FFPE肿瘤组织宏观解剖：从未经染色的标本中获取特定肿瘤组织的技术

摘要

来源：Sugimoto, K. 等. 胃肠道癌症中DNA甲基化的全基因组分析。J. Vis. Exp. (2020)

本视频介绍了一种从未经染色的组织样本中手动进行大体解剖以分离特定癌组织的方法。该组织切片可进一步处理，以获取DNA，用于胃肠道癌症的全基因组研究。

方案

1. 刮取玻片

1. 使用 650 mL 的焦碳酸二乙酯（DEPC）处理水、100 mL 的乙二胺四乙酸（EDTA）、50 mL 的 2 M pH 8.8 盐酸三羟甲基氨基甲烷（Tris-HCl）和 200 mL 的 10% 十二烷基硫酸钠（SDS）配制消化/裂解缓冲液（参见材料表）。
2. 用 80 µL 消化/裂解缓冲液填充一个 1.5 mL 的一次性聚丙烯管（参见材料表）。
3. 将一个洁净的移液器吸头放入缓冲液中。
4. 根据相应的苏木精-伊红（H&E）染色切片，确定肿瘤区域中最适合进行大体解剖的癌组织。
5. 根据已标记的 H&E 染色切片进行癌组织的大体解剖。
   1. 取一把洁净的刀片，轻轻从载玻片上刮下癌组织，尽量保持组织完整，以便后续操作。
   2. 从含有缓冲液的一次性聚丙烯管中取出移液器吸头，用其将刮下的组织转移至缓冲液管中（参见材料表）。
      注意：湿润的吸头有助于吸附组织，使转移更方便。
6. 对剩余的所有载玻片重复步骤 1.5。
7. 当所有组织均转移至一次性聚丙烯管后，使用吸头确保组织完全浸没于缓冲液中，且未粘附在管壁上。
8. 向管中加入 20 µL 的枯草杆菌蛋白酶相关丝氨酸蛋白酶，并轻轻弹动混匀（参见材料表）。
9. 将管置于 55 °C 的加热块中，孵育至少 4 小时或过夜。确保在 2 小时后轻微涡旋混匀。

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
10% 十二烷基硫酸钠（SDS）	Quality Biological	351-032-721 EA	步骤 2.1.
DEPC 处理水	Quality Biological	351-068-131	步骤 2.1.
乙二胺四乙酸（EDTA）	Corning	46-034-CL	步骤 2.1.
2 M pH 8.8 Tris 盐酸盐（Tris-HCL）	Quality Biological	351-092-101	步骤 2.1.
蛋白酶 K	New England Biolabs	P8107S	步骤 2.8.
一次性聚丙烯（Eppendorf）管	Eppendorf	24533495	步骤 2.5.2.