Microbial Core and Pan-Genome Changes

Microbial genomes change through gene gain and gene loss. These changes help microbes adapt to new environments and to other organisms they live with. In many species, genome evolution is fast and ongoing.

A key idea is the difference between the core genome and the pan-genome. The core genome is...

微生物基因组通过基因的增减随时间发生变化。

在一个物种内部，多个菌株会持续遗传一组共享的基因，称为核心基因组。

例如，细菌物种X被估计拥有约5个核心基因家族，这些基因家族在分析的菌株中共享。

此外，有些菌株可以通过横向基因转移获得额外的基因。

物种X的全基因组由研究品系中存在的全部核心基因家族，以及在多个品系中发现的额外基因组成。

在某些物种中，随着新基因组的获得，泛基因组会持续扩展。

这些获得的基因可能是中性的，甚至有害的，导致基因缺失，这在微生物基因组中很常见，而自然选择则保留有益基因。

所以，所有基本生存的基因都是物种核心基因组的一部分。