multi-target-parallel-processing-approach-for-gene-to-structure

Multi-target Parallel Processing Approach for Gene-to-structure Determination of the Influenza Polymerase PB2 Subunit

Pandemic outbreaks of highly virulent influenza strains can cause widespread morbidity and mortality in human populations worldwide. In the United States ...

Emerald Bio

Locking out viral replication.

En verrouillant la r&eacute;plication virale.

Bloccare la replicazione virale.

Solution-state nuclear magnetic resonance (NMR) is a versatile tool for the study of binding interactions between small molecules and macromolecular targets. We applied ligand-based NMR techniques to the study of human thymidylate synthase (hTS) using known nanomolar inhibitors and a library of small molecule fragments. Screening by NMR led to the rapid identification of ligand pairs that bind in proximal sites within the cofactor-binding pocket of hTS. Screening hits were used as search criteria within commercially available sources, and a subset of catalog analogs were tested for potency by in vitro assay and binding affinity by quantitative saturation transfer difference (STD)-NMR titration. Two compounds identified by this approach possess low micromolar affinity and potency, as well as excellent binding efficiency against hTS. Relative binding orientations for both leads were modeled using AutoDock, and the most likely bound conformations were validated using experimentally derived STD-NMR binding epitope data. These ligands represent novel starting points for fragment-based drug design of non-canonical TS inhibitors, and their binding epitopes highlight important and previously unexploited interactions with conserved residues in the cofactor-binding site.

Fragment-based discovery of novel thymidylate synthase leads by NMR screening and group epitope mapping.

Solution-&Eacute;tat r&eacute;sonance magn&eacute;tique (RMN) est un outil polyvalent pour l&#39;&eacute;tude de la liaison des interactions entre les petites mol&eacute;cules et cibles macromol&eacute;culaires. Nous avons appliqu&eacute; le ligand bas&eacute;e sur des techniques de RMN &agrave; l&#39;&eacute;tude de la thymidylate synthase (hTS) utilisant des inhibiteurs connus nanomolaires et une biblioth&egrave;que de fragments de petites mol&eacute;cules. D&eacute;pistage par RMN a conduit &agrave; l&#39;identification rapide des paires de ligand qui se lient dans sites proximales dans la poche de liaison de cofacteur de HTS. Visites de d&eacute;pistage ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;s comme crit&egrave;res de recherche dans les sources disponibles dans le commerce, et un sous-ensemble des analogues du catalogue ont &eacute;t&eacute; test&eacute;s pour l&#39;activit&eacute; de test in vitro et l&#39;affinit&eacute; de liaison par diff&eacute;rence de transfert de saturation quantitative (STD)-titrage de NMR. Deux compos&eacute;s identifi&eacute;s par cette approche poss&egrave;dent faible affinit&eacute; micromolaire et puissance, ainsi que l&#39;efficacit&eacute; excellente liaison contre HTS. Orientations de la liaison relative pour les deux fils ont &eacute;t&eacute; mod&eacute;lis&eacute;es &agrave; l&#39;aide de AutoDock et les conformations li&eacute;es tr&egrave;s probables ont &eacute;t&eacute; valid&eacute;es exp&eacute;rimentalement d&eacute;riv&eacute;e STD-NMR liaison &eacute;pitope donn&eacute;es. Ces ligands repr&eacute;sentent de nouveaux points de d&eacute;part pour la conception de m&eacute;dicaments bas&eacute;e sur des fragments d&#39;inhibiteurs non canoniques de TS et leurs &eacute;pitopes de liaison mettre en &eacute;vidence les interactions importantes et pr&eacute;c&eacute;demment inexploit&eacute;es avec des r&eacute;sidus conserv&eacute;s dans le site de liaison de cofacteur.

D&eacute;couverte bas&eacute;e sur des fragments du roman de thymidylate synthase conduit par d&eacute;pistage NMR et la cartographie des &eacute;pitopes groupe.

Soluzione dello stato di risonanza magnetica nucleare (NMR) &egrave; uno strumento versatile per lo studio delle interazioni tra molecole piccole e bersagli macromolecolari di associazione. Abbiamo applicato le tecniche NMR basate su ligand allo studio delle umane timidilato sintasi (hTS) utilizzando le note nanomolari inibitori e una libreria di frammenti di piccole molecole. Lo screening di NMR ha portato all&#39;identificazione rapida delle coppie ligando che si legano a siti prossimale all&#39;interno della tasca del cofattore-associazione di HTS. Visite di screening sono stati utilizzati come criteri di ricerca all&#39;interno di fonti disponibili in commercio, e un sottoinsieme di analoghi di catalogo sono stati testati per la potenza di analisi in vitro e affinit&agrave; di legame dalla differenza di trasferimento saturazione quantitativa (STD)-titolazione NMR. Due composti identificati da questo approccio possiedono bassa affinit&agrave; micromolari e potenza, come pure l&#39;efficienza eccellente associazione contro HTS. Gli orientamenti di associazione relativa per entrambi i cavi sono stati modellati utilizzando AutoDock, e le conformazioni pi&ugrave; probabile associate sono state convalidate usando STD-NMR binding epitope dati sperimentalmente derivato. Questi leganti rappresentano romanzo punti di partenza per Progettazione farmacologica basata su frammento di inibitori non-canonici di TS, e loro associazione epitopi evidenziano precedentemente inutilizzate e importanti interazioni con residui conservati nel sito cofattore-associazione.

Individuazione basata su frammento del romanzo timidilato sintasi conduce da screening NMR e gruppo epitope mapping.

As part of the Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, we seek to enhance structural genomics with ligand-bound structure data which can serve as a blueprint for structure-based drug design. We have adapted fragment-based screening methods to our structural genomics pipeline to generate multiple ligand-bound structures of high priority drug targets from pathogenic organisms. In this study, we report fragment screening methods and structure determination results for 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclo-diphosphate (MECP) synthase from Burkholderia pseudomallei, the gram-negative bacterium which causes melioidosis. Screening by nuclear magnetic resonance spectroscopy as well as crystal soaking followed by X-ray diffraction led to the identification of several small molecules which bind this enzyme in a critical metabolic pathway. A series of complex structures obtained with screening hits reveal distinct binding pockets and a range of small molecules which form complexes with the target. Additional soaks with these compounds further demonstrate a subset of fragments to only bind the protein when present in specific combinations. This ensemble of fragment-bound complexes illuminates several characteristics of MECP synthase, including a previously unknown binding surface external to the catalytic active site. These ligand-bound structures now serve to guide medicinal chemists and structural biologists in rational design of novel inhibitors for this enzyme.

Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei.

Dans le cadre du p&ocirc;le de g&eacute;nomique structurelle Seattle pour les maladies infectieuses, nous cherchons &agrave; am&eacute;liorer la g&eacute;nomique structurale avec donn&eacute;es sur la structure de la liaison ligand qui peuvent servir de mod&egrave;le pour la conception de m&eacute;dicaments bas&eacute;e sur la structure. Nous avons adapt&eacute; les m&eacute;thodes de d&eacute;pistage bas&eacute; sur fragment &agrave; notre pipeline de g&eacute;nomique structurale pour g&eacute;n&eacute;rer plusieurs ligand li&eacute; aux structures des cibles de m&eacute;dicaments hautement prioritaire de germes pathog&egrave;nes. Dans cette &eacute;tude, nous rapportons fragment de d&eacute;pistage, m&eacute;thodes et r&eacute;sultats de d&eacute;termination de structure pour 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclo-diphosphate (MECP) synthase de Burkholderia pseudomallei, la bact&eacute;rie Gram-n&eacute;gative, ce qui provoque la m&eacute;lio&iuml;dose. Projection par spectroscopie de r&eacute;sonance magn&eacute;tique nucl&eacute;aire mais aussi cristal trempage suivi par diffraction des rayons x ont permis l&#39;identification de plusieurs petites mol&eacute;cules qui lie cette enzyme dans une voie m&eacute;tabolique essentielle. Une s&eacute;rie de structures complexes obtenus avec les visites de contr&ocirc;le r&eacute;v&egrave;lent des poches de liaison distincte et une gamme de petites mol&eacute;cules qui forment des complexes avec la cible. Suppl&eacute;mentaires s&#39;infiltre avec ces compos&eacute;s plus d&eacute;montre un sous-ensemble des fragments pour lier seulement la prot&eacute;ine lorsqu&#39;ils sont pr&eacute;sents dans des combinaisons sp&eacute;cifiques. Cet ensemble de fragment li&eacute; aux complexes s&#39;allume plusieurs caract&eacute;ristiques de MECP synthase, y compris une surface jusque-l&agrave; inconnues de liaison externe au site actif catalytique. Ces structures de liaison ligand maintenant servent &agrave; guider m&eacute;dicinales chimistes et biologistes structures dans la conception rationnelle de nouveaux inhibiteurs de cette enzyme.

S&#39;appuyant sur la d&eacute;termination de la structure avec projection de fragment pour cibles de m&eacute;dicaments des maladies infectieuses : MECP synthase de Burkholderia pseudomallei.

Come parte del centro di genomica strutturale Seattle per malattie infettive, cerchiamo di migliorare la genomica strutturale con ligando associato struttura dati che possono servire come modello per la progettazione basata sulla struttura di droga. Metodi di screening basati su frammento abbiamo adattato alla nostra pipeline di genomica strutturale per generare pi&ugrave; strutture ligando associato di obiettivi farmacologici ad alta priorit&agrave; da organismi patogeni. In questo studio, riportiamo il frammento di screening metodi e risultati della determinazione struttura 2C-methyl-D-erythritol-2,4-cyclo-diphosphate sintasi (MECP) da Burkholderia pseudomallei, il batterio gram-negativo che provoca Melioidosi. Lo screening di spettroscopia di risonanza magnetica nucleare come pure crystal ammollo seguita da diffrazione a raggi x ha consentito all&#39;identificazione di diverse piccole molecole che legano questo enzima in una via metabolica critica. Una serie di complesse strutture ottenute con visite di screening rivelano distinti associazione tasche e una vasta gamma di piccole molecole che formano complessi con il bersaglio. Ulteriori assorbe con questi composti ulteriormente dimostrano un sottoinsieme dei frammenti di legare solo la proteina quando presenti in specifiche combinazioni. Questo ensemble di complessi associati a frammento illumina parecchie caratteristiche di MECP sintasi, tra cui una superficie precedentemente sconosciuta associazione esterna al sito catalitico attivo. Queste strutture ligando associato ora servono a guidare i medicinali chimici e biologi strutturali nella progettazione razionale dei nuovi inibitori di questo enzima.

Sfruttando la determinazione della struttura con screening del frammento per obiettivi farmacologici malattie infettive: MECP sintasi da Burkholderia pseudomallei.

Fragment screening using X-ray crystallography is a method that can provide direct three-dimensional readouts of the structures of protein-small molecule complexes for lead development and fragment-based drug discovery. With current technology, an amenable crystal form can be screened crystallographically against a library of 1000-2000 fragments in 1-2 weeks. We have performed over a dozen crystallographic screening campaigns using our own compound collection called Fragments of Lifeâ„¢ (FOL). While the majority of our fragment screening campaigns have generated multiple hits, some unexpectedly turned out to be nonproductive, either yielding no bound ligands, or only those thought to be inadequate for lead development. In this chapter, we have attempted to identify one or more parameters which could be used to predict whether a crystallized protein target would be a good candidate for fragment hit discovery. Here, we describe the parameters of crystals from 18 fragment screening campaigns, including six unsuccessful targets. From this analysis, we have concluded that there are no parameters that are absolutely predictive of fragment screening success. However, we do describe a parameter we have termed pocket factor which provides a statistically significant variance between nonproductive targets and productive targets shown to bind fragments. The pocket factor is calculated using a novel method of consensus scoring from three distinct pocket-finding algorithms, and the results may be used to prioritize targets for fragment screening campaigns based on an initial crystal structure.

Predicting the success of fragment screening by X-ray crystallography.

Fragment de d&eacute;pistage &agrave; l&#39;aide de la diffraction des rayons x est une m&eacute;thode qui peut fournir directs lectures tridimensionnelles de la structure des complexes de prot&eacute;ine &agrave; petites mol&eacute;cules pour le d&eacute;veloppement de plomb et de d&eacute;couverte de m&eacute;dicaments bas&eacute;e sur des fragments. Avec la technologie actuelle, une forme cristalline se pr&ecirc;tent peut projet&eacute;e par cristallographie contre une biblioth&egrave;que des fragments de 1000-2000 1-2 semaines. Nous avons effectu&eacute; des campagnes de d&eacute;pistage cristallographique de plus d&#39;une douzaine &agrave; l&#39;aide de notre propre collection compos&eacute;e appel&eacute;e &trade; de Fragments de vie (FOL). Tandis que la majorit&eacute; de notre fragment des campagnes de d&eacute;pistage ont g&eacute;n&eacute;r&eacute; des occurrences multiples, certains inopin&eacute;ment s&#39;av&eacute;ra non productives, soit ne c&eacute;der aucun des ligands li&eacute;s, ou seulement ceux consid&eacute;r&eacute;s comme insuffisante pour le d&eacute;veloppement de plomb. Dans ce chapitre, nous avons tent&eacute; d&#39;identifier un ou plusieurs param&egrave;tres qui pouvaient &ecirc;tre utilis&eacute;s pour pr&eacute;dire si une cible de prot&eacute;ines cristallis&eacute;es serait un bon candidat pour le fragment frapp&eacute; d&eacute;couverte. Nous d&eacute;crivons ici les param&egrave;tres des cristaux de 18 campagnes de d&eacute;pistage de fragment, y compris six cibles sans succ&egrave;s. De cette analyse, nous avons conclu qu&#39;il n&#39;y a pas de param&egrave;tres qui sont absolument r&eacute;v&eacute;latrices du fragment succ&egrave;s de d&eacute;pistage. Cependant, nous d&eacute;crivent un param&egrave;tre que nous avons appel&eacute; facteur de poche qui offre une variation statistiquement significative entre les objectifs non productives et des objectifs productifs se lie &agrave; des fragments. Le facteur de poche est calcul&eacute; en utilisant une nouvelle m&eacute;thode de cotation de trois algorithmes de recherche de poche distinct par consensus, et les r&eacute;sultats peuvent servir &agrave; donner la priorit&eacute; &agrave; des cibles pour fragment bas&eacute;s sur une structure de cristal initial des campagnes de d&eacute;pistage.

Pr&eacute;dire le succ&egrave;s des fragment de d&eacute;pistage par cristallographie aux rayons x.

Frammento screening tramite cristallografia a raggi x &egrave; un metodo che pu&ograve; fornire letture dirette tridimensionale delle strutture di complessi proteina-piccola molecola per portare sviluppo e scoperta di nuovi farmaci basati su frammento. Con la tecnologia attuale, una forma di cristallo suscettibili pu&ograve; proiettata crystallographically contro una libreria di frammenti di 1000-2000 in 1-2 settimane. Abbiamo eseguito pi&ugrave; di una dozzina cristallografica screening campagne utilizzando la collezione composta chiamata frammenti di vita &trade; (FOL). Mentre la maggior parte del nostro frammento di campagne di screening hanno generato pi&ugrave; colpi, alcuni inaspettatamente si rivel&ograve; per essere non produttiva, sia non producendo ligandi legati, o solo quelli pensato per essere inadeguata per lo sviluppo di piombo. In questo capitolo, abbiamo cercato di identificare uno o pi&ugrave; parametri che potrebbero essere utilizzati per predire se un proteina cristallizzato bersaglio sarebbe un buon candidato per frammento colpito scoperta. Qui, descriviamo i parametri dei cristalli da 18 campagne di screening frammento, tra cui sei obiettivi infruttuosi. Da questa analisi, abbiamo concluso che non ci sono parametri che sono assolutamente predittivi del frammento di successo di screening. Tuttavia, descriviamo un parametro che noi abbiamo definito fattore di tasca che fornisce una varianza statisticamente significativa tra gli obiettivi non produttivo e obiettivi produttivi dimostrati che legano frammenti. Il pocket &egrave; calcolato utilizzando un nuovo metodo di segnare da tre distinti algoritmi tasca-ricerca di consenso, e i risultati possono essere utilizzati per impostare la priorit&agrave; degli obiettivi per frammento di campagne basate su una struttura di cristallo iniziale di screening.

Predire il successo del frammento di screening di cristallografia a raggi x.

Structural genomics efforts have traditionally focused on generating single protein structures of unique and diverse targets. However, a lone structure for a given target is often insufficient to firmly assign function or to drive drug discovery. As part of the Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID), we seek to expand the focus of structural genomics by elucidating ensembles of structures that examine small molecule-protein interactions for selected infectious disease targets. In this chapter, we discuss two applications for small molecule libraries in structural genomics: unbiased fragment screening, to provide inspiration for lead development, and targeted, knowledge-based screening, to confirm or correct the functional annotation of a given gene product. This shift in emphasis results in a structural genomics effort that is more engaged with the infectious disease research community, and one that produces structures of greater utility to researchers interested in both protein function and inhibitor development. We also describe specific methods for conducting high-throughput fragment screening in a structural genomics context by X-ray crystallography.

Fragment screening of infectious disease targets in a structural genomics environment.

G&eacute;nomique structurale efforts ont traditionnellement port&eacute; sur le d&eacute;veloppement de structures de prot&eacute;ine unique des cibles uniques et vari&eacute;s. Toutefois, une seule structure pour une cible donn&eacute;e est souvent insuffisante &agrave; fermement assign fonction ou &agrave; la d&eacute;couverte de m&eacute;dicaments en voiture. Dans le cadre du p&ocirc;le de g&eacute;nomique structurelle Seattle pour les maladies infectieuses (SSGCID), nous cherchons &agrave; &eacute;largir la port&eacute;e de la g&eacute;nomique structurale par &eacute;lucider des ensembles de structures qui examinent les interactions de petite mol&eacute;cule-prot&eacute;ine pour cibles de certaines maladies infectieuses. Dans ce chapitre, nous discutons de deux demandes de banques de petites mol&eacute;cules en g&eacute;nomique structurale : fragment non biais&eacute;e, de servir d&#39;inspiration pour le d&eacute;veloppement de plomb et cibl&eacute;e, ax&eacute;e sur les connaissances, pour confirmer ou corriger l&#39;annotation fonctionnelle du produit d&#39;un g&egrave;ne donn&eacute;. Ce changement d&#39;orientation se traduit par un effort de g&eacute;nomique structurale qui n&#39;est plus engag&eacute; dans la communaut&eacute; de recherche des maladies infectieuses et qui produit des structures de plus grande utilit&eacute; pour les chercheurs qui s&#39;int&eacute;ressent &agrave; la fois d&eacute;veloppement de fonction et inhibiteur de prot&eacute;ine. On d&eacute;crit aussi des m&eacute;thodes sp&eacute;cifiques pour l&#39;ex&eacute;cution de fragment high-throughput screening dans un contexte de g&eacute;nomique structurale par diffraction.

Fragment de d&eacute;pistage des cibles de maladies infectieuses en milieu de g&eacute;nomique structurale.

Genomica strutturale sforzi hanno tradizionalmente focalizzata sulla generazione di strutture proteiche singole destinazioni uniche e diverse. Tuttavia, una struttura solitaria per una determinata destinazione &egrave; spesso insufficiente a saldamente assegna funzione o alla scoperta della droga in auto. Come parte del centro di genomica strutturale di Seattle per malattie infettive (SSGCID), cerchiamo di ampliare il focus della genomica strutturale di chiarimento insiemi di strutture che esamina le interazioni di piccola molecola-proteina per target selezionati di malattia infettiva. In questo capitolo, discuteremo due applicazioni per le biblioteche di piccole molecole in genomica strutturale: screening frammento imparziale, a fornire ispirazione per lo sviluppo di piombo e lo screening mirato, basata sulla conoscenza, per confermare o correggere l&#39;annotazione funzionale di un prodotto dato gene. Questa variazione nell&#39;enfasi si traduce in uno sforzo di genomica strutturale che &egrave; pi&ugrave; impegnato con la comunit&agrave; di ricerca di malattie infettive e quello che produce strutture di maggiore utilit&agrave; per i ricercatori interessati a entrambi sviluppo di funzione e inibitore della proteina. Descriviamo anche metodi specifici per lo svolgimento di frammento di high-throughput screening in un contesto di genomica strutturale di cristallografia a raggi x.

Frammento lo screening degli obiettivi di malattia infettiva in un ambiente di genomica strutturale.

The HIV-1 transactivation response (TAR) element-Tat interaction is a potentially valuable target for treating HIV infection, but efforts to develop TAR-binding antiviral drugs have not yet yielded a successful candidate for clinical development. In this work, we describe a novel approach toward screening fragments against RNA that uses a chemical probe to target the Tat-binding region of TAR. This probe fulfills two critical roles in the screen: by locking the RNA into a conformation capable of binding other fragments, it simultaneously allows the identification of proximal binding fragments by ligand-based NMR. Using this approach, we have discovered six novel TAR-binding fragments, three of which were docked relative to the probe-RNA structure using experimental NMR restraints. The consistent orientations of functional groups in our data-driven docked structures and common electrostatic properties across all fragment leads reveal a surprising level of selectivity by our fragment-sized screening hits. These models further suggest linking strategies for the development of higher-affinity lead compounds for the inhibition of the TAR-Tat interaction.

A small-molecule probe induces a conformation in HIV TAR RNA capable of binding drug-like fragments.

L&#39;interaction d&#39;&eacute;l&eacute;ment-Tat du VIH-1 transactivation r&eacute;ponse (TAR) est une cible potentiellement pr&eacute;cieuse pour traiter l&#39;infection par le VIH, mais les efforts pour d&eacute;velopper des m&eacute;dicaments antiviraux liant bitumineux n&#39;ont pas encore donn&eacute; un candidat retenu pour le d&eacute;veloppement clinique. Dans ce travail, nous d&eacute;crivons une nouvelle approche envers la projection de fragments d&#39;ARN qui utilise une sonde chimique pour cibler la r&eacute;gion liant le Tat de goudron. Cette sonde remplit deux r&ocirc;les essentiels &agrave; l&#39;&eacute;cran : en verrouillant l&#39;ARN en une conformation capable de se lier d&#39;autres fragments, il permet simultan&eacute;ment l&#39;identification de fragments de fixation proximale par RMN ax&eacute;e sur le ligand. En utilisant cette approche, nous avons d&eacute;couvert six nouveaux fragments de liant bitumineux, dont trois ont &eacute;t&eacute; ancr&eacute; par rapport &agrave; la structure de la sonde-ARN &agrave; l&#39;aide de contraintes exp&eacute;rimentales de NMR. Les orientations coh&eacute;rentes de groupes fonctionnels dans notre data-driven ancr&eacute; des structures et des propri&eacute;t&eacute;s &eacute;lectrostatiques communes dans l&#39;ensemble de tous les c&acirc;bles de fragment t&eacute;moignent d&#39;un degr&eacute; surprenant de s&eacute;lectivit&eacute; par nos visites de d&eacute;pistage taille fragment. Ces mod&egrave;les plus sugg&egrave;rent reliant les strat&eacute;gies pour le d&eacute;veloppement de compos&eacute;s de plomb une affinit&eacute; plus &eacute;lev&eacute;e pour l&#39;inhibition de l&#39;interaction de TAR-Tat.

Une sonde de petit-mol&eacute;cule induit une conformation en ARN TAR du VIH capable de se lier &agrave; des fragments de drug-like.

L&#39;interazione di elemento-Tat di HIV-1 transattivazione risposta (TAR) &egrave; un target potenzialmente utile per trattare l&#39;infezione da HIV, ma gli sforzi per sviluppare farmaci antivirali TAR-associazione non hanno ancora portato ad un candidato per lo sviluppo clinico. In questo lavoro, ci descrivono un nuovo approccio verso lo screening frammenti contro RNA che utilizza una sonda chimica per indirizzare la regione Tat-associazione di catrame. Questa sonda compie due ruoli importanti nella schermata: bloccando il RNA in una conformazione in grado di legare altri frammenti, allo stesso tempo permette l&#39;identificazione dei frammenti prossimali associazione di ligand-based NMR. Utilizzando questo approccio, abbiamo scoperto sei frammenti di TAR-associazione romanzo, tre dei quali erano ancorati rispetto alla struttura del sonda-RNA utilizzando restrizioni NMR sperimentale. Gli orientamenti coerenti di gruppi funzionali nel nostro data-driven ancorata strutture e propriet&agrave; elettrostatiche comuni attraverso tutti i cavi del frammento rivelano un sorprendente livello di selettivit&agrave; dai nostri successi screening frammento di dimensioni medie. Questi modelli inoltre suggeriscono che collega strategie per lo sviluppo di composti di piombo maggiore affinit&agrave; per l&#39;inibizione dell&#39;interazione TAR-Tat.

Una sonda di piccolo-molecola induce una conformazione in TAR HIV RNA capace di droga-come frammenti di associazione.

The genus Burkholderia includes pathogenic gram-negative bacteria that cause melioidosis, glanders, and pulmonary infections of patients with cancer and cystic fibrosis. Drug resistance has made development of new antimicrobials critical. Many approaches to discovering new antimicrobials, such as structure-based drug design and whole cell phenotypic screens followed by lead refinement, require high-resolution structures of proteins essential to the parasite.

Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.

Le genre Burkholderia comprend des bact&eacute;ries Gram-n&eacute;gatives pathog&egrave;nes qui causent la m&eacute;lio&iuml;dose, morve et des infections pulmonaires des patients atteints de cancer et de la fibrose kystique. La r&eacute;sistance aux m&eacute;dicaments a fait le d&eacute;veloppement de nouveaux antimicrobiens critique. Beaucoup d&#39;approches &agrave; la d&eacute;couverte de nouveaux antimicrobiens, tels que structure-based drug design et &eacute;crans ph&eacute;notypique de cellules enti&egrave;res suivies d&#39;affinement de plomb, n&eacute;cessitent des structures &agrave; haute r&eacute;solution des prot&eacute;ines essentielles au parasite.

La combinaison de g&eacute;nomique fonctionnelle et structurelle pour go&ucirc;ter l&#39;essentiel structome de Burkholderia.

Il genere Burkholderia comprende batteri patogeni gram-negativi che causano la Melioidosi, morva e infezioni polmonari dei pazienti con cancro e fibrosi cistica. Resistenza ai farmaci ha reso lo sviluppo di nuovi antimicrobici critico. Molti approcci alla scoperta di nuovi farmaci antimicrobici, come droga basata su struttura di design e schermi fenotipica intera cellula, seguiti da affinamento di piombo, richiedono alta risoluzione strutture di proteine essenziali per il parassita.

Article	Year
Locking out viral replication. Nature chemical biology\| PubMed ID: 19841624	2009
Fragment-based discovery of novel thymidylate synthase leads by NMR screening and group epitope mapping. Chemical biology & drug design\| PubMed ID: 20626411	2010
Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei. Journal of structural and functional genomics\| PubMed ID: 21359640	2011
Predicting the success of fragment screening by X-ray crystallography. Methods in enzymology\| PubMed ID: 21371588	2011
Fragment screening of infectious disease targets in a structural genomics environment. Methods in enzymology\| PubMed ID: 21371605	2011
A small-molecule probe induces a conformation in HIV TAR RNA capable of binding drug-like fragments. Journal of molecular biology\| PubMed ID: 21763501	2011
Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. PloS one\| PubMed ID: 23382856	2013

Darren W. Begley

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