16.13: 染色质免疫沉淀 - ChIP

染色质免疫沉淀 （ChIP） 是一种基于抗体的技术，用于识别 DNA 上与目标转录因子或组蛋白结合的位点。它还有助于确定组蛋白修饰的类型，例如乙酰化、磷酸化或甲基化。

ChIP 的类型

ChIP 可分为两种类型 – X-ChIP 和 N-ChIP。X-ChIP 涉及组蛋白和调节蛋白与 DNA 的体内交联，通过超声处理使 DNA 碎裂，并通过用特异性抗体免疫沉淀蛋白质-DNA 复合物来分离它们。另一方面，N-ChIP 不涉及 DNA 与蛋白质的交联，消化是使用核酸酶进行的。

DNA – 蛋白质相互作用的下游分析

分离目标 DNA 后，可以使用 PCR、微阵列或 Southern 印迹等技术进行分析。或者，这种 DNA 可用于深度测序，称为 ChIP-Seq。可以使用其他方法进行修饰，以进行不同的分析，例如 ChIA-PET，这是一种将 ChIP 原理与染色体构象捕获相结合的技术，以检测通过目标蛋白质介导的长程染色质相互作用;enChIP，一种采用 CRISPR/Cas9 系统靶向特定基因组区域的技术，以及 RIP-ChIP/RIP-Seq，一种用于分析蛋白质-RNA 相互作用的 ChIP 改良型。

N-ChIP 和 X-ChIP 之间的比较

N-ChIP 和 X-ChIP 各有优缺点。N-ChIP 产生更强的抗体结合和高效且高度特异性的免疫沉淀。然而，N-ChIP 仅适用于紧密结合的蛋白质（如组蛋白）的情况，因为转录因子在加工过程中可能会分离。此外，并非所有核酸酶消化的染色质都会被溶解，从而导致样品的某些部分缺失。X-ChIP 是研究由于其交联步骤而未与 DNA 紧密结合的转录因子的极好方法。X-ChIP 检测也比 N-ChIP 更敏感，并且需要的样品和抗体量更少。X-chip 的缺点包括由于过度交联而可能难以碎裂，以及由于瞬时 DNA 蛋白相互作用的交联而导致假阳性。