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Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

Genomes are organized into three-dimensional structures, adopting higher-order conformations inside the micron-sized nuclear spaces 7, 2, 12. Such ...

Agency for Science, Technology and Research, Singapore

A*STAR-Duke-NUS Neuroscience Research Partnership, Singapore

National University of Singapore, Singapore

&#x6709;&#x6548;&#x7387;&#x4E14;&#x7CBE;&#x786E;&#x7684;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x5DF2;&#x914D;&#x5BF9;&#x7AEF; ditagging (PET) &#x6280;&#x672F;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x968F;&#x7740;&#x5176;&#x4ED6; DNA &#x57FA;&#x4E8E;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7B56;&#x7565;&#xFF0C;&#x5B83;&#x88AB;&#x53D7;&#x5230;&#x7535;&#x6D41;&#x6548;&#x7387;&#x7684;&#x6851;&#x683C;&#x6280;&#x672F;&#x3002;A &#x6700;&#x8FD1;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x591A;&#x91CD;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5; (454 &#x6D4B;&#x5E8F;) &#x4F7F;&#x7528; picolitre &#x89C4;&#x6A21;&#x53CD;&#x5E94;&#x6548;&#x7387;&#xFF0C;&#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x663E;&#x8457;&#x8FDB;&#x5C55;&#xFF0C;&#x4F46;&#x60A3;&#x77ED;&#x8BFB;&#x957F;&#x5EA6;&#x548C;&#x914D;&#x5BF9;&#x7AEF;&#x4FE1;&#x606F;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x63D0;&#x9AD8;&#x6548;&#x7387;&#x7684;&#x5BA0;&#x7269;&#x5206;&#x6790;&#x5E76;&#x540C;&#x65F6;&#x514B;&#x670D;&#x65B0;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x7F3A;&#x70B9;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x52A0;&#x4E0A;&#x591A;&#x91CD;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5;&#x4E0E;&#x4F7F;&#x7528;&#x4FEE;&#x6539;&#x540E;&#x7684;&#x5BA0;&#x7269;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x540C;&#x65F6;&#x5E8F;&#x5217; 200,000 &#x5230; 300,000 &#x4E8C;&#x805A;&#x5316;&#x57FA;&#x7684;&#x5BA0;&#x7269; &#xFF08;diPET&#xFF09; &#x6A21;&#x677F;&#xFF0C;&#x5E74;&#x4EA7;&#x8FD1;&#x534A;&#x4E07;&#x5BA0;&#x7269;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x5355; 4 h &#x673A;&#x8FD0;&#x884C;&#x7684; ditagging &#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F; (MS PET)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x901A;&#x8FC7;&#x5206;&#x6790;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x4EBA;&#x4E73;&#x817A;&#x764C;&#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x5E76;&#x901A;&#x8FC7;&#x6620;&#x5C04; p53 &#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7ED3;&#x76F4;&#x80A0;&#x764C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x7684;&#x5B9E;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x548C; MS &#x5BA0;&#x7269;&#x7684;&#x9C81;&#x68D2;&#x6027;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7B56;&#x7565;&#x8FBE;&#x5230;&#x8FD1;&#x4F3C; 100-fold &#x6548;&#x7387;&#x589E;&#x52A0;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x5BA0;&#x7269;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x5F53;&#x524D;&#x6807;&#x51C6;&#xFF0C;&#x6B64;&#x5916;&#x4F7F;&#x77ED;&#x8BFB;&#x957F;&#x5EA6;&#x591A;&#x8DEF;&#x590D;&#x7528;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x83B7;&#x5F97;&#x914D;&#x5BF9;&#x7AEF;&#x4ECE;&#x5927; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x4FE1;&#x606F;&#x3002;

&#x591A;&#x91CD;&#x914D;&#x5BF9;&#x7AEF; ditags (MS PET) &#x7684;&#x5148;&#x540E;&#x987A;&#x5E8F;&#xFF1A; &#x8D85;&#x4F4E;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7B56;&#x7565;&#x3002;

The paired-end ditagging (PET) technique has been shown to be efficient and accurate for large-scale transcriptome and genome analysis. However, as with other DNA tag-based sequencing strategies, it is constrained by the current efficiency of Sanger technology. A recently developed multiplex sequencing method (454-sequencing) using picolitre-scale reactions has achieved a remarkable advance in efficiency, but suffers from short-read lengths, and a lack of paired-end information. To further enhance the efficiency of PET analysis and at the same time overcome the drawbacks of the new sequencing method, we coupled multiplex sequencing with paired-end ditagging (MS-PET) using modified PET procedures to simultaneously sequence 200,000 to 300,000 dimerized PET (diPET) templates, with an output of nearly half-a-million PET sequences in a single 4 h machine run. We demonstrate the utility and robustness of MS-PET by analyzing the transcriptome of human breast carcinoma cells, and by mapping p53 binding sites in the genome of human colorectal carcinoma cells. This combined sequencing strategy achieved an approximate 100-fold efficiency increase over the current standard for PET analysis, and furthermore enables the short-read-length multiplex sequencing procedure to acquire paired-end information from large DNA fragments.

Multiplex sequencing of paired-end ditags (MS-PET): a strategy for the ultra-high-throughput analysis of transcriptomes and genomes.

Le appari&#xE9;es fin ditagging (PET) technique a &#xE9;t&#xE9; montr&#xE9; pour &#xEA;tre efficace et pr&#xE9;cis &#xE0; grande &#xE9;chelle du transcriptome et l&#x26;#39;analyse du g&#xE9;nome. Cependant, comme avec d&#x26;#39;autres strat&#xE9;gies de balises bas&#xE9;es sur le s&#xE9;quen&#xE7;age d&#x26;#39;ADN, il est contraint par l&#x26;#39;efficacit&#xE9; actuelle de la technologie Sanger. Un proc&#xE9;d&#xE9; de multiplexage r&#xE9;cemment mis au point s&#xE9;quen&#xE7;age (454-s&#xE9;quen&#xE7;age) en utilisant picolitres &#xE9;chelle r&#xE9;actions a r&#xE9;alis&#xE9; une avanc&#xE9;e remarquable en mati&#xE8;re d&#x26;#39;efficacit&#xE9;, mais souffre de court lecture longueurs, et un manque de paires de fin d&#x26;#39;information. Pour am&#xE9;liorer encore l&#x26;#39;efficacit&#xE9; de l&#x26;#39;analyse PET et en m&#xEA;me temps rem&#xE9;dier aux inconv&#xE9;nients de la m&#xE9;thode de s&#xE9;quen&#xE7;age nouvelle, nous avons coupl&#xE9; multiplex s&#xE9;quen&#xE7;age avec appari&#xE9;es fin ditagging (MS-PET) en utilisant des proc&#xE9;dures PET modifi&#xE9;s &#xE0; la fois la s&#xE9;quence 200.000 &#xE0; 300.000 dim&#xE9;ris&#xE9; PET (diPET mod&#xE8;les), avec une sortie de pr&#xE8;s d&#x26;#39;un demi-million de s&#xE9;quences PET dans une seule marche de la machine 4 h. Nous d&#xE9;montrons l&#x26;#39;utilit&#xE9; et la robustesse de MS-PET par analyse du transcriptome des cellules humaines de cancer du sein, et par des sites de cartographie de liaison de p53 dans le g&#xE9;nome de cellules humaines de cancer colorectal. Cette strat&#xE9;gie de s&#xE9;quen&#xE7;age combin&#xE9; obtenu une augmentation de l&#x26;#39;efficacit&#xE9; approximative de 100 fois au cours de la norme actuelle pour l&#x26;#39;analyse PET, et permet en outre le multiplex &#xE0; court de lecture de longueur s&#xE9;quen&#xE7;age proc&#xE9;dure d&#x26;#39;acquisition associ&#xE9;-end &#xE0; partir des informations grands fragments d&#x26;#39;ADN.

S&#xE9;quen&#xE7;age Multiplex de paires de gamme bimarqueurs (MS-PET): une strat&#xE9;gie pour l&#x26;#39;analyse ultra-haut d&#xE9;bit de transcriptomes et des g&#xE9;nomes

Die Technik gepaart-End Ditagging (PET) hat sich gezeigt, effiziente und pr&auml;zise f&uuml;r gro&szlig; angelegte Transkriptom und Genom-Analyse sein. Wie bei anderen DNA Sequenzierung Tag-basierte Strategien, ist es jedoch durch die Stromausbeute der Sanger Technologie beschr&auml;nkt. A vor kurzem entwickelt multiplex-Sequenzierung-Methode (454-Sequenzierung) mit Picolitre-Skala Reaktionen einen bemerkenswerten Fortschritt bei Effizienz erzielt, leidet aber kurz-lesen L&auml;ngen und ein Informationsdefizit gepaart-Ende. Weiter zur Steigerung der Effizienz der PET-Analyse und zur gleichen Zeit zu &uuml;berwinden, die Nachteile der neuen Methode der Sequenzierung, gekoppelt wir multiplex-Sequenzierung mit gepaart-End Ditagging (MS-PET) mit ver&auml;nderte PET-Verfahren gleichzeitig 200.000 bis 300.000 dimerized PET (DiPET)-Vorlagen-Sequenz, mit einer Leistung von fast eine halbe Million PET-Sequenzen in einer einzigen 4H-Maschine laufen. Wir demonstrieren das Dienstprogramm und die Robustheit des MS-PET, durch die Analyse der Transkriptom der menschlichen Brust-Karzinom-Zellen, und durch Zuordnung von p53-Bindungsstellen im Genom von menschlichen kolorektales Karzinom-Zellen. Diese kombinierten Sequenzierung-Strategie eine ungef&auml;hre verhundertfacht Effizienzsteigerung in der aktuelle Standard f&uuml;r PET-Analyse erreicht, und dar&uuml;ber hinaus erm&ouml;glicht das Lesen-kurz-multiplex-Sequenzierung-Verfahren gekoppelt-End Informationen aus gro&szlig;en DNA-Fragmente zu erwerben.

Multiplex-Sequenzierung des gepaart-End Ditags (MS-PET): eine Strategie f&uuml;r die ultra-high-Throughput-Analyse von Transcriptomes und Genome.

La tecnica di coppia-fine ditagging (PET) ha dimostrata di essere efficace e accurato per l&#39;analisi su larga scala transcriptome e genoma. Tuttavia, come con altre strategie basate su tag sequenziamento DNA, esso &egrave; vincolata l&#39;attuale efficienza della tecnologia di Sanger. A ha recentemente sviluppato il metodo di sequenziamento multiplex (454-sequencing) utilizzando reazioni picolitre-scala ha raggiunto un notevole progresso in termini di efficienza, ma soffre di leggere brevi lunghezze e la mancanza di informazioni fine accoppiato. Per migliorare l&#39;efficienza dell&#39;analisi PET e allo stesso tempo superare gli svantaggi del nuovo metodo di sequenziamento, abbiamo accoppiato sequenziamento multiplex con accoppiato-fine ditagging (MS-PET) utilizzando procedure PET modificate contemporaneamente sequenza 200.000 a 300.000 dimerized modelli PET (diPET), con un&#39;uscita di sequenze PET quasi mezzo milione in una macchina singola h 4 eseguire. Noi dimostrare l&#39;utilit&agrave; e la robustezza della MS-PET analizzando il trascrittoma di cellule di carcinoma mammario umano e mappando i siti di legame di p53 nel genoma delle cellule umane di carcinoma del colon-retto. Questa strategia combinata sequenziamento raggiunto un incremento di efficienza approssimativa 100 volte sopra l&#39;attuale standard per l&#39;analisi di PET e consente inoltre la procedura di sequenziamento multiplex corto-lettura acquisire informazioni accoppiato-fine da grandi frammenti di DNA.

Multiplex sequenziamento di coppia-fine ditags (MS-PET): una strategia per l&#39;analisi di ultra-high-throughput di transcriptomes e genomi.

&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;ditagging&#xFF08;PET&#xFF09;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x304B;&#x3064;&#x6B63;&#x78BA;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;DNA&#x30BF;&#x30B0;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6226;&#x7565;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CE;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306E;&#x96FB;&#x6D41;&#x52B9;&#x7387;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002; picolitre&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x53CD;&#x5FDC;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x6700;&#x8FD1;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x591A;&#x91CD;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;&#x6CD5;&#xFF08;454&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF09;&#x304C;&#x52B9;&#x7387;&#x306E;&#x9855;&#x8457;&#x306A;&#x9032;&#x6B69;&#x3092;&#x9054;&#x6210;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x77ED;&#x3044;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C9;&#x9577;&#x3001;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306B;&#x82E6;&#x3057;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; PET&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x3092;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x3068;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x3001;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x65B9;&#x5F0F;&#x306E;&#x6B20;&#x70B9;&#x3092;&#x514B;&#x670D;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x5909;&#x66F4;&#x3055;&#x308C;&#x305F;PET&#x30D7;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E3;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;ditagging&#xFF08;MS-PET&#xFF09;200,000&#x301C;300,000&#x4E8C;&#x91CF;PET&#xFF08;diPET&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x591A;&#x91CD;&#x7D50;&#x5408;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EB;4&#x6642;&#x9593;&#x30DE;&#x30B7;&#x30F3;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C;&#x4E2D;&#x306E;&#x307B;&#x307C;50&#x4E07;PET&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x51FA;&#x529B;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#xFF09;&#x3001;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x3001;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x4E73;&#x764C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x764C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;p53&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;MS-PET&#x306E;&#x6709;&#x7528;&#x6027;&#x3068;&#x5805;&#x7262;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6226;&#x7565;&#x3067;&#x306F;&#x3001;PET&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x6A19;&#x6E96;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x7D04;100&#x500D;&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x3092;&#x9054;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x5927;&#x304D;&#x306A;DNA&#x65AD;&#x7247;&#x304B;&#x3089;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x53D6;&#x5F97;&#x3059;&#x308B;&#x624B;&#x9806;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B7;&#x30E7;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x591A;&#x91CD;&#x5316;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;Ditags&#x306E;&#x591A;&#x91CD;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#xFF08;MS-PET&#xFF09;&#xFF1A;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x8D85;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6226;&#x7565;

&#xC30D; &#xAC04; ditagging (PET) &#xAE30;&#xBC95;&#xC744; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; transcriptome &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xB2E4;&#xB978; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD0DC;&#xADF8; &#xAE30;&#xBC18; &#xC804;&#xB7B5;&#xC640; &#xB9C8;&#xCC2C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xB85C; &#xADF8;&#xAC83; &#xC0DD;&#xC5B4; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xD604;&#xC7AC; &#xD6A8;&#xC728;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xD55C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. A &#xCD5C;&#xADFC; &#xBA40;&#xD2F0;&#xD50C;&#xB809;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC29;&#xBC95; (454-&#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;) &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;, &#xB180;&#xB77C;&#xC6B4; &#xC0AC;&#xC804; &#xB2EC;&#xC131; &#xD588;&#xB2E4; picolitre &#xADDC;&#xBAA8; &#xBC18;&#xC751;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC9E7;&#xC740; &#xC77D;&#xAE30; &#xAE38;&#xC774;&#xC640; &#xC9DD; &#xC5D4;&#xB4DC; &#xC815;&#xBCF4; &#xBD80;&#xC871;&#xC744; &#xACAA;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xCD94;&#xAC00; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC758; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131;&#xC744; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xD558; &#xACE0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xB2E8;&#xC810;&#xC744; &#xADF9;&#xBCF5; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC30D; &#xAC04; ditagging (MS-&#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;) &#xC218;&#xC815;&#xB41C; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC808;&#xCC28;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; 200000 300000 dimerized &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; (diPET) &#xC11C;&#xC2DD; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;, &#xB2E8;&#xC77C; 4h &#xAE30;&#xACC4;&#xC5D0; &#xAC70;&#xC758; 30&#xB9CC; &#xD55C; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xCD9C;&#xB825; &#xC2E4;&#xD589;&#xC744; &#xD568;&#xAED8; &#xBA40;&#xD2F0;&#xD50C;&#xB809;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xACB0;&#xD569;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC720; &#xBC29; &#xC554; &#xC885; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; transcriptome &#xBD84;&#xC11D; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; p53 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC778;&#xAC04; &#xB300; &#xC7A5; &#xC554; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xD551;&#xD558;&#xC5EC; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0;&#xC640; MS-&#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC758; &#xACAC;&#xACE0;&#xC131; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xACB0;&#xD569; &#xB41C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC804;&#xB7B5; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xD604;&#xC7AC; &#xAE30;&#xC900; &#xB300;&#xB7B5; 100 &#xD6A8;&#xC728; &#xC99D;&#xAC00; &#xB2EC;&#xC131; &#xD558; &#xACE0; &#xB610;&#xD55C; &#xD070; DNA &#xC870;&#xAC01;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC30D; &#xAC04; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xC5BB;&#xC73C;&#xB824;&#xACE0; &#xC9E7;&#xC740; &#xC77D;&#xAE30; &#xAE38;&#xC774; &#xBA40;&#xD2F0;&#xD50C;&#xB809;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC808;&#xCC28;&#xB97C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC30D; &#xAC04; ditags (MS-&#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;)&#xC758; &#xC5F0;&#xC18D;&#xC744; &#xB2E4;&#xC911;&#xD654;: transcriptomes &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xCD08; &#xACE0; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC804;&#xB7B5;.

El dos a dos final ditagging (PET) t&#xE9;cnica ha demostrado ser eficaz y precisa a gran escala transcriptoma y an&#xE1;lisis del genoma. Sin embargo, como con otras estrategias de etiquetas basados &#x200B;&#x200B;en secuenciaci&#xF3;n de ADN, que est&#xE1; limitada por la eficacia de la corriente de Sanger tecnolog&#xED;a. Un m&#xE9;todo desarrollado recientemente la secuenciaci&#xF3;n m&#xFA;ltiple (454-secuencia) con picolitros escala reacciones ha logrado un avance notable en la eficiencia, pero sufre a corto leer longitudes, y la falta de informaci&#xF3;n de dos a dos final. Para mejorar a&#xFA;n m&#xE1;s la eficiencia de an&#xE1;lisis PET y al mismo tiempo superar los inconvenientes del m&#xE9;todo de secuenciaci&#xF3;n de nuevo, se acopla m&#xFA;ltiplex secuenciaci&#xF3;n con ditagging apareadas final (MS-PET) utilizando procedimientos modificados de PET para simult&#xE1;neamente secuencia 200.000 a 300.000 dimerizado PET (diPET las plantillas), con una producci&#xF3;n de casi la mitad de las secuencias de un mill&#xF3;n de PET en una sola ejecuci&#xF3;n de la m&#xE1;quina 4 h. Se demuestra la utilidad y la solidez de MS-PET mediante el an&#xE1;lisis del transcriptoma de c&#xE9;lulas humanas de carcinoma de mama, y &#x200B;&#x200B;por los sitios de mapas de p53 uni&#xF3;n en el genoma de c&#xE9;lulas humanas de carcinoma colorrectal. Esta estrategia de secuenciaci&#xF3;n combinada alcanz&#xF3; un aproximado de 100 veces mayor eficiencia en el est&#xE1;ndar actual para el an&#xE1;lisis PET, y, adem&#xE1;s, permite a los multicines de corta longitud de la secuencia de lectura procedimiento para adquirir pares de fin de informaci&#xF3;n de grandes fragmentos de ADN.

Multiplex Secuenciaci&#xF3;n del ditags finales pareadas (MS-PET): una estrategia para el An&#xE1;lisis de ultra-alto rendimiento de transcriptomes y genomas

Complex libraries for genomic DNA and cDNA sequencing analyses are typically amplified using bacterial propagation. To reduce biases, large numbers of colonies are plated and scraped from solid-surface agar. This process is time consuming, tedious and limits scaling up. At the same time, multiple displacement amplification (MDA) has been recently developed as a method for in vitro amplification of DNA. However, MDA has no selection function for the removal of ligation multimers. We developed a novel method of briefly introducing ligation reactions into bacteria to select single insert DNA clones followed by MDA to amplify. We applied these methods to a Gene Identification Signatures with Paired-End diTags (GIS-PET) library, which is a complex transcriptome library created by pairing short tags from the 5' and 3' ends of cDNA fragments together, and demonstrated that this selection and amplification strategy is unbiased and efficient.

The use of multiple displacement amplification to amplify complex DNA libraries.

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x548C; cDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x5E93;&#x901A;&#x5E38;&#x88AB;&#x653E;&#x5927;&#x4F7F;&#x7528;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7E41;&#x6B96;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x51CF;&#x5C11;&#x504F;&#x89C1;&#xFF0C;&#x5927;&#x91CF;&#x6B96;&#x6C11;&#x5730;&#x662F;&#x9540;&#x548C;&#x4ECE;&#x743C;&#x8102;&#x56FA;&#x4F53;&#x8868;&#x9762;&#x64E6;&#x4F24;&#x4E86;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E00;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x975E;&#x5E38;&#x8017;&#x65F6;&#xFF0C;&#x5355;&#x8C03;&#x4E4F;&#x5473;&#xFF0C;&#x5E76;&#x9650;&#x5236;&#x52A0;&#x5927;&#x3002;&#x540C;&#x65F6;&#xFF0C;&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB;&#x653E;&#x5927; (MDA) &#x6700;&#x8FD1;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x79CD;&#x4F53;&#x5916;&#x6269;&#x589E; DNA &#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;MDA &#x5DF2;&#x7ED3;&#x624E;&#x4E32;&#x8054;&#x4F53;&#x53BB;&#x9664;&#x6CA1;&#x6709;&#x9009;&#x62E9;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x7B80;&#x8981;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7ED3;&#x624E;&#x53CD;&#x5E94;&#x5230;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x82E5;&#x8981;&#x9009;&#x62E9;&#x5355;&#x4E2A;&#x63D2;&#x5165; DNA &#x514B;&#x9686;&#x8DDF; MDA &#x6765;&#x653E;&#x5927;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD0;&#x7528;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E0E;&#x914D;&#x5BF9;&#x7AEF; diTags (&#x5730;&#x7406;&#x4FE1;&#x606F;&#x7CFB;&#x7EDF;-PET) &#x5E93;&#xFF0C;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5E93;&#x521B;&#x5EFA;&#x7684;&#x4E00;&#x8D77;&#xFF0C;&#x914D;&#x5BF9;&#x7684; cDNA &#x7247;&#x6BB5;&#x7684; 5&#39; &#x548C; 3&#39; &#x672B;&#x7AEF;&#x77ED;&#x6807;&#x8BB0;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x6B64;&#x7B5B;&#x9009;&#x4E0E;&#x6269;&#x589E;&#x7684;&#x6218;&#x7565;&#x662F;&#x4E0D;&#x5E26;&#x504F;&#x89C1;&#x548C;&#x9AD8;&#x6548;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x9274;&#x5B9A;&#x7B7E;&#x540D;&#x3002;

&#x591A;&#x4E2A;&#x4F4D;&#x79FB;&#x653E;&#x5927;&#xFF0C;&#x653E;&#x5927;&#x590D;&#x6742; DNA &#x5E93;&#x7684;&#x4F7F;&#x7528;&#x3002;

Biblioth&#xE8;ques complexes pour l&#x26;#39;ADN g&#xE9;nomique et des analyses de s&#xE9;quen&#xE7;age d&#x26;#39;ADNc sont g&#xE9;n&#xE9;ralement amplifi&#xE9;s en utilisant la propagation de bact&#xE9;ries. Pour r&#xE9;duire les biais, un grand nombre de colonies sont &#xE9;tal&#xE9;es et gratt&#xE9; de l&#x26;#39;&#xE9;tat solide-surface de la g&#xE9;lose. Ce processus prend du temps, fastidieux et limites d&#x26;#39;&#xE9;chelle vers le haut. Dans le m&#xEA;me temps, l&#x26;#39;amplification par d&#xE9;placement multiple (MDA) a &#xE9;t&#xE9; r&#xE9;cemment mis au point une m&#xE9;thode pour l&#x26;#39;amplification in vitro de l&#x26;#39;ADN. Cependant, MDA n&#x26;#39;a pas de fonction de s&#xE9;lection pour l&#x26;#39;enl&#xE8;vement de multim&#xE8;res de ligature. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une nouvelle m&#xE9;thode de pr&#xE9;senter bri&#xE8;vement r&#xE9;actions de ligature dans des bact&#xE9;ries pour s&#xE9;lectionner simples clones d&#x26;#39;ADN d&#x26;#39;insertion suivies par MDA pour amplifier. Nous avons appliqu&#xE9; ces m&#xE9;thodes &#xE0; un Signatures identification des g&#xE8;nes des paires de fin d&#x26;#39;bimarqueurs (SIG-PET) de la biblioth&#xE8;que, ce qui est une biblioth&#xE8;que transcriptome complexe cr&#xE9;&#xE9; par appariement des balises courtes &#xE0; partir de l&#x26;#39;extr&#xE9;mit&#xE9; 5 &#x26;#39;et 3&#x26;#39; extr&#xE9;mit&#xE9;s de fragments d&#x26;#39;ADNc ensemble, et ont d&#xE9;montr&#xE9; que cette s&#xE9;lection et la strat&#xE9;gie d&#x26;#39;amplification est impartiale et efficace.

L&#x26;#39;utilisation de amplification par d&#xE9;placement de multiples biblioth&#xE8;ques pour amplifier l&#x26;#39;ADN complexes

Komplexe Bibliotheken f&uuml;r genomische DNA und DNA-Sequenzierung-Analysen werden in der Regel verst&auml;rkt mit bakterielle Vermehrung. Um Verzerrungen zu reduzieren, sind gro&szlig;e Zahl von Kolonien plattiert und geschabt von Solid-Oberfl&auml;che-Agar. Dieser Prozess ist zeitaufw&auml;ndig, langweilig und begrenzt skalieren. Zur gleichen Zeit wurde vor kurzem mehrere Verschiebung Verst&auml;rkung (MDA) als Methode zur in-vitro-Verst&auml;rkung von DNA entwickelt. MDA hat jedoch keine Auswahlfunktion zur Entfernung von Ligaturen Multimere. Wir entwickelten eine neuartige Methode der Einf&uuml;hrung kurz Ligaturen Reaktionen in Bakterien Ausw&auml;hlen einzelner Insert DNA Klonen gefolgt von MDA zu verst&auml;rken. Wir haben diese Methoden auf ein Gene Identifizierung Signaturen mit Paired-End DiTags (GIS-PET) Library, die eine komplexe Transkriptom-Bibliothek durch Paarung short-Tags von den 5&#39; und 3&#39;-Enden der cDNA-Fragmente zusammen erstellt und gezeigt, dass diese Auswahl und Verst&auml;rkung Strategie unparteiische und effiziente angewendet.

Die Verwendung von mehreren Verschiebung Verst&auml;rkung um komplexe DNA-Bibliotheken zu verst&auml;rken.

Complesse librerie di DNA genomico e analisi di sequenziamento del cDNA sono tipicamente amplificate usando la moltiplicazione batterica. Per ridurre i pregiudizi, un gran numero di colonie &egrave; placcato e raschiato da agar solido-superficie. Questo processo &egrave; che richiede tempo, noioso e limita la scalabilit&agrave;. Allo stesso tempo, pi&ugrave; amplificazione cilindrata (MDA) ha recentemente sviluppato come un metodo per l&#39;amplificazione in vitro del DNA. Tuttavia, MDA non ha alcuna funzione di selezione per la rimozione dei multimeri di legatura. Abbiamo sviluppato un nuovo metodo di introdurre brevemente reazioni di legatura in batteri per selezionare cloni di DNA singolo inserto seguiti da MDA per amplificare. Abbiamo applicato questi metodi le firme di identificazione un Gene con la libreria diTags (GIS-PET) associati-fine, che &egrave; una complesso transcriptome libreria realizzata accoppiando i tag brevi dalle estremit&agrave; 5&#39; e 3&#39; dei frammenti di cDNA insieme e ha dimostrato che questa strategia di selezione e amplificazione &egrave; imparziale ed efficiente.

L&#39;uso di amplificazione di cilindrata pi&ugrave; per amplificare complesse librerie di DNA.

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;DNA&#x3084;cDNA&#x914D;&#x5217;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306F;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x4F1D;&#x64AD;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x5897;&#x5E45;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x306E;&#x591A;&#x6570;&#x306F;&#x3001;&#x64AD;&#x7A2E;&#x3057;&#x3001;&#x56FA;&#x4F53;&#x8868;&#x9762;&#x306E;&#x5BD2;&#x5929;&#x304B;&#x3089;&#x63BB;&#x304D;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306F;&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x304B;&#x304B;&#x308B;&#x9000;&#x5C48;&#x306A;&#x4F5C;&#x696D;&#x3068;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x9650;&#x754C;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45;&#xFF08;MDA&#xFF09;&#x306F;&#x6700;&#x8FD1;&#x3001;DNA&#x306E;in vitro&#x5897;&#x5E45;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;MDA&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x9664;&#x53BB;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x7C21;&#x5358;&#x306B;&#x5897;&#x5E45;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;MDA&#x306B;&#x7D9A;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x30C8;DNA&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x9078;&#x629E;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x7D30;&#x83CC;&#x306B;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x53CD;&#x5FDC;&#x3092;&#x5C0E;&#x5165;&#x3059;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;5 &#x26;#39;&#x304A;&#x3088;&#x3073;3&#x26;#39; cDNA&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x4E21;&#x7AEF;&#x3092;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x77ED;&#x3044;&#x30BF;&#x30B0;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4F5C;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3067;&#x3059;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;diTags&#xFF08;GIS-PET&#xFF09;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x7F72;&#x540D;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x3001;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5897;&#x5E45;&#x6226;&#x7565;&#x306F;&#x516C;&#x5E73;&#x3068;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x8907;&#x96D1;&#x306A;DNA&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x5897;&#x5E45;&#x3059;&#x308B;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5909;&#x4F4D;&#x5897;&#x5E45;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;

&#xAC8C;&#xB188; DNA &#xBC0F; Cdna&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC138;&#xADE0; &#xC804;&#xD30C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB41C;&#xB2E4;. &#xD3B8;&#xACAC;&#xC744; &#xC904;&#xC774;&#xAE30; &#xC704;&#xD574;, &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC218;&#xB294; &#xB3C4;&#xAE08; &#xBC0F; &#xACE0;&#xCCB4; &#xD45C;&#xBA74; agar&#xC5D0;&#xC11C; &#xAE01;&#xD78C; &#xAC83;. &#xC774; &#xACFC;&#xC815;&#xC740; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC774; &#xC18C;&#xC694;, &#xC9C0;&#xB8E8;&#xD55C; &#xACE0; &#xC2A4;&#xCF00;&#xC77C;&#xB9C1; &#xC81C;&#xD55C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC19;&#xC740; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED; (MDA)&#xB294; DNA&#xC758; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC678; &#xD655;&#xB300;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC73C;&#xB85C; &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, MDA &#xACB0; &#xCC30; multimers&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC120;&#xD0DD; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xAC16;&#xCD94;&#xACE0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC04;&#xB2E8;&#xD788; &#xC18C;&#xAC1C; MDA&#xB97C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB4A4;&#xC5D0; &#xB2E8;&#xC77C; insert DNA &#xD074;&#xB860;&#xC744; &#xC120;&#xD0DD; &#xD558;&#xB294; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB85C; &#xACB0; &#xCC30; &#xBC18;&#xC751;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00;&#xC774; &#xC120;&#xD0DD;&#xACFC; &#xC99D;&#xD3ED; &#xC804;&#xB7B5;&#xC740; &#xACF5;&#xD3C9; &#xD558; &#xACE0; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC8FC;&#xC5C8;&#xB2E4; cDNA &#xC870;&#xAC01;&#xC758; 5&#39;&#xACFC; 3&#39; &#xB05D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9E7;&#xC740; &#xD0DC;&#xADF8;&#xB97C; &#xD568;&#xAED8; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD558; &#xC5EC; &#xB9CC;&#xB4E0; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; transcriptome &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xB294; &#xC30D; &#xAC04; diTags (GIS-&#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;) &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC640; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC11C;&#xBA85; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC801;&#xC6A9;.

&#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; DNA &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB2E4;&#xC911; &#xBCC0;&#xC704; &#xC99D;&#xD3ED;&#xC758; &#xC0AC;&#xC6A9;.

Bibliotecas complejos de ADN gen&#xF3;mico y an&#xE1;lisis de secuenciaci&#xF3;n de cDNA se amplific&#xF3; utilizando generalmente la propagaci&#xF3;n de bacterias. Para reducir sesgos, un gran n&#xFA;mero de colonias se sembraron y raspado de agar s&#xF3;lido-superficie. Este proceso es lento, tedioso y los l&#xED;mites de la expansi&#xF3;n. Al mismo tiempo, la amplificaci&#xF3;n de desplazamiento m&#xFA;ltiple (MDA) se ha desarrollado recientemente como un m&#xE9;todo para la amplificaci&#xF3;n in vitro de ADN. Sin embargo, la MDA no tiene ninguna funci&#xF3;n de selecci&#xF3;n para la eliminaci&#xF3;n de los mult&#xED;meros de ligaci&#xF3;n. Hemos desarrollado un nuevo m&#xE9;todo de una breve presentaci&#xF3;n de reacciones de ligaci&#xF3;n en bacterias para seleccionar clones de ADN individuales de inserci&#xF3;n seguido por la MDA para amplificar. Hemos aplicado estos m&#xE9;todos a un Firmas de identificaci&#xF3;n de genes con ditags finales pareadas (SIG-PET) de la biblioteca, que es una biblioteca de transcriptoma complejo creado por el emparejamiento de las etiquetas cortas de los 5 &#x26;#39;y 3&#x26;#39; extremos de los fragmentos de cDNA juntos, y ha demostrado que esta selecci&#xF3;n y la estrategia de amplificaci&#xF3;n es imparcial y eficiente.

El uso de la amplificaci&#xF3;n de desplazamiento m&#xFA;ltiple para ampliar las bibliotecas complejas de ADN

&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;&#x82AF;&#x7247;&#xFF09; &#x662F;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x7528;&#x4E8E;&#x7814;&#x7A76; DNA-&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x82AF;&#x7247;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5DF2;&#x53D6;&#x5F97;&#x5F88;&#x5927;&#x6210;&#x529F;&#xFF0C;&#x4F46;&#x662F;&#x662F;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x56E0;&#x4E3A;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x4E0D;&#x80FD;&#x53D1;&#x73B0;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x6784;&#x8C61;&#x6355;&#x83B7; (3 C) &#x548C;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x80FD;&#x591F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5F88;&#x6C89;&#x95F7;&#x3001; &#x5177;&#x6709;&#x4F4E;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684;&#x4FE1;&#x566A;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4E0D;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x82AF;&#x7247;&#x52A0;&#x5165; 3 C (&#x82AF;&#x7247;-3 C) &#x53EF;&#x4EE5;&#x60F3;&#x8C61;&#x4F1A;&#x51CF;&#x4F4E;&#x566A;&#x97F3;&#xFF0C;&#x589E;&#x52A0;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#xFF0C;&#x6709;&#x4EBA;&#x62C5;&#x5FC3;&#x8FD9;&#x7B80;&#x5355;&#x7684;&#x82AF;&#x7247;&#x7684;&#x6DF7;&#x5408;&#x548C; 3 C &#x534F;&#x8BAE;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x8BEF;&#x62A5;&#x7684;&#x9AD8;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x7BC7;&#x77ED;&#x6587;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5256;&#x6790;&#x5F53;&#x524D;&#x57FA;&#x4E8E;&#x82AF;&#x7247;&#x548C; 3 C &#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3001; &#x8BA8;&#x8BBA;&#x7684;&#x5177;&#x4F53;&#x800C;&#x975E;&#x7279;&#x5B9A;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x4ECE;&#x975E;&#x7279;&#x5B9A;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x788E;&#x7247;&#x5206;&#x79BB;&#x7279;&#x5B9A;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x914D;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F97;&#x51FA;&#x7684;&#x7ED3;&#x8BBA;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x8D85;&#x58F0;&#x6CE2;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x788E;&#x7247;&#x3001; &#x57FA;&#x4E8E;&#x82AF;&#x7247;&#x7684;&#x6D53;&#x7F29;&#x3001; &#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x63A5;&#x8FD1;&#x7ED3;&#x624E;&#x548C;&#x8D85;&#x9AD8;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x6392;&#x5E8F;&#x5C06;&#x83B7;&#x5956;&#x6267;&#x884C;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5E26;&#x504F;&#x89C1;&#x548C;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x5C06;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x5174;&#x7684;&#x9886;&#x57DF;&#xFF0C;&#x7814;&#x7A76;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28; interactomes &#x53CA;&#x57FA;&#x56E0;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684; de novo &#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x7ED3;&#x5408;&#x7F51;&#x7EDC;&#x5728;&#x4E09;&#x7EF4;&#x7684;&#x7A7A;&#x95F4;&#x3002;

&#x57FA;&#x4E8E;&#x82AF;&#x7247;&#x7684;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is an important technique for studying protein-DNA interactions. Whole genome ChIP methods have enjoyed much success, but are limited in that they cannot uncover important long-range chromatin interactions. Chromosome conformation capture (3C) and related methods are capable of detecting remote chromatin interactions, but are tedious, have low signal-to-noise ratios, and are not genome-wide. Although the addition of ChIP to 3C (ChIP-3C) would conceivably reduce noise and increase specificity for chromatin interaction detection, there are concerns that simple mixing of the ChIP and 3C protocols would lead to high levels of false positives. In this essay, we dissect current ChIP- and 3C-based methodologies, discuss the models of specific as opposed to non-specific chromatin interactions, and suggest approaches to separate specific chromatin complexes from non-specific chromatin fragments. We conclude that the combination of sonication-based chromatin fragmentation, ChIP-based enrichment, chromatin proximity ligation and Paired-End Tag ultra-high-throughput sequencing will be a winning implementation for genome-wide, unbiased and de novo discovery of long-range chromatin interactions, which will help to establish an emerging field for studying human chromatin interactomes and genome regulation networks in three-dimensional spaces.

ChIP-based methods for the identification of long-range chromatin interactions.

Immunopr&#xE9;cipitation de la chromatine (ChIP) est une technique importante pour l&#x26;#39;&#xE9;tude des interactions prot&#xE9;ine-ADN. Whole m&#xE9;thodes ChIP du g&#xE9;nome ont connu beaucoup de succ&#xE8;s, mais ils sont limit&#xE9;s en ce sens qu&#x26;#39;ils ne peuvent pas d&#xE9;couvrir d&#x26;#39;importantes interactions &#xE0; longue port&#xE9;e chromatine. Capture conformation chromosomique (3C) et les m&#xE9;thodes apparent&#xE9;es sont capables de d&#xE9;tecter les interactions &#xE0; distance chromatine, mais sont fastidieuses, ont de faibles signal sur bruit, et ne sont pas l&#x26;#39;ensemble du g&#xE9;nome. Bien que l&#x26;#39;ajout de ChIP &#xE0; 3C (ChIP-3C) serait concevable de r&#xE9;duire le bruit et la sp&#xE9;cificit&#xE9; pour la d&#xE9;tection d&#x26;#39;interaction augmentation de la chromatine, il est &#xE0; craindre que de simples protocoles de m&#xE9;lange de la puce et 3C conduiraient &#xE0; des niveaux &#xE9;lev&#xE9;s de faux positifs. Dans cet essai, nous diss&#xE9;quons les m&#xE9;thodes actuelles puce et 3C-base, de discuter des mod&#xE8;les de sp&#xE9;cifique, par opposition aux interactions chromatine non-sp&#xE9;cifiques, et de sugg&#xE9;rer des approches pour s&#xE9;parer complexes chromatiniens sp&#xE9;cifiques &#xE0; partir de fragments de chromatine non-sp&#xE9;cifiques. Nous concluons que la combinaison de fragmentation de la chromatine sonication bas&#xE9;e, sur puce d&#x26;#39;enrichissement, la ligature de proximit&#xE9; de la chromatine et appari&#xE9;s Fin Tag ultra-s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0; haut d&#xE9;bit sera une mise en &#x153;uvre gagnante pour la d&#xE9;couverte de l&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome, impartiale et de novo de longue port&#xE9;e interactions chromatine, qui aideront &#xE0; &#xE9;tablir un nouveau domaine pour l&#x26;#39;&#xE9;tude de la chromatine interactomes de l&#x26;#39;homme et des r&#xE9;seaux de r&#xE9;gulation du g&#xE9;nome dans des espaces tridimensionnels.

ChIP-base M&#xE9;thodes pour l&#x26;#39;identification des interactions &#xE0; longue port&#xE9;e chromatine

Chromatin Immunopr&auml;zipitation (ChIP) ist eine wichtige Technik f&uuml;r die Untersuchung von Protein-DNA-Wechselwirkungen. Gesamte Genom-ChIP-Methoden haben viel Erfolg genossen, aber sind begrenzt, da sie wichtige Langstrecken Chromatin Interaktionen aufdecken k&ouml;nnen nicht. Chromosom Konformation erfassen (3 C) Verwandte Methoden Aufsp&uuml;ren von entfernten Chromatin Interaktionen, aber langweilig sind, haben geringe Signal-Rausch-Verh&auml;ltnis, und sind nicht genomweiten. Obwohl die Erg&auml;nzung der ChIP 3 C (ChIP - 3C) w&auml;re denkbar L&auml;rm reduzieren und Spezifit&auml;t zur Erkennung der Chromatin-Interaktion zu erh&ouml;hen, gibt es Bedenken, dass einfaches Mischen des Chips und 3C Protokolle zu hohe Fehlalarme f&uuml;hren w&uuml;rde. In diesem Essay Wir sezieren aktuelle ChIP und 3 C-basierte Methoden, diskutieren die Modelle der spezifischen im Gegensatz zu unspezifischen Chromatin-Interaktionen und schlagen Ans&auml;tze, um spezifische Chromatin-komplexe von unspezifischen Chromatin-Fragmente zu trennen. Wir schlie&szlig;en, dass die Kombination von Sonorisierung basierende Chromatin Fragmentierung, ChIP-basierte Anreicherung, Chromatin N&auml;he Ligaturen und Paired-End-Tag, die ultra-high-Throughput-Sequenzierung sein wird, eine gewinnende Implementierung f&uuml;r genomweiten, unvoreingenommene und de-Novo-Entdeckung der Langstrecken-Chromatin-Interaktionen, die hilft, eine aufstrebende-Feld f&uuml;r das Studium der menschlichen Chromatin-Interactomes und Genom-Verordnung festgelegt in dreidimensionale R&auml;ume Netzwerken.

ChIP-basierte Methoden zur Identifizierung von Langstrecken-Chromatin-Interaktionen.

Immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) &egrave; una tecnica importante per lo studio delle interazioni proteina-DNA. Metodi ChIP intero genoma hanno goduto di molto successo, ma sono limitati in quanto essi non possono scoprire interazioni importanti della cromatina a lungo raggio. Cromosoma conformazione cattura (3C) e metodi correlati sono in grado di rilevare le interazioni della cromatina remoto, ma sono noiosi, hanno basso rapporto segnale-rumore e non sono genome-wide. Anche se l&#39;aggiunta di ChIP 3 c (C-ChIP-3) sarebbe plausibilmente ridurre il rumore e aumentare la specificit&agrave; per il rilevamento di interazione della cromatina, ci sono preoccupazioni che la semplice miscela di ChIP e C 3 protocolli porterebbe a livelli elevati di falsi positivi. In questo saggio, noi dissezionare attuale ChIP - e 3 metodologie basate su C, discutere i modelli di specifici in contrasto con le interazioni non specifiche della cromatina e suggerire approcci per separare i complessi cromatina specifico da frammenti di cromatina non specifico. Possiamo concludere che la combinazione di frammentazione della cromatina sonicazione-basato, basata su ChIP arricchimento, legatura di prossimit&agrave; della cromatina e associati-End Tag ultra-high-throughput sequencing sar&agrave; un&#39;implementazione vincente per genome-wide, imparziale e de novo scoperta di interazioni a lungo raggio della cromatina, che vi aiuter&agrave; a stabilire un settore emergente per studiare il regolamento del interactomes e del genoma umano cromatina reti in spazi tridimensionali.

Metodi basati su chIP per l&#39;identificazione delle interazioni a lungo raggio della cromatina.

&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;ChIP&#xFF09;&#x306F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;-DNA&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;ChIP&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306F;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x6210;&#x529F;&#x3092;&#x4EAB;&#x53D7;&#x3057;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x9577;&#x671F;&#x7684;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x70B9;&#x3067;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#xFF08;3C&#xFF09;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30E2;&#x30FC;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x9762;&#x5012;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x4F4E;&#x3044;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5BFE;&#x96D1;&#x97F3;&#x6BD4;&#x3092;&#x6709;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x3067;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002; 3C&#x306B;&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7;&#xFF08;CHIP-3C&#xFF09;&#x306E;&#x6DFB;&#x52A0;&#x306F;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30CE;&#x30A4;&#x30BA;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3001;&#x5358;&#x7D14;&#x306A;ChIP&#x7528;&#x306E;&#x30DF;&#x30AD;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;3C&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x507D;&#x967D;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x61F8;&#x5FF5;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A8;&#x30C3;&#x30BB;&#x200B;&#x200B;&#x30A4;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3068;&#x306F;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x8B70;&#x8AD6;&#x3057;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;3C&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x3001;&#x975E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x65AD;&#x7247;&#x304B;&#x3089;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3092;&#x5206;&#x96E2;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x8D85;&#x97F3;&#x6CE2;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x65AD;&#x7247;&#x5316;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306F;&#x3001;&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x8FD1;&#x63A5;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#x8D85;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x516C;&#x5E73;&#x3068;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x306E;de novo&#x767A;&#x898B;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x52DD;&#x5229;&#x306E;&#x5B9F;&#x88C5;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x3068;&#x7D50;&#x8AD6;&#x4ED8;&#x3051;3&#x6B21;&#x5143;&#x7A7A;&#x9593;&#x3067;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;interactomes&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x5206;&#x91CE;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3061;&#x307E;&#x3059;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

&#x30ED;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;

Chromatin immunoprecipitation (&#xCE69;) &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; DNA &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xACF5;&#xBD80; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAE30;&#xC220; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xCE69; &#xBC29;&#xBC95; &#xB9CE;&#xC740; &#xC131;&#xACF5;&#xC744; &#xC990;&#xAE30;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xBC1D;&#xD788;&#xAE30; &#xC218; &#xC5C6;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;&#xC5D0; &#xC81C;&#xD55C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xB098; &#xB780; &#xCEA1;&#xCC98; (3 C) &#xBC0F; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC6D0;&#xACA9; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xAC10;&#xC9C0; &#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC9C0;&#xB8E8;&#xD55C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB0AE;&#xC740; &#xC2E0;&#xD638; &#xB300; &#xC7A1;&#xC74C; &#xBE44;&#xC728;&#xC774; &#xACE0; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 3 C (&#xCE69;-3c) &#xCE69;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xAC83; &#xC54C;&#xB9CC; &#xC18C;&#xC74C;&#xC744; &#xAC10;&#xC18C; &#xB2E4;&#xC74C; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD0D0;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xADF8; &#xAC04;&#xB2E8;&#xD55C; &#xD63C;&#xD569; &#xCE69;&#xC758; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC0AC;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4; &#xBC0F; 3 C &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xAC00;&#xC591;&#xC131;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xC5B4;&#xC9C8; &#xAC83; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xB17C;&#xBB38;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD604;&#xC7AC; &#xCE69; &#xBC0F; 3 C-&#xAE30;&#xBC18; &#xBC29;&#xBC95;&#xB860; &#xD574; &#xBD80; &#xC544;&#xB2CC; &#xD2B9;&#xC815; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;, &#xBC18;&#xB300;&#xB85C; &#xD2B9;&#xC815; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0; &#xC124;&#xBA85; &#xD558; &#xACE0; &#xC811;&#xADFC; &#xC544;&#xB2CC; &#xD2B9;&#xC815; chromatin &#xC870;&#xAC01;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD2B9;&#xC815; chromatin &#xB2E8;&#xC9C0;&#xB97C; &#xAD6C;&#xBD84; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; sonication &#xAE30;&#xBC18; chromatin &#xC870;&#xAC01;&#xD654;, &#xCE69;&#xC5D0; &#xAE30;&#xCD08;&#xB97C; &#xB454; &#xB18D;&#xCD95;, chromatin &#xADFC;&#xC811; &#xACB0; &#xCC30; &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740;, &#xD3B8;&#xACAC;&#xB41C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2B9;&#xB9AC; &#xAD6C;&#xD604; &#xBC0F; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC758; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;, &#xC778;&#xAC04;&#xC758; chromatin interactomes &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xC158;&#xC744; &#xACF5;&#xBD80;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD544;&#xB4DC; &#xC124;&#xC815; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC774; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC30D; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC870;&#xD569; 3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xACF5;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xACB0;&#xB860;.

&#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; id &#xCE69; &#xAE30;&#xBC18; &#xBC29;&#xBC95;.

Inmunoprecipitaci&#xF3;n de cromatina (CHIP) es una t&#xE9;cnica importante para el estudio de las interacciones prote&#xED;na-ADN. Whole m&#xE9;todos chip del genoma han disfrutado de mucho &#xE9;xito, pero son limitados en cuanto a que no se puede revelar importantes interacciones de largo alcance de la cromatina. Captura de la conformaci&#xF3;n de cromosomas (3C) y los m&#xE9;todos relacionados son capaces de detectar las interacciones a distancia de la cromatina, pero son dispendiosos, tienen baja relaci&#xF3;n se&#xF1;al a ruido, y no todo el genoma. Aunque la adici&#xF3;n de chip a 3C (chip-3C) posiblemente podr&#xED;a reducir el ruido y la especificidad para la detecci&#xF3;n del aumento de la interacci&#xF3;n de la cromatina, existe la preocupaci&#xF3;n de que los simples protocolos de mezcla de la viruta y 3C se llevan a altos niveles de falsos positivos. En este ensayo, diseccionar las metodolog&#xED;as actuales de chip y 3C basado en normas, analizar los modelos de concreto frente a las interacciones de la cromatina no espec&#xED;ficos, y propone medidas para separar complejos espec&#xED;ficos de la cromatina a partir de fragmentos de cromatina no espec&#xED;ficos. Llegamos a la conclusi&#xF3;n de que la combinaci&#xF3;n de la fragmentaci&#xF3;n de la cromatina ultrasonidos basado en el enriquecimiento basada en el chip, la ligadura de la proximidad de la cromatina y pareadas final secuenciaci&#xF3;n de etiquetas de ultra-alto rendimiento va a ser una aplicaci&#xF3;n ganadora para el descubrimiento de todo el genoma, imparcial y de novo de largo alcance interacciones de la cromatina, lo que ayudar&#xE1; a establecer un nuevo campo para el estudio de la cromatina interactomes humanos y las redes de la regulaci&#xF3;n del genoma en espacios tridimensionales.

Chip basados &#x200B;&#x200B;en m&#xE9;todos para la identificaci&#xF3;n de las interacciones de largo alcance de la cromatina

&#x5168;&#x9762;&#x4E86;&#x89E3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x5143;&#x4EF6;&#x5C06;&#x9700;&#x8981;&#x5F7B;&#x5E95;&#x5BA1;&#x95EE;&#x548C;&#x4E2A;&#x522B;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x52AA;&#x529B;&#x5C06;&#x9700;&#x8981;&#x6539;&#x5584;&#x7684;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x548C; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x8D39;&#x7528;&#x3002;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E73;&#x53F0;&#x5177;&#x6709;&#x4EE4;&#x4EBA;&#x5370;&#x8C61;&#x6DF1;&#x523B;&#x7684;&#x4F4E;&#x6210;&#x672C;&#x548C;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#xFF0C;&#x4F46;&#x53D7;&#x5230;&#x77ED;&#x8BFB;&#x53D6;&#x957F;&#x5EA6;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x3002;&#x7ACB;&#x5373;&#x548C;&#x5F97;&#x5230;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x627F;&#x8BA4;&#x7684;&#x89E3;&#x51B3;&#x529E;&#x6CD5;&#x8FD9;&#x4E00;&#x5173;&#x952E;&#x9650;&#x5236;&#x662F;&#x4E3A;&#x5404;&#x79CD;&#x5E94;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x7EDF;&#x79F0;&#x4E3A;&#x5BA0;&#x7269;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6218;&#x7565;&#x7684;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0; (PET) &#x6D4B;&#x5E8F;&#x3001; &#x4E2D;&#x54EA;&#x4E9B;&#x77ED;&#x671F;&#x548C;&#x6210;&#x5BF9;&#x6807;&#x8BB0;&#x6240;&#x6458;&#x81EA;&#x7684;&#x957F; DNA &#x672B;&#x7AEF;&#x7247;&#x6BB5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x8D85;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x3002;&#x5BA0;&#x7269;&#x5E8F;&#x5217;&#x53EF;&#x4EE5;&#x51C6;&#x786E;&#x5730;&#x6620;&#x5C04;&#x5230;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5212;&#x5B9A;&#x5BA0;&#x7269;&#x4EE3;&#x8868; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8FB9;&#x754C;&#x548C;&#x66B4;&#x9732;&#x76EE;&#x6807; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x8EAB;&#x4EFD;&#x3002;&#x5BA0;&#x7269;&#x534F;&#x8BAE;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4E3A; transcriptomes&#xFF0C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#x4FEE;&#x6539;&#x7F51;&#x7AD9;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x8868;&#x89C2;&#x9057;&#x4F20;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;PET &#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x72EC;&#x5BB6;&#x4F18;&#x52BF;&#x662F;&#x5B83;&#x80FD;&#x591F;&#x63ED;&#x793A; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7AEF;&#x70B9;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x8054;&#x7CFB;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x4E00;&#x72EC;&#x7279;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x975E;&#x5E38;&#x89C4;&#x878D;&#x5408;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0A;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x548C;&#x9065;&#x8FDC;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5143;&#x7D20;&#x751A;&#x81F3;&#x5206;&#x5B50;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x53EF;&#x4EE5;&#x62C6;&#x6563;&#x7684;&#x5BA0;&#x7269;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5229;&#x7528; PET &#x6570;&#x636E;&#x53EF;&#x80FD;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6709;&#x6548;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x4E0E;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3001;&#xFF0C;interactomes&#xFF0C;&#x542F;&#x7528;&#x65B0;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x548C;&#x4E34;&#x5E8A;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;DNA &#x5206;&#x6790;&#x5176;&#x529F;&#x80FD;&#x591A;&#x6837;&#x4E14;&#x5F3A;&#x5927;&#x6027;&#x8D28;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x5BA0;&#x7269;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6218;&#x7565;&#x672A;&#x6765;&#x6709;&#x7740;&#x5149;&#x660E;&#x7684;&#x524D;&#x9014;&#x3002;

&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0; (PET)&#x3002;

Comprehensive understanding of functional elements in the human genome will require thorough interrogation and comparison of individual human genomes and genomic structures. Such an endeavor will require improvements in the throughputs and costs of DNA sequencing. Next-generation sequencing platforms have impressively low costs and high throughputs but are limited by short read lengths. An immediate and widely recognized solution to this critical limitation is the paired-end tag (PET) sequencing for various applications, collectively called the PET sequencing strategy, in which short and paired tags are extracted from the ends of long DNA fragments for ultra-high-throughput sequencing. The PET sequences can be accurately mapped to the reference genome, thus demarcating the genomic boundaries of PET-represented DNA fragments and revealing the identities of the target DNA elements. PET protocols have been developed for the analyses of transcriptomes, transcription factor binding sites, epigenetic sites such as histone modification sites, and genome structures. The exclusive advantage of the PET technology is its ability to uncover linkages between the two ends of DNA fragments. Using this unique feature, unconventional fusion transcripts, genome structural variations, and even molecular interactions between distant genomic elements can be unraveled by PET analysis. Extensive use of PET data could lead to efficient assembly of individual human genomes, transcriptomes, and interactomes, enabling new biological and clinical insights. With its versatile and powerful nature for DNA analysis, the PET sequencing strategy has a bright future ahead.

Next-generation DNA sequencing of paired-end tags (PET) for transcriptome and genome analyses.

Une compr&#xE9;hension approfondie des &#xE9;l&#xE9;ments fonctionnels dans le g&#xE9;nome humain, il faudra d&#x26;#39;interrogation approfondie et la comparaison des g&#xE9;nomes individuels de l&#x26;#39;homme et les structures g&#xE9;nomiques. Une telle entreprise n&#xE9;cessitera des am&#xE9;liorations dans les d&#xE9;bits et les co&#xFB;ts de s&#xE9;quen&#xE7;age de l&#x26;#39;ADN. Plates-formes de s&#xE9;quen&#xE7;age de nouvelle g&#xE9;n&#xE9;ration ont des co&#xFB;ts remarquablement faible et des d&#xE9;bits &#xE9;lev&#xE9;s, mais sont limit&#xE9;s par des longueurs de lecture courtes. Une solution imm&#xE9;diate et largement reconnue &#xE0; cette limitation critique est la balise de fin appari&#xE9;es (PET) de s&#xE9;quen&#xE7;age pour diverses applications, appel&#xE9;es collectivement la strat&#xE9;gie de s&#xE9;quen&#xE7;age PET, dans lequel les balises courtes et appari&#xE9;s sont extraites &#xE0; partir des extr&#xE9;mit&#xE9;s de longs fragments d&#x26;#39;ADN pour les ultra-haute s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0;-. Les s&#xE9;quences PET peut &#xEA;tre mis en correspondance avec pr&#xE9;cision le g&#xE9;nome de r&#xE9;f&#xE9;rence, ainsi d&#xE9;limiter les fronti&#xE8;res de fragments d&#x26;#39;ADN g&#xE9;nomique PET-repr&#xE9;sent&#xE9;s et r&#xE9;v&#xE9;lant des identit&#xE9;s des &#xE9;l&#xE9;ments d&#x26;#39;ADN cibles. Protocoles PET ont &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;velopp&#xE9;s pour les analyses de transcriptomes, les sites de liaison de facteurs de transcription, des sites &#xE9;pig&#xE9;n&#xE9;tiques telles que les sites de modification des histones, et les structures g&#xE9;nomiques. L&#x26;#39;avantage exclusif du PET est la technologie de sa capacit&#xE9; &#xE0; d&#xE9;couvrir des liens entre les deux extr&#xE9;mit&#xE9;s des fragments d&#x26;#39;ADN. Gr&#xE2;ce &#xE0; cette fonction unique, transcrits de fusion non conventionnelles, les variations du g&#xE9;nome structurelles, et m&#xEA;me des interactions mol&#xE9;culaires entre &#xE9;loign&#xE9;s des &#xE9;l&#xE9;ments g&#xE9;nomiques peuvent &#xEA;tre an&#xE9;antis par l&#x26;#39;analyse PET. L&#x26;#39;utilisation intensive des donn&#xE9;es TEP pourrait conduire &#xE0; un montage efficace des g&#xE9;nomes individuels de l&#x26;#39;homme, transcriptomes et interactomes, permettant de nouvelles d&#xE9;couvertes biologiques et cliniques. Avec sa nature souple et puissante pour l&#x26;#39;analyse d&#x26;#39;ADN, la strat&#xE9;gie de s&#xE9;quen&#xE7;age PET a un bel avenir.

La nouvelle g&#xE9;n&#xE9;ration de s&#xE9;quen&#xE7;age de l&#x26;#39;ADN de paires de gamme Tags (PET) pour les analyses du transcriptome et du g&#xE9;nome

Umfassendes Verst&auml;ndnis der Funktionselemente im menschlichen Genom erfordert gr&uuml;ndliche Befragung und Vergleich der einzelnen menschlichen Genom und genomischen Strukturen. Ein solches Unternehmen ben&ouml;tigen Verbesserungen in die Durchs&auml;tze und Kosten der DNA-Sequenzierung. Sequenzierung der n&auml;chsten Generation-Plattformen haben eindrucksvoll niedrige Kosten und hohe Durchs&auml;tze aber sind nur durch kurze lesen L&auml;ngen. Eine sofortige und allgemein anerkannte L&ouml;sung f&uuml;r diese wichtige Einschr&auml;nkung ist die Sequenzierung gepaart-Endtag (PET) f&uuml;r verschiedene Anwendungen, die zusammenfassend als Strategie die PET-Sequenzierung, in welche kurz- und gepaarten Tags aus den Enden der langen DNA extrahiert werden Fragmente f&uuml;r ultra-high-Throughput-Sequenzierung. Die PET-Sequenzen k&ouml;nnen genau das Referenz-Genom, also Abgrenzung der genomischen Grenzen der PET-dargestellte DNA-Fragmente und enth&uuml;llen die Identit&auml;ten der Ziel-DNA-Elemente zugeordnet werden. PET-Protokolle sind f&uuml;r die Analyse Transcriptomes, Transkription Faktor Bindungsstellen, epigenetische St&auml;tten wie Histon-&Auml;nderung-Sites und Genom-Strukturen entwickelt worden. Die exklusive Vorteile der PET-Technologie ist seine F&auml;higkeit, Verbindungen zwischen den beiden Enden der DNA-Fragmente zu entdecken. Mit dieser Besonderheit, unkonventionelle Verschmelzung Abschriften, k&ouml;nnen Genom strukturellen Variationen und sogar Molekulare Wechselwirkungen zwischen weit entfernten genomische Elemente durch PET-Analyse aufgel&ouml;st werden. Umfangreiche Verwendung von PET-Daten k&ouml;nnte zu effiziente Montage von einzelnen menschlichen Genom, Transcriptomes und Interactomes, erm&ouml;glicht neue biologische und klinische Erkenntnisse. Mit seiner vielseitigen und leistungsstarken Natur zur DNA-Analyse hat die PET-Sequenzierung-Strategie eine gl&auml;nzende Zukunft voraus.

N&auml;chsten Generation DNA-Sequenzierung gepaart-End-Tags (PET) f&uuml;r Transkriptom und Genom-Analysen.

Comprensione completa degli elementi funzionali del genoma umano richieder&agrave; approfondito interrogatorio e il confronto di genomi umani individuali e strutture genomic. Un tale sforzo richieder&agrave; un miglioramento della velocit&agrave; e i costi del sequenziamento del DNA. Piattaforme Next-generation sequencing sono straordinariamente bassi costi e alta velocit&agrave;, ma sono limitate da una breve lettura lunghezze. Una soluzione immediata e ampiamente riconosciuta a questa limitazione critica &egrave; il sequenziamento di tag di fine accoppiato (PET) per varie applicazioni, chiamate collettivamente la strategia di sequenziamento di PET, in quali tag brevi e accoppiati vengono estratti dalle estremit&agrave; di DNA lungo frammenti per ultra-high-throughput sequencing. Le sequenze di PET possono essere accuratamente mappate per il genoma di riferimento, cos&igrave; che delimitano i confini genomici dei frammenti del DNA rappresentata in PET e rivelare l&#39;identit&agrave; degli elementi del DNA bersaglio. Protocolli dell&#39;animale domestico sono stati sviluppati per l&#39;analisi di transcriptomes, i siti di legame fattore di trascrizione, siti epigenetici quali siti modifiche dell&#39;istone e strutture del genoma. L&#39;esclusivo vantaggio della tecnologia PET &egrave; la sua capacit&agrave; di scoprire i legami tra le due estremit&agrave; dei frammenti del DNA. Utilizzando questa caratteristica unica, trascrizioni di fusione non convenzionale, variazioni strutturali del genoma e addirittura molecolare interazioni tra elementi distanti genomici possono essere svelati da analisi PET. Uso intensivo di dati PET potrebbe portare a montaggio efficiente di genomi umani individuali, transcriptomes e interactomes, permettendo nuove conoscenze biologiche e cliniche. Con la sua natura versatile e potente per l&#39;analisi del DNA, la strategia di sequenziamento PET ha un futuro luminoso davanti.

Sequenziamento del DNA di nuova generazione di coppia-fine tag (PET) per analisi transcriptome e genoma.

&#x30D2;&#x30C8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x7406;&#x89E3;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x5FB9;&#x5E95;&#x7684;&#x306A;&#x5C0B;&#x554F;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x52AA;&#x529B;&#x306F;&#x3001;DNA&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x6539;&#x5584;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xB7;&#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x5370;&#x8C61;&#x7684;&#x306A;&#x4F4E;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x9AD8;&#x3044;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x77ED;&#x3044;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C9;&#x9577;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5236;&#x9650;&#x306B;&#x8FC5;&#x901F;&#x304B;&#x3064;&#x5E83;&#x304F;&#x8A8D;&#x77E5;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30BD;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x7DCF;&#x79F0;&#x3057;&#x3066;&#x77ED;&#x3044;&#x3068;&#x30DA;&#x30A2;&#x30BF;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x8D85;&#x9AD8;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9577;&#x3044;DNA&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x4E21;&#x7AEF;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x305F;PET&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x3001;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x7528;&#x9014;&#x306B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#xFF08;PET&#xFF09;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3002; PET&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304C;&#x6B63;&#x78BA;&#x306B;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;PET-&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x305F;DNA&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5883;&#x754C;&#x3092;&#x753B;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;DNA&#x306E;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x8EAB;&#x5143;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002; PET&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x4FEE;&#x98FE;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; PET&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x6392;&#x4ED6;&#x7684;&#x306A;&#x5229;&#x70B9;&#x306F;&#x3001;DNA&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x4E21;&#x7AEF;&#x9593;&#x306E;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308A;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x65AC;&#x65B0;&#x306A;&#x878D;&#x5408;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x69CB;&#x9020;&#x5909;&#x5316;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x306F;&#x9060;&#x3044;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x8981;&#x7D20;&#x9593;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x9593;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x3001;PET&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x89E3;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002; PET&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x4F7F;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x81E8;&#x5E8A;&#x7684;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;interactomes&#x306E;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002; DNA&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x6C4E;&#x7528;&#x6027;&#x3068;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x81EA;&#x7136;&#x3068;&#x3001;PET&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6226;&#x7565;&#x306F;&#x3001;&#x5148;&#x306B;&#x660E;&#x308B;&#x3044;&#x672A;&#x6765;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#x306E;&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x306E;DNA&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;PET&#xFF09;

&#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC694;&#xC18C;&#xC758; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xC774;&#xD574;&#xB294; &#xCCA0;&#xC800; &#xD558; &#xAC8C; &#xC2EC;&#xBB38; &#xD558; &#xACE0; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC870; &#xBE44;&#xAD50; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB178;&#xB825;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xC2DC;&#xAC04;&#xB2F9; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xAC1C;&#xC120; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCC28;&#xC138;&#xB300; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC; &#xC778;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xB0AE;&#xC740; &#xBE44;&#xC6A9;&#xACFC; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC9E7;&#xC740; &#xC77D;&#xAE30; &#xAE38;&#xC774; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xD55C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC911;&#xC694; &#xD55C;&#xC774; &#xC81C;&#xD55C;&#xC5D0; &#xC989;&#xAC01;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD558; &#xAC8C; &#xC778;&#xC2DD; &#xC194;&#xB8E8;&#xC158; &#xCD1D;&#xCE6D; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC804;&#xB7B5; &#xC774;&#xB77C;&#xACE0; &#xD558;&#xB294; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9DD; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; (PET) &#xC5F0;&#xC18D;, &#xC9E7;&#xACE0; &#xC30D; &#xD0DC;&#xADF8; &#xAE34; DNA&#xC758; &#xB05D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC870;&#xAC01;. &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xCC38;&#xC870; &#xAC8C;&#xB188;, &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xD45C;&#xD604; DNA &#xD30C;&#xD3B8;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xACBD;&#xACC4;&#xB97C; &#xAD6C;&#xBD84; &#xD558; &#xACE0; &#xB300;&#xC0C1; DNA &#xC694;&#xC18C; id &#xACF5;&#xAC1C;&#xC5D0; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xB9E4;&#xD551;&#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; transcriptomes, &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;, &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC870; &#xAC19;&#xC740; epigenetic &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xAE30;&#xC220; &#xB3C5;&#xC810; &#xC774;&#xC6A9; DNA &#xD30C;&#xD3B8;&#xC758; &#xB450; &#xB05D; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xD3ED;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;, &#xAC1C;&#xC131; &#xC788;&#xB294; &#xD4E8;&#xC804; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC870; &#xBCC0;&#xD615;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xBA3C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC694;&#xC18C; &#xAC04;&#xC5D0; &#xBD84;&#xC790; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; unraveled &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xBC0F; &#xC784;&#xC0C1; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;, transcriptomes, &#xBC0F; interactomes, &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. DNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD558; &#xACE0; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC790;&#xC5F0;, &#xD568;&#xAED8; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC804;&#xB7B5; &#xC11C; &#xBC1D;&#xC740; &#xBBF8;&#xB798;&#xB97C; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;.

&#xB2E4;&#xC74C; &#xC138;&#xB300;&#xC758; &#xC9DD; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; (&#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;) transcriptome &#xBC0F; &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D; DNA &#xC5F0;&#xC18D;.

Comprensi&#xF3;n integral de los elementos funcionales en el genoma humano, es necesario el interrogatorio a fondo y la comparaci&#xF3;n de genomas humanos individuales y estructuras gen&#xF3;micas. Este esfuerzo requerir&#xE1; de mejoras en los rendimientos y los costos de secuenciaci&#xF3;n del ADN. La pr&#xF3;xima generaci&#xF3;n de plataformas de secuenciaci&#xF3;n tienen unos costes incre&#xED;blemente bajos y rendimientos m&#xE1;s elevados, pero limitada por las longitudes de lectura cortas. Una soluci&#xF3;n inmediata y ampliamente reconocida a esta limitaci&#xF3;n fundamental es la etiqueta de dos a dos final (PET), la secuenciaci&#xF3;n para diversas aplicaciones, llamadas colectivamente la estrategia de secuenciaci&#xF3;n de PET, en el que las etiquetas cortas y en parejas se extraen de los extremos de los fragmentos de ADN de longitud para ultra-alta rendimiento de la secuenciaci&#xF3;n. Las secuencias de PET pueden ser adecuadamente asignada al genoma de referencia, por lo que la demarcaci&#xF3;n de los l&#xED;mites de fragmentos de ADN gen&#xF3;mico de PET-representados y revelar la identidad de los elementos de ADN diana. Protocolos de PET han sido desarrolladas para el an&#xE1;lisis de transcriptomes, sitios de uni&#xF3;n del factor de transcripci&#xF3;n, sitios epigen&#xE9;ticos como los sitios de modificaci&#xF3;n de las histonas y las estructuras del genoma. La ventaja exclusiva de la tecnolog&#xED;a PET es su capacidad para descubrir los v&#xED;nculos entre los dos extremos de los fragmentos de ADN. Usando esta caracter&#xED;stica &#xFA;nica, las transcripciones no convencionales de fusi&#xF3;n, las variaciones del genoma estructurales, e incluso las interacciones moleculares entre las distantes elementos gen&#xF3;micos pueden ser descifrados por el an&#xE1;lisis de PET. El uso extensivo de los datos de PET podr&#xED;a dar lugar a un montaje eficaz de cada uno de los genomas humanos, transcriptomes y interactomes, permitiendo a los nuevos conocimientos biol&#xF3;gicos y cl&#xED;nicos. Con su naturaleza vers&#xE1;til y potente para el an&#xE1;lisis de ADN, la estrategia de secuenciaci&#xF3;n de PET tiene un futuro brillante por delante.

La pr&#xF3;xima generaci&#xF3;n de secuenciaci&#xF3;n del ADN de las etiquetas de cierre apareadas (PET) para los an&#xE1;lisis de transcriptoma y Genoma

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x4E3A;&#x9AD8;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x4E09;&#x7EF4;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C; DNA &#x5143;&#x7D20;&#x957F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x76F8;&#x8DDD;&#x6700;&#x8FDC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5728;&#x539F;&#x5219;&#x4E2D;&#x4EA4;&#x4E92;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x8BB8;&#x591A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x57FA;&#x56E0;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x4ECE;&#x5C06;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x9065;&#x8FDC;&#x7684;&#x8C03;&#x63A7; DNA &#x5143;&#x4EF6;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x5DF2;&#x88AB;&#x8BC1;&#x660E;&#x8981;&#x8C03;&#x8282;&#x8F6C;&#x5F55;&#x5728;&#x51E0;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF0C;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x53CA;&#x5176;&#x5BF9;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x6CA1;&#x6709;&#x8C03;&#x67E5;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x7684;&#x6218;&#x7565;&#x53D1;&#x5C55;&#x3001; &#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x7684; de novo &#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x6211;&#x4EEC;&#x5168;&#x9762;&#x6620;&#x5C04;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4E92;&#x52A8;&#x7F51;&#x7EDC;&#x53D7;&#x96CC;&#x6FC0;&#x7D20;&#x53D7;&#x4F53; &alpha; (ER-&alpha;) &#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217; (&#x5609; PET) &#x7684;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x6700;&#x9AD8;&#x4FE1;&#x5FC3;&#x8FDC;&#x7A0B; ER-&alpha; &#x7ED3;&#x5408;&#x7AD9;&#x70B9;&#x90FD;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7684;&#x4EA4;&#x4E92;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E; ER-&alpha; &#x51FD;&#x6570;&#x7684;&#x5FAA;&#x73AF;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E00;&#x8D77;&#x534F;&#x8C03;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x6784;&#x6210;&#x5728;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x8282;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

&#x96CC;&#x6FC0;&#x7D20;&#x53D7;&#x4F53; &alpha; &#x7ED1;&#x5B9A;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28; interactome&#x3002;

Genomes are organized into high-level three-dimensional structures, and DNA elements separated by long genomic distances can in principle interact functionally. Many transcription factors bind to regulatory DNA elements distant from gene promoters. Although distal binding sites have been shown to regulate transcription by long-range chromatin interactions at a few loci, chromatin interactions and their impact on transcription regulation have not been investigated in a genome-wide manner. Here we describe the development of a new strategy, chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing (ChIA-PET) for the de novo detection of global chromatin interactions, with which we have comprehensively mapped the chromatin interaction network bound by oestrogen receptor alpha (ER-alpha) in the human genome. We found that most high-confidence remote ER-alpha-binding sites are anchored at gene promoters through long-range chromatin interactions, suggesting that ER-alpha functions by extensive chromatin looping to bring genes together for coordinated transcriptional regulation. We propose that chromatin interactions constitute a primary mechanism for regulating transcription in mammalian genomes.

An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome.

G&#xE9;nomes sont organis&#xE9;s en haut niveau des structures tridimensionnelles, et des &#xE9;l&#xE9;ments d&#x26;#39;ADN s&#xE9;par&#xE9;es par de longues distances g&#xE9;nomiques peut interagir fonctionnellement en principe. De nombreux facteurs de transcription se lient &#xE0; des &#xE9;l&#xE9;ments d&#x26;#39;ADN r&#xE9;gulatrices &#xE9;loign&#xE9;es de promoteurs de g&#xE8;nes. Bien que distales des sites de liaison ont &#xE9;t&#xE9; montr&#xE9; pour r&#xE9;guler la transcription par la chromatine interactions &#xE0; longue port&#xE9;e &#xE0; quelques loci, les interactions de la chromatine et leur impact sur r&#xE9;gulation de la transcription n&#x26;#39;ont pas &#xE9;t&#xE9; &#xE9;tudi&#xE9;s d&#x26;#39;une mani&#xE8;re &#xE9;chelle du g&#xE9;nome. Nous d&#xE9;crivons ici le d&#xE9;veloppement d&#x26;#39;une nouvelle strat&#xE9;gie, analyse de l&#x26;#39;interaction de la chromatine par tag appari&#xE9;es fin s&#xE9;quen&#xE7;age (Chia-PET) pour la d&#xE9;tection de novo des interactions chromatine mondiaux, avec lesquels nous avons compl&#xE8;tement cartographi&#xE9; le r&#xE9;seau d&#x26;#39;interaction chromatine li&#xE9; par des r&#xE9;cepteurs des oestrog&#xE8;nes alpha ( ER-alpha) dans le g&#xE9;nome humain. Nous avons constat&#xE9; que la plupart des sites de haute confiance distance ER-alpha-contraignant sont ancr&#xE9;s &#xE0; des promoteurs de g&#xE8;nes gr&#xE2;ce &#xE0; des interactions &#xE0; longue port&#xE9;e chromatine, ce qui sugg&#xE8;re que ER-alpha fonctions par la chromatine vaste boucle pour mettre les g&#xE8;nes ensemble pour la r&#xE9;gulation transcriptionnelle coordonn&#xE9;e. Nous proposons que les interactions chromatine constituent un m&#xE9;canisme essentiel pour la r&#xE9;gulation de la transcription dans les g&#xE9;nomes de mammif&#xE8;res.

Une oestrog&#xE8;ne-r&#xE9;cepteur alpha-humaine li&#xE9;e chromatine Interactome

Genome sind in hochrangigen dreidimensionale Strukturen organisiert und DNA-Elemente getrennt durch lange genomische Entfernungen k&ouml;nnen grunds&auml;tzlich interagieren funktional. Viele Transkriptionsfaktoren binden an regulatorischen DNA-Elemente, die weit entfernt von Gen-Promotoren. Obwohl distale Bindungsstellen zur Regulierung der Transkription durch weitr&auml;umige Chromatin Wechselwirkungen bei einigen Loci nachweislich, wurden Chromatin Wechselwirkungen und ihre Auswirkungen auf die Transkription-Verordnung nicht in einer genomweiten Weise untersucht. Hier beschreiben wir die Entwicklung einer neuen Strategie, Chromatin-Interaktionsanalyse von gepaart-Endtag Sequenzierung (ChIA-PET) f&uuml;r die de Novo-Erkennung von globalen Chromatin-Interaktionen, mit denen wir umfassend das Chromatin Interaktion Netzwerk gebunden durch &Ouml;strogen-Rezeptor Alpha (ER-Alpha) im menschlichen Genom zugeordnet haben. Wir fanden, dass die meisten hoch-Vertrauen entfernte ER-Alpha-Bindungsstellen an gen-Promotoren durch weitr&auml;umige Chromatin Interaktionen, was darauf hindeutet, dass ER-Alpha durch umfangreiche Chromatin Schleifen um Gene f&uuml;r koordinierte TRANSKRIPTIONSREGULATION zusammenbringen Funktionen verankert sind. Wir schlagen vor, Chromatin-Interaktionen ein Hauptmechanismus f&uuml;r die Regulierung der Transkription in S&auml;ugetier-Genome darstellen.

Eine &Ouml;strogen-Rezeptor-Alpha-Bound menschlichen Chromatin Interaktom.

Genomi sono organizzati in strutture tridimensionali ad alto livello, e gli elementi di DNA separati da distanze lunghe genomiche possono in linea di principio interagire funzionalmente. Molti fattori di trascrizione associare a elementi regolatori del DNA lontani da promotori del gene. Sebbene i siti di legame distale hanno dimostrati di regolare la trascrizione di interazioni a lungo raggio della cromatina in alcuni loci, le interazioni della cromatina e il loro impatto sulla regolazione di trascrizione non sono state indagate in maniera genome-wide. Qui descriviamo la sviluppo di una nuova strategia, analisi di interazione della cromatina fine accoppiato Tag sequenziamento (ChIA-PET) per la rilevazione di novo de di interazioni globali della cromatina, con cui noi abbiamo mappato completamente la rete di interazione della cromatina vincolata da alfa del ricevitore dell&#39;estrogeno (ER-alpha) nel genoma umano. Abbiamo trovato che pi&ugrave; alta la fiducia remoti ER-alfa-siti di legame sono ancorati a promotori del gene attraverso interazioni a lungo raggio della cromatina, suggerendo che ER-alfa funzioni da cromatina vasta ciclo per riunire i geni per la regolazione di transcriptional coordinato. Proponiamo che le interazioni della cromatina costituiscono un meccanismo primario per la regolazione della trascrizione nei genomi dei mammiferi.

Un umano cromatina con estrogeni-recettore alfa-associazione interactome.

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x69CB;&#x9020;&#x306B;&#x7DE8;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x9577;&#x3044;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x8DDD;&#x96E2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x305F;DNA&#x306E;&#x8981;&#x7D20;&#x306F;&#x3001;&#x539F;&#x7406;&#x7684;&#x306B;&#x306F;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x5BFE;&#x8A71;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x9060;&#x3044;&#x8ABF;&#x7BC0;DNA&#x30A8;&#x30EC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x9060;&#x4F4D;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3068;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3078;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3067;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x691C;&#x8A0E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x30A8;&#x30B9;&#x30C8;&#x30ED;&#x30B2;&#x30F3;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x3B1;&#xFF08;&#x306B;&#x62D8;&#x675F;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;de novo&#x691C;&#x51FA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;CHIA-PET&#xFF09;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x6226;&#x7565;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x89E3;&#x6790;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D2;&#x30C8;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;ER-&#x3B1;&#xFF09;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;ER-&#x3B1;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304C;&#x8ABF;&#x6574;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;ER-&#x3B1;-&#x7D50;&#x5408;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x9AD8;&#x3044;&#x4FE1;&#x983C;&#x6027;&#x306E;&#x30EA;&#x30E2;&#x30FC;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304C;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306B;&#x56FA;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x3002;

&#x30A8;&#x30B9;&#x30C8;&#x30ED;&#x30B2;&#x30F3;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;-&#x3B1;-&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x30D2;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x30E9;&#x30AF;

&#xAC8C;&#xB188;&#xC740; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC758; 3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xAD6C;&#xC870;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB418;&#xC5B4; &#xACE0; DNA &#xC694;&#xC18C; &#xAD6C;&#xBD84; &#xD558; &#xAE34; &#xAC8C;&#xB188; &#xAC70;&#xB9AC; &#xC5EC; &#xC218; &#xC6D0;&#xCE59;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC791;&#xC6A9; &#xAE30;&#xB2A5;. &#xB9CE;&#xC740; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD504;&#xB85C;&#xBAA8;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBA3C; &#xADDC;&#xC81C; DNA &#xC694;&#xC18C;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6D0;&#xC2EC; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBA87; loci&#xC5D0; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC804;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC870;&#xC808; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;, &#xBE44;&#xB85D; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xC804;&#xC0AC; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xC9C0;&#xB294;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC9DD; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; (ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;)&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC885;&#xD569;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC2A4; &#xD2B8;&#xB85C; &#xAC90; &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4; &#xC54C;&#xD30C; (ER-&#xC54C;&#xD30C;)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAD6C;&#xC18D; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xB9E4;&#xD551; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xAC80;&#xCD9C;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC804;&#xB7B5;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;, chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC11D; &#xAE30;&#xC220;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC751;&#xAE09;&#xC2E4; &#xC54C;&#xD30C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; chromatin &#xC870;&#xC815;&#xB41C; transcriptional &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD568;&#xAED8;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xBC18;&#xBCF5; &#xD558; &#xC5EC; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC81C;&#xC548; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD504;&#xB85C;&#xBAA8;&#xD130;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; &#xC790;&#xC2E0;&#xAC10; &#xC6D0;&#xACA9; &#xC751;&#xAE09;&#xC2E4; &#xC54C;&#xD30C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xACE0;&#xC815;&#xC744; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xAD6C;&#xC131; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC804;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC870;&#xC808; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xBCF8; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC2A4; &#xD2B8;&#xB85C; &#xAC90; &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4; &#xC54C;&#xD30C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; chromatin &#xC704;&#xD558;&#xC5EC;.

Genomas est&#xE1;n organizados en alto nivel de estructuras tridimensionales, y elementos de ADN separados por largas distancias gen&#xF3;micas pueden, en principio interactuar funcionalmente. Muchos factores de transcripci&#xF3;n se unen a elementos reguladores de DNA distantes de los promotores de genes. Aunque distantes sitios de uni&#xF3;n se ha demostrado que regulan la transcripci&#xF3;n de la cromatina por las interacciones de largo alcance de unos pocos loci, las interacciones de la cromatina y su impacto sobre la regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n no se han investigado de una manera en todo el genoma. Aqu&#xED; se describe el desarrollo de una nueva estrategia, el an&#xE1;lisis de la interacci&#xF3;n de la cromatina con etiqueta secuencia de dos a dos finales (Chia-PET) para la detecci&#xF3;n de novo de las interacciones globales, la cromatina con la que hemos comprensiblemente proyect&#xF3; la red de interacci&#xF3;n de la cromatina obligado por los receptores de estr&#xF3;genos alfa ( ER-alfa) en el genoma humano. Se encontr&#xF3; que los sitios m&#xE1;s remotos de alta confianza de ER-alfa-uni&#xF3;n est&#xE1;n ancladas en los promotores de genes de la cromatina a trav&#xE9;s de interacciones de largo alcance, lo que sugiere que ER-alfa por parte de las funciones de la cromatina extensa bucle para que los genes en conjunto para la regulaci&#xF3;n transcripcional coordinada. Proponemos que las interacciones de la cromatina constituye un mecanismo esencial para la regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n en los genomas de mam&#xED;feros.

Un interactoma humano estr&#xF3;geno-receptor alfa unido a la cromatina

&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;CHIA-PET&#xFF09;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x6B21;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x3001;de novo&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6280;&#x8853;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x30DB;&#x30EB;&#x30E0;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C7;&#x30D2;&#x30C9;&#x3067;&#x51E6;&#x7406;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x56E0;&#x5B50;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;DNA&#x30BB;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;DNA&#x65AD;&#x7247;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x8FD1;&#x63A5;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#xFF08;PET&#xFF09;&#x6226;&#x7565;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x914D;&#x5217;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;CHIA-PET&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x69CB;&#x7BC9;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x751F;PET&#xB7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x56E0;&#x5B50;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5A92;&#x4ECB;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3068;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3067;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;Roche/454&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x30A4;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x3068;&#x3001;&#x54FA;&#x4E73;&#x52D5;&#x7269;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;CHIA-PET&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x89E3;&#x6790;

Chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC11D; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC30D; &#xC5D4;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;)&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAE30;&#xC220; &#xB192;&#xC740; &#xC21C;&#xC11C; chromatin &#xAD6C;&#xC870; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8;, &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC140; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xAD50;&#xCC28; &#xD558;&#xB294; &#xD3EC;&#xB984;&#xC54C;&#xB370;&#xD788;&#xB4DC;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xCC98;&#xB9AC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558; &#xACE0; chromatin immunoprecipitation DNA &#xC138;&#xADF8;&#xBA3C;&#xD2B8; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC694;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C;&#xB294; &#xB18D;&#xCD95; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; DNA &#xC870;&#xAC01;&#xC744; &#xB2E4;&#xC74C; &#xADFC;&#xC811; &#xACB0; &#xCC30;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCEA1;&#xCC98;&#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC30D; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; (&#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;) &#xC804;&#xB7B5; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xCC28;&#xC138;&#xB300; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; &#xAC74;&#xC124;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6D0;&#xC2DC; &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xC815;&#xBCF4;&#xD559; &#xBD84;&#xC11D;, &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778;&#xC790;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC911;&#xC7AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC;&#xB97C; &#xBC1B;&#xAC8C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xB2E8;&#xC704;&#xB294; &#xB85C;&#xC288;/454 &#xBC0F; Illumina &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xC751;&#xC6A9;&#xACFC; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC744; &#xC124;&#xBA85;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC11D; &#xC9DD; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC21C;&#xC11C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;.

An&#xE1;lisis de la cromatina Interacci&#xF3;n con acoplados-End Tag secuenciaci&#xF3;n (Chia-PET) es una t&#xE9;cnica desarrollada a gran escala, el an&#xE1;lisis de novo de las estructuras de la cromatina de orden superior. Las c&#xE9;lulas se tratan con formaldeh&#xED;do a las interacciones cromatina reticular, segmentos de ADN vinculados por factores proteicos son enriquecidos por inmunoprecipitaci&#xF3;n de la cromatina, e interactuar fragmentos de ADN son capturados por la ligadura de proximidad. El pareadas extremo de la etiqueta (PET), la estrategia se aplica a la construcci&#xF3;n de Chia-PET bibliotecas, que son secuenciados por tecnolog&#xED;as de alto rendimiento de secuenciaci&#xF3;n de pr&#xF3;xima generaci&#xF3;n. Finalmente, las secuencias primas PET se someti&#xF3; a an&#xE1;lisis bioinform&#xE1;tica, resultando en un mapa en todo el genoma de sitios de uni&#xF3;n y de las interacciones cromatina mediadas por el factor de prote&#xED;na en estudio. Esta unidad describe CHIA-PET para todo el genoma an&#xE1;lisis de las interacciones de la cromatina en c&#xE9;lulas de mam&#xED;feros, con la aplicaci&#xF3;n de Roche/454 y las tecnolog&#xED;as de secuenciaci&#xF3;n de Illumina.

La cromatina An&#xE1;lisis de Interacci&#xF3;n Con dos a dos finales de secuenciaci&#xF3;n de etiquetas

&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x4F7F;&#x7528;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D4B;&#x5E8F; (&#x5609; PET) &#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x6280;&#x672F;&#x5F00;&#x53D1;&#x9AD8;&#x9636;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x3001; de novo &#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x6CBB;&#x7597;&#x7532;&#x919B;&#x4EE5;&#x4EA4;&#x8054;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3001; &#x86CB;&#x767D;&#x56E0;&#x5B50;&#x53D7;&#x7EA6;&#x675F;&#x7684; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x7531;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0;&#xFF0C;&#x6D53;&#x7F29;&#x548C;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#xFF0C;&#x7136;&#x540E;&#x88AB;&#x63A5;&#x8FD1;&#x7ED3;&#x624E;&#x3002;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0; (PET) &#x7B56;&#x7565;&#x5C06;&#x5E94;&#x7528;&#x5230;&#x5609;&#x5BA0;&#x7269;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x7684;&#x65B0;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x539F;&#x59CB;&#x7684;&#x5BA0;&#x7269;&#x5E8F;&#x5217;&#x90FD;&#x53D7;&#x5230;&#x4EA7;&#x751F;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0B;&#x7814;&#x7A76;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x56E0;&#x5B50;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x56FE;&#x4E2D;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x6B64;&#x5355;&#x5143;&#x63CF;&#x8FF0;&#x5609;&#x5BA0;&#x7269;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x5728;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0E;&#x7F57;&#x6C0F;/454 &#x548C;&#x7167;&#x6392;&#x80F6;&#x7247;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x5E94;&#x7528;&#x3002;

&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x4F7F;&#x7528;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

Chromatin Interaction Analysis using Paired-End Tag sequencing (ChIA-PET) is a technique developed for large-scale, de novo analysis of higher-order chromatin structures. Cells are treated with formaldehyde to cross-link chromatin interactions, DNA segments bound by protein factors are enriched by chromatin immunoprecipitation, and interacting DNA fragments are then captured by proximity ligation. The Paired-End Tag (PET) strategy is applied to the construction of ChIA-PET libraries, which are sequenced by high-throughput next-generation sequencing technologies. Finally, raw PET sequences are subjected to bioinformatics analysis, resulting in a genome-wide map of binding sites and chromatin interactions mediated by the protein factor under study. This unit describes ChIA-PET for genome-wide analysis of chromatin interactions in mammalian cells, with the application of Roche/454 and Illumina sequencing technologies.

Chromatin interaction analysis using paired-end tag sequencing.

Analyse de l&#x26;#39;interaction en utilisant la chromatine Tag Paired-End s&#xE9;quen&#xE7;age (Chia-PET) est une technique d&#xE9;velopp&#xE9;e &#xE0; grande &#xE9;chelle, l&#x26;#39;analyse de novo des structures chromatiniennes d&#x26;#39;ordre sup&#xE9;rieur. Les cellules sont trait&#xE9;es avec du formald&#xE9;hyde &#xE0; des interactions chromatine r&#xE9;ticuler, des segments d&#x26;#39;ADN li&#xE9;s par des facteurs prot&#xE9;iques sont enrichies par immunopr&#xE9;cipitation de la chromatine, et l&#x26;#39;interaction des fragments d&#x26;#39;ADN sont alors captur&#xE9;s par ligature de proximit&#xE9;. Le appari&#xE9;s balise de fin (PET) strat&#xE9;gie est appliqu&#xE9;e &#xE0; la construction de Chia-PET biblioth&#xE8;ques, qui sont s&#xE9;quenc&#xE9;s par technologies &#xE0; haut d&#xE9;bit de s&#xE9;quen&#xE7;age de prochaine g&#xE9;n&#xE9;ration. Enfin, PET s&#xE9;quences premi&#xE8;res sont soumises &#xE0; une analyse bioinformatique, r&#xE9;sultant en une carte du g&#xE9;nome entier de sites de liaison et les interactions de chromatine m&#xE9;di&#xE9;es par le facteur prot&#xE9;ique &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;tude. Cette unit&#xE9; d&#xE9;crit Chia-PET pour l&#x26;#39;ensemble du g&#xE9;nome d&#x26;#39;analyse des interactions dans la chromatine des cellules de mammif&#xE8;res, avec l&#x26;#39;application de Roche/454 et technologies de s&#xE9;quen&#xE7;age Illumina.

Analyse de l&#x26;#39;interaction chromatine utilisant le s&#xE9;quen&#xE7;age de Tag Paired-end

Chromatin-Interaktionsanalyse mit Paired-End Tag Sequenzierung (ChIA-PET) ist eine Technik f&uuml;r gro&szlig; angelegte, de-Novo-Analyse von h&ouml;herer Ordnung Chromatin Strukturen entwickelt. Zellen werden behandelt mit Formaldehyd zu Chromatin Interaktionen sich vernetzen, DNA-Segmente, die durch Protein-Faktoren gebunden sind von Chromatin Immunopr&auml;zipitation bereichert und interagierenden DNA-Fragmente werden dann von N&auml;he Verbindung erfasst. Die Paired-End Tag (PET)-Strategie wird auf den Bau von ChIA-PET Bibliotheken, angewandt von Hochdurchsatz-kommende Technologien sequenziert werden. Schlie&szlig;lich unterliegen rohe PET-Sequenzen Bioinformatik-Analyse, was zu einer genomweiten Karte von binding Sites und Chromatin-Interaktionen, die von der Protein-Faktor unter Studie vermittelt. Diese Ma&szlig;einheit beschreibt ChIA-PET f&uuml;r genomweiten Analyse der Chromatin-Interaktionen in den S&auml;ugetier-Zellen, mit der Anwendung von Roche/454 und Illumina Sequenzierung.

Chromatin-Interaktionsanalyse mit gepaart-Endtag Sequenzierung.

Cromatina interazione analisi mediante sequenziamento Tag associati-fine (ChIA-PET) &egrave; una tecnica sviluppata su larga scala, de novo analisi delle strutture di ordine superiore della cromatina. Le cellule sono trattate con formaldeide per cross-link interazioni della cromatina, segmenti di DNA vincolati da fattori della proteina sono arricchiti di immunoprecipitazione della cromatina e interagenti frammenti di DNA vengono quindi catturati da legatura di prossimit&agrave;. La strategia di abbinamento-End Tag (PET) &egrave; applicata alla costruzione di librerie di ChIA-PET, che sono sequenziati da tecnologie di sequenziamento di nuova generazione ad alta velocit&agrave;. Infine, prime sequenze PET sono sottoposti ad analisi bioinformatica, risultante in una mappa di genome-wide di associazione siti e interazioni della cromatina mediate dalla proteina del fattore in fase di studio. Questa unit&agrave; descrive ChIA-PET per l&#39;analisi genome-wide di interazioni della cromatina in cellule di mammiferi, con l&#39;applicazione di tecnologie di sequenziamento Roche/454 e Illumina.

Analisi di interazione della cromatina mediante sequenziamento del tag di fine accoppiato.

An&#xE1;lisis de la interacci&#xF3;n de la cromatina con la etiqueta de secuenciaci&#xF3;n de dos a dos finales (Chia-PET) es una nueva tecnolog&#xED;a para estudiar todo el genoma interacciones de largo alcance de la cromatina obligados por factores proteicos. Aqu&#xED; presentamos CHIA-PET de herramientas, un paquete de software para el procesamiento autom&#xE1;tico de datos de secuencias CHIA-PET, incluyendo el filtrado de vinculador, asignando etiquetas a los genomas de referencia, la identificaci&#xF3;n de sitios de uni&#xF3;n a prote&#xED;nas y las interacciones de la cromatina y que manifiestan los resultados en un genoma navegador gr&#xE1;fico. CHIA-PET herramienta es r&#xE1;pida, precisa y completa, f&#xE1;cil de usar y de c&#xF3;digo abierto (disponible en http://chiapet.gis.a-star.edu.sg).

CHIA-PET instrumento para el an&#xE1;lisis integral de la cromatina Interacci&#xF3;n con la secuencia de etiquetas pareadas final

&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x4E0E;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x5E8F;&#x5217; (&#x5609; PET) &#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x7684;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x7814;&#x7A76;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8FDC;&#x8DDD;&#x79BB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x86CB;&#x767D;&#x56E0;&#x7D20;&#x7684;&#x7EA6;&#x675F;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x5609;&#x5BA0;&#x7269;&#x5DE5;&#x5177;&#xFF0C;&#x5609;&#x5BA0;&#x7269;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x7B5B;&#x9009;&#x3001; &#x6620;&#x5C04;&#x6807;&#x8BB0;&#x94FE;&#x63A5;&#x5668;&#x5F15;&#x7528;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x81EA;&#x52A8;&#x5904;&#x7406;&#x8F6F;&#x4EF6;&#x5305;&#x8BC6;&#x522B;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x5177;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x548C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x56FE;&#x5F62;&#x5316;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4F;&#x89C8;&#x5668;&#x4E0A;&#x663E;&#x793A;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;&#x5609;&#x5BA0;&#x7269;&#x5DE5;&#x5177;&#x662F;&#x5FEB;&#x901F;&#x3001; &#x51C6;&#x786E;&#x3001; &#x5168;&#x9762;&#x3001; &#x53CB;&#x597D;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5F00;&#x653E;&#x6E90; &#xFF08;&#x53D1;&#x552E; http://chiapet.gis.a-star.edu.sg&#xFF09;&#x3002;

&#x5609;&#x5BA0;&#x7269;&#x5DE5;&#x5177;&#x5168;&#x9762;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x4E0E;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5;&#x3002;

Chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing (ChIA-PET) is a new technology to study genome-wide long-range chromatin interactions bound by protein factors. Here we present ChIA-PET Tool, a software package for automatic processing of ChIA-PET sequence data, including linker filtering, mapping tags to reference genomes, identifying protein binding sites and chromatin interactions, and displaying the results on a graphical genome browser. ChIA-PET Tool is fast, accurate, comprehensive, user-friendly, and open source (available at http://chiapet.gis.a-star.edu.sg).

ChIA-PET tool for comprehensive chromatin interaction analysis with paired-end tag sequencing.

Analyse de l&#x26;#39;interaction avec le tag chromatine appari&#xE9;es fin s&#xE9;quen&#xE7;age (Chia-PET) est une nouvelle technologie pour &#xE9;tudier l&#x26;#39;ensemble du g&#xE9;nome des interactions &#xE0; longue port&#xE9;e chromatine li&#xE9;s par des facteurs prot&#xE9;iques. Ici, nous pr&#xE9;sentons Chia-PET Tool, un logiciel de traitement automatique des donn&#xE9;es de s&#xE9;quence Chia-PET, y compris le filtrage de liaison, la cartographie des balises &#xE0; g&#xE9;nomes de r&#xE9;f&#xE9;rence, les sites de liaison de prot&#xE9;ines d&#x26;#39;identification et les interactions chromatine, et afficher les r&#xE9;sultats sur un navigateur graphique g&#xE9;nome. Chia-PET outil est rapide, pr&#xE9;cis, complet, convivial, et l&#x26;#39;open source (disponible &#xE0; l&#x26;#39;adresse http://chiapet.gis.a-star.edu.sg).

Chia-PET Outil d&#x26;#39;analyse de la chromatine interaction compl&#xE8;te avec s&#xE9;quen&#xE7;age Tag appari&#xE9;s fin

Chromatin-Interaktionsanalyse mit Sequenzierung (ChIA-PET) gepaart-End-Tag ist eine neue Technologie, genomweiten Langstrecken Chromatin-Interaktionen durch Protein-Faktoren gebunden zu studieren. Hier pr&auml;sentieren wir ChIA-PET-Tool, ein Software-Paket f&uuml;r die automatische Verarbeitung von ChIA-PET-Sequenzdaten, einschlie&szlig;lich Linker filtern, Zuordnen von Markierungen wenn auf die Genome, Protein binden Websites und Chromatin-Interaktionen und die Resultate auf einem grafischen Genom-Browser zu identifizieren. ChIA-PET-Tool ist schnell, pr&auml;zise, umfassende, benutzerfreundliche und offene Quelle (verf&uuml;gbar unter http://chiapet.gis.a-star.edu.sg).

ChIA-PET-Tool f&uuml;r umfassende Chromatin Interaktionsanalyse mit gepaart-Endtag Sequenzierung.

Analisi di interazione della cromatina con etichetta fine accoppiato sequenziamento (ChIA-PET) sono una nuova tecnologia per studiare le interazioni a lungo raggio cromatina genome-wide vincolate da fattori della proteina. Qui vi presentiamo strumento ChIA-PET, un pacchetto software per l&#39;elaborazione automatica dei dati di sequenza ChIA-PET, tra cui linker, filtrazione, mapping di tag per fare riferimento a genomi, identificando la proteina binding siti e le interazioni della cromatina e visualizzazione dei risultati su un grafico genome browser. Strumento chIA-PET &egrave; veloce, accurato, completo, user-friendly e open source (disponibile presso http://chiapet.gis.a-star.edu.sg).

ChIA-PET strumento per l&#39;analisi di interazione completa della cromatina con sequenziamento del tag di fine accoppiato.

&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;CHIA-PET&#xFF09;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x56E0;&#x5B50;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CE;&#x30ED;&#x30B8;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;CHIA-PET&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AB;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30BF;&#x30B0;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3068;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30AB;&#x30EB;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30D6;&#x30E9;&#x30A6;&#x30B6;&#x4E0A;&#x306B;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x3092;&#x542B;&#x3080;CHIA-PET&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x81EA;&#x52D5;&#x51E6;&#x7406;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30BD;&#x30D5;&#x30C8;&#x30A6;&#x30A7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30C3;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B8;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; CHIA-PET&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x901F;&#x3067;&#x6B63;&#x78BA;&#x3001;&#x200B;&#x200B;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x3001;&#x30E6;&#x30FC;&#x30B6;&#x30FC;&#x30D5;&#x30EC;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30FC;&#x3001;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30F3;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#xFF08;http://chiapet.gis.a-star.edu.sg&#x3067;&#x5165;&#x624B;&#x53EF;&#x80FD;&#xFF09;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DA;&#x30A2;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30BF;&#x30B0;&#x3068;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;CHIA-PET&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;

&#xC9DD; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; (ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;)&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC11D; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC694;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xC220;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xD604;&#xC7AC; ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xB3C4;&#xAD6C;, ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xD544;&#xD130;&#xB9C1;, &#xD0DC;&#xADF8; &#xB9E4;&#xD551;&#xB97C; &#xCC38;&#xC870; &#xAC8C;&#xB188;, &#xB9C1;&#xCEE4; &#xB4F1;&#xC758; &#xC790;&#xB3D9; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD574; &#xC18C;&#xD504;&#xD2B8;&#xC6E8;&#xC5B4; &#xD328;&#xD0A4;&#xC9C0; &#xADF8;&#xB798;&#xD53D; &#xAC8C;&#xB188; &#xBE0C;&#xB77C;&#xC6B0;&#xC800;&#xC5D0; &#xACB0;&#xACFC; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;, &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB294; &#xC2E0;&#xC18D;, &#xC815;&#xD655;, &#xC885;&#xD569;, &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC790; &#xCE5C;&#xD654;&#xC801;&#xC778;, &#xBC0F; &#xC624;&#xD508; &#xC18C;&#xC2A4; (http://chiapet.gis.a-star.edu.sg&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;).

ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC9DD; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xACFC; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C;.

DNA &#x788E;&#x7247;&#x662F;&#x516C;&#x8BA4;&#x7684;&#x6807;&#x5FD7;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CB;&#x4EA1;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5728;&#x7531;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x89E6;&#x53D1;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CB;&#x4EA1;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5206;&#x89E3;&#x7684;&#x7CBE;&#x786E; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x6E05;&#x695A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x4E8E;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x4E2D;&#x653E;&#x7EBF;&#x83CC;&#x7D20; D &#x6CBB;&#x7597;&#x4EBA;&#x7C7B; hl-60 &#x767D;&#x8840;&#x75C5;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x6210;&#x751F;&#x6210;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x3001; &#x51CB;&#x4EA1; DNA &#x65AD;&#x70B9;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x5730;&#x56FE;&#x3002;DNA &#x65AD;&#x88C2;&#x662F;&#x975E;&#x968F;&#x673A;&#x663E;&#x793A;&#x6D3B;&#x8DC3;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x91CD;&#x5927;&#x5173;&#x8054;&#x548C;&#x6253;&#x5F00;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x533A;&#x57DF;&#x7A81;&#x51FA;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6CE8;&#x610F;&#x5230;&#x5185;&#x51CB;&#x4EA1;&#x65AD;&#x70B9;&#x7684;&#x4E00;&#x5C0F;&#x90E8;&#x5206;&#x8FD8;&#x4E30;&#x5BCC;&#x4E86;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x6709;&#x8DA3;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x5927;&#x91CF;&#x51CB;&#x4EA1;&#x88C2;&#x89E3;&#x6307;&#x51FA;&#x5185;&#x7ECF;&#x5E38;&#x628A;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x764C;&#x75C7;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63A8;&#x6D4B; DNA &#x51CB;&#x4EA1;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x975E;&#x968F;&#x673A;&#x788E;&#x7247;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x6613;&#x4F4D;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x764C;&#x75C7;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;

&#x51CB;&#x4EA1; DNA &#x65AD;&#x70B9;&#x7684;&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x534F;&#x4F1A;&#x79EF;&#x6781;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x6613;&#x4F4D;&#x3002;

DNA fragmentation is a well-recognized hallmark of apoptosis. However, the precise DNA sequences cleaved during apoptosis triggered by distinct mechanisms remain unclear. We used next-generation sequencing of DNA fragments generated in Actinomycin D-treated human HL-60 leukemic cells to generate a high-throughput, global map of apoptotic DNA breakpoints. These data highlighted that DNA breaks are non-random and show a significant association with active genes and open chromatin regions. We noted that transcription factor binding sites were also enriched within a fraction of the apoptotic breakpoints. Interestingly, extensive apoptotic cleavage was noted within genes that are frequently translocated in human cancers. We speculate that the non-random fragmentation of DNA during apoptosis may contribute to gene translocations and the development of human cancers.

Next-generation sequencing of apoptotic DNA breakpoints reveals association with actively transcribed genes and gene translocations.

Fragmentation de l&#39;ADN est une caract&eacute;ristique bien connue de l&#39;apoptose. Cependant, les s&eacute;quences d&#39;ADN pr&eacute;cis s&#39;est fendues pendant l&#39;apoptosis d&eacute;clench&eacute;s par des m&eacute;canismes distincts restent floues. Nous avons utilis&eacute; la nouvelle g&eacute;n&eacute;ration de s&eacute;quen&ccedil;age de fragments d&#39;ADN g&eacute;n&eacute;r&eacute;s dans les trait&eacute;s &agrave; l&#39;actinomycine D humaines HL-60 cellules leuc&eacute;miques pour g&eacute;n&eacute;rer un haut d&eacute;bit, la carte mondiale des points de cassure d&#39;ADN apoptotique. Ces donn&eacute;es mis en &eacute;vidence que les cassures de l&#39;ADN sont non al&eacute;atoires et montrent une association significative avec les g&egrave;nes actifs et ouvrir les r&eacute;gions de chromatine. Nous avons constat&eacute; que les sites de liaison de facteurs de transcription ont &eacute;t&eacute; &eacute;galement enrichis dans une fraction des bornes de l&#39;apoptose. Fait int&eacute;ressant, apoptotic vaste clivage a &eacute;t&eacute; not&eacute; dans les g&egrave;nes qui sont souvent transport&eacute;s dans les cancers humains. Nous croyons que la fragmentation non al&eacute;atoire de l&#39;ADN au cours de l&#39;apoptose peut contribuer &agrave; des translocations de g&egrave;ne et le d&eacute;veloppement de cancers humains.

S&eacute;quen&ccedil;age de la g&eacute;n&eacute;ration des points de cassure d&#39;ADN apoptotique r&eacute;v&egrave;le associant activement de transcrits des g&egrave;nes et des translocations de g&egrave;ne.

DNA-Fragmentierung ist ein allgemein anerkannten Markenzeichen der Apoptose. Die genauen DNA-Sequenzen zerspaltet w&auml;hrend der Apoptose ausgel&ouml;st durch verschiedene Mechanismen bleiben jedoch unklar. Zum Generieren einer Hochdurchsatz, globale Karte von Apoptotic DNA Haltepunkte verwendet wir n&auml;chsten Generation Sequenzierung von DNA-Fragmenten in Actinomycin D-behandelten menschlichen HL-60 leuk&auml;mischen Zellen generiert. Diese Daten hervorgehoben, dass DNA-Br&uuml;che nicht zuf&auml;llige sind und einen signifikanten Zusammenhang mit aktiven Genen zeigen und Chromatin Regionen zu &ouml;ffnen. Wir festgestellt, dass Transkription Faktor Bindungsstellen innerhalb eines Bruchteils der Apoptotic Haltepunkte auch bereichert wurden. Interessanterweise wurde umfangreichen Apoptotic Spaltung innerhalb Gene vermerkt, die h&auml;ufig bei menschlichen Krebserkrankungen systemisch sind. Wir spekulieren, dass die nicht zuf&auml;llige Fragmentierung der DNA w&auml;hrend der Apoptose zu gen-Translokationen und die Entwicklung der menschlichen Krebserkrankungen beitragen kann.

N&auml;chsten Generation Sequenzierung von Apoptotic DNA Haltepunkte enth&uuml;llt mit aktiv transkribierten Gene und gen-Translokationen.

Frammentazione del DNA &egrave; un marchio riconosciuto di apoptosi. Tuttavia, le sequenze di DNA precisione spaccate durante il apoptosis innescati da distinti meccanismi rimangono poco chiare. Abbiamo usato la generazione sequenziamento di frammenti di DNA generati in trattati actinomicina D cellule leucemiche umane HL-60 per generare un alto-rendimento, mappa globale di punti di interruzione del DNA apoptotico. Questi dati ha evidenziato che rotture del DNA sono non-casuale e mostrano una significativa associazione con geni attivi e aprire le regioni di cromatina. Abbiamo notato che i siti di legame fattore di trascrizione erano anche arricchiti in una frazione dei punti di interruzione apoptotic. &Egrave; interessante notare, apoptotic ampia scollatura &egrave; stato notato all&#39;interno di geni che sono frequentemente traslocate in tumori umani. Si ipotizzano che la frammentazione non casuale del DNA durante il apoptosis possa contribuire alla traslocazione del gene e lo sviluppo di tumori umani.

Next-generation sequencing di apoptotic punti di interruzione del DNA rivela associazione con geni attivamente trascritti e traslocazioni di gene.

DNA &#x306E;&#x65AD;&#x7247;&#x5316;&#x306F;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x306E;&#x3088;&#x304F;&#x8A8D;&#x8B58;&#x7279;&#x5FB4;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30C8;&#x30EA;&#x30AC;&#x30FC; &#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x4E2D;&#x306B;&#x88C2;&#x304B;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x4E0D;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C1;&#x30CE;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3; D &#x51E6;&#x7406;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; hl-60 &#x767D;&#x8840;&#x75C5;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F; DNA &#x306E;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3001;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3001;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9; DNA &#x30D6;&#x30EC;&#x30FC;&#x30AF;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x4E16;&#x754C;&#x5730;&#x56F3;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F; DNA &#x5207;&#x65AD;&#x975E;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30E0;&#x3067;&#x3059;&#x30B7;&#x30E7;&#x30FC;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5354;&#x4F1A;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x958B;&#x304F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5F37;&#x8ABF;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9; &#x30D6;&#x30EC;&#x30FC;&#x30AF;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x5206;&#x6570;&#x5185;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3082;&#x8C4A;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x6307;&#x6458;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x8208;&#x5473;&#x6DF1;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3001;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x80F8;&#x306E;&#x8C37;&#x9593;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x764C;&#x306E;, &#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5185;&#x306B;&#x8A8D;&#x3081;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30E0;&#x306A;&#x65AD;&#x7247;&#x5316; DNA &#x306E;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x8EE2;&#x5EA7;&#x3068;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x764C;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63A8;&#x6E2C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; &#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9; DNA &#x30D6;&#x30EC;&#x30FC;&#x30AF;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x3068;&#x6D3B;&#x767A;&#x306B;&#x8EE2;&#x5199;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8EE2;&#x5EA7;&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

DNA &#xD30C;&#xD3B8;&#xC740; apoptosis&#xC758; &#xAD00;&#xB9AC;&#xC0AC; &#xD2B9;&#xC9D5;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, apoptosis &#xACE0;&#xC720; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC2E4;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xD2B9;&#xD788; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD88;&#xBD84;&#xBA85; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9;, &#xC138;&#xACC4;&#xC9C0;&#xB3C4; apoptotic DNA &#xC911;&#xB2E8;&#xC810;&#xC758; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; HL-60 leukemic &#xC140; &#xC545;&#xD2F0;&#xB178;&#xB9C8;&#xC774;&#xC2E0; D &#xCC98;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; DNA &#xC870;&#xAC01;&#xC758; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC138;&#xB300; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xAC15;&#xC870; DNA &#xB098;&#xB204;&#xAE30;&#xB294; &#xBE44; &#xBB34;&#xC791;&#xC704; &#xBC0F; &#xD65C;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xD611;&#xD68C;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC744; chromatin &#xC601;&#xC5ED;&#xC744; &#xC5FD;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; apoptotic &#xC911;&#xB2E8;&#xC810;&#xC758; &#xC77C;&#xBD80; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB18D;&#xCD95;&#xB3C4; &#xD588;&#xB2E4; &#xC9C0;&#xC801; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD765;&#xBBF8;&#xB86D;&#xAC8C;&#xB3C4;, &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; apoptotic &#xBD84;&#xC5F4; &#xC790;&#xC8FC; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC554; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC5D0; translocated &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C0;&#xC801; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; apoptosis &#xC911; DNA&#xC758; &#xBE44; &#xBB34;&#xC791;&#xC704; &#xC870;&#xAC01;&#xD654; &#xC720;&#xC804;&#xC790; translocations &#xBC0F; &#xC778;&#xAC04; &#xC554;&#xC758; &#xBC1C;&#xC804;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xCD94;&#xCE21; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;.

Apoptotic DNA &#xC911;&#xB2E8;&#xC810;&#xC758; &#xB2E4;&#xC74C;-&#xC138;&#xB300; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD611;&#xD68C;&#xB97C; &#xC801;&#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCA0;&#xB080;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC720;&#xC804;&#xC790; translocations&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Fragmentaci&oacute;n del ADN es una conocida de la apoptosis. Sin embargo, las secuencias de ADN precisas troceadas durante la apoptosis provocada por distintos mecanismos todav&iacute;a no est&aacute;n claros. Utilizamos la secuencia de la pr&oacute;xima generaci&oacute;n de fragmentos de ADN generados en c&eacute;lulas leuc&eacute;micas de Actinomicina D tratados humanas HL-60 para generar un alto rendimiento, el mapa mundial de puntos de interrupci&oacute;n de ADN apopt&oacute;tica. Estos datos destacan que roturas del ADN son no aleatorias y mostrar una asociaci&oacute;n significativa con genes activos y abren las regiones de la cromatina. Observamos que sitios de uni&oacute;n del factor de transcripci&oacute;n tambi&eacute;n se enriquecieron en una fracci&oacute;n de los puntos de interrupci&oacute;n de la apoptosis. Curiosamente, extensa apopt&oacute;tica escote observ&oacute; en genes que se translocan con frecuencia en los c&aacute;nceres humanos. Especulamos que la fragmentaci&oacute;n no aleatoria del DNA durante la apoptosis puede contribuir a gene los desplazamientos y el desarrollo de los c&aacute;nceres humanos.

Secuenciaci&oacute;n de nueva generaci&oacute;n de puntos de interrupci&oacute;n de ADN apopt&oacute;tica revela asociaci&oacute;n con genes activamente transcritos y desplazamientos de gene.

&#x9AD8;&#x9636;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6240;&#x77E5;&#x751A;&#x5728;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x3002;&#x5229;&#x7528;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x4E0E;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5; (&#x90C1;&#x90C1;&#x8471;&#x8471;) &#x6211;&#x4EEC;&#x6620;&#x5C04;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0E; RNA &#x805A;&#x5408;&#x9176; II &#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x53D1;&#x73B0;&#x666E;&#x904D;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x533A;&#x5C45;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x5185;&#x6291;&#x5236;&#x3001; extragenic&#x3001; &#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4EA4;&#x4E92;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x805A;&#x5408;&#x5230;&#x9AD8;&#x9636;&#x96C6;&#x7FA4;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x8FD1;&#x7AEF;&#x548C;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x57FA;&#x56E0;&#x6B63;&#x5728;&#x901A;&#x8FC7;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;-&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x533A;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x3002;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x57FA;&#x56E0;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;-&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x533A;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x4E0E;&#x5408;&#x4F5C;&#xFF0C;&#x662F;&#x79EF;&#x6781;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x548C;&#x4E00;&#x4E9B;&#x4E92;&#x52A8;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x8005;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5F71;&#x54CD;&#x5BF9;&#x65B9;&#x6697;&#x793A;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x63A7;&#x4EF6;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x6027;&#x3002;&#x4E0D;&#x540C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7CFB;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4E3A;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7ED3;&#x6784;&#x6846;&#x67B6;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x91CD;&#x5927;&#x6D53;&#x7F29;&#x4E3A;&#x7279;&#x5B9A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x589E;&#x5F3A;&#x5B50;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x786E;&#x5B9A;&#x75BE;&#x75C5;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x5143;&#x7D20;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x7A7A;&#x95F4;&#x4ECE;&#x4E8B;&#x4E0E;&#x76F8;&#x5E94;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;&#x603B;&#x4F53;&#x800C;&#x8A00;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x623F;&#x52A1;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x4E09;&#x7EF4;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;

&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x4E3A;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x7684;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E3A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x63D0;&#x4F9B;&#x62D3;&#x6251;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

Higher-order chromosomal organization for transcription regulation is poorly understood in eukaryotes. Using genome-wide Chromatin Interaction Analysis with Paired-End-Tag sequencing (ChIA-PET), we mapped long-range chromatin interactions associated with RNA polymerase II in human cells and uncovered widespread promoter-centered intragenic, extragenic, and intergenic interactions. These interactions further aggregated into higher-order clusters, wherein proximal and distal genes were engaged through promoter-promoter interactions. Most genes with promoter-promoter interactions were active and transcribed cooperatively, and some interacting promoters could influence each other implying combinatorial complexity of transcriptional controls. Comparative analyses of different cell lines showed that cell-specific chromatin interactions could provide structural frameworks for cell-specific transcription, and suggested significant enrichment of enhancer-promoter interactions for cell-specific functions. Furthermore, genetically-identified disease-associated noncoding elements were found to be spatially engaged with corresponding genes through long-range interactions. Overall, our study provides insights into transcription regulation by three-dimensional chromatin interactions for both housekeeping and cell-specific genes in human cells.

Extensive promoter-centered chromatin interactions provide a topological basis for transcription regulation.

D&#x26;#39;ordre sup&#xE9;rieur pour l&#x26;#39;organisation chromosomique r&#xE9;gulation de la transcription est mal comprise chez les eucaryotes. En utilisant l&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome analyse de l&#x26;#39;interaction avec la chromatine appari&#xE9;s balise de fin de s&#xE9;quen&#xE7;age (Chia-PET), nous avons cartographi&#xE9; les interactions &#xE0; longue port&#xE9;e chromatine associ&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;ARN polym&#xE9;rase II dans les cellules humaines et d&#xE9;couvert r&#xE9;pandues interactions promoteur-centr&#xE9;e intrag&#xE9;niques, extrag&#xE9;nique, et interg&#xE9;nique. Ces interactions en outre agr&#xE9;g&#xE9;s en un ordre sup&#xE9;rieur grappes, dans lequel les g&#xE8;nes proximale et distale ont &#xE9;t&#xE9; engag&#xE9;s &#xE0; travers promoteur-promoteur interactions. La plupart des g&#xE8;nes avec le promoteur-promoteur interactions ont &#xE9;t&#xE9; actifs et transcrite en collaboration, et certains promoteurs qui interagissent les uns des autres pourrait influer sur ce qui implique la complexit&#xE9; combinatoire des contr&#xF4;les transcriptionnels. Des analyses comparatives des diff&#xE9;rentes lign&#xE9;es cellulaires ont montr&#xE9; que les interactions chromatine cellulaire sp&#xE9;cifiques pourraient fournir des cadres structurels pour la cellule transcription sp&#xE9;cifique, et a sugg&#xE9;r&#xE9; l&#x26;#39;enrichissement significatif de enhancer-promoteur interactions cellule pour des fonctions sp&#xE9;cifiques. En outre, g&#xE9;n&#xE9;tiquement identifi&#xE9; les &#xE9;l&#xE9;ments non codants associ&#xE9;s &#xE0; la maladie ont &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9;s &#xE0; &#xEA;tre spatialement engag&#xE9; avec les g&#xE8;nes correspondants par le biais interactions &#xE0; longue port&#xE9;e. Dans l&#x26;#39;ensemble, notre &#xE9;tude fournit un aper&#xE7;u de r&#xE9;gulation de la transcription par la chromatine interactions en trois dimensions &#xE0; la fois pour l&#x26;#39;entretien m&#xE9;nager et la cellule des g&#xE8;nes sp&#xE9;cifiques dans les cellules humaines.

De vastes interactions chromatine promoteur centr&#xE9;es Fournir une base topologique pour le r&#xE8;glement de transcription

H&ouml;herer Ordnung chromosomale Organisation f&uuml;r Transkription Verordnung ist bei Eukaryoten oft missverstanden. Mit genomweiten Chromatin Interaktionsanalyse mit Paired-End-Tag-Sequenzierung (ChIA-PET), wir zugeordnet Langstrecken Chromatin-Interaktionen, die RNS-Polymerase II in menschlichen Zellen und ungedeckten weit verbreitete Projekttr&auml;ger-zentrierte intragenic, extragenic und intergenetischer Interaktionen zugeordnet. Diese Interaktionen aggregiert weiter in h&ouml;herer Ordnung Cluster aufgeteilt, wobei proximalen und distalen Gene durch Projekttr&auml;ger-Projekttr&auml;ger Interaktionen involviert waren. Die meisten Gene mit Projekttr&auml;ger-Projekttr&auml;ger Interaktionen waren aktiv und transkribierte kooperativ, und einige interagierende F&ouml;rderer konnte beeinflussen sich gegenseitig was bedeutet kombinatorischen Komplexit&auml;t transkriptionelle Steuerelemente. Vergleichende Analysen der verschiedenen Zelllinien zeigte, dass zellspezifische Chromatin Interaktionen k&ouml;nnte die strukturelle Rahmenbedingungen f&uuml;r zellspezifische Transkription bieten erhebliche Bereicherung der Vergr&ouml;&szlig;erer-Projekttr&auml;ger Interaktionen f&uuml;r zellspezifische Funktionen vorgeschlagen. Dar&uuml;ber hinaus wurden genetisch identifiziert Krankheit-verbundenen nichtkodierende Elemente gefunden, r&auml;umlich mit entsprechenden Gene durch weitr&auml;umige Interaktionen eingebunden werden. Insgesamt bietet unsere Studie Einblicke in Transkription Verordnung von dreidimensionalen Chromatin Interaktionen f&uuml;r Hauswirtschaft sowohl zellspezifische Gene in menschliche Zellen.

Umfangreiche Projekttr&auml;ger-zentrierte Chromatin Interaktionen bieten eine topologische Basis f&uuml;r Transkription-Verordnung.

Ordine superiore organizzazione cromosomica per regolazione trascrizione mal inteso negli eucarioti. Utilizzando l&#39;analisi di interazione della cromatina genome-wide con sequenziamento associati-fine-Tag (ChIA-PET), abbiamo mappato le interazioni a lungo raggio della cromatina associate con la RNA polimerasi II in cellule umane e scoperte diffuse promotore-centrato intragenic, extragenic e intergenic interazioni. Queste interazioni ulteriormente aggregate in ammassi di ordine superiore, in cui geni prossimali e distali sono stati impegnati attraverso interazioni Promotore-Organizzatore. La maggior parte dei geni con interazioni promoter-promotore erano attivi e trascritto in modo cooperativo, e alcuni promotori interagenti potrebbero influenzare l&#39;altro implicando complessit&agrave; combinatoria di transcriptional controlli. Analisi comparative di diverse variet&agrave; di cellula ha mostrato interazioni cellula-specifico della cromatina potrebbero fornire quadri strutturali per la trascrizione delle cellule specifiche che ha suggerito significativo arricchimento delle interazioni enhancer-promotore per funzioni specifiche di cella. Inoltre, identificati geneticamente associata a malattia non codificante elementi sono stati trovati per essere spazialmente impegnati con i geni corrispondenti attraverso interazioni a lungo raggio. Nel complesso, il nostro studio fornisce intuizioni nella regolazione della trascrizione di interazioni di cromatina tridimensionale per pulizia e cella specifici geni nelle cellule umane.

Interazioni estese della cromatina promotore-centrato forniscono una base topologica per la regolazione della trascrizione.

&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9AD8;&#x6B21;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x304C;&#x4E0D;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x7406;&#x89E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5BFE;&#x306E;&#x7D42;&#x4E86;&#x30BF;&#x30B0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;CHIA-PET&#xFF09;&#x3067;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5185;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5916;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x9593;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;RNA&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;II&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x8FD1;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9060;&#x4F4D;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5F93;&#x4E8B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3001;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x3001;&#x9AD8;&#x6B21;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x306B;&#x96C6;&#x7D04;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x3068;&#x5354;&#x529B;&#x3057;&#x3066;&#x8EE2;&#x5199;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x3092;&#x610F;&#x5473;&#x304A;&#x4E92;&#x3044;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x304C;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x67A0;&#x7D44;&#x307F;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC; - &#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x306B;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x75BE;&#x60A3;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x8981;&#x7D20;&#x306F;&#x3001;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306B;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x5F93;&#x4E8B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5224;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5168;&#x4F53;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30CF;&#x30A6;&#x30B9;&#x30AD;&#x30FC;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;

&#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xC21C;&#xC11C; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xC870;&#xC9C1; &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xD574; &#xB41C;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; Chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC30D; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;), &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; RNA &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C; II &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC;&#xB41C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC744; &#xC911;&#xC2EC;&#xC73C;&#xB85C; intragenic, extragenic, &#xBC0F; intergenic &#xC0C1;&#xD638; &#xC5F0;&#xAD00; &#xB9E4;&#xD551;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xB354; &#xC778;&#xC811; &#xD558; &#xACE0; &#xC6D0;&#xC2EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC885;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;&#xB294; &#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB192;&#xC740; &#xC21C;&#xC11C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB85C; &#xC9D1;&#xACC4; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC73C;&#xB85C; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB294; &#xD611;&#xB825;, &#xC801;&#xADF9;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xBCA0;&#xB080; &#xD588;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC870;&#xD569; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; transcriptional &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864;&#xC744; &#xC554;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xC11C;&#xB85C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xB978; &#xC140; &#xB77C;&#xC778;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D; &#xC140; &#xD2B9;&#xC815; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xC138;&#xD3EC; &#xAD00;&#xB828; &#xC804;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC99D;&#xAC15; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC140; &#xD2B9;&#xC815; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB18D;&#xCD95; &#xC81C;&#xC548; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, noncoding &#xC694;&#xC18C; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xACF5;&#xAC04;&#xC801; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD574;&#xB2F9; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC57D;&#xD63C;&#xC744; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC778;&#xAC04; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xAC00;&#xC0AC;&#xC640; &#xC138;&#xD3EC; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; 3 &#xCC28;&#xC6D0; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD544; &#xC0AC; &#xADDC;&#xC815;&#xC5D0; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C;.

&#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC744; &#xC911;&#xC2EC;&#xC73C;&#xB85C; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xAE30;&#xBC18;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

De orden superior la organizaci&#xF3;n cromos&#xF3;mica de regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n es poco conocida en eucariotas. Uso de todo el genoma An&#xE1;lisis de Interacci&#xF3;n de la cromatina con la secuenciaci&#xF3;n pareadas etiqueta final (Chia-PET), que asigna a largo plazo las interacciones asociadas a la cromatina con la RNA polimerasa II en las c&#xE9;lulas humanas y descubrieron amplias interacciones promotor centrado en intrag&#xE9;nicos, extrag&#xE9;nicas y interg&#xE9;nica. Estas interacciones m&#xE1;s agregados en un grupo de orden superior, en el que los genes proximal y distal se dedicaban a trav&#xE9;s de la interacci&#xF3;n del promotor promotor. La mayor&#xED;a de los genes con las interacciones promotor promotor-se mantuvieron activos y transcrita en forma cooperativa, y algunos promotores que interact&#xFA;an entre s&#xED; puede influir en lo que implica la complejidad combinatoria de los controles de la transcripci&#xF3;n. An&#xE1;lisis comparativos de diferentes l&#xED;neas celulares mostraron que las c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de la cromatina interacciones podr&#xED;an proporcionar marcos estructurales de c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de la transcripci&#xF3;n, y sugiri&#xF3; un importante enriquecimiento de las interacciones potenciador-promotor de c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de las funciones. Por otra parte, gen&#xE9;ticamente determinadas enfermedades asociadas a los elementos no codificantes se comprob&#xF3; que estaban espacialmente comprometida con los genes correspondientes a trav&#xE9;s de interacciones de largo alcance. En general, nuestro estudio proporciona informaci&#xF3;n detallada sobre regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n de la cromatina por las interacciones en tres dimensiones tanto para la limpieza y los genes espec&#xED;ficos de la c&#xE9;lula en las c&#xE9;lulas humanas.

Amplias centrados Promotor Interacciones cromatina Proporcionar una base topol&#xF3;gica de Regulaci&#xF3;n de transcripci&#xF3;n

&#x672A;&#x6298;&#x53E0;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x5E94;&#x7B54;&#xFF0C;&#x4E5F;&#x79F0;&#x4E3A;&#x5185;&#x8D28;&#x7F51; &#xFF08;ER&#xFF09; &#x5E94;&#x529B;&#xFF0C;&#x4E00;&#x76F4;&#x5728;&#x53C2;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x5404;&#x79CD;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x52A8;&#x8109;&#x7CA5;&#x6837;&#x786C;&#x5316;&#x3001; &#x764C;&#x75C7;&#x3001; &#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x3001; &#x795E;&#x7ECF;&#x9000;&#x884C;&#x6027;&#x75BE;&#x75C5;&#x3002;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x6298;&#x53E0;&#x5F02;&#x5E38;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6216;&#x591A;&#x4E2A;&#x4E09; ER &#x819C;&#x4F20;&#x611F;&#x5668;&#x5C31;&#x53EF;&#x4EE5;&#x542F;&#x52A8;&#x4E00;&#x4E2A;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x4F20;&#x9012;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x6682;&#x6001;&#x6291;&#x5236;&#x86CB;&#x767D;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x540C;&#x65F6;&#x8FD8;&#x589E;&#x5F3A;&#x4E86;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x6298;&#x53E0;&#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x9176;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x964D;&#x89E3;&#x7684;&#x7EA0;&#x7F20;&#xFF0C;&#x786E;&#x4FDD;&#x4ECE; ER &#x5E94;&#x529B;&#x5B8C;&#x5168;&#x6062;&#x590D;&#x3002;&#x5C0F;&#x9F20;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E2D;&#x65AD;&#x7814;&#x7A76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x5173;&#x952E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x548C;&#x901A;&#x8DEF;&#x5185;&#x8D28;&#x7F51;&#x5E94;&#x6FC0;&#x5BF9;&#x4E0D;&#x540C;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x52A8;&#x7269;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x90FD;&#x5F3A;&#x8C03;&#x5E73;&#x79FB;&#x9547;&#x538B;&#x6301;&#x7EED;&#x7684;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x5408;&#x6210;&#x548C; &beta; &#x7EC6;&#x80DE;&#x6D3B;&#x529B;&#x7684; 2 &#x578B;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6A21;&#x578B;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x91CD;&#x8981;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;&#x8FD9;&#x5DF2;&#x5C06;&#x6CE8;&#x610F;&#x529B;&#x96C6;&#x4E2D;&#x6700;&#x8FD1;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x5C0F;&#x5206;&#x5B50;&#x6291;&#x5236;&#x5242; eIF2&alpha; &#x78F7;&#x9178;&#x9176;&#xFF0C;&#x5EF6;&#x957F; eIF2&alpha; &#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x4EE5;&#x51CF;&#x5C11;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x7684;&#x51E0;&#x79CD;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x52A8;&#x7269;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x5728;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x52A8;&#x7269;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x795E;&#x7ECF;&#x9000;&#x884C;&#x6027;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x7A81;&#x51FA;&#x663E;&#x793A;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x836F;&#x7269;&#x6765;&#x6CBB;&#x7597;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x86CB;&#x767D;&#x6298;&#x53E0;&#x7D0A;&#x4E71;&#x7684;&#x672A;&#x6765;&#x53D1;&#x5C55;&#x6218;&#x7565;&#x4E2D;&#x663E;&#x793A;&#x91CD;&#x5927;&#x7C98;&#x819C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x4FDD;&#x62A4;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

&#x9488;&#x5BF9;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x771F;&#x6838;&#x542F;&#x52A8;&#x56E0;&#x5B50; 2&alpha; &#x6CBB;&#x7597;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x75BE;&#x75C5;&#x3002;

The unfolded protein response, also known as endoplasmic reticulum (ER) stress, has been implicated in numerous human diseases, including atherosclerosis, cancer, diabetes, and neurodegenerative disorders. Protein misfolding activates one or more of the three ER transmembrane sensors to initiate a complex network of signaling that transiently suppresses protein translation while also enhancing protein folding and proteasomal degradation of misfolded proteins to ensure full recovery from ER stress. Gene disruption studies in mice have provided critical insights into the role of specific signaling components and pathways in the differing responses of animal tissues to ER stress. These studies have emphasized an important contribution of translational repression to sustained insulin synthesis and Î²-cell viability in experimental models of type-2 diabetes. This has focused attention on the recently discovered small-molecule inhibitors of eIF2Î± phosphatases that prolong eIF2Î± phosphorylation to reduce cell death in several animal models of human disease. These compounds show significant cytoprotection in cellular and animal models of neurodegenerative disorders, highlighting a potential strategy for future development of drugs to treat human protein misfolding disorders.

Targeting phosphorylation of eukaryotic initiation factor-2Î± to treat human disease.

La r&eacute;ponse de la prot&eacute;ine d&eacute;pli&eacute;e, &eacute;galement connu sous le nom le stress du r&eacute;ticulum endoplasmique (ER), a &eacute;t&eacute; impliqu&eacute;e dans nombreuses maladies humaines, y compris les troubles de l&#39;ath&eacute;roscl&eacute;rose, le cancer, le diab&egrave;te et neurod&eacute;g&eacute;n&eacute;ratives. Repliement active un ou plusieurs des trois capteurs transmembranaires ER pour initier un r&eacute;seau complexe de signalisation qui supprime transitoirement la traduction des prot&eacute;ines tout en am&eacute;liorant la d&eacute;gradation des prot&eacute;ines prot&eacute;asome et de pliage des prot&eacute;ines mal repli&eacute;es pour assurer le recouvrement int&eacute;gral de stress du re. &Eacute;tudes de perturbation g&eacute;nique chez la souris ont fourni un aper&ccedil;u critique le r&ocirc;le des composants sp&eacute;cifiques de signalisation et les voies dans les diff&eacute;rentes r&eacute;ponses de tissus animaux au stress du re. Ces &eacute;tudes ont fait ressortir une importante contribution de r&eacute;pression traductionnelle de viabilit&eacute; de synth&egrave;se et des cellules &beta; insuline soutenue dans des mod&egrave;les exp&eacute;rimentaux de diab&egrave;te de type 2. Cela a attir&eacute; l&#39;attention sur les inhibiteurs de petites mol&eacute;cules r&eacute;cemment d&eacute;couverts des phosphatases eIF2&alpha; qui prolongent la phosphorylation d&#39;eIF2&alpha; afin de r&eacute;duire la mort cellulaire dans plusieurs mod&egrave;les animaux de maladies humaines. Ces compos&eacute;s pr&eacute;sentent cytoprotection significative dans des mod&egrave;les cellulaires et animaux de maladies neurod&eacute;g&eacute;n&eacute;ratives, mettant en &eacute;vidence une strat&eacute;gie potentielle pour le d&eacute;veloppement futur des m&eacute;dicaments pour traiter des prot&eacute;ines humaines mauvais repliement des troubles.

Le ciblage de la phosphorylation du facteur d&#39;initiation eucaryote-2&alpha; pour traiter des maladies humaines.

Die entfaltet Protein-Reaktion, auch bekannt als Endoplasmatisches Reticulum (ER) Spannung, hat in zahlreichen menschlichen Krankheiten, Arteriosklerose, Krebs, Diabetes und Neurodegenerative Erkrankungen einschlie&szlig;lich verwickelt. Protein misfolding aktiviert eine oder mehrere der drei ER Transmembran-Sensoren, ein komplexes Netzwerk der Signalisierung zu initiieren, die Protein-&Uuml;bersetzung und verbessert gleichzeitig auch Falt- und Proteasomal Proteinabbau misfolded Proteine Sicherstellung der vollst&auml;ndigen Wiederherstellung ER Stress vor&uuml;bergehend unterdr&uuml;ckt. Gen St&ouml;rung Studien an M&auml;usen haben kritische Einblicke in die Rolle bestimmter Signalling Komponenten und Wege in die unterschiedlichen Antworten der tierischen Geweben ER Stress zur Verf&uuml;gung gestellt. Diese Studien haben einen wichtigen Beitrag der translatorischen Repression zu anhaltend Insulin Synthese und &beta;-Zelle Entwicklungsf&auml;higkeit in experimentelle Modelle des Typ-2-Diabetes betont. Dies hat die Aufmerksamkeit auf die k&uuml;rzlich entdeckten kleinen-Molek&uuml;l-Inhibitoren eIF2&alpha; Substratspezifit&auml;t gelenkt, die eIF2&alpha; Phosphorylierung um Zelltod in mehreren Tiermodellen menschlicher Erkrankungen zu verringern zu verl&auml;ngern. Diese Verbindungen zeigen deutliche Cytoprotection in Zell- und Tierversuche Modelle von neurodegenerativen Erkrankungen, Hervorhebung eine m&ouml;gliche Strategie f&uuml;r zuk&uuml;nftige Entwicklung von Medikamenten, menschliche Protein misfolding Erkrankungen zu behandeln.

Ausrichtung auf die Phosphorylierung von eukaryotischen Einleitung Faktor-2T menschlichen Erkrankungen zu behandeln.

La risposta spiegata della proteina, noto anche come stress del reticolo endoplasmatico (ER), &egrave; stato coinvolto in numerose malattie umane, tra cui disturbi aterosclerosi, cancro, diabete e neurodegenerative. Protein misfolding attiva uno o pi&ugrave; dei tre sensori del transmembrane ER di avviare una rete complessa di segnalazione che transitoriamente sopprime la traduzione della proteina mentre anche migliorare la degradazione delle proteine pieghevole e proteosomale delle proteine malpiegate per assicurare il pieno recupero dallo stress di ER. Gli studi di perturbazione gene nei topi hanno fornito approfondimenti critici nel ruolo di specifici componenti di segnalazione e percorsi nelle risposte differenti di tessuti animali a stress ER. Questi studi hanno sottolineato un importante contributo di repressione traslazionale per insulina sostenuta sintesi e &beta;-cellula attuabilit&agrave; in modelli sperimentali di diabete di tipo 2. Ci&ograve; ha focalizzato l&#39;attenzione sugli inibitori recentemente scoperti piccolo-molecola di eIF2&alpha; fosfatasi che prolungano la fosforilazione di eIF2&alpha; per ridurre la morte cellulare in diversi modelli animali di malattie umane. Questi composti mostrano significative cytoprotection in modelli cellulari e animali di malattie neurodegenerative, evidenziando una potenziale strategia per il futuro sviluppo di farmaci per trattare la proteina umana misfolding disturbi.

Targeting per fosforilazione del fattore di iniziazione eucariotica-2&alpha; per trattare la malattia umana.

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2 &#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x958B;&#x59CB;&#x56E0;&#x5B50; - &#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x75C5;&#x6C17;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x306B; &alpha; &#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x3092;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x3002;

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Melissa J. Fullwood

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