JoVE Core
Molecular Biology
Chapter 1: DNA, Cells, and Evolution
1.5:
生命之树 - 细菌、古细菌、真核生物
“生命之树”描述了生命的进化和生物体之间的进化关系。树的根是地球上所有生命的共同祖先。所有其他物种都从这一点向外辐射,就像树的树枝一样。生命之树上这些树枝的众多尖端代表了所有现存的物种。已灭绝的物种,即不再存在的物种,可以在树的中心找到。目前,这些生物,无论是现存的还是已灭绝的,都分为三个领域:细菌、古细菌和真核生物。然而,这些领域之间的区别和生物体的分类一直在争论,导致”活的”生命之树随着更多信息的发现而发生变化。
生命之树的历史
生命之树本身已经进化,就像它所包含的生物一样。在查尔斯·达尔文于 1859 年发表《物种起源》后不久,恩斯特·海克尔 (Ernst Haeckel) 提出了生命的三个”王国”:植物、动物和原生生物——它们只是既不是植物也不是动物的有机体。这些界之间的区别完全基于易于观察的表型。
1937 年,爱德华·查顿 (Edouard Chatton) 将生命之树分为两个巨大的”帝国”:真核生物和原核生物。简而言之,真核生物具有膜结合核,而原核生物则没有。在 1970 年代,Woese 发现细菌分类下的一组称为古细菌,在几个方面与细菌不同:细胞壁中缺乏肽聚糖、辅酶的差异以及 16S rRNA 基因序列的差异。所有这些差异都表明,古细菌起源于与细菌分开的血统。
生命的三个领域
现代生命之树由三个”分支”组成:细菌、古细菌和真核生物。结构域细菌由缺乏膜结合核的单细胞原核生物组成。细菌可以有多种形状,从球形球菌到杆状杆菌。这个域的成员几乎存在于地球上的每个地方,包括人体上和人体中。
与细菌类似,古细菌也是单细胞的原核生物。从表型上讲,古细菌很难与细菌区分开来。在分子水平上,古细菌在复制、转录和翻译机制方面类似于真核生物。然而,古细菌在新陈代谢和能量转换方面类似于细菌。古细菌通常出现在最荒凉的栖息地:沼泽、废水处理厂、海洋最深处和热酸泉。
查尔斯·达尔文 (Charles Darwin) 将不同物种之间的进化关系比作一棵树的树枝,所有这些都起源于一个共同的祖先。
从历史上看,生物体在树上的位置只是根据其可观察的特征或表型来确定的,例如叶子、脊椎或眼睛的存在。
灭绝的物种可以以类似的方式放在树上——使用化石记录中保存的表型特征。
在达尔文发表《物种起源》后不久,海克尔于 1866 年根据易于观察的表型提出了三个生命”王国”,即植物、动物和原生生物——它们既不是植物也不是动物。
最终,发现植物和动物之间的区别没有以前提出的那么重要。
因此,在 1937 年,生命之树进化为包含两个大的”帝国”——具有膜结合核的真核生物和没有膜结合核的原核生物。
然而,这种范式在将原核生物放在树上时带来了一些困难:一种杆状微生物在表型上很难与另一种微生物区分开来。
基因分析的进步,特别是 16S rRNA 测序,很快就推翻了这棵树,因为发现传统上被归类为原核生物的生物体具有不同的遗传进化起源。
因此,生命之树在 1990 年再次进化,原核生物被分为两个领域——给了我们现代生命之树的三个领域:细菌、古细菌和真核生物。
这些结构域中的第一个是细菌,由缺乏膜结合核的单细胞原核生物组成。
下一个结构域,古细菌,也由单细胞原核生物组成,这些生物因其独特的进化历史而与细菌区分开来。
最后,真核生物由单细胞和多细胞生物组成,其区别在于其膜结合核。此域包括真菌、植物和动物。
生命的进化树,很像一棵真正的树,是一个”活的”隐喻,许多生物的分类,甚至古细菌和细菌之间的区别,都经常受到争议,偶尔也会改变。
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