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Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

University of Cologne

&#x4EBA;&#x7C7B;&#x514D;&#x75AB;&#x7F3A;&#x9677;&#x75C5;&#x6BD2;-1 &#x53D6;&#x5411;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4E0E;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178; (aa) &#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E09;&#x4E2A;&#x533A; (V3) gp120 &#x7684;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x66F4;&#x591A;&#x6B63;&#x7535;&#x8377; aa &#x8F6C;&#x5411;&#x88AB;&#x89C6;&#x4E3A;&#x5F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230; CXCR4 &#x76F8;&#x6BD4; CCR5 (X 4 &#x4E0E; R5 &#x682A;&#xFF09;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F;&#x9884;&#x6D4B; X 4 &#x7684;&#x804C;&#x4F4D; 11 &#x548C; 25 (11/25-&#x89C4;&#x5219;) &#x75C5;&#x6BD2;&#x5B58;&#x5728;&#x6B63;&#x7535;&#x8377;&#x6B8B;&#x7559;&#x4E0B;&#x3002;&#x5728;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x6C34;&#x5E73;&#x4EA7;&#x751F;&#x6D88;&#x6781;&#x6216;&#x672A;&#x5145;&#x7535;&#x7684; aa&#xFF0C;&#x5982;&#x5929;&#x51AC;&#x6C28;&#x9178;&#x548C;&#x8C37;&#x6C28;&#x9178;&#x548C;&#x7518;&#x6C28;&#x9178;&#xFF0C;&#x7518; (&#x9E1F;&#x560C;&#x5464;&#x817A;&#x82F7;&#x4EFB;&#x4F55;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;) GGN &#x53D1;&#x73B0;&#x6216;&#x66F4;&#x7ECF;&#x5E38; R5 &#x83CC;&#x682A;&#x7684;&#x4E09;&#x80DE;&#x80CE;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x3002;&#x7CBE;&#x6C28;&#x9178;&#x548C;&#x8D56;&#x6C28;&#x9178;&#x78B1;&#x96C6;&#x6599;&#x53CD;&#x5E94;&#x6216; AGR (&#x80BE;&#x708E;) &#x7F16;&#x7801;&#x7B49;&#x5E26;&#x6B63;&#x7535;&#x8377; aa &#xFF08;R &#x610F;&#x5473;&#x7740; A &#x6216; G&#xFF09; &#x66F4;&#x9891;&#x7E41;&#x89C1;&#x4E8E; X 4 &#x682A;&#x6697;&#x793A;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECE; R5 x 4 &#x682A;&#x5F00;&#x5173;&#x53D1;&#x751F;&#x901A;&#x8FC7; G-A &#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x5047;&#x8BF4;&#x3002;&#x4ECE;&#x4E09;&#x4E2A;&#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#xFF0C;X 4 &#x548C; R5 &#x682A; 1527 V3 &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5176;&#x4E09;&#x91CD;&#x7EC4;&#x6210;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x66F4;&#x591A;&#x7684; G &#x542B;&#x4E09;&#x80DE;&#x80CE; R5 &#x75C5;&#x6BD2;&#x4E2D;&#x627E;&#xFF0C;&#x800C; X 4 &#x682A;&#x663E;&#x793A; A &#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x4E09;&#x80DE;&#x80CE;&#x542B;&#x91CF;&#x9AD8;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x4E5F;&#x652F;&#x6301;&#x6211;&#x4EEC; G-A &#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BFC;&#x81F4; co-receptor &#x5F00;&#x5173;&#x4ECE; R5 x 4 &#x682A;&#x7684;&#x5047;&#x8BF4;&#x3002;G-A &#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x662F; deaminases APOBEC3F &#x548C; APOBEC3G&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x63A8;&#x6D4B;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x9A71;&#x52A8;&#x529B;&#xFF0C;&#x4FC3;&#x8FDB; X 4 &#x53D8;&#x79CD;&#x7684;&#x5916;&#x89C2;&#x3002;G-A &#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5F00;&#x5173;&#x4ECE;&#x6D88;&#x6781;&#x5230;&#x79EF;&#x6781;&#x5145;&#x7535; aa &#x548C; gp120 &#x51C0;&#x7535;&#x8377;&#xFF0C;&#x800C;&#x6539;&#x53D8;&#x7684; co-receptor &#x4F7F;&#x7528;&#x5404;&#x81EA;&#x6539;&#x5EFA;&#x3002;

&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x79CD;&#x9A71;&#x52A8;&#x529B;&#x4E3A;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x514D;&#x75AB;&#x7F3A;&#x9677;&#x75C5;&#x6BD2;-1 co-receptor &#x4EA4;&#x6362;&#x673A;&#x53EF;&#x80FD; APOBEC3G/F&#x3002;

Human immunodeficiency virus-1 tropism highly correlates with the amino acid (aa) composition of the third hypervariable region (V3) of gp120. A shift towards more positively charged aa is seen when binding to CXCR4 compared with CCR5 (X4 vs. R5 strains), especially positions 11 and 25 (11/25-rule) predicting X4 viruses in the presence of positively charged residues. At nucleotide levels, negatively or uncharged aa, e.g., aspartic and glutamic acid and glycine, which are encoded by the triplets GAN (guanine-adenosine-any nucleotide) or GGN are found more often in R5 strains. Positively charged aa such as arginine and lysine encoded by AAR or AGR (CGN) (R means A or G) are seen more frequently in X4 strains suggesting our hypothesis that a switch from R5 to X4 strains occurs via a G-to-A mutation. 1527 V3 sequences from three independent data sets of X4 and R5 strains were analysed with respect to their triplet composition. A higher number of G-containing triplets was found in R5 viruses, whereas X4 strains displayed a higher content of A-comprising triplets. These findings also support our hypothesis that G-to-A mutations are leading to the co-receptor switch from R5 to X4 strains. Causative agents for G-to-A mutations are the deaminases APOBEC3F and APOBEC3G. We therefore hypothesize that these proteins are one driving force facilitating the appearance of X4 variants. G-to-A mutations can lead to a switch from negatively to positively charged aa and a respective alteration of the net charge of gp120 resulting in a change of co-receptor usage.

APOBEC3G/F as one possible driving force for co-receptor switch of the human immunodeficiency virus-1.

Virus-1 immunod&#xE9;ficience tropisme fortement corr&#xE9;l&#xE9; avec l&#x26;#39;acide amin&#xE9; (aa) la composition de la troisi&#xE8;me r&#xE9;gion hypervariable (V3) de la gp120. Un passage &#xE0; plus charg&#xE9; positivement aa est vu lors de la liaison &#xE0; CXCR4 rapport &#xE0; CCR5 (X4 vs souches R5), en particulier des positions 11 et 25 (11/25-rule) pr&#xE9;voir virus X4 en pr&#xE9;sence de r&#xE9;sidus charg&#xE9;s positivement. Au niveau de nucl&#xE9;otides, n&#xE9;gativement ou non charg&#xE9;s aa, par exemple, l&#x26;#39;acide aspartique et l&#x26;#39;acide glutamique et la glycine, qui sont cod&#xE9;s par les triplets GAN (guanine-nucl&#xE9;otide ad&#xE9;nosine-tout) ou GGN se trouvent plus souvent dans des souches R5. Charg&#xE9;s positivement aa tels que l&#x26;#39;arginine et la lysine cod&#xE9;e par l&#x26;#39;AAR ou AGR (CGN) (R signifie A ou G) sont plus fr&#xE9;quemment observ&#xE9;es chez les souches X4 sugg&#xE9;rant notre hypoth&#xE8;se selon laquelle un commutateur de R5 &#xE0; des souches X4 se produit via un G-to-Une mutation . 1527 s&#xE9;quences V3 de trois ensembles de donn&#xE9;es ind&#xE9;pendants de souches X4 et R5 ont &#xE9;t&#xE9; analys&#xE9;s quant &#xE0; leur composition triplet. Un nombre plus &#xE9;lev&#xE9; de G contenant des triplets a &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9; dans les virus R5, alors que les souches X4 affich&#xE9; une teneur plus &#xE9;lev&#xE9;e de A-comprenant des triplets. Ces r&#xE9;sultats confirment par ailleurs notre hypoth&#xE8;se selon laquelle de G &#xE0; A mutations conduisent &#xE0; l&#x26;#39;interrupteur du co-r&#xE9;cepteur R5 &#xE0; partir de souches X4. Agents responsables de G &#xE0; A mutations sont APOBEC3F d&#xE9;aminases et APOBEC3G. Nous avons donc l&#x26;#39;hypoth&#xE8;se que ces prot&#xE9;ines sont une force motrice de faciliter l&#x26;#39;apparition de variants X4. De G &#xE0; A mutations peuvent conduire &#xE0; un commutateur de fa&#xE7;on n&#xE9;gative &#xE0; une charge positive et une alt&#xE9;ration aa respectif de la charge nette de la gp120 entra&#xEE;ne un changement de co-r&#xE9;cepteur d&#x26;#39;utilisation.

APOBEC3G / F Comme une force motrice possible pour le co-r&#xE9;cepteur commutateur de l&#x26;#39;immunod&#xE9;ficience humaine Virus-1

Human-Immunodeficiency-Virus-1 Tropismus korreliert hoch mit der Aminos&auml;urezusammensetzung (aa), der dritte hypervariablen Region (V3) gp120. Eine Verlagerung hin zu mehr positiv geladene aa wird gesehen als Bindung an CXCR4 CCR5 (X 4 vs R5-St&auml;mme), vor allem Positionen 11 und 25 (11/25-Regel) Vorhersage X 4 Viren in Anwesenheit von positiv geladenen R&uuml;ckst&auml;nde gegen&uuml;ber. Nukleotid-Ebenen negativ oder ungeladenen aa, z.B. Aspartic und Glutamins&auml;ure und Glycin, die codiert sind, durch die Triplets GAN (Guanin-Adenosin-any Nukleotid) oder GGN sind h&auml;ufiger in R5-St&auml;mme gefunden. Positiv geladener aa wie Arginin und Lysin AAR oder AGR (CGN) codiert (R bedeutet A oder G) h&auml;ufiger beobachtet werden, in X 4 Sorten vorschlagen unsere Hypothese, dass ein Wechsel von R5 zu X 4 Belastungen &uuml;ber G-A-Mutation auftritt. 1527 V3 Reihenfolgen von drei unabh&auml;ngige Datens&auml;tze X 4 und R5-St&auml;mme wurden hinsichtlich ihrer Triplet-Zusammensetzung analysiert. Eine h&ouml;here Anzahl von G-haltigen Drillinge fand sich in R5-Viren, w&auml;hrend X 4 Sorten angezeigt einen h&ouml;heren Gehalt an A-bestehend aus Dreiergruppen. Diese Befunde unterst&uuml;tzen auch unsere Hypothese, dass G-A-Mutationen zu den Co-receptor-Schalter von R5 f&uuml;hren zu X 4 Belastungen. Erreger f&uuml;r G-A-Mutationen sind die Deaminases APOBEC3F und APOBEC3G. Wir vermuten daher, dass diese Proteine sind eine treibende Kraft, die das Erscheinungsbild des X 4 Varianten zu erleichtern. G-A-Mutationen k&ouml;nnen zu einem Wechsel von negativ zu positiv geladenen aa und eine entsprechende &Auml;nderung der net kostenlos von gp120, eine Ver&auml;nderung der Co-receptor Nutzung f&uuml;hren.

APOBEC3G/F als eine treibende Kraft f&uuml;r Co-receptor Schalter des humanen Immundefizienz-Virus-1 m&ouml;glich.

Virus dell&#39;immunodeficienza umana-1 trofismo altamente correla con la composizione in amminoacidi (aa) della terza regione ipervariabile (V3) di gp120. Uno spostamento verso pi&ugrave; positivamente caricato aa &egrave; visto quando associazione di CXCR4 rispetto con CCR5 (X 4 vs ceppi R5), specialmente virus di posizioni 11 e 25 (11/25-regola) previsione X 4 in presenza di residui carichi positivamente. A livelli di nucleotidi, negativamente o aa uncharged, ad esempio, aspartico e acido glutammico e glicina, che sono codificati da terzine GAN (nucleotide guanina-adenosina-qualsiasi) o GGN sono trovati pi&ugrave; spesso in ceppi R5. Caricato positivamente aa come arginina e lisina codificato da AAR o AGR (CGN) (mezzi R A o G) si vedono pi&ugrave; frequentemente in X 4 ceppi suggerendo la nostra ipotesi che un interruttore da R5 a X 4 ceppi avviene attraverso una mutazione G-a-A. 1527 V3 sequenze da tre insiemi di dati indipendente X 4 e ceppi R5 sono stati analizzati per quanto riguarda la loro composizione di terzina. Un elevato numero di triplette contenenti G &egrave; stato trovato in virus R5, considerando che X 4 ceppi visualizzato un contenuto pi&ugrave; elevato di triplette composto da A. Questi risultati supportano anche la nostra ipotesi che le mutazioni G-a-A portano all&#39;interruttore ricettore da R5 X 4 ceppi. Gli agenti eziologici per mutazioni G-a-A sono deaminases APOBEC3F e APOBEC3G. Si ipotizza quindi che queste proteine sono una forza trainante, facilitando la comparsa di X 4 varianti. G-a-A mutazioni possono portare ad un interruttore da negativamente caricato positivamente aa e un rispettivo alterazione della carica netta di gp120 risultante in un cambiamento di uso del ricettore.

APOBEC3G/F come una possibile guida forza per interruttore corecettore del virus dell&#39;immunodeficienza umana-1.

&#x30D2;&#x30C8;&#x514D;&#x75AB;&#x4E0D;&#x5168;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;1&#x578B;&#x6307;&#x5411;&#x6027;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#xFF08;aa&#xFF09;gp120&#x306E;&#x7B2C;&#x4E09;&#x8D85;&#x53EF;&#x5909;&#x9818;&#x57DF;&#xFF08;V3&#xFF09;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; CCR5&#xFF08;X4&#x5BFE;R5&#x682A;&#xFF09;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x4F4D;&#x7F6E;11&#x3068;&#x6B63;&#x306B;&#x8377;&#x96FB;&#x3057;&#x305F;&#x6B8B;&#x57FA;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x3001;X4&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;25&#xFF08;11/25-rule&#xFF09;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;CXCR4&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x304D;&#x306B;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x6B63;&#x306B;&#x5E2F;&#x96FB;&#x3057;&#x305F;AA&#x3078;&#x306E;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x304C;&#x898B;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x8CA0;&#x306E;&#x8377;&#x96FB;&#x307E;&#x305F;&#x306F;AA&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30A2;&#x30B9;&#x30D1;&#x30E9;&#x30AE;&#x30F3;&#x9178;&#x3068;&#x30B0;&#x30EB;&#x30BF;&#x30DF;&#x30F3;&#x9178;&#x3068;&#x30B0;&#x30EA;&#x30B7;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;GaN&#xFF08;&#x30B0;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;-&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30F3;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#xFF09;&#x307E;&#x305F;&#x306F;GGN&#x306F;&#x3001;R5&#x682A;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; AAR&#x307E;&#x305F;&#x306F;AGR&#xFF08;CGN&#xFF09;&#xFF08;R&#x306F;&#x610F;&#x5473;&#x307E;&#x305F;&#x306F;G&#xFF09;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x30A2;&#x30EB;&#x30AE;&#x30CB;&#x30F3;&#x3001;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x7B49;&#x6B63;&#x306B;&#x5E2F;&#x96FB;&#x3057;&#x305F;AA&#x306F;X4&#x682A;&#x306E;R5&#x304B;&#x3089;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x304C;G-&#x306B;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x884C;&#x308F;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3059;&#x308B;X4&#x682A;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x898B;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; X4&#x3068;R5&#x682A;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;1527 V3&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C8;&#x7D44;&#x6210;&#x7269;&#x306B;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x3002; X4&#x682A;&#x304C;&#x542B;&#x6709;&#x4E09;&#x3064;&#x5B50;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;G&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x6570;&#x304C;&#x591A;&#x3044;&#x304C;&#x3001;R5&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x77E5;&#x898B;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;G-&#x3078;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x304C;X4&#x682A;&#x306E;R5&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5171;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x3092;&#x652F;&#x6301;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; G-&#x3078;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x539F;&#x56E0;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x85AC;&#x5264;&#x306F;&#x3001;&#x30C7;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;APOBEC3F&#x3068;APOBEC3G&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;X4&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;1&#x306E;&#x99C6;&#x52D5;&#x529B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; G-&#x3078;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x3001;&#x8CA0;&#x304B;&#x3089;&#x6B63;&#x306B;&#x5E2F;&#x96FB;&#x3057;&#x305F;AA&#x3068;&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x4F7F;&#x7528;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x4F34;&#x3046;gp120&#x306E;&#x6B63;&#x5473;&#x96FB;&#x8377;&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3078;&#x306E;&#x5207;&#x308A;&#x66FF;&#x3048;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D2;&#x30C8;&#x514D;&#x75AB;&#x4E0D;&#x5168;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;-1&#x306E;&#x30B3;&#x30EC;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x4E00;&#x3064;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x200B;&#x200B;&#x306A;&#x99C6;&#x52D5;&#x529B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;/ F&#x3092;APOBEC3G

&#xC778;&#xAC04; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; 1 tropism gp120&#xC758; &#xC138; &#xBC88;&#xC9F8; &#xD558;&#xC774;&#xD37C; &#xC9C0;&#xC5ED; (V3)&#xC758; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; (aa) &#xC131;&#xBD84;&#xACFC; &#xB192;&#xC740; &#xC5F0;&#xAD00; &#xC2DC;&#xD0B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCDA9;&#xC804;&#xB41C; aa &#xB300; &#xBCC0;&#xD654; &#xB54C; CXCR4 &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xBE44;&#xD574; CCR5 (X r 5 &#xC885;&#xC790; &#xB300; 4) &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCDA9;&#xC804;&#xB41C; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; &#xC704;&#xCE58; 11, 25 (11/25-&#xADDC;&#xCE59;) X 4 &#xC608;&#xCE21; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xD2B9;&#xD788; &#xBCFC; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xB610;&#xB294; uncharged aa, &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, aspartic &#xAE00;&#xB8E8;&#xD0D0;&#xC0B0;&#xACFC; &#xAE00;&#xB9AC;&#xC2E0;, GAN (guanine &#xC544;&#xB370;&#xB178;&#xC2E0; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;) &#xB610;&#xB294; GGN R5 &#xAE34;&#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB354; &#xC790;&#xC8FC; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xB294; &#xC138; &#xC30D;&#xB465;&#xC774;&#xB85C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC544;&#xB974;&#xAE30;&#xB2CC; &#xB4F1; lysine AAR &#xB610;&#xB294; AGR (CGN)&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; aa &#xCDA9;&#xC804; (R &#xC758;&#xBBF8; A &#xB610;&#xB294; G) X 4&#xC5D0;&#xC11C; &#xB354; &#xC790;&#xC8FC; &#xBCFC; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC00;&#xC124; 4 &#xBCC0;&#xC885; x r 5&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2A4;&#xC704;&#xCE58; G A &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD1B5;&#xD574; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xAE34;&#xC7A5;. 1527 V3 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; X 4 &#xBC0F; r 5 &#xAE34;&#xC7A5;&#xC758; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC138;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC138; &#xAC1C; &#xC131;&#xBD84;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; &#xBD84;&#xC11D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xBA74; G &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC138; &#xC30D;&#xB465;&#xC774;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xBC88;&#xD638; R5 &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C; X 4 &#xBCC0;&#xC885; A&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xC138; &#xC30D;&#xB465;&#xC774;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; G A &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC120;&#xB3C4; &#xD558;&#xB294; co-receptor &#xC2A4;&#xC704;&#xCE58; r 5&#xC5D0;&#xC11C; x 4 &#xBCC0;&#xC885; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC00;&#xC124;&#xC744; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. G A &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB300; &#xD55C; &#xC6D0;&#xC778;&#xC774; &#xB418;&#xB294; &#xC5D0;&#xC774;&#xC804;&#xD2B8;&#xB294; APOBEC3F &#xBC0F; APOBEC3G deaminases. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 4 &#xBCC0;&#xC885; X&#xC758; &#xC678;&#xAD00;&#xC744; &#xC6A9;&#xC774; &#xD558; &#xAC8C; &#xD55C; &#xC6D0;&#xB3D9;&#xB825;&#xC740; &#xAC00;&#xC124;. G A &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC744; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCDA9;&#xC804;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2A4;&#xC704;&#xCE58; aa &#xBC0F; &#xD574;&#xB2F9; co-receptor &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC758; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xB530;&#xB978; gp120 net &#xC694;&#xAE08; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

APOBEC3G/F &#xC778;&#xAC04; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; 1&#xC758; co-receptor &#xC2A4;&#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC15;&#xC81C; &#xC6B4;&#xC804; &#xD55C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C;.

Virus de la inmunodeficiencia humana-1 tropismo altamente correlacionada con el amino&#xE1;cido (aa) composici&#xF3;n de la tercera regi&#xF3;n hipervariable (V3) de la gp120. Un desplazamiento hacia una mayor carga positiva aa se ve cuando la uni&#xF3;n a CXCR4 en comparaci&#xF3;n con CCR5 (X4 vs cepas R5), especialmente las posiciones 11 y 25 (11/25-rule) predecir virus X4 en la presencia de residuos cargados positivamente. A niveles de nucle&#xF3;tidos, o no cargadas negativamente AA, por ejemplo, &#xE1;cido asp&#xE1;rtico y glut&#xE1;mico y glicina, que son codificadas por los tripletes GAN (guanina-adenosina-cualquier nucle&#xF3;tido) o GGN se encuentran con m&#xE1;s frecuencia en cepas R5. Con carga positiva aa como arginina y lisina codificada por AAR, o AGR (CGN) (R significa A o G) se observa con m&#xE1;s frecuencia en las cepas X4 que sugieren la hip&#xF3;tesis de que un cambio de R5 a X4 cepas se produce a trav&#xE9;s de una G a una mutaci&#xF3;n . 1527 secuencias V3 de tres conjuntos de datos independientes de las cepas X4 y R5 se analizaron con respecto a su composici&#xF3;n triplete. Un n&#xFA;mero mayor de G que contienen tripletes se encontr&#xF3; en los virus R5, mientras que las cepas X4 muestra un mayor contenido de A-comprenden tripletes. Estos hallazgos tambi&#xE9;n apoyan nuestra hip&#xF3;tesis de que el G-to-a mutaciones est&#xE1;n conduciendo al interruptor de co-receptor de R5 a X4 cepas. Los agentes causales de G-to-a las mutaciones son la APOBEC3F deaminases y APOBEC3G. Por lo tanto, la hip&#xF3;tesis de que estas prote&#xED;nas son una fuerza motriz para facilitar la aparici&#xF3;n de las variantes X4. T-a-A mutaciones pueden conducir a un cambio de forma negativa a cargado positivamente aa y una alteraci&#xF3;n respectiva de la carga neta de la gp120 que resulta en un cambio de uso co-receptor.

Eva Heger

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