Microbial Core and Pan-Genome Changes

Microbial genomes change through gene gain and gene loss. These changes help microbes adapt to new environments and to other organisms they live with. In many species, genome evolution is fast and ongoing.

A key idea is the difference between the core genome and the pan-genome. The core genome is...

微生物基因组通过基因的获得和丢失而随时间发生变化。

在一个物种内，多个菌株始终会遗传一组共同的基因，称为核心基因组。

例如，据估计，细菌物种 X 在所分析的菌株中拥有约 5 个核心基因家族。

此外，一些菌株可以通过水平基因转移获得额外的基因。

物种X的泛基因组由在所研究菌株中普遍存在的全部核心基因家族以及在多个菌株中发现的额外基因共同构成。

在某些物种中，泛基因组会随着获得新的基因集而持续扩展。

这些获得的基因可能是中性的，甚至是有害的，从而导致微生物基因组中常见的基因缺失，而自然选择则保留有益的基因。

因此，所有与基本生存相关的基因都属于一个物种的核心基因组。