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Rapid Colorimetric Assays to Qualitatively Distinguish RNA and DNA in Biomolecular Samples

Biochemical experimentation generally requires accurate knowledge, at an early stage, of the nucleic acid, protein, and other biomolecular components in ...

University of Virginia 

Nudix &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x524D;&#x79F0;&#x4E3A;&#x6742;&#x79CD;&#x72D7;&#x540C;&#x6E90;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5927;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x53D1;&#x6325;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x51CF;&#x5C11;&#x5728;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x5185;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x6BD2;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x79EF;&#x7D2F;&#x3002;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x6C34;&#x89E3;&#x5404;&#x79CD;&#x5404;&#x6837;&#x7684;&#x57FA;&#x8D28;&#x662F;&#x94FE;&#x63A5;&#x5230;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5176;&#x4ED6;&#x7ED3;&#x6784; X &#x6838;&#x82F7;&#x4E8C;&#x78F7;&#x9178;&#x679C;&#x7CD6;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x7EC4;&#x6210;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#x88AB;&#x79F0;&#x4E3A; Nudix &#x6C34;&#x89E3;&#x9176;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x62A5;&#x55DC;&#x70ED; archaeon Pyrobaculum aerophilum Nudix &#x6C34;&#x89E3;&#x9176;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5355;&#x6CE2;&#x957F;&#x7684;&#x53CD;&#x5E38;&#x6563;&#x5C04;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E0E;&#x6570;&#x636E;&#x6536;&#x96C6;&#x7684;&#x94F1;&#x884D;&#x751F;&#x5316;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x7684;&#x53CD;&#x5E38;&#x6CE2;&#x957F;&#x5CF0;&#x503C;&#x5728;&#x786E;&#x5B9A;&#x3002;&#x5B83;&#x8868;&#x660E;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4E8C;&#x805A;&#x4F53;&#x7684;&#x63A5;&#x53E3;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x6D3E;&#x9063;&#x5230;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E9A;&#x57FA; &beta;-&#x5DE5;&#x4F5C;&#x8868;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x80A1;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x4E9A;&#x5355;&#x4F4D;&#x3002;&#x4E2A;&#x522B;&#x7684;&#x4E9A;&#x57FA;&#x5305;&#x542B;&#x6DF7;&#x5408;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x626D;&#x66F2;&#x548C;&#x5F2F;&#x66F2;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x7248;-&#x8868; 11 beta &#x4E1D;&#x548C;&#x4E24;&#x4E2A; &alpha; &#x87BA;&#x65CB;&#xFF0C;&#x5F62;&#x6210; &alpha;-&beta;-&alpha; &#x4E09;&#x660E;&#x6CBB;&#x3002;&#x5B88;&#x6052;&#x7684; Nudix &#x6846;&#x7B7E;&#x540D;&#x4E3B;&#x9898;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x542B;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x50AC;&#x5316;&#x6B8B;&#x7559;&#x7269;&#xFF0C;&#x662F;&#x4F4D;&#x4E8E;&#x7B2C;&#x4E00;&#x7684;&#x963F;&#x5C14;&#x6CD5;&#x87BA;&#x65CB;&#x548C; &beta;-&#x94A2;&#x7EDE;&#x7EBF;&#x548C;&#x5B83;&#x524D;&#x9762;&#x7684;&#x5FAA;&#x73AF;&#x3002;&#x95F4;&#x4E2D;&#x5B66;&#x7ED3;&#x6784;&#x8981;&#x7D20;&#xFF0C;&#x52A0;&#x4E0A;&#x4E8C;&#x805A;&#x4F53;&#x5F62;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x5F02;&#x5E38;&#x77ED;&#x8FDE;&#x63A5;&#x662F;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x4F53;&#x80B2; aerophilum Nudix &#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x70ED;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x3002;

Pyrobaculum aerophilum Nudix &#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x4E8C;&#x805A;&#x4F53;&#x4E0E;&#x4E24;&#x4E2A; intersubunit beta &#x5DE5;&#x4F5C;&#x8868;&#x3002;

Nudix proteins, formerly called MutT homolog proteins, are a large family of proteins that play an important role in reducing the accumulation of potentially toxic compounds inside the cell. They hydrolyze a wide variety of substrates that are mainly composed of a nucleoside diphosphate linked to some other moiety X and thus are called Nudix hydrolases. Here, the crystal structure of a Nudix hydrolase from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum aerophilum is reported. The structure was determined by the single-wavelength anomalous scattering method with data collected at the peak anomalous wavelength of an iridium-derivatized crystal. It reveals an extensive dimer interface, with each subunit contributing two strands to the beta-sheet of the other subunit. Individual subunits consist of a mixed highly twisted and curved beta-sheet of 11 beta-strands and two alpha-helices, forming an alpha-beta-alpha sandwich. The conserved Nudix box signature motif, which contains the essential catalytic residues, is located at the first alpha-helix and the beta-strand and loop preceding it. The unusually short connections between secondary-structural elements, together with the dimer form of the structure, are likely to contribute to the thermostability of the P. aerophilum Nudix protein.

Structure of a Nudix protein from Pyrobaculum aerophilum reveals a dimer with two intersubunit beta-sheets.

Des prot&eacute;ines de Nudix, anciennement appel&eacute;es prot&eacute;ines homologue de MutT, sont une grande famille de prot&eacute;ines qui jouent un r&ocirc;le important dans la r&eacute;duction de l&#39;accumulation de compos&eacute;s potentiellement toxiques &agrave; l&#39;int&eacute;rieur de la cellule. Elles hydrolysent une grande vari&eacute;t&eacute; de substrats qui sont principalement compos&eacute;es d&#39;un diphosphate de nucl&eacute;oside li&eacute;e &agrave; certains autre portion X et ainsi s&#39;appellent Nudix hydrolases. Ici, la structure cristalline d&#39;une hydrolase de Nudix de l&#39;aerophilum de Pyrobaculum hyperthermophile arch&eacute;en est signal&eacute;e. A d&eacute;termin&eacute; la structure par la simple-longueur d&#39;onde anormale de m&eacute;thode de diffusion des donn&eacute;es recueillies &agrave; la longueur d&#39;onde pic anormal d&#39;un cristal d&eacute;riv&eacute; de l&#39;iridium. Elle r&eacute;v&egrave;le une interface &eacute;tendue dim&egrave;re, avec chaque sous-unit&eacute; contribuant &agrave; deux brins de la b&ecirc;ta-feuille de l&#39;autre sous-unit&eacute;. Sous-unit&eacute;s individuelles se composent d&#39;une mixte b&ecirc;ta-feuille tr&egrave;s tordue et courbe de 11 b&ecirc;ta-brins et deux h&eacute;lices alpha, formant un &quot;sandwich&quot; alpha-beta-alpha. Le motif conserv&eacute; Nudix bo&icirc;te signature, qui contient les r&eacute;sidus catalytiques essentiels, se trouve &agrave; la premi&egrave;re h&eacute;lice alpha et le b&ecirc;ta-strand et la boucle qui le pr&eacute;c&egrave;de. Les connexions inhabituellement courtes entre les &eacute;l&eacute;ments structuraux secondaires, ainsi que la forme dim&egrave;re de la structure, sont susceptibles de contribuer &agrave; la thermostabilit&eacute; de l&#39;aerophilum P. Nudix prot&eacute;ine.

Structure d&#39;une prot&eacute;ine de Nudix d&#39;aerophilum Pyrobaculum r&eacute;v&egrave;le un dim&egrave;re avec deux sous-unit&eacute;s b&ecirc;ta-feuilles.

Nudix Proteine, ehemals MutT homologe Proteine, genannt, sind eine gro&szlig;e Familie von Proteinen, die eine wichtige Rolle bei der Verringerung der Anh&auml;ufung von potenziell toxischen Verbindungen innerhalb der Zelle. Sie hydrolysieren eine Vielzahl von Substraten, die bestehen haupts&auml;chlich aus einem Nukleosid Diphosphat Zusammenhang mit einigen anderen Teil X, und so hei&szlig;en Nudix-HYDROLASEN. Hier wird die Kristallstruktur von einem Nudix-Hydrolase aus dem hyperthermophilen Archaeon Pyrobaculum Aerophilum gemeldet. Die Struktur wurde von der Einzel-Wellenl&auml;nge anomale bestimmt, dass Streuung-Methode mit Daten an die anomale Spitzenwellenl&auml;nge ein Iridium-derivatized Kristall gesammelt. Es zeigt eine umfangreiche Dimer-Schnittstelle mit jeder Untereinheit zwei Str&auml;nge zu den Beta-Blatt der anderen Untereinheit beitragen. Einzelne Untereinheiten bestehen aus einem gemischten sehr verdreht und gekr&uuml;mmten Beta-Blatt 11 Beta-Str&auml;ngen und zwei Alpha-Helices, bilden ein Alpha-Beta-Alpha-Sandwich. Das konservierte Nudix Feld Signatur Motiv, das wesentliche katalytische R&uuml;ckst&auml;nde enth&auml;lt, befindet sich bei der ersten Alpha-Helix, die Beta-Strang und Schleife vorangeht. Die ungew&ouml;hnlich kurzen Verbindungen zwischen Sekund&auml;r-strukturelle Elemente, zusammen mit dem Dimer-Formular der Struktur, d&uuml;rften die Temperaturstabilit&auml;t von der p. Aerophilum Nudix Protein beitragen.

Struktur eines Proteins Nudix aus Pyrobaculum Aerophilum offenbart ein Dimer mit zwei intersubunit Beta-Sheets.

Le proteine Nudix, precedentemente chiamato proteine omologo MutT, sono una grande famiglia di proteine che svolgono un ruolo importante nel ridurre l&#39;accumulo di composti potenzialmente tossici all&#39;interno della cellula. Essi idrolizzare un&#39;ampia variet&agrave; di substrati che sono principalmente composti da un nucleoside difosfato legato a qualche altro gruppo X e quindi sono chiamati Nudix idrolasi. Qui, la struttura di cristallo di un&#39;idrolasi Nudix dal furiosus ipertermofilo Coccidioides aerophilum &egrave; segnalata. La struttura era determinata dal singolo-onda anomala scattering metodo con i dati raccolti presso la lunghezza d&#39;onda anomala di picco di un cristallo derivatizzata iridio. Esso rivela un&#39;interfaccia estesa dimero, con ogni subunit&agrave; contribuendo due filamenti beta-foglio della altre subunit&agrave;. Singole subunit&agrave; consistono di un misto molto contorto e curvato beta-foglio 11 beta-filamenti e due alfa-eliche, formando un sandwich di alfa-beta-alfa. Conservata Nudix casella firma motivo, che contiene i residui catalitici essenziali, si trova al prima alfa-elica e beta-strand e ciclo precede. Insolitamente brevi collegamenti tra elementi strutturali secondari, insieme al modulo di dimero della struttura, sono suscettibili di contribuire alla termostabilit&agrave; della p. aerophilum Nudix proteina.

Struttura di una proteina Nudix da Coccidioides aerophilum rivela un dimero con due intersubunit beta-fogli.

&#x4EE5;&#x524D; MutT &#x76F8;&#x540C;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B; Nudix &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x306E;&#x6709;&#x5BB3;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x84C4;&#x7A4D;&#x3092;&#x6E1B;&#x3089;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x306F;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x4ED6;&#x306E;&#x90E8;&#x5206; X &#x30EA;&#x30F3;&#x30AF; &#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30B7;&#x30C9;&#x4E8C;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x306E;&#x4E3B;&#x306B;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066; Nudix &#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x9175;&#x7D20;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x57FA;&#x677F;&#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x8D85;&#x597D;&#x71B1;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30D0;&#x30AD;&#x30E5;&#x30E9;&#x30E0;&#x5C5E; aerophilum &#x304B;&#x3089;&#x306E; Nudix &#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x304C;&#x5831;&#x544A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x69CB;&#x9020;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x6CE2;&#x9577;&#x7570;&#x5E38;&#x6563;&#x4E71;&#x6CD5;&#x3067;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x53CE;&#x96C6;&#x3001;&#x30A4;&#x30EA;&#x30B8;&#x30A6;&#x30E0;&#x8A98;&#x5C0E;&#x4F53;&#x7D50;&#x6676;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6CE2;&#x9577;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5404;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E; 2 &#x3064;&#x306E;&#x7E4A;&#x7DAD;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E; &beta; &#x30B7;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3092;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x4E8C;&#x91CF;&#x4F53;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3002;&#x5404;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x6DF7;&#x5408;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x30C4;&#x30A4;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x6E7E;&#x66F2;&#x3057;&#x305F; &beta; &#x30B7;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E; 11 &#x306E; &beta; &#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C9;&#x3068;&#x30A2;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A1; &alpha; &#x30D9;&#x30FC;&#x30BF; &#x30B5;&#x30F3;&#x30C9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x6210;&#x5F62; 2 &#x3064;&#x306E; &alpha; &#x30D8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x306E;&#x3067;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x89E6;&#x5A92;&#x6D3B;&#x6027;&#x6B8B;&#x57FA;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x4FDD;&#x5B58; Nudix &#x30DC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x7F72;&#x540D;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3001;&#x6700;&#x521D;&#x306E; &alpha; &#x3078;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x3068; &beta;-&#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C9; &#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x524D;&#x306B;&#x914D;&#x7F6E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x4E8C;&#x6B21;&#x69CB;&#x9020;&#x8981;&#x7D20;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x4F53;&#x306E;&#x4E8C;&#x91CF;&#x4F53;&#x306E;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x306B;&#x77ED;&#x3044;&#x63A5;&#x7D9A;&#x306F; p. aerophilum Nudix &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x71B1;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30D0;&#x30AD;&#x30E5;&#x30E9;&#x30E0;&#x5C5E; aerophilum &#x304B;&#x3089;&#x306E; Nudix &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3067;&#x306F; 2 &#x3064;&#x306E; intersubunit &#x306E; &beta; &#x30B7;&#x30FC;&#x30C8;&#x3068;&#x4E8C;&#x91CF;&#x4F53;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xB625; &#xAC1C; &#xCCB4; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC774;&#xC804;&#xC758; Nudix &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC740; &#xC138;&#xD3EC; &#xB0B4;&#xBD80;&#xC758; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xB3C5;&#xD55C; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; &#xCD95;&#xC801;&#xC744; &#xAC10;&#xC18C; &#xC2DC;&#xD0A4;&#xB294; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD070; &#xAC00;&#xC871;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xB2E4;&#xB978; moiety X&#xC5D0; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C; &#xB274; &#xD074;&#xB808; &#xC624; &#xC2DC;&#xB4DC; diphosphate&#xC758; &#xC8FC;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC73C;&#xBA70; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; Nudix hydrolases &#xC774;&#xB77C;&#xACE0; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xD310;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; hydrolyze. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;&#xC11C; hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum aerophilum Nudix &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870; &#xBCF4;&#xACE0; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xC774;&#xB9AC;&#xB4D0; derivatized &#xD06C;&#xB9AC;&#xC2A4;&#xD0C8;&#xC758; &#xBCC0;&#xCE59;&#xC801; &#xC778; &#xD53C;&#xD06C; &#xD30C;&#xC7A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1; &#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xBE44; &#xC0B0; &#xBCC0;&#xCE59;&#xC801; &#xC778; &#xB2E8;&#xC77C; &#xD30C;&#xC7A5;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xBCA0;&#xD0C0;-&#xC2DC;&#xD2B8;&#xB97C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704;&#xC758; &#xB450; &#xAC00;&#xB2E5;&#xC744; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xAC01; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704;&#xC640; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC774;&#xD569;&#xCCB4; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xC774;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xAC1C;&#xBCC4; &#xD558;&#xC704; &#xB2E8;&#xC704; &#xD63C;&#xD569;&#xB41C; &#xD2B8;&#xC704;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB192;&#xACE0; &#xACE1;&#xC120; &#xBCA0;&#xD0C0;-&#xC2DC;&#xD2B8; 11 &#xBCA0;&#xD0C0; &#xAC00;&#xB2E5;&#xACFC; &#xB450; &#xC54C;&#xD30C; &#xD3EC;&#xD568;, &#xC54C;&#xD30C; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC54C;&#xD30C; &#xC0CC;&#xB4DC;&#xC704;&#xCE58;&#xB97C; &#xD615;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; Nudix &#xC0C1;&#xC790; &#xC11C;&#xBA85;&#xC744; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;, &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xCD09;&#xB9E4; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xC54C;&#xD30C;-&#xD5EC;&#xB9AD;&#xC2A4; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xAC00;&#xB2E5;&#xACFC; &#xB8E8;&#xD504; &#xC55E;&#xC5D0;. 2 &#xCC28; &#xAD6C;&#xC870; &#xC694;&#xC18C;, &#xAD6C;&#xC870;, dimer &#xD615;&#xD0DC;&#xC640; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC9E7;&#xC740; &#xC5F0;&#xACB0; P. aerophilum Nudix &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB0B4;&#xC5F4;&#xC131;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC;&#xD560; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;.

Pyrobaculum aerophilum&#xC5D0;&#xC11C; Nudix &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xB450; intersubunit &#xBCA0;&#xD0C0;-&#xC2DC;&#xD2B8;&#xC640; &#xC774;&#xD569;&#xCCB4;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Las prote&iacute;nas Nudix, anteriormente llamado prote&iacute;nas hom&oacute;logo de MutT, son una gran familia de prote&iacute;nas que desempe&ntilde;an un papel importante en la reducci&oacute;n de la acumulaci&oacute;n de compuestos potencialmente t&oacute;xicos dentro de la c&eacute;lula. Hidroliza una amplia variedad de sustratos que se compone principalmente de un difosfato de nucle&oacute;sidos vinculada a alguna otra mol&eacute;cula X y as&iacute; se llaman hidrolasas Nudix. Aqu&iacute;, la estructura cristalina de una hidrolasa de Nudix de la hyperthermophilic archaeon Aerophilum Pyrobaculum se divulga. La estructura fue determinada por la sola longitud de onda an&oacute;mala dispersi&oacute;n m&eacute;todo con datos recogidos en la longitud de onda an&oacute;mala de m&aacute;xima de un cristal de iridio-derivatizada. Revela una interfaz d&iacute;mero extensa, con cada subunidad aportando dos filamentos de la beta-hoja de la subunidad de otra. Subunidades individuales consisten de una mezcla muy retorcida y curvada beta-hoja de 11 beta-hilos y dos alfa h&eacute;lices, formando un s&aacute;ndwich de Alfa-beta-alfa. El conservado motivo firma de Nudix caja, que contiene los residuos catal&iacute;ticos esenciales, se encuentra la primera h&eacute;lice alfa y beta-strand y bucle anterior. Las conexiones inusualmente cortas entre elementos estructurales secundarios, junto con la forma de d&iacute;mero de la estructura, son capaces de contribuir a la termoestabilidad de la p. Pyrobaculum Nudix prote&iacute;na.

Estructura de una prote&iacute;na de Nudix de Aerophilum Pyrobaculum revela un d&iacute;mero con dos hojas beta intersubunit.

&#x751F;&#x5B58;&#x86CB;&#x767D; E &#xFF08;&#x80AF;&#x5B9A;&#xFF09; &#x5BB6;&#x65CF;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x548C;&#x5404;&#x79CD;&#x4FEE;&#x590D;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x53C2;&#x4E0E;&#x7EF4;&#x6301;&#x8FD9;&#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x5E94;&#x6FC0;&#x53CD;&#x5E94;&#x8868;&#x73B0;&#x578B;&#x56FA;&#x5B9A;&#x76F8;&#x751F;&#x5B58;&#x53CA;&#x5176;&#x76F8;&#x5173;&#x6027;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x7406;&#x89E3;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x53E4;&#x4EE3;&#x548C; well-conserved &#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x51B3;&#x5B9A; 2.0A &#x4ECE;&#x55DC;&#x70ED; crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum (Pae) &#x7684; SurEalpha &#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x53E4;&#x5F53;&#x7136;&#x8FD9;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7ED3;&#x6784;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x91CD;&#x5927;&#x7684;&#x5F02;&#x540C;&#x4ECE;&#x53EA;&#x6709;&#x5176;&#x4ED6;&#x5DF2;&#x77E5;&#x786E;&#x5B9A;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x662F;&#x4ECE;&#x771F;&#x83CC; Thermatoga &#x5229;&#x7528;&#x8010;&#x76D0; (Tma)&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x786E;&#x4FDD;&#x7684;&#x5355;&#x4F53;&#x91C7;&#x7528;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x8936;&#x76B1; &#xFF1B;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x4E0E; Tma &#x5F53;&#x7136;&#x4E8C;&#x805A;&#x4F53;&#x3001; &#x4E0D;&#x540C;&#x7ED3;&#x6676; Pae SurEalpha &#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x6362;&#x7528;&#x975E;&#x57DF;&#x3002;Tma &#x548C; Pae &#x786E;&#x5B9E;&#x6BD4;&#x8F83;&#x7ED3;&#x6784;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E; conformationally &#x53D8;&#x578B;&#x7684;&#x533A;&#x57DF;&#xFF0C;&#x5982;&#x4E00;&#x4E2A;&#x94F0;&#x94FE;&#x5FAA;&#x73AF;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x57DF;&#x4EA4;&#x6362;&#x3002;&#x5047;&#x5B9A;&#x786E;&#x4FDD;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7F51;&#x7AD9;&#x9AD8;&#x4FDD;&#x5B88;&#xFF0C;&#x5E76;&#x610F;&#x5473;&#x7740;&#x80AF;&#x5B9A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x886C;&#x5E95;&#xFF0C;&#x9E1F;&#x82F7;-5&#39;-&#x9178; (GMP) &#x6A21;&#x578B;&#x3002;Pae SurEalpha &#x5728; 90 &#x6444;&#x6C0F;&#x5EA6;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x7684;&#x6E29;&#x5EA6;&#x4E0B;&#x5177;&#x6709;&#x6700;&#x4F18;&#x7684;&#x9178;&#x6027;&#x78F7;&#x9178;&#x9176;&#x6D3B;&#x6027;&#x548C;&#x91D1;&#x5C5E;&#x79BB;&#x5B50;&#x9700; Tma SurE &#x6BD4;&#x4E0D;&#x592A;&#x5177;&#x4F53;&#x3002;&#x5E95;&#x7269;&#x4E13;&#x4E00;&#x6027;&#x4E5F;&#x4E0E;&#x66F4;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x560C;&#x5464;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7684;&#x53E4;&#x83CC;&#x9176;&#x8BC6;&#x522B;&#xFF0C;Pae &#x548C; Tma &#x5F53;&#x7136;&#xFF0C;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6709;&#x6240;&#x533A;&#x522B;&#x3002;&#x5E8F;&#x5217;&#x3001; &#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x5206;&#x5E03;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x7EC4;&#x7EC7;&#xFF0C;&#x786E;&#x4FDD;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7F16;&#x7801;&#x591A;&#x4E2A;&#x786E;&#x4FDD;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5B50;&#x548C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x786E;&#x4FDD;&#x540C;&#x7CFB;&#x7269;&#x6784;&#x6210;&#x7684;&#x9176;&#x4E0E;&#x78F7;&#x9178;&#x9176;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x3002;

&#x53E4;&#x83CC;&#x540C;&#x6E90;&#x7684;&#x751F;&#x5B58;&#x86CB;&#x767D; E &#xFF08;SurEalpha&#xFF09; &#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#xFF1A; &#x560C;&#x5464;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x9178;&#x6027;&#x78F7;&#x9178;&#x9176;&#x3002;

The survival protein E (SurE) family was discovered by its correlation to stationary phase survival of Escherichia coli and various repair proteins involved in sustaining this and other stress-response phenotypes. In order to better understand this ancient and well-conserved protein family, we have determined the 2.0A resolution crystal structure of SurEalpha from the hyperthermophilic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum (Pae). This first structure of an archaeal SurE reveals significant similarities to and differences from the only other known SurE structure, that from the eubacterium Thermatoga maritima (Tma). Both SurE monomers adopt similar folds; however, unlike the Tma SurE dimer, crystalline Pae SurEalpha is predominantly non-domain swapped. Comparative structural analyses of Tma and Pae SurE suggest conformationally variant regions, such as a hinge loop that may be involved in domain swapping. The putative SurE active site is highly conserved, and implies a model for SurE bound to a potential substrate, guanosine-5'-monophosphate (GMP). Pae SurEalpha has optimal acid phosphatase activity at temperatures above 90 degrees C, and is less specific than Tma SurE in terms of metal ion requirements. Substrate specificity also differs between Pae and Tma SurE, with a more specific recognition of purine nucleotides by the archaeal enzyme. Analyses of the sequences, phylogenetic distribution, and genomic organization of the SurE family reveal examples of genomes encoding multiple surE genes, and suggest that SurE homologs constitute a broad family of enzymes with phosphatase-like activities.

Structure and function of an archaeal homolog of survival protein E (SurEalpha): an acid phosphatase with purine nucleotide specificity.

La famille (s&ucirc;r) prot&eacute;ine E de survie a &eacute;t&eacute; d&eacute;couvert par sa corr&eacute;lation &agrave; la survie de la phase stationnaire des Escherichia coli et de diverses prot&eacute;ines de r&eacute;paration impliqu&eacute;s dans le maintien de ceci et autres ph&eacute;notypes de la r&eacute;ponse au stress. Afin de mieux comprendre cette famille de prot&eacute;ines antique et qui sont bien conserv&eacute;es, nous avons d&eacute;termin&eacute; la 2,0 a structure cristalline de r&eacute;solution de SurEalpha de l&#39;aerophilum de Pyrobaculum crenarchaeon hyperthermophile (Pae). Cette premi&egrave;re structure d&#39;un archaeal SurE r&eacute;v&egrave;le une similitude importante &agrave; et des diff&eacute;rences avec le seuls autre s&ucirc;r structure connue, qu&#39;&agrave; partir de l&#39;eubacterium Thermatoga maritima (Tma). Les deux monom&egrave;res s&ucirc;rs adoptent plis semblables ; Toutefois, &agrave; la diff&eacute;rence du dim&egrave;re de Tma SurE, cristalline Pae SurEalpha est principalement non-domaine &eacute;chang&eacute;. Comparatives analyses structurelles de Tma et Pae SurE sugg&egrave;rent des r&eacute;gions conformationnellement variantes, comme une boucle de la charni&egrave;re qui pourraient &ecirc;tre impliqu&eacute;s dans le domaine de permutation. Site actif s&ucirc;r putatif est hautement conserv&eacute; et implique un mod&egrave;le li&eacute; &agrave; coup s&ucirc;r &agrave; un substrat potentiel, guanosine-5&#39;-monophosphate (GMP). PAE SurEalpha a une activit&eacute; phosphatase acide optimale &agrave; des temp&eacute;ratures sup&eacute;rieures &agrave; 90 degr&eacute;s C et est moins sp&eacute;cifique que la Tma SurE en ce qui concerne les exigences de l&#39;ion m&eacute;tallique. Sp&eacute;cificit&eacute; de substrat diff&egrave;re &eacute;galement entre les Pae et Tma bien s&ucirc;r, avec une reconnaissance plus pr&eacute;cise des nucl&eacute;otides puriques par l&#39;enzyme d&#39;archaea. Les analyses des s&eacute;quences, distribution phylog&eacute;n&eacute;tique et l&#39;organisation g&eacute;nomique de la famille que r&eacute;v&egrave;lent les exemples des g&eacute;nomes codant plusieurs g&egrave;nes s&ucirc;rs et sugg&egrave;rent que les homologues s&ucirc;rs constituent une large famille d&#39;enzymes avec activit&eacute;s de type phosphatase.

Structure et fonction d&#39;un homologue d&#39;archaeal de prot&eacute;ine de survie E (SurEalpha): une phosphatase acide avec la sp&eacute;cificit&eacute; des nucl&eacute;otides puriques.

(Sicher) Familie die &Uuml;berlebens-Protein E wurde seine Korrelation f&uuml;r station&auml;re Phase &Uuml;berleben von Escherichia coli und verschiedene Reparatur-Proteine bei der Aufrechterhaltung dieses und andere Stressreaktionssystem Ph&auml;notypen entdeckt. Um diese alte und Stadtgrundriss Proteinfamilie besser zu verstehen, wir haben bestimmt die 2.0A Aufl&ouml;sung Kristallstruktur von SurEalpha aus dem hyperthermophilen Crenarchaeon Pyrobaculum Aerophilum (Pae). Diese erste Struktur von einer reitenden SurE offenbart erhebliche &Auml;hnlichkeiten zu und Unterschiede aus der nur andere bekannte sicher Struktur, die von Eubacterium Thermatoga Maritima (Tma). Beide sicher Monomere erlassen &auml;hnliche Falten; jedoch im Gegensatz zu den Tma-SurE-Dimer ist kristalline Pae SurEalpha &uuml;berwiegend nicht zur Dom&auml;ne getauscht. Vergleichende strukturelle Analysen der Tma und Pae SurE vorschlagen konformationsgehinderten Variante Regionen wie ein Scharnier-Schleife, die in der Dom&auml;ne zu vertauschen mit einbezogen werden kann. Der vermeintliche sicher aktiven Site ist stark konserviert, und impliziert ein Modell sicher an einem potenziellen Substrat,-5&#39;-Guanosinmonophosphat (GMP) gebunden. PAE SurEalpha hat optimale saure Phosphatase-Aktivit&auml;t bei Temperaturen &uuml;ber 90 Grad C und ist weniger spezifisch als Tma SurE im Hinblick auf die Anforderungen der Metall-Ion. Substratspezifit&auml;t unterscheidet auch zwischen Pae und Tma SurE, mit einem spezifischeren Ausweis von Purin-Nukleotide durch die reitenden-Enzym. Analysen von Sequenzen, phylogenetische Verteilung und genomische Organisation der Familie sicher zeigen Beispiele der Genome Codierung mehrere sicher Gene und schlagen vor, da&szlig; sicher UCP1 eine breite Familie von Enzymen mit Phosphatase-&auml;hnliche Aktivit&auml;ten darstellen.

Struktur und Funktion von einer reitenden Homolog des &Uuml;berlebens-Protein E (SurEalpha): eine saure Phosphatase mit Purin-Nukleotid-Spezifit&auml;t.

La famiglia (sicuro) della proteina E di sopravvivenza &egrave; stato scoperto dalla sua correlazione alla sopravvivenza di fase stazionaria di Escherichia coli e varie proteine di riparazione coinvolte nel sostenere questo e altri fenotipi di risposta allo stress. Per capire meglio questa famiglia di proteine antico e ben conservato, abbiamo determinato il 2,0 a struttura di cristallo di risoluzione di SurEalpha dal furiosus crenarchaeon Coccidioides aerophilum (Pae). Questa struttura prima di un certo archaeal rivela notevoli somiglianze con e differenze con il solo altra sicura struttura conosciuta, che dall&#39;eubacterium Thermatoga maritima (Tma). Sia sicuri monomeri adottano simili pieghe; Tuttavia, a differenza del dimero Tma SurE, cristallina Pae SurEalpha &egrave; prevalentemente non di dominio scambiato. Comparative analisi strutturali della Tma e Pae SurE suggeriscono conformazionalmente variante regioni, come ad esempio un ciclo di cerniera che pu&ograve; essere coinvolta nel dominio swapping. Putativo sito attivo che &egrave; altamente conservato e implica un modello di sicuro associato a un potenziale substrato, guanosina 5&#39;-monofosfato (GMP). PAE SurEalpha ha attivit&agrave; di fosfatasi acida ottimale a temperature superiori ai 90 gradi C ed &egrave; meno specifico rispetto a Tma sicuro in termini di requisiti dello ione del metallo. Specificit&agrave; di substrato si differenzia anche tra Pae e Tma SurE, con un riconoscimento pi&ugrave; specifico di nucleotidi purinici dall&#39;enzima archaeal. Analisi delle sequenze, distribuzione filogenetica le organizzazione genomica della famiglia sicura rivelano esempi di genomi codifica pi&ugrave; sicuri geni e suggeriscono che omologhi che costituiscono una vasta famiglia di enzimi con attivit&agrave; simil-fosfatasi.

Struttura e funzione di un omologo di archaeal della proteina E di sopravvivenza (SurEalpha): una fosfatasi acida con specificit&agrave; di nucleotidi purinici.

&#x751F;&#x5B58;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; E (&#x78BA;&#x304B;) &#x5BB6;&#x65CF;&#x306F;&#x56FA;&#x5B9A;&#x76F8;&#x306E;&#x751F;&#x5B58;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3053;&#x306E;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x652F;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x308B;&#x305D;&#x306E;&#x76F8;&#x95A2;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;2.0 a &#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x8D85;&#x597D;&#x71B1;&#x83CC; crenarchaeon &#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30D0;&#x30AD;&#x30E5;&#x30E9;&#x30E0;&#x5C5E; aerophilum (Pae) &#x304B;&#x3089; SurEalpha &#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x4F53;&#x3001;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x78BA;&#x5B9F;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x985E;&#x4F3C;&#x70B9;&#x3068;&#x76F8;&#x9055;&#x306E;&#x307F;&#x4ED6;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3066;&#x69CB;&#x9020;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B; eubacterium Thermatoga &#x6D77;&#x6D0B;&#x30BB;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC; (Tma) &#x304B;&#x3089;&#x3002;&#x4E21;&#x65B9;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x30E2;&#x30CE;&#x30DE;&#x30FC;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x3072;&#x3060;&#x3092;&#x63A1;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;Tma &#x78BA;&#x5B9F;&#x30C0;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x3001;&#x7D50;&#x6676;&#x306E; Pae SurEalpha &#x4E3B;&#x306B;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3; &#x30B9;&#x30EF;&#x30C3;&#x30D7;&#x3067;&#x3059;&#x3002;Tma &#x3068; Pae &#x78BA;&#x5B9F;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x69CB;&#x9020;&#x89E3;&#x6790;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DB;&#x30E1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; &#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x5730;&#x57DF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x4EA4;&#x63DB;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x30D2;&#x30F3;&#x30B8; &#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306A;&#x3069;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3066;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306F;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x78BA;&#x8A8D;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x57FA;&#x677F;&#x3001;&#x30B0;&#x30A2;&#x30CE;&#x30B7;&#x30F3;-5&#39;-&#x30E2;&#x30CE;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178; (GMP) &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9; &#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x610F;&#x5473;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Pae SurEalpha &#x306F; 90 &#x2103; &#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x6E29;&#x5EA6;&#x3067;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x9178;&#x6027;&#x30DB;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3061;&#x3001;Tma &#x78BA;&#x5B9F;&#x91D1;&#x5C5E;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x8981;&#x4EF6;&#x306E;&#x9762;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x7279;&#x5B9A;&#x6027;&#x306E;&#x4F4E;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x57FA;&#x8CEA;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3082; Pae &#x3068; Tma &#x78BA;&#x5B9F;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x7531;&#x6765;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3068;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x3001;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3066;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x4F8B;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x78BA;&#x8A8D;&#x540C;&#x65CF;&#x4F53;&#x306E;&#x9175;&#x7D20;&#x30A2;&#x30EB;&#x30AB;&#x30EA;&#x30DB;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6D3B;&#x52D5;&#x3068;&#x306E;&#x5E45;&#x5E83;&#x3044;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3002;

&#x751F;&#x5B58;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; E &#x306E;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x76F8;&#x540C; (SurEalpha) &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;: &#x9178;&#x6027;&#x30DB;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3002;

&#xC0DD;&#xC874; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; E (&#xD655;&#xC2E4;) &#xAC00;&#xC871; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0;&#xACFC; &#xC774;&#xAC83;&#xACFC; &#xB2E4;&#xB978; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4; &#xC751;&#xB2F5; &#xACE0;&#xAE30; &#xC720;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC218;&#xB9AC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xACE0;&#xC815; &#xB2E8;&#xACC4; &#xC0DD;&#xC874;&#xC758; &#xC0C1;&#xAD00; &#xAD00;&#xACC4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB410;&#xB2E4;. &#xB354; &#xB098;&#xC740;&#xC774; &#xACE0; &#xB300; &#xD558; &#xACE0; &#xC6B0;&#xC218; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871; &#xC774;&#xD574;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; 2.0 a&#xB294; &#xACB0;&#xC815; hyperthermophilic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum (Pae)&#xC5D0;&#xC11C; Surealpha&#xC758; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870;. &#xC774; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; archaeal &#xD655;&#xC2E4;&#xC758; &#xBC1D;&#xD600;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC720;&#xC0AC;&#xC810; &#xBC0F; &#xCC28;&#xC774;&#xC810;&#xB9CC; &#xB2E4;&#xB978; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC788;&#xB294;&#xC9C0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC5D0;&#xC11C; eubacterium Thermatoga maritima (Tma)&#xC5D0;&#xC11C;. &#xD655;&#xC2E4;&#xD788; &#xB450; &#xB2E8;&#xC704;&#xCCB4; &#xCC44;&#xD0DD; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xACB9;; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, Tma &#xD655;&#xC2E4; dimer &#xB2EC;&#xB9AC; &#xACB0;&#xC815; Pae Surealpha&#xC740; &#xC8FC;&#xB85C; &#xBE44; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xBC14;&#xAFE8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Tma&#xC640; Pae &#xD655;&#xC2E4;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; &#xBE44;&#xAD50; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAD50;&#xD658;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xACBD;&#xCCA9; &#xB8E8;&#xD504; &#xAC19;&#xC740; conformationally &#xBCC0;&#xD615; &#xC601;&#xC5ED;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0C1; &#xD655;&#xC2E4;&#xD788; &#xC561;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xACE0;&#xB3C4;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC874; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xD655;&#xC2E4;&#xD788; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xAE30;&#xD310; guanosine-5&#39;-monophosphate (GMP)&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC758;&#xBBF8; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Pae SurEalpha 90&#xB3C4; C &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xC628;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD5C;&#xC801;&#xC758; &#xC0B0; &#xC131; &#xC778;&#xC0B0; &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C; &#xD65C;&#xB3D9; &#xACE0; Tma &#xBB3C;&#xB860; &#xAE08;&#xC18D; &#xC774;&#xC628; &#xC694;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xD56D; &#xCE21;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB35C; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C; &#xAE30;&#xC9C8; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131; archaeal &#xD6A8;&#xC18C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; purine &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC758; &#xC880; &#xB354; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xC2DD;&#xACFC; Pae&#xC640; Tma &#xBB3C;&#xB860; &#xB2E4;&#xB985;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;, phylogenetic &#xBC30;&#xD3EC; &#xBC0F; &#xC788;&#xB294;&#xC9C0; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xAD6C;&#xC131;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC788;&#xB294;&#xC9C0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC608;&#xB97C; &#xACC4;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xB294;&#xC9C0; homologs &#xD6A8;&#xC18C; &#xC778;&#xC0B0; &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC81C;&#xD488;&#xAD70;&#xC744; &#xAD6C;&#xC131; &#xC81C;&#xC548;.

&#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC0DD;&#xC874; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; E&#xB294; archaeal &#xCCB4; (SurEalpha)&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;: purine &#xC5FC;&#xAE30; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0B0; &#xC131; &#xC778;&#xC0B0; &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xD6A8;&#xC18C;.

La familia (estoy seguro) de la prote&iacute;na E de supervivencia fue descubierta por su correlaci&oacute;n con la supervivencia de la fase estacionaria de Escherichia coli y diversas reparaci&oacute;n prote&iacute;nas implicadas en el mantenimiento de este y otros fenotipos de respuesta. Para entender mejor esta familia de prote&iacute;nas antiguo y bien conservado, hemos determinado la 2.0A estructura cristalina de resoluci&oacute;n de SurEalpha de la hyperthermophilic crenarchaeon Aerophilum Pyrobaculum (Pae). Esta primera estructura de un seguro de archaeal revela semejanzas significativas y diferencias de la s&oacute;lo otra conocida su estructura, que desde el eubacterium Thermatoga maritima (Tma). Ambos mon&oacute;meros que adoptan pliegues similares; sin embargo, a diferencia del d&iacute;mero de Tma SurE, cristalino Pae SurEalpha es predominante no sea cambiado de dominio. Analisis estructurales comparativo de Tma y Pae seguro sugieren regiones conformationally variantes, como un bucle de bisagra que pueden estar involucrados en el dominio que intercambia. El supuesto sitio de activo que es altamente conservado e implica un modelo seguro vinculado a un sustrato potencial, guanosina-5&#39;-monofosfato (GMP). PAE SurEalpha tiene actividad fosfatasa &aacute;cida &oacute;ptima a temperaturas superiores a 90 grados C y es menos espec&iacute;fico que Tma seguro en t&eacute;rminos de requisitos de iones met&aacute;licos. Especificidad de sustrato tambi&eacute;n difiere entre Pae y Tma seguro, con un reconocimiento m&aacute;s espec&iacute;fico de nucle&oacute;tidos de purina por la enzima archaeal. An&aacute;lisis de las secuencias, distribuci&oacute;n filogen&eacute;tica y organizaci&oacute;n gen&oacute;mica de la familia que revelan ejemplos de genomas codificaci&oacute;n de genes que m&uacute;ltiples y sugieren que los hom&oacute;logos que constituyen una amplia familia de enzimas con actividades fosfatasa-como.

Estructura y funci&oacute;n de un hom&oacute;logo de archaeal de prote&iacute;na de supervivencia E (SurEalpha): una fosfatasa &aacute;cida con especificidad de nucle&oacute;tido de purina.

&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x526A;&#x63A5;&#x662F;&#x8BB8;&#x591A;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684; RNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x5C0F;&#x6838;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D; (snRNP) &#x914D;&#x5408;&#x7269;&#x50AC;&#x5316;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5178;&#x578B;&#x4F8B;&#x5B50;&#x3002;Sm &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x6784;&#x6210;&#x7684;&#x5927;&#x591A;&#x6570; snRNPs&#xFF0C;&#x5185;&#x6838;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5B66;&#x4E60;&#x7684; snRNP &#x5927;&#x4F1A;&#x539F;&#x5219;&#x7279;&#x70B9;&#x9F50;&#x805A;&#x4E0E; Sm &#x7C7B;&#x4F3C;&#x53E4;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D; (SmAPs) &#x7684; Pyrobaculum aerophilum (Pae) &#x548C;&#x7532;&#x9178;&#x7532;&#x70F7;&#x6746;&#x83CC; thermautotrophicum (&#x5E74;&#x6708;) &#x914D;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5C5E;&#x6027;&#x3002;&#x8D85;&#x901F;&#x79BB;&#x5FC3;&#x6CD5;&#x663E;&#x793A;&#x5E74;&#x6708; SmAP1 &#x662F;&#x4E13;&#x95E8;&#x5728;&#x89E3;&#x51B3;&#x65B9;&#x6848;&#x4E2D;&#xFF0C;heptameric &#x800C; Pae SmAP1 &#x5F62;&#x6210;&#x4E8C;&#x786B;&#x952E;&#x4FDD;&#x7A0E; 14 &#x5E02;&#x573A;&#x6C47;&#x7387;&#x6216; sub heptameric &#x56FD;&#x5BB6; &#xFF08;&#x5177;&#x4F53;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x6C27;&#x5316;&#x8FD8;&#x539F;&#x7535;&#x52BF;&#xFF09;&#x3002;&#x7528;&#x7535;&#x5B50;&#x663E;&#x5FAE;&#x955C;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A; Pae &#x548C;&#x5E74;&#x6708; SmAP1 &#x805A;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x7531;&#x5934;&#x5230;&#x5C3E;&#x5806;&#x53E0;&#x7684; heptamers &#x53EF;&#x80FD;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x826F;&#x597D;&#x6709;&#x5E8F;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x675F;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x62A5;&#x544A;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x5B66;&#x7ED3;&#x679C;&#x901A;&#x8FC7;&#x663E;&#x793A;&#x56DB;&#x4E2A;&#x65B0;&#x6676;&#x4F53;&#x5F62;&#x5F0F;&#x4E2D;&#x7684; heptamers &#x548C; 14-&#x5E02;&#x573A;&#x6C47;&#x7387;&#x7684;&#x5E74;&#x6708;&#x548C; Pae SmAP1 &#x8BC1;&#x5B9E;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;&#x5E74;&#x6708; SmAP1 1.9 A &#x51B3;&#x8BAE;&#x7ED3;&#x6784;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x5C3F;&#x82F7;-5&#39;-&#x78F7;&#x9178; (&#x57CE;&#x5E02;) &#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x5B88;&#x6052;&#x914D;&#x4F53;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x5E74;&#x6708;&#x76F8;&#x4F3C;&#x7684; RNA &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x540C;&#x610F;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E3A; Archaeoglobus fulgidus (Afu) SmAP1&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x8FD9;&#x79CD; Pae &#x548C;&#x5E74;&#x6708; SmAP1 &#x51DD;&#x80F6;-&#x8F6C;&#x53D8;&#x6D88;&#x6781;&#x8D85;&#x87BA;&#x65CB;&#x7684; DNA&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C; SmAPs &#x5F00;&#x6765;&#x771F;&#x6838; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x5EFA;&#x8BAE; SmAPs &#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x901A;&#x7528;&#x7684;&#x5355;&#x94FE;&#x6838;&#x9178;&#x7ED3;&#x5408;&#x6D3B;&#x52A8;&#x3002;

&#x9F50;&#x805A;&#x4E0E; Sm &#x7C7B;&#x4F3C;&#x53E4;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D; (SmAPs) &#x7684;&#x914D;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5C5E;&#x6027;&#x3002;

Intron splicing is a prime example of the many types of RNA processing catalyzed by small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) complexes. Sm proteins form the cores of most snRNPs, and thus to learn principles of snRNP assembly we characterized the oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins (SmAPs) from Pyrobaculum aerophilum (Pae) and Methanobacterium thermautotrophicum (Mth). Ultracentrifugation shows that Mth SmAP1 is exclusively heptameric in solution, whereas Pae SmAP1 forms either disulfide-bonded 14-mers or sub-heptameric states (depending on the redox potential). By electron microscopy, we show that Pae and Mth SmAP1 polymerize into bundles of well ordered fibers that probably form by head-to-tail stacking of heptamers. The crystallographic results reported here corroborate these findings by showing heptamers and 14-mers of both Mth and Pae SmAP1 in four new crystal forms. The 1.9 A-resolution structure of Mth SmAP1 bound to uridine-5'-monophosphate (UMP) reveals conserved ligand-binding sites. The likely RNA binding site in Mth agrees with that determined for Archaeoglobus fulgidus (Afu) SmAP1. Finally, we found that both Pae and Mth SmAP1 gel-shift negatively supercoiled DNA. These results distinguish SmAPs from eukaryotic Sm proteins and suggest that SmAPs have a generic single-stranded nucleic acid-binding activity.

The oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins (SmAPs).

&Eacute;pissage des introns est un excellent exemple des nombreux types de traitement de RNA catalys&eacute;es par des complexes de petites ribonucl&eacute;oprot&eacute;ines nucl&eacute;aires (snRNP). SM prot&eacute;ines forment les noyaux de la plupart des snRNP et ainsi d&#39;apprendre les principes de snRNP Assembl&eacute;e, nous avons caract&eacute;ris&eacute; l&#39;oligom&eacute;risation et les propri&eacute;t&eacute;s de liaison de ligand des prot&eacute;ines de type Sm archaeal (SmAPs) de Pyrobaculum aerophilum (Pae) et Methanobacterium thermautotrophicum (Mth). Ultracentrifugation montre que Mth SmAP1 est exclusivement heptameric en solution, tandis que Pae SmAP1 forme la liaison disulfure 14-mers ou &Eacute;tats sub-heptameric (en fonction du potentiel d&#39;oxydor&eacute;duction). En microscopie &eacute;lectronique, nous montrons que les Pae et Mth SmAP1 se polym&eacute;risent en faisceaux de fibres bien ordonn&eacute;es qui forment probablement par empilement de t&ecirc;te-&agrave;-queue de heptamers. Les r&eacute;sultats cristallographiques rapport&eacute;es ici corroborent ces conclusions en montrant heptamers et 14-mers de Mth et Pae SmAP1 dans quatre nouvelles formes cristallines. La structure r&eacute;solution 1,9 de Mth SmAP1 li&eacute; &agrave; l&#39;uridine-5&#39;-monophosphate (UMP) r&eacute;v&egrave;le conserv&eacute;es sites de liaison du ligand. Le site probable de liaison RNA dans Mth est d&#39;accord avec cela d&eacute;termin&eacute; pour Archaeoglobus fulgidus (Afu) SmAP1. Enfin, nous avons constat&eacute; que les Pae et Mth SmAP1-d&eacute;calage de gel ADN surenroul&eacute; n&eacute;gativement. Ces r&eacute;sultats distinguent SmAPs de prot&eacute;ines eucaryotes de Sm et sugg&egrave;rent que SmAPs ont une activit&eacute; de liaison de l&#39;acide nucl&eacute;ique simple brin g&eacute;n&eacute;rique.

L&#39;oligom&eacute;risation et les propri&eacute;t&eacute;s de liaison de ligand des prot&eacute;ines de type Sm archaeal (SmAPs).

Intron Splei&szlig;en ist ein Paradebeispiel f&uuml;r die vielen Arten von RNA-Verarbeitung katalysiert durch kleine nukleare Ribonucleoprotein (SnRNP)-komplexe. SM-Proteine bilden die Kerne von den meisten SnRNPs, und damit Grunds&auml;tze der SnRNP Versammlung lernen wir charakterisiert die Oligomerisierung und Ligand-Bindung Eigenschaften der Sm-wie Archaea Proteine (SmAPs) von Pyrobaculum Aerophilum (Pae) und Methanobacterium Thermautotrophicum (Mth). Ultrazentrifugation zeigt, dass Mth SmAP1 ausschlie&szlig;lich Heptameric in L&ouml;sung, w&auml;hrend die Pae SmAP1 Disulfid-gebundenen 14-Mers oder Sub-Heptameric Staaten (je nach Redoxpotentials) bildet. Durch Elektronenmikroskopie zeigen wir, dass Pae und Mth SmAP1 in B&uuml;ndel von gut sortierten Fasern, die wahrscheinlich polymerisieren durch Kopf-zu-Schwanz Stapeln von Heptamers bilden. Kristallographische hier berichteten Ergebnisse best&auml;tigen diese Ergebnisse, Heptamers und 14-Mers Mth und Pae SmAP1 in vier neue Kristallformen zeigen. Die 1.9 A Aufl&ouml;sung Struktur der Mth SmAP1 verpflichtet, Uridin-5&#39;-Monophosphat (UMP) enth&uuml;llt konservierten Ligand-Bindungsstellen. Die wahrscheinlich RNA-Bindungsstelle in Mth stimmt das bestimmt f&uuml;r Archaeoglobus Fulgidus (Afu) SmAP1. Schlie&szlig;lich fanden wir, dass Pae und Mth SmAP1 Gel-Schicht negativ supercoiled DNA. Diese Ergebnisse legen nahe, dass SmAPs eine generische einzelstr&auml;ngige Nukleins&auml;ure-Bindung Aktivit&auml;t haben und unterscheiden SmAPs von eukaryotic Sm-Proteine.

Die Oligomerisierung und Ligand-Bindung Eigenschaften von Sm-wie Archaea Proteine (SmAPs).

Introne splicing &egrave; un primo esempio di molti tipi di elaborazione RNA catalizzata da complessi di piccola ribonucleoproteina nucleare (snRNP). SM proteine formano i nuclei della maggior parte dei biogen&egrave;se e quindi di imparare i principi della snRNP Assemblea abbiamo caratterizzato l&#39;oligomerizzazione e la propriet&agrave; ligand-legantesi di archaeal Sm-come le proteine (SmAPs) da Coccidioides aerophilum (Pae) e Methanobacterium thermautotrophicum (Mth). Ultracentrifugazione dimostra che la Mth SmAP1 &egrave; esclusivamente heptameric in soluzione, mentre il Pae SmAP1 forma disolfuro legato 14-mers o sub-heptameric stati (a seconda del potenziale redox). Alla microscopia elettronica, mostriamo che la Pae e Mth SmAP1 polimerizzano in fasci di fibre ben ordinati che probabilmente costituiscono impilando testa-coda di heptamers. Cristallografici risultati qui riportati confermano questi risultati mostrando heptamers e 14-mers Mth e Pae SmAP1 in quattro nuove forme di cristallo. La struttura di 1,9-risoluzione di Mth SmAP1 associato a siti con ligand-legantesi conservati di uridina-5&#39;-monofosfato (UMP) rivela. Il sito di legame RNA probabile in Mth concorda con quello determinato per Archaeoglobus fulgidus (Afu) SmAP1. Infine, abbiamo trovato che sia Pae e Mth SmAP1 gel-shift negativamente supercoiled DNA. Questi risultati distinguono SmAPs da proteine eucariotiche di Sm e suggeriscono che SmAPs avere una generica attivit&agrave; di acido nucleico-associazione single-stranded.

L&#39;oligomerizzazione e propriet&agrave; ligand-legantesi di archaeal Sm-come le proteine (SmAPs).

&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x7A2E;&#x985E;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x6838;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; &#xFF08;snRNP &#x932F;&#x4F53;&#x3092;&#x89E6;&#x5A92; RNA &#x51E6;&#x7406;&#x306E;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x306A;&#x4F8B;&#x3067;&#x3059;&#x3002;Sm &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069; snRNPs &#x306E;&#x30B3;&#x30A2;&#x3092;&#x5F62;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066; snRNP &#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x306E;&#x539F;&#x7406;&#x3092;&#x5B66;&#x7FD2;&#x3059;&#x308B;&#x91CD;&#x5408;&#x3068;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; (SmAPs) &#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30D0;&#x30AD;&#x30E5;&#x30E9;&#x30E0;&#x5C5E; aerophilum (Pae) &#x3068; Methanobacterium thermautotrophicum &#xFF08;&#x6708;&#xFF09; &#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x3068;&#x3002;Pae SmAP1 &#x30B8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A3;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408; 14 mers &#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30B5;&#x30D6; heptameric &#x5DDE; &#xFF08;&#x9178;&#x5316;&#x9084;&#x5143;&#x96FB;&#x4F4D;) &#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x3066;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x8D85;&#x6708; SmAP1 heptameric &#x30BD;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6392;&#x4ED6;&#x7684;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x96FB;&#x5B50;&#x9855;&#x5FAE;&#x93E1;&#x306B;&#x3088;&#x308B; Pae &#x3068;&#x6708; SmAP1 &#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F; heptamers &#x306E;&#x982D;&#x3068;&#x5C3E;&#x3092;&#x7A4D;&#x5C64;&#x3057;&#x3066;&#x5F62;&#x6210;&#x3057;&#x305F;&#x898F;&#x5247;&#x306E;&#x7DDA;&#x7DAD;&#x306E;&#x675F;&#x306B;&#x91CD;&#x5408;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x5831;&#x544A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;heptamers&#x3001;14-mers &#x30F6;&#x6708;&#x3001;Pae SmAP1 &#x306E; 4 &#x3064;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x7D50;&#x6676;&#x5F62;&#x3067;&#x793A;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x88CF;&#x4ED8;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6708; SmAP1 &#x306E; 1.9 &Aring; &#x5206;&#x89E3;&#x80FD;&#x69CB;&#x9020;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;-5&#39;-&#x30E2;&#x30CE;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178; &#xFF08;UMP &#x306E;&#xFF09; &#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6708;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068; &#xFF08;Afu&#xFF09; SmAP1 &#x30A2;&#x30FC;&#x30AD;&#x30AA;&#x30B0;&#x30ED;&#x30D0;&#x30B9;&#x5C5E; fulgidus &#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F; Pae &#x3068;&#x6708; SmAP1 &#x306E;&#x30B2;&#x30EB;-&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x304C;&#x5426;&#x5B9A;&#x7684;&#x306B;&#x30B9;&#x30FC;&#x30D1;&#x30FC; &#x30B3;&#x30A4;&#x30EB; DNA&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x304B;&#x3089; SmAPs &#x3092;&#x533A;&#x5225;&#x3001;SmAPs &#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x4E00;&#x672C;&#x9396;&#x6838;&#x9178;&#x7D50;&#x5408;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D3;&#x30C6;&#x30A3;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x91CD;&#x5408;&#x3068; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; (SmAPs) &#x306E;&#x914D;&#x4F4D;&#x5B50;&#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x6027;&#x3002;

Intron &#xC811;&#xD569; RNA &#xCC98;&#xB9AC; &#xC791;&#xC740; &#xD575; ribonucleoprotein (snRNP) &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCD09;&#xB9E4;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC885;&#xB958;&#xC758; &#xB300;&#xD45C;&#xC801;&#xC778; &#xC0AC;&#xB840; &#xC774;&#xB2E4;. Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; Snrnps&#xC758; &#xCF54;&#xC5B4;&#xB97C; &#xD615;&#xC131; &#xD558; &#xACE0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; snRNP &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xC758; &#xC6D0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xBC30;&#xC6B0;&#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC; oligomerization &#xBC0F; Pyrobaculum aerophilum (Pae) Methanobacterium thermautotrophicum (Mth)&#xC5D0;&#xC11C; Sm &#xAC19;&#xC740; archaeal &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (SmAPs)&#xC758; ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC18D;&#xC131; &#xD2B9;&#xC9D5;. Ultracentrifugation&#xB294; &#xC774;&#xD669;&#xD654; &#xBCF4; &#xC138; 14-&#xBA54; &#xB974; &#xB098; (&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; redox) &#xD558;&#xC704; heptameric &#xC0C1;&#xD0DC;&#xB97C; &#xD615;&#xC131; &#xD558;&#xB294; Pae SmAP1 &#xBC18;&#xBA74; Mth SmAP1 &#xC194;&#xB8E8;&#xC158;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB3C5;&#xC810;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; heptameric&#xB294; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xC804;&#xC790; &#xD604;&#xBBF8;&#xACBD;&#xC73C;&#xB85C; Pae&#xC640; Mth SmAP1 polymerize heptamers&#xC758; &#xBA38;&#xB9AC;-&#xAF2C;&#xB9AC; &#xC2A4;&#xD0DC;&#xD0B9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC544;&#xB9C8; &#xD615;&#xC131; &#xC798; &#xC815;&#xB82C; &#xB41C; &#xC12C;&#xC720;&#xC758; &#xBB36;&#xC74C;&#xC73C;&#xB85C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xBCF4;&#xACE0; crystallographic &#xACB0;&#xACFC; heptamers &#xBC0F; 14-&#xBA54; &#xB974; Mth &#xBC0F; Pae Smap1&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xD06C;&#xB9AC;&#xC2A4;&#xD0C8; &#xD615;&#xD0DC;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90C;&#xC73C;&#xB85C;&#xC368; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD655;&#xC99D;. Mth Smap1&#xC758; 1.9 A &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xAD6C;&#xC870; uridine-5&#39;-monophosphate (UMP) &#xBC1D;&#xD600; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C;. Mth &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB3D9;&#xC758; &#xD558;&#xB294; (Afu) SmAP1 Archaeoglobus fulgidus&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xACB0;&#xC815;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Pae&#xC640; Mth SmAP1 &#xC824; &#xC2DC;&#xD504;&#xD2B8; &#xBC1C;&#xACAC; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC778; supercoiled DNA. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC9C4; &#xD575; Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0;&#xC11C; SmAPs &#xAD6C;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; SmAPs &#xC77C;&#xBC18; &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; &#xD575; &#xC0B0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC791;&#xC5C5;&#xC744; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Oligomerization &#xBC0F; Sm &#xAC19;&#xC740; archaeal &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (SmAPs)&#xC758; ligand &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC18D;&#xC131;.

Intr&oacute;n empalme es un ejemplo de los muchos tipos de procesamiento del RNA catalizadas por complejos de Ribonucleoprote&iacute;na nuclear peque&ntilde;a (RNPnp). Las prote&iacute;nas de SM forman los corazones de la mayor&iacute;a snRNPs y as&iacute; aprender principios de RNPnp Asamblea caracterizamos la Oligomerizaci&oacute;n y ligando propiedades de archaeal Sm-como prote&iacute;nas (SmAPs) de Aerophilum Pyrobaculum (Pae) y Methanobacterium thermautotrophicum (Mth). Ultracentrifugaci&oacute;n demuestra que Mth SmAP1 es exclusivamente heptameric en soluci&oacute;n, mientras que el Pae SmAP1 forma disulfuro-consolidado 14-mers o Estados de sub-heptameric (dependiendo del potencial redox). Por microscopia electr&oacute;nica, mostramos que el Pae y Mth SmAP1 polimerizan en haces de fibras bien ordenadas que forman probablemente por amontonamiento de cabeza a cola de heptamers. Los cristalogr&aacute;ficos reportados aqu&iacute; corroboran estos resultados mostrando heptamers y 14-mers Mth tanto Pae SmAP1 en cuatro nuevas formas de cristal. La estructura de una resoluci&oacute;n 1,9 de Mth SmAP1 obligado a Uridina-5&#39;-monofosfato (UMP) revela conservados ligando sitios. El probable sitio de uni&oacute;n del RNA en Mth est&aacute; de acuerdo con que determinado para de Archaeoglobus SmAP1 (Afu). Finalmente, encontramos ese gel-cambio Pae tanto Mth SmAP1 ADN superenrollado negativamente. Estos resultados distinguen SmAPs de prote&iacute;nas eucari&oacute;ticas de Sm y sugieren que SmAPs tener una actividad de uni&oacute;n a &aacute;cido nucleico monocatenario gen&eacute;rica.

La Oligomerizaci&oacute;n y ligando propiedades de archaeal Sm-como prote&iacute;nas (SmAPs).

Per meglio comprendere i ruoli delle proteine che formano i nuclei di molti RNA-elaborazione ribonucleoproteins Sm, abbiamo determinato la struttura cristallina di un&#39;atipica Sm-come archaeal proteina (SmAP3) in cui il dominio conservato Sm &egrave; aumentato da un dominio precedentemente atipici, misti alfa/beta C-terminale. La struttura rivela un&#39;inaspettata SmAP3 14-mer che &egrave; perforata da un poro cilindrico ed &egrave; associato al cadmio 14 (Cd(2+)) ioni. Heptamers singoli adottano conformazioni o &quot;apicali&quot; o &quot;equatoriale&quot; che chelato Cd(2+) diversamente. SmAP3 forme supraheptameric oligomeri (SmAP3)(n = 7,14,28) in soluzione, e assemblaggio di asimmetrica 14-mer &egrave; modulata da differenziale bivalente catione-associazione nella subunit&agrave; apicale ed equatoriale. Analisi di sequenza e phylogenetic suffragare SmAP3s come un unico sottoinsieme di SmAPs. Questi risultati distinguere SmAP3s da altre proteine Sm e fornire un modello per la struttura e le propriet&agrave; delle proteine Sm &amp;gt; 100 residui di lunghezza, ad esempio, diverse proteine Sm umane.

Struttura e montaggio di un&#39;aumentata archaeal Sm-come proteina 14-mer.

&#x4E3A;&#x4E86;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x4E86;&#x89E3;&#x4E2D;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x8BB8;&#x591A; RNA &#x52A0;&#x5DE5; ribonucleoproteins &#x5185;&#x6838;&#x7684; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x975E;&#x5178;&#x578B; Sm &#x6837;&#x53E4;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D; (SmAP3) &#x7684;&#x5B88;&#x6052;&#x7684; Sm &#x57DF;&#x7531;&#x4EE5;&#x524D;&#x65E0;&#x3001; &#x6DF7;&#x5408; &alpha;/&beta; C &#x7EC8;&#x7AEF;&#x57DF;&#x589E;&#x5F3A;&#x7684;&#x6676;&#x4F53;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x7ED3;&#x6784;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x610F;&#x5916;&#x7684; SmAP3 14-mer &#x591A;&#x5B54;&#x7684;&#x5706;&#x67F1;&#x5B54;&#x5E76;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230; 14 &#x9549; (Cd(2+)) &#x79BB;&#x5B50;&#x3002;&#x4E2A;&#x522B; heptamers &#x91C7;&#x7528;&#x4E0D;&#x540C;&#x87AF;&#x5408; Cd(2+) &#x7684;&quot;&#x5C16;&quot;&#x6216;&quot;&#x8D64;&#x9053;&quot;&#x6784;&#x3002;SmAP3 &#x7A97;&#x4F53; supraheptameric &#x4F4E;&#x805A;&#x7269; &#xFF08;SmAP3)(n = 7,14,28) &#x5728;&#x89E3;&#x51B3;&#x65B9;&#x6848;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x7684;&#x975E;&#x5BF9;&#x79F0;&#x7684; 14 mer &#x8C03;&#x5236;&#x7684;&#x5FAE;&#x5206;&#x4E8C;&#x4EF7;&#x9633;&#x79BB;&#x5B50;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728;&#x6839;&#x5C16;&#x548C;&#x8D64;&#x9053;&#x7684;&#x4E9A;&#x57FA;&#x3002;&#x8FDB;&#x5316;&#x548C;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x8BC1;&#x5B9E; SmAP3s SmAPs &#x7684;&#x552F;&#x4E00;&#x5B50;&#x96C6;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x5C06; SmAP3s &#x4E0E;&#x5176;&#x4ED6; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x533A;&#x5206;&#x5F00;&#x6765;&#x5E76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0E;&#x6027;&#x80FD;&#x7684; Sm &#x86CB;&#x767D; &gt; 100 &#x6B8B;&#x7559;&#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7C7B; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x3002;

&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x589E;&#x5F3A;&#x7684; Sm &#x7C7B;&#x4F3C;&#x53E4;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D; 14 mer &#x7684;&#x5927;&#x4F1A;&#x3002;

To better understand the roles of Sm proteins in forming the cores of many RNA-processing ribonucleoproteins, we determined the crystal structure of an atypical Sm-like archaeal protein (SmAP3) in which the conserved Sm domain is augmented by a previously uncharacterized, mixed alpha/beta C-terminal domain. The structure reveals an unexpected SmAP3 14-mer that is perforated by a cylindrical pore and is bound to 14 cadmium (Cd(2+)) ions. Individual heptamers adopt either "apical" or "equatorial" conformations that chelate Cd(2+) differently. SmAP3 forms supraheptameric oligomers (SmAP3)(n = 7,14,28) in solution, and assembly of the asymmetric 14-mer is modulated by differential divalent cation-binding in apical and equatorial subunits. Phylogenetic and sequence analyses substantiate SmAP3s as a unique subset of SmAPs. These results distinguish SmAP3s from other Sm proteins and provide a model for the structure and properties of Sm proteins >100 residues in length, e.g., several human Sm proteins.

Structure and assembly of an augmented Sm-like archaeal protein 14-mer.

Pour mieux comprendre les r&ocirc;les des prot&eacute;ines Sm en formant les c&oelig;urs de nombreux traitement RNA ribonucl&eacute;oprot&eacute;ines, nous avons d&eacute;termin&eacute; la structure cristalline d&#39;une prot&eacute;ine d&#39;archaeal Sm comme atypique (SmAP3), dans lequel le domaine conserv&eacute; des Sm est augment&eacute; par un domaine mixte, non d&eacute;finies auparavant alpha/beta C-terminal. La structure r&eacute;v&egrave;le une inattendue SmAP3 14-mer qui est perfor&eacute;e par un pore cylindrique et est li&eacute; au cadmium 14 (ions Cd(2+)). Heptamers individuelles adopter soit &laquo; apicales &raquo; ou &laquo; &eacute;quatoriales &raquo; des conformations qui ch&eacute;latent Cd(2+) diff&eacute;remment. SmAP3 forme supraheptameric oligom&egrave;res (SmAP3)(n = 7,14,28) en solution, et l&#39;Assembl&eacute;e du 14-mer asym&eacute;trique est modul&eacute;e par la liaison cation divalent diff&eacute;rentielle en sous-unit&eacute;s apicales et &eacute;quatoriales. Des analyses phylog&eacute;n&eacute;tiques et s&eacute;quence justifier SmAP3s comme un sous-ensemble unique de SmAPs. Ces r&eacute;sultats distinguer les SmAP3s des autres prot&eacute;ines Sm et fournir un mod&egrave;le pour la structure et les propri&eacute;t&eacute;s des prot&eacute;ines Sm &gt; 100 r&eacute;sidus en longueur, par exemple, plusieurs prot&eacute;ines humaines Sm.

Structure et assemblage d&#39;une prot&eacute;ine augment&eacute;e comme Sm archaeal 14-mer.

Zum besseren Verst&auml;ndnis die Rollen von Sm-Proteine bilden die Kerne vieler RNA-Verarbeitung Ribonucleoproteins entschlossen wir die Kristallstruktur eines atypischen Sm-wie Archaea Proteins (SmAP3) in dem die konservierte Sm-Gebiets durch eine zuvor uncharakterisiertes, gemischt Alpha/Beta C-terminalen Dom&auml;ne erg&auml;nzt ist. Die Struktur zeigt eine unerwartete SmAP3-14-Mer, die durch eine zylindrische Pore perforiert ist und ist verpflichtet, 14 Kadmium (Cd(2+))-Ionen. Einzelnen Heptamers annehmen &quot;apikale&quot; oder &quot;Montierung&quot; Konformationen, die Cd(2+) anders chelate. SmAP3 bildet Supraheptameric Oligomere (SmAP3)(n = 7,14,28) in L&ouml;sung und Montage von der asymmetrischen 14-Mer wird durch differenzielle bivalente kation-Bindung im apikalen und &auml;quatorialen Untereinheiten moduliert. Phylogenetic und Sequenz-Analysen belegen SmAP3s als eindeutige Teilmenge von SmAPs. Diese Ergebnisse SmAP3s von anderen Sm-Proteine unterscheiden und stellen ein Modell f&uuml;r die Struktur und Eigenschaften von Sm-Proteine &gt; 100 R&uuml;ckst&auml;nde in der L&auml;nge, z. B. mehrere menschliche Sm-Proteine.

Aufbau und Montage von einer erweiterten Sm-wie Archaea Protein 14-Mer.

&#x591A;&#x304F;&#x306E; RNA &#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; ribonucleoproteins &#x306E;&#x30B3;&#x30A2;&#x3092;&#x5F62;&#x6210; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x3067;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x6DF7;&#x5408;&#x3055;&#x308C;&#x305F; &alpha;/&beta; C &#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F; Sm &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x62E1;&#x5F35;&#x73FE;&#x5B9F;&#x611F;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x5B9A;&#x578B; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; (SmAP3) &#x306E;&#x7D50;&#x6676;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x4E88;&#x671F;&#x3057;&#x306A;&#x3044; SmAP3 14 &#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x5186;&#x7B52;&#x5B54;&#x3092;&#x7A7F;&#x5B54;&#x3057;&#x3001;14 &#x30AB;&#x30C9;&#x30DF;&#x30A6;&#x30E0; (Cd(2+)) &#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x3002; &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30E1;&#x30FC;&#x30EB;&#x500B;&#x3005; &#x306E; heptamers Cd(2+) &#x3092;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30AD;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x300C;&#x5C16;&#x300D;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x300C;&#x8D64;&#x9053;&#x300D;&#x306E;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x63A1;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;SmAP3 &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0; supraheptameric &#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30DE;&#x30FC; &#xFF08;SmAP3)(n = 7,14,28) &#x30BD;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x975E;&#x5BFE;&#x79F0; 14 mer &#x306E;&#x9802;&#x90E8;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8D64;&#x9053;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5DEE;&#x52D5; 2&#x4FA1;&#x967D;&#x30A4;&#x30AA;&#x30F3;&#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30E2;&#x30B8;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7CFB;&#x7D71;&#x89E3;&#x6790; SmAP3s SmAPs &#x306E;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x7ACB;&#x8A3C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;SmAP3s &#x305D;&#x306E;&#x4ED6; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x304B;&#x3089;&#x533A;&#x5225;&#x3001;Sm &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x6027;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x76EE; 100 &#x6B8B;&#x57FA;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x3001;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593; Sm &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3002;

&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x3001;&#x62E1;&#x5F35;&#x73FE;&#x5B9F;&#x611F;&#x306E; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E; 14 &#x30E1;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3002;

Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB9CE;&#xC740; RNA &#xCC98;&#xB9AC; ribonucleoproteins &#xCF54;&#xC5B4;&#xB97C; &#xD615;&#xC131;&#xC5D0; &#xC5ED;&#xD560; &#xC774;&#xD574;, &#xACB0;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xD754;&#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; Sm &#xAC19;&#xC740; archaeal &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (SmAP3) &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; Sm &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB86D;&#xAC70;&#xB098;, &#xD63C;&#xD569; &#xC54C;&#xD30C;/&#xBCA0;&#xD0C0; C &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBCF4;&#xAC15;&#xC758; &#xACB0;&#xC815;. &#xAD6C;&#xC870;&#xB294; &#xC608;&#xAE30;&#xCE58; &#xC54A;&#xC740; SmAP3 14 &#xBA54; &#xC6D0;&#xD1B5;&#xD615; &#xAE30; &#xACF5; &#xD558; &#xC5EC; &#xCC9C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; 14 &#xCE74;&#xB4DC;&#xBBB4; (Cd(2+)) &#xC774;&#xC628;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xBCF4;&#xC5EC;. &#xAC1C;&#xBCC4; heptamers cd(2+)&#xB97C; &#xB2E4;&#xB974;&#xAC8C; &#xD0AC;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8; &quot;&#xAF2D;&#xB300;&#xAE30;&quot; &#xB610;&#xB294; &quot;&#xC801;&#xB3C4;&quot; conformations &#xCC44;&#xD0DD;. SmAP3 &#xD615;&#xD0DC;&#xC758; supraheptameric &#xC62C;&#xB9AC;&#xACE0; (SmAP3)(n = 7,14,28) &#xC194;&#xB8E8;&#xC158;, &#xBE44;&#xB300;&#xCE6D; 14 &#xBA54; &#xB974;&#xC758; &#xAF2D;&#xB300;&#xAE30;&#xC640; &#xC801;&#xB3C4; subunits&#xC5D0; &#xCC28;&#xB3D9; divalent &#xC591;&#xC774;&#xC628; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBCC0;&#xC870; &#xBC0F;. Phylogenetic &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; Smaps&#xC758; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xD558;&#xC704; &#xC9D1;&#xD569;&#xC73C;&#xB85C; Smap3s&#xB97C; &#xC785;&#xC99D;&#xD560;. &#xC774; &#xACB0;&#xACFC; &#xB2E4;&#xB978; Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0;&#xC11C; Smap3s&#xB97C; &#xAD6C;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC18D;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &amp;gt; &#xAE38;&#xC774;, &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC778;&#xAC04; Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 100 &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;.

&#xAD6C;&#xC870; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 14-&#xBA54; &#xC99D;&#xAC15;&#xB41C; Sm &#xAC19;&#xC740; archaeal&#xC758; &#xC870;&#xB9BD;.

Para comprender mejor las funciones de las prote&iacute;nas de Sm en la formaci&oacute;n de los corazones de muchos proceso del ARN ribonucleoprote&iacute;nas, determinamos la estructura cristalina de una prote&iacute;na de archaeal (SmAP3) de Sm-como anormal en el cual el dominio conservado de Sm es aumentado por un dominio previamente desacostumbrada, mezclado Alfa/beta c-terminal. La estructura revela una inesperada SmAP3 14-mer que es perforado por un poro cil&iacute;ndrico y est&aacute; limitado a 14 cadmio (iones de Cd(2+)). Heptamers individuales adoptar conformaciones &quot;ecuatoriales&quot; o &quot;apicales&quot; que quelar Cd(2+) diferentemente. SmAP3 forma olig&oacute;meros supraheptameric (SmAP3)(n = 7,14,28) en soluci&oacute;n, y la Asamblea de la mer-14 asim&eacute;trica es modulada por la Uni&oacute;n cati&oacute;n divalente diferencial en subunidades apicales y ecuatoriales. An&aacute;lisis filogen&eacute;tico y secuencia corroborar SmAP3s como un subconjunto &uacute;nico de SmAPs. Estos resultados distinguir SmAP3s de otras prote&iacute;nas de Sm y proporcionar un modelo para la estructura y propiedades de las prote&iacute;nas Sm &gt; 100 residuos de largo, por ejemplo, varias prote&iacute;nas humanas de Sm.

Estructura y montaje de una aumentada archaeal Sm-como prote&iacute;na 14-mer.

Hfq &#x662F;&#x6838;&#x9178;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5168;&#x7403;&#x76D1;&#x7BA1;&#x673A;&#x6784;&#x51ED;&#x501F;&#x5176;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0E;&#x51E0;&#x4E2A;&#x5C0F;&#x7684;&#x3001; &#x975E;&#x7F16;&#x7801; RNA &#x7269;&#x79CD;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6700;&#x521D;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E3A;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x56E0;&#x5B50;&#x590D;&#x5236;&#x6240;&#x9700;&#x7684; RNA &#x566C;&#x83CC;&#x4F53; Qbeta&#xFF0C;&#x73B0;&#x5728;&#x5DF2;&#x77E5; Hfq &#x901A;&#x8FC7;&#x8C03;&#x8282; mRNA &#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x548C;&#x5E73;&#x79FB;&#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684; post-transcriptionally &#x8C03;&#x8282;&#x3002;Hfq &#x6700;&#x8FD1;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#xFF0C;&#x91C7;&#x7528;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6; Sm &#x548C; Sm &#x6837; (Lsm) &#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;OB &#x6837;&#x6298;&#x53E0;&#x548C;&#x8FD8;&#x5C06;&#x6C47;&#x7F16;&#x6210;&#x73AF;&#x5F62;&#x540C;&#x6E90;&#x5BE1;&#x805A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5355;&#x94FE; RNA&#x3002;&#x7ED3;&#x6784;&#x3001; &#x51FD;&#x6570;&#x548C; Sm/Lsm &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x548C; Hfq &#x6F14;&#x53D8;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4F3C;&#x4E4B;&#x5904;&#x4E0D;&#x65AD;&#x5730;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#xFF0C;&#x548C;&#x6211;&#x4EEC;&#x73B0;&#x5728;&#x62A5;&#x544A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x9644;&#x52A0;&#x7684;&#x610F;&#x5916;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x7269;&#x7406;&#x5C5E;&#x6027;&#x662F;&#x7531; Hfq &#x548C;&#x5176;&#x4ED6; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x5171;&#x4EAB;&#xFF1A; &#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; Hfq polymerizes &#x6210;&#x6709;&#x5E8F;&#x7684;&#x7EA4;&#x7EF4;&#xFF0C;&#x5176;&#x5F62;&#x8C8C;&#x76F8;&#x4F3C;&#x7C7B;&#x4F3C; Sm &#x7684;&#x53E4;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; (SmAPs) &#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x7684;&#x5206;&#x5C42;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x662F;&#x5F02;&#x79CD;&#xFF1A; SmAPs &#x7531;&#x5934;&#x5230;&#x5C3E;&#x5806;&#x53E0;&#x7684;&#x4E2A;&#x522B; homo heptamers &#x805A;&#x5408;&#x6210;&#x6781;&#x7BA1; &#xFF08;&#x548C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x7BA1;&#x5B50;&#x7684;&#x6A2A;&#x7EB9;&#x7684;&#x675F;&#xFF09;&#xFF0C;&#x800C;&#x901A;&#x8FC7;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x516D;&#x805A;&#x4F53;&#x7684; Hfq &#x76F4;&#x7ACB;&#x4EBA;-hexamers (&#x5373;&#x539F; 6 x 6 &#x7684;&#x5B89;&#x6392;) &#x5B89;&#x6392; 36 &#x4E9A;&#x57FA;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x5706;&#x67F1;&#x677F;&#x6837;&#x5C42;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x87BA;&#x65CB; Hfq &#x7EA4;&#x7EF4;&#x3002;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x9488;&#x72B6;&#x8D85;&#x5FAE;&#x7ED3;&#x6784;&#x7531; Hfq &#x53CA; SmAP &#x63D0;&#x4EA4;&#x5E76;&#x9610;&#x53D1; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#x4E0D;&#x540C;&#x6210;&#x5458;&#x5F53;&#x4E2D;&#x7684;&#x53E6;&#x4E00;&#x4E2A;&#x76F8;&#x4F3C;&#x7684;&#x603B;&#x4F53;&#x76EE;&#x6807;&#x4E0E;&#x672C;&#x6587;&#x6240;&#x8FF0;&#xFF0C;&#x5BA1;&#x67E5;&#x3002;

&#x9488;&#x72B6; Sm &#x86CB;&#x767D;&#x4E09;&#x7EF4;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF1A; Hfq &#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x7C7B;&#x4F3C; Sm &#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;

Hfq is a nucleic acid-binding protein that functions as a global regulator of gene expression by virtue of its interactions with several small, non-coding RNA species. Originally identified as an Escherichia coli host factor required for RNA phage Qbeta replication, Hfq is now known to post-transcriptionally regulate bacterial gene expression by modulating both mRNA stability and translational activity. Recently shown to be a member of the diverse Sm protein family, Hfq adopts the OB-like fold typical of other Sm and Sm-like (Lsm) proteins, and also assembles into toroidal homo-oligomers that bind single-stranded RNA. Similarities between the structures, functions, and evolution of Sm/Lsm proteins and Hfq are continually being discovered, and we now report an additional, unexpected biophysical property that is shared by Hfq and other Sm proteins: E.coli Hfq polymerizes into well-ordered fibres whose morphologies closely resemble those found for Sm-like archaeal proteins (SmAPs). However, the hierarchical assembly of these fibres is dissimilar: whereas SmAPs polymerize into polar tubes (and striated bundles of such tubes) by head-to-tail stacking of individual homo-heptamers, helical Hfq fibres are formed by cylindrical slab-like layers that consist of 36 subunits arranged as a hexamer of Hfq homo-hexamers (i.e. protofilaments in a 6 x 6 arrangement). The different fibrillar ultrastructures formed by Hfq and SmAP are presented and examined herein, with the overall goal of elucidating another similarity amongst the diverse members of the Sm protein family.

Three-dimensional structures of fibrillar Sm proteins: Hfq and other Sm-like proteins.

Hfq est une prot&eacute;ine liant l&#39;acide nucl&eacute;ique qui fonctionne comme un r&eacute;gulateur global de l&#39;expression g&eacute;nique du fait de ses interactions avec plusieurs petites, non codantes d&#39;ARN. Identifi&eacute; &agrave; l&#39;origine comme un Escherichia coli h&ocirc;te fallu facteur pour la r&eacute;plication de RNA phage Qbeta, Hfq sait maintenant post-traductionnelle r&eacute;gulent l&#39;expression de g&egrave;ne bact&eacute;rien en modulant la stabilit&eacute; de l&#39;ARNm et les activit&eacute; traductionnelle. R&eacute;cemment montr&eacute; &agrave; &ecirc;tre membre de la famille diversifi&eacute;e de prot&eacute;ines Sm, Hfq adopte le pli de l&#39;OB comme typique des autres prot&eacute;ines Sm et Sm-like (Lsm) et &eacute;galement assemble en homo-oligom&egrave;res toro&iuml;dales qui lient l&#39;ARN simple brin. Similitudes entre les structures, fonctions et &eacute;volution des prot&eacute;ines Sm/Lsm et Hfq sont sans cesse d&eacute;couverts, et nous rapportons maintenant une propri&eacute;t&eacute; biophysique suppl&eacute;mentaire inattendue qui est partag&eacute;e par Hfq et d&#39;autres prot&eacute;ines Sm: e. coli Hfq polym&eacute;rise en fibres bien ordonn&eacute;es dont les morphologies sont tr&egrave;s proches de celles que l&#39;on trouve des prot&eacute;ines Sm-comme des arch&eacute;obact&eacute;ries (SmAPs). Toutefois, l&#39;Assembl&eacute;e hi&eacute;rarchique de ces fibres est diff&eacute;rente : alors que SmAPs polym&eacute;risent dans des tubes polaires (et stri&eacute;s de faisceaux de ces tubes) par empilement de t&ecirc;te-&agrave;-queue d&#39;homo-heptamers individuel, h&eacute;lico&iuml;dales Hfq fibres sont form&eacute;s par cylindriques type dalle couches qui se composent de 36 sous-unit&eacute;s dispos&eacute;es comme un hexam&egrave;re de Hfq homo-hexam&egrave;res (c.-&agrave;-d. les protofilaments dans un arrangement de 6 x 6). L&#39;ultrastructure fibrillaire diff&eacute;rents form&eacute; par Hfq et SmAP est pr&eacute;sent&eacute;s et examin&eacute;s ci-apr&egrave;s, avec l&#39;objectif global d&#39;&eacute;lucider une autre similitude entre les divers membres de la famille des prot&eacute;ines Sm.

Les structures tridimensionnelles des prot&eacute;ines fibrillaires de Sm: Hfq et autres prot&eacute;ines Sm.

Hfq ist eine Nukleins&auml;ure-verbindliches Protein, das als globaler Regulator der Genexpression aufgrund ihrer Interaktion mit den mehrere kleine, non-coding RNA-Arten fungiert. Urspr&uuml;nglich gekennzeichnet als ein Escherichia ben&ouml;tigt coli Host Faktor f&uuml;r RNA Phage Qbeta Replikation, Hfq jetzt bekannt ist, dass post-transcriptionally bakterielle Genexpression regulieren durch Modulation mRNA Stabilit&auml;t und translational Aktivit&auml;t. Hfq k&uuml;rzlich gezeigt, dass die verschiedenen Sm-Protein-Familie angeh&ouml;ren, nimmt die OB-wie Falte, die typisch f&uuml;r andere Proteine Sm und Sm-artige (Lsm) und baut auch in toroidal Homo-Oligomere, die einzelstr&auml;ngige RNA binden. &Auml;hnlichkeiten zwischen den Strukturen, Funktionen und Entwicklung von Sm/Lsm-Proteinen und Hfq sind st&auml;ndig entdeckt und wir berichten nun eine zus&auml;tzliche unerwartete biophysikalische Eigenschaft, die von Hfq und andere Sm-Proteine geteilt wird: e. coli Hfq polymerisiert in geordneten Fasern, deren Morphologien eng denen f&uuml;r Sm-wie Archaea Proteine (SmAPs) gefunden &auml;hneln. Jedoch ist der hierarchische Aufbau dieser Fasern un&auml;hnlich: w&auml;hrend SmAPs in polar R&ouml;hren (und gekerbten B&uuml;ndel solcher Rohre) polymerisieren durch Kopf-zu-Schwanz Stapeln der einzelnen Homo-Heptamers, spiralf&ouml;rmige Hfq Fasern werden gebildet, indem zylindrische Platte-wie Ebenen, die besteht aus 36 Untereinheiten, die als ein Hexamer Hfq Homo-Hexamers (d.h. Protofilaments in einem 6 x 6-Anordnung) angeordnet. Die verschiedenen fibrillar Ultrastructures Hfq und SmAP vorgestellt und untersucht, mit dem allgemeinen Ziel der elucidating eine weitere &Auml;hnlichkeit unter den verschiedenen Mitgliedern der Sm-Protein-Familie.

Dreidimensionale Strukturen der fibrillar Sm-Proteine: Hfq und andere Sm-&auml;hnliche Proteine.

Hfq &egrave; un&#39;acido nucleico-proteina che funziona come un regolatore globale di espressione genica in virt&ugrave; della sue interazioni con le diverse specie di piccoli, non codificanti RNA. Originariamente identificato come un Escherichia fattore ospite coli necessari per la replica di RNA dei fagi Qbeta, Hfq &egrave; ormai noto a post-transcriptionally regolare espressione del gene batterico modulando stabilit&agrave; mRNA sia attivit&agrave; traslazionale. Recentemente dimostrato di essere un membro della famiglia di proteine Sm diversificata, Hfq adotta la piega OB-come tipica di altre proteine Sm e Sm-like (Lsm) e inoltre assembla in homo-oligomeri toroidali che legano RNA a singolo filamento. Analogie tra le strutture, funzioni ed evoluzione delle proteine Sm/Lsm e Hfq sono continuamente essere scoperto, e ora segnaliamo una propriet&agrave; biofisica supplementare, inaspettata che &egrave; condivisa da Hfq e altre proteine Sm: e. coli Hfq polimerizza in fibre ben ordinate di cui morfologie strettamente simili a quelli trovati per archaeal Sm-come le proteine (SmAPs). Tuttavia, l&#39;Assemblea gerarchica di queste fibre &egrave; dissimile: considerando che SmAPs polimerizzare in tubi polare (e fasci striati di tali tubi) da testa-coda di sovrapposizione dei singoli homo-heptamers, elicoidale Hfq fibre sono formate da strati di lastra-come cilindrici costituiti da 36 subunit&agrave; organizzata come un hexamer di Hfq homo-esameri (cio&egrave; protofilamenti in una disposizione di 6 x 6). I diversi ultrastrutture fibrillar formate da Hfq e SmAP sono presentati ed esaminati nel presente documento, con l&#39;obiettivo generale di chiarire un&#39;altra somiglianza tra i diversi membri della famiglia della proteina Sm.

Strutture tridimensionali delle proteine Sm fibrillare: Hfq e altre proteine Sm-like.

Hfq &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x3001;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E; RNA &#x306E;&#x7A2E;&#x3068;&#x306E;&#x5BFE;&#x8A71;&#x306E;&#x304A;&#x304B;&#x3052;&#x3067;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;, &#x6838;&#x9178;&#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3082;&#x3068;&#x3082;&#x3068;&#x3001;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x56E0;&#x5B50;&#x5FC5;&#x8981; RNA &#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8; &#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30AB;&#x30FC;&#x30BC; &#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3067;&#x306F;&#x3001;Hfq &#x306F;&#x3001;&#x4ECA; post-transcriptionally mRNA &#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3068;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x591A;&#x69D8;&#x306A; Sm &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;Hfq &#x4ED6; Sm &#x3068; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A; (Lsm) &#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x306A; OB &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6298;&#x308A;&#x3092;&#x63A1;&#x7528;&#x3057;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x4E00;&#x672C;&#x9396; RNA &#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9; &#x30C8;&#x30ED;&#x30A4;&#x30C0;&#x30EB; &#x30D2;&#x30C8;-&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306B;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x69CB;&#x9020;&#x4F53;&#x3001;&#x95A2;&#x6570;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9032;&#x5316; Sm/Lsm &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068; Hfq &#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x7D99;&#x7D9A;&#x7684;&#x306B;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3068;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x4ECA; Hfq &#x3068;&#x4ED6;&#x306E; Sm &#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5171;&#x6709;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3001;&#x8FFD;&#x52A0;&#x3001;&#x4E88;&#x671F;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x5E74;&#x4F1A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x5831;&#x544A;: &#x30A8;&#x30B7;&#x30A7;&#x30EA;&#x30D2;&#x30A2;&#x5C5E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC; Hfq &#x306E;&#x91CD;&#x5408;&#x306B;&#x898F;&#x5247;&#x6B63;&#x3057;&#x3044;&#x7E4A;&#x7DAD;&#x305D;&#x306E;&#x5F62;&#x614B;&#x306B;&#x8FD1;&#x3044;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x53E4;&#x7D30;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; (SmAPs) &#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7E4A;&#x7DAD;&#x306E;&#x968E;&#x5C64;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x304C;&#x7570;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#xFF1A; &#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30D2;&#x30C8; heptamers &#x306E;&#x982D;&#x3068;&#x5C3E;&#x3092;&#x7A4D;&#x307F;&#x91CD;&#x306D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6975;&#x7BA1; (&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30C1;&#x30E5;&#x30FC;&#x30D6;&#x306E;&#x6A2A;&#x7D0B;&#x7B4B;&#x675F;) &#x306B; SmAPs &#x3092;&#x91CD;&#x5408;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x30D8;&#x30EA;&#x30AB;&#x30EB;&#x306E; Hfq &#x7E4A;&#x7DAD; Hfq &#x30D2;&#x30C8;-hexamers (&#x3059;&#x306A;&#x308F;&#x3061;&#x30E6;&#x30E9;&#x30E6;&#x30E9; 6 x 6 &#x306E;&#x914D;&#x7F6E;) &#x306E; 6 &#x91CF;&#x4F53;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x914D;&#x7F6E; 36 &#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x69CB;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5186;&#x7B52;&#x5F62;&#x306E;&#x30B9;&#x30E9;&#x30D6;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5C64;&#x3067;&#x5F62;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Hfq &#x3068; SmAP &#x3067;&#x5F62;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x5225;&#x306E;&#x7DDA;&#x7DAD;&#x306E;&#x5FAE;&#x7D30;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x3001;Sm &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x5225;&#x306E;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x3092;&#x89E3;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x5168;&#x4F53;&#x7684;&#x306A;&#x76EE;&#x6A19;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x7DDA;&#x7DAD; Sm &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x7ACB;&#x4F53;&#x69CB;&#x9020;: Hfq &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4ED6;&#x306E; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3002;

Hfq &#xBA87; &#xC791;&#xC740;, &#xBE44; &#xCF54;&#xB529; RNA &#xC885;&#xB958;&#xC640;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB355;&#xD0DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB85C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD558;&#xB294; &#xD575; &#xC0B0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC6D0;&#xB798; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB41C; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC694;&#xC18C; RNA &#xC0B4; &#xADE0; &#xC18C; Qbeta &#xBCF5;&#xC81C;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; Hfq &#xC9C0;&#xAE08; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; post-transcriptionally mRNA &#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xACFC; &#xBCC0;&#xD658; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xBCC0;&#xC870; &#xD558; &#xC5EC; &#xC138;&#xADE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xC870;&#xC808;. &#xCD5C;&#xADFC; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0; &#xD45C;&#xC2DC;, Hfq &#xB2E4;&#xB978; Sm&#xACFC; Sm &#xAC19;&#xC740; (Lsm) &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC0B0;&#xBD80;&#xC778;&#xACFC; &#xAC19;&#xC740; &#xBC30;&#xB97C; &#xCC44;&#xD0DD; &#xD558; &#xACE0; &#xB610;&#xD55C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; RNA&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xB294; toroidal &#xD638;&#xBAA8; &#xC62C;&#xB9AC;&#xACE0;&#xC5D0; &#xC870;&#xB9BD;. &#xAD6C;&#xC870;, &#xAE30;&#xB2A5;&#xACFC; Sm/Lsm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; Hfq&#xC758; &#xC9C4;&#xD654; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC740; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418; &#xACE0;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC9C0;&#xAE08; &#xCD94;&#xAC00;, &#xC608;&#xAE30;&#xCE58; &#xC54A;&#xC740; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9AC; &#xC18D;&#xC131; Hfq &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACF5;&#xC720; &#xB418;&#xB294; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;: &#xC798;&#xB41C; &#xC12C;&#xC720;&#xC758; &#xBB38;&#xBC95;&#xACFC; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xADF8; Sm &#xAC19;&#xC740; archaeal &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (SmAPs)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC73C;&#xB85C; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; Hfq polymerizes. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC12C;&#xC720;&#xC758; &#xACC4;&#xCE35;&#xC801; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740;: SmAPs &#xBA38;&#xB9AC; &#xAF2C;&#xB9AC; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xD638;&#xBAA8;-heptamers&#xC758; &#xC2A4;&#xD0DC;&#xD0B9; &#xD558; &#xC5EC; &#xADF9; &#xC9C0; &#xD29C;&#xBE0C; (&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xD29C;&#xBE0C;&#xC758; &#x7D0B; &#xBC88;&#xB4E4;) polymerize, &#xBC18;&#xBA74; &#xD5EC;&#xB9AC;&#xCEEC; Hfq &#xC12C;&#xC720; 36 subunits Hfq &#xD638;&#xBAA8;-hexamers (&#xC989;, 6 x 6 &#xBC30;&#xC5F4;&#xC5D0;&#xC11C; protofilaments)&#xC758; hexamer&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xC6D0;&#xD1B5;&#xD615; &#xC2AC; &#xB798; &#xBE0C;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xACC4;&#xCE35;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD615;&#xC131; &#xB41C;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xB978; fibrillar ultrastructures Hfq&#xC640; SmAP &#xC81C;&#xC2DC; &#xB418;&#xBA70; elucidating Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0; &#xB4E4; &#xAC04;&#xC5D0; &#xB2E4;&#xB978; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC758; &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xBAA9;&#xD45C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC5B8;&#xAE09; &#xB41C; &#xAC80;&#xC0AC;.

Fibrillar Sm &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; 3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xAD6C;&#xC870;: Hfq &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; Sm &#xAC19;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;.

HFQ es una prote&iacute;na de uni&oacute;n a &aacute;cidos nucleicos que funciona como un regulador global de la expresi&oacute;n g&eacute;nica en virtud de sus interacciones con varias especies de RNA peque&ntilde;as, no codificante. Originalmente identificado como un Escherichia factor anfitri&oacute;n de coli necesaria para la replicaci&oacute;n de RNA Fago Qbeta, Hfq ahora se sabe que post-transcriptionally regular la expresi&oacute;n del gen bacteriano modulando la estabilidad del mRNA y la actividad traslacional. Demostrado recientemente para ser un miembro de la familia de prote&iacute;nas diversa de Sm, Hfq adopta el pliegue OB-como t&iacute;pico de otras prote&iacute;nas Sm y Sm-como (Lsm) y tambi&eacute;n monta en homo-olig&oacute;meros toroidales que unen ARN. Continuamente se est&aacute;n descubriendo similitudes entre la evoluci&oacute;n de prote&iacute;nas Sm/Lsm y Hfq, estructuras y funciones, y divulgamos ahora una propiedad adicional, inesperada Biof&iacute;sica que es compartida por Hfq y otras prote&iacute;nas Sm: e. coli Hfq se polimeriza en fibras ordenados cuyas morfolog&iacute;as asemejan los archaeal Sm-como prote&iacute;nas (SmAPs). Sin embargo, la Asamblea jer&aacute;rquica de estas fibras es dis&iacute;mil: mientras que SmAPs polimerizarse en tubos polares (y estriado de esos tubos) llenando la cabeza a cola de homo-heptamers individuales, helicoidales Hfq fibras est&aacute;n formadas por capas de losa tipo cil&iacute;ndricas que consisten en 36 subunidades dispuestas como un hexamer de Hfq homo-hexamers (es decir, protofilaments en un arreglo de 6 x 6). Los diferentes ultraestructuras fibrilares formadas por Hfq y SmAP se presentan y se examinan en el presente, con el objetivo de dilucidar otra similitud entre los diversos miembros de la familia de prote&iacute;nas de Sm.

Estructuras tridimensionales de prote&iacute;nas fibrilares de Sm: Hfq y otras prote&iacute;nas Sm-como.

Sm &#x6837;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x662F;&#x65E0;&#x5904;&#x4E0D;&#x5728;&#x7684;&#x73AF;&#x5F62;&#x805A;&#x51FA;&#x73B0;&#x8FC7;&#x5404;&#x79CD;&#x5404;&#x6837;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x7ED3;&#x5408;&#x6D3B;&#x52A8;&#x3002;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x5BF9;&#x5404;&#x79CD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E8B;&#x4EF6;&#x6D89;&#x53CA; RNA&#xFF0C;&#x529F;&#x80FD;&#x94FE;&#x63A5;&#xFF0C;&#x4E00;&#x822C;&#x90FD;&#x8BA4;&#x4E3A;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x6D3B;&#x52A8;&#x901A;&#x8FC7;&#x88AB;&#x52A8;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x65BD;&#x52A0;&#x3002;&#x7C7B;&#x4F3C; Sm &#x7684;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x86CB;&#x767D; Hfq &#x6211;&#x4EEC;&#x65E9;&#x5148;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x6307;&#x793A; Hfq ATP &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x8BC1;&#x636E;&#x3002;&#x751F;&#x5316;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x6280;&#x672F;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F7F;&#x7528;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x73B0;&#x5728;&#x6709;&#x786E;&#x5B9A; Hfq ATP &#x7ED3;&#x5408;&#x53EF;&#x4FE1;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C;&#x6D4B;&#x8BD5; Hfq &#x7684; ATP &#x7ED3;&#x5408;&#x4EB2;&#x548C;&#x529B;&#x548C;&#x5316;&#x5B66;&#x8BA1;&#x91CF;&#x6BD4;&#x3002;RNA &#x7684;&#x8DB3;&#x8FF9;&#x548C;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; ATP &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7531; Hfq RNA &#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x5728;&#x5176;&#x91CD;&#x5927;&#x7684;&#x4E0D;&#x7A33;&#x5B9A;&#x3002;RNA &#x8DB3;&#x8FF9;&#x6307;&#x793A;&#x8131;&#x4E0B; ATP&#xFF0C;&#x6697;&#x793A;&#x5176;&#x91CA;&#x653E;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; Hfq &#x7ED1;&#x5B9A; RNA &#x5927;&#x7247;&#x7684;&#x4FDD;&#x62A4;&#x3002;&#x672C;&#x62A5;&#x544A;&#x6240;&#x8FF0;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C; Hfq &#x548C;&#x5176;&#x4ED6;&#x7C7B;&#x4F3C; Sm &#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x6269;&#x5927;&#x6F5C;&#x5728;&#x4F53;&#x5185;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;

Sm &#x6837;&#x86CB;&#x767D; Hfq&#xFF1A; ATP &#x7ED3;&#x5408;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C; ATP &#x5BF9; Hfq &mdash; &mdash; RNA &#x914D;&#x5408;&#x7269;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3002;

Sm-like proteins are ubiquitous ring-shaped oligomers that exhibit a variety of nucleic acid-binding activities. They have been linked functionally to various cellular events involving RNA, and it is generally believed that their activity is exerted via the passive binding of nucleic acids. Our earlier studies of the Sm-like Escherichia coli protein Hfq provided the first evidence indicating that Hfq is an ATP-binding protein. Using a combination of biochemical and genetic techniques, we have now determined a plausible ATP-binding site in Hfq and tested Hfq's ATP-binding affinity and stoichiometry. The results of RNA footprinting and binding analyses suggest that ATP binding by the Hfq-RNA complex results in its significant destabilization. RNA footprinting indicates deprotection of Hfq-bound RNA tracts in the presence of ATP, suggestive of their release by the protein. The results reported herein broaden the scope of potential in vivo roles for Hfq and other Sm-like proteins.

Sm-like protein Hfq: location of the ATP-binding site and the effect of ATP on Hfq-- RNA complexes.

Prot&eacute;ines de type SM sont des oligom&egrave;res omnipr&eacute;sents en forme d&#39;anneau qui pr&eacute;sentent une vari&eacute;t&eacute; d&#39;activit&eacute;s de liaison de l&#39;acide nucl&eacute;ique. Ils ont &eacute;t&eacute; li&eacute;s fonctionnellement &agrave; diff&eacute;rents &eacute;v&eacute;nements cellulaires impliquant RNA, et il est g&eacute;n&eacute;ralement admis que leur activit&eacute; s&#39;exerce par l&#39;interm&eacute;diaire de la liaison passive des acides nucl&eacute;iques. Nos &eacute;tudes ant&eacute;rieures des prot&eacute;ines Sm comme Escherichia coli Hfq fourni la premi&egrave;re preuve indiquant que Hfq est un ATP-binding protein. En utilisant une combinaison des techniques biochimiques et g&eacute;n&eacute;tiques, nous avons d&eacute;termin&eacute; un site ATP binding plausible dans Hfq et test&eacute; de Hfq ATP-affinit&eacute; et stoechiom&eacute;trie. Les r&eacute;sultats des analyses d&#39;empreinte et la liaison de RNA sugg&egrave;rent que la liaison ATP par des r&eacute;sultats complexes ARN-Hfq dans sa d&eacute;stabilisation significative. L&#39;empreinte de RNA indique une d&eacute;protection des tracts RNA Hfq-bondissent en pr&eacute;sence d&#39;ATP, &eacute;vocateur de leur lib&eacute;ration par la prot&eacute;ine. Les r&eacute;sultats rapport&eacute;s ici &eacute;largissement la port&eacute;e du r&ocirc;le in vivo pour Hfq et autres prot&eacute;ines Sm.

SM-like protein Hfq : emplacement du site ATP binding et l&#39;effet de l&#39;ATP sur les complexes Hfq--RNA.

SM-&auml;hnliche Proteine sind allgegenw&auml;rtig, ringf&ouml;rmige Oligomere, die eine Vielzahl von Aktivit&auml;ten der Nukleins&auml;ure-Bindung aufweisen. Sie verkn&uuml;pft wurden funktionell verschiedene zellul&auml;re Ereignisse im Zusammenhang mit RNA, und es wird allgemein angenommen, dass ihre T&auml;tigkeit &uuml;ber die passive Bindung von Nukleins&auml;uren ausge&uuml;bt wird. Unsere fr&uuml;heren Studien &uuml;ber das Sm-wie Escherichia coli Protein Hfq bereitgestellt, den ersten Beweis, dass Hfq ein ATP-verbindliches Protein ist. Mit einer Kombination von biochemischen und genetischen Techniken, haben wir jetzt bestimmt eine plausible ATP-Bindungsstelle in Hfq und Hfqs ATP-Bindungsaffinit&auml;t und St&ouml;chiometrie getestet. Die Ergebnisse der Analysen von RNA-Fu&szlig;abdruck und Bindung empfehlen diese ATP-Bindung durch die Hfq-RNA-komplexe Ergebnisse in seinen wesentlichen Destabilisierung. RNA-Fu&szlig;abdruck gibt Deprotection von Hfq gebundene RNA Traktaten in Anwesenheit von ATP, andeutend deren Freilassung durch das Protein. Dem Ergebnisbericht erweitern den Umfang der m&ouml;glichen in-vivo-Rollen f&uuml;r Hfq und andere Sm-&auml;hnliche Proteine.

SM-Like Protein Hfq: Speicherort der die ATP-Bindungsstelle und die Wirkung von ATP auf Hfq--RNA-komplexe.

SM-come le proteine sono onnipresenti oligomeri a forma di anello che presentano una variet&agrave; di attivit&agrave; di associazione dell&#39;acido nucleico. Essi sono stati collegati funzionalmente ai vari eventi cellulari che coinvolgono RNA, e generalmente si crede che la loro attivit&agrave; &egrave; esercitata attraverso l&#39;associazione passiva degli acidi nucleici. Nostri studi precedenti della proteina Sm-come Escherichia coli Hfq fornito la prima evidenza che indica che Hfq &egrave; una ATP-binding protein. Utilizzando una combinazione di tecniche di biochimiche e genetiche, abbiamo ora determinata un plausibile sito ATP-binding in Hfq e testato di Hfq affinit&agrave; di legame di ATP e stechiometria. I risultati dell&#39;analisi dell&#39;impronta e associazione RNA suggeriscono quel legame ATP dai risultati nella sua destabilizzazione significativo complessi Hfq-RNA. Footprinting RNA indica deprotection di tratti associati a Hfq RNA in presenza di ATP, suggestiva della loro liberazione dalla proteina. I risultati riportati nel presente documento ampliano il campo delle potenziali ruoli in vivo per Hfq e altre proteine Sm-come.

SM-come proteina Hfq: Ubicazione del sito ATP-binding e l&#39;effetto dell&#39;ATP su complessi Hfq - RNA.

Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x6838;&#x9178;&#x7D50;&#x5408;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30BF;&#x30B9;&#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x72B6;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684; RNA &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x643A;&#x5E2F;&#x96FB;&#x8A71;&#x306E;&#x30A4;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306B;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306B;&#x6838;&#x9178;&#x306E;&#x53D7;&#x52D5;&#x7684;&#x306A;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x767A;&#x63EE;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; Hfq &#x306E;&#x79C1;&#x9054;&#x306E;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB; Hfq&#x3001;ATP &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x4ECA; Hfq&#x3001;&#x8AAC;&#x5F97;&#x529B;&#x306E;&#x3042;&#x308B; ATP &#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;Hfq &#x306E; ATP &#x7D50;&#x5408;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x3068;&#x5316;&#x5B66;&#x91CF;&#x8AD6;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305D;&#x306E; ATP &#x7D50;&#x5408; Hfq RNA &#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x7D50;&#x679C;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x793A;&#x5506; RNA &#x306E;&#x30D5;&#x30C3;&#x30C8; &#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30C8;&#x3068;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3002;RNA &#x306E;&#x30D5;&#x30C3;&#x30C8; &#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30C8; Hfq &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9; RNA &#x5E83;&#x5927; ATP&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x30EA;&#x30EA;&#x30FC;&#x30B9;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x53CD;&#x5FDC;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x660E;&#x7D30;&#x66F8;&#x3067;&#x5831;&#x544A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7D50;&#x679C; Hfq &#x3068;&#x4ED6;&#x306E; Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x3067;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x5E83;&#x3052;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Sm &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; Hfq: ATP &#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3068; ATP Hfq-RNA &#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306B;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x5F71;&#x97FF;&#x306E;&#x5834;&#x6240;&#x3002;

Sm &#xAC19;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC740; &#xC720;&#xBE44; &#xCFFC;&#xD130; &#xC2A4; &#xACE0;&#xB9AC; &#xBAA8;&#xC591;&#xC758; &#xC62C;&#xB9AC;&#xACE0; &#xD575; &#xC0B0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC804;&#xC2DC;. &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; RNA, &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC138;&#xD3EC; &#xC774;&#xBCA4;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB41C; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC740; &#xD575; &#xC0B0;&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574;&#xAC00; &#xD574;&#xC9C0; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBBFF;&#xC5B4;&#xC9C4;&#xB2E4;. Sm &#xAC19;&#xC740; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Hfq&#xC758; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC774;&#xC804; &#xC5F0;&#xAD6C; Hfq ATP &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0DD;&#xD654;&#xD559; &#xBC0F; &#xC720;&#xC804; &#xAE30;&#xC220; &#xD568;&#xAED8; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xC774;&#xC81C; Hfq&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB7F4; &#xB4EF; &#xD558; &#xAC8C; ATP &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xACB0;&#xC815; &#xBC0F; Hfq&#xC758; ATP &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC120;&#xD638;&#xB3C4; &#xBC0F; stoichiometry &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;. RNA &#xD504;&#xB9B0;&#xD305; &#xBC0F; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBD84;&#xC11D;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBD88;&#xC548;&#xC5D0; Hfq RNA &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; ATP &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. RNA &#xD504;&#xB9B0;&#xD305; deprotection Hfq &#xBC14;&#xC778;&#xB529; RNA &#xCC45;&#xC790; ATP, &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCD9C;&#xC2DC; &#xC554;&#xC2DC;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xB41C; &#xACB0;&#xACFC; Hfq &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; Sm &#xAC19;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC758; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xD655;&#xB300;.

Sm &#xAC19;&#xC740; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Hfq: ATP &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC640; Hfq-RNA &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C;&#xC5D0; ATP&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC758; &#xC704;&#xCE58;.

SM-como las prote&iacute;nas son olig&oacute;meros ubicuas en forma de anillo que exhiben una variedad de actividades de uni&oacute;n a &aacute;cidos nucleicos. Se han vinculado funcionalmente a varios eventos celulares con RNA, y generalmente se cree que su actividad se ejerce mediante la fijaci&oacute;n pasiva de los &aacute;cidos nucleicos. Nuestros estudios anteriores de la prote&iacute;na de coli Escherichia Sm-como Hfq proporcionan la primera evidencia que indica que Hfq es una prote&iacute;na de uni&oacute;n a ATP. Usando una combinaci&oacute;n de t&eacute;cnicas bioqu&iacute;micas y gen&eacute;ticas, ahora hemos determinado un sitio de uni&oacute;n a ATP plausible en Hfq y probado de Hfq afinidad de uni&oacute;n a ATP y estequiometr&iacute;a. Los resultados de an&aacute;lisis de huella y vinculante de RNA sugieren ATP obligatorio por los resultados complejos Hfq-RNA en su desestabilizaci&oacute;n significativa. Huella de RNA indica desprotecci&oacute;n de extensiones de RNA Hfq-limite en presencia de ATP, sugestiva de su liberaci&oacute;n por la prote&iacute;na. Los resultados divulgados aqu&iacute; ampl&iacute;an el &aacute;mbito de posibles funciones en vivo para Hfq y otras prote&iacute;nas Sm-como.

SM-como la prote&iacute;na Hfq: Ubicaci&oacute;n del sitio de uni&oacute;n a ATP y el efecto de la ATP en complejos Hfq - RNA.

&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x53D8;&#x5316;&#x548C; DNA &#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x4E2D;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x4E8E;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x76EE;&#x6807;&#x8C03;&#x63A7;&#x5143;&#x4EF6;&#x5982;&#x53D1;&#x6325;&#x67A2;&#x7EBD;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5728;&#x8BB8;&#x591A;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x73AF;&#x5883;&#x3002;&#x66F4;&#x597D;&#x5730;&#x7406;&#x89E3; DNA &#x7ED3;&#x6784;&#x3001; &#x529F;&#x80FD;&#x548C;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x7684;&#x4E00;&#x822C;&#x548C;&#x86CB;&#x767D;......DNA &#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x8C03;&#x63A7;&#x5143;&#x4EF6;&#x6D3B;&#x5316;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x4E2D;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6267;&#x884C;&#x8BC6;&#x522B;&#x5305;&#x62EC;&#x627F;&#x8BA4;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; NF-&#x6D3B;&#x5316;&#x7684; proto-oncogenic &#39; c Rel&#39; &#x4E9A;&#x79D1;&#x540C;&#x6E90;&#x6D3B;&#x5316;&#x7F51;&#x7AD9; 20 bp DNA &#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x3002;&#x6A21;&#x62DF;&#x7684; DNA &#x4E2D;&#x663E;&#x5F0F;&#x6C34;&#x6D3B;&#x5316;&#x5EF6;&#x957F;&#x81F3;&#x5FAE;&#x79D2;&#x65F6;&#x95F4;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x3001; &#x4EE5;&#x539F;&#x5B50;&#x65B9;&#x5F0F;&#x8BE6;&#x7EC6;&#x4E00;&#x77A5;&#x5230;&#x53CC;&#x87BA;&#x65CB; DNA &#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x884C;&#x4E3A;&#x5728;&#x5F88;&#x591A;&#x65F6;&#x95F4;&#x5C3A;&#x5EA6;&#x3002;&#x5C24;&#x5176;&#x503C;&#x5F97;&#x6CE8;&#x610F;&#xFF0C;&#x5C0F;&#x8BF4; &#xFF08;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x5408;&#x7406;&#xFF09; &#x6784;&#x8C61;&#x7684; DNA &#x53EA;&#x5728;&#x957F;&#x65F6;&#x95F4;&#x91C7;&#x6837;&#x5728;&#x8FD9;&#x6A21;&#x62DF;&#x5305;&#x62EC;&#x602A;&#x73B0;&#x72B6;&#x4EA7;&#x751F;&#x5728;&#x5927;&#x7EA6; 0.7 &#x5FAE;&#x7C73;&#x548C;&#x94A2;&#x7EDE;&#x7EBF;&#x7684;&#x4EA4;&#x53C9;&#x63D2;&#x5C42;&#x7279;&#x70B9;&#x5236;&#x5B9A;&#x5806;&#x53E0;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5185;&#x7EB5;&#x5411;&#x526A;&#x5207;&#x7684;&#x78B1;&#x57FA;&#x5BF9;&#xFF0C;&#x8DDF; (&#x5728;&#x7EA6; 1 &#x5FAE;&#x7C73;) A &#x5BCC;&#x5DE5;&#x5185;&#x76F8;&#x90BB;&#x7684;&#x80F8;&#x817A;&#x5627;&#x5576;&#x81EA;&#x53D1;&#x57FA;&#x7FFB;&#x8F6C;&#x3002;&#x7ED3;&#x679C;&#x4ECE;&#x5FAE;&#x79D2;&#x7EA7;&#x6A21;&#x62DF;&#x9884;&#x6D4B;&#x5305;&#x62EC;&#x52A8;&#x529B; NF &#x6D3B;&#x5316;&#x8BC6;&#x522B;&#x57FA;&#x5E8F;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x548C;&#x6613;&#x4E8E;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x548C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x63A2;&#x7D22;&#x901A;&#x8FC7;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x672C;&#x6587;&#x4E2D;&#x7684;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x3002;

&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x7684;&#x6D3B;&#x5316; DNA &#x5143;&#x7D20;&#xFF1A; &#x57FA;&#x5730;&#x901A;&#x8FC7;&#x8DE8;&#x7EDE;&#x7EBF;&#x63D2;&#x5C42;&#x5806;&#x53E0;&#x5728;&#x5FAE;&#x79D2;&#x7EA7;&#x6A21;&#x62DF;&#x7FFB;&#x8F6C;&#x3002;

The sequence-dependent structural variability and conformational dynamics of DNA play pivotal roles in many biological milieus, such as in the site-specific binding of transcription factors to target regulatory elements. To better understand DNA structure, function, and dynamics in general, and protein...DNA recognition in the 'kappaB' family of genetic regulatory elements in particular, we performed molecular dynamics simulations of a 20-bp DNA encompassing a cognate kappaB site recognized by the proto-oncogenic 'c-Rel' subfamily of NF-kappaB transcription factors. Simulations of the kappaB DNA in explicit water were extended to microsecond duration, providing a broad, atomically detailed glimpse into the structural and dynamical behavior of double helical DNA over many timescales. Of particular note, novel (and structurally plausible) conformations of DNA developed only at the long times sampled in this simulation-including a peculiar state arising at approximately 0.7 micros and characterized by cross-strand intercalative stacking of nucleotides within a longitudinally sheared base pair, followed (at approximately 1 micros) by spontaneous base flipping of a neighboring thymine within the A-rich duplex. Results and predictions from the microsecond-scale simulation include implications for a dynamical NF-kappaB recognition motif, and are amenable to testing and further exploration via specific experimental approaches that are suggested herein.

Molecular dynamics of a kappaB DNA element: base flipping via cross-strand intercalative stacking in a microsecond-scale simulation.

La s&eacute;quence d&eacute;pendante variabilit&eacute; structurale et dynamique de conformation de l&#39;ADN joue un r&ocirc;le essentiel dans nombreux milieux biologiques, comme dans la liaison sp&eacute;cifique de facteurs de transcription pour cibler des &eacute;l&eacute;ments de r&eacute;gulation. Pour mieux comprendre la structure, fonction et la dynamique en g&eacute;n&eacute;ral et en prot&eacute;ines ADN...Reconnaissance de l&#39;ADN dans la famille &laquo; kappaB &raquo; des &eacute;l&eacute;ments r&eacute;gulateurs g&eacute;n&eacute;tiques en particulier, nous avons effectu&eacute; des simulations de dynamique mol&eacute;culaire d&#39;un ADN 20-bp englobant un site apparent&eacute; kappaB reconnu par la sous-famille proto-oncogenic &laquo; c-Rel &raquo; de facteurs de transcription NF-kappaB. Simulations de la kappaB ADN dans l&#39;eau explicite ont &eacute;t&eacute; &eacute;tendues &agrave; dur&eacute;e microseconde, offrant un aper&ccedil;u g&eacute;n&eacute;ral et atomiquement d&eacute;taill&eacute; le comportement structural et dynamiques d&#39;ADN h&eacute;lico&iuml;dale double sur plusieurs &eacute;chelles de temps. Mention particuli&egrave;re, roman (et structurellement plausibles) conformations de l&#39;ADN, mis au point qu&#39;&agrave; la longue permanence &eacute;chantillonn&eacute;s dans cette simulation, dont un &eacute;trange &Eacute;tat survenant &agrave; environ 0,7 micros et caract&eacute;ris&eacute; par la Croix-brin intercalation empilement des nucl&eacute;otides au sein d&#39;une paire de bases longitudinalement cisaill&eacute;e, suivie (&agrave; environ 1 micros) retournement base spontan&eacute;e d&#39;une thymine voisine dans le duplex de riches A. R&eacute;sultats pr&eacute;dictions de la simulation &agrave; l&#39;&eacute;chelle de la microseconde comprennent les implications pour un motif de reconnaissance de NF-kappaB dynamique et sont pr&ecirc;te &agrave; des tests et autres exploration via des approches exp&eacute;rimentales sp&eacute;cifiques qui sont propos&eacute;s dans les pr&eacute;sentes.

La dynamique mol&eacute;culaire d&#39;un &eacute;l&eacute;ment d&#39;ADN kappaB : base de retournement via Croix-brin cumul intercalation dans une simulation &agrave; l&#39;&eacute;chelle de la microseconde.

Der Sequenz-abh&auml;ngige strukturellen Variabilit&auml;t und Konformations&auml;nderungen Dynamik der DNA spielen zentrale Rollen in vielen biologischen Milieus, wie z. B. in der Site-spezifische Bindung von Transkriptionsfaktoren regulatorische Elemente als Ziel. Zum besseren Verst&auml;ndnis der DNA-Struktur, Funktion und Dynamik im allgemeinen und Protein...DNA-Anerkennung in der &#39;KappaB&#39;-Familie von genetischen regulatorischen Elementen f&uuml;hrten wir insbesondere Molekulardynamik-Simulationen von einer 20-bp DNA umfasst eine cognate KappaB-Website von der proto-oncogenic &#39;c-Rel&#39; Unterfamilie der NF-KappaB Transkriptionsfaktoren erkannt. Simulationen von KappaB DNA in explizite Wasser wurden auf Mikrosekunde Dauer, erweitert bietet einen breiten, atomar detaillierten Einblick in das strukturelle und dynamische Verhalten von doppelter spiralf&ouml;rmigen DNA &uuml;ber viele Zeitskalen. Besonders erw&auml;hnenswert folgten Roman (und strukturell plausibel) Konformationen von DNA, die nur an den langen Zeiten Stichprobe in dieser Simulation einschlie&szlig;lich einen eigenartigen Zustand bei etwa 0,7 Mikrofone und zeichnet sich durch Kreuz-Strang intercalative entwickelt Stapeln von Nukleotiden innerhalb einer Longitudinal sheared Basenpaar (bei ca. 1 Micros) durch spontane Basis umlegen von einem benachbarten Thymin innerhalb der A-reiche-Duplex. Ergebnisse und Prognosen aus der Mikrosekunde-Skala-Simulation enthalten Implikationen f&uuml;r eine dynamische NF-KappaB-Anerkennung-Motiv und sind geneigt sein, Tests und weitere Exploration &uuml;ber spezifische experimentelle Ans&auml;tze, die hier vorgeschlagen werden.

Molekulare Dynamik eines KappaB DNA Elements: Basis-spiegeln &uuml;ber Kreuz-Strang intercalative Stapeln in einer Mikrosekunde-Skala-Simulation.

La sequenza-dipendente dalla variabilit&agrave; strutturale e dinamiche conformazionali del DNA svolgono ruoli cardine in molti ambienti biologici, come nell&#39;associazione site-specific di fattori di trascrizione di indirizzare gli elementi normativi. Per meglio comprendere la struttura, funzione e dinamica in generale e proteine DNA...Riconoscimento del DNA della famiglia &#39;kappaB&#39; di elementi regolatori genetici in particolare, abbiamo eseguito simulazioni di dinamica molecolare di un 20-bp di DNA che comprende un sito affine kappaB riconosciuto dalla sottofamiglia proto-oncogenic &#39;c-Rel&#39; dei fattori di trascrizione NF-kappaB. Simulazioni di kappaB in acqua esplicita del DNA sono state estese a durata di microsecondo, fornendo uno sguardo ampio, atomicamente dettagliato sul comportamento strutturale e dinamico di doppio elica DNA sopra molti tempi. Di particolare nota, romanzo (e strutturalmente plausibile) conformazioni del DNA sviluppato solo a lunghi tempi campionate in questa simulazione, compresa un peculiare stato derivanti a circa 0,7 micros e caratterizzato dalla croce-filo intercalative accatastamento dei nucleotidi all&#39;interno di una coppia di basi longitudinalmente tranciata, seguirono (a circa 1 micros) da flipping base spontanea di una timina adiacente entro il duplex A ricchi. Risultati e pronostici da simulazione microsecondo-scala comprendono le implicazioni per un motivo di riconoscimento di NF-kappaB dinamico sono suscettibili di prova e ulteriore esplorazione tramite specifici approcci sperimentali che vengono suggerite qui.

Dinamica molecolare di un elemento di DNA kappaB: flipping via Croce-filo intercalative accatastamento in una simulazione di microsecondo-scala di base.

&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x69CB;&#x9020;&#x5909;&#x52D5;&#x3068; DNA &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x5909;&#x5316;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x8EAB;&#x8FD1;&#x3067;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x304C;&#x898F;&#x5236;&#x8981;&#x7D20;&#x3092;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x3059;&#x308B;&#x518D;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;DNA &#x69CB;&#x9020;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x306F;&#x7406;&#x89E3;.DNA &#x8A8D;&#x8B58; &#39;kappaB&#39; &#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x898F;&#x5236;&#x8981;&#x7D20;&#x3067;&#x7279;&#x306B;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E; NF-&#x30AB;&#x30C3;&#x30D1; b &#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E; proto-oncogenic &#39; c Rel&#39; &#x4E9C;&#x79D1;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x540C;&#x7A2E; kappaB &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A; 20 bp DNA &#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30AB;&#x30C3;&#x30D1; b DNA &#x306E;&#x660E;&#x793A;&#x7684;&#x306A;&#x6C34;&#x306E;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x79D2;&#x306E;&#x671F;&#x9593;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x5E83;&#x3044;&#x3001;&#x30A2;&#x30C8;&#x30DF;&#x30C3;&#x30AF;&#x8A73;&#x7D30;&#x306A;&#x4E00;&#x898B;&#x4E8C;&#x91CD;&#x3089;&#x305B;&#x3093; DNA &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x529B;&#x5B66;&#x7684;&#x6319;&#x52D5;&#x306B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x62E1;&#x5F35;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30CE;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x9577;&#x3044;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3067;&#x7D04; 0.7 &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x3067;&#x751F;&#x3058;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x7279;&#x7570;&#x306A;&#x72B6;&#x614B;&#x3068;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x9396; intercalative &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x306E;&#x307F;&#x958B;&#x767A; DNA &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x5C0F;&#x8AAC; &#xFF08;&#x3068;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x306B;&#x8AAC;&#x5F97;&#x529B;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#xFF09; &#x7E26;&#x65B9;&#x5411;&#x305B;&#x3093;&#x65AD;&#x5869;&#x57FA;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x7A4D;&#x307F;&#x91CD;&#x306D; (&#x7D04; 1 &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x3067;) A &#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x4E8C;&#x91CD;&#x5185;&#x306E;&#x96A3;&#x63A5;&#x30C1;&#x30DF;&#x30F3;&#x306E;&#x81EA;&#x767A;&#x7684;&#x306A;&#x57FA;&#x672C;&#x53CD;&#x8EE2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7D9A;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x7D50;&#x679C;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB; &#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x304B;&#x3089;&#x4E88;&#x6E2C;&#x52D5;&#x7684; NF-&kappa; &#x8A8D;&#x8B58;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x63D0;&#x6848;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x60D1;&#x661F;&#x63A2;&#x67FB;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x3084;&#x3059;&#x3044;&#x3002;

&#x30AB;&#x30C3;&#x30D1; b DNA &#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;: &#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x9396; intercalative &#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB; &#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; &#x30B9;&#x30BF;&#x30C3;&#x30AF;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x53CD;&#x8EE2;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC885;&#xC18D; &#xAD6C;&#xC870; &#xBCC0;&#xD654; &#xBC0F; DNA&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xC5ED;&#xD559; &#xADDC;&#xC815; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;&#xC758; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xBCC4; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xB9CE;&#xC740; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; milieus&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xCD94;&#xC801;&#xC778; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC7AC;&#xC0DD;. &#xB354; &#xB098;&#xC740; DNA &#xAD6C;&#xC870;, &#xAE30;&#xB2A5;, &#xBC0F; &#xC77C;&#xBC18;, &#xACE0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC5ED;&#xD559;&#xC744; &#xC774;&#xD574;...&#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xADDC;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C; &#39;kappaB&#39; &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC778;&#xC2DD; &#xD2B9;&#xD788;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC778;&#xC2DD;&#xC758; NF kappaB &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; proto-oncogenic &#39; c-Rel&#39; &#xC544; &#xB3D9;&#xC871; kappaB &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xAD04; 20 bp DNA&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xC218;&#xD589;. KappaB &#xBA85;&#xC2DC;&#xC801; &#xBB3C;&#xC5D0; DNA&#xC758; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xB9CE;&#xC740; timescales &#xC774;&#xC0C1; &#xB354;&#xBE14; &#xD5EC;&#xB9AC;&#xCEEC; DNA&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC5ED; &#xB3D9; &#xB3D9;&#xC791;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C;, &#xD558;&#xB098; &#xD558;&#xB098; &#xC790;&#xC138;&#xD55C; &#xC5FF;&#xBCFC; &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C;&#xCD08; &#xAE30;&#xAC04;&#xC744; &#xC5F0;&#xC7A5; &#xD588;&#xB2E4;. &#xD2B9;&#xD788; DNA&#xB9CC;&#xC774; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158; &#xB4F1; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xC57D; 0.7 &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C; &#xB2E8;&#xC704;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xB41C; &#xD2B9;&#xC9D5;&#xC774; &#xD06C;&#xB85C;&#xC2A4; &#xAC00;&#xB2E5; intercalative&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBC88; &#xB871;&#xC5D0; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; (&#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB7F4; &#xB4EF; &#xD558; &#xAC8C;) conformations A &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC774;&#xC911; &#xB0B4; &#xC774;&#xC6C3; thymine&#xC758; &#xC790;&#xBC1C;&#xC801;&#xC778; &#xAE30;&#xBCF8; &#xB300;&#xCE6D; &#xC774;&#xB3D9; (&#xC57D; 1 &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C;)&#xC5D0; &#xB4A4; longitudinally &#xC804;&#xB2E8;&#xB41C; &#xC790;&#xB8CC; &#xC30D; &#xB0B4;&#xC758; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xC758; &#xC2A4;&#xD0DC;&#xD0B9;. &#xACB0;&#xACFC; &#xBC0F; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C;&#xCD08; &#xB2E8;&#xC704; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5ED; &#xB3D9; kappaB NF &#xC778;&#xC2DD; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC758;&#xBBF8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xACE0; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xCD94;&#xAC00; &#xD0D0;&#xC0AC; &#xC5EC;&#xAE30; &#xC81C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xD2B9;&#xC815; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC758;&#xBB34;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4;.

KappaB DNA &#xC694;&#xC18C;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xC5ED;&#xD559;: &#xD06C;&#xB85C;&#xC2A4; &#xAC00;&#xB2E5; intercalative &#xC2A4;&#xD0DC;&#xD0B9; &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C;&#xCD08; &#xB2E8;&#xC704; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD280;&#xAE30;&#xB294; &#xAE30;&#xBCF8;.

La secuencia dependiente variabilidad estructural y din&aacute;mica conformacional de ADN juega papeles fundamentales en muchos ambientes biol&oacute;gicos, como en la uni&oacute;n espec&iacute;fica de factores de transcripci&oacute;n a elementos reguladores. Para entender mejor estructura, funci&oacute;n y din&aacute;mica en general y la prote&iacute;na ADN...Reconocimiento de ADN de la familia de &#39;kappaB&#39; de elementos reguladores gen&eacute;ticos en particular, realizamos simulaciones de din&aacute;mica molecular de ADN 20-bp que abarca un sitio kappaB cognado, reconocido por la subfamilia proto-oncogenic &#39;c-Rel&#39; de factores de transcripci&oacute;n NF-kappaB. Simulaciones de la kappaB ADN en agua expl&iacute;cito se extendieron a duraci&oacute;n de microsegundo, proporcionando una visi&oacute;n amplia y detallada at&oacute;mico en el comportamiento estructural y din&aacute;mico de ADN helicoidal doble sobre muchos plazos. Es rese&ntilde;able conformaciones de la novela (y estructuralmente plausibles) de ADN desarrollado solamente en los largos tiempos muestreados en esta simulaci&oacute;n, incluyendo un peculiar estado que se presenta en aproximadamente 0,7 micros y caracterizado por Cruz-filamento mediante apilado de nucle&oacute;tidos dentro de un par de base longitudinalmente esquilado, seguido (en aproximadamente 1 micros) flipping base espont&aacute;nea de un vecino timina en el duplex A ricos. Resultados y predicciones de la simulaci&oacute;n de microsegundo escala incluyen implicaciones para un motivo de reconocimiento din&aacute;mico de NF-kappaB y son susceptibles de prueba y m&aacute;s exploraci&oacute;n mediante aproximaciones experimentales espec&iacute;ficas que se sugieren en este documento.

Din&aacute;mica molecular de un elemento de ADN kappaB: base flipping v&iacute;a Cruz-filamento mediante apilado en una simulaci&oacute;n de microsegundo-escala.

&#x829C;&#xFF0C;&#x539F;&#x6838;&#x7684; SWI/&#x7231;&#x68EE;&#x86CB;&#x767D;&#x5BB6;&#x65CF;&#xFF0C;&#x6210;&#x5458;&#x662F;&#x590D;&#x6742;&#x7684; RNA &#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7EC4;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;&#x62C9;&#x5E15;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x53CA;&#x50AC;&#x5316;&#x673A;&#x7406;&#x5DF2;&#x94FE;&#x63A5;&#x5230;&#x6838;&#x9178;&#x91CD;&#x5851;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x5DE5;&#x4F5C;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x7A81;&#x53D8;&#x829C;&#x7684; SWI/&#x7D22;&#x6C11;&#x9635;&#x548C;&#x53CC;&#x94FE;&#x8131;&#x6C27;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178;&#x7ED3;&#x5408;&#x57DF;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x63A5;&#x53E3;&#x5927;&#x5927;&#x6539;&#x53D8;&#x7EAF;&#x51C0;&#x829C;&#x5728; ATP &#x6C34;&#x89E3;&#x3002;&#x677E;&#x6563;&#x7684;&#x5355;&#x4E2A;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BF9; ATP &#x6C34;&#x89E3;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x5173;&#x8054;&#x829C;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x91CD;&#x5851;&#x6D3B;&#x52A8;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x57DF;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x975E;&#x751F;&#x4EA7;&#x6027;&#x8F6C;&#x5F55;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x829C;&#x91CD;&#x5851;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x4E86;&#x5168;&#x957F;&#x7684;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0; (slyD) &#x7684;&#x4F53;&#x5916;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6A21;&#x578B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x3002;&#x7814;&#x7A76;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x62C9;&#x5E15;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x5272;&#x5E76;&#x786E;&#x5B9A;&#x4F53;&#x5916;&#x8F6C;&#x5F55;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x95F4;&#x4F53;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x6216;&#x7F3A;&#x5C11;&#x7684;&#x62C9;&#x5E15;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8868;&#x660E;&#x829C;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x4F53;&#x5916;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x514D;&#x8D39; RNA &#x7269;&#x79CD;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x7CBE;&#x70BC;&#x6211;&#x4EEC;&#x829C;&#x51FD;&#x6570;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x6A21;&#x578B;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5728; SWI/&#x7231;&#x68EE;&#x86CB;&#x767D;&#x8D85;&#x5BB6;&#x65CF;&#x7684;&#x4E00;&#x4F4D;&#x4EE3;&#x8868;&#x7684; RNA &#x7BA1;&#x7406;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x7684;&#x89D2;&#x8272;&#x3002;

&#x829C;&#xFF0C;SWI/&#x7231;&#x68EE;&#x7684;&#x5927;&#x80A0;&#x57C3;&#x5E0C;&#x6C0F;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC; RNA &#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x4E9A;&#x5355;&#x4F4D;&#x4ECE;&#x8F6C;&#x5F55;&#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x65B0;&#x751F; RNA &#x7684;&#x91CA;&#x653E;&#x3002;

RapA, a prokaryotic member of the SWI/SNF protein superfamily, is an integral part of the RNA polymerase transcription complex. RapA's function and catalytic mechanism have been linked to nucleic acid remodeling. In this work, we show that mutations in the interface between RapA's SWI/SNF and double-stranded nucleic acid-binding domains significantly alter ATP hydrolysis in purified RapA. The effects of individual mutations on ATP hydrolysis loosely correlated with RapA's nucleic acid remodeling activity, indicating that the interaction between these domains may be important for the RapA-mediated remodeling of nonproductive transcription complexes. In this study, we introduced a model system for in vitro transcription of a full-length Escherichia coli gene (slyD). To study the function of RapA, we fractionated and identified in vitro transcription reaction intermediates in the presence or absence of RapA. These experiments demonstrated that RapA contributes to the formation of free RNA species during in vitro transcription. This work further refines our models for RapA function in vivo and establishes a new role in RNA management for a representative of the SWI/SNF protein superfamily.

RapA, the SWI/SNF subunit of Escherichia coli RNA polymerase, promotes the release of nascent RNA from transcription complexes.

RapA, membre de la superfamille des prot&eacute;ines SWI/SNF, procaryote fait partie int&eacute;grante de la transcription de l&#39;ARN polym&eacute;rase complexe. Fonction de RapA et de m&eacute;canisme catalytique ont &eacute;t&eacute; li&eacute;s &agrave; l&#39;acide nucl&eacute;ique remodelage. Dans ce travail, nous montrons que mutations dans la crois&eacute;e du RapA SWI/SNF et domaines de liaison du acide nucl&eacute;ique bicat&eacute;naire modifier significativement hydrolyse de l&#39;ATP dans la purifi&eacute; RapA. Les effets de mutations individuelles sur l&#39;hydrolyse de l&#39;ATP faiblement corr&eacute;l&eacute;e avec de l&#39;acide nucl&eacute;ique de RapA remodelage de l&#39;activit&eacute;, ce qui indique que l&#39;interaction entre ces domaines peut-&ecirc;tre &ecirc;tre importante pour la m&eacute;diation RapA transformant des complexes de la transcription non productives. Dans cette &eacute;tude, nous avons introduit un syst&egrave;me mod&egrave;le pour la transcription in vitro d&#39;un g&egrave;ne pleine longueur d&#39;Escherichia coli (slyD). Pour &eacute;tudier la fonction des RapA, nous avons fractionn&eacute; et identifi&eacute; les interm&eacute;diaires de r&eacute;action de transcription in vitro en pr&eacute;sence ou en absence de RapA. Ces exp&eacute;riences ont d&eacute;montr&eacute; que RapA contribue &agrave; la formation des esp&egrave;ces d&#39;ARN libres au cours de la transcription in vitro. Ce travail plus affine nos mod&egrave;les de fonction RapA in vivo et &eacute;tablit un nouveau r&ocirc;le dans la gestion de RNA pour un repr&eacute;sentant de la superfamille des prot&eacute;ines SWI/SNF.

RapA, la sous-unit&eacute; SWI/SNF de Escherichia coli ARN polym&eacute;rase, favorise la lib&eacute;ration d&#39;ARN naissante de complexes de transcription.

RapA, prokaryotischen Mitglied der SWI/SNF-Protein-Superfamilie, ist fester Bestandteil der RNA-Polymerase Transkription Komplex. RapA Funktion und katalytische Mechanismus wurden mit Nukleins&auml;ure-Umbau verkn&uuml;pft. In diesem Werk zeigen wir, dass Mutationen in der Schnittstelle zwischen der RapA SWI/SNF und Double-Stranded Nukleins&auml;ure-Bindung Dom&auml;nen ATP-Hydrolyse in gereinigtem RapA erheblich &auml;ndern. Die Auswirkungen der einzelnen Mutationen auf ATP-Hydrolyse lose mit der RapA-Nukleins&auml;ure Umbau Aktivit&auml;t, die darauf hinweist, dass die Interaktion zwischen diesen Dom&auml;nen m&ouml;glicherweise wichtig f&uuml;r den RapA-vermittelte Umbau der produktiven Transkription komplexe korreliert. In dieser Studie haben wir ein Modellsystem f&uuml;r in-vitro-Transkription eines in Escherichia coli-Gens (SlyD) eingef&uuml;hrt. Um die Funktion der RapA zu studieren, wir fraktioniert und in-vitro-Transkription Reaktion Zwischenprodukte in der Anwesenheit oder Abwesenheit von RapA identifiziert. Diese Experimente zeigten, dass RapA zur Bildung von freie RNA-Arten w&auml;hrend der in-vitro-Transkription tr&auml;gt. Diese Arbeit weiter verfeinert unsere Modelle f&uuml;r RapA-Funktion in-vivo und gr&uuml;ndet eine neue Rolle in RNA-Management f&uuml;r einen Vertreter der SWI/SNF-Protein-Superfamilie.

RapA, die SWI/SNF-Untereinheit von Escherichia coli RNA Polymerase, f&ouml;rdert die Freisetzung von entstehende RNA aus Transkription-komplexe.

RapA, un procariotico membro della superfamiglia di proteine SWI/SNF, &egrave; parte integrante della trascrizione RNA polimerasi complessa. Funzione e meccanismo catalitico di RapA sono stati collegati al rimodellamento dell&#39;acido nucleico. In questo lavoro, mostriamo che mutazioni nell&#39;interfaccia tra di RapA SWI/SNF e double-stranded acido nucleico-associazione domini alterano in modo significativo all&#39;idrolisi di ATP in RapA purificato. Gli effetti delle singole mutazioni su idrolisi dell&#39;ATP vagamente correlato con acido nucleico di RapA rimodellamento attivit&agrave;, indicando che l&#39;interazione tra questi domini possa essere importante per il rimodellamento RapA-mediata dei complessi di trascrizione non produttiva. In questo studio, abbiamo introdotto un sistema di modello per la trascrizione in vitro di un gene full-length del Escherichia coli (slyD). Per studiare la funzione di RapA, abbiamo frazionato e identificato prodotti intermedi di reazione di trascrizione in vitro in presenza o assenza di RapA. Questi esperimenti hanno dimostrato che la RapA contribuisce alla formazione della specie di RNA libero durante la trascrizione in vitro. Questo lavoro ulteriormente affina i nostri modelli per funzione di RapA in vivo e stabilisce un nuovo ruolo nella gestione di RNA per un rappresentante della superfamiglia di proteine SWI/SNF.

RapA, la subunit&agrave; SWI/SNF di Escherichia coli RNA polimerasi, promuove il rilascio di RNA nascente da complessi di trascrizione.

&#x30E9;&#x30D1;&#x3001;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269; SWI/SNF &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30B9;&#x30FC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x96D1;&#x306A; RNA &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x306A;&#x90E8;&#x5206;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30E9;&#x30D1;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x3068;&#x89E6;&#x5A92;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306F;&#x6838;&#x9178;&#x306E;&#x6539;&#x9020;&#x306B;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x4F5C;&#x696D;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30D1;&#x306E; SWI/SNF &#x3068;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;&#x6838;&#x9178;&#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x9593;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30A4;&#x30B9;&#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x5927;&#x5E45;&#x306B; ATP &#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x7CBE;&#x88FD;&#x30E9;&#x30D1;&#x3067;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;ATP &#x52A0;&#x6C34;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x758E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x3092;&#x6539;&#x9020;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x9593;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x30E9;&#x30D1;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x305F;&#x975E;&#x751F;&#x7523;&#x7684;&#x8EE2;&#x5199;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x6539;&#x9020;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x30E9;&#x30D1;&#x306E;&#x6838;&#x9178;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x305F;.&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30D5;&#x30EB;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50; (slyD) &#x306E;&#x751F;&#x4F53;&#x5916;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x7CFB;&#x3092;&#x5C0E;&#x5165;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30E9;&#x30D1;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x753B;&#x3057;&#x3001;&#x30E9;&#x30D1;&#x306E;&#x6709;&#x7121;&#x3067;&#x751F;&#x4F53;&#x5916;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x53CD;&#x5FDC;&#x4E2D;&#x9593;&#x4F53;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E9;&#x30D1;&#x306F;&#x751F;&#x4F53;&#x5916;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x7121;&#x6599;&#x306E; RNA &#x7A2E;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x5BC4;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x4F5C;&#x696D;&#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30E9;&#x30D1;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E; in vivo &#x3067;&#x306E;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x6D17;&#x7DF4;&#x3057;&#x3001;RNA &#x7BA1;&#x7406; SWI/SNF &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30B9;&#x30FC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30E9;&#x30D1;&#x3001;SWI/SNF &#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5927;&#x8178;&#x83CC;&#x5927;&#x8178;&#x83CC; RNA &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x65B0;&#x751F; RNA &#x306E;&#x30EA;&#x30EA;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x63A8;&#x9032;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RapA, prokaryotic &#xC704;&#xC6D0; SWI/SNF &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; superfamily &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; RNA &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C; &#xC804;&#xC0AC;&#xC758; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xBD80;&#xBD84;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. Rapa&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBC0F; &#xCD09;&#xB9E4; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xD575; &#xC0B0; &#xAC1C;&#xC7A5;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xACB0; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC791;&#xD488;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; Rapa&#xC758; SWI/SNF&#xC640; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; &#xD575; &#xC0B0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAC04;&#xC758; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xC21C;&#xD654; Rapa&#xC5D0; ATP &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574; &#xBCC0;&#xACBD; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. ATP &#xAC00;&#xC218;&#xBD84;&#xD574;&#xC5D0; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xB290;&#xC2A8;&#xD558;&#xAC8C; Rapa&#xC758; &#xD575; &#xC0B0; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xAC1C;&#xC7A5;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAC04;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; nonproductive &#xC804;&#xC0AC; &#xB2E8;&#xC9C0; RapA &#xC911;&#xC7AC; &#xB9AC; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xC5F0;&#xAD00;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC804;&#xCCB4; &#xAE38;&#xC774; Escherichia&#xC758; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; (slyD)&#xC758; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC678; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xB378; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xB3C4;&#xC785; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Rapa&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC5F0;&#xAD6C;, fractionated &#xD558; &#xACE0; Rapa&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; &#xC720;&#xBB34;&#xC5D0; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC678; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xBC18;&#xC751; &#xC911;&#xAC04;&#xCCB4;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC2DC;&#xC5F0; RapA &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC678; &#xB179;&#xC74C; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xBB34;&#xB8CC; RNA&#xC758; &#xD615;&#xC131;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC791;&#xD488; &#xCD94;&#xAC00; RapA &#xAE30;&#xB2A5; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0DD;&#xC0DD;&#xD55C; &#xD558; &#xACE0; RNA SWI/SNF &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; superfamily&#xC758; &#xB300;&#xD45C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD00;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC124;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

RapA, &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB300;&#xC7A5;&#xADE0; RNA &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; SWI/SNF &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; &#xC804;&#xC0AC; &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD08;&#xAE30; RNA&#xC758; &#xBD84;&#xB9AC;&#xB97C; &#xCD09;&#xC9C4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

RapA, miembro de la superfamilia de prote&iacute;nas SWI/SNF, procariota es parte integral de la transcripci&oacute;n del ARN polimerasa compleja. Funci&oacute;n y mecanismo catal&iacute;tico de RapA se han relacionado con la remodelaci&oacute;n de &aacute;cido nucleico. En este trabajo mostramos que las mutaciones en la interfaz entre SWI/SNF y dominios de uni&oacute;n a &aacute;cidos nucleicos double-stranded de RapA alteran significativamente la hidr&oacute;lisis de ATP en RapA purificada. Los efectos de las mutaciones individuales en la hidr&oacute;lisis de ATP libremente correlacionan con &aacute;cidos nucleicos de RapA remodelaci&oacute;n de la actividad, indicando que la interacci&oacute;n entre estos dominios puede ser importante para la remodelaci&oacute;n de RapA-mediada de complejos de transcripci&oacute;n no productiva. En este estudio, presentamos un modelo de sistema de transcripci&oacute;n in vitro de un gen de coli Escherichia integral (slyD). Para estudiar la funci&oacute;n de RapA, se fracciona y se identificaron intermedios de reacci&oacute;n de transcripci&oacute;n in vitro en la presencia o ausencia de RapA. Estos experimentos demostraron que RapA contribuye a la formaci&oacute;n de especies de RNA libres durante la transcripci&oacute;n in vitro. Este trabajo adem&aacute;s refina nuestros modelos para la funci&oacute;n de RapA in vivo y establece un nuevo papel en la gesti&oacute;n de RNA para un representante de la superfamilia de prote&iacute;nas SWI/SNF.

RapA, la subunidad SWI/SNF de Escherichia coli ARN polimerasa, promueve la liberaci&oacute;n de RNA naciente de los complejos de transcripci&oacute;n.

&#x5BFC;&#x8BBA;&#x751F;&#x7269;&#x5206;&#x5B50;&#x56FE;&#x5F62;&#x3002;

An introduction to biomolecular graphics.

Une introduction aux graphiques biomol&eacute;culaire.

Eine Einf&uuml;hrung in die Biomolekulare Grafik.

Un&#39;introduzione alla grafica biomolecolare.

&#x751F;&#x4F53;&#x5206;&#x5B50;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x5165;&#x9580;

&#xC0DD;&#xBA85;&#xC758; &#xADF8;&#xB798;&#xD53D;&#xC744; &#xC18C;&#xAC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Una introducci&oacute;n a los gr&aacute;ficos biomolecular.

&#x901A;&#x8FC7;&#x963B;&#x788D;&#x6216;&quot;&#x6C89;&#x9ED8;&quot;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7FFB;&#x8BD1;&#xFF0C;&#x5230;&#x7EC6;&#x83CC; rRNA &#x6742;&#x4EA4;&#x7684;&#x53CD;&#x4E49;&#x6838;&#x9178;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7269;&#x53EF;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6297;&#x83CC;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7684;&#x6709;&#x524D;&#x9014;&#x7684;&#x7C7B;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x7279;&#x6027;&#x7684;&#x6539;&#x6027;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#xFF0C;&#x6839;&#x636E;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217; &#xFF08;5&#39;)r(UGUUACGACU)(3&#39;) &#x662F; A &#x7F51;&#x7AD9;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; RNA &#x7684;&#x8865;&#x5145;&#x3002;&#x5C24;&#x5176;&#x662F;&#xFF0C;25 ns &#x663E;&#x5F0F;&#x6EB6;&#x5242;&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x90FD;&#x8BA1;&#x7B97;&#x4E3A;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x516D;&#x4E2A;&#x5355;&#x7EDE; decamers&#xFF1A; (1) &#x4E0A;&#x8FF0; RNA &#x5728;&#x672A;&#x4FEE;&#x6539;&#x7684;&#x5F62;&#x5F0F; &#xFF1B;(2) 2&#39;-O-&#x7532;&#x57FA;&#x4FEE;&#x9970;&#x7684; RNA &#xFF1B;(3) &#x80BD;&#x6838;&#x9178; (PNA) &#x7C7B;&#x4F3C;&#x7269;&#x4E0A;&#x9762;&#x7684;&#x987A;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x5305;&#x542B; T (a) &#x6216; (b) U &#xFF1B;(4) &#x548C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4E1D;&#x6C28;&#x9178;-&#x53D6;&#x4EE3; PNAs&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x663E;&#x793A;&#xFF0C;2&#39;-O-&#x7532;&#x57FA;&#x6291;&#x5236; RNA &#x9AA8;&#x5E72;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x9632;&#x6B62;&#x5806;&#x79EF;&#x548C;&#x5806;&#x79EF;&#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x6362;&#x7B97;&#x3002;&#x5DF4;&#x52D2;&#x65AF;&#x5766;&#x6C11;&#x65CF;&#x6743;&#x529B;&#x673A;&#x6784;&#x6A21;&#x62DF;&#x5448;&#x73B0;&#x8F83;&#x7075;&#x6D3B;&#x66F4;&#x6362;&#x5C3F;&#x5627;&#x5576;&#x548C;&#x80F8;&#x817A;&#x5627;&#x5576; &#xFF1B;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0; derivatizing &#x4E1D;&#x6C28;&#x9178;&#x4E0E;&#x5DF4;&#x52D2;&#x65AF;&#x5766;&#x6C11;&#x65CF;&#x6743;&#x529B;&#x673A;&#x6784;&#x9AA8;&#x5E72;&#x5BFC;&#x81F4;&#x589E;&#x5F3A;&#x57FA;&#x5730;&#x5806;&#x53E0;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x7B26;&#x5408;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x6EB6;&#x89E3;&#x7279;&#x6027;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7C7B;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A; RNAs &#x5C55;&#x51FA;&#x66F4;&#x591A;&#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x7684;&#x6C34;&#x5206;&#x5B50;&#x6BD4;&#x5DF4;&#x52D2;&#x65AF;&#x5766;&#x6C11;&#x65CF;&#x6743;&#x529B;&#x673A;&#x6784;&#x3002;&#x6839;&#xFF0C;2&#39;-O-&#x7532;&#x57FA; RNA &#x6700;&#x521D;&#x87BA;&#x65CB;&#x6784;&#x8C61;&#x5C55;&#x54C1;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6240;&#x6709;&#x6A21;&#x62DF;&#x7684; decamers&#xFF0C;Na(+) &#x5BC6;&#x5EA6;&#x6700;&#x9AD8;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136; Na(+) &#x96C6;&#x7ED3;&#x662F;&#x6700;&#x5FAE;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x9053;&#x7684;&#x4E2D;&#x6027;&#x7684;&#x5DF4;&#x52D2;&#x65AF;&#x5766;&#x6C11;&#x65CF;&#x6743;&#x529B;&#x673A;&#x6784;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x4FEE;&#x6539;&#x5355;&#x7EDE;&#x4F4E;&#x805A;&#x7269;&#x7684;&#x6784;&#x8C61;&#x548C;&#x7406;&#x5316;&#x6027;&#x80FD;&#x7684;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x7814;&#x7A76;&#x53EF;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x6838;&#x9178;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7269;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F;&#x90A3;&#x4E9B;&#x80FD;&#x591F;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x3001; &#x9AD8;&#x4EB2;&#x548C;&#x6838;&#x7CD6;&#x4F53; A &#x7AD9;&#x70B9;&#x8054;&#x7F16;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x7684;&#x66F4;&#x597D;&#x7684;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x3002;

&#x5206;&#x5B50;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x6A21;&#x62DF;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728; rRNA &#x7C98;&#x5408;&#x5242;&#xFF1A; &#x5355;&#x94FE;&#x6838;&#x9178;&#x548C;&#x4E00;&#x4E9B;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7269;&#x3002;

By hindering or "silencing" protein translation in vivo, antisense nucleic acid analogues that hybridize to bacterial rRNA could serve as a promising class of antibacterial compounds. Thus, we performed a comparative analysis of the dynamical properties of modified oligonucleotides based upon a sequence (5')r(UGUUACGACU)(3') that is complementary to bacterial ribosomal A-site RNA. In particular, 25 ns explicit solvent molecular dynamics simulations were computed for the following six single-stranded decamers: (1) the above RNA in unmodified form; (2) the 2'-O-methyl-modified RNA; (3) peptide nucleic acid (PNA) analogues of the above sequence, containing either (a) T or (b) U; and (4) two serine-substituted PNAs. Our results show that 2'-O-methylation attenuates RNA backbone dynamics, thereby preventing interconversion between stacked and unstacked conformations. The PNA analogue is rendered less flexible by replacing uracil with thymine; in addition, we found that derivatizing the PNA backbone with serine leads to enhanced base-stacking interactions. Consistent with known solubility properties of these classes of molecules, both RNAs exhibited greater localization of water molecules than did PNA. In terms of counterions, the initially helical conformation of the 2'-O-methyl RNA exhibits the highest Na(+) density among all the simulated decamers, while Na(+) build-up was most negligible for the neutral PNA systems. Further studies of the conformational and physicochemical properties of such modified single-stranded oligomers may facilitate better design of nucleic acid analogues, particularly those capable of serving as specific, high-affinity ribosomal A-site binders.

Molecular dynamics of potential rRNA binders: single-stranded nucleic acids and some analogues.

Par entraver ou &laquo; silencieux &raquo; traduction des prot&eacute;ines in vivo, analogues nucl&eacute;otidiques antisens qui s&#39;hybrident &agrave; l&#39;ARNr bact&eacute;rienne pouvaient constituer une classe prometteuse de compos&eacute;s antibact&eacute;riens. Ainsi, nous avons effectu&eacute; une analyse comparative des propri&eacute;t&eacute;s dynamiques des oligonucl&eacute;otides modifi&eacute;s selon une s&eacute;quence (5&#39;)r(UGUUACGACU)(3&#39;) qui est compl&eacute;mentaire de bact&eacute;rienne ARN ribosomique de sites A. En particulier, des simulations de solvant explicite de la dynamique mol&eacute;culaire 25 ns ont &eacute;t&eacute; calcul&eacute;es pour les g&eacute;n&eacute;raient de monocat&eacute;naire six suivants: (1) l&#39;ARN ci-dessus dans une forme non modifi&eacute;e ; (2) l&#39;ARN 2&#39;-O-m&eacute;thyl-modification ; (3) des acides nucl&eacute;iques (PNA) analogues peptidiques de la s&eacute;quence ci-dessus, contenant T (a) ou (b) U ; et (4) deux s&eacute;rine-substitu&eacute;s PNAs. Nos r&eacute;sultats montrent que 2&#39;-O-m&eacute;thylation att&eacute;nue la dynamique d&#39;&eacute;pine dorsale RNA, emp&ecirc;chant ainsi l&#39;interconversion entre les conformations empil&eacute;es et empil&eacute;es. L&#39;analogue de la PNA est rendu moins flexible en rempla&ccedil;ant l&#39;uracile avec thymine ; en outre, nous avons constat&eacute; que d&eacute;riv&eacute; de l&#39;&eacute;pine dorsale PNA avec serine m&egrave;ne aux interactions d&#39;empilement base renforc&eacute;es. Compatible avec les propri&eacute;t&eacute;s de solubilit&eacute; connue de ces classes de mol&eacute;cules, les deux ARN expos&eacute; localisation plue de mol&eacute;cules d&#39;eau que ne le PNA. En termes de contre-ions, la conformation h&eacute;lico&iuml;dale au d&eacute;part de l&#39;ARN de 2&#39;-O-m&eacute;thyl pr&eacute;sente la plus forte densit&eacute; de na parmi tous les g&eacute;n&eacute;raient simul&eacute;e, tandis que l&#39;accumulation de Na &eacute;tait plus n&eacute;gligeable pour les syst&egrave;mes PNA neutres. D&#39;autres &eacute;tudes des propri&eacute;t&eacute;s conformationnelles et physicochimiques de ces oligom&egrave;res monocat&eacute;naire mis &agrave; jour le peuvent faciliter la meilleure conception des analogues de l&#39;acide nucl&eacute;ique, particuli&egrave;rement ceux qui peuvent servir de liants de sites A ribosomiques sp&eacute;cifiques, de haute affinit&eacute;.

La dynamique mol&eacute;culaire des liants d&#39;ARNr potentiels : acides nucl&eacute;iques simple brin et certains analogues.

Durch Behinderung oder &quot;zum Schweigen&quot; Protein-&Uuml;bersetzung in-vivo, k&ouml;nnte antisense Nukleins&auml;ure-Analoga zu bakterieller rRNA hybridisieren als eine vielversprechende Klasse von antibakterielle Verbindungen dienen. So f&uuml;hrten wir eine vergleichende Analyse der dynamischen Eigenschaften des modifizierten Oligonukleotide, die auf der Basis einer Abfolge (5&#39;)r(UGUUACGACU)(3&#39;), die komplement&auml;r zu bakteriellen Ribosomale RNA der A-Standort ist. Insbesondere wurden 25 ns-explizite solvent Molekulardynamik-Simulationen f&uuml;r die folgenden sechs einzelstr&auml;ngige Decamers berechnet: (1) die oben genannten RNA in unver&auml;nderter Form; (2) die 2&#39;-O-Methyl-modifiziert-RNA; (3) Peptid-Nukleins&auml;ure (PNA)-Analoga der oben genannten Sequenz, die entweder (a) T oder b U; und (4) zwei Serin-substituierte PNAs. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die 2&#39;-O-Methylierung RNA R&uuml;ckgrat Dynamik, wodurch man Umwandlung zwischen den gestapelten und nichtgestapelten Konformationen d&auml;mpft. Die PNA-Analog ist weniger flexibel gerendert, indem Thymin Uracil ersetzen; Dar&uuml;ber hinaus fanden wir, dass derivatizing das R&uuml;ckgrat der PNA mit Serin zu verst&auml;rkten Base-Stapeln Interaktionen f&uuml;hrt. Im Einklang mit bekannten L&ouml;slichkeit Eigenschaften dieser Klassen von Molek&uuml;len, beide RNAs ausgestellt gr&ouml;&szlig;er Lokalisierung von Wassermolek&uuml;len als PNA Tat. In Bezug auf Counterions Exponate der anf&auml;nglich spiralf&ouml;rmige Konformation der 2&#39;-O-Methyl-RNA die h&ouml;chste Dichte Na(+) unter all den simulierten Decamers, w&auml;hrend Na(+) Anhaftungen am meisten vernachl&auml;ssigbar f&uuml;r die neutrale PNA Systeme war. Weitere Studien der Konformations&auml;nderungen und physikalisch-chemischen Eigenschaften von solchen ver&auml;nderten einzelstr&auml;ngige Oligomeren k&ouml;nnen besseres Design von Nukleins&auml;ure-Analoga, insbesondere die Lage des Dienens als spezifische, hoher Affinit&auml;t ribosomal A-Standort Bindemittel erleichtert werden.

Molekulare Dynamik der potenziellen rRNA-Bindemittel: einzelstr&auml;ngige Nukleins&auml;uren und einige Analoga.

Da ostacolare o &quot;silenziamento&quot; traduzione della proteina in vivo, analoghi dell&#39;acido nucleico antisenso che ibridano a rRNA batterico potrebbero servire come una promettente classe di composti antibatterici. Cos&igrave;, abbiamo eseguito un&#39;analisi comparativa delle propriet&agrave; dinamiche di oligonucleotidi modificati basati su una sequenza (5&#39;)r(UGUUACGACU)(3&#39;) che &egrave; complementare al RNA di A-sito ribosomiale batterica. In particolare, simulazioni di dinamica molecolare solvente esplicito 25 ns sono stati calcolati per i seguenti sei single-stranded decamers: (1) il suddetto RNA in forma invariata; (2) il RNA 2&#39;-O-metil-modificato; (3) analoghi degli acidi nucleici (PNA) del peptide della sequenza di cui sopra, contenente T (a) o (b) U; e (4) due serina-sostituito PNAs. I nostri risultati mostrano che 2&#39;-O-metilazione attenua dinamiche di RNA dorsale, impedendo cos&igrave; l&#39;interconversione tra conformazioni impilati e istogrammi. L&#39;analogo PNA &egrave; reso meno flessibile sostituendo uracile con timina; Inoltre, abbiamo trovato che derivatizing la spina dorsale PNA con serina conduce alle interazioni di base-stacking rafforzate. Coerenti con le propriet&agrave; di solubilit&agrave; noto di queste classi di molecole, entrambi RNAs esposto una maggiore localizzazione delle molecole d&#39;acqua che ha fatto PNA. In termini di counterions, la conformazione inizialmente elicoidale del RNA 2&#39;-O-metil esibisce il pi&ugrave; alta densit&agrave; di Na(+) tra tutti i decamers simulato, mentre Na(+) accumulo era pi&ugrave; trascurabile per i sistemi PNA neutri. Ulteriori studi delle propriet&agrave; conformazionali e fisico-chimiche di tali oligomeri single-stranded modificati possono facilitare design migliore degli analoghi dell&#39;acido nucleico, specialmente quelli in grado di servire come leganti A-sito ribosomiale specifiche, ad alta affinit&agrave;.

Dinamica molecolare di potenziali leganti rRNA: acidi nucleici single-stranded e alcuni analoghi.

&#x300C;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x7FFB;&#x8A33;&#x3092;&#x9ED9;&#x3089;&#x305B;&#x308B;&#x300D;&#x3092;&#x59A8;&#x3052;&#x308B;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E; rRNA &#x306B;&#x4EA4;&#x914D;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C1;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x6838;&#x9178;&#x30A2;&#x30CA;&#x30ED;&#x30B0;&#x6297;&#x83CC;&#x6027;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x6709;&#x671B;&#x306A;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F79;&#x7ACB;&#x3064;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; (&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E; A &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8; RNA &#x306B;&#x76F8;&#x88DC;&#x7684;&#x306A; 5&#39;)r(UGUUACGACU)(3&#39;)&#x3002; &#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x5909;&#x66F4;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x529B;&#x5B66;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x7279;&#x306B;&#x3001;25 ns &#x306E;&#x660E;&#x793A;&#x7684;&#x306A;&#x6EB6;&#x5A92;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x6B21;&#x306E;&#x516D;&#x3064;&#x306E;&#x4E00;&#x672C;&#x9396; decamers &#x306E;&#x8A08;&#x7B97;&#x3055;&#x308C;&#x305F;: (1) &#x4E0A;&#x8A18;&#x306E; RNA &#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x52A0;&#x3048;&#x305A;&#x306B;&#x3002;(2) 2&#39;-O &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;-&#x5909;&#x66F4;&#x306E; RNA&#x3002;(3) &#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x6838;&#x9178; (PNA) &#x985E;&#x4F3C;&#x4F53; T (a) &#x307E;&#x305F;&#x306F; (b) U &#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x4E0A;&#x8A18;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3002;(4) 2 &#x3064;&#x306E;&#x30BB;&#x30EA;&#x30F3;-&#x7F6E;&#x63DB; PNAs&#x3002;&#x305D;&#x306E; 2&#39;-&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x7A4D;&#x307F;&#x4E0A;&#x3052;&#x304A;&#x3088;&#x3073; unstacked &#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x9593;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x5909;&#x63DB;&#x3092;&#x9632;&#x6B62;&#x3001;RNA &#x30D0;&#x30C3;&#x30AF;&#x30DC;&#x30FC;&#x30F3; &#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x6E1B;&#x8870;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;PNA &#x30A2;&#x30CA;&#x30ED;&#x30B0; &#x30C1;&#x30DF;&#x30F3;&#x3068;&#x30A6;&#x30E9;&#x30B7;&#x30EB;&#x3092;&#x7F6E;&#x304D;&#x63DB;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3088;&#x308A;&#x67D4;&#x8EDF;&#x306A;&#x30EC;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F; PNA &#x30D0;&#x30C3;&#x30AF;&#x30DC;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x30BB;&#x30EA;&#x30F3;&#x8A98;&#x5C0E;&#x5F37;&#x5316;&#x306E;&#x30B9;&#x30BF;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0; &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E00;&#x8CAB;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6EB6;&#x89E3;&#x6027;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x306F;&#x3001;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E; Rna PNA &#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5927;&#x304D;&#x3044;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x6C34;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x3092;&#x5C55;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Na(+) &#x306E;&#x84C4;&#x7A4D;&#x304C;&#x4E2D;&#x7ACB;&#x306E; PNA &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x7121;&#x8996;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x304C;&#x30DD;&#x30EA;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x9762;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x3001;&#x30B7;&#x30DF;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x305F; decamers &#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x6700;&#x9AD8;&#x306E; Na(+) &#x5BC6;&#x5EA6; 2&#39;-O &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB; RNA &#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x30D8;&#x30EA;&#x30AB;&#x30EB;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x5C55;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5909;&#x66F4;&#x306E; 1 &#x672C;&#x9396;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x7269;&#x7406;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x3055;&#x3089;&#x306A;&#x308B;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x6838;&#x9178;&#x30A2;&#x30CA;&#x30ED;&#x30B0;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x3001;&#x9AD8;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E; A &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30FC;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x512A;&#x308C;&#x305F;&#x30C7;&#x30B6;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3002;

&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A; rRNA &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C0;&#x30FC;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x52D5;&#x529B;&#x5B66;: &#x4E00;&#x672C;&#x9396;&#x6838;&#x9178;&#x3068;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x985E;&#x4F3C;&#x4F53;&#x3002;

&#xBC29;&#xD574; &#xB610;&#xB294; &quot;&#xCE68;&#xBB35;&quot; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC88;&#xC5ED;, &#xC138;&#xADE0;&#xC131; Rrna&#xB97C; &#xAD50;&#xBC30; &#xC13C;&#xC2A4; &#xD575; &#xC0B0; analogues &#xD56D;&#xADE0; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; &#xC720;&#xB9DD; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC218;&#xC815;&#xB41C; oligonucleotides (5&#39;)r(UGUUACGACU)(3&#39;) &#xC138;&#xADE0; ribosomal A &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; RNA&#xC5D0; &#xBB34;&#xB8CC;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C;&#xC758; &#xC5ED; &#xB3D9; &#xC18D;&#xC131;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC218;&#xD589;. &#xD2B9;&#xD788;, 25 ns &#xBA85;&#xC2DC;&#xC801; &#xC6A9; &#xB9E4; &#xBD84;&#xC790; &#xB3D9;&#xC5ED;&#xD559; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xC740; &#xB2E4;&#xC74C; 6 &#xAC1C;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; decamers&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xACC4;&#xC0B0; &#xB41C;: (1) &#xC218;&#xC815; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xD615;&#xD0DC;&#xB85C;; &#xC704;&#xC758; RNA (2) 2&#39;-O &#xBA54; &#xD2F8;-&#xC218;&#xC815; RNA; (3) &#xD3A9;&#xD0C0;&#xC774;&#xB4DC; &#xD575; &#xC0B0; (PNA) analogues T (a) &#xB610;&#xB294; (b) U;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC704;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; (4) &#xB450; &#xB5A0;&#xB4E4;&#xACE0;-&#xB300;&#xCCB4; PNAs. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xBA54; &#xADF8; 2&#39;-O-&#xD2F8; &#xC57D;&#xD654; RNA &#xBC31;&#xBCF8; &#xC5ED;&#xD559;, &#xB204;&#xC801; &#xBC0F; unstacked conformations &#xC0AC;&#xC774; interconversion &#xAC83;&#xC744; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. PNA &#xC544;&#xB0A0;&#xB85C;&#xADF8; uracil thymine; &#xB300;&#xCCB4; &#xD558; &#xC5EC; &#xB35C; &#xC720;&#xC5F0;&#xD55C; &#xB80C;&#xB354;&#xB9C1; &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; &#xC2A4;&#xD0DC;&#xD0B9; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAC8C; &#xB5A0;&#xB4E4;&#xACE0;&#xC640; PNA &#xBC31;&#xBCF8; derivatizing &#xBC1C;&#xACAC;. &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC758; &#xC18D;&#xC131; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC6A9; &#xD574;&#xB3C4;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58;, &#xB450; RNAs PNA &#xBCF4;&#xB2E4; &#xD070; &#xBB3C; &#xBD84;&#xC790;&#xB97C; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654; &#xC804;&#xC2DC;. Counterions, &#xCE21;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBA54; 2&#39;-O-&#xD2F8; RNA&#xC758; &#xCC98;&#xC74C; &#xD5EC;&#xB9AC;&#xCEEC; &#xB098; &#xB780; Na(+) &#xBE4C;&#xB4DC;-&#xC911;&#xB9BD; PNA &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xBB34;&#xC2DC;&#xD560; &#xC218;&#xB294; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC2DC;&#xBBAC;&#xB808;&#xC774;&#xC158;&#xB41C; decamers &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; Na(+) &#xBC00;&#xB3C4; &#xC804;&#xC2DC;. &#xC218;&#xC815;&#xB41C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; &#xC62C;&#xB9AC;&#xACE0; &#xAC19;&#xC740; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xBC0F; &#xBB3C;&#xB9AC; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC18D;&#xC131;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xAC00; &#xD2B9;&#xD788; &#xD2B9;&#xC815;, &#xB192;&#xC740; &#xC120;&#xD638;&#xB3C4; ribosomal A &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB354;&#xB85C; &#xC218; &#xD575; &#xC0B0; analogues&#xC758; &#xB354; &#xB098;&#xC740; &#xB514;&#xC790;&#xC778;&#xC744; &#xC6A9;&#xC774; &#xD558; &#xAC8C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; rRNA &#xBC14;&#xC778;&#xB354;&#xC758; &#xBD84;&#xC790; &#xC5ED;&#xD559;: &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; &#xD575; &#xC0B0; &#xBC0F; &#xC77C;&#xBD80; analogues &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Por que obstaculizan o &quot;silenciamiento&quot; traducci&oacute;n de la prote&iacute;na in vivo, an&aacute;logos de &aacute;cido nucleico antisentido que hibridan a rRNA bacteriana podr&iacute;an servir como una prometedora clase de compuestos antibacterianos. As&iacute;, realizamos un an&aacute;lisis comparativo de las propiedades din&aacute;micas de oligonucle&oacute;tidos modificados basados en una secuencia (5&#39;)r(UGUUACGACU)(3&#39;) que es complementario del ARN ribos&oacute;mico bacteriana de un sitio. En particular, simulaciones de din&aacute;mica molecular solvente expl&iacute;cita de 25 ns se calcularon para los siguientes seis dec&aacute;meros de monocatenario: (1) el ARN arriba en forma no modificado; (2) el RNA 2&#39;-O-metil-modificado; (3) an&aacute;logos de &aacute;cidos nucleicos (PNA) p&eacute;ptido de la secuencia, que contiene T (a) o (b) U; y (4) dos serina-sustituci&oacute;n PNAs. Nuestros resultados muestran que 2 &#39;-O-metilaci&oacute;n aten&uacute;a din&aacute;mica de columna vertebral de RNA, evitando interconversi&oacute;n entre apiladas y Estiben conformaciones. El an&aacute;logo de la PNA se procesa menos flexible sustituyendo uracilo por timina; Adem&aacute;s, hemos encontrado que derivatizando la columna vertebral de la PNA con serina conduce a interacciones de base de apilamiento mejoradas. Consistente con las propiedades conocidas de la solubilidad de estas clases de mol&eacute;culas, ambos RNAs exhibieron mayor localizaci&oacute;n de mol&eacute;culas de agua que hicieron de la PNA. En t&eacute;rminos de counterions, la conformaci&oacute;n helicoidal inicialmente del ARN 2&#39;-O-metil exhibe la mayor densidad de na (+) entre todos los dec&aacute;meros simuladas, mientras que la acumulaci&oacute;n de na era m&aacute;s insignificante para los sistemas de ANP neutrales. Estudios adicionales de las propiedades conformacionales y fisicoqu&iacute;micas de estos olig&oacute;meros monocatenario modificados pueden facilitar el mejor dise&ntilde;o de an&aacute;logos de &aacute;cidos nucleicos, particularmente aquellos capaces de servir como ligantes de un sitio ribos&oacute;micos espec&iacute;ficos, alta afinidad.

Din&aacute;mica molecular de ligantes de rRNA potenciales: los &aacute;cidos nucleico monocatenario y algunos an&aacute;logos.

&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x901A;&#x5E38;&#x8FDB;&#x884C;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x5904;&#x7406;&#x4EFB;&#x52A1;&#x7684;&#x4EA7;&#x4E1A;&#x94FE;&#x3002;&#x7BA1;&#x9053;&#x6216;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x6D41;&#xFF0C;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x660E;&#x786E;&#x7684;&#x534F;&#x8BAE;&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x7279;&#x6B8A;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x62D3;&#x6251;&#x6570;&#x636E;&#x6D41;&#x91CF;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F9D;&#x5B58;&#x5173;&#x7CFB;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x6240;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E00;&#x6B65;&#x5E94;&#x7528;&#x6570;&#x636E;&#x8F6C;&#x6362;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5B9A;&#x4E49;&#x3002;&#x5728;&#x8BA1;&#x7B97;&#x673A;&#x79D1;&#x5B66;&#x4E2D;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x6D41;&#x7F16;&#x7A0B;&#x8303;&#x5F0F; (DFP) &#x5B9A;&#x4E49;&#x6B64;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6784;&#x9020;&#x7684;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x6D88;&#x606F;&#x4F20;&#x9012;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x7684;&#x8F6F;&#x4EF6;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x6D41;&#x53EF;&#x4EE5;&#x81EA;&#x7136;&#x5730;&#x6620;&#x5C04;&#x5230; DFP &#x6982;&#x5FF5;&#x3002;

&#x5E76;&#x884C;&#x548C;&#x5206;&#x5E03;&#x5F0F;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x7BA1;&#x9053;&#x7684;&#x8F7B;&#x91CF;&#x7EA7;&#x3001; &#x57FA;&#x4E8E;&#x6D41;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x3002;

Bioinformatic analyses typically proceed as chains of data-processing tasks. A pipeline, or 'workflow', is a well-defined protocol, with a specific structure defined by the topology of data-flow interdependencies, and a particular functionality arising from the data transformations applied at each step. In computer science, the dataflow programming (DFP) paradigm defines software systems constructed in this manner, as networks of message-passing components. Thus, bioinformatic workflows can be naturally mapped onto DFP concepts.

A lightweight, flow-based toolkit for parallel and distributed bioinformatics pipelines.

Des analyses bioinformatiques g&eacute;n&eacute;ralement proc&eacute;der comme cha&icirc;nes de t&acirc;ches informatiques. Un pipeline, ou &laquo; workflow &raquo;, est un protocole bien d&eacute;fini, avec une structure sp&eacute;cifique, d&eacute;fini par la topologie des interd&eacute;pendances de flux de donn&eacute;es et une fonctionnalit&eacute; particuli&egrave;re r&eacute;sultant des transformations de donn&eacute;es appliqu&eacute;es &agrave; chaque &eacute;tape. En informatique, le paradigme (DFP) de programmation du flux de donn&eacute;es d&eacute;finit construits de cette mani&egrave;re, comme les r&eacute;seaux de transmission de messages de composants des syst&egrave;mes logiciels. Ainsi, les workflows de bioinformatique peuvent &ecirc;tre naturellement mapp&eacute;s sur des concepts DFP.

Un outil l&eacute;ger, flow-based pour pipelines parall&egrave;les et distribu&eacute;s bio-informatique.

Bioinformatische Analysen gehen in der Regel als Ketten von EDV-Aufgaben. Eine Pipeline oder &#39;Workflow&#39;, ist eine klar definierte Protokoll, mit einer bestimmten Struktur, die durch die Topologie der Datenfluss-Interdependenzen und eine bestimmte Funktionalit&auml;t, die aus den Datentransformationen bei jedem Schritt definiert. In der Informatik definiert die Dataflow Programmierung (DFP) Paradigma Software-Systeme, die auf diese Weise als Netzwerke weiterleiten-Komponenten gebaut. Bioinformatic Arbeitsabl&auml;ufe k&ouml;nnen daher nat&uuml;rlich auf DFP Konzepte zugeordnet werden.

Ein leichtes, flussbasierte Toolkit f&uuml;r parallele und verteilte Bioinformatik Rohrleitungen.

Analisi bioinformatiche procedono tipicamente come catene di attivit&agrave; di elaborazione dei dati. Una pipeline, o &#39;flusso di lavoro&#39;, &egrave; un protocollo ben definito, con una struttura specifica definita dalla topologia di interdipendenze del flusso di dati e una particolare funzionalit&agrave; derivanti dalle trasformazioni dei dati applicate ad ogni passo. In informatica, il flusso di dati (DFP) paradigma di programmazione definisce sistemi software costruiti in questo modo, come reti di message-passing componenti. Cos&igrave;, bioinformatic i flussi di lavoro possono essere mappati naturalmente sui concetti DFP.

Un toolkit leggero, basato su flussi per le tubazioni di bioinformatica paralleli e distribuiti.

&#x60C5;&#x5831;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x901A;&#x5E38;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x51E6;&#x7406;&#x30BF;&#x30B9;&#x30AF;&#x306E;&#x30C1;&#x30A7;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x9032;&#x3093;&#x3067;&#x304F;&#x3060;&#x3055;&#x3044;&#x3002;&#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F; &#39;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#39;&#x3001;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x306E;&#x4F9D;&#x5B58;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3084;&#x3001;&#x5404;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x3067;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x5909;&#x63DB;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x3058;&#x308B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x660E;&#x78BA;&#x306B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D4;&#x30E5;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x79D1;&#x5B66;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30E1;&#x30C3;&#x30BB;&#x30FC;&#x30B8;&#x3092;&#x6E21;&#x3059;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x69CB;&#x7BC9;&#x30BD;&#x30D5;&#x30C8;&#x30A6;&#x30A7;&#x30A2; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0; &#xFF08;DFP&#xFF09; &#x30D1;&#x30E9;&#x30C0;&#x30A4;&#x30E0;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30DF;&#x30F3;&#x30B0; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x60C5;&#x5831;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x5F53;&#x7136;&#x306E;&#x3053;&#x3068;&#x306A;&#x304C;&#x3089; DFP &#x6982;&#x5FF5;&#x3092;&#x4E0A;&#x306B;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x4E26;&#x5217;&#x30FB;&#x5206;&#x6563;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9; &#x30D1;&#x30A4;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x7528;&#x306E;&#x8EFD;&#x91CF;&#x3001;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC; &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9; &#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x30AD;&#x30C3;&#x30C8;&#x3002;

Bioinformatic &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xCC98;&#xB9AC; &#xC791;&#xC5C5;&#xC758; &#xCCB4;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xC9C4;&#xD589;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778; &#xB610;&#xB294; &#39;&#xC6CC;&#xD06C;&#xD50C;&#xB85C;&#39; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xD750;&#xB984; &#xC885;&#xC18D;&#xC131; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xAC01; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC801;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBCC0;&#xD658;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xD2B9;&#xC815; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC815;&#xC758; &#xB41C; &#xD2B9;&#xC815; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC798; &#xC815;&#xC758; &#xB41C; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xC774;&#xB2E4;. &#xCEF4;&#xD4E8;&#xD130; &#xACFC;&#xD559;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xD750;&#xB984; (DFP) &#xD328;&#xB7EC;&#xB2E4;&#xC784; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB798;&#xBC0D;&#xC774; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xBA54;&#xC2DC;&#xC9C0; &#xC804;&#xB2EC; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB294; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xC18C;&#xD504;&#xD2B8;&#xC6E8;&#xC5B4; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, bioinformatic &#xC6CC;&#xD06C;&#xD50C;&#xB85C; DFP &#xAC1C;&#xB150;&#xC5D0; &#xC790;&#xC5F0;&#xC2A4;&#xB7FD; &#xAC8C; &#xB9E4;&#xD551;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBCD1;&#xB82C; &#xBC0F; &#xBD84;&#xC0B0; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xC815;&#xBCF4;&#xD559; &#xD30C;&#xC774;&#xD504;&#xB77C;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xACBD;&#xB7C9;, &#xD50C;&#xB85C;&#xC6B0; &#xAE30;&#xBC18; &#xD234;&#xD0B7;.

An&aacute;lisis bioinform&aacute;tico t&iacute;picamente proceden como cadenas de tareas de procesamiento de datos. Una tuber&iacute;a, o &#39;workflow&#39;, es un protocolo bien definido, con una estructura espec&iacute;fica definida por la topolog&iacute;a de las interdependencias de flujo de datos y una funcionalidad particular derivados de las transformaciones de datos aplicadas en cada paso. En Ciencias de la computaci&oacute;n, el flujo de datos programaci&oacute;n paradigma (DFP) define sistemas de software construidos de esta manera, como redes de componentes de paso de mensajes. As&iacute;, los flujos de trabajo de Bioinform&aacute;tica pueden asignarse naturalmente sobre conceptos DFP.

Una herramienta ligera, basada en el flujo de tuber&iacute;as de Bioinform&aacute;tica paralelo y distribuido.

Per facilitare l&#39;analisi bioinformatica strutturale flessibile ed efficiente, nuove funzionalit&agrave; per l&#39;analisi e l&#39;elaborazione della struttura tridimensionale &egrave; stato introdotto nel PyCogent - un quadro ricco popolare per la bioinformatica basata sulla sequenza, ma uno che ha difettato ugualmente potenti strumenti per la gestione di dati basati su strutturale/coordinate. Extensible Python moduli sono stati sviluppati, che forniscono astrazioni object-oriented (basate su una rappresentazione gerarchica di macromolecole), strutture dati efficienti (e.g.kD-alberi), veloce implementazioni di algoritmi comuni (ad esempio calcoli di superficie-zona), lettura e scrittura wrapper per le applicazioni da riga di comando esterne e supporto per formati di file Protein Data Bank-correlati (ad esempio Stride). Integrazione di questo codice in PyCogent &egrave; simbiotica, permettendo di lavoro basato su sequenze di beneficiare dei dati derivati da struttura e, reciprocamente, permettendo gli studi strutturali sfruttare strumenti versatili di PyCogent per l&#39;analisi filogenetiche ed evolutivi.

Astrazioni, algoritmi e strutture di dati per bioinformatica strutturale in PyCogent.

&#x4E3A;&#x65B9;&#x4FBF;&#x7075;&#x6D3B;&#x548C;&#x9AD8;&#x6548;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x5230; PyCogent-&#x57FA;&#x4E8E;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E00;&#x76F4;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x540C;&#x6837;&#x529F;&#x80FD;&#x5F3A;&#x5927;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#xFF0C;&#x7528;&#x4E8E;&#x5904;&#x7406;&#x7ED3;&#x6784;&#x5750;&#x6807;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x5176;&#x4E2D;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6D41;&#x884C;&#x529F;&#x80FD;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6846;&#x67B6;&#x5F15;&#x8FDB;&#x4E86;&#x4E09;&#x7EF4;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5904;&#x7406;&#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x65B0;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x53EF;&#x6269;&#x5C55;&#x7684; Python &#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x6A21;&#x5757;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x9762;&#x5411;&#x5BF9;&#x8C61;&#x7684;&#x62BD;&#x8C61; &#xFF08;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5927;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x5206;&#x5C42;&#x8868;&#x793A;&#x5F62;&#x5F0F;&#xFF09;&#x3001; &#x9AD8;&#x6548;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x7ED3;&#x6784; &#xFF08;e.g.kD-&#x6811;&#xFF09;&#x3001; &#x5E38;&#x89C1;&#x7B97;&#x6CD5; &#xFF08;&#x4F8B;&#x5982;&#x8BA1;&#x7B97;&#x8868;&#x9762;&#x9762;&#x79EF;&#xFF09; &#x7684;&#x5FEB;&#x901F;&#x5B9E;&#x73B0;&#xFF0C;&#x8BFB;/&#x5199;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x6570;&#x636E;&#x94F6;&#x884C;&#x6709;&#x5173;&#x6587;&#x4EF6;&#x683C;&#x5F0F;&#x7684;&#x652F;&#x6301;&#x548C;&#x5305;&#x88C5;&#x5916;&#x90E8;&#x547D;&#x4EE4;&#x884C;&#x5E94;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F; &#xFF08;&#x4F8B;&#x5982; Stride&#xFF09;&#x3002;&#x6B64;&#x4EE3;&#x7801;&#x878D;&#x5165; PyCogent &#x662F;&#x5171;&#x751F;&#xFF0C;&#x5141;&#x8BB8;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E3A;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x5DE5;&#x4F5C;&#xFF0C;&#x53D7;&#x76CA;&#x4E8E;&#x7ED3;&#x6784;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x548C;&#x76F8;&#x4E92;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x5229;&#x7528; PyCogent &#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x4E0E;&#x8FDB;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x901A;&#x7528;&#x5DE5;&#x5177;&#x3002;

&#x5728; PyCogent &#x7ED3;&#x6784;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x7684;&#x62BD;&#x8C61;&#x3001; &#x7B97;&#x6CD5;&#x548C;&#x6570;&#x636E;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;

To facilitate flexible and efficient structural bioinformatics analyses, new functionality for three-dimensional structure processing and analysis has been introduced into PyCogent - a popular feature-rich framework for sequence-based bioinformatics, but one which has lacked equally powerful tools for handling stuctural/coordinate-based data. Extensible Python modules have been developed, which provide object-oriented abstractions (based on a hierarchical representation of macromolecules), efficient data structures (e.g.kD-trees), fast implementations of common algorithms (e.g. surface-area calculations), read/write support for Protein Data Bank-related file formats and wrappers for external command-line applications (e.g. Stride). Integration of this code into PyCogent is symbiotic, allowing sequence-based work to benefit from structure-derived data and, reciprocally, enabling structural studies to leverage PyCogent's versatile tools for phylogenetic and evolutionary analyses.

Abstractions, algorithms and data structures for structural bioinformatics in PyCogent.

Afin de faciliter les analyses bioinformatiques structure flexible et efficace, les nouvelles fonctionnalit&eacute;s d&#39;analyse et de transformation de la structure tridimensionnelle a &eacute;t&eacute; introduite dans PyCogent - un cadre riche en fonctionnalit&eacute;s populaire pour la bioinformatique ax&eacute;e sur la s&eacute;quence, mais qui a manqu&eacute; tout aussi puissants outils pour le traitement de donn&eacute;es bas&eacute; sur des coordonn&eacute;es/structurelles. Extensible Python modules ont &eacute;t&eacute; d&eacute;velopp&eacute;s, qui fournissent les abstractions orient&eacute; objet (bas&eacute;es sur une repr&eacute;sentation hi&eacute;rarchique des macromol&eacute;cules), des structures de donn&eacute;es efficaces (e.g.kD-arbres), des impl&eacute;mentations rapides des algorithmes courants (p. ex. les calculs de zone &agrave; la surface), lecture/&eacute;criture de la prise en charge des formats de fichiers associ&eacute;s &agrave; la Protein Data Bank et wrappers pour les applications de ligne de commande externes (p. ex. &quot;Stridez&quot;). Int&eacute;gration de ce code dans PyCogent est symbiotique, permettant le travail ax&eacute;e sur la s&eacute;quence de b&eacute;n&eacute;ficier de donn&eacute;es structure d&eacute;riv&eacute;e et, r&eacute;ciproquement, permettant des &eacute;tudes structurales de tirer parti des outils polyvalents de PyCogent pour l&#39;analyse phylog&eacute;n&eacute;tique et &eacute;volutive.

Structures des abstractions, les algorithmes et les donn&eacute;es pour la bioinformatique structurale dans PyCogent.

Um flexible und effiziente strukturelle Bioinformatik-Analysen zu erleichtern, wurde neue Funktionalit&auml;t f&uuml;r dreidimensionale Struktur Verarbeitung und Analyse in PyCogent - ein beliebtes funktionsreiche Rahmen f&uuml;r Sequenz-basierte Bioinformatik, aber ein eingef&uuml;hrt, die gleicherma&szlig;en leistungsstarke Tools f&uuml;r die Datenverwaltung Stuctural/Koordinatenbasierte gefehlt hat. Erweiterbare Python Module entwickelt worden sind, die bieten objektorientierte Abstraktionen (basiert auf einer hierarchischen Darstellung von Makromolek&uuml;len), effiziente Datenstrukturen (e.g.kD-B&auml;ume), schnelle Implementierungen von gemeinsamen Algorithmen (z.B. Oberfl&auml;che Berechnungen), Schreib-/Protein Data Bank-bezogene-Dateiformate und Wrapper f&uuml;r externe Befehlszeilenanwendungen (z.B. Stride). Die Integration dieses Codes in PyCogent ist symbiotische, Sequenz-basierte arbeiten Struktur abgeleitete Daten nutzen und, umgekehrt, aktivieren strukturelle Studien zur PyCogents vielseitige Werkzeuge f&uuml;r phylogenetische und evolution&auml;ren Analysen nutzen.

Abstraktionen, Algorithmen und Datenstrukturen f&uuml;r strukturelle Bioinformatik in PyCogent.

&#x67D4;&#x8EDF;&#x3067;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x69CB;&#x9020;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081; PyCogent - &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x60C5;&#x5831;&#x5B66;&#x69CB;&#x9020;&#x5EA7;&#x6A19;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x51E6;&#x7406;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x304C;&#x6B20;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x304C;&#x306E;&#x4EBA;&#x6C17;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306B;&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x69CB;&#x9020;&#x51E6;&#x7406;&#x3068;&#x89E3;&#x6790;&#x306E;&#x65B0;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x5C0E;&#x5165;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#xFF08;&#x9AD8;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x968E;&#x5C64;&#x7684;&#x8868;&#x73FE;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#xFF09; &#x30AA;&#x30D6;&#x30B8;&#x30A7;&#x30AF;&#x30C8;&#x6307;&#x5411;&#x306E;&#x62BD;&#x8C61;&#x5316;&#x3001;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x69CB;&#x9020; &#xFF08;e.g.kD &#x6728;&#xFF09;&#x3001;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0; (&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x8868;&#x9762;&#x7A4D;&#x8A08;&#x7B97;) &#x306E;&#x9AD8;&#x901F;&#x5B9F;&#x88C5;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x30E2;&#x30B8;&#x30E5;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x62E1;&#x5F35;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A; Python &#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;/&#x66F8;&#x304D;&#x8FBC;&#x307F;&#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30FB; &#x30D0;&#x30F3;&#x30AF;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3068;&#x30E9;&#x30C3;&#x30D1;&#x30FC;&#x306E;&#x5916;&#x90E8;&#x30B3;&#x30DE;&#x30F3;&#x30C9; &#x30E9;&#x30A4;&#x30F3; &#x30A2;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; (&#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x3069;)&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x7D71;&#x5408; PyCogent &#x306B;&#x5171;&#x751F;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x6D3E;&#x751F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x304B;&#x3089;&#x5229;&#x76CA;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x4F5C;&#x696D;&#x3057;&#x3001;&#x76F8;&#x4E92;&#x3001;&#x7CFB;&#x7D71;&#x3068;&#x9032;&#x5316;&#x89E3;&#x6790; PyCogent &#x306E;&#x591A;&#x5F69;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x6D3B;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3092;&#x6709;&#x52B9;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

PyCogent &#x69CB;&#x9020;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x62BD;&#x8C61;&#x5316;&#x3001;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3068;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x69CB;&#x9020;&#x3002;

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Pycogent&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD6C;&#xC870; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xC815;&#xBCF4;&#xD559;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD94;&#xC0C1;&#xD654;, &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xBC0F; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xAD6C;&#xC870;.

Para facilitar el an&aacute;lisis de Bioinform&aacute;tica estructural flexible y eficiente, la nueva funcionalidad para el proceso de la estructura tridimensional y an&aacute;lisis se ha introducido en PyCogent - un marco popular de funcionalidades para Bioinform&aacute;tica basadas en secuencia, pero que le ha faltado igualmente poderosas herramientas para el manejo de datos basadas en stuctural/coordenadas. Python extensible m&oacute;dulos han sido desarrollados, que proporcionan abstracciones orientada a objetos (basados en una representaci&oacute;n jer&aacute;rquica de macromol&eacute;culas), estructuras de datos eficiente (e.g.kD-&aacute;rboles), r&aacute;pida implementaci&oacute;n de algoritmos m&aacute;s comunes (por ejemplo, c&aacute;lculos de &aacute;rea de superficie), lectura/escritura, soporte para formatos de archivo Protein Data Bank-relacionadas y envolturas para aplicaciones de l&iacute;nea de comandos externos (por ejemplo la zancada). Integraci&oacute;n de este c&oacute;digo en PyCogent es simbi&oacute;tica, permitiendo basadas en la secuencia de trabajo en beneficio de datos derivados de la estructura y, rec&iacute;procamente, estudios estructurales aprovechar herramientas vers&aacute;tiles de PyCogent para an&aacute;lisis filogen&eacute;ticos y evolutivos.

Article	Year
Structure of a Nudix protein from Pyrobaculum aerophilum reveals a dimer with two intersubunit beta-sheets. Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography\| PubMed ID: 11914479	2002
Structure and function of an archaeal homolog of survival protein E (SurEalpha): an acid phosphatase with purine nucleotide specificity. Journal of molecular biology\| PubMed ID: 12595266	2003
The oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins (SmAPs). Protein science : a publication of the Protein Society\| PubMed ID: 12649441	2003
Structure and assembly of an augmented Sm-like archaeal protein 14-mer. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America\| PubMed ID: 12668760	2003
Three-dimensional structures of fibrillar Sm proteins: Hfq and other Sm-like proteins. Journal of molecular biology\| PubMed ID: 16337963	2006
Sm-like protein Hfq: location of the ATP-binding site and the effect of ATP on Hfq-- RNA complexes. Protein science : a publication of the Protein Society\| PubMed ID: 17660259	2007
Molecular dynamics of a kappaB DNA element: base flipping via cross-strand intercalative stacking in a microsecond-scale simulation. Nucleic acids research\| PubMed ID: 18653524	2008
RapA, the SWI/SNF subunit of Escherichia coli RNA polymerase, promotes the release of nascent RNA from transcription complexes. Biochemistry\| PubMed ID: 19580329	2009
An introduction to biomolecular graphics. PLoS computational biology\| PubMed ID: 20865174	2010
Molecular dynamics of potential rRNA binders: single-stranded nucleic acids and some analogues. The journal of physical chemistry. B\| PubMed ID: 21192664	2011
A lightweight, flow-based toolkit for parallel and distributed bioinformatics pipelines. BMC bioinformatics\| PubMed ID: 21352538	2011
Abstractions, algorithms and data structures for structural bioinformatics in PyCogent. Journal of applied crystallography\| PubMed ID: 22479120	2011

Cameron Mura

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