三杂交杂交

孟德尔进一步将他的豌豆植物研究扩展到三因子杂交，即生物体在三个不同的性状上存在差异，例如植株高度——此处用大写或小写字母 T 表示——种子形状由等位基因 R 表示，以及种子颜色——由字母 Y 标注。 

在此杂交中，显性纯合植株将表现为高茎，具有圆粒、黄色种子，其基因型为大写的 TTRRYY；隐性纯合植株将表现为矮茎，具有皱粒、绿色种子，其基因型为小写的 ttrryy。

当这些植株杂交时，所有 F1 代植株均为三杂合子，即在全部三个性状上均为杂合状态，其基因型如图所示。

F1代植株表现出显性性状，所有植株均为高茎，且具有圆粒、黄色种子。

当存在三对相对性状时，庞尼特方格会迅速变得不实用，因为F2代中可能存在64种潜在的基因型。

在这种情况下，通常会使用分支线法。此处，具有三对性状的 F1 杂合子被分为三行，每对基因占据一行。

控制植株高度的等位基因位于第一行，并按照单因子杂交预期的比例进行分离，即三株为高茎，一株为矮茎。

种子形状的等位基因位于第二行，以类似方式在分叉线上按3比1的比例分离。该过程在第三行再次重复，针对种子颜色的等位基因进行。

现在，每条分叉路径上的数值相乘，得到八种不同结果的值。

例如，沿着最左侧的分支，三乘以三再乘以三的结果是  27. 因此, 在这一代的64种可能基因型中，有27株为高茎、结圆粒黄种子的植株.

每条通路可进一步相乘，以计算出F2代的完整表型比例。