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Identification of Olfactory Volatiles using Gas Chromatography-Multi-unit Recordings (GCMR) in the Insect Antennal Lobe

All  organisms inhabit a world full of sensory stimuli that determine their  behavioral and physiological response to their environment. Olfaction is ...

University of Washington

&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; &#xFF08;TFs&#xFF09; &#x89C4;&#x7BA1;&#x901A;&#x8FC7;&#x7279;&#x5B9A;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x4E0E; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5728;&#x4F53;&#x5185; TF &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7269;&#x8272;&#x7684;&#x82AF;&#x7247;&#x8BFB;&#x51FA;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0; (&#x82AF;&#x7247;) &#x7684;&#x6700;&#x65B0;&#x8FDB;&#x5C55;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x9175;&#x6BCD; TFs &#x7684;&#x5C06;&#x8FD1;&#x4E00;&#x534A;&#x7684;&#x672A;&#x77E5; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#xFF0C;&#x662F;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x5F88;&#x591A;&#x4EBA;&#x9884;&#x6D4B; TFs &#x4ECD;&#x65E0;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x89E3;&#x51B3;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5DEE;&#x8DDD;&#x5728;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x9175;&#x6BCD; TFs &#x7684;&#x77E5;&#x8BC6;&#x548C;&#x5176;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x8C03;&#x63A7;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x8D85;&#x8FC7; 230 &#x4E07;&#x95F4;&#x9699;&#x548C; ungapped 8 bp &#x5E8F;&#x5217; (&quot;k-&#x5E02;&#x573A;&#x6C47;&#x7387;&quot;) &#x786E;&#x5B9A; 89 &#x5DF2;&#x77E5;&#x548C;&#x9884;&#x6D4B;&#x9175;&#x6BCD; tfs&#xFF0C;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A; 50 &#x65B0;&#x6216;&#x9175;&#x6BCD; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x663E;&#x8457;&#x4E0D;&#x540C;&#x76F4;&#x63A5; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7F51;&#x7AD9;&#x56FE;&#x6848;&#x548C;&#x56FE;&#x6848;&#x4E3A;&#x516B;&#x4E2A;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x524D;&#x8EAB;&#x53EA;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5171;&#x8BC6;&#x5E8F;&#x5217; &#xFF1B;&#x5728;&#x603B;&#x6570;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x5BF9;&#x5E94;&#x4EE5;&#x8D85;&#x8FC7; 50%&#x7684;&#x6570;&#x76EE;&#x589E;&#x52A0;&#x9175;&#x6BCD; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x786E;&#x5B9A; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7279;&#x70B9;&#x3002;&#x9664;&#x5176;&#x4ED6;&#x65B0;&#x7684;&#x76D1;&#x7BA1;&#x673A;&#x6784;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7ED1;&#x5B9A; PAC &#xFF08;&#x805A;&#x5408;&#x9176; A &#x548C; C) &#x56FE;&#x6848; (GATGAG) &#x53CA;&#x8C03;&#x8282;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; RNA (rRNA) &#x8F6C;&#x5F55;&#x548C;&#x52A0;&#x5DE5;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x90FD;&#x6784;&#x6210;&#x5BF9;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x53D1;&#x751F;&#x7684;&#x6838;&#x5FC3;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x4E0E;&#x8F83;&#x65E9;&#x524D;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x7C7B;&#x578B;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x7EFC;&#x5408; k mer &#x7ED1;&#x5B9A;&#x4F7F;&#x6211;&#x4EEC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8003;&#x8651;&#x76D1;&#x7BA1;&#x4E2A;&#x522B;&#x5355;&#x8BCD;&#x4E00;&#x7EA7;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6F5C;&#x529B;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B; k mer &#x6570;&#x636E;&#x5141;&#x8BB8;&#x6211;&#x4EEC;&#x4EE5; reannotate &#x4F5C;&#x4E3A;&#x76F4;&#x63A5;&#x6216;&#x95F4;&#x63A5;&#x7684;&#x4F53;&#x5185; TF &#x7ED1;&#x5B9A;&#x76EE;&#x6807;&#xFF0C;&#x5E76;&#x68C0;&#x67E5;&#x5BF9;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x5927;&#x7EA6; 1,700 &#x7684;&#x73AF;&#x5883;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6761;&#x4EF6; TFs &#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8C03;&#x6574;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x4FBF;&#x67E5;&#x660E; TFs &#x548C;&#x72EC;&#x8054;&#x4F53;&#x76D1;&#x7BA1;&#x9AD8;&#x7B49;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x5143;&#x7D20;&#x3002;

&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x9175;&#x6BCD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Transcription factors (TFs) regulate the expression of genes through sequence-specific interactions with DNA-binding sites. However, despite recent progress in identifying in vivo TF binding sites by microarray readout of chromatin immunoprecipitation (ChIP-chip), nearly half of all known yeast TFs are of unknown DNA-binding specificities, and many additional predicted TFs remain uncharacterized. To address these gaps in our knowledge of yeast TFs and their cis regulatory sequences, we have determined high-resolution binding profiles for 89 known and predicted yeast TFs, over more than 2.3 million gapped and ungapped 8-bp sequences ("k-mers"). We report 50 new or significantly different direct DNA-binding site motifs for yeast DNA-binding proteins and motifs for eight proteins for which only a consensus sequence was previously known; in total, this corresponds to over a 50% increase in the number of yeast DNA-binding proteins with experimentally determined DNA-binding specificities. Among other novel regulators, we discovered proteins that bind the PAC (Polymerase A and C) motif (GATGAG) and regulate ribosomal RNA (rRNA) transcription and processing, core cellular processes that are constituent to ribosome biogenesis. In contrast to earlier data types, these comprehensive k-mer binding data permit us to consider the regulatory potential of genomic sequence at the individual word level. These k-mer data allowed us to reannotate in vivo TF binding targets as direct or indirect and to examine TFs' potential effects on gene expression in approximately 1,700 environmental and cellular conditions. These approaches could be adapted to identify TFs and cis regulatory elements in higher eukaryotes.

High-resolution DNA-binding specificity analysis of yeast transcription factors.

Facteurs de transcription (TFs) r&eacute;gulent l&#39;expression des g&egrave;nes par des interactions sp&eacute;cifiques avec des sites de liaison &agrave; l&#39;ADN. Cependant, malgr&eacute; les r&eacute;cents progr&egrave;s dans l&#39;identification des sites de fixation de TF in vivo par microarray lecture d&#39;immunopr&eacute;cipitation de la chromatine (ChIP-chip), pr&egrave;s de la moiti&eacute; de toutes les levures connu TFs sont des sp&eacute;cificit&eacute;s de liaison &agrave; l&#39;ADN inconnues, et beaucoup d&#39;autres pr&eacute;dit que TFS restent ind&eacute;termin&eacute;s. Pour rem&eacute;dier &agrave; ces lacunes dans nos connaissances de levure TFs et leurs s&eacute;quences r&eacute;gulatrices de cis, nous avons d&eacute;termin&eacute; les profils de liaison &agrave; haute r&eacute;solution pour 89 connue et estim&eacute;e de levure TFs, sur plus de 2,3 millions espacement et ungapped PB 8 s&eacute;quences (&quot;k-mers&quot;). Nous rapportons 50 nouveaux ou sensiblement diff&eacute;rents motifs de site de liaison &agrave; l&#39;ADN directes pour les prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ADN de levure et de motifs pour huit prot&eacute;ines pour lesquelles seulement une s&eacute;quence consensus &eacute;tait pr&eacute;c&eacute;demment connue ; au total, cela correspond au plus 50 % augmentation du nombre de levure ADN-prot&eacute;ines ayant des sp&eacute;cificit&eacute;s de liaison &agrave; l&#39;ADN d&eacute;termin&eacute;es exp&eacute;rimentalement. Parmi les autres nouveaux r&eacute;gulateurs, nous avons d&eacute;couvert des prot&eacute;ines qui se lient le motif de la PAC (polym&eacute;rase A et C) (GATGAG) et de r&eacute;glementent le traitement et la transcription de l&#39;ARN ribosomique (ARNr), les processus cellulaires de base qui sont constitutifs de la biogen&egrave;se des ribosomes. Contrairement aux types de donn&eacute;es ant&eacute;rieures, ces donn&eacute;es de liaison compl&egrave;te k-mer nous permettent d&#39;envisager la possibilit&eacute; r&eacute;glementaire de la s&eacute;quence g&eacute;nomique au niveau du mot individuel. Ces donn&eacute;es k-mer nous permettent de reannotate les cibles de liaison TF in vivo comme directe ou indirecte et d&#39;examiner les effets potentiels des TFs sur l&#39;expression g&eacute;nique dans environ 1 700 conditions environnementales et cellulaires. Ces approches pourraient &ecirc;tre adapt&eacute;s pour identifier des &eacute;l&eacute;ments r&eacute;gulateurs cis chez les eucaryotes sup&eacute;rieurs et TFs.

Haute r&eacute;solution analyse de sp&eacute;cificit&eacute; de liaison &agrave; l&#39;ADN de facteurs de transcription de levure.

Transkriptionsfaktoren (TFs) regulieren die Expression von Genen durch Sequenz-spezifische Interaktionen mit DNA-Bindungsstellen. Jedoch trotz der j&uuml;ngsten Fortschritte bei der Identifizierung von in-vivo-TF-Bindungsstellen von Microarray-Auslesen von Chromatin Immunopr&auml;zipitation (ChIP-Chip) fast die H&auml;lfte aller bekannten Hefe TFs sind unbekannte DNA-bindenen Besonderheiten und viele zus&auml;tzliche vorhergesagt, dass TFs uncharakterisiertes bleiben. Um diese Wissensl&uuml;cken Hefe TFs und ihre Cis-regulatorische Sequenzen zu beheben, haben wir hochaufl&ouml;sende verbindliche Profile f&uuml;r 89 bekannt und vorhergesagten Hefe TFs, &uuml;ber mehr als 2,3 Millionen unvollst&auml;ndige und ungapped-8-bp Sequenzen (&quot;k-Mers&quot;) festgelegt. Wir berichten &uuml;ber 50 neue oder deutlich andere direkte DNA-bindenen Website Motive f&uuml;r Hefe DNA-bindene Proteine und Motive f&uuml;r acht Proteine, f&uuml;r die nur eine Konsensus-Sequenz zuvor bekannt war; insgesamt entspricht dies um &uuml;ber 50 % Anstieg der Zahl der Hefe DNA-bindenen Proteine mit experimentell bestimmte DNA-bindenen Besonderheiten. Andere neuartige Regulierungsbeh&ouml;rden entdeckten wir Proteine, die das PAC (Polymerase A und C)-Motiv (GATGAG) zu binden und zu regulieren, Ribosomale RNA (rRNA) Transkription und Verarbeitung, zellul&auml;re Kernprozesse, die konstituierenden zum Ribosom Biogenese sind. Im Gegensatz zu fr&uuml;heren Datentypen erlauben diese umfassende k-Mer Binden von Daten uns das regulatorische Potenzial der genomischen Sequenz auf die einzelnen Wortebene zu ber&uuml;cksichtigen. Diese k-Mer-Daten erlaubt uns zu in-vivo-TF-verbindliche Ziele als direkte oder indirekte reannotate und TFs m&ouml;glichen Auswirkungen auf die Genexpression in etwa 1.700 Umwelt- und zellul&auml;ren Bedingungen zu untersuchen. Diese Ans&auml;tze k&ouml;nnten zur Identifizierung TFs und Cis-regulatorischen Elementen in den h&ouml;heren Eukaryotes angepasst werden.

Hochaufl&ouml;sende DNA-bindenen Spezifit&auml;t Analyse der Hefe Transkriptionsfaktoren.

Fattori di trascrizione (TFs) regolano l&#39;espressione dei geni attraverso la sequenza-specifiche interazioni con i siti di legame del DNA. Tuttavia, nonostante i recenti progressi nell&#39;individuare i siti di legame in vivo di TF dalla lettura di microarray di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP-chip), quasi la met&agrave; di tutte le note di lievito TFs sono delle specificit&agrave; di DNA-binding sconosciuta, e molti altri predetto che TFS rimangono atipici. Per risolvere queste lacune nella nostra conoscenza di lievito TFs e le sequenze regolatrici del cis, abbiamo determinato profili ad alta risoluzione vincolante per 89 lievito conosciuto e stimato TFs, sopra pi&ugrave; di 2,3 milioni implementate e ungapped 8-bp sequenze (&quot;k-mers&quot;). Riportiamo 50 nuovi o significativamente differenti motivi diretti del DNA-binding sito per DNA-binding proteins lievito e motivi per otto proteine per cui era noto in precedenza solo una sequenza di consenso; in totale, questo corrisponde per sopra un 50% di aumento nel numero di lievito DNA-binding proteins, con specificit&agrave; di DNA-binding sperimentalmente risoluta. Tra altri regolatori romanzo, abbiamo scoperto le proteine che legano il motivo del PAC (polimerasi A e C) (GATGAG) e regolano la elaborazione e trascrizione di RNA ribosomiale (rRNA), processi cellulari fondamentali che sono costitutivi di biogenesi del ribosoma. In contrasto con i precedenti tipi di dati, questi dati di associazione completa k-mer ci permettono di prendere in considerazione il potenziale normativo della sequenza genomica a livello di singola parola. Questi dati k-mer ci ha permesso di reannotate obiettivi in vivo TF vincolanti come diretto o indiretto e di esaminare i potenziali effetti dei TFs sull&#39;espressione genica in condizioni ambientali e cellulare circa 1.700. Questi approcci potrebbero essere adattati per identificare elementi normativi cis negli eucarioti superiori e TFs.

Analisi ad alta risoluzione del DNA-binding specificit&agrave; dei fattori di trascrizione di lievito.

(TFs) &#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E; DNA &#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D; (&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7;) &#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x51FA;&#x3057;&#x306B;&#x3088;&#x308B; in vivo &#x3067;&#x306E; TF &#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x9032;&#x6B69;&#x3001;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E; TFs &#x306E;&#x307B;&#x307C;&#x534A;&#x5206;&#x306F;&#x672A;&#x77E5;&#x306E; DNA &#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x3001;TFs &#x306F;&#x4F8B;&#x3092;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x9175;&#x6BCD; TFs &#x306E;&#x79C1;&#x9054;&#x306E;&#x77E5;&#x8B58;&#x306E;&#x30AE;&#x30E3;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;&#x3092; cis &#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB; 89 &#x306E;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x305F;&#x9175;&#x6BCD; TFs &#x306E;&#x4EE5;&#x4E0A; 230 &#x4E07;&#x30AE;&#x30E3;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;&#x30AE;&#x30E3;&#x30C3;&#x30D7; 8 bp &#x914D;&#x5217;&#x4E0A; &#xFF08;&quot;k-mers&quot;) &#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x65B0;&#x3057;&#x3044; 50 &#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x76F4;&#x63A5;&#x306E; DNA &#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x9175;&#x6BCD; DNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3057;&#x304B;&#x4E00;&#x81F4;&#x304C;&#x4EE5;&#x524D;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F; 8 &#x3064;&#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5408;&#x8A08;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x306F; 50 &#xFF05; &#x9175;&#x6BCD;&#x306E;&#x6570;&#x306E;&#x5897;&#x52A0; DNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3068; DNA &#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x306F;&#x5B9F;&#x9A13;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x65B0;&#x898F;&#x898F;&#x5236;&#x5F53;&#x5C40;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x3001;PAC (&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC; A &#x3068; C) &#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5; (GATGAG) &#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3057;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0; RNA (rRNA) &#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x3068;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3001;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x751F;&#x5408;&#x6210;&#x306B;&#x69CB;&#x6210;&#x30B3;&#x30A2;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x578B;&#x3068;&#x306F;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A; k-&#x30E1;&#x30FC;&#x30EB;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x5358;&#x8A9E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x8003;&#x616E;&#x3059;&#x308B;&#x8A31;&#x53EF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; k &#x30FB; &#x30B7;&#x30E5;&#x30EB; &#x30FB; &#x30E1;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; in vivo &#x3067;&#x306E; TF &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x76F4;&#x63A5;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x9593;&#x63A5; reannotate &#x3057;&#x3001;&#x7D04; 1,700 &#x6761;&#x4EF6;&#x74B0;&#x5883;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E; TFs &#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;TFs &#x53CA;&#x3073;&#x9AD8;&#x7B49;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E; cis &#x898F;&#x5236;&#x8981;&#x7D20;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9069;&#x5FDC;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306E; DNA &#x7D50;&#x5408;&#x306F;&#x9175;&#x6BCD;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3002;

&#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778; (TFs) &#xC870;&#xC808; &#xC720;&#xC804;&#xC790; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC640; &#xC21C;&#xC11C; &#xD2B9;&#xC815; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD45C;&#xD604;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, chromatin immunoprecipitation (&#xCE69;)&#xC758; microarray &#xD310;&#xB3C5; &#xD558; &#xC5EC; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; TF &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD5C;&#xADFC; &#xC9C4;&#xD589;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xD6A8; &#xBAA8; Tfs&#xC758; &#xAC70;&#xC758; &#xC808;&#xBC18;&#xC740; &#xD558; &#xACE0; &#xB9CE;&#xC740; &#xCD94;&#xAC00; TFs &#xB0A8;&#xC544; &#xC0C8;&#xB86D;&#xAC70;&#xB098; &#xC608;&#xCE21;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD6A8; &#xBAA8; Tfs&#xC758; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC9C0;&#xC2DD;&#xC774; &#xACA9;&#xCC28;&#xC640; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; cis &#xADDC;&#xC81C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC6B0;&#xB9AC; 230&#xB9CC; &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xACC4;&#xAE30; &#xBC0F; ungapped 8-bp &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBA54; (&quot;k-&#xB974;&quot;)&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; 89 &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC608;&#xCE21; &#xD6A8; &#xBAA8; tfs &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; 50 &#xB610;&#xB294; &#xD6A8; &#xBAA8; DNA &#xBB36;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xB2E4;&#xB978; &#xC9C1;&#xC811; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC640; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C;&#xB9CC; &#xC77C;&#xCE58; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC84C;&#xB2E4;; 8 &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C; &#xCD1D;, &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACB0;&#xC815;&#xB41C;-DNA &#xBB36;&#xB294; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C; DNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 50% &#xC774;&#xC0C1; &#xD6A8; &#xBAA8; &#xC218;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9;. &#xB2E4;&#xB978; &#xC18C;&#xC124; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; &#xC911; PAC (&#xD6A8;&#xC18C; A&#xC640; C) &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; (GATGAG)&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0; ribosomal RNA (rRNA) &#xC804;&#xC0AC; &#xBC0F; &#xCC98;&#xB9AC; &#xC870;&#xC808; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, &#xB9AC;&#xBCF4;&#xC19C; &#xC18D;&#xC5D0; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xD575;&#xC2EC; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xC804; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xD615;&#xC2DD;&#xC744; &#xB2EC;&#xB9AC; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; k &#xBA54; &#xB974; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xB2E8;&#xC5B4; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xADDC;&#xC81C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC744; &#xACE0;&#xB824; &#xD558;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xD5C8;&#xC6A9;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; k-&#xBA54; &#xB974; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC9C1;&#xC811; &#xB610;&#xB294; &#xAC04;&#xC811;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; TF &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB300;&#xC0C1; reannotate &#xBC0F; &#xC57D; 1700 &#xD658;&#xACBD;&#xACFC; &#xC138;&#xD3EC; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0; Tfs&#xC758; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC870;&#xC0AC; &#xC218; &#xC788;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; Tfs&#xC640; &#xB192;&#xC740; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; cis &#xADDC;&#xC815; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC801;&#xC751; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD6A8; &#xBAA8; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;&#xC758; &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131; &#xBD84;&#xC11D;.

Factores de transcripci&oacute;n (TFs) regulan la expresi&oacute;n de genes a trav&eacute;s de la secuencia espec&iacute;fica de interacciones con los sitios de uni&oacute;n al ADN. Sin embargo, a pesar de los recientes avances en la identificaci&oacute;n de sitios de uni&oacute;n de TF in vivo por lectura de microarrays de inmunoprecipitaci&oacute;n de cromatina (ChIP-chip), casi la mitad de todos conocida levadura TFs de especificidades de ADN desconocidas, y muchos adicionales predijeron que TFS permanecen desacostumbrados. Para abordar estas lagunas en nuestro conocimiento de levadura TFs y sus secuencias reguladoras del cis, hemos determinado perfiles de alta resoluci&oacute;n vinculante para 89 TFs de levaduras conocidas y previstas, sobre m&aacute;s de 2,3 millones calibradas y ungapped 8-bp secuencias (&quot;k-mers&quot;). Divulgamos 50 nuevos o significativamente diferentes motivos de sitio ADN directas para las prote&iacute;nas de uni&oacute;n al ADN de levadura y motivos para ocho prote&iacute;nas que anteriormente era conocida solamente una secuencia consenso; en total, esto corresponde a m&aacute;s de un 50% aumento del n&uacute;mero de levaduras prote&iacute;nas de uni&oacute;n a ADN con especificidades de ADN determinadas experimentalmente. Entre otros reguladores de la novela, descubrimos las prote&iacute;nas que se unen el motivo de la PAC (polimerasa A y C) (GATGAG) y regulan el proceso y la transcripci&oacute;n del ARN ribos&oacute;mico (ARNr), los procesos celulares b&aacute;sicos que son constitutivos de la biog&eacute;nesis de ribosomas. A diferencia de los anteriores tipos de datos, estos datos de enlace integral k-mer permiten considerar el potencial regulador de secuencia gen&oacute;mica a nivel individual de la palabra. Estos datos de k-mer permitieron que reannotate objetivos vinculantes de TF en vivo como directa o indirecta y examinar potenciales efectos &#39;TFs sobre la expresi&oacute;n g&eacute;nica en aproximadamente 1.700 condiciones ambientales y celulares. Estos enfoques podr&iacute;an ser adaptados para identificar TFs y elementos reguladores cis en eucariotas superiores.

Kelsey J. R. P. Byers

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