多肽独特的三维结构是其第三层结构。 这种结构的部分原因是多肽链工作中的化学相互作用。 主要是, R 组之间的相互作用形成了蛋白质的化合物三维三维三维结构。 所涉及的氨基酸中的 R 组的性质可以抵消形成标准二级结构所描述的氢键。 例如,具有相似电荷的 R 组相互排斥,具有不同电荷的 R 组相互吸引 (ionic 键)。 当蛋白质折叠发生时,非极性氨基酸的疏水 R 组位于蛋白质的内饰中;而亲水 R 组位于外侧。 半胱氨酸侧链之间的相互作用在存在氧气的情况下形成二硫化联接,这是蛋白质折叠过程中形成的唯一共价键。