7.2: 基底切除修复

Base Excision Repair
JoVE Core
Molecular Biology
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JoVE Core Molecular Biology
Base Excision Repair
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November 23, 2020

Overview

常见的 DNA 损伤之一是通过烷基化、氧化或脱氨对单个碱基的化学改变。改变的碱基会导致复制过程中错配和链断裂。这种类型的损伤会导致 DNA 双螺旋结构发生微小的变化,并且可以通过碱基切除修复 (BER) 途径进行修复。BER 通过去除受损的碱基并使用互补链作为模板恢复原始碱基序列来纠正受损的 DNA 序列。

BER 的第一步是识别 DNA 损伤,这是由 DNA 糖基化酶完成的。根据碱基的类型,特定的糖基化酶会切断核苷酸碱基和核糖之间的 N-糖苷键,使 DNA 的磷酸骨架保持完整,但会产生无嘌呤或无嘧啶 (AP) 位点。双功能糖基化酶在磷酸二酯链上形成一个切口,导致形成 5′ 或 3′ 磷酸盐。单功能糖基化酶不表现出这种特性,必须依靠 AP 核酸内切酶来切割糖-磷酸键,距无碱基位点 5’,产生 3’OH 和 5′ 脱氧核磷酸盐。根据相应的 W-C 配对,DNA 聚合酶插入正确的碱基,并利用其相关的 AP-裂解酶活性去除脱氧核糖磷酸盐。骨架中的缺口被 DNA 连接酶密封。DNA 连接酶 III 和 DNA 聚合酶都使用蛋白质 XRCC1 作为支架来结合修复位点。

BER 通路蛋白质突变可导致各种类型的癌症。例如,人糖基化酶 OGG1 的突变与肺癌和胰腺癌的风险增加有关。

Transcript

修复受损 DNA 的最常见方法是切掉受损部分,重新复制未受损的互补链并连接或”重新密封”缺口。这种剪切、复制和粘贴的一般方案遵循所有类型的切除机制。

碱基切除修复 (BER) 可纠正由自发发生或由环境毒素引起的脱氨、氧化或烷基化引起的小碱基损伤。

在 BER 中,一组大约 11 种不同的酶称为 DNA 糖基化酶,可识别不同的改变碱基并催化其去除。修饰的碱基产生被糖核酸酶检测到的弱碱基对。

遇到如此弱的碱基对时,DNA 糖基化酶会楔开相邻的碱基对并翻转修饰的碱基。这种翻转使酶能够与碱基的所有方面相互作用,以准确识别它。

识别后,DNA 糖基化酶会裂解修饰的 DNA 碱基和脱氧核糖之间的键,释放游离碱基并在 DNA 螺旋中留下间隙。这种差距被一种称为 AP 核酸内切酶 (APE) 的酶识别,该酶与另一种称为磷酸二酯酶的酶一起切割多核苷酸链内的磷酸二酯骨架。

DNA 螺旋中缺失的碱基被 DNA 聚合酶 β 填充,DNA 聚合酶从该位置的互补链复制正确的碱基。接下来,一种称为 DNA 连接酶的酶密封剩余的缺口,得到完整的修复 DNA 分子。

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