Microbial Phylogeny

系统发育树代表了微生物之间的进化关系，通常基于 DNA、RNA 或蛋白质序列。

在系统发育树中，物种出现在枝端，而分支长度反映了序列变化的程度。

有根树标记了共同祖先和分歧点，而无根树则显示了没有进化方向的关联。

系统发育树利用同源序列，尤其是直系同源基因，即由物种分化而分离的同源基因。

高度保守的小亚基rRNA基因，如16S rRNA基因，可作为微生物比较的通用标记。

对样品中这些标记基因的 DNA 进行测序。

通过序列比对来识别插入或缺失引起的错配和空位。

然后，进化距离被测量为核苷酸差异数与比对位置总数的比值。

当相似性状独立演化或通过水平基因转移在不相关的谱系间引入基因时，系统发育树有时可能具有误导性，从而产生不能反映生物实际进化历史的基因演化史。