase &#xD6A8;&#xC18C;&#xC5D0; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2E8;&#xD3B8;&#xC744; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xC77C;&#xBC18; PCR &#xB1CC;&#xAD00; &#xB514;&#xC790;&#xC778;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; Rieske &#xD504;&#xB77C;&#xC774; &#xBA38; &#xD0C8;, phenanthrene, &#xB610;&#xB294; pyrene &#xB2E4;&#xC74C; &#xD1A0;&#xC591; &#xB18D;&#xCD95; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0; dioxygenase &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC778;&#xAD6C; &#xBCC0;&#xD654; &#xCD94;&#xC801;&#xC744; &#xACE0;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. PAH &#xC800;&#xD558;&#xB294; &#xD654; &#xC5FC; &#xC774;&#xC628;&#xD654; &#xAC80;&#xCD9C; &#xAC00;&#xC2A4; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8; &#xD1A0; &#xADF8;&#xB798;&#xD504;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. DNA&#xB294; PAH &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB18D;&#xCD95; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. 16S Rrna&#xC640; Rieske &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xAC01;&#xC744; &#xC99D;&#xD3ED; &#xAC01; &#xB18D;&#xCD95; &#xBB38;&#xD654;&#xC640; unamended &#xCE58;&#xB8CC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C; &#xB41C; DNA&#xC5D0;&#xC11C; PCR&#xC744; &#xD588;&#xB2E4;. PCR &#xC81C;&#xD488;&#xC744; &#xBCF5;&#xC81C; &#xD558; &#xACE0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBD84;&#xC790; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1; &#xD558;&#xAE30; &#xC804;&#xC5D0; &#xB18D;&#xCD95; &#xBB38;&#xD654;&#xC758; &#xACE0; PAH &#xC800;&#xD558; &#xBCC0;&#xC131; &#xADF8;&#xB77C;&#xB370;&#xC774;&#xC158; &#xC824; &#xC804;&#xAE30; &#xC774;&#xB3D9; &#xBC95; &#xBC0F; 16S rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; phylotypes &#xAC01; PAH&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC81C;&#xC548; &#xD6C4;. &#xBCF5;&#xC81C; &#xB41C; Rieske &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xAC01;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC81C;&#xD488;&#xAD70;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC01; &#xB18D;&#xCD95; &#xBB38;&#xD654; &#xC870;&#xAC74; &#xD1A0;&#xC591; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xB294; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; Rieske &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xAC01; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAD6C;&#xBD84; &#xCC38;&#xC870; dioxygenase &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; PCR &#xB1CC;&#xAD00; &#xB514;&#xC790;&#xC778; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; clades&#xB85C; &#xB5A8;&#xC5B4;&#xC84C;&#xB2E4;. &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD558;&#xB294; dioxygenases &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1; &#xB2A5;&#xB825; &#xC18C;&#xC124; dioxygenase &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBAA8;&#xB450; &#xC0AC;&#xC815; bioremediation &#xC7A0;&#xC7AC;&#xB825;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; dioxygenase &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC778;&#xAD6C; polycyclic &#xC544;&#xB85C;&#xB9C8; &#xD0C4; &#xD654; &#xC218;&#xC18C; biodegradation &#xB3D9;&#xC548; &#xC774;&#xB3D9;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La degradaci&#xF3;n de los hidrocarburos arom&#xE1;ticos polic&#xED;clicos (HAP) por las bacterias ha sido ampliamente estudiada. Mientras que muchos cultivos puros se han aislado y caracterizado por su capacidad para crecer en HAP, la informaci&#xF3;n limitada est&#xE1; disponible en la diversidad de microbios implicadas en la degradaci&#xF3;n de HAP en el medio ambiente. Hemos dise&#xF1;ado gen&#xE9;ricos PCR primers dirigidos al fragmento de gen que codifica el centro de hierro Rieske de azufre com&#xFA;n a todas las enzimas dioxigenasa HAP. Estos cebadores Rieske fueron empleados para realizar un seguimiento de los cambios de poblaci&#xF3;n dioxigenasa de genes en cultivos de enriquecimiento del suelo despu&#xE9;s de la exposici&#xF3;n a la naftalina, fenantreno, o pireno. La degradaci&#xF3;n de los HAP se sigui&#xF3; por cromatograf&#xED;a de gases con detecci&#xF3;n de ionizaci&#xF3;n de llama. Se extrajo el ADN de los cultivos de enriquecimiento despu&#xE9;s de la degradaci&#xF3;n de los HAP. 16S rRNA y fragmentos de genes Rieske fueron PCR amplificado a partir de ADN extra&#xED;do de cada uno de enriquecimiento de la cultura y un tratamiento sin modificaciones. Los productos de PCR fueron clonados y secuenciados. El control molecular de los cultivos de enriquecimiento antes y despu&#xE9;s de la degradaci&#xF3;n de los HAP mediante electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante y el 16S rRNA bibliotecas de genes sugiere que filotipos espec&#xED;ficos de bacterias se asociaron con la degradaci&#xF3;n de cada uno de los HAP. La secuenciaci&#xF3;n de los fragmentos de genes clonados Rieske mostr&#xF3; que las suites de diferentes genes estaban presentes en las poblaciones microbianas del suelo en cada condici&#xF3;n de cultivo de enriquecimiento. Muchas de las secuencias de fragmentos de genes Rieske cay&#xF3; en clados que son diferentes de las secuencias de genes de referencia dioxigenasa utilizados para dise&#xF1;ar los cebadores de PCR. La capacidad de un perfil no s&#xF3;lo de la comunidad bacteriana, sino tambi&#xE9;n los dioxigenasas que codifican proporciona una poderosa herramienta para evaluar tanto el potencial de biorremediaci&#xF3;n en el ambiente y para el descubrimiento de genes nuevos dioxigenasa.

Poblaci&#xF3;n microbiana Gene dioxigenasa se mueve durante la biodegradaci&#xF3;n hidrocarburos arom&#xE1;ticos polic&#xED;clicos

Anstieg der Pr&auml;valenz von antibiotikaresistenten Bakterien erfordern neue Ans&auml;tze zur Behandlung von ansteckenden bakteriellen Krankheitserregern. Es ist jetzt klar, dass ein Nanotechnologie-Ansatz mit Nanopartikeln selektiv Ziel und zerst&ouml;ren pathogene Bakterien erfolgreich umgesetzt werden kann. Wir haben diesen Ansatz untersucht, mit gold hergestellt, die mit prim&auml;ren Antik&ouml;rper selektiv zu zerst&ouml;ren, die pathogenen Gram-negativen Bakteriums, Pseudomonas Aeruginosa kovalent verkn&uuml;pft wurden. Wir finden, dass nach Nanorod-Anlage an die Oberfl&auml;che der Bakterienzelle, Gef&auml;hrdung durch Nah-Infrarot-Strahlung f&uuml;hrt zu einer erheblichen Verringerung bakterielle Zelle Entwicklungsf&auml;higkeit.

Gezielte fotothermischen Lyse der pathogenen Bakterien, Pseudomonas Aeruginosa, mit gold hergestellt.

Aumento della prevalenza di batteri resistenti agli antibiotici richiede nuovi approcci per il trattamento di agenti patogeni batterici infettivi. Ora &egrave; chiaro che un approccio basato sulla nanotecnologia usando nanoparticelle a selettivamente il bersaglio e distruggere i batteri patogeni pu&ograve; essere implementato con successo. Abbiamo esplorato questo approccio utilizzando oro nanobastoni che sono stati legati covalentemente agli anticorpi primari per distruggere selettivamente il batterio patogeno Gram-negativo, Pseudomonas aeruginosa. Troviamo che, seguendo nanorod attaccamento alla superficie delle cellule batteriche, esposizione ai risultati del vicino infrarosso radiazione una riduzione significativa di attuabilit&agrave; delle cellule batteriche.

Fototermica mirati lisi dei batteri patogeni, Pseudomonas aeruginosa, con nanobastoni d&#39;oro.

&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x8010;&#x6027;&#x83CC;&#x306E;&#x6709;&#x75C5;&#x7387;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306F;&#x3001;&#x611F;&#x67D3;&#x7D30;&#x83CC;&#x6027;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x306B;&#x6A19;&#x7684;&#x3068;&#x3057;&#x3001;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x7834;&#x58CA;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30CA;&#x30CE;&#x7C92;&#x5B50;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30CA;&#x30CE;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CE;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x4E3B;&#x5C0E;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x304C;&#x6B63;&#x5E38;&#x306B;&#x5B9F;&#x88C5;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5171;&#x6709;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x9670;&#x6027;&#x83CC;&#x3001;&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#x3092;&#x7834;&#x58CA;&#x3059;&#x308B;&#x4E00;&#x6B21;&#x6297;&#x4F53;&#x306B;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x91D1;&#x30CA;&#x30CE;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x6A21;&#x7D22;&#x3057;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x751F;&#x5B58;&#x7387;&#x306E;&#x6709;&#x610F;&#x306A;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3067;&#x3001;&#x8FD1;&#x8D64;&#x5916;&#x653E;&#x5C04;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3078;&#x306E;&#x66B4;&#x9732;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#x306B;&#x30CA;&#x30CE;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x306E;&#x6DFB;&#x4ED8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x306E;&#x3001;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x75C5;&#x539F;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x5149;&#x71B1;&#x6EB6;&#x89E3;&#x3001;&#x91D1;&#x30CA;&#x30CE;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#x306E;&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#x3001;

L&#x26;#39;augmentation de la pr&#xE9;valence de bact&#xE9;ries r&#xE9;sistantes aux antibiotiques n&#xE9;cessitent de nouvelles approches pour le traitement des maladies infectieuses bact&#xE9;riennes pathog&#xE8;nes. Il est maintenant clair qu&#x26;#39;une approche ax&#xE9;e sur la nanotechnologie utilisant des nanoparticules pour cibler s&#xE9;lectivement et de d&#xE9;truire les bact&#xE9;ries pathog&#xE8;nes peuvent &#xEA;tre mis en &#x153;uvre avec succ&#xE8;s. Nous avons explor&#xE9; cette approche en utilisant nanotubes d&#x26;#39;or qui ont &#xE9;t&#xE9; li&#xE9;s de mani&#xE8;re covalente &#xE0; des anticorps primaires de d&#xE9;truire s&#xE9;lectivement les pathog&#xE8;nes &#xE0; Gram n&#xE9;gatif bact&#xE9;rie, Pseudomonas aeruginosa. Nous constatons que, suite &#xE0; l&#x26;#39;attachement nanotige &#xE0; la surface de la cellule bact&#xE9;rienne, l&#x26;#39;exposition &#xE0; des r&#xE9;sultats de rayonnement dans le proche infrarouge &#xE0; une r&#xE9;duction significative de la viabilit&#xE9; de la cellule bact&#xE9;rienne.

Cibl&#xE9;e Lysis photothermique des bact&#xE9;ries pathog&#xE8;nes, Pseudomonas aeruginosa, avec nanotubes d&#x26;#39;or

&#x589E;&#x52A0;&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x8010;&#x836F;&#x83CC;&#x7684;&#x6D41;&#x884C;&#x4F20;&#x67D3;&#x6027;&#x7EC6;&#x83CC;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x9700;&#x8981;&#x65B0;&#x7684;&#x529E;&#x6CD5;&#x3002;&#x73B0;&#x5728;&#xFF0C;&#x5F88;&#x663E;&#x7136;&#x7EB3;&#x7C73;&#x6280;&#x672F;&#x9A71;&#x52A8;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x7EB3;&#x7C73;&#x7C92;&#x5B50;&#x6765;&#x6709;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x5730;&#x7784;&#x51C6;&#x548C;&#x6467;&#x6BC1;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x6210;&#x529F;&#x5730;&#x5B9E;&#x65BD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63A2;&#x8BA8;&#x4E86;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x5171;&#x4EF7;&#x952E;&#x8FDE;&#x7684;&#x521D;&#x7EA7;&#x6297;&#x4F53;&#xFF0C;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x5730;&#x9500;&#x6BC1;&#x7684;&#x9769;&#x5170;&#x9634;&#x6027;&#x6746;&#x83CC;&#x7684;&#x81F4;&#x75C5;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3001; &#x94DC;&#x7EFF;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x7684;&#x91D1;&#x7EB3;&#x7C73;&#x68D2;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#xFF0C;&#x4E4B;&#x540E;&#x7EB3;&#x7C73;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x9762;&#xFF0C;&#x66B4;&#x9732;&#x4E8E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6D3B;&#x6027;&#x5927;&#x5927;&#x51CF;&#x5C11;&#x8FD1;&#x7EA2;&#x5916;&#x8F90;&#x5C04;&#x5BFC;&#x81F4;&#x7684;&#x9644;&#x4EF6;&#x3002;

&#x9488;&#x5BF9;&#x81F4;&#x75C5;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3001; &#x94DC;&#x7EFF;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x3001; &#x91D1;&#x7EB3;&#x7C73;&#x68D2;&#x4E0E;&#x5149;&#x70ED;&#x677E;&#x89E3;&#x672F;&#x3002;

Increases in the prevalence of antibiotic resistant bacteria require new approaches for the treatment of infectious bacterial pathogens. It is now clear that a nanotechnology-driven approach using nanoparticles to selectively target and destroy pathogenic bacteria can be successfully implemented. We have explored this approach by using gold nanorods that have been covalently linked to primary antibodies to selectively destroy the pathogenic Gram-negative bacterium, Pseudomonas aeruginosa. We find that, following nanorod attachment to the bacterial cell surface, exposure to near-infrared radiation results in a significant reduction in bacterial cell viability.

Targeted photothermal lysis of the pathogenic bacteria, Pseudomonas aeruginosa, with gold nanorods.

&#xD56D;&#xC0DD;&#xC81C; &#xB0B4;&#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xBC1C;&#xBCD1; &#xB960;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xC804;&#xC5FC; &#xC131; &#xC138;&#xADE0; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xADE0;&#xC758; &#xCE58;&#xB8CC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC811;&#xADFC; &#xD544;&#xC694;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xC774;&#xC81C; &#xBD84;&#xBA85; &#xB098;&#xB178; &#xC785;&#xC790;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB300;&#xC0C1; &#xBC0F; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB97C; &#xD30C;&#xAD34; &#xD558;&#xB294; &#xB098;&#xB178;&#xAE30;&#xC220; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC131;&#xACF5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xD604;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xADF8;&#xB78C; &#xC74C;&#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;, &#xB179; &#xB18D; &#xADE0;&#xC744; &#xC120;&#xD0DD;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD30C;&#xAD34; &#xD558;&#xB294; 1 &#xCC28; &#xD56D; &#xCCB4; &#x70AD; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C; &#xACE8;&#xB4DC; nanorods&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;&#xC774; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xD0D0;&#xD5D8;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xCC3E;&#xC744;, &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC138;&#xD3EC; &#xC0DD;&#xC874; &#xB2A5;&#xB825;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xAC10;&#xC18C;&#xB97C; &#xADFC; &#xC801;&#xC678;&#xC120; &#xBC29;&#xC0AC;&#xC120; &#xB178;&#xCD9C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0; nanorod &#xCCA8;&#xBD80; &#xD30C;&#xC77C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C;.

&#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; lysis photothermal &#xACE8;&#xB4DC; nanorods&#xC640; &#xB179; &#xB18D; &#xADE0;&#xC744; &#xD45C;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD55C;&#xB2E4;.

Los aumentos en la prevalencia de bacterias resistentes a antibi&#xF3;ticos requieren nuevos enfoques para el tratamiento de los pat&#xF3;genos bacterianos infecciosos. Ahora est&#xE1; claro que un enfoque de la nanotecnolog&#xED;a basada en el uso de nanopart&#xED;culas para atacar selectivamente y destruir las bacterias pat&#xF3;genas pueden aplicarse con &#xE9;xito. Se han explorado este enfoque mediante nanorods oro que han sido unidos covalentemente a anticuerpos primarios para destruir selectivamente el pat&#xF3;geno bacteria Gram-negativa, Pseudomonas aeruginosa. Se encuentra que, tras la uni&#xF3;n nanorod a la superficie celular bacteriana, la exposici&#xF3;n a los resultados de la radiaci&#xF3;n del infrarrojo cercano en una reducci&#xF3;n significativa de la viabilidad celular bacteriana.

Lisis objetivo fotot&#xE9;rmica de las bacterias pat&#xF3;genas, Pseudomonas aeruginosa, con nanorods oro

&#x68C0;&#x6D4B;&#x7684; N-&#x9170;&#x57FA;&#x9AD8;&#x4E1D;&#x6C28;&#x9178;&#x5185;&#x916F; (AHL) &#x7EC6;&#x83CC;&#x53C2;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7FA4;&#x4F53;&#x611F;&#x5E94; (QS) &#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x7B80;&#x5355;&#x3001; &#x654F;&#x611F;&#x548C;&#x5FEB;&#x901F;&#x7684;&#x65E0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x3002;&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x505A;&#x6CD5;&#x63D0;&#x9AD8;&#x540E;&#x7684;&#x65E0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8FDB;&#x884C;&#x751F;&#x7269;&#x9274;&#x5B9A;&#x53CA;&#x5176;&#x5229;&#x7528;&#x4EE5;&#x524D;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x57FA;&#x4E8E;&#x4F20;&#x611F;&#x5668;&#x7684;&#x529E;&#x6CD5;&#x3002;&#x65E0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x6765;&#x81EA; AHL &#x751F;&#x7269;&#x4F20;&#x611F;&#x5668;&#x83CC;&#x519C;&#x6746;&#x83CC;&#x4ECB;&#x5BFC; NTL4(pCF218)(pCF372)&#xFF0C;&#x5141;&#x8BB8;&#x52A0;&#x5165;&#x7684;&#x5916;&#x6E90; AHLs &beta;-&#x534A;&#x4E73;&#x7CD6;&#x82F7;&#x9176;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x660E; &beta;-&#x534A;&#x4E73;&#x7CD6;&#x82F7;&#x9176;&#x8868;&#x8FBE;&#x53EF;&#x80FD; [&#x51BB;&#x878D;&#x4ECE;&#x519C;&#x6746;&#x83CC;&#x4ECB;&#x5BFC; NTL4(pCF218)(pCF372) &#x6587;&#x5316;] &#x65E0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x89E3;&#x51B3;&#x65B9;&#x6848;&#x4E2D;&#x3002;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x68C0;&#x6D4B;&#x6781;&#x9650;&#x7684;&#x53D1;&#x8272;&#x5E95;&#x7269; X Gal &#x4F7F;&#x7528; (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-beta-D-galactopyranoside) &#x4ECE;&#x5927;&#x7EA6; 100 &#x5230; 300 nM &#x6839;&#x636E;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684; AHL nM&#x3002;&#x66F4;&#x6362; &#xFF08;X-Gal) &#x53D1;&#x5149;&#x57FA;&#x8D28; Beta Glo &#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x5341;&#x500D;&#x5230; AHLs &#x7684;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x3002;&#x65E0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4E3B;&#x8981;&#x4F18;&#x70B9;&#x662F;&#x6D88;&#x9664;&#x751F;&#x7269;&#x4F20;&#x611F;&#x5668;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x6587;&#x5316;&#x8C03;&#x8282;&#xFF0C;&#x8017;&#x65F6;&#x524D;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x7269;&#x9274;&#x5B9A;&#x9700;&#x8981;&#x7684;&#x6B65;&#x9AA4;&#x3002;&#x8FD9;&#x5927;&#x5927;&#x51CF;&#x5C11;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65F6;&#x95F4;&#x4ECE;&#x5927;&#x4E8E; 24 h &#x81F3;&#x5C0F;&#x4E8E; 3 h&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x4FDD;&#x6301;&#x9AD8;&#x7075;&#x654F;&#x5EA6;&#x3002;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x88C2;&#x89E3;&#x53EF;&#x80FD;&#x7F16;&#x5199;&#x5927;&#x5BB9;&#x91CF;&#x548C;&#x5B58;&#x50A8; &#xFF08;-80 &#x6444;&#x6C0F;&#x5EA6;&#xFF09; &#x4F9B;&#x5C06;&#x6765;&#x4F7F;&#x7528;&#x8D85;&#x8FC7; 6 &#x4E2A;&#x6708;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x672C;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66;&#x53EF;&#x80FD;&#x88AB;&#x4FEE;&#x6539;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E0E;&#x5176;&#x4ED6;&#x751F;&#x7269;&#x4F20;&#x611F;&#x5668;&#x682A;&#x548C;&#x4F1A;&#x4E2D;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6216;&#x83CC;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF; AHL &#x4F7F;&#x7528;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x3002;

&#x5FEB;&#x901F;&#x7B5B;&#x9009;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x4F53;&#x5916;&#x65E0;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7FA4;&#x4F53;&#x611F;&#x5E94;&#x4FE1;&#x53F7; N-&#x9170;&#x57FA;&#x9AD8;&#x4E1D;&#x6C28;&#x9178;&#x5185;&#x916F;&#x3002;

A simple, sensitive, and rapid cell-free assay system was developed for detection of N-acyl homoserine lactone (AHL) autoinducers involved in bacterial quorum sensing (QS). The present approach improves upon previous whole-cell biosensor-based approaches in its utilization of a cell-free assay approach to conduct bioassays. The cell-free assay was derived from the AHL biosensor bacterium Agrobacterium tumefaciens NTL4(pCF218)(pCF372), allowing the expression of beta-galactosidase upon addition of exogenous AHLs. We have shown that beta-galactosidase expression is possible in cell-free solution [lysate from Agrobacterium tumefaciens NTL4(pCF218)(pCF372) culture]. Assay detection limits with the use of chromogenic substrate X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-beta-D-galactopyranoside) ranged from approximately 100 nM to 300 nM depending on the specific AHL. Replacement (of X-Gal) with the luminescent substrate Beta-Glo increased sensitivity to AHLs by 10-fold. A major advantage of the cell-free assay system is elimination of time-consuming steps for biosensor cell culture conditioning, which are required prior to whole-cell bioassays. This significantly reduced assay times from greater than 24 h to less than 3 h, while maintaining high sensitivity. Assay lysate may be prepared in bulk and stored (-80 degrees C) over 6 months for future use. Finally, the present protocol may be adapted for use with other biosensor strains and be used in high-throughput AHL screening of bacteria or metagenomic libraries.

Rapid screening of quorum-sensing signal N-acyl homoserine lactones by an in vitro cell-free assay.

Un syst&#xE8;me de dosage simple, sensible, rapide et exempt de cellules a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;velopp&#xE9; pour la d&#xE9;tection de N-acyl homos&#xE9;rine lactone (AHL) autoinducteurs impliqu&#xE9;s dans le quorum sensing bact&#xE9;riennes (QS). L&#x26;#39;approche actuelle am&#xE9;liore pr&#xE9;c&#xE9;dentes de cellules enti&#xE8;res biocapteur approches fond&#xE9;es dans son utilisation d&#x26;#39;une approche test sur des cellules-libres de mener des essais biologiques. Le dosage acellulaire est d&#xE9;riv&#xE9; de l&#x26;#39;AHL biocapteur bact&#xE9;rie Agrobacterium tumefaciens NTL4 (pCF218) (pCF372), permettant l&#x26;#39;expression de la b&#xEA;ta-galactosidase par addition de AHL exog&#xE8;nes. Nous avons montr&#xE9; que le b&#xEA;ta-galactosidase d&#x26;#39;expression est possible dans la cellule sans solution [lysat d&#x26;#39;Agrobacterium tumefaciens NTL4 (pCF218) (pCF372) la culture]. Limites de d&#xE9;tection de dosage avec l&#x26;#39;utilisation d&#x26;#39;un substrat chromog&#xE8;ne X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-b&#xEA;ta-D-galactopyranoside) s&#x26;#39;&#xE9;tend approximativement de 100 nm &#xE0; 300 nm en fonction de l&#x26;#39;AHL sp&#xE9;cifique. Remplacement (de X-Gal) avec le substrat luminescent b&#xEA;ta-Glo sensibilit&#xE9; accrue &#xE0; la AHL par un facteur 10. Un avantage majeur du syst&#xE8;me de dosage sans cellule est l&#x26;#39;&#xE9;limination des longues &#xE9;tapes de conditionnement de culture cellulaire biocapteur, qui sont n&#xE9;cessaires avant de la cellule enti&#xE8;re bioessais. Ce sensiblement r&#xE9;duite fois de dosage allant de plus de 24 h &#xE0; moins de 3 h, tout en maintenant une haute sensibilit&#xE9;. Lysat de dosage peuvent &#xEA;tre pr&#xE9;par&#xE9;s en quantit&#xE9; et stock&#xE9; (-80 degr&#xE9;s C) pendant 6 mois pour une utilisation future. Enfin, le pr&#xE9;sent protocole peut &#xEA;tre adapt&#xE9; pour une utilisation avec d&#x26;#39;autres souches de biocapteurs et &#xEA;tre utilis&#xE9; dans criblage &#xE0; haut d&#xE9;bit AHL de bact&#xE9;ries ou de biblioth&#xE8;ques m&#xE9;tag&#xE9;nomiques.

D&#xE9;pistage rapide du quorum-sensing Lactones signal N-acyl homos&#xE9;rine par un essai in vitro acellulaire Assay

Eine einfache, vertrauliche und schnelle zellfreien Assay-System entwickelte sich zum Nachweis von N-Acyl-Homoserin-lacton (AHL) Autoinducers bakteriellen Quorum sensing (QS) beteiligt. Der bisherige Ansatz verbessert fr&uuml;herer ganze Zellen Biosensoren Ans&auml;tze in ihrer Nutzung eines zellfreien Assay-Ansatzes Bioassays durchzuf&uuml;hren. Der zellfreien-Assay wurde aus der AHL-Biosensor-Bakterium Agrobacterium Tumefaciens NTL4(pCF218)(pCF372), so dass des Ausdrucks der &beta;-Galactosidase nach Zusatz von exogenen AHLs abgeleitet. Wir haben gezeigt, dass Beta-Galaktosidase Ausdrucks in zellfreien L&ouml;sung [lysate aus Agrobacterium Tumefaciens NTL4(pCF218)(pCF372) Kultur] m&ouml;glich ist. Brutversuch Nachweisgrenzen mit der Verwendung von chromogenen X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-beta-D-galactopyranoside) reichte von etwa 100 nM bis 300 nM je nach der spezifischen AHL. Ersatz (von X-Gal) mit dem leuchtenden Substrat Beta-Glo erh&ouml;hte Empfindlichkeit gegen&uuml;ber AHLs durch 10-fache. Ein gro&szlig;er Vorteil der zellfreien Testsystem ist Abschaffung der zeitaufw&auml;ndige Schritte f&uuml;r Biosensor-Zelle-Kultur-Anlage, die vor der ganzen Zelle Bioassays sind. Deutlich Assay-Mal von verringert gr&ouml;&szlig;er als 24 h bis weniger als 3 h, unter Beibehaltung der hohen Empfindlichkeit. Lysate Assay werden in loser Sch&uuml;ttung und gespeicherte (-80 Grad Celsius) &uuml;ber 6 Monate f&uuml;r die zuk&uuml;nftige Verwendung geboten. Schlie&szlig;lich dieses Protokoll kann angepasst werden f&uuml;r die Verwendung mit anderen Biosensor-St&auml;mme und in High-Throughput-AHL-Screening von Bakterien oder durchgef&uuml;hrte metagenomische verwendeten Bibliotheken.

Schnell-Screening der Quorum-sensing Signal N-Acyl-Homoserin-Lactone von eines in vitro zellfreien Tests.

Un sistema semplice, sensibile e rapido test cell-free &egrave; stato sviluppato per il rilevamento di N-acil omoserina lattone (AHL) autoinducers coinvolti nella batterica quorum sensing (QS). L&#39;attuale approccio migliora precedenti cellule intere approcci basati su biosensori nel suo utilizzo di un approccio di analisi cell-free per condurre le analisi biologiche. Il dosaggio senza cellula deriva dal batterio biosensore AHL Agrobacterium tumefaciens NTL4(pCF218)(pCF372), permettendo l&#39;espressione della beta-galattosidasi con l&#39;aggiunta di AHLs esogeno. Abbiamo dimostrato che espressione di beta-galattosidasi &egrave; possibile nella cella libera soluzione [lisato di Agrobacterium tumefaciens NTL4(pCF218)(pCF372) cultura]. Analisi limiti di rilevamento con l&#39;utilizzo di substrato cromogenico X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-beta-D-galactopyranoside) variavano da circa 100 nM a 300 nM a seconda delle specifiche AHL. Sostituzione (di X-Gal) con il substrato luminescente che beta-Glo aumentata sensibilit&agrave; a AHLs di 10 volte. Dei vantaggi principali del sistema di dosaggio cell-free &egrave; l&#39;eliminazione dei passaggi richiede molto tempo per il condizionamento di cultura di biosensori cellulari, che sono richiesti prima dell&#39;analisi biologiche cellule intere. Questo significativamente ridotto dosaggio volte da maggiore di 24 h a meno di 3 h, pur mantenendo un&#39;elevata sensibilit&agrave;. Dosaggio lisato pu&ograve; essere preparato alla rinfusa e memorizzati (-80 gradi C) oltre 6 mesi per un utilizzo futuro. Infine, il presente protocollo pu&ograve; essere adattata per l&#39;utilizzo con altri ceppi di biosensori ed essere usato nello screening AHL high-throughput di batteri o metagenomica librerie.

Screening rapido di quorum sensing di lattoni omoserina segnale N-acil da un&#39;analisi in vitro cell-free.

&#x3001;&#x30B7;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306A;&#x9AD8;&#x611F;&#x5EA6;&#x3001;&#x304B;&#x3064;&#x8FC5;&#x901F;&#x306A;&#x7121;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x7CFB;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30AF;&#x30AA;&#x30E9;&#x30E0;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;QS&#xFF09;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;N-&#x30A2;&#x30B7;&#x30EB;&#x30DB;&#x30E2;&#x30BB;&#x30EA;&#x30F3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#xFF08;AHL&#xFF09;&#x30AA;&#x30FC;&#x30C8;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B5;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x7528;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x884C;&#x3046;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x7121;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x624B;&#x6CD5;&#x306E;&#x305D;&#x306E;&#x5229;&#x7528;&#x306E;&#x524D;&#x306E;&#x5168;&#x7D30;&#x80DE;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x6539;&#x826F;&#x3057;&#x305F;&#x3082;&#x306E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x7121;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;&#x5916;&#x56E0;&#x6027;&#x306E;AHLs&#x306E;&#x6DFB;&#x52A0;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3B2;-&#x30AC;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30B7;&#x30C0;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3001;AHL&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x7D30;&#x83CC;&#x30A2;&#x30B0;&#x30ED;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0;&#x30C4;&#x30E1;&#x30D5;&#x30A1;&#x30B7;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;NTL4&#xFF08;pCF218&#xFF09;&#xFF08;pCF372&#xFF09;&#x304B;&#x3089;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x3082;&#x306E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3B2;-&#x30AC;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30B7;&#x30C0;&#x30FC;&#x30BC;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x3001;[&#x30A2;&#x30B0;&#x30ED;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A6;&#x30E0;&#x30C4;&#x30E1;&#x30D5;&#x30A1;&#x30B7;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;NTL4&#xFF08;pCF218&#xFF09;&#xFF08;pCF372&#xFF09;&#x57F9;&#x990A;&#x6DB2;&#x304B;&#x3089;&#x6EB6;&#x89E3;&#x6DB2;]&#x7121;&#x7D30;&#x80DE;&#x6EB6;&#x6DB2;&#x4E2D;&#x3067;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x767A;&#x8272;&#x57FA;&#x8CEA;X-Gal&#x306E;&#xFF08;5  - &#x30D6;&#x30ED;&#x30E2;-4  - &#x30AF;&#x30ED;&#x30ED;-3  - &#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30EB;-&#x3B2;-D-&#x30AC;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30D4;&#x30E9;&#x30CE;&#x30B7;&#x30C9;&#xFF09;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x9650;&#x754C;&#x306F;&#x7D04;100nm&#x304B;&#x3089;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;AHL&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x3066;300 nM&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x767A;&#x5149;&#x57FA;&#x8CEA;&#x3B2;-&#x30B0;&#x30ED;&#x3068;&#x4EA4;&#x63DB;&#xFF08;X-Gal&#x306E;&#xFF09;10&#x500D;AHLs&#x3078;&#x306E;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x305F;&#x3002;&#x7121;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x7CFB;&#x306E;&#x4E3B;&#x306A;&#x5229;&#x70B9;&#x306F;&#x3001;&#x5168;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306B;&#x5148;&#x7ACB;&#x3063;&#x3066;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x7D30;&#x80DE;&#x57F9;&#x990A;&#x30A8;&#x30A2;&#x30B3;&#x30F3;&#x3001;&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x304B;&#x304B;&#x308B;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x6392;&#x9664;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9AD8;&#x611F;&#x5EA6;&#x3092;&#x7DAD;&#x6301;&#x3057;&#x306A;&#x304C;&#x3089;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x3001;24&#x6642;&#x9593;&#x3092;&#x8D85;&#x3048;&#x3066;&#x304B;&#x3089;&#x308F;&#x305A;&#x304B;3&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x6642;&#x9593;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30BB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x30D0;&#x30EB;&#x30AF;&#x3067;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x3001;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;6&#x30F6;&#x6708;&#x4EE5;&#x4E0A;&#xFF08;-80&#x2103;&#xFF09;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x672C;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x682A;&#x3067;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x306B;&#x9069;&#x5408;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3068;&#x7D30;&#x83CC;&#x3084;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;AHL&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30A4;&#x30F3;&#x30D3;&#x30C8;&#x30ED;&#x7121;&#x7D30;&#x80DE;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30AF;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E9;&#x30E0;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x4FE1;&#x53F7;N-&#x30A2;&#x30B7;&#x30EB;&#x30DB;&#x30E2;&#x30BB;&#x30EA;&#x30F3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x8FC5;&#x901F;&#x306A;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;

&#xAC04;&#xB2E8;&#xD55C; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD558;&#xACE0; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC140; &#xBB34;&#xB8CC; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; N acyl homoserine lactone (AHL) autoinducers (QS)&#xB97C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xCFFC;&#xB7FC;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xD0D0;&#xC9C0;&#xB97C; &#xC704;&#xD574; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC; &#xC811;&#xADFC; &#xC774;&#xC804; &#xC804;&#xCCB4; &#xC140; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xC13C;&#xC11C; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; bioassays &#xC2E4;&#xC2DC; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC140; &#xD504;&#xB9AC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xB960;&#xC774; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xC2DC;&#xCF30;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC140; &#xBB34;&#xB8CC; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; AHL &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xC13C;&#xC11C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xADFC; tumefaciens exogenous Ahls&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xB530;&#xB77C; &#xBCA0;&#xD0C0;-galactosidase&#xC758; &#xC2DD; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xD558;&#xB294; ntl4(pcf218)(pcf372)&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xB798; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBCA0;&#xD0C0;-galactosidase &#xC2DD; [&#xADFC; tumefaciens NTL4(pCF218)(pCF372) &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; lysate] &#xC140; &#xBB34;&#xB8CC; &#xC194;&#xB8E8;&#xC158;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xB2A5; &#xD558;&#xB2E4;&#xB294; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xD5D8;&#xC758; &#xAC80;&#xCD9C; &#xD55C;&#xACC4; &#xB358; &#xAE30;&#xD310; X Gal &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-beta-D-galactopyranoside)&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 100 240 300 nM &#xD2B9;&#xC815; AHL &#xB530;&#xB77C; nM. &#xBCA0;&#xD0C0;-&#xC800;&#xB7F0; &#xD615;&#xAD11; &#xBC1C;&#xAD11; &#xAE30;&#xD310;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD50;&#xCCB4; (X-Gal)&#xC758; 10 &#xBC30; &#xD558; &#xC5EC; Ahls&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBBFC;&#xAC10;&#xB3C4; &#xC99D;&#xAC00;. &#xC140; &#xBB34;&#xB8CC; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC7A5;&#xC810;&#xC740; &#xC804;&#xCCB4; &#xC140; bioassays &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xC13C;&#xC11C; &#xC140; &#xBB38;&#xD654; &#xCEE8;&#xB514;&#xC154;&#xB2DD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC774; &#xB9CE;&#xC774; &#xAC78;&#xB9AC;&#xB294; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD604;&#xC800; &#xD558; &#xAC8C; &#xAC10;&#xC18C; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C; 24 &#xC2DC;&#xAC04; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xD070; 3 h &#xB192;&#xC740; &#xAC10;&#xB3C4; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xBA74;&#xC11C;. &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; lysate &#xB098;&#xC911;&#xC744; &#xC704;&#xD574; 6 &#xAC1C;&#xC6D4; &#xC774;&#xC0C1; &#xB300;&#xB7C9; &#xBC0F; &#xC800;&#xC7A5;&#xB41C; (-80&#xB3C4; C)&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC14;&#xC774;&#xC624; &#xC13C;&#xC11C; &#xAE34;&#xC7A5; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC218; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xB610;&#xB294; metagenomic&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2A4;&#xB8E8;&#xD48B; AHL &#xC2EC;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;.

&#xCCB4; &#xC678; &#xC138;&#xD3EC; &#xBB34;&#xB8CC; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC758;&#xD574; &#xC2E0;&#xD638; N acyl homoserine lactones &#xCFFC;&#xB7FC; &#xC13C; &#xC2F1;&#xC758; &#xC2E0;&#xC18D;&#xD55C; &#xC2EC;&#xC0AC;.

Un sencillo, sensible, r&#xE1;pido y libre de c&#xE9;lulas sistema de ensayo fue desarrollado para la detecci&#xF3;n de N-acil homoserina lactona (AHL) autoinductores implicados en la detecci&#xF3;n de qu&#xF3;rum bacterianas (QS). El presente enfoque mejora sobre anteriores de c&#xE9;lulas enteras biosensor enfoques basados &#x200B;&#x200B;en su utilizaci&#xF3;n de un enfoque de ensayo libre de c&#xE9;lulas para realizar bioensayos. El ensayo libre de c&#xE9;lulas se derivan de la AHL biosensor bacteria Agrobacterium tumefaciens NTL4 (pCF218) (pCF372), lo que permite la expresi&#xF3;n de la beta-galactosidasa con la adici&#xF3;n de AHL ex&#xF3;genos. Hemos demostrado que el beta-galactosidasa expresi&#xF3;n es posible en la celda sin soluci&#xF3;n [lisado de Agrobacterium tumefaciens NTL4 (pCF218) (pCF372) la cultura]. L&#xED;mites de detecci&#xF3;n del ensayo con el uso de sustrato cromog&#xE9;nico X-Gal (5-bromo-4-cloro-3-indolil-beta-D-galactopiran&#xF3;sido) vari&#xF3; desde aproximadamente 100 nm a 300 nm en funci&#xF3;n de la AHL espec&#xED;fico. Sustituci&#xF3;n (de X-Gal) con el sustrato luminiscente beta-Glo aumento de la sensibilidad a AHL por 10-pliegue. Una ventaja importante del sistema de ensayo libre de c&#xE9;lulas es la eliminaci&#xF3;n de pasos que consumen tiempo para el acondicionamiento biosensor cultivo celular, que son necesarios antes de su conjunto de c&#xE9;lulas bioensayos. Esto reduce significativamente los tiempos de ensayo de m&#xE1;s de 24 h a menos de 3 horas, mientras se mantiene una alta sensibilidad. Ensayo de lisado se pueden preparar a granel y se almacena (-80 grados C) durante 6 meses para uso futuro. Por &#xFA;ltimo, el presente Protocolo podr&#xE1; ser adaptado para su uso con otras cepas de biosensores y ser usado en la selecci&#xF3;n de alto rendimiento AHL de las bacterias o las bibliotecas de metagen&#xF3;mica.

La detecci&#xF3;n r&#xE1;pida de detecci&#xF3;n de qu&#xF3;rum de se&#xF1;ales de N-acil homoserina lactonas por una in vitro libre de c&#xE9;lulas de ensayo

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57AB;&#x662F;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x7ED3;&#x6784;&#x5316;&#x548C;&#x591A;&#x6837;&#x5316;&#x7684;&#x793E;&#x533A;&#xFF0C;&#x548C;&#x6700;&#x65E9;&#x4E3A;&#x4EBA;&#x6240;&#x77E5;&#x7684;&#x751F;&#x6D3B;&#x7EC4;&#x5408;&#x4E4B;&#x4E00;&#x3002;&#x57AB;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6807;&#x8BB0;&#x5F3A;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x6E10;&#x53D8;&#x548C;&#x6CE2;&#x52A8;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7814;&#x7A76;&#x8FC7;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6240;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x611F;&#x5E94;&#xFF0C;&#x4E00;&#x79CD;&#x5F62;&#x5F0F;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x6C9F;&#x901A;&#xFF0C;&#x81EA;&#x7136;&#x5730;&#x57AB;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5B58;&#x5728;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x63ED;&#x793A;&#x591A;&#x79CD;&#x591A;&#x6837;&#x7684;&#x9170;&#x57FA;&#x9AD8;&#x5185;&#x916F; (AHLs) &#x5305;&#x62EC; C(4)-C 14-AHLs&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x57AB;&#x63D0;&#x53D6;&#x4F7F;&#x7528;&#x8D28;&#x8C31; (MS)&#xFF0C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x786E;&#x8BA4;&#x901A;&#x8FC7; MS/MS-&#x78B0;&#x649E;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x89E3;&#x79BB; (CID) &#x548C;&#x5916;&#x90E8;&#x6807;&#x51C6;&#x7684;&#x8865;&#x5145;&#x3002;&#x5FAE;&#x7535;&#x6781;&#x6D4B;&#x91CF;&#x8868;&#x660E;&#x57AB;&#x5C55;&#x793A;&#x663C;&#x591C; ph &#x503C;&#x6CE2;&#x52A8;&#xFF0C;&#x5728;&#x9ED1;&#x6697; (&#x51C0;&#x547C;&#x5438;/&#x53D1;&#x9175;&#xFF09; &#x671F;&#x95F4;&#x4ECE;&#x78B1;&#x6027; (pH 9.4) &#x5728;&#x65E5;&#x95F4; &#xFF08;&#x51C0;&#x5149;&#x5408;&#xFF09; &#x5230;&#x9178;&#x6027; &#xFF08;pH 6.8&#xFF09;&#x3002;&#x5728;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#xFF0C;AHLs &#x5177;&#x6709;&#x8F83;&#x77ED;&#x7684;&#x9170;&#x57FA;&#x94FE;&#x88AB;&#x964D;&#x7EA7;&#x4E2D;&#x57AB;&#x65E5;&#x5E38;&#x78B1;&#x6027; pH &#xFF08;8.2 &gt;) &#x6761;&#x4EF6;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x5185;&#x3002;&#x5BC6;&#x96C6;&#x91C7;&#x6837;&#x7684;&#x57AB;&#x540E;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x5929;&#x6216;&#x665A;&#x4E0A;&#x65F6;&#x95F4;&#x5B75;&#x5316;&#x900F;&#x9732;&#xFF0C;&#x7D2F;&#x79EF;&#x7684;&#x53EF;&#x8403;&#x53D6;&#x77ED;&#x94FE; AHLs (&#x5982; C(8) &#x548C; C(10)-AHLs) &#x88AB;&#x5927;&#x5927; (P &lt; 0.001&#xFF09; &#x51CF;&#x5C11;&#x767D;&#x5929;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86; AHLs &#x5728;&#x81EA;&#x7136;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D7;&#x5230;&#x8FD1;&#x7AEF;&#x80DE;&#x5916;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x7684;&#x5149;&#x5408;&#x4F5C;&#x7528;/&#x547C;&#x5438;&#x57AB;&#x5728;&#x53E4;&#x4EE3;&#x5468;&#x671F;&#x53EF;&#x80FD;&#x6F5C;&#x5728;&#x9A71;&#x52A8;&#x5668;&#x53CA;&#x56E0;&#x6B64;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6D3B;&#x52A8;&#x901A;&#x8FC7;&#x611F;&#x5E94;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x67D0;&#x4E9B;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x663C;&#x591C;&#x5DEE;&#x5F02;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

&#x4ECE;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57AB;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x63ED;&#x793A;&#x4EE4;&#x4EBA;&#x60CA;&#x8BB6;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x9170;&#x57FA;&#x9AD8;&#x5185;&#x916F; (AHLs) &#x548C;&#x4E30;&#x5EA6;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x6D89;&#x53CA;&#x5230;&#x663C;&#x591C; ph &#x503C;&#x3002;

Microbial mats are highly structured and diverse communities, and one of the earliest-known life assemblages. Mat bacteria interact within an environment marked by strong geochemical gradients and fluctuations. We examined natural mat systems for the presence of autoinducers involved in quorum sensing, a form of cell-cell communication. Our results revealed that a diverse array of N-acylhomoserine lactones (AHLs) including C(4)- to C(14)-AHLs, were identified from mat extracts using mass spectrometry (MS), with further confirmation by MS/MS-collision-induced dissociation (CID), and additions of external standards. Microelectrode measurements showed that mats exhibited diel pH fluctuations, ranging from alkaline (pH 9.4) during daytime (net photosynthesis) to acidic (pH 6.8) during darkness (net respiration/fermentation). Under laboratory conditions, AHLs having shorter acyl-chains were degraded within the time frame that daily alkaline pH (> 8.2) conditions exist in mats. Intensive sampling of mats after full day- or night-time incubations revealed that accumulations of extractable shorter-chain AHLs (e.g. C(8)- and C(10)-AHLs) were significantly (P < 0.001) diminished during daytime. Our study offers evidence that stabilities of AHLs under natural conditions may be influenced by the proximal extracellular environment. We further propose that the ancient periodicity of photosynthesis/respiration in mats may potentially drive a mechanism for diel differences in activities of certain autoinducers, and hence bacterial activities mediated through quorum sensing.

Autoinducers extracted from microbial mats reveal a surprising diversity of N-acylhomoserine lactones (AHLs) and abundance changes that may relate to diel pH.

Les tapis microbiens sont des communaut&#xE9;s tr&#xE8;s structur&#xE9;es et diversifi&#xE9;e, et l&#x26;#39;un des assemblages de vie plus t&#xF4;t connus. Tapis de bact&#xE9;ries interagissent dans un environnement marqu&#xE9; par de forts gradients g&#xE9;ochimiques et les fluctuations. Nous avons examin&#xE9; les syst&#xE8;mes de tapis naturels de la pr&#xE9;sence de autoinducteurs impliqu&#xE9;s dans le quorum sensing, une forme de communication entre les cellules. Nos r&#xE9;sultats ont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; qu&#x26;#39;un large &#xE9;ventail de N-acylhomos&#xE9;rine lactones (AHL), y compris C (4) - &#xE0; C (14)-AHL, ont &#xE9;t&#xE9; identifi&#xE9;s &#xE0; partir d&#x26;#39;extraits de tapis en utilisant la spectrom&#xE9;trie de masse (MS), avec confirmation par MS / MS-collision la dissociation induite par (CID), et les ajouts de normes externes. Mesures de micro&#xE9;lectrodes ont montr&#xE9; que des nattes expos&#xE9;es les fluctuations du pH journali&#xE8;res, allant de alcaline (pH 9,4) pendant la journ&#xE9;e (photosynth&#xE8;se nette) &#xE0; l&#x26;#39;acidit&#xE9; (pH 6,8) dans l&#x26;#39;obscurit&#xE9; (la respiration nette / fermentation). Dans des conditions de laboratoire, AHL ayant plus courtes cha&#xEE;nes acyl-ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;grad&#xE9;es dans le d&#xE9;lai que tous les jours pH alcalin (&#x26;gt; 8,2) des conditions existent dans des nattes. Un &#xE9;chantillonnage intensif des tapis apr&#xE8;s des incubations jour ou de nuit &#xE0; temps plein a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que les accumulations de extractibles &#xE0; cha&#xEE;ne plus courte (par exemple C AHL (8) - et C (10)-AHL) &#xE9;taient significativement (P &#x26;lt;0,001) diminu&#xE9; au cours de la journ&#xE9;e. Notre &#xE9;tude apporte la preuve que des stabilit&#xE9;s de AHL dans des conditions naturelles peut &#xEA;tre influenc&#xE9;e par l&#x26;#39;environnement proximal extracellulaire. Nous proposons en outre que la p&#xE9;riodicit&#xE9; de la photosynth&#xE8;se ancienne / la respiration dans des nattes peuvent potentiellement entra&#xEE;ner un m&#xE9;canisme des diff&#xE9;rences nycth&#xE9;m&#xE9;rales dans les activit&#xE9;s de autoinducteurs certains, et les activit&#xE9;s bact&#xE9;riennes donc m&#xE9;diatis&#xE9;e par quorum sensing.

Autoinducteurs Extrait de tapis microbiens R&#xE9;v&#xE9;ler une &#xE9;tonnante diversit&#xE9; de la N-lactones (AHL acylhomos&#xE9;rine) et changements dans l&#x26;#39;abondance qui peuvent se rapporter &#xE0; Diel PH

Mikrobielle Matten sind hoch strukturierten und vielf&auml;ltigen Gemeinschaften und einer der fr&uuml;hesten bekannten Leben Assemblagen. Matte Bakterien interagieren innerhalb einer Umgebung, die durch starke geochemische Gradienten und Schwankungen gekennzeichnet. Wir untersuchten nat&uuml;rlichen Mat Systeme f&uuml;r das Vorhandensein von Autoinducers Quorum sensing, eine Form der Zell-Zell-Kommunikation beteiligt. Unsere Ergebnisse zeigten, dass eine Vielzahl von N-Acylhomoserine-Lactone (AHLs) einschlie&szlig;lich c(4) fallen-, C-14-AHLs, Mat Extrakte mit Massenspektrometrie (MS), mit weiteren Best&auml;tigung durch MS/MS-Kollision-induzierte Dissoziation (CID) und Erg&auml;nzungen des externen Standards identifiziert wurden. Mikroelektrode Messungen zeigten, dass die Matten Diel pH-Wert Schwankungen, angefangen von alkalischen (pH 9,4) tags&uuml;ber (net Photosynthese) bis sauren (pH 6.8) w&auml;hrend der Dunkelheit (net Atmung/G&auml;rung) ausgestellt. Unter Laborbedingungen wurden AHLs mit k&uuml;rzere Acyl-Ketten innerhalb des Zeitrahmens degradiert, die Matten t&auml;gliche alkalischen pH-Wert (&gt; 8.2) Voraussetzungen vorliegen. Intensive Probenahme von Matten nach vollen Tages - oder Nachtzeit Inkubationen, die ergab Ansammlungen von extrahierbaren k&uuml;rzere Kette AHLs (z.B. C(8)- und C(10)-AHLs) deutlich wurden (P &lt; 0.001) tags&uuml;ber vermindert. Unsere Studie bietet nachweislich Stabilit&auml;ten von AHLs unter nat&uuml;rlichen Bedingungen durch die proximale extrazellul&auml;ren Umwelt beeinflusst werden k&ouml;nnen. Weiter schlagen wir die alte Periodizit&auml;t der Photosynthese/Atmung in Matten potenziell einen Mechanismus f&uuml;r Diel Unterschiede bei den Aktivit&auml;ten der bestimmte Autoinducers und somit bakterielle Aktivit&auml;ten vermittelt durch Quorum sensing fahren kann.

Autoinducers extrahiert von mikrobiellen Matten zeigen eine erstaunliche Vielfalt von N-Acylhomoserine-Lactone (AHLs) und F&uuml;lle &auml;ndert, kann es sich um Diel pH-Wert.

Tappeti microbici sono altamente strutturata e diversificata comunit&agrave; e uno degli assemblaggi vita pi&ugrave; antichi conosciuti. Batteri Mat interagiscono all&#39;interno di un ambiente caratterizzato da fluttuazioni e forti pendenze geochimiche. Abbiamo esaminato i sistemi naturali opachi per la presenza di autoinducers coinvolti in quorum sensing, una forma di comunicazione cellula-cellula. I nostri risultati hanno rivelato che una gamma diversificata di lattoni N-acylhomoserine (AHLs) tra cui c-c (14)-AHLs, sono stati identificati da mat estratti mediante spettrometria di massa (MS), con ulteriore conferma dalla dissociazione indotta MS/MS-da collisione (CID) e le aggiunte di standard esterni. Le misure microelettrodo hanno mostrato che le stuoie esposte diel le fluttuazioni di pH, che vanno da alcalina (pH 9,4) durante il giorno (fotosintesi netta) acide (pH 6.8) durante l&#39;oscurit&agrave; (netta respirazione a fermentazione). In condizioni di laboratorio, AHLs avendo acil-catene pi&ugrave; corte sono state degradate entro il lasso di tempo che esistono condizioni di pH alcalino (&amp;gt; 8.2) giornaliere in stuoie. Campionamento intensivo di stuoie dopo incubazioni tempo pieno giorno o notte ha rivelato che accumuli di estraibile AHLs catena pi&ugrave; corta (ad esempio C(8) e C(10)-AHLs) erano significativamente (P &lt; 0.001) diminuito durante il giorno. Il nostro studio offre prove che stabilit&agrave; dei AHLs in condizioni naturali possono essere influenzati dall&#39;ambiente extracellulare prossimale. Proponiamo inoltre che l&#39;antica periodicit&agrave; della fotosintesi/respirazione in stuoie potenzialmente pu&ograve; guidare un meccanismo per diel differenze nell&#39;attivit&agrave; di alcuni autoinducers e quindi batterica mediata attraverso il quorum sensing.

Autoinducers estratti da tappeti microbici rivelano una sorprendente diversit&agrave; di lattoni N-acylhomoserine (AHLs) e modifiche di abbondanza pu&ograve; riguardare diel pH.

&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x69CB;&#x9020;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x3001;&#x305D;&#x3057;&#x3066;&#x6700;&#x53E4;&#x306E;&#x6709;&#x540D;&#x306A;&#x751F;&#x547D;&#x306E;&#x96C6;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x4E00;&#x3064;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x83CC;&#x306F;&#x3001;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x52FE;&#x914D;&#x3068;&#x5909;&#x52D5;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x74B0;&#x5883;&#x5185;&#x3067;&#x5BFE;&#x8A71;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30AA;&#x30E9;&#x30E0;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x9593;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x5F62;&#x3067;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x30AA;&#x30FC;&#x30C8;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B5;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x81EA;&#x7136;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; C&#xFF08;14&#xFF09; -  AHLs&#x306B;&#x3001;MS / MS&#x885D;&#x7A81;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x8CEA;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#xFF08;MS&#xFF09;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x62BD;&#x51FA;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F; - &#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;C&#x3092;&#x542B;&#x3080;N-acylhomoserine&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x914D;&#x5217;&#xFF08;AHLs&#xFF09;&#x301C;&#xFF08;4&#xFF09;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x8A98;&#x8D77;&#x89E3;&#x96E2;&#xFF08;CID&#xFF09;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5916;&#x90E8;&#x57FA;&#x6E96;&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x3002;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x96FB;&#x6975;&#x306E;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x663C;&#x9593;&#x306F;&#x30A2;&#x30EB;&#x30AB;&#x30EA;&#x6027;&#x306E;&#x6DB2;&#xFF08;pH 9.4&#xFF09;&#xFF08;&#x5149;&#x5408;&#x6210;&#xFF09;&#x304B;&#x3089;&#x95C7;&#x4E2D;&#x306B;&#x9178;&#x6027;&#xFF08;pH 6.8&#xFF09;&#xFF08;&#x7D14;&#x547C;&#x5438;/&#x767A;&#x9175;&#xFF09;&#x306B;&#x81F3;&#x308B;&#x307E;&#x3067;&#x3001;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;pH&#x306E;&#x65E5;&#x5468;&#x5909;&#x52D5;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5B9F;&#x9A13;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x77ED;&#x3044;&#x30A2;&#x30B7;&#x30EB;&#x9396;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;AHLs&#x306F;&#x3001;&#x6BCE;&#x65E5;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30AB;&#x30EA;&#x6027;&#x306E;pH&#xFF08;&#x26;gt; 8.2&#xFF09;&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x304C;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x5185;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x67A0;&#x5185;&#x3067;&#x5206;&#x89E3;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; &#xFF08;P &#x26;lt;0.001&#xFF09;&#x304C;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x663C;&#x9593;&#x306B;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F; - &#x4E00;&#x65E5;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x591C;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30AD;&#x30E5;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x5F8C;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x96C6;&#x4E2D;&#x7684;&#x306A;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x62BD;&#x51FA;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x77ED;&#x3044;&#x30C1;&#x30A7;&#x30FC;&#x30F3;AHLs&#x306E;&#x84C4;&#x7A4D;&#xFF08;&#x304A;&#x3088;&#x3073;C&#xFF08;10&#xFF09; -  AHLs&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;C&#xFF08;8&#xFF09;&#xFF09;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x81EA;&#x7136;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;AHLs&#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x8FD1;&#x4F4D;&#x7D30;&#x80DE;&#x5916;&#x74B0;&#x5883;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5149;&#x5408;&#x6210;/&#x547C;&#x5438;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E;&#x5468;&#x671F;&#x6027;&#x304C;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30AA;&#x30FC;&#x30C8;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B5;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x65E5;&#x5468;&#x9055;&#x3044;&#x3001;&#x30AF;&#x30AA;&#x30E9;&#x30E0;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5A92;&#x4ECB;&#x5F93;&#x3063;&#x3066;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3092;&#x99C6;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30AA;&#x30FC;&#x30C8;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B5;&#x306F;&#x3001;PH&#x3092;&#x4E00;&#x663C;&#x591C;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;N-acylhomoserine&#x30E9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#xFF08;AHLs&#xFF09;&#x3068;&#x30A2;&#x30D0;&#x30F3;&#x30C0;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x9A5A;&#x304F;&#x3079;&#x304D;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC774;&#xB978; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xC0DD;&#xD65C; assemblages &#xC911; &#xD558;&#xB098;. &#xB9E4;&#xD2B8; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xAC15;&#xD55C; &#xC9C0;&#xAD6C; &#xD654;&#xD559; &#xADF8;&#xB77C;&#xB514;&#xC5B8;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xBCC0;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xD658;&#xACBD; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCFFC;&#xB7FC; &#xC13C; &#xC2F1;, &#xC140; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xCF00;&#xC774;&#xC158;&#xC758; &#xD615;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; autoinducers&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC790;&#xC5F0; &#xC2A4;&#xB7EC;&#xC6B4; &#xB9E4;&#xD2B8; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD558; &#xACE0;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB4F1; C(4)-C (14)-AHLs, N-acylhomoserine lactones (AHLs)&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xBC30;&#xC5F4;&#xC744; MS/MS &#xCDA9;&#xB3CC; &#xC720;&#xBC1C; &#xBD84;&#xB9AC; (CID) &#xBC0F; &#xC678;&#xBD80; &#xD45C;&#xC900;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xD558; &#xC5EC; &#xCD94;&#xAC00; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D; (MS)&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB9E4;&#xD2B8; &#xCD94;&#xCD9C; &#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. Microelectrode &#xCE21;&#xC815; &#xB9E4;&#xD2B8; diel &#xC0B0;&#xB3C4; &#xBCC0;&#xB3D9;, &#xC5B4;&#xB460; (net &#xD638;&#xD761;/&#xBC1C;&#xD6A8;) &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC54C;&#xCE7C;&#xB9AC; &#xC131; (pH 9.4) &#xB0AE; (net &#xAD11;&#xD569;&#xC131;) &#xC0B0; &#xC131; (pH 6.8)&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAE30;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC804;&#xC2DC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9E7;&#xC740; acyl &#xCCB4;&#xC778; &#xB370; AHLs &#xB9E4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC77C;&#xC77C; &#xC54C;&#xCE7C;&#xB9AC; &#xC131; pH (&amp;gt; 8.2) &#xC870;&#xAC74;&#xC774; &#xC2DC;&#xAC04; &#xB0B4; &#xC800;&#xD558; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB9E4;&#xD2B8; &#xC804;&#xCCB4; &#xD558;&#xB8E8; &#xB610;&#xB294; &#xC57C;&#xAC04; &#xC2DC;&#xAC04; &#xC678;&#xD53C; &#xBC1D;&#xD600; &#xADF8;&#xC758; &#xC9D1;&#xC911;&#xC801;&#xC778; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; extractable &#xC9E7;&#xC740; &#xCCB4;&#xC778; Ahls&#xC758; &#xCD95;&#xC801; (&#xC608;: C(10)-AHLs) &#xBC0F; C(8)-&#xD588;&#xB2E4; &#xD604;&#xC800; &#xD558; &#xAC8C; (P &lt; 0.001) &#xB0AE; &#xB3D9;&#xC548; &#xAC10;&#xC18C;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; &#xC790;&#xC5F0; &#xC870;&#xAC74; &#xD558;&#xC5D0;&#xC11C; Ahls&#xC758; &#xC548;&#xC815;&#xC131; &#xC778;&#xC811; &#xC138;&#xD3EC; &#xC678; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB354; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD11;&#xD569;&#xC131;/&#xD638;&#xD761;&#xC758; &#xACE0; &#xB300; &#xC8FC;&#xAE30; diel &#xCC28;&#xC774; &#xD2B9;&#xC815; autoinducers&#xC758; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC138;&#xADE0; &#xD65C;&#xB3D9; &#xCFFC;&#xB7FC; &#xC13C; &#xC2F1;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC911;&#xC7AC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xB4DC;&#xB77C;&#xC774;&#xBE0C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C;&#xD55C; Autoinducers N acylhomoserine lactones (AHLs)&#xC758; &#xB180;&#xB77C;&#xC6B4; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD558; &#xACE0; &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xAC8C; &#xBCC0;&#xACBD; &#xD558;&#xB294; diel Ph&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los tapetes microbianos son comunidades muy estructuradas y diverso, y uno de los conjuntos de vida m&#xE1;s antiguo conocido. Mat bacterias interact&#xFA;an dentro de un entorno marcado por fuertes gradientes geoqu&#xED;micos y las fluctuaciones. Se examinaron los sistemas naturales estera para detectar la presencia de autoinductores implicados en la detecci&#xF3;n de qu&#xF3;rum, una forma de comunicaci&#xF3;n c&#xE9;lula-c&#xE9;lula. Nuestros resultados revelaron que una gran variedad de N-acylhomoserine lactonas (AHL), incluyendo C (4) - a C (14)-AHL, se identificaron a partir de extractos mate utilizando la espectrometr&#xED;a de masas (MS), con la confirmaci&#xF3;n por parte de MS / MS-colisi&#xF3;n inducida por la disociaci&#xF3;n (CID), y las adiciones de est&#xE1;ndares externos. Mediciones microelectrodos mostr&#xF3; que esteras exhibi&#xF3; las fluctuaciones diarias: pH, que van desde alcalina (pH 9,4) durante el d&#xED;a (fotos&#xED;ntesis neta) a &#xE1;cido (pH 6,8) durante la oscuridad (respiraci&#xF3;n neto / fermentaci&#xF3;n). En condiciones de laboratorio, AHL tienen m&#xE1;s cortos acil-cadenas fueron degradados en el marco de tiempo que el pH alcalino diaria (&#x26;gt; 8,2) condiciones se dan en las esteras. El muestreo intensivo de alfombras despu&#xE9;s de incubaciones de todo el d&#xED;a o la noche-revel&#xF3; que las acumulaciones de extra&#xED;bles de cadena m&#xE1;s corta AHL (por ejemplo, C (8) - y C (10) AHL) fueron significativamente (P &#x26;lt;0,001) disminuy&#xF3; durante el d&#xED;a. Nuestro estudio ofrece evidencia de que las estabilidades de AHL en condiciones naturales puede estar influenciada por el medio extracelular proximal. Asimismo, proponemos que la periodicidad antigua de la fotos&#xED;ntesis / respiraci&#xF3;n en esteras puede potencialmente conducir un mecanismo para que las diferencias en las actividades diarias: de autoinductores ciertas, y por lo tanto, las actividades de bacterias mediada a trav&#xE9;s de la detecci&#xF3;n de qu&#xF3;rum.

Autoinductores Extra&#xED;do de tapetes microbianos revelan una sorprendente diversidad de la N-acylhomoserine Lactonas AHL) y los cambios de abundancia que puedan relacionarse con Diel PH

&#x5F88;&#x591A;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x7684;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B58;&#x5728;&#x4E8E;&#x611F;&#x5E94;&#xFF0C;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x4EA4;&#x6D41;&#x7684;&#x76F8;&#x90BB;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x901A;&#x4FE1;&#x7684;&#x7C7B;&#x578B;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x4E86;&#x89E3;&#x751A;&#x5C11;&#x8FD9;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x9065;&#x611F;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x662F;&#x5982;&#x4F55;&#x8FD0;&#x4F5C;&#x7684;&#x6027;&#x8D28;&#x3002;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684;&#x4FEE;&#x6539;&#x5F88;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D1;&#x751F;&#x5728;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5916;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6270;&#x4E71;&#x9884;&#x5B9A;&#x7684;&#x901A;&#x4FE1;&#xFF0C;&#x5982;&#x679C;&#x4FE1;&#x53F7;&#x90FD;&#x4E0D;&#x518D;&#x627F;&#x8BA4;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x8BA8;&#x8BBA;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x4FE1;&#x53F7;&#x6539;&#x5EFA;&#x4E2D;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x6210;&#x679C;&#xFF1A; &#x5982;&#x679C;&#x4FEE;&#x6539;&#x540E;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x662F;&#x80FD;&#x591F;&#x4E0E;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x53D7;&#x4F53;&#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF0C;&#x7136;&#x540E;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x73AF;&#x5883;&#x4FE1;&#x606F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5F97;&#x5230;&#x63A5;&#x6536;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x5047;&#x5B9A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x96C6;&#x7FA4;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8272;&#x6563;&#x53EF;&#x80FD;&#x5927;&#x5927;&#x53D7;&#x5230;&#x80DE;&#x5916;&#x805A;&#x5408;&#x7269;&#x5185;&#x53D1;&#x751F;&#x611F;&#x5E94;&#x3002;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6A21;&#x578B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x6765;&#x8BA8;&#x8BBA;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x95EE;&#x9898;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57AB;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x7ED3;&#x6784;&#x5316;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x793E;&#x533A;&#x751F;&#x6D3B;&#x5728;&#x6025;&#x5267;&#x5B9A;&#x4E49;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x6CE2;&#x52A8;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x6E10;&#x53D8;&#x3002;

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Much laboratory-based information exists on quorum sensing, a type of bacterial cell-to-cell communication that depends upon exchanges of molecular signals between neighboring cells. However, little is known about how this and other microbial sensing systems operate in nature. Geochemical and biological modifications of signals probably occur in extracellular environments, and these could disrupt intended communication if signals are no longer recognized. However, as we discuss here, signal alterations might result in other outcomes: if a modified signal is able to interact with a different receptor then further environmental information can be gained by the receiving cells. We also postulate that quorum sensing occurs within cell clusters, where signal dispersion might be significantly influenced by extracellular polymers. As a model system to discuss these points we use microbial mats - highly-structured biofilm communities living under sharply-defined, fluctuating geochemical gradients.

Quorum sensing in natural environments: emerging views from microbial mats.

Beaucoup d&#x26;#39;informations en laboratoire existe sur le quorum sensing, un type de cellules bact&#xE9;riennes &#xE0; la cellule de communication qui d&#xE9;pend des &#xE9;changes de signaux mol&#xE9;culaires entre des cellules voisines. Cependant, on sait peu sur la fa&#xE7;on dont ceci et d&#x26;#39;autres syst&#xE8;mes microbiens de d&#xE9;tection fonctionnent dans la nature. Modifications g&#xE9;ochimiques et biologiques de signaux sans doute se produire dans des environnements extracellulaires, et ceux-ci pourraient perturber la communication destin&#xE9;e si les signaux ne sont plus reconnus. Cependant, comme nous le verrons ici, des alt&#xE9;rations de signaux pourrait d&#xE9;boucher sur des r&#xE9;sultats d&#x26;#39;autres: si un signal modifi&#xE9; est capable d&#x26;#39;interagir avec un r&#xE9;cepteur diff&#xE9;rent, puis de plus amples informations de l&#x26;#39;environnement peut &#xEA;tre acquise par les cellules r&#xE9;ceptrices. Nous avons &#xE9;galement postuler que le quorum sensing se produit au sein des amas de cellules, o&#xF9; la dispersion du signal pourrait &#xEA;tre consid&#xE9;rablement influenc&#xE9;s par des polym&#xE8;res extracellulaires. En tant que syst&#xE8;me mod&#xE8;le pour discuter de ces points que nous utilisons des tapis microbiens - communaut&#xE9;s des biofilms tr&#xE8;s structur&#xE9;es qui vivent sous pointu-d&#xE9;finies, la fluctuation des gradients g&#xE9;ochimiques.

Quorum sensing dans des environnements naturels: Vues &#xE9;mergents de tapis microbiens

Viele Labor-basierte Informationen gibt es auf Quorum sensing, ein Typ der bakteriellen Zelle-zu-Zell-Kommunikation, die Austausch Molekulare Signale zwischen benachbarten Zellen abh&auml;ngt. Jedoch ist wenig bekannt, wie diese und andere mikrobielle Sensorsysteme in der Natur funktionieren. Geochemische und biologische Modifikationen von Signalen treten wahrscheinlich in extrazellul&auml;ren Umgebungen und konnte diese beabsichtigte Kommunikation zu st&ouml;ren, wenn Signale nicht mehr erkannt werden. Jedoch, wie wir hier diskutieren, Signal-&Auml;nderungen f&uuml;hren k&ouml;nnte andere Ergebnisse: Wenn eine modifizierte Signal mit einem anderen Rezeptor interagieren dann weitere Umweltinformationen durch die empfangenden Zellen gewonnen werden kann. Wir nehmen auch, dass Quorum sensing in Zelle Clustern auftritt wo Signal Dispersion von extrazellul&auml;ren Polymeren erheblich beeinflusst werden k&ouml;nnte. Als Modellsystem besprechen Sie diese Punkte, die wir verwenden mikrobielle Matten - Biofilm strukturreich Gemeinschaften Leben unter scharf definierte, schwankende geochemische Gradienten.

Quorum sensing in nat&uuml;rlichen Umgebungen: neue Ansichten von mikrobiellen Matten.

Molte informazioni di base di laboratorio esistono sul quorum sensing, un tipo di comunicazione cellula-cellula batterica che dipende lo scambio di segnali molecolari tra cellule vicine. Tuttavia, poco &egrave; conosciuto circa come questo e altri sistemi di telerilevamento microbici operano in natura. Modifiche biologiche e geochimiche dei segnali, probabilmente si verificano negli ambienti extracellulari, e questi potrebbe perturbare comunicazione previsto se i segnali non sono riconosciuti. Tuttavia, come si discute qui, alterazioni di segnale potrebbero causare altri esiti: se un segnale modificato &egrave; in grado di interagire con un recettore diverso quindi ulteriori informazioni ambientali possono essere acquisite dalle cellule del ricevente. Abbiamo anche postulare che il quorum sensing si verifica all&#39;interno di ammassi di cellule, dove la dispersione di segnale potrebbe essere significativamente influenzato da polimeri extracellulari. Come sistema di modello per discutere questi punti usiamo tappeti microbici - biofilm altamente strutturato comunit&agrave; vivono sotto nettamente definito, fluttuante geochimici gradienti.

Quorum sensing in ambienti naturali: emergenti viste da tappeti microbici.

&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x5BA4;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30AA;&#x30E9;&#x30E0;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x96A3;&#x63A5;&#x30BB;&#x30EB;&#x9593;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x306E;&#x4EA4;&#x63DB;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x9593;&#x306E;&#x901A;&#x4FE1;&#x306E;&#x7A2E;&#x985E;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3068;&#x4ED6;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x81EA;&#x7136;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306E;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306A;&#x5909;&#x66F4;&#x306F;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x5916;&#x306E;&#x74B0;&#x5883;&#x3067;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x3001;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306F;&#x3082;&#x306F;&#x3084;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3055;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x5834;&#x5408;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x610F;&#x56F3;&#x901A;&#x4FE1;&#x304C;&#x59A8;&#x3052;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x6210;&#x679C;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5909;&#x66F4;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x74B0;&#x5883;&#x60C5;&#x5831;&#x304C;&#x53D7;&#x4FE1;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F97;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x5225;&#x306E;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x3068;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x30AF;&#x30AA;&#x30E9;&#x30E0;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5206;&#x6563;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x7D30;&#x80DE;&#x5916;&#x30DD;&#x30EA;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x7D30;&#x80DE;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x5185;&#x3067;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x3068;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x69CB;&#x9020;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x306E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x6025;&#x6FC0;&#x306B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5909;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x52FE;&#x914D;&#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x751F;&#x304D;&#x3066;&#x3044;&#x308B; - &#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x70B9;&#x3092;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3059;&#x308B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3002;

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&#xB9CE;&#xC740; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4;&#xC5D0; &#xAE30;&#xCD08;&#xB97C; &#xB454; &#xC815;&#xBCF4; &#xCFFC;&#xB7FC; &#xC13C; &#xC2F1;, &#xC778;&#xC811; &#xC140; &#xAC04;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xC2E0;&#xD638; &#xAD50;&#xD658;&#xC5D0; &#xC758;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC140; &#xD1B5;&#xC2E0; &#xC720;&#xD615;&#xC5D0; &#xC874;&#xC7AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xAC70;&#xC758; &#xC790;&#xC5F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xAC83;&#xACFC; &#xB2E4;&#xB978; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xAC10;&#xC9C0; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xC791;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC2E0;&#xD638; &#xC9C0;&#xAD6C; &#xD654;&#xD559; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xC218;&#xC815; &#xC544;&#xB9C8; &#xC138;&#xD3EC; &#xC678; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558; &#xACE0;&#xC774; &#xC774;&#xC0C1; &#xC2E0;&#xD638;&#xB97C; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xC6B0; &#xC6D0;&#xD558;&#xB294; &#xD1B5;&#xC2E0; &#xC911;&#xB2E8; &#xB420; &#xC218; &#xC5C6;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574;, &#xC2E0;&#xD638; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB2E4;&#xB978; &#xACB0;&#xACFC;: &#xC218;&#xC815;&#xB41C; &#xC2E0;&#xD638;&#xB294; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4;&#xC640; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC73C;&#xBA74; &#xD658;&#xACBD; &#xC815;&#xBCF4; &#xB354; &#xBC1B;&#xB294; &#xC140; &#xD558; &#xC5EC; &#xAE30;&#xB85D; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xC138;&#xD3EC; &#xC678; &#xACE0;&#xBD84;&#xC790;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC2E0;&#xD638; &#xBD84;&#xC0B0; &#xC218;&#xB3C4; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xD558;&#xB294; &#xACF3; &#xC140; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCFFC;&#xB7FC; &#xC13C; &#xC2F1; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD55C;&#xB2E4;&#xB294; &#xC120;&#xACB0; &#xC870;&#xAC74;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8;-&#xC120;&#xBA85; &#xD558; &#xAC8C; &#xC815;&#xC758; &#xC544;&#xB798;&#xC5D0; &#xC0B4;&#xACE0;, &#xC9C0;&#xAD6C; &#xD654;&#xD559; &#xBCC0;&#xB3D9; &#xACE0;&#xB3C4;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC870;&#xD654; biofilm &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC810;&#xC744; &#xB17C;&#xC758;&#xB97C; &#xBAA8;&#xB378; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB77C;&#xB514;&#xC5B8;&#xD2B8;.

&#xC790;&#xC5F0; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCFFC;&#xB7FC; &#xC13C; &#xC2F1;: &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2E0;&#xD765;.

Mucha informaci&#xF3;n basada en el laboratorio existente en la detecci&#xF3;n de qu&#xF3;rum, un tipo de c&#xE9;lula bacteriana a la comunicaci&#xF3;n celular que depende de los intercambios de se&#xF1;ales moleculares entre c&#xE9;lulas vecinas. Sin embargo, poco se sabe acerca de c&#xF3;mo este y otros sistemas de detecci&#xF3;n de microorganismos operan en la naturaleza. Modificaciones geoqu&#xED;micas y biol&#xF3;gicas de las se&#xF1;ales probablemente ocurren en ambientes extracelulares, y &#xE9;stos podr&#xED;an interrumpir la comunicaci&#xF3;n est&#xE1; previsto si las se&#xF1;ales ya no son reconocidos. Sin embargo, como veremos aqu&#xED;, alteraciones de la se&#xF1;al podr&#xED;a dar lugar a otras medidas de resultado: si una se&#xF1;al modificada es capaz de interactuar con un receptor diferente a continuaci&#xF3;n, m&#xE1;s informaci&#xF3;n del medio ambiente puede ser adquirida por las c&#xE9;lulas receptoras. Tambi&#xE9;n postulan que la detecci&#xF3;n de qu&#xF3;rum se produce dentro de los grupos celulares, donde la dispersi&#xF3;n de la se&#xF1;al podr&#xED;a verse significativamente influido por los pol&#xED;meros extracelulares. Como un sistema modelo para discutir estos puntos que usamos tapetes microbianos - altamente estructuradas las comunidades que viven bajo la biopel&#xED;cula muy definidos, gradientes geoqu&#xED;micos fluctuantes.

La detecci&#xF3;n de qu&#xF3;rum en ambientes naturales: Vistas emergentes de los tapetes microbianos

&#x7531;&#x4E8E;&#x80DE;&#x5916;&#x805A;&#x5408;&#x7269; &#xFF08;&#x4EE5;&#x4FBF;&#x5728;&#x5E7C;&#x5E74;&#xFF09; &#x548C;&#x76D0;&#x7B49;&#x6291;&#x5236;&#x5242;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#xFF0C;&#x6700;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57AB;&#x7814;&#x7A76;&#x4F9D;&#x9760;&#x4E25;&#x9177;&#x76F4;&#x63A5; DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4EA7;&#x751F;&#x51FA;&#x7684;&#x592A;&#x5C0F;&#xFF0C;&#x5927;&#x63D2;&#x5165;&#x8F7D;&#x4F53;&#x514B;&#x9686;&#x7684; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x3002;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x91CF; &#xFF08;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x91CF;&#xFF09; DNA &#x529F;&#x80FD;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5927;&#x7684;&#x788E;&#x7247;&#x76EE;&#x524D;&#x611F;&#x5174;&#x8DA3;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x66F4;&#x591A;&#x5730;&#x83B7;&#x5F97;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x91CF; DNA &#x63D0;&#x53D6; EPS &#x5BCC;&#x542B;&#x76D0;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57AB;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5F97;&#x5230;&#x6539;&#x8FDB;&#x3002;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66; &#x300B; &#x4E3A; DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x548C;&#x7EAF;&#x5316;&#x805A;&#x4E59;&#x4E8C;&#x9187; (PEG) &#x964D;&#x6C34;&#x8DDF;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x79BB;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E0E;&#x673A;&#x68B0;&#x548C;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66; &#x300B; &#x6536;&#x76CA;&#x7387; &gt; 2 &#x5FAE;&#x514B;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x91CF; DNA (&gt; 48 kb) &#x6BCF;&#x514B;&#x57AB;&#x6837;&#x672C;&#xFF0C;&#x4E0E; A260:280 &#x6BD4;&#x7387; &gt; 1.7&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x6027;&#x68AF;&#x5EA6;&#x51DD;&#x80F6;&#x7535;&#x6CF3;&#x548C;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684; 16S rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x672C;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66;&#x4EE3;&#x8868; DNA&#x3001; &#x63D0;&#x53D6;&#x7269;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57AB;&#x793E;&#x533A;&#x4E2D;&#x8F83;&#x9AD8;&#x7684;&#x6574;&#x4F53;&#x8BA1;&#x7B97;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x6307;&#x6570;&#xFF0C;&#x76F8;&#x6BD4;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6807;&#x51C6;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684; DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x663E;&#x793A;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7528;&#x4E8E;&#x786E;&#x4FDD;&#x6700;&#x4F73;&#x6062;&#x590D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684; DNA &#x63D0;&#x53D6;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3002;

&#x4ECE;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x57AB;&#x7684;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x91CF; DNA &#x7684;&#x63D0;&#x53D6;&#x3002;

Due to the presence of inhibitors such as extracellular polymeric substances (EPSs) and salts, most microbial mat studies have relied on harsh methods of direct DNA extraction that result in DNA fragments too small for large-insert vector cloning. High molecular weight (HMW) DNA is crucial in functional metagenomic studies, because large fragments present greater access to genes of interest. Here we report improved methodologies for extracting HMW DNA from EPS-rich hypersaline microbial mats. The protocol uses a combination of microbial cell separation with mechanical and chemical methods for DNA extraction and purification followed by precipitation with polyethylene glycol (PEG). The protocol yields >2 Âµg HMW DNA (>48 kb) per gram of mat sample, with A260:280 ratios >1.7. In addition, 16S rRNA gene analysis using denaturing gradient gel electrophoresis and pyrosequencing showed that this protocol extracts representative DNA from microbial mat communities and results in higher overall calculated diversity indices compared with three other standard methods of DNA extraction. Our results show the importance of validating the DNA extraction methods used in metagenomic studies to ensure optimal recovery of microbial richness.

Extraction of high molecular weight DNA from microbial mats.

En raison de la pr&#xE9;sence d&#x26;#39;inhibiteurs tels que les substances polym&#xE9;riques extracellulaires (EPS) et les sels, les &#xE9;tudes les plus mat microbiennes se sont appuy&#xE9;s sur des m&#xE9;thodes dures d&#x26;#39;extraction directe de l&#x26;#39;ADN qui se traduisent par des fragments d&#x26;#39;ADN trop petit pour le vecteur de clonage &#xE0; grande insert. De haut poids mol&#xE9;culaire (HMW) de l&#x26;#39;ADN est cruciale dans les &#xE9;tudes m&#xE9;tag&#xE9;nomiques fonctionnelles, parce que de gros fragments de pr&#xE9;senter un plus grand acc&#xE8;s &#xE0; des g&#xE8;nes d&#x26;#39;int&#xE9;r&#xEA;t. Nous rapportons ici des m&#xE9;thodologies am&#xE9;lior&#xE9;es pour l&#x26;#39;extraction d&#x26;#39;ADN &#xE0; partir de HMW-EPS riches tapis microbiens hypersalins. Le protocole utilise une combinaison de la s&#xE9;paration des cellules microbiennes avec des m&#xE9;thodes m&#xE9;caniques et chimiques pour l&#x26;#39;extraction et la purification d&#x26;#39;ADN suivie d&#x26;#39;une pr&#xE9;cipitation avec le poly&#xE9;thyl&#xE8;neglycol (PEG). Les rendements du protocole&#x26;gt; 2 ug d&#x26;#39;ADN HMW (&#x26;gt; 48 kb) par gramme d&#x26;#39;&#xE9;chantillon mat, avec A260: 280 rapports&#x26;gt; 1,7. En outre, l&#x26;#39;analyse du g&#xE8;ne 16S ARNr utilisant &#xE9;lectrophor&#xE8;se sur gel d&#xE9;naturant gradient et pyros&#xE9;quen&#xE7;age a montr&#xE9; que ce protocole extrait l&#x26;#39;ADN repr&#xE9;sentant de communaut&#xE9;s microbiennes tapis et des r&#xE9;sultats globaux plus &#xE9;lev&#xE9;s dans les indices de diversit&#xE9; calcul&#xE9;s par rapport &#xE0; trois autres m&#xE9;thodes standard d&#x26;#39;extraction d&#x26;#39;ADN. Nos r&#xE9;sultats montrent l&#x26;#39;importance de la validation des m&#xE9;thodes d&#x26;#39;extraction d&#x26;#39;ADN utilis&#xE9;s dans les &#xE9;tudes m&#xE9;tag&#xE9;nomiques pour assurer une r&#xE9;cup&#xE9;ration optimale de la richesse microbienne.

Extraction d&#x26;#39;ADN haut poids mol&#xE9;culaire de tapis microbiens

Durch die Anwesenheit von Inhibitoren wie extrazellul&auml;rer polymerer Substanzen (EPSs) und Salze haben die meisten mikrobielle Matte Studien auf rauen Methoden der direkten DNA-Extraktion verlassen, die DNA-Fragmente zu klein f&uuml;r gro&szlig;e-Insert Vektor Klonen f&uuml;hren. Hochmolekulare (HMW) DNA ist entscheidend in funktionale durchgef&uuml;hrte metagenomische Studien, weil gro&szlig;e Fragmente besseren Zugang zu den Genen des Interesses zu pr&auml;sentieren. Hier berichten wir &uuml;ber verbesserte Methoden zur Extraktion von HMW-DNA aus EPS-reiche hypersaliner mikrobielle Matten. Das Protokoll verwendet eine Kombination von mikrobiellen Zellseparation mit mechanischen und chemischen Methoden zur DNA-Extraktion und Reinigung mit anschlie&szlig;ender Ausf&auml;llung mit Polyethylenglykol (PEG). Das Protokoll ergibt &gt; 2 &micro;g DNA HMW (&gt; 48KB) pro Gramm Mat Probe mit A260:280-Verh&auml;ltnissen &gt; 1.7. 16S rRNA-gen-Analyse mit Denaturierung Gradienten Gelelektrophorese und Pyrosequencing zeigte au&szlig;erdem, dass dieses Protokoll von Mat Mikrobengemeinschaften und f&uuml;hrt zu h&ouml;heren insgesamt berechneten Vielfalt Indizes verglichen mit drei anderen standard-Methoden der DNA-Extraktion Vertreter DNA extrahiert. Unsere Ergebnisse zeigen die Bedeutung der Validierung der DNA-Extraktion-Methods in durchgef&uuml;hrte metagenomische Studien zur optimalen Regeneration der mikrobiellen Reichtum zu gew&auml;hrleisten.

Extraktion von hochmolekulare DNA von mikrobiellen Matten.

A causa della presenza di inibitori quali sostanze polimeriche extracellulari (EPSs) e sali, studi mat microbici pi&ugrave; hanno contato su duri metodi di estrazione diretta di DNA che si traducono in frammenti di DNA troppo piccoli per grande inserto vettore di clonazione. DNA ad elevato peso molecolare (HMW) &egrave; cruciale negli studi funzionali metagenomica, perch&eacute; grossi frammenti presentano maggiore accesso ai geni di interesse. Qui riportiamo migliorate metodologie per l&#39;estrazione del DNA HMW da tappeti microbici EPS-rich ipersaline. Il protocollo utilizza una combinazione di separazione delle cellule microbiche con metodi meccanici e chimici per l&#39;estrazione del DNA e purificazione seguita da precipitazione con polietilenglicole (PEG). Il protocollo di rendimenti &amp;gt; 2 &micro; g di DNA HMW (&amp;gt; 48 kb) per grammo di campione opaco, con rapporti A260:280 &amp;gt; 1.7. Inoltre, analisi del gene 16S rRNA mediante denaturazione pyrosequencing ed elettroforesi del gel di pendenza ha mostrato che questo protocollo estratti DNA rappresentante dalla comunit&agrave; microbiche mat e risultati pi&ugrave; elevati indici di diversit&agrave; complessiva calcolata confrontato con tre altri metodi standard di estrazione del DNA. I nostri risultati dimostrano l&#39;importanza della convalida i metodi di estrazione del DNA utilizzati negli studi di metagenomica per garantire un recupero ottimale di ricchezza microbica.

Estrazione di alto peso molecolare del DNA da tappeti microbici.

&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x5916;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x7269;&#x8CEA;&#xFF08;EPS&#x306B;&#xFF09;&#x3084;&#x5869;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x963B;&#x5BB3;&#x5264;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;DNA&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x30C8;&#x30D9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x306F;&#x5C0F;&#x3055;&#x3059;&#x304E;&#x308B;&#x65AD;&#x7247;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x76F4;&#x63A5;DNA&#x62BD;&#x51FA;&#x306E;&#x904E;&#x9177;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x983C;&#x3063;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x3002;&#x5927;&#x65AD;&#x7247;&#x306F;&#x3001;&#x76EE;&#x7684;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3078;&#x306E;&#x3088;&#x308A;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x91CF;&#xFF08;HMW&#xFF09;&#x306E;DNA&#x306F;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;EPS-&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x821F;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;HMW DNA&#x3092;&#x62BD;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6539;&#x5584;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x30DD;&#x30EA;&#x30A8;&#x30C1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30EB;&#xFF08;PEG&#xFF09;&#x6C88;&#x6BBF;&#x306B;&#x7D9A;&#x3044;&#x3066;DNA&#x62BD;&#x51FA;&#x3068;&#x7CBE;&#x88FD;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6A5F;&#x68B0;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x624B;&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5206;&#x96E2;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306E;&#x5229;&#x56DE;&#x308A;&#x26;gt;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;1g&#x5F53;&#x305F;&#x308A;2&#x3BC;g&#x306E;HMW DNA&#xFF08;&#x26;gt; 48&#x30AD;&#x30ED;&#x30D0;&#x30A4;&#x30C8;&#xFF09;&#x3001;A260&#x3068;280&#x306E;&#x6BD4;&#x26;gt; 1.7&#x3002;&#x5909;&#x6027;&#x52FE;&#x914D;&#x30B2;&#x30EB;&#x96FB;&#x6C17;&#x6CF3;&#x52D5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3001;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;16S rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;DNA&#x62BD;&#x51FA;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x6A19;&#x6E96;&#x7684;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3068;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x3088;&#x308A;&#x9AD8;&#x3044;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x8A08;&#x7B97;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x6307;&#x6A19;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x3068;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x304B;&#x3089;&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x306A;DNA&#x3092;&#x62BD;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x8C4A;&#x304B;&#x3055;&#x306E;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3092;&#x78BA;&#x5B9F;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x7528;&#x3044;&#x305F;DNA&#x62BD;&#x51FA;&#x6CD5;&#x3092;&#x691C;&#x8A3C;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x91CF;DNA&#x306E;&#x62BD;&#x51FA;

&#xC5B5;&#xC81C;&#xC81C; &#xC138;&#xD3EC; &#xC678; &#xACE0;&#xBD84;&#xC790; &#xBB3C;&#xC9C8; (Eps)&#xACFC; &#xC18C;&#xAE08; &#xAC19;&#xC740; &#xC874;&#xC7AC;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; &#xB108;&#xBB34; &#xD070; &#xC0BD;&#xC785; &#xBCA1;&#xD130; &#xD074;&#xB85C;&#xB2DD;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC791;&#xC740; DNA &#xC870;&#xAC01; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418;&#xB294; &#xAC00;&#xD639;&#xD55C; &#xC9C1;&#xC811; DNA &#xCD94;&#xCD9C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xC758;&#xC874; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD070; &#xC870;&#xAC01; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB354; &#xC911;&#xB300; &#xD55C; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC81C;&#xC2DC; &#xD558;&#xAE30; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xACE0; &#xBD84;&#xC790;&#xB7C9; (HMW) DNA &#xAE30;&#xB2A5; metagenomic &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815;&#xC801; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; EPS &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; hypersaline &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; HMW DNA&#xB97C; &#xCD94;&#xCD9C; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xBC29;&#xBC95;&#xB860; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;. &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; DNA &#xCD94;&#xCD9C; &#xBC0F; &#xC815;&#xC218; &#xB4A4;&#xC5D0; &#xD3F4; &#xB9AC; &#xC5D0;&#xD2F8;&#xB80C; &#xAE00;&#xB9AC;&#xCF5C; (&#xD398;&#xADF8;)&#xC640; &#xAC15; &#xC218;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE30;&#xACC4;&#xC801;, &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xC138;&#xD3EC; &#xBD84;&#xB9AC;&#xC758; &#xC870;&#xD569;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xC218;&#xC775;&#xB960; &amp;gt; 2 &micro; g HMW DNA (&amp;gt; 48 kb) A260:280 &#xBE44;&#xC728; &#xB9E4;&#xD2B8; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xADF8;&#xB7A8; &#xB2F9; &amp;gt; 1.7. &#xB610;&#xD55C; 16S rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D; &#xBCC0;&#xC131; &#xADF8;&#xB77C;&#xB370;&#xC774;&#xC158; &#xC824; &#xC804;&#xAE30; &#xC774;&#xB3D9; &#xBC95; &#xBC0F; pyrosequencing&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;&#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8; &#xC0AC;&#xD68C;&#xC640; DNA &#xCD94;&#xCD9C;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xD45C;&#xC900; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xB354; &#xB192;&#xC740; &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xACC4;&#xC0B0;&#xB41C; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; &#xC9C0;&#xD45C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xD45C; DNA&#xB97C; &#xCD94;&#xCD9C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; DNA &#xCD94;&#xCD9C; &#xBC29;&#xBC95; metagenomic &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xD48D;&#xC694;&#xB85C; &#xC6C0;&#xC758; &#xBCF5;&#xAD6C;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC7A5; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131; &#xAC80;&#xC0AC;&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9E4;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB192;&#xC740; &#xBD84;&#xC790;&#xB7C9; DNA &#xCD94;&#xCD9C;.

Debido a la presencia de inhibidores, tales como sustancias polim&#xE9;ricas extracelulares (EPS) y las sales, los estudios m&#xE1;s estera microbianas se han basado en m&#xE9;todos &#xE1;speros de extracci&#xF3;n directa de ADN que dan lugar a fragmentos de ADN demasiado peque&#xF1;o para vector de clonaci&#xF3;n a gran inserci&#xF3;n. De alto peso molecular (HMW) de ADN es crucial en estudios metagenomic funcionales, porque los fragmentos grandes presentan mayor acceso a los genes de inter&#xE9;s. Aqu&#xED; mostramos metodolog&#xED;as mejoradas para la extracci&#xF3;n de ADN de alto peso molecular de la EPS-ricos tapetes microbianos hipersalinos. El protocolo utiliza una combinaci&#xF3;n de separaci&#xF3;n de c&#xE9;lulas microbianas con m&#xE9;todos mec&#xE1;nicos y qu&#xED;micos para la extracci&#xF3;n y purificaci&#xF3;n del ADN, seguido de precipitaci&#xF3;n con polietilenglicol (PEG). Los rendimientos de protocolo&#x26;gt; 2 g de ADN HMW (&#x26;gt; 48 kb) por gramo de muestra estera, con A260: 280 coeficientes&#x26;gt; 1,7. Adem&#xE1;s, el an&#xE1;lisis del gen 16S ARNr mediante electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante y pirosecuenciaci&#xF3;n puso de manifiesto que este protocolo extrae ADN representante de las comunidades de esteras microbianas y los resultados m&#xE1;s altos en los &#xED;ndices globales de diversidad calculados en comparaci&#xF3;n con los otros tres m&#xE9;todos est&#xE1;ndar de extracci&#xF3;n de ADN. Nuestros resultados muestran la importancia de validar los m&#xE9;todos de extracci&#xF3;n de ADN utilizados en estudios de metagen&#xF3;mica para asegurar una recuperaci&#xF3;n &#xF3;ptima de la riqueza microbiana.

La extracci&#xF3;n de ADN de alto peso molecular a partir de los tapetes microbianos

Wastewater treatment plants (WWTPs) are engineered structures that collect, concentrate, and treat human waste, ultimately releasing treated wastewater into local environments. While WWTPs efficiently remove most biosolids, it has been shown that many antibiotics and antibiotic-resistant bacteria can survive the treatment process. To determine how WWTPs influence the concentration and dissemination of antibiotic-resistant genes into the environment, a functional metagenomic approach was used to identify a novel antibiotic resistance gene within a WWTP, and quantitative PCR (qPCR) was used to determine gene copy numbers within the facility and the local coastal ecosystem. From the WWTP metagenomic library, the fosmid insert contained in one highly resistant clone (MIC, â‰ˆ 416 Î¼g ml(-1) ampicillin) was sequenced and annotated, revealing 33 putative genes, including a 927-bp gene that is 42% identical to a functionally characterized Î²-lactamase from Staphylococcus aureus PC1. Isolation and subcloning of this gene, referred to as bla(M-1), conferred ampicillin resistance to its Escherichia coli host. When normalized to volume, qPCR showed increased concentrations of bla(M-1) during initial treatment stages but 2-fold-decreased concentrations during the final treatment stage. The concentration ng(-1) DNA increased throughout the WWTP process from influent to effluent, suggesting that bla(M-1) makes up a significant proportion of the overall genetic material being released into the coastal ecosystem. Average discharge was estimated to be 3.9 Ã— 10(14) copies of the bla(M-1) gene released daily into this coastal ecosystem. Furthermore, the gene was observed in all sampled coastal water and sediment samples surrounding the facility. Our results suggest that WWTPs may be a pathway for the dissemination of novel antibiotic resistance genes into the environment.

Characterization and quantitation of a novel Î²-lactamase gene found in a wastewater treatment facility and the surrounding coastal ecosystem.

&#x5E9F;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382; &#xFF08;&#x6C61;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382;&#xFF09; &#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x5DE5;&#x7A0B;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x3001; &#x5E9F;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x7684;&#x7CBE;&#x77FF;&#xFF0C;&#x6CBB;&#x7597;&#x4EBA;&#x4F53;&#x5E9F;&#x7269;&#xFF0C;&#x6700;&#x7EC8;&#x91CA;&#x653E;&#x5230;&#x5F53;&#x5730;&#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x6C61;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382;&#x6709;&#x6548;&#x7684;&#x53BB;&#x9664;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x751F;&#x7269;&#x56FA;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5B83;&#x8868;&#x660E;&#x8BB8;&#x591A;&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x548C;&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x8010;&#x836F;&#x83CC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x751F;&#x5B58;&#x7684;&#x5904;&#x7406;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x8981;&#x786E;&#x5B9A;&#x5982;&#x4F55;&#x6C61;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382;&#x5F71;&#x54CD;&#x6D53;&#x5EA6;&#x548C;&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x8010;&#x836F;&#x57FA;&#x56E0;&#x5230;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x4F20;&#x64AD;&#xFF0C;&#x529F;&#x80FD;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x662F;&#x7528;&#x6765;&#x6807;&#x8BC6;&#x5728;&#x6C61;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382;&#x5185;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x8010;&#x836F;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#xFF08;qPCR&#xFF09; &#x7528;&#x4E8E;&#x786E;&#x5B9A;&#x8BE5;&#x8BBE;&#x65BD;&#x548C;&#x5F53;&#x5730;&#x7684;&#x6CBF;&#x6D77;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5185;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x62F7;&#x8D1D;&#x6570;&#x3002;&#x4ECE;&#x57CE;&#x5E02;&#x6C61;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6587;&#x5E93;&#x4E2D;&#xFF0C;fosmid &#x63D2;&#x5165;&#x5176;&#x4E2D;&#x4E00;&#x4E2A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x8010;&#x836F;&#x514B;&#x9686; &asymp; 416 &mu; ml(-1) &#x6C28;&#x82C4;&#x9752;&#x9709;&#x7D20; MIC&#xFF09; &#x6392;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x7136;&#x540E;&#x6CE8;&#x660E;&#xFF0C;&#x63ED;&#x793A; 33 &#x5047;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; 927 bp &#x57FA;&#x56E0;&#x76F8;&#x540C;&#x529F;&#x80FD;&#x7279;&#x8272;&#x7684; &beta;-&#x5185;&#x9170;&#x80FA;&#x9176;&#x7684;&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x7535;&#x8111; 1 42%&#x3002;&#x9694;&#x79BB;&#x548C;&#x4E9A;&#x514B;&#x9686;&#x7684;&#x8FD9;&#x79CD;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x79F0;&#x4E3A; bla(M-1)&#xFF0C;&#x8D4B;&#x4E88;&#x5176;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x7684;&#x6C28;&#x82C4;&#x9752;&#x9709;&#x7D20;&#x6297;&#x6027;&#x3002;&#x65F6;&#x5F52;&#x5377;&#xFF0C;qPCR &#x5728;&#x521D;&#x671F;&#x6CBB;&#x7597;&#x9636;&#x6BB5;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0B;&#x8DCC; 2 &#x500D;&#x6D53;&#x5EA6;&#x5728;&#x6700;&#x540E;&#x5904;&#x7406;&#x9636;&#x6BB5;&#x671F;&#x95F4;&#x663E;&#x793A; bla(M-1) &#x7684;&#x6D53;&#x5EA6;&#x589E;&#x52A0;&#x3002;&#x5728;&#x6574;&#x4E2A;&#x57CE;&#x5E02;&#x6C61;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x4ECE;&#x8FDB;&#x6C34;&#x5230;&#x51FA;&#x6C34;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;bla(M-1) &#x4F7F;&#x4E86;&#x5F88;&#x5927;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x88AB;&#x91CA;&#x653E;&#x5230;&#x6CBF;&#x6D77;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x6574;&#x4F53;&#x9057;&#x4F20;&#x6750;&#x6599;&#x589E;&#x52A0;&#x6D53;&#x5EA6; ng(-1) DNA&#x3002;&#x4F30;&#x8BA1;&#x5E73;&#x5747;&#x6D41;&#x91CF;&#x4E3A;&#x6BCF;&#x5929;&#x91CA;&#x653E;&#x5230;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x6CBF;&#x6D77;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684; bla(M-1) &#x57FA;&#x56E0; 3.9 &times; 10(14) &#x526F;&#x672C;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x6307;&#x51FA;&#x6240;&#x6709;&#x91C7;&#x6837;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6C34;&#x548C;&#x6C89;&#x79EF;&#x7269;&#x6837;&#x54C1;&#x5468;&#x56F4;&#x8BBE;&#x65BD;&#x4E2D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x6C61;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x5382;&#x53EF;&#x80FD;&#x5230;&#x73AF;&#x5883;&#x65B0;&#x578B;&#x6297;&#x751F;&#x7D20;&#x8010;&#x836F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4F20;&#x64AD;&#x9014;&#x5F84;&#x3002;

&#x5B9A;&#x6027;&#x548C;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x5E9F;&#x6C34;&#x5904;&#x7406;&#x8BBE;&#x65BD;&#x548C;&#x5468;&#x56F4;&#x7684;&#x6CBF;&#x6D77;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4E2D;&#x627E;&#x5230;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B; &beta;-&#x5185;&#x9170;&#x80FA;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;

Les stations d&#x26;#39;&#xE9;puration (STEP) sont des structures d&#x26;#39;ing&#xE9;nierie qui recueillent, se concentrer, et de traiter les d&#xE9;chets d&#x26;#39;origine humaine, en fin de compte la lib&#xE9;ration des eaux us&#xE9;es trait&#xE9;es dans des environnements locaux. Alors que les stations d&#x26;#39;&#xE9;puration &#xE9;liminent efficacement la plupart des biosolides, il a &#xE9;t&#xE9; montr&#xE9; que de nombreux antibiotiques et les bact&#xE9;ries r&#xE9;sistantes aux antibiotiques peuvent survivre au processus de traitement. Pour d&#xE9;terminer comment les stations d&#x26;#39;&#xE9;puration influence sur la concentration et la diffusion de g&#xE8;nes r&#xE9;sistants aux antibiotiques dans l&#x26;#39;environnement, une approche m&#xE9;tag&#xE9;nomique fonctionnelle a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;e pour identifier un g&#xE8;ne de r&#xE9;sistance aux antibiotiques dans les roman une station d&#x26;#39;&#xE9;puration, et PCR quantitative (qPCR) a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9; pour d&#xE9;terminer le nombre de copies du g&#xE8;ne dans le installation et de l&#x26;#39;&#xE9;cosyst&#xE8;me c&#xF4;tier local. De la biblioth&#xE8;que m&#xE9;tag&#xE9;nomique station d&#x26;#39;&#xE9;puration, l&#x26;#39;insert fosmide contenue dans un clone tr&#xE8;s r&#xE9;sistant (CMI, ug ml &#x2248; 416 (-1) &#xE0; l&#x26;#39;ampicilline) a &#xE9;t&#xE9; s&#xE9;quenc&#xE9; et annot&#xE9;, r&#xE9;v&#xE9;lant 33 g&#xE8;nes putatifs, y compris un g&#xE8;ne 927-pb qui est de 42% identique &#xE0; une caract&#xE9;risation fonctionnelle &#x3B2;-lactamase de PC1 Staphylococcus aureus. L&#x26;#39;isolement et le sous-clonage de ce g&#xE8;ne, appel&#xE9; bla (M-1), conf&#xE8;re r&#xE9;sistance &#xE0; l&#x26;#39;ampicilline &#xE0; son h&#xF4;te Escherichia coli. Lorsque normalis&#xE9;e au volume, qPCR a montr&#xE9; des concentrations accrues de bla (M-1) au cours des &#xE9;tapes de traitement initial, mais de 2 fois-une diminution des concentrations au cours de la phase de traitement final. La concentration ng (-1) d&#x26;#39;ADN a augment&#xE9; tout au long du processus de station d&#x26;#39;&#xE9;puration de l&#x26;#39;influent &#xE0; l&#x26;#39;effluent, ce qui sugg&#xE8;re que bla (M-1) repr&#xE9;sente une proportion importante de la mati&#xE8;re g&#xE9;n&#xE9;tique globale d&#x26;#39;&#xEA;tre rejet&#xE9;es dans l&#x26;#39;&#xE9;cosyst&#xE8;me c&#xF4;tier. D&#xE9;charge moyenne a &#xE9;t&#xE9; estim&#xE9;e &#xE0; 3,9 &#xD7; 10 (14) exemplaires de la bla (M-1) du g&#xE8;ne lib&#xE9;r&#xE9;s chaque jour dans cet &#xE9;cosyst&#xE8;me c&#xF4;tier. En outre, le g&#xE8;ne a &#xE9;t&#xE9; observ&#xE9;e dans tous les &#xE9;chantillons d&#x26;#39;eau c&#xF4;ti&#xE8;re et des &#xE9;chantillons de s&#xE9;diments entourant l&#x26;#39;&#xE9;tablissement. Nos r&#xE9;sultats sugg&#xE8;rent que les stations d&#x26;#39;&#xE9;puration peut &#xEA;tre une voie pour la diffusion de nouveaux g&#xE8;nes de r&#xE9;sistance aux antibiotiques dans l&#x26;#39;environnement.

Caract&#xE9;risation et quantification d&#x26;#39;un roman &#x3B2;-lactamase g&#xE8;ne qui se trouve dans une installation de traitement des eaux us&#xE9;es et l&#x26;#39;&#xE9;cosyst&#xE8;me environnant c&#xF4;tier

Abwasserbehandlungsanlagen (Kl&auml;ranlagen) sind ver&auml;nderter Strukturen, die sammeln, Konzentrat und menschliche Abf&auml;lle behandeln, letztlich die Freigabe behandelt Abwasser in lokalen Umgebungen. W&auml;hrend Kl&auml;ranlagen effizient die meisten Kl&auml;rd&uuml;nger entfernen, hat sich gezeigt, dass viele Antibiotika und Antibiotika-resistente Bakterien den Behandlungsprozess &uuml;berleben k&ouml;nnen. Um zu bestimmen, wie Kl&auml;ranlagen Einfluss der Konzentration und Verbreitung von Antibiotika-resistente Gene in die Umwelt, ein funktionale durchgef&uuml;hrte metagenomische Ansatz verwendet, um ein neuartiger Antibiotika-Resistenz-Gen in einer Kl&auml;ranlage zu identifizieren und quantitative war wurde die PCR (qPCR) zur gen Kopie Zahlen innerhalb der Anlage und des lokalen K&uuml;sten-&Ouml;kosystems zu ermitteln. Aus der Kl&auml;ranlage durchgef&uuml;hrte metagenomische Bibliothek auch Fosmid Insert enthalten in einem hochresistent Klon (MIC, &asymp; 416 &mu;g ml(-1) Ampicillin) wurde sequenziert und mit Anmerkungen versehen, 33 vermeintliche Gene, offenbart ein 927-bp-gen, die 42 % mit einer funktional charakterisiert &beta;-Lactamase von Staphylococcus Aureus PC1 identisch ist. Isolierung und Subklonierung dieses Gens, genannt bla(M-1), &uuml;bertragenen Ampicillin-Resistenz zu seinem Escherichia-coli-Host. Wenn Sie Volume normalisiert, zeigte qPCR erh&ouml;hte Konzentrationen von bla(M-1) w&auml;hrend Anfangsbehandlung Stufen aber 2 8-fach-verringerte Konzentration w&auml;hrend der Endbehandlung-Phase. Die Konzentration ng(-1) DNA erh&ouml;ht w&auml;hrend des gesamten Prozesses vom Zulauf Kl&auml;ranlage, Abwasser, was darauf hindeutet, dass ein erheblicher Anteil der insgesamt genetisches Material in die K&uuml;stenstadt &Ouml;kosystem gelangt dieses bla(M-1) bildet. Mittlere Wasserf&uuml;hrung wurde gesch&auml;tzt, um 3,9 &times; 10 Kopien des Gens bla(M-1) t&auml;glich in dieser K&uuml;stenstadt &Ouml;kosystem freigesetzt werden. Dar&uuml;ber hinaus wurde das Gen in allen aufgenommenen K&uuml;stengew&auml;sser und Sedimentproben, die rund um die Anlage beobachtet. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass Kl&auml;ranlagen m&ouml;glicherweise einen Weg f&uuml;r die Verbreitung neuartiger Antibiotika-Resistenz-Gene in die Umwelt.

Charakterisierung und Quantifizierung eines neuartigen &beta;-Lactamase-Gens gefunden in einer Kl&auml;ranlage und des umliegenden K&uuml;sten-&Ouml;kosystems.

Impianti di trattamento delle acque reflue (WWTPs) sono strutture ingegnerizzate che raccolgono, concentrato e trattare rifiuti umani, rilasciando alla fine trattamento delle acque reflue in ambienti locali. Mentre WWTPs efficientemente rimuovere biosolidi la maggior parte, &egrave; stato dimostrato che molti antibiotici e batteri antibiotico-resistenti possono sopravvivere al processo di trattamento. Per determinare come WWTPs influenza la concentrazione e la diffusione dei geni antibiotico-resistenti nell&#39;ambiente, un approccio funzionale metagenomica &egrave; stato usato per identificare un gene di resistenza agli antibiotici romanzo all&#39;interno di un trattamento delle acque reflue e quantitative PCR (qPCR) &egrave; stato utilizzato per determinare il numero di copie del gene all&#39;interno della struttura e dell&#39;ecosistema costiero locale. Dalla libreria metagenomica WWTP, l&#39;inserto fosmid contenuta in uno clone altamente resistenti (MIC, &asymp; 416 &mu;g ml(-1) ampicillina) &egrave; stato sequenziato e annotato, rivelando 33 putativi geni, tra cui un gene 927-bp che &egrave; identico a un &beta;-lattamasi funzionalmente caratterizzato da Staphylococcus aureus PC1 al 42%. Isolamento e subcloning di questo gene, denominato bla(M-1), conferito resistenza ampicillina al suo ospite di Escherichia coli. Quando normalizzato a volume, qPCR mostrato aumento delle concentrazioni di bla(M-1) nella fase di trattamento iniziale ma concentrazioni diminuito a 2 volte durante la fase finale del trattamento. La concentrazione ng(-1) DNA aumentato durante tutto il processo di trattamento delle acque reflue da influenti per effluenti, suggerendo che bla(M-1) costituisce una parte significativa del materiale genetico in generale essere rilasciato nell&#39;ecosistema costiero. Portata media &egrave; stata stimata per essere 3,9 &times; 10(14) copie del gene bla(M-1) pubblicato quotidianamente in questo ecosistema costiero. Inoltre, il gene &egrave; stato osservato in tutte le acque costiere campionate e campioni di sedimento che circonda la struttura. I nostri risultati suggeriscono che WWTPs pu&ograve; essere un percorso per la diffusione dei geni di resistenza antibiotica romanzo nell&#39;ambiente.

Caratterizzazione e quantificazione di un gene della &beta;-lattamasi romanzo trovato in un impianto di trattamento delle acque reflue e il circostante ecosistema costiero.

&#x5EC3;&#x6C34;&#x51E6;&#x7406;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C8;&#xFF08;WWTPs&#xFF09;&#x304C;&#x53CE;&#x96C6;&#x3001;&#x96C6;&#x4E2D;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x5EC3;&#x68C4;&#x7269;&#x3092;&#x6271;&#x3044;&#x3001;&#x6700;&#x7D42;&#x7684;&#x306B;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EB;&#x74B0;&#x5883;&#x306B;&#x4E0B;&#x6C34;&#x51E6;&#x7406;&#x6C34;&#x3092;&#x653E;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x8A2D;&#x8A08;&#x69CB;&#x9020;&#x3067;&#x3059;&#x3002; WWTPs&#x304C;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306B;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30BD;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x524A;&#x9664;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x3068;&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x8010;&#x6027;&#x83CC;&#x306F;&#x3001;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x751F;&#x304D;&#x6B8B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; WWTPs&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x3078;&#x306E;&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x8010;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6FC3;&#x5EA6;&#x3068;&#x666E;&#x53CA;&#x3092;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;WWTP&#x5185;&#x306E;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x306E;&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x8010;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#xFF08;qPCR&#xFF09;&#x306F;&#x5185;&#x3067;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x6570;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x65BD;&#x8A2D;&#x3068;&#x5730;&#x5143;&#x306E;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x3002; WWTP&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x3001;&#x301C;42&#xFF05;&#x540C;&#x4E00;&#x3067;&#x3042;&#x308B;927 bp&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;33&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;1&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x8010;&#x6027;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#xFF08;MIC&#x3001;&#x2248;416&#x3BC;g&#x306E;ML&#xFF08;-1&#xFF09;&#x30A2;&#x30F3;&#x30D4;&#x30B7;&#x30EA;&#x30F3;&#xFF09;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;&#x6CE8;&#x91C8;&#x3092;&#x4ED8;&#x3051;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x4E2D;&#x306B;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x308B;fosmid&#x30A4;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x306E;PC1&#x304B;&#x3089;&#x3B2;-&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x30BC;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3068;&#x3059;&#x308B;&#x3002; BLA&#xFF08;M-1&#xFF09;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5358;&#x96E2;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B5;&#x30D6;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x306B;&#x30A2;&#x30F3;&#x30D4;&#x30B7;&#x30EA;&#x30F3;&#x8010;&#x6027;&#x3092;&#x4ED8;&#x4E0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30DC;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30E0;&#x3078;&#x306E;&#x6B63;&#x898F;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x306B;&#x3001;&#x5B9A;&#x91CF;PCR&#x306F;&#x3001;&#x521D;&#x671F;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;BLA&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x6FC3;&#x5EA6;&#xFF08;M-1&#xFF09;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x6700;&#x7D42;&#x51E6;&#x7406;&#x6BB5;&#x968E;&#x306E;&#x6FC3;&#x5EA6;&#x3092;2&#x500D; - &#x306F;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6FC3;&#x5EA6;&#x306E;NG&#xFF08;-1&#xFF09;DNA&#x306F;&#x3001;bla&#xFF08;M-1&#xFF09;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306B;&#x653E;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x7269;&#x8CEA;&#x306E;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x6392;&#x6C34;&#x3078;&#x306E;&#x6D41;&#x5165;&#x304B;&#x3089;WWTP&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x901A;&#x3057;&#x3066;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5E73;&#x5747;&#x6D41;&#x91CF;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306B;&#x6BCE;&#x65E5;&#x30EA;&#x30EA;&#x30FC;&#x30B9;BLA&#xFF08;M-1&#xFF09;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;3.9&#xD7;10&#xFF08;14&#xFF09;&#x306E;&#x30B3;&#x30D4;&#x30FC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x6C34;&#x3068;&#x65BD;&#x8A2D;&#x3092;&#x56F2;&#x3080;&#x5E95;&#x8CEA;&#x8A66;&#x6599;&#x3067;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;WWTPs&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x3078;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x6297;&#x751F;&#x7269;&#x8CEA;&#x8010;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x666E;&#x53CA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;

&#x6392;&#x6C34;&#x51E6;&#x7406;&#x65BD;&#x8A2D;&#x3068;&#x5468;&#x8FBA;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x65B0;&#x898F;&#x3B2;-&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x30BC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x3068;&#x5B9A;&#x91CF;

&#xD3D0;&#xC218; &#xCC98;&#xB9AC; &#xACF5;&#xC7A5; (WWTPs) &#xC124;&#xACC4; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xC218;&#xC9D1; &#xD558;&#xB294;, &#xC9D1;&#xC911;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAD81;&#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD480;&#xC5B4; &#xCE58;&#xB8CC; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD3D0;&#xAE30;&#xBB3C; &#xB85C;&#xCEEC; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0; &#xD3D0;&#xC218;&#xB97C; &#xCC98;&#xB9AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. WWTPs &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; biosolids&#xB97C; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xAC70; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xB9CE;&#xC740; &#xD56D;&#xC0DD;&#xC81C;&#xC640; &#xD56D;&#xC0DD;&#xC81C; &#xB0B4;&#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xCE58;&#xB8CC; &#xACFC;&#xC815;&#xC744; &#xC0B4;&#xC544;&#xB0A8;&#xC744; &#xC218; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; WWTPs &#xC601;&#xD5A5; &#xB18D;&#xB3C4; &#xBC0F; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0; &#xD56D;&#xC0DD;&#xC81C; &#xB0B4;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBCF4;&#xAE09;, &#xAE30;&#xB2A5; metagenomic &#xC811;&#xADFC; &#xC5C8;&#xB294; &#xD3D0;&#xC218;&#xCC98;&#xB9AC; &#xC7A5; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD56D;&#xC0DD;&#xC81C; &#xC800;&#xD56D; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xC591;&#xC801; PCR (qPCR) &#xC2DC;&#xC124;&#xACFC; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xD574;&#xC548; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4; &#xB0B4;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8; &#xC218;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xD3D0;&#xC218;&#xCC98;&#xB9AC; &#xC7A5; metagenomic &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; 33 &#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB4DC;&#xB7EC;&#xB0B4;&#xB294; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xB0B4;&#xC131; clone (&#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;, &asymp; 416 &mu;g ml(-1) &#xC554; &#xD53C; &#xC2E4;&#xB9B0;)&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xC8FC;&#xC11D;, &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; fosmid &#xC0BD;&#xC785; 42% &#xD669;&#xC0C9; &#xD3EC;&#xB3C4;&#xC0C1;&#xAD6C;&#xADE0; p c 1&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB77D; &#xD0C0; &#xB9C8;&#xB97C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC774; &beta;-&#xC81C; &#xB3D9;&#xC77C; 927-bp &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC;. &#xACE0;&#xB9BD;&#xACFC; subcloning bla(M-1), &#xB77C;&#xACE0; &#xD558;&#xB294;&#xC774; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC554; &#xD53C; &#xC2E4;&#xB9B0; &#xC800;&#xD56D; Escherichia&#xC758; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xC219;&#xC8FC;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xC218; &#xC5EC;. &#xBCFC;&#xB968;&#xC744; &#xC815;&#xADDC;&#xD654; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xC6B0; qPCR &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9; &#xCC98;&#xB9AC; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB18D;&#xB3C4; 2 &#xBC30; &#xAC10;&#xC18C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xCD08;&#xAE30; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB2E8;&#xACC4; &#xB3D9;&#xC548; bla(m-1)&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xB18D;&#xB3C4; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. DNA &#xB18D;&#xB3C4; ng(-1) &#xC720;&#xCD9C;, &#xADF8; bla(m-1)&#xC740; &#xD574;&#xC548; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4;&#xC5D0; &#xCD9C;&#xC2DC; &#xB418; &#xACE0; &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xC804; &#xBB3C;&#xC9C8;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBE44;&#xC728;&#xC774; &#xAD6C;&#xC131; &#xC81C;&#xC548;&#xC5D0; &#xD615;&#xC131;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD3D0;&#xC218;&#xCC98;&#xB9AC; &#xC7A5; &#xACFC;&#xC815; &#xC804;&#xBC18;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC99D;&#xAC00; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD3C9;&#xADE0; &#xBC29;&#xC804;&#xC774; &#xD574;&#xC548; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC77C; &#xBC1C;&#xD45C; &#xD558;&#xB294; bla(M-1) &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 3.9 &times; 10(14) &#xBCF5;&#xC0AC;&#xBCF8; &#xCD94;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xB41C; &#xD574;&#xC548; &#xBB3C;&#xACFC; &#xCE68;&#xC804; &#xBB3C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC2DC;&#xC124; &#xC8FC;&#xBCC0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; WWTPs &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD56D; &#xC0DD; &#xC800;&#xD56D; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBCF4;&#xAE09;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xACBD;&#xB85C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD2B9;&#xC131;&#xD654; &#xBC0F; &#xD3D0;&#xC218; &#xCC98;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xC124; &#xBC0F; &#xC8FC;&#xBCC0; &#xD574;&#xC548; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &beta;-&#xB77D; &#xD0C0; &#xB9C8; &#xC81C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC815;&#xB7C9;.

Plantas de tratamiento de aguas residuales (EDAR) son estructuras de ingenier&#xED;a que se acumulan, se concentran y tratan los desechos humanos, en &#xFA;ltima instancia, la liberaci&#xF3;n de las aguas residuales tratadas en los entornos locales. Mientras EDAR eficientemente eliminar la mayor&#xED;a de los bios&#xF3;lidos, se ha demostrado que muchos antibi&#xF3;ticos y bacterias resistentes a los antibi&#xF3;ticos pueden sobrevivir al proceso de tratamiento. Para determinar c&#xF3;mo EDAR influyen en la concentraci&#xF3;n y la difusi&#xF3;n de los genes resistentes a los antibi&#xF3;ticos en el medio ambiente, un enfoque metagen&#xF3;mica funcional se utiliza para identificar un nuevo gen de resistencia antibi&#xF3;tica dentro de una planta depuradora, y la PCR cuantitativa (qPCR) se utiliz&#xF3; para determinar el n&#xFA;mero de copias del gen dentro del las instalaciones y el ecosistema costero local. Desde la biblioteca metagen&#xF3;mica EDAR, la inserci&#xF3;n fosmid contenida en un clon de alta resistencia (MIC, &#x2248; 416 mg ml (-1) a la ampicilina) fue secuenciado y anotado, dejando al descubierto 33 genes putativos, incluyendo un gen de 927 pb que es 42% id&#xE9;ntica a la uno caracterizado funcionalmente &#x3B2;-lactamasa de PC1 Staphylococcus aureus. El aislamiento y la subclonaci&#xF3;n de este gen, denominado bla (M-1), confiere resistencia a la ampicilina a su hu&#xE9;sped de Escherichia coli. Cuando se normaliza el volumen, qPCR mostraron mayores concentraciones de bla (M-1) durante las etapas iniciales del tratamiento, sino dos veces-disminuci&#xF3;n de las concentraciones durante la etapa de tratamiento final. La concentraci&#xF3;n de ng (-1) ADN aument&#xF3; durante todo el proceso de la EDAR del afluente de aguas residuales, lo que sugiere que bla (M-1) constituye una parte importante del material gen&#xE9;tico total que se liberan en el ecosistema costero. Descarga promedio se estim&#xF3; en 3.9 &#xD7; 10 (14) copias de la bla (M-1) de genes publicadas diariamente en este ecosistema costero. Adem&#xE1;s, el gen se observa en todas muestras de agua costera y muestras de sedimentos en torno a la instalaci&#xF3;n. Nuestros resultados sugieren que las EDAR puede ser una v&#xED;a para la difusi&#xF3;n de nuevos genes de resistencia a antibi&#xF3;ticos en el medio ambiente.

Caracterizaci&#xF3;n y cuantificaci&#xF3;n de una novela de &#x3B2;-lactamasa de genes encontrados en una planta de tratamiento de aguas residuales y el ecosistema de la regi&#xF3;n costera

Article	Year
Variability in Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharide expression during crude oil degradation. Applied and environmental microbiology\| PubMed ID: 12324360	2002
Effect of pyocyanin on a crude-oil-degrading microbial community. Applied and environmental microbiology\| PubMed ID: 15240276	2004
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Targeted photothermal lysis of the pathogenic bacteria, Pseudomonas aeruginosa, with gold nanorods. Nano letters\| PubMed ID: 18062714	2008
Rapid screening of quorum-sensing signal N-acyl homoserine lactones by an in vitro cell-free assay. Applied and environmental microbiology\| PubMed ID: 18424536	2008
Autoinducers extracted from microbial mats reveal a surprising diversity of N-acylhomoserine lactones (AHLs) and abundance changes that may relate to diel pH. Environmental microbiology\| PubMed ID: 19196272	2009
Quorum sensing in natural environments: emerging views from microbial mats. Trends in microbiology\| PubMed ID: 20060299	2010
Extraction of high molecular weight DNA from microbial mats. BioTechniques\| PubMed ID: 20854264	2010
Characterization and quantitation of a novel Î²-lactamase gene found in a wastewater treatment facility and the surrounding coastal ecosystem. Applied and environmental microbiology\| PubMed ID: 21965412	2011

R. Sean Norman

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