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Stretching Short Sequences of DNA with Constant Force Axial Optical Tweezers

Single-molecule techniques for stretching DNA of contour lengths  less than a kilobase are fraught with experimental difficulties. However, many ...

University of Michigan 

&#x94DC;&#x7EFF;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x8102;&#x80AA;&#x9176;&#x662F; 29 kDa &#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x4E4B;&#x540E;&#x5176;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x5047;&#x5B9A;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x62C9;&#x4F38;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6B8B;&#x7559; 125 &#x548C; 148 &#x7684;&#x76D6;&#x5B50;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x6587;&#x4EF6;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#xFF0C;&#x5B58;&#x5728;&#xFF0C;&#x9664;&#x4E86;&#x4E0A;&#x8FF0;&#x7684;&#x76D6;&#x5B50;&#xFF0C;&#x5728;&#x6B64;&#x8102;&#x80AA;&#x9176;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x4E8C;&#x76D6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x663E;&#x793A;&#xFF0C;&#x7B2C;&#x4E8C;&#x4E2A;&#x76D6;&#x5B50;&#xFF0C;&#x6DB5;&#x76D6;&#x6B8B;&#x7559; 210-222 &#x884C;&#x4E3A;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x89E6;&#x53D1;&#x76D6;&#x4E3A;&#x7B2C;&#x4E00;&#x8FD0;&#x52A8;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x8C03;&#x67E5;&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#x7684;&#x76D6;&#x5B50;&#x8FD0;&#x52A8;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5E76;&#x663E;&#x793A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x6B8B;&#x7559;&#x7269;&#xFF0C;Phe214 &#x548C; Ala217&#xFF0C;&#x76D6;&#x8FD0;&#x52A8;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x5C31;&#x6211;&#x4EEC;&#x6240;&#x77E5;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x662F;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x79D1;&#x5B66;&#x754C;&#x5DF2;&#x63D0;&#x4EA4;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x624B;&#x7A3F;&#x4E2D;&#x63CF;&#x8FF0;&#x53CC;&#x76D6;&#x8FD0;&#x52A8;&#x7684;&#x9996;&#x6B21;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x8FD8;&#x9610;&#x660E;&#x7684;&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x52A8;&#x6001;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#x51FD;&#x6570;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x9176;&#x3002;

&#x94DC;&#x7EFF;&#x5047;&#x5355;&#x80DE;&#x83CC;&#x8102;&#x80AA;&#x9176;&#x53CC;&#x76D6;&#x8FD0;&#x52A8;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#xFF1A; &#x4ECE;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;

Pseudomonas aeruginosa lipase is a 29-kDa protein that, following the determination of its crystal structure, was postulated to have a lid that stretched between residues 125 and 148. In this paper, using molecular dynamics simulations, we propose that there exists, in addition to the above-mentioned lid, a novel second lid in this lipase. We further show that the second lid, covering residues 210-222, acts as a triggering lid for the movement of the first. We also investigate the role of hydrophobicity in the movement of the lids and show that two residues, Phe214 and Ala217, play important roles in lid movement. To our knowledge, this is the first time that a double-lid movement of the type described in our manuscript has been presented to the scientific community. This work also elucidates the interplay of hydrophobic interactions in the dynamics, and hence the function, of an enzyme.

Evidence of a double-lid movement in Pseudomonas aeruginosa lipase: insights from molecular dynamics simulations.

Lipase de Pseudomonas aeruginosa est une prot&eacute;ine de 29 kDa qui, suite &agrave; la d&eacute;termination de sa structure cristalline, a &eacute;mis l&#39;hypoth&egrave;se d&#39;avoir un couvercle qui s&#39;&eacute;tendait entre les r&eacute;sidus 125 et 148. Dans cet article, &agrave; l&#39;aide de simulations de dynamique mol&eacute;culaire, nous proposons qu&#39;il existe, outre le couvercle susmentionn&eacute;, un couvercle de deuxi&egrave;me roman dans cette lipase. Nous autres montrent que le deuxi&egrave;me couvercle, couvrant les r&eacute;sidus 210-222, actes comme un couvercle de d&eacute;clenchement du mouvement de la premi&egrave;re. Nous avons &eacute;galement enqu&ecirc;ter sur le r&ocirc;le de l&#39;hydrophobicit&eacute; du mouvement des paupi&egrave;res et montrent que deux r&eacute;sidus, Phe214 et Ala217, jouent un r&ocirc;le important dans le mouvement du couvercle. &Agrave; notre connaissance, c&#39;est la premi&egrave;re fois qu&#39;un mouvement de double-couvercle du type d&eacute;crit dans notre manuscrit a &eacute;t&eacute; pr&eacute;sent&eacute; &agrave; la communaut&eacute; scientifique. Cet ouvrage &eacute;claire aussi le jeu des interactions hydrophobes dans la dynamique et donc la fonction d&#39;un enzyme.

Preuve d&#39;un mouvement de double-couvercle en lipase de Pseudomonas aeruginosa : aper&ccedil;u &agrave; partir des simulations de dynamique mol&eacute;culaire.

Der Nachweis eines Doppel-Deckel Bewegung in Pseudomonas aeruginosa Lipase: Erkenntnisse aus der Molekulardynamik-Simulationen.

Lipasi di Pseudomonas aeruginosa &egrave; una proteina di kDa 29 che, in seguito la determinazione della sua struttura cristallina, &egrave; stata postulata per avere un coperchio che si estendeva tra residui 125 e 148. In questa carta, utilizzando simulazioni di dinamica molecolare, proponiamo che esiste, oltre il coperchio sopra, un coperchio secondo romanzo in questa lipasi. Abbiamo ulteriormente mostrano che il secondo coperchio, copertura residui 210-222, atti come un coperchio di innesco per il movimento del primo. Indagare il ruolo di idrofobicit&agrave; nel movimento delle palpebre e anche mostrare che due residui, Phe214 e Ala217, giocano un ruolo importante nel movimento del coperchio. A nostra conoscenza, questa &egrave; la prima volta che un movimento doppio coperchio del tipo descritto nel nostro manoscritto &egrave; stato presentato alla comunit&agrave; scientifica. Questo lavoro chiarisce anche l&#39;interazione di interazioni idrofobiche nella dinamica e quindi la funzione di un enzima.

Evidenza di un movimento doppio-coperchio in lipasi di Pseudomonas aeruginosa: intuizioni da simulazioni di dinamica molecolare.

&#x30B7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30C9;&#x30E2;&#x30CA;&#x30B9;&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#x30EA;&#x30D1;&#x30FC;&#x30BC;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306B;&#x7D9A;&#x304F;&#x6B8B;&#x7559; 125 &#x3068; 148 &#x3092;&#x4F38;&#x3070;&#x3057;&#x3066;&#x84CB;&#x304C;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 29 kDa &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7A3F;&#x3067;&#x306F;, &#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x4E0A;&#x8A18;&#x306E;&#x3075;&#x305F;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3053;&#x306E;&#x30EA;&#x30D1;&#x30FC;&#x30BC;&#x3067;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x306E; 2 &#x756A;&#x76EE;&#x306E;&#x84CB;&#x5B58;&#x5728;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;2 &#x756A;&#x76EE;&#x306E;&#x3075;&#x305F;&#x6B8B;&#x7559; 210-222 &#x884C;&#x70BA;&#x3092;&#x30AB;&#x30D0;&#x30FC;&#x3059;&#x308B;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x52D5;&#x304D;&#x306E;&#x30C8;&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC;&#x3075;&#x305F;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x758E;&#x6C34;&#x6027;&#x306E;&#x84CB;&#x306E;&#x52D5;&#x304D;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3057;&#x3001;2 &#x3064;&#x306E;&#x6B8B;&#x57FA;&#x3001;Phe214 &#x3068; Ala217&#x3001;&#x84CB;&#x904B;&#x52D5;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x77E5;&#x8B58;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x79C1;&#x9054;&#x306E;&#x539F;&#x7A3F;&#x306B;&#x8A18;&#x8FF0;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306E;&#x30C0;&#x30D6;&#x30EB;&#x3075;&#x305F;&#x904B;&#x52D5;&#x79D1;&#x5B66;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x30FC;&#x306B;&#x63D0;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x4F5C;&#x54C1;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x758E;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3067;&#x3001;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x89E3;&#x660E;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x6545;&#x306B;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3002;

&#x30B7;&#x30E5;&#x30FC;&#x30C9;&#x30E2;&#x30CA;&#x30B9;&#x7DD1;&#x81BF;&#x83CC;&#x30EA;&#x30D1;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x30C0;&#x30D6;&#x30EB;&#x3075;&#x305F;&#x904B;&#x52D5;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;: &#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3002;

&#xB179; &#xB18D; &#xADE0; lipase, &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xACB0;&#xC815;&#xC744; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C; 125&#xC640; 148 &#xAC04;&#xC5D0; &#xD655;&#xC7A5; &#xB69C;&#xAED1;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; postulated &#xD588;&#xB2E4;&#xB294; 29 kDa &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xB17C;&#xBB38;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC874;&#xC7AC;, &#xC704;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5B8;&#xAE09; &#xD55C; &#xB69C;&#xAED1; &#xC678;&#xC5D0;&#xC774; &#xB9AC; &#xD30C;&#xC774; &#xC81C;&#xC5D0; &#xC18C;&#xC124; &#xB450;&#xBC88;&#xC9F8; &#xB69C;&#xAED1; &#xC81C;&#xC548; &#xBD84;&#xC790; &#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB354; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xB450; &#xBC88;&#xC9F8; &#xB69C;&#xAED1; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C; 210-222, &#xD589;&#xC704; &#xCCAB; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC784;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B8;&#xB9AC;&#xAC70; &#xB69C;&#xAED1;&#xC744; &#xD3EC;&#xAD04;. &#xB610;&#xD55C; hydrophobicity &#xB69C;&#xAED1;&#xC758; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC784;&#xC5D0;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558; &#xACE0; &#xB450; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;, Phe214 &#xBC0F; Ala217, &#xB69C;&#xAED1; &#xC6B4;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC7AC;&#xC0DD;&#xD560; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xC2DD;, &#xC774;&#xBC88;&#xC774; &#xCC98;&#xC74C; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC6D0;&#xACE0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC124;&#xBA85; &#xB41C; &#xC885;&#xB958;&#xC758; &#xC774;&#xC911; &#xB69C;&#xAED1; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC784; &#xACFC;&#xD559;&#xACC4;&#xC5D0; &#xBC1C;&#xD45C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC791;&#xD488; &#xB610;&#xD55C; &#xBCF4;&#xD1B5;&#xC758; &#xC5ED;&#xD559;, &#xC18C;&#xC218; &#xC131; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;.

&#xB179; &#xB18D; &#xADE0; lipase&#xC5D0; &#xC774;&#xC911; &#xB69C;&#xAED1; &#xC6B4;&#xB3D9;&#xC758; &#xC99D;&#xAC70;: &#xBD84;&#xC790; &#xB3D9;&#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;.

Lipasa de Pseudomonas aeruginosa es una prote&iacute;na de 29 kDa que, tras la determinaci&oacute;n de su estructura cristalina, fue postulada para tener una tapa que se extend&iacute;a entre residuos 125 y 148. En este art&iacute;culo, mediante simulaciones de din&aacute;mica molecular, proponemos que existe, adem&aacute;s de la mencionada tapa, una tapa de segunda novela en esta lipasa. Adem&aacute;s demostramos que la segunda tapa, cubierta de residuos 210-222, actos como una tapa de activaci&oacute;n para el movimiento de los primeros. Tambi&eacute;n investigamos el papel de hidrofobicidad en el movimiento de los p&aacute;rpados y mostrar que dos residuos, Phe214 y Ala217, desempe&ntilde;an papeles importantes en el movimiento de la tapa. A nuestro conocimiento, &eacute;ste es la primera vez que un movimiento de doble tapa del tipo descrito en el manuscrito se ha presentado a la comunidad cient&iacute;fica. Este trabajo tambi&eacute;n aclara la interacci&oacute;n de interacciones hidrof&oacute;bicas en la din&aacute;mica y por lo tanto la funci&oacute;n de una enzima.

Evidencia de un movimiento de doble tapa de lipasa de Pseudomonas aeruginosa: penetraciones de simulaciones de din&aacute;mica molecular.

Beta-Haarnadeln sind die einfachste Form der Beta-Bl&auml;tter, die durch die Anwesenheit der Langstrecken-Interaktionen, als terti&auml;re Strukturen betrachtet werden kann. Molek&uuml;ldynamik-Simulation ist ein leistungsf&auml;higes Werkzeug, das ganze Wege der Protein-Faltung/Entfaltung mit atomarer Aufl&ouml;sung zu entwirren, kann. Wir haben mehrere Molekulardynamik-Simulationen, um insgesamt mehr als 250 durchgef&uuml;hrt ns, ein Beta-Haarnadel-Peptide in Wasser mit GROMACS. Wir zeigen, dass die hydrophobe Wechselwirkungen f&uuml;r die Initiierung der Faltung des Peptids notwendig sind. Sobald gebildet, das Peptid wird durch Wasserstoffbr&uuml;ckenbindungen stabilisiert und Unterbrechung der hydrophobe Interaktionen in den gefalteten Peptid wird die Struktur nicht denaturieren. Keine hydrophobe Interaktionen schl&auml;gt das Peptid zu falten. Jedoch kompensiert die Einf&uuml;hrung einer Salz-Br&uuml;cke den Verlust der hydrophoben Wechselwirkungen zu einem gewissen Grad.

Rolle der hydrophobe Interaktionen und Salz-Br&uuml;cken in Beta-Haarnadel Falten.

Forcine beta sono la forma pi&ugrave; semplice di beta-fogli che, a causa della presenza di interazioni a lungo raggio, possono essere considerati come strutture terziarie. Simulazione di dinamica molecolare &egrave; un potente strumento che pu&ograve; svelare tutto percorsi del protein folding/unfolding a risoluzione atomica. Abbiamo eseguito diverse simulazioni di dinamica molecolare, per un totale di oltre 250 ns, di un peptide beta-tornante in acqua usando GROMACS. Mostriamo che le interazioni idrofobiche sono necessarie per avviare il ripiegamento del peptide. Una volta formata, il peptide &egrave; stabilizzato dai legami idrogeno e interruzione delle interazioni idrofobiche in peptide piegata non snaturare la struttura. In assenza di interazioni idrofobiche, il peptide non riesce a piegare. Tuttavia, l&#39;introduzione di un sale-ponte compensa la perdita delle interazioni idrofobiche in una certa misura.

Ruolo delle interazioni idrofobiche e sale-ponti in beta-tornante pieghevole.

&Beta; &#x30D8;&#x30A2;&#x30D4;&#x30F3; &beta; &#x30B7;&#x30FC;&#x30C8;&#x306F;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8003;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x6700;&#x3082;&#x7C21;&#x5358;&#x306A;&#x5F62;&#x5F0F;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x6298;&#x7573;&#x307F;&#x30FB;&#x5C55;&#x958B;&#x539F;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x89E3;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;250 &#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x3092;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C; ns &beta; - &#x30D8;&#x30A2;&#x30D4;&#x30F3;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9; GROMACS &#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x6C34;&#x4E2D;&#x306E;&#x3002;&#x758E;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x304C;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x6298;&#x308A;&#x7573;&#x307F;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3044;&#x3063;&#x305F;&#x3093;&#x4F5C;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C3;&#x30C9;&#x6C34;&#x7D20;&#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5B89;&#x5B9A;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x6DF7;&#x4E71;&#x6298;&#x308A;&#x7573;&#x307E;&#x308C;&#x305F;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x758E;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x5909;&#x5316;&#x3055;&#x305B;&#x306A;&#x3044;&#x3002;&#x758E;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x304C;&#x306A;&#x3044;&#x5834;&#x5408;&#x3001;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30EB;&#x30C9;&#x3059;&#x308B;&#x5931;&#x6557;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x5869;&#x6A4B;&#x306E;&#x5C0E;&#x5165;&#x306E;&#x758E;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3042;&#x308B;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x3092;&#x88DC;&#x6B63;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

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&#xC18C;&#xC218; &#xC131; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xBCA0;&#xD0C0;-&#xBA38;&#xB9AC; &#xD540; &#xC811;&#xB294;&#xC5D0; &#xC18C;&#xAE08;-&#xAD50;&#xB7C9;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;.

Beta &#x7248;&#x53D1;&#x5939;&#x662F; beta &#x7248;&#x5F20;&#xFF0C;&#x7531;&#x4E8E;&#x5B58;&#x5728;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x89C6;&#x4E3A;&#x4E09;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6700;&#x7B80;&#x5355;&#x5F62;&#x5F0F;&#x3002;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x529F;&#x80FD;&#x5F3A;&#x5927;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x89E3;&#x5F00;&#x6574;&#x4E2A;&#x901A;&#x8DEF;&#x86CB;&#x767D;&#x5728;&#x539F;&#x5B50;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x6298;&#x53E0;/&#x5C55;&#x5F00;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6267;&#x884C;&#x4E86;&#x51E0;&#x4E2A;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#xFF0C;&#x603B;&#x5171;&#x6709;&#x8D85;&#x8FC7; 250 &#x5230; ns&#xFF0C;beta &#x53D1;&#x5939;&#x80BD;&#x5728;&#x4F7F;&#x7528; GROMACS &#x7684;&#x6C34;&#x4E2D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x7684;&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x662F;&#x5FC5;&#x8981;&#x7684;&#x542F;&#x52A8;&#x6298;&#x53E0;&#x591A;&#x80BD;&#x3002;&#x4E00;&#x65E6;&#x5F62;&#x6210;&#xFF0C;&#x591A;&#x80BD;&#x7531;&#x6C22;&#x952E;&#x7A33;&#x5B9A;&#x548C;&#x6298;&#x53E0;&#x591A;&#x80BD;&#x7684;&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x4E2D;&#x65AD;&#x4E0D;&#x4F1A;&#x4E0D;&#x53D8;&#x6027;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x5728;&#x6CA1;&#x6709;&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x80BD;&#x672A;&#x80FD;&#x6298;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x76D0;&#x6865;&#x91C7;&#x7528;&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5728;&#x4E00;&#x5B9A;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x4E0A;&#x7684;&#x635F;&#x5931;&#x8FDB;&#x884C;&#x8865;&#x507F;&#x3002;

&#x758F;&#x6C34;&#x6027;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x76D0;-&beta; &#x53D1;&#x5939;&#x6298;&#x53E0;&#x5F0F;&#x6865;&#x6881;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

Beta-hairpins are the simplest form of beta-sheets which, due to the presence of long-range interactions, can be considered as tertiary structures. Molecular dynamics simulation is a powerful tool that can unravel whole pathways of protein folding/unfolding at atomic resolution. We have performed several molecular dynamics simulations, to a total of over 250 ns, of a beta-hairpin peptide in water using GROMACS. We show that hydrophobic interactions are necessary for initiating the folding of the peptide. Once formed, the peptide is stabilized by hydrogen bonds and disruption of hydrophobic interactions in the folded peptide does not denature the structure. In the absence of hydrophobic interactions, the peptide fails to fold. However, the introduction of a salt-bridge compensates for the loss of hydrophobic interactions to a certain extent.

Role of hydrophobic interactions and salt-bridges in beta-hairpin folding.

B&ecirc;ta-&eacute;pingles &agrave; cheveux sont la forme la plus simple de b&ecirc;ta-feuilles qui, en raison de la pr&eacute;sence d&#39;interactions &agrave; longue port&eacute;e, peuvent &ecirc;tre consid&eacute;r&eacute;s comme des structures tertiaires. Simulation de dynamique mol&eacute;culaire est un outil puissant qui peut d&eacute;m&ecirc;ler toute voies de prot&eacute;ine pliage/d&eacute;pliage &agrave; r&eacute;solution atomique. Nous avons effectu&eacute; plusieurs simulations de dynamique mol&eacute;culaire, pour un total de plus de 250 ns, d&#39;un peptide b&ecirc;ta-&eacute;pingle &agrave; cheveux dans l&#39;eau &agrave; l&#39;aide de GROMACS. Nous montrons que les interactions hydrophobes sont n&eacute;cessaires pour initier le pliage du peptide. Une fois form&eacute;, le peptide est stabilis&eacute; par des liaisons hydrog&egrave;nes et perturbation des interactions hydrophobes du peptide pli&eacute; ne pas d&eacute;naturer la structure. En l&#39;absence d&#39;interactions hydrophobes, le peptide ne parvient pas &agrave; se coucher. Toutefois, la mise en place d&#39;un pont de sel compense la perte des interactions hydrophobes dans une certaine mesure.

R&ocirc;le des interactions hydrophobes et sel-ponts dans le repliement de la b&ecirc;ta-&eacute;pingle &agrave; cheveux.

Beta-horquillas para el pelo son la forma m&aacute;s simple de beta-hojas que, debido a la presencia de interacciones de largo alcance, puede considerarse como estructuras terciarias. Simulaci&oacute;n de din&aacute;mica molecular es una poderosa herramienta que puede desentra&ntilde;ar todo caminos de prote&iacute;na plegar/desplegar en resoluci&oacute;n at&oacute;mica. Hemos realizado varias simulaciones de din&aacute;mica molecular, para un total de m&aacute;s de 250 ns, de un p&eacute;ptido beta-horquilla GROMACS con agua. Demostramos que las interacciones hidrof&oacute;bicas son necesarias para iniciar el plegamiento del p&eacute;ptido. Una vez formado, el p&eacute;ptido se estabiliza por enlaces de hidr&oacute;geno y la interrupci&oacute;n de interacciones hidrof&oacute;bicas en el p&eacute;ptido doblado no desnaturalizar la estructura. En ausencia de interacciones hidrof&oacute;bicas, el p&eacute;ptido no doblar. Sin embargo, la introducci&oacute;n de un puente de sal compensa la p&eacute;rdida de interacciones hidrof&oacute;bicas hasta cierto punto.

Papel de las interacciones hidrof&oacute;bicas y puentes de sal en beta-horquilla plegable.

&#x91D1;&#x5C5E;&#x79BB;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x57DF;&#x5728;&#x8C03;&#x89E3;&#x8FD0;&#x8F93;&#x3001; &#x7F13;&#x51B2;&#x6216;&#x89E3;&#x6BD2;&#x7684;&#x91D1;&#x5C5E;&#x79BB;&#x5B50;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E2D;&#x627E;&#x5230;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6267;&#x884C;&#x4E86;&#x5728;&#x7845;&#x5206;&#x6790;&#x91D1;&#x5C5E;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x5047;&#x5B9A;&#x91D1;&#x5C5E;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x56FE;&#x6848;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x9549;&#x3001; &#x94B4;&#x3001; &#x950C;&#x3001; &#x7837;&#x3001; &#x6C5E;&#x3001; &#x9541;&#x3001; &#x9530;&#x3001; &#x94BC;&#x3001; &#x954D;&#x79BB;&#x5B50;&#x3002;&#x9488;&#x5BF9; UniProtKB/&#x745E;&#x58EB;-&#x7AEF;&#x53E3;&#x548C; UniProtKB/TrEMBL &#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x6A21;&#x5F0F;&#x641C;&#x7D22;&#x4EA7;&#x751F;&#x4E86;&#x5728;&#x6BCF;&#x79CD;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x663E;&#x793A;&#x7684;&#x56FE;&#x6848;&#x7684;&#x9AD8;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x7684;&#x771F;&#x5B9E;&#x8BEF;&#x62A5;&#x3002;&#x56FE;&#x6848;&#x4E5F;&#x9488;&#x5BF9; PDB &#x9A8C;&#x8BC1;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x7F51;&#x7AD9;&#x5B9A;&#x5411;&#x8BF1;&#x53D8;&#x80B2;&#x79CD;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;

&#x5047;&#x5B9A;&#x91D1;&#x5C5E;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x56FE;&#x6848;&#x7684;&#x8BC6;&#x522B;&#x3002;

Metal ion binding domains are found in proteins that mediate transport, buffering or detoxification of metal ions. In this study, we have performed an in silico analysis of metal binding proteins and have identified putative metal binding motifs for the ions of cadmium, cobalt, zinc, arsenic, mercury, magnesium, manganese, molybdenum and nickel. A pattern search against the UniProtKB/Swiss-Prot and UniProtKB/TrEMBL databases yielded true positives in each case showing the high-specificity of the motifs. Motifs were also validated against PDB structures and site directed mutagenesis studies.

In silico identification of putative metal binding motifs.

Domaines de liaison des ions m&eacute;talliques sont trouvent dans les prot&eacute;ines qui m&eacute;dient le transport, la mise en m&eacute;moire tampon ou la d&eacute;sintoxication des ions m&eacute;talliques. Dans cette &eacute;tude, nous avons effectu&eacute; une in silico analyse des prot&eacute;ines de liaison en m&eacute;tal et ont identifi&eacute; des motifs de liaison m&eacute;tallique putatif pour les ions de cadmium, cobalt, zinc, arsenic, mercure, magn&eacute;sium, mangan&egrave;se, molybd&egrave;ne et nickel. Une recherche de patron contre les bases de donn&eacute;es UniProtKB/Swiss-Prot et UniProtKB/TrEMBL a donn&eacute; des r&eacute;sultats r&eacute;ellement positifs dans chaque cas, montrant la grande sp&eacute;cificit&eacute; des motifs. Des motifs ont &eacute;t&eacute; &eacute;galement valid&eacute;es par rapport &agrave; APB structures et site r&eacute;alis&eacute; des &eacute;tudes de mutagen&egrave;se.

Silico identification des motifs de liaison m&eacute;tal putatif.

Metall-Ion Bindung Dom&auml;nen sind in Proteinen gefunden, die Transport, Pufferung oder Entgiftung von Metallionen zu vermitteln. In dieser Studie haben wir eine in Silico durchgef&uuml;hrt Analyse der Metall-bindenen Proteine und vermeintliche Metal Bindung Motive f&uuml;r die Ionen von Cadmium, Kobalt, Zink, Arsen, Quecksilber, Magnesium, Mangan, Molybd&auml;n und Nickel identifiziert haben. Eine Muster-Suche f&uuml;r die UniProtKB/Swiss-Prot und TrEMBL-UniProtKB/Datenbanken hat wahre positiven Ergebnissen in jedem Fall zeigen die hohe-Spezifit&auml;t der Motive ergeben. Motive waren auch gegen PDB validiert Strukturen und Website gerichtet Mutagenese Studien.

In Silico Kennung des vermeintlichen Metall Bindung Motive.

Domini di legame dello ione del metallo si trovano nelle proteine che mediano il trasporto, buffering o disintossicazione di ioni metallici. In questo studio, abbiamo eseguito un in silico analisi delle proteine leganti in metallo e hanno identificato i presunti motivi metallo per gli ioni di cadmio, cobalto, zinco, arsenico, mercurio, magnesio, manganese, molibdeno e nichel. Una modello di ricerca contro i database UniProtKB/Swiss-Prot e UniProtKB/TrEMBL ha reso veri positivi in ogni caso mostrando l&#39;alta specificit&agrave; dei motivi. Motivi sono stati convalidati anche contro PDB strutture e sito diretto studi di mutagenesi.

In silico identificazione dei presunti motivi metallici.

&#x91D1;&#x5C5E;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3001;&#x30D0;&#x30C3;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x91D1;&#x5C5E;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x306E;&#x89E3;&#x6BD2;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F; in silico&#x3001;&#x5B9F;&#x884C;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x91D1;&#x5C5E;&#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3068;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x91D1;&#x5C5E;&#x7D50;&#x5408;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x30AB;&#x30C9;&#x30DF;&#x30A6;&#x30E0;, &#x30B3;&#x30D0;&#x30EB;&#x30C8;, &#x4E9C;&#x925B;&#x3001;&#x30D2;&#x7D20;&#x3001;&#x6C34;&#x9280;&#x3001;&#x30DE;&#x30B0;&#x30CD;&#x30B7;&#x30A6;&#x30E0;&#x3001;&#x30DE;&#x30F3;&#x30AC;&#x30F3;&#x3001;&#x30E2;&#x30EA;&#x30D6;&#x30C7;&#x30F3;&#x3001;&#x30CB;&#x30C3;&#x30B1;&#x30EB; &#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x691C;&#x7D22; UniProtKB/Swiss-prot &#x3068; UniProtKB/&#x304C;&#x9707;&#x3048;&#x3066;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x771F;&#x967D;&#x6027;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x5C48;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306F; PDB &#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x3082;&#x691C;&#x8A3C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x76E3;&#x7763;&#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x8A98;&#x767A;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;

&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x91D1;&#x5C5E;&#x7D50;&#x5408;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E; silico &#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x306B;&#x306F;&#x3002;

&#xAE08;&#xC18D; &#xC774;&#xC628; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC804;&#xC1A1;, &#xBC84;&#xD37C;&#xB9C1; &#xB610;&#xB294; &#xAE08;&#xC18D; &#xC774;&#xC628;&#xC758; &#xD574;&#xB3C5;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC2DC;&#xB0B4; silico &#xC218;&#xD589;&#xD55C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAE08;&#xC18D; &#xBC0F; &#xCE74;&#xB4DC;&#xBBB4;, &#xCF54;&#xBC1C;&#xD2B8;, &#xC544;&#xC5F0;, &#xBE44;&#xC18C;, &#xC218;&#xC740;, &#xB9C8;&#xADF8;&#xB124;&#xC298;, &#xB9DD;&#xAC04;, &#xBAB0; &#xB9AC;&#xBE0C; &#xB374; &#xBC0F; &#xB2C8;&#xCF08; &#xC774;&#xC628;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C1; &#xAE08;&#xC18D; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. UniProtKB/&#xC2A4;&#xC704;&#xC2A4;-&#xBCF4;&#xD638; &#xBC0F; UniProtKB/TrEMBL &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD328;&#xD134; &#xAC80;&#xC0C9; &#xAC01;&#xAC01;&#xC758; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0;&#xB294; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xB294; &#xCC38; &#xAE0D;&#xC815;&#xC744; &#xC5BB;&#xC9C0; &#xBABB;&#xD588;&#xB2E4;. &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xD588;&#xB2E4; &#xB610;&#xD55C; PDB&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131; &#xAC80;&#xC0AC; &#xAD6C;&#xC870; &#xBC0F; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; mutagenesis &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xAC10;&#xB3C5;.

&#xC0C1; &#xAE08;&#xC18D; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; silico &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Dominios de uni&oacute;n a iones met&aacute;licos se encuentran en las prote&iacute;nas que median el transporte, almacenamiento temporal o desintoxicaci&oacute;n de iones met&aacute;licos. En este estudio, hemos realizado un silico en an&aacute;lisis de prote&iacute;nas de uni&oacute;n de metal y han identificado los motivos de la supuesta Uni&oacute;n de metal para los iones de cadmio, cobalto, zinc, ars&eacute;nico, mercurio, magnesio, manganeso, molibdeno y n&iacute;quel. La b&uacute;squeda de una patr&oacute;n contra las bases de datos UniProtKB/Swiss-Prot y UniProtKB/TrEMBL rindi&oacute; verdaderos positivos en cada caso que demuestra la alta especificidad de los motivos. Motivos tambi&eacute;n fueron validados contra PDB estructuras y sitio dirigieron estudios de mutag&eacute;nesis.

Identificaci&oacute;n de silico de motivos de la supuesta Uni&oacute;n metal.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;247&#x304B;&#x3089;&#x8EF8;&#x529B;&#x30AF;&#x30E9;&#x30F3;&#x30D7;&#x5149;&#x30D4;&#x30F3;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x9577;&#x3055;&#x304C;1298 bp&#x306B;&#x81F3;&#x308B;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30D4;&#x30FC;&#x5F3E;&#x6027;&#x3092;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x8868;&#x9762;&#x306E;&#x6DFB;&#x4ED8;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30D4;&#x30FC;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x3068;&#x9664;&#x5916;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30DC;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x529B;&#x304C;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x77ED;&#x3044;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x77ED;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x6301;&#x7D9A;&#x6027;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5024;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;2&#x500D;&#x306B;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x3001;&#x9664;&#x5916;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30DC;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x529B;&#x304C;&#x5F7C;&#x200B;&#x200B;&#x3089;&#x306E;&#x540D;&#x76EE;&#x4E0A;&#x306E;&#x8F2A;&#x90ED;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x4E09;&#x5206;&#x306E;&#x4E00;&#x306B;&#x5206;&#x5B50;&#x3092;&#x62E1;&#x5F35;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x62E1;&#x5F35;&#x4E0D;&#x53EF;&#x30BB;&#x30DF;&#x30D5;&#x30EC;&#x30AD;&#x30B7;&#x30D6;&#x30EB;&#xB7;&#x30ED;&#x30C3;&#x30C9;&#xB7;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x67A0;&#x7D44;&#x307F;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x89E3;&#x91C8;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x77ED;&#x3044;DNA&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x5F3E;&#x6027;&#x306B;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30D4;&#x30FC;&#x5883;&#x754C;&#x52B9;&#x679C;

&#x6211;&#x4EEC;&#x6D4B;&#x91CF;&#x4E86; 247 &#x81F3; 1298 bp &#x5728;&#x4F7F;&#x7528;&#x8F74;&#x5411;&#x529B;&#x5939;&#x5149;&#x954A;&#x957F;&#x5EA6;&#x4E0D;&#x7B49;&#x7684;&#x53CC;&#x94FE; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x71B5;&#x5F39;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x6DF7;&#x4E71;&#x7684;&#x7EC8;&#x70B9;&#x6548;&#x5E94;&#x548C;&#x6392;&#x9664;&#x5377;&#x90E8;&#x961F;&#x4ECE;&#x8868;&#x9762;&#x9644;&#x4EF6;&#x6210;&#x4E3A;&#x8FD9;&#x79CD;&#x77ED;&#x5206;&#x5B50;&#x6765;&#x8BF4;&#x610F;&#x4E49;&#x91CD;&#x5927;&#x3002;&#x6709;&#x6548;&#x7684;&#x6301;&#x4E45;&#x6027;&#x957F;&#x5EA6;&#x6700;&#x77ED;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x957F;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x65E2;&#x5B9A;&#x503C;&#x7684; 2 &#x500D;&#x548C;&#x90E8;&#x961F;&#x6392;&#x9664;&#x5377;&#x6269;&#x5C55;&#x5230;&#x5176;&#x540D;&#x4E49;&#x7684;&#x8F6E;&#x5ED3;&#x957F;&#x5EA6;&#x7EA6;&#x6709;&#x4E09;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C06;&#x89E3;&#x91CA;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7EF3;&#x5B50;&#x534A;&#x6746;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x6846;&#x67B6;&#x4E2D;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;

&#x71B5;&#x8FB9;&#x754C;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x77ED; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x5F39;&#x6027;&#x3002;

We have measured the entropic elasticity of double-stranded-DNA molecules ranging from 247 to 1298 bp in length using axial force-clamp optical tweezers. We show that entropic end effects and excluded-volume forces from surface attachments become significant for such short molecules. The effective persistence length of the shortest molecules decreases by a factor of 2 compared to the established value for long molecules, and excluded-volume forces extend the molecules to about one third of their nominal contour length. We interpret these results in the framework of an inextensible semiflexible rod model.

Entropic boundary effects on the elasticity of short DNA molecules.

Nous avons mesur&#xE9; l&#x26;#39;&#xE9;lasticit&#xE9; entropique de double brin d&#x26;#39;ADN-mol&#xE9;cules allant de 247 &#xE0; 1298 pb de longueur en utilisant la force axiale-clamp pinces optiques. Nous montrons que les effets finaux entropiques et exclus volume des forces de pi&#xE8;ces jointes de surface deviennent importants pour ces mol&#xE9;cules courtes. La longueur de persistance effective des courts mol&#xE9;cules diminue d&#x26;#39;un facteur de 2 par rapport &#xE0; la valeur &#xE9;tablie pour de longues mol&#xE9;cules, et les forces de volume exclu d&#x26;#39;&#xE9;tendre les mol&#xE9;cules &#xE0; environ un tiers de leur longueur de contour nominale. Nous interpr&#xE9;tons ces r&#xE9;sultats dans le cadre d&#x26;#39;un mod&#xE8;le semi-flexible tige inextensible.

Effets des limites Entropic sur l&#x26;#39;&#xE9;lasticit&#xE9; de mol&#xE9;cules d&#x26;#39;ADN courtes

Wir haben die entropische Elastizit&auml;t der Double-Stranded-DNA-Molek&uuml;le, die von 247 bis 1298 bp L&auml;nge mit einer Kraft-klemmbaren Optische Pinzette gemessen. Wir zeigen, dass entropischen Ende Effekte und ausgeschlossen-Volume Truppen aus Oberfl&auml;che Anlagen f&uuml;r solche kurzen Molek&uuml;le geworden. Die effektive Persistenz-L&auml;nge der k&uuml;rzesten Molek&uuml;le verringert sich um den Faktor 2 im Vergleich zu den etablierten Wert f&uuml;r lange Molek&uuml;le und ausgeschlossen-Band Kr&auml;fte erweitern die Molek&uuml;le um etwa ein Drittel ihrer nominalen Konturl&auml;nge. Wir interpretieren diese Ergebnisse im Rahmen eines Klebebandes semiflexible Stab-Modells.

Entropische Grenze Auswirkungen auf die Elastizit&auml;t des kurzen DNA-Molek&uuml;le.

Noi abbiamo misurato l&#39;elasticit&agrave; entropica di molecole di DNA double-stranded che vanno da 247 a 1298 bp in lunghezza usando una pinzetta ottica forza assiali. Mostriamo che gli effetti entropici fine e le forze di volume escluso dalla superficie allegati diventano significative per tali molecole breve. La lunghezza efficace persistenza delle molecole pi&ugrave; breve riduce di un fattore 2 rispetto al valore stabilito per lunghe molecole, e forze di volume escluso estendono le molecole a circa un terzo della loro lunghezza nominale del contorno. Dobbiamo interpretare questi risultati nel quadro di un modello di rod semiflessibili inestensibile.

Effetti entropici limite sull&#39;elasticit&agrave; di breve molecole di DNA.

&#xC6B0;&#xB9AC; 247&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD95; &#xD3EC;&#xC2A4; &#xD074;&#xB7A8;&#xD504; &#xAD11;&#xD559; &#xD540;&#xC14B;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAE38;&#xC774;&#xC5D0; 1298 &#xD608;&#xC555;&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAE30;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xC5D4;&#xD2B8;&#xB85C;&#xD53C; &#xD0C4;&#xC131;&#xC744; &#xCE21;&#xC815; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC5D4;&#xD2B8;&#xB85C;&#xD53C; &#xB05D; &#xD6A8;&#xACFC; &#xD45C;&#xBA74; &#xCCA8;&#xBD80; &#xD30C;&#xC77C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xC678; &#xBCFC;&#xB968; &#xC138;&#xB825; &#xAC19;&#xC740; &#xC9E7;&#xC740; &#xBD84;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB420; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9E7;&#xC740; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC9C0; &#xC18D;&#xC131; &#xAE38;&#xC774; &#xAE34; &#xBD84;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE30;&#xC874;&#xB41C; &#xAC12;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; 2 &#xBC30; &#xAC10;&#xC18C; &#xBC0F; &#xC81C;&#xC678; &#xBCFC;&#xB968; &#xC138;&#xB825; &#xD655;&#xC7A5; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBA85;&#xBAA9;&#xC0C1; &#xCEE8;&#xD22C;&#xC5B4; &#xAE38;&#xC774;&#xC758; &#xC57D; 3 &#xBD84;&#xC758; 1&#xC744; &#xBD84;&#xC790;. Inextensible semiflexible &#xB85C;&#xB4DC; &#xBAA8;&#xB378;&#xC758; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD574;&#xC11D; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC9E7;&#xC740; DNA &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xD0C4;&#xC131;&#xC5D0; &#xC5D4;&#xD2B8;&#xB85C;&#xD53C; &#xACBD;&#xACC4; &#xD6A8;&#xACFC;.

Hemos medido la elasticidad entr&#xF3;pica de la doble cadena de ADN mol&#xE9;culas que van de 247 a 1298 pb de longitud axial con fuerza de cierre, pinzas &#xF3;pticas. Se demuestra que los efectos entr&#xF3;picos finales y las fuerzas de los excluidos-volumen de los archivos adjuntos de la superficie a ser significativa para tales mol&#xE9;culas cortas. La longitud efectiva persistencia de las mol&#xE9;culas m&#xE1;s cortas disminuye en un factor de 2 en comparaci&#xF3;n con el valor establecido para las mol&#xE9;culas largas, y las fuerzas excluidos volumen extender las mol&#xE9;culas a aproximadamente un tercio de su longitud de contorno nominal. Interpretamos estos resultados en el marco de un modelo semiflexible varilla inextensible.

Article	Year
Evidence of a double-lid movement in Pseudomonas aeruginosa lipase: insights from molecular dynamics simulations. PLoS computational biology\| PubMed ID: 16110344	2005
Role of hydrophobic interactions and salt-bridges in beta-hairpin folding. Journal of molecular modeling\| PubMed ID: 16231193	2006
In silico identification of putative metal binding motifs. Bioinformatics (Oxford, England)\| PubMed ID: 17148509	2007
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Krishnan Raghunathan

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