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RNA-seq Analysis of Transcriptomes in Thrombin-treated and Control Human Pulmonary Microvascular Endothelial Cells

The characterization of gene expression in cells via measurement of mRNA levels is a useful tool in determining how the transcriptional machinery of the ...

Children's Mercy Hospital and Clinics, School of Medicine, University of Missouri-Kansas City

&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x65F6;&#x5F02;&#x5E38;&#x4E00;&#x76F4;&#x5728;&#x53C2;&#x4E0E;&#x4E00;&#x4E9B;&#x75C5;&#x7406;&#x708E;&#x75C7;&#x6761;&#x4EF6;&#x3001; &#x764C;&#x75C7;&#x3001; &#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x3001; &#x51A0;&#x5FC3;&#x75C5;&#x7B49;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x7531;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x7684;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x7406;&#x89E3;&#x3002;&#x5728;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x7167;&#x6392;&#x80F6;&#x7247; RNA seq &#x88AB;&#x7528;&#x6765;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x4EBA;&#x80BA;&#x5FAE;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE; (HMVEC L) &#x6CBB;&#x7597; 6 h &#x6765;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x5BF9;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x529F;&#x80FD;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x3002;&#x4ECE; 1 &#x4EBF;&#x4ECE;&#x914D;&#x5BF9;&#x7684;&#x7ED3;&#x675F;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7684;&#x8BFB;&#x53D6;&#x603B;&#x6570;&#xFF0C;91-94%&#x7684;&#x8BFB;&#x53D6;&#x4E86;&#x5BF9;&#x9F50;&#x8D85;&#x8FC7; 16,000 &#x7684;&#x5F15;&#x7528;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x4E0A;&#x8C03; 150 &#x7531;&#x81F3;&#x5C11; 2 &#x500D;&#x5DF2;&#x77E5;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C; 480 &#x7684;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x548C;&#x7F16;&#x7801; 2,190 &#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C; 3,574 &#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x3002;&#x6CE8;&#x3001; &#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x589E;&#x9AD8; 1,775 &#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x548C;&#x7F16;&#x7801; 12,202 &#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x81F3;&#x5C11; 2 &#x500D;&#x3002;&#x8BB8;&#x591A;&#x57FA;&#x56E0;&#x663E;&#x793A;&#x540E;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x6CBB;&#x7597;&#x9F3B;&#x606F;&#x8089;&#x5177;&#x4F53;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x4E0E;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8D77;&#x59CB;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x4E0D;&#x540C;&#x7528;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684; RNA seq &#x6570;&#x636E;&#x4E0E;&#x90A3;&#x4E9B;&#x8981;&#x4E48; 6 h &#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x7684; DNA &#x82AF;&#x7247;&#x5206;&#x6790;&#x4EA4;&#x53C9;&#x6BD4;&#x8F83;&#x6CBB;&#x7597;&#x8110;&#x6216; 5 h TNF&alpha; &#x6CBB;&#x7597; HMVEC &#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x91CD;&#x5927;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x652F;&#x6301;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x7684;&#x9C81;&#x68D2;&#x5B9E;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x91CD;&#x53E0;&#x5217;&#x8868;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x62A5;&#x544A;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x6DF1;&#x5165;&#x540E;&#x7EED;&#x5206;&#x6790;&#x53EF;&#x80FD;&#x63ED;&#x793A;&#x80CC;&#x540E;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x5185;&#x76AE;&#x529F;&#x80FD;&#x969C;&#x788D;&#x7684;&#x5404;&#x79CD;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x81F4;&#x75C5;&#x673A;&#x5236;&#x548C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x65B0;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x987E;&#x5BA2;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x9776;&#x70B9;&#x3002;

RNA seq &#x63ED;&#x793A;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x51DD;&#x8840;&#x9176;&#x6CBB;&#x7597;&#x7684;&#x4EBA;&#x80BA;&#x5FAE;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53CA;&#x5176;&#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;

The dysregulation of vascular endothelial cells by thrombin has been implicated in the development of a number of pathologic disorders such as inflammatory conditions, cancer, diabetes, coronary heart disease. However, transcriptional regulation of vascular endothelial cells by thrombin is not completely understood. In the present study, Illumina RNA-seq was used to profile the transcriptome in human pulmonary microvascular endothelial cells (HMVEC-L) treated with thrombin for 6 h to gain insight into thrombin's direct effects on the endothelial function. Out of 100 million total reads from a paired end sequencing assay, 91-94% of the reads were aligned to over 16,000 genes in the reference human genome. Thrombin upregulated 150 known genes and 480 known isoforms, and downregulated 2,190 known genes and 3,574 known isoforms by at least 2 fold. Of note, thrombin upregulated 1,775 previously unknown isoforms and downregulated 12,202 previously unknown isoforms by at least 2 fold. Many genes displayed isoform specific differential expression levels and different usage of transcriptional start sites after the thrombin treatment. The cross comparisons between our RNA-seq data and those of DNA microarray analysis of either 6 h thrombin treated HUVEC or 5 h TNFÎ± treated HMVEC have provided a significant overlapping list of differentially expressed genes, supporting the robust utility of our dataset. Further in-depth follow-up analysis of the transcriptional regulation reported in this study may shed light on molecular pathogenic mechanisms underlying thrombin mediated endothelial dysfunction in various diseases and provide new leads of potential therapeutic targets.

RNA-seq reveals novel transcriptome of genes and their isoforms in human pulmonary microvascular endothelial cells treated with thrombin.

Le d&eacute;r&egrave;glement des cellules endoth&eacute;liales vasculaires par la thrombine a &eacute;t&eacute; impliqu&eacute; dans le d&eacute;veloppement d&#39;un certain nombre de troubles pathologiques telles que les affections inflammatoires, cancer, diab&egrave;te, maladie coronarienne. Toutefois, la r&eacute;gulation transcriptionnelle des cellules endoth&eacute;liales vasculaires par la thrombine n&#39;est pas compl&egrave;tement &eacute;lucid&eacute;e. Dans la pr&eacute;sente &eacute;tude, Illumina RNA-seq servait pour profiler le transcriptome dans des cellules endoth&eacute;liales microvasculaires pulmonaires (HMVEC-L) trait&eacute; avec la thrombine pendant 6 h avoir un aper&ccedil;u des effets directs de la thrombine sur la fonction endoth&eacute;liale. Hors 100 millions totales lectures d&#39;un dosage de s&eacute;quen&ccedil;age fin appari&eacute;s, 91 &agrave; 94 % les lectures &eacute;taient align&eacute;s &agrave; plus de 16 000 g&egrave;nes dans le g&eacute;nome humain de r&eacute;f&eacute;rence. Thrombine surexprim&eacute;s 150 connu des g&egrave;nes et 480 isoformes connues et r&eacute;prim&eacute;s 2 190 g&egrave;nes connus 3 574 isoformes connues au moins 2 fois. De note, thrombine surexprim&eacute;s 1 775 isoformes jusque-l&agrave; inconnues et r&eacute;prim&eacute;s 12 202 isoformes jusque-l&agrave; inconnues au moins 2 fois. Plusieurs g&egrave;nes affichent des niveaux sp&eacute;cifiques d&#39;expression diff&eacute;rentielle isoforme et utilisation diff&eacute;rente des sites de d&eacute;part transcriptionnel apr&egrave;s le traitement de la thrombine. Les comparaisons crois&eacute;es entre nos donn&eacute;es de RNA-seq et celles du DNA microarray analysis of soit thrombine 6 h traitement HUVEC ou 5 h TNF&alpha; HMVEC ont fourni une liste de chevauchement significative de g&egrave;nes diff&eacute;rentiellement exprim&eacute;s, soutenant l&#39;utilitaire robuste de notre dataset. Analyse suivie approfondie de la r&eacute;gulation transcriptionnelle rapport&eacute;e dans cette &eacute;tude pourrait faire la lumi&egrave;re sur les m&eacute;canismes pathog&eacute;niques mol&eacute;culaires qui sous-tendent la thrombine m&eacute;di&eacute;e par la dysfonction endoth&eacute;liale dans diverses maladies et fournir de nouvelles pistes de cibles th&eacute;rapeutiques potentielles.

RNA-seq r&eacute;v&egrave;le roman transcriptome de g&egrave;nes et leurs isoformes dans humains cellules endoth&eacute;liales microvasculaires pulmonaires trait&eacute;s par la thrombine.

Die Dysregulation des vaskul&auml;ren endothelialen Zellen durch Thrombin hat bei der Entwicklung einer Reihe von pathologischen Erkrankungen wie Entz&uuml;ndungen, Krebs, Diabetes, koronare Herzkrankheit verwickelt. Transkriptionelle Regulation des vaskul&auml;ren endothelialen Zellen durch Thrombin wird jedoch nicht vollst&auml;ndig verstanden. In der vorliegenden Studie wurde Illumina RNA-Seq verwendet, das Transkriptom in menschlichen pulmonalen mikrovaskul&auml;re Endothelzellen (HMVEC-L) mit Thrombin f&uuml;r 6 h, um Einblick in Thrombin die direkten Auswirkungen auf die endotheliale Funktion behandelt ein Profil. Aus 100 Millionen Gesamt liest aus einer gepaarten Ende Sequenzierung Assay wurden mehr als 16.000 Gene im menschlichen Genom Verweis 91-94 % des lautet ausgerichtet. Thrombin herraufreguliert 150 bekannt Gene und 480 bekannten Isoformen, und Downregulated 2.190 bekannten Gene 3.574 bekannten Isoformen von mindestens 2 Falten. Der Hinweis, Thrombin herraufreguliert 1.775 bisher unbekannte Isoformen und Downregulated 12.202 bisher unbekannte Isoformen von mindestens 2 Falten. Viele Gene Isoform spezifischen differentielle Ausdruck Niveaus und unterschiedliche Nutzung transkriptionelle Start Sites nach der Thrombin-Behandlung angezeigt. Die Kreuz Vergleiche zwischen unsere RNA-Seq-Daten und denen der DNA-Microarray-Analyse von entweder 6 h-Thrombin behandelt HUVEC oder 5H TNF&alpha; behandelt HMVEC haben eine bedeutende &uuml;berlappende Liste der differentiell exprimierten Genen, unterst&uuml;tzen das robuste Dienstprogramm unseres DataSet zur Verf&uuml;gung gestellt. Weitere Follow-up Tiefenanalyse der die transkriptionelle Regulation berichtet in dieser Studie kann Licht auf molekularen pathogenen Mechanismen vermittelt Thrombin endothelialen Dysfunktion bei verschiedenen Krankheiten und bieten neue Leads von m&ouml;gliche therapeutische Ziele.

RNA-Seq zeigt neuartige Transkriptom der Gene und ihrer Isoformen in menschlichen pulmonalen mikrovaskul&auml;re Endothelzellen mit Thrombin behandelt.

La disregolazione delle cellule endoteliali vascolari dalla trombina &egrave; stato implicato nello sviluppo di una serie di disturbi patologici quali condizioni infiammatorie, cancro, diabete, malattia di cuore coronaria. Tuttavia, regolazione trascrizionale di cellule endoteliali vascolari dalla trombina completamente non &egrave; capito. Nel presente studio, Illumina RNA-seq &egrave; stato utilizzato per il profilo del transcriptome nelle cellule endoteliali Microvascolari umane polmonare (HMVEC-L) trattato con trombina per 6 h a comprendere in effetti diretti della trombina sulla funzione endoteliale. Fuori legge totale 100 milioni da un dosaggio di sequenziamento fine accoppiati, 91-94% della legge sono stati stati allineati per oltre 16.000 geni nel genoma umano di riferimento. Trombina sovraregolati 150 noto geni e 480 isoforme conosciute e 2.190 geni noti downregolata 3.574 isoforme conosciute da almeno 2 volte. Di nota, trombina sovraregolati 1.775 isoforme precedentemente sconosciuti e downregolata 12.202 isoforme precedentemente sconosciuti da almeno 2 volte. Molti geni visualizzati i livelli di espressione differenziale specifico isoform e diverso utilizzo dei siti di inizio di transcriptional dopo il trattamento di trombina. I confronti incrociati tra i nostri dati RNA-seq e quelli di analisi microarray del DNA di trombina o 6 h trattati HUVEC o 5h TNF&alpha; trattati HMVEC hanno fornito un elenco di sovrapposizione significativo di geni differenzialmente espressi, sostenendo l&#39;utilit&agrave; robusto del nostro dataset. Follow-up analisi pi&ugrave; approfondita del regolamento transcriptional riportato in questo studio possono far luce sui meccanismi molecolari di patogeni sottostante disfunzione endoteliale trombina mediata in varie malattie e fornire nuovi cavi di potenziali bersagli terapeutici.

RNA-seq rivela transcriptome romanzo dei geni e dei loro isoforme in umane cellule endoteliali microvascolare polmonare trattate con trombina.

&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x4E0D;&#x5168;&#x306F;&#x3001;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x3001;&#x304C;&#x3093;&#x3001;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x3001;&#x51A0;&#x72B6;&#x52D5;&#x8108;&#x6027;&#x5FC3;&#x81D3;&#x75C5;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x75C5;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x969C;&#x5BB3;&#x306E;&#x6570;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x7406;&#x89E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30A4;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA; RNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3; &#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x7684;&#x306A;&#x5F71;&#x97FF;&#x3067;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B; 6 &#x6642;&#x9593;&#x3092;&#x6271;&#x3046;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x80BA;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE; (HMVEC-L&#xFF09; &#x306F;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30DA;&#x30A2;&#x7D42;&#x4E86;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x5206;&#x6790;&#x304B;&#x3089; 1 &#x5104;&#x7DCF;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x304B;&#x3089;&#x3001;16,000 &#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x53C2;&#x7167;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B; 91-94% &#x306B;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x304C;&#x6574;&#x5217;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x8A98;&#x5C0E; 150 3,574 &#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30A4;&#x30BD;&#x578B;&#x9999;&#x5473; 2,190 &#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068; 480 &#x306E;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30A4;&#x30BD;&#x578B;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 2 &#x500D;&#x306B;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30E2;&#x3001;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x8A98;&#x5C0E; 1,775 &#x672A;&#x77E5;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;&#x9999;&#x5473; 12,202 &#x672A;&#x77E5;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 2 &#x500D;&#x306E;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x7279;&#x5B9A;&#x767A;&#x73FE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8EE2;&#x5199;&#x958B;&#x59CB;&#x70B9;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x4F7F;&#x7528;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x6CBB;&#x7642;&#x5F8C;&#x306E;&#x8868;&#x793A;&#x3002;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE; RNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068; DNA &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B; 6 h &#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3092;&#x51E6;&#x7406;&#x307E;&#x305F;&#x306F; 5 h TNF&alpha; &#x6CBB;&#x7642; HMVEC &#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5805;&#x7262;&#x306A;&#x30E6;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3059;&#x308B;&#x767A;&#x73FE;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x91CD;&#x8907;&#x3059;&#x308B;&#x4E00;&#x89A7;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3067;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x30D5;&#x30A9;&#x30ED;&#x30FC; &#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x306E;&#x5185;&#x76AE;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E0D;&#x5168;&#x304C;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x75BE;&#x60A3;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x89E3;&#x660E;&#x306B;&#x5149;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x3057;&#x3066;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x6CBB;&#x7642;&#x4E0A;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x30D3;&#x30F3;&#x3092;&#x6271;&#x308F;&#x308C;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x80BA;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30A2;&#x30A4;&#x30BD; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x65B0;&#x898F;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD608;&#xAD00; &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; dysregulation &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC5FC;&#xC99D; &#xC131; &#xC870;&#xAC74;, &#xC554;, &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1;, &#xAD00;&#xC0C1; &#xB3D9;&#xB9E5; &#xC2EC;&#xC7A5; &#xC9C8;&#xD658; &#xAC19;&#xC740; pathologic &#xC7A5;&#xC560;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; &#xB418;&#xC5B4;&#xC788;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD608;&#xAD00; &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; transcriptional &#xADDC;&#xC81C; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xC774;&#xD574; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB294;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; Illumina RNA seq &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD3D0; microvascular &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC; (HMVEC L)&#xC5D0;&#xC11C; &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48;&#xC758; &#xB0B4; &#xD53C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xC9C1;&#xC811;&#xC801;&#xC778; &#xC601;&#xD5A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC5BB;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; 6 h&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48; &#xCE58;&#xB8CC; transcriptome &#xD504;&#xB85C;&#xD544;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. 100&#xB9CC; &#xC30D;&#xC744; &#xC774;&#xB8E8;&#xB294; &#xC5D4;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xCD1D; &#xC77D;&#xAE30;, &#xBC16;&#xC73C;&#xB85C; &#xC77D;&#xAE30; 91-94% &#xCC38;&#xC870; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; 16000 &#xC774;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC815;&#xB82C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48; upregulated 150 2 &#xACB9; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC0F; 480 &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; isoforms &#xBC0F; downregulated 2190 &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; 3,574 &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; isoforms &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCC38;&#xACE0;, &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48; upregulated 1775 &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; isoforms &#xBC0F; &#xCD5C;&#xC18C; 2 &#xBC30; &#xC5EC; 12202 &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; isoforms&#xB97C; downregulated. &#xB9CE;&#xC740; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB294; &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48; &#xCE58;&#xB8CC; &#xD6C4; isoform &#xD2B9;&#xC815; &#xCC28;&#xB3D9; &#xC2DD; &#xC218;&#xC900;&#xACFC; transcriptional &#xC2DC;&#xC791; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; RNA seq &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xADF8; &#xC911; 6 h &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48;&#xC758; DNA microarray &#xBD84;&#xC11D; &#xAC04;&#xC758; &#xAD50;&#xCC28; &#xBE44;&#xAD50; &#xCC98;&#xB9AC; HUVEC &#xB610;&#xB294; 5h TNF&alpha; HMVEC &#xCE58;&#xB8CC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0;&#xB97C; &#xC9C0; &#xC6D0;&#xD558;&#xB294; &#xCC28;&#xB3D9; &#xD45C;&#xD604;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xACB9;&#xCE58;&#xB294; &#xBAA9;&#xB85D;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xACE0; &#xD558;&#xB294; transcriptional &#xADDC;&#xC815;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xAE4A;&#xC774; &#xC788;&#xB294; &#xD6C4;&#xC18D; &#xBD84;&#xC11D; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC5D0; &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48; &#xC911;&#xC7AC; &#xB0B4; &#xD53C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC7A5;&#xC560;&#xB97C; &#xAE30;&#xBCF8; &#xBD84;&#xC790; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xAE30;&#xACC4; &#xC7A5;&#xCE58;&#xC5D0; &#xBE5B;&#xC744; &#xBC1C;&#xC0B0; &#xD558; &#xACE0; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB2E8;&#xC11C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

RNA-seq&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD3D0; microvascular &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;&#xB85C; &#xD2B8; &#xB86C; &#xBE48; &#xCE58;&#xB8CC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; isoforms &#xC18C;&#xC124; transcriptome&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

La desregulaci&oacute;n de las c&eacute;lulas endoteliales vasculares por la trombina se ha implicado en el desarrollo de una serie de trastornos patol&oacute;gicos como condiciones inflamatorias, c&aacute;ncer, diabetes, enfermedad card&iacute;aca coronaria. Sin embargo, la regulaci&oacute;n transcripcional de c&eacute;lulas endoteliales vasculares por la trombina no se entiende totalmente. En el presente estudio, se utiliz&oacute; Illumina RNA-seq para analizar el transcriptoma en c&eacute;lulas endoteliales microvasculares pulmonares humanas (HMVEC-L) tratado con trombina durante 6 h profundizar en los efectos directos de la trombina en la funci&oacute;n endotelial. De Lee total 100 millones de un an&aacute;lisis de la secuencia final emparejados, 91-94% de las lecturas fueron alineados con m&aacute;s de 16.000 genes en el genoma de referencia. Trombina alza 150 sabe genes y 480 isoformas conocidas y 2.190 genes conocidos o 3.574 isoformas conocidas en por lo menos 2 veces. De nota, trombina upregulated 1.775 desconocidos isoformas y reguladas 12.202 isoformas previamente desconocido en por lo menos 2 veces. Muchos genes muestran niveles espec&iacute;ficos de expresi&oacute;n diferencial de isoforma y diverso uso de p&aacute;ginas de inicio transcripcional despu&eacute;s del tratamiento de la trombina. Las comparaciones cruzadas entre nuestros datos de RNA-seq y los de an&aacute;lisis de microarrays de ADN de cualquier trombina 6 h trataron HUVEC o 5 h TNF&alpha; tratado HMVEC han proporcionado una lista de superposici&oacute;n significativa de genes expresados diferencialmente, apoyando la utilidad robusta de nuestro conjunto de datos. An&aacute;lisis m&aacute;s profundo seguimiento de la regulaci&oacute;n transcripcional reportado en este estudio puede arrojar luz sobre los mecanismos patog&eacute;nicos moleculares subyacentes trombina mediada por la disfunci&oacute;n endotelial en varias enfermedades y proporcionar nuevas pistas de potenciales dianas terap&eacute;uticas.

RNA-seq revela novela transcriptoma de genes y sus isoformas en c&eacute;lulas endoteliales microvasculares pulmonares humanas tratadas con trombina.

&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x5206;&#x6790; transcriptomes &#x4EBA;&#x80BA;&#x5FAE;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE; (HMVEC L) &#x6CBB;&#x7597;&#x524D; B &#x7EC6;&#x80DE;&#x96C6;&#x843D;&#x589E;&#x5F3A;&#x56E0;&#x5B50; &#xFF08;PBEF&#xFF09; siRNA &#x6216;&#x6DF7;&#x6742;&#x7684; RNA &#x6765;&#x6D1E;&#x5BDF; PBEF &#x4E0A;&#x4F7F;&#x7528;&#x597D;&#x5F97;&#x591A;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247; HG-U133 &#x52A0; 2 &#x7684;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6CD5;&#x89C4;&#x3002;&#x51E0;&#x4E2A;&#x91CD;&#x8981;&#x4E3B;&#x9898;&#x88AB;&#x6446;&#x8131;&#x4E86;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E00;&#xFF0C;PBEF &#x5F71;&#x54CD;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x591A;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;373 &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x662F;&#x589E;&#x52A0;&#x548C; 64 &#x57FA;&#x56E0;&#x6CBB;&#x7597; PBEFsiRNA HMVEC-L &#x4E0E;&#x4E89;&#x593A; RNA &#x63A7;&#x5236;&#x81F3;&#x5C11; 1.3-fold &#x4E0B;&#x8DCC;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E8C;&#xFF0C;&#x82AF;&#x7247;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x4E86;&#x4EE5;&#x524D;&#x62A5;&#x544A;&#x7684;&#x4E00;&#x4E9B;&#x9014;&#x5F84;&#x4ECB;&#x5BFC; PBEF &#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#xFF0C;&#x4F46;&#x63D0;&#x4F9B;&#x66F4;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x6C47;&#x8F91; &#x300B; &#x5206;&#x5B50;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8DEF;&#x5F84;&#x4E2D;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E09;&#xFF0C;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x5178;&#x578B;&#x9014;&#x5F84;&#x6709;&#x4E0D;&#x4EE5;&#x524D;&#x62A5;&#x9053; PBEF &#x4F5C;&#x51FA;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x7B2C;&#x56DB;&#xFF0C;&#x7F51;&#x7EDC;&#x5206;&#x6790;&#x652F;&#x6301; PBEF &#x5177;&#x6709;&#x591A;&#x91CD;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x6CBB;&#x7597; PBEFsiRNA &#x4EBA;&#x80BA;&#x5FAE;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3; PBEF HMVEC L &#x7EC6;&#x80DE;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x3002;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x6DF1;&#x5165;&#x5206;&#x6790;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6CD5;&#x89C4;&#x53EF;&#x80FD;&#x63ED;&#x793A;&#x5E95;&#x5C42; PBEF &#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x529F;&#x80FD;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x969C;&#x788D;&#x7684;&#x5404;&#x79CD;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x673A;&#x5236;&#xFF0C;&#x5E76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x65B0;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x6CBB;&#x7597;&#x9776;&#x70B9;&#x3002;

Pre-B-&#x7EC6;&#x80DE;&#x96C6;&#x843D;&#x589E;&#x5F3A;&#x56E0;&#x5B50; (PBEF) &#x7684;&#x591A;&#x6548;&#x6027;&#x804C;&#x80FD;&#x63ED;&#x793A;&#x7684; transcriptomics &#x4EBA;&#x80BA;&#x5FAE;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6CBB;&#x7597; PBEFsiRNA&#x3002;

This study profiled transcriptomes of human pulmonary microvascular endothelial cells (HMVEC-L) treated with pre-B-cell colony-enhancing factor (PBEF) siRNA or scrambled RNA to gain insight into transcriptional regulations of PBEF on the endothelial function using the Affymetrix GeneChips HG-U133 plus 2. Several important themes are emerged from this study. First, PBEF affected expressions of multiple genes in the endothelium. Expression of 373 genes was increased and 64 genes decreased by at least 1.3-fold in the PBEFsiRNA-treated HMVEC-L versus the scramble RNA control. Second, the microarray results confirmed previous reports of PBEF-mediated gene expressions in some pathways but provided a more complete repertoire of molecules in those pathways. Third, most of the affected canonical pathways have not previously been reported to be PBEF responsive. Fourth, network analysis supports that PBEF has pleiotropic functions. Our first transcriptome analysis of human pulmonary microvascular endothelial cells treated with PBEFsiRNA has provided important insights into the transcriptional regulation of gene expression in HMVEC-L cells by PBEF. Further in-depth analysis of these transcriptional regulations may shed light on molecular mechanisms underlying PBEF-mediated endothelial functions and dysfunctions in various diseases and provide new leads of therapeutic targets to those diseases.

Pleiotropic functions of pre-B-cell colony-enhancing factor (PBEF) revealed by transcriptomics of human pulmonary microvascular endothelial cells treated with PBEFsiRNA.

Cette transcriptomes &eacute;tude profil&eacute;e des cellules endoth&eacute;liales microvasculaires pulmonaires (HMVEC-L) trait&eacute;es avec des siARN de facteur (PBEF) am&eacute;liorant la colonie cellules pr&eacute;-B ou brouill&eacute;s RNA pour avoir un aper&ccedil;u des r&egrave;glements transcriptionnelles de PBEF sur la fonction endoth&eacute;liale utilisant la Affymetrix GeneChips HG-U133 plus 2. Plusieurs th&egrave;mes importants sont issues de cette recherche. Tout d&#39;abord, PBEF tributaire des expressions de plusieurs g&egrave;nes dans l&#39;endoth&eacute;lium. Expression des 373 g&egrave;nes a &eacute;t&eacute; accrues et 64 des g&egrave;nes a diminu&eacute; au moins 1,3 dans le HMVEC-L PBEFsiRNA-trait&eacute;s contre le contr&ocirc;le de RNA scramble. Deuxi&egrave;mement, les r&eacute;sultats de microarray a confirm&eacute; les rapports pr&eacute;c&eacute;dents d&#39;expressions de g&egrave;nes PBEF dans certaines voies, mais fourni un r&eacute;pertoire plus complet des mol&eacute;cules dans ces voies. En troisi&egrave;me lieu, la plupart des voies canoniques touch&eacute;s pas pr&eacute;c&eacute;demment ont &agrave; &ecirc;tre r&eacute;actif de PBEF. Quatri&egrave;mement, analyse r&eacute;seau prend en charge que PBEF a fonctions pl&eacute;iotropes. Notre premi&egrave;re analyse du transcriptome humains cellules endoth&eacute;liales microvasculaires pulmonaires trait&eacute;e avec PBEFsiRNA a fourni des renseignements importants dans la r&eacute;gulation transcriptionnelle de l&#39;expression g&eacute;nique dans les cellules L-HMVEC par PBEF. Analyse approfondie de ces r&egrave;glements transcriptionnelles peut faire la lumi&egrave;re sur les m&eacute;canismes mol&eacute;culaires qui sous-tendent les fonctions endoth&eacute;liales m&eacute;di&eacute;e par les PBEF et les dysfonctionnements dans diverses maladies et fournir de nouvelles pistes de cibles th&eacute;rapeutiques pour les maladies.

Fonctions pl&eacute;iotropes du facteur am&eacute;liorant la colonie de cellules pr&eacute;-B (PBEF) a r&eacute;v&eacute;l&eacute; de transcriptomique des cellules endoth&eacute;liales microvasculaires pulmonaires humaines et traitement avec PBEFsiRNA.

Diese Studie profilierte Transcriptomes der menschlichen Lunge mikrovaskul&auml;re Endothelzellen (HMVEC-L) mit Pre-B-Zell-Kolonie steigernde Faktor (PBEF) SiRNA behandelten oder RNA um Einblick in transkriptionelle Vorschriften der PBEF auf die endotheliale Funktion mit Affymetrix Augenentwicklung HG-U133 plus 2 verschl&uuml;sselt. Einige wichtige Themen sind aus dieser Studie hervorging. Zun&auml;chst betroffen PBEF Ausdr&uuml;cke mehrere Gene in das Endothel. Ausdruck von 373 Genen war erh&ouml;hte und 64 Gene zumindest 1.3-fold verringerten sich in den PBEFsiRNA behandelten HMVEC-L gegen das Gerangel RNA-Steuerelement. Zweitens die Microarray-Ergebnisse best&auml;tigen fr&uuml;here Berichte der PBEF-vermittelte gen Ausdr&uuml;cke in einigen Bahnen sondern bereitgestellt ein vollst&auml;ndigeres Repertoire von Molek&uuml;len in die Wege. Drittens wurden die meisten der betroffenen kanonischen Bahnen nicht zuvor beschrieben PBEF entgegenkommend zu sein. Viertens unterst&uuml;tzt Netzwerk-Analyse, dass PBEF pleiotroper Funktion hat. Unsere erste Transkriptom-Analyse der menschlichen Lunge mikrovaskul&auml;re Endothelzellen mit PBEFsiRNA behandelt hat wichtige Einblicke in die transkriptionelle Regulation der Genexpression in HMVEC-L-Zellen von PBEF bereitgestellt. Gr&uuml;ndlich analysiert diese transkriptionelle Verordnungen kann Aufschluss &uuml;ber die molekularen Mechanismen PBEF-vermittelte endothelialen Funktionen und Dysfunktionen bei verschiedenen Krankheiten und bieten neue Leads therapeutische Ziele f&uuml;r diese Krankheiten.

Pleiotroper Funktion Pre-B-Zell-Kolonie steigernde Faktor (PBEF) von Transcriptomics der menschlichen Lunge mikrovaskul&auml;re Endothelzellen offenbart, die mit PBEFsiRNA behandelt werden.

Questo studio profilata transcriptomes delle cellule endoteliali Microvascolari umane polmonare (HMVEC-L) trattati con cellule pre-B Colonia-enhancing fattore (PBEF) siRNA o strapazzate RNA per ottenere insight in regolamenti transcriptional di PBEF sulla funzione endoteliale utilizzando i GeneChips Affymetrix HG-U133 plus 2. Da questo studio sono emersi diversi temi importanti. In primo luogo, PBEF colpite le espressioni dei geni multipli in endotelio. Espressione dei 373 geni era aumentati e 64 geni &egrave; diminuiti di almeno 1.3-fold in HMVEC-L PBEFsiRNA-trattati contro il controllo di RNA scramble. In secondo luogo, i risultati di microarray ha confermato precedenti relazioni di espressioni PBEF-mediata del gene in alcuni percorsi ma fornito un repertorio pi&ugrave; completo di molecole in quei percorsi. In terzo luogo, la maggior parte dei percorsi canonici interessati non sono precedentemente stata segnalata per essere PBEF reattivo. In quarto luogo, analisi di rete supporta che PBEF ha funzioni pleiotropica. La nostra prima analisi transcriptome umane cellule endoteliali microvascolare polmonare trattati con PBEFsiRNA ha fornito importanti intuizioni la regolazione trascrizionale dell&#39;espressione genica in cellule HMVEC-L di PBEF. Analisi pi&ugrave; approfondita di questi regolamenti transcriptional possono far luce sui meccanismi molecolari sottostanti PBEF-mediata endoteliale funzioni e disfunzioni in varie malattie e fornire nuovi cavi di bersagli terapeutici per quelle malattie.

Funzioni pleiotropica del fattore di Colonia di miglioramento di cellule pre-B (PBEF) ha rivelate di trascrittomica di cellule endoteliali microvascolare polmonare umano trattate con PBEFsiRNA.

&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x7814;&#x7A76;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x3072;&#x3068;&#x80BA;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE; (HMVEC-L&#xFF09; &#x306F;&#x30D7;&#x30EC; B &#x7D30;&#x80DE;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x3092;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x8981;&#x56E0; (PBEF) siRNA &#x3067;&#x51E6;&#x7406;&#x307E;&#x305F;&#x306F; PBEF &#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x3067;&#x30A2;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30AF;&#x30B9; GeneChips HG-U133 &#x30D7;&#x30E9;&#x30B9; 2 &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x529B;&#x3092;&#x5F97;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B; RNA &#x3092;&#x30B9;&#x30AF;&#x30E9;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30C6;&#x30FC;&#x30DE;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x304B;&#x3089;&#x6D6E;&#x4E0A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305A;&#x3001;PBEF &#x5F0F;&#x3067;&#x5185;&#x76AE;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;373 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x5897;&#x52A0; 64 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 1.3-fold HMVEC L &#x30B9;&#x30AF;&#x30E9;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EB; RNA &#x5236;&#x5FA1;&#x5BFE; PBEFsiRNA &#x51E6;&#x7406;&#x3067;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;.&#x7B2C;&#x4E8C;&#x306B;&#x3001;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E; PBEF &#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x5831;&#x544A;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x3088;&#x308A;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30EC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E09;&#x306B;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x306E;&#x6A19;&#x6E96;&#x7684;&#x306A;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x4EE5;&#x524D; PBEF &#x5FDC;&#x7B54;&#x306B;&#x5831;&#x544A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x7B2C;&#x56DB;&#x306B;&#x3001;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x5206;&#x6790;&#x306F; PBEF &#x591A;&#x9762;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x3068; PBEFsiRNA &#x3092;&#x51E6;&#x7406;&#x3072;&#x3068;&#x80BA;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E; PBEF HMVEC L &#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x898F;&#x5247;&#x306E;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x5206;&#x6790;&#x306F; PBEF &#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3068;&#x5404;&#x7A2E;&#x75BE;&#x60A3;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x969C;&#x5BB3;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306B;&#x5149;&#x3092;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x75BE;&#x60A3;&#x3092;&#x6CBB;&#x7642;&#x4E0A;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30EA;&#x30FC;&#x30C9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x80BA;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x8840;&#x7BA1;&#x5185;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x591A;&#x9762;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x30D7;&#x30EC; B &#x7D30;&#x80DE;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x4FC3;&#x9032;&#x56E0;&#x5B50; (PBEF) &#x306E; PBEFsiRNA &#x3092;&#x6271;&#x308F;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD3D0; microvascular &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC; (HMVEC L)&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C; transcriptomes&#xC774; &#xC911; B &#xC138;&#xD3EC; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xAC15;&#xD654; &#xC694;&#xC778; (PBEF) Sirna&#xB85C; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB610;&#xB294; Affymetrix GeneChips HG U133 &#xD50C;&#xB7EC;&#xC2A4; 2&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB0B4; &#xD53C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; PBEF&#xC758; transcriptional &#xADDC;&#xC815;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; RNA&#xB97C; &#xBC1C;&#xC9C4;. &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC8FC;&#xC81C;&#xB294;&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB4F1;&#xC7A5;. &#xCCAB;&#xC9F8;, PBEF endothelium&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744;. 373 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD45C;&#xC815;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xBC0F; 64 &#xC720;&#xC804;&#xC790; PBEFsiRNA &#xB300;&#xC6B0; HMVEC-&#xD328;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD9C; &#xACA9; RNA &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; &#xB300; 1.3-fold &#xC774;&#xC0C1; &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB458;&#xC9F8;, microarray &#xACB0;&#xACFC; &#xC77C;&#xBD80; &#xACBD;&#xB85C;&#xC5D0; PBEF &#xC911;&#xC7AC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD45C;&#xD604;&#xC758; &#xC774;&#xC804; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xADF8; &#xACBD;&#xB85C; &#xC788;&#xB294; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xB354; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xB808; &#xD37C; &#xD1A0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;. &#xC14B;&#xC9F8;, &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xC815;&#xC2DD; &#xACBD;&#xB85C; &#xD558;&#xC9C0; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; PBEF &#xBC18;&#xC751; &#xD558;. &#xB137;&#xC9F8;, &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xBD84;&#xC11D; &#xC9C0;&#xC6D0; PBEF &#xB2E4; &#xBA74; &#xBC1C;&#xD604; &#xC131; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; transcriptome &#xBD84;&#xC11D; Pbefsirna&#xC744; &#xB2E4;&#xB8F0; &#xB54C;&#xB294; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD3D0; microvascular &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; PBEF, HMVEC L &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; transcriptional &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. Transcriptional &#xADDC;&#xC815;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xC2EC;&#xCE35; &#xBD84;&#xC11D; &#xAE30;&#xBCF8; PBEF-&#xC911;&#xC7AC; &#xB0B4; &#xD53C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC5D0; &#xC7A5;&#xC560; &#xBD84;&#xC790; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xBE5B;&#xC744; &#xBC1C;&#xC0B0; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC744; &#xCE58;&#xB8CC; &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB2E8;&#xC11C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xD3D0; microvascular &#xB0B4; &#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; transcriptomics&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACC4;&#xC2DC; &#xB2E4; &#xBA74; &#xBC1C;&#xD604; &#xC131; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC911; B &#xC138;&#xD3EC; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0; &#xAC15;&#xD654; &#xC694;&#xC778; (PBEF)&#xC758; Pbefsirna&#xB85C; &#xCE58;&#xB8CC;.

Este estudio perfilada transcriptomas de c&eacute;lulas endoteliales microvasculares pulmonares humanas (HMVEC-L) trataron con c&eacute;lulas pre-B Colonia-mejorar factor (PBEF) siRNA o revueltos RNA para ganar la penetraci&oacute;n en reglamentos transcripcionales de PBEF sobre la funci&oacute;n endotelial mediante el Affymetrix GeneChips HG-U133 plus 2. Varios temas importantes son surgi&oacute; en este estudio. En primer lugar, PBEF afectados expresiones de m&uacute;ltiples genes en el endotelio. Expresi&oacute;n de 373 genes fue mayores y 64 genes disminuidos al menos 1.3-fold en el HMVEC-L PBEFsiRNA-tratado contra el control de RNA scramble. En segundo lugar, los resultados de microarray confirmaron informes anteriores de expresiones de genes mediada por PBEF en algunas v&iacute;as pero proporcionan un repertorio m&aacute;s completo de mol&eacute;culas en esas v&iacute;as. En tercer lugar, la mayor&iacute;a de las v&iacute;as afectadas de can&oacute;nicas ha no divulgada previamente para ser PBEF sensible. En cuarto lugar, an&aacute;lisis de red admite que el PBEF tiene funciones pleiotr&oacute;picos. Nuestro primer an&aacute;lisis de transcriptoma de c&eacute;lulas endoteliales microvasculares pulmonares humanas tratadas con PBEFsiRNA ha proporcionado conocimientos profundos e importantes en la regulaci&oacute;n transcripcional de la expresi&oacute;n g&eacute;nica en c&eacute;lulas de HMVEC-L por PBEF. M&aacute;s an&aacute;lisis en profundidad de estas regulaciones transcripcionales puede arrojar luz sobre los mecanismos moleculares subyacentes a las funciones endoteliales mediada por PBEF y disfunciones en varias enfermedades y proporcionar nuevas pistas de dianas terap&eacute;uticas para las enfermedades.

Pleiotr&oacute;picos funciones de pre-B-cell factor de mejora de la Colonia (PBEF) reveladas por la transcript&oacute;mica de c&eacute;lulas endoteliales microvasculares pulmonares humanas tratan con PBEFsiRNA.

Article	Year
RNA-seq reveals novel transcriptome of genes and their isoforms in human pulmonary microvascular endothelial cells treated with thrombin. PloS one\| PubMed ID: 22359579	2012
Pleiotropic functions of pre-B-cell colony-enhancing factor (PBEF) revealed by transcriptomics of human pulmonary microvascular endothelial cells treated with PBEFsiRNA. Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms\| PubMed ID: 22487217	2012

Dilyara Cheranova

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