PCR后DNA扩增产物的琼脂糖凝胶电泳：多重PCR产物分析及PCR反应效果评估方法

摘要

来源：Gulla, S. 等. 通过多重 PCR 与毛细管电泳对鱼类致病菌Yersinia ruckeri进行多位点可变数目串联重复序列分析. 视觉化实验杂志 (2019)

在本视频中，我们演示了使用琼脂糖凝胶电泳分离细菌PCR扩增的DNA。琼脂糖凝胶起到分子筛的作用，可在外加电场下使带负电荷的DNA根据其大小进行迁移。

方案

1. 通过凝胶电泳确认PCR扩增子

1. 根据制造商的说明，配制适量体积的 1.5%（w/v）琼脂糖凝胶，用于检测待测 PCR 反应的数量，溶剂为 1×TBE 缓冲液（tris-borate-EDTA）。在浇注凝胶前，每 50 µL 凝胶溶液中加入 5 µL 荧光核酸染料并混匀。使用适合的制胶托盘和梳子进行浇注，预留适当数量的加样孔用于 DNA 分子量标记。
2. 凝胶凝固后，将其浸入电泳槽的 1×TBE 缓冲液中。取 5 µL PCR 产物与 2 µL 上样染料混合后，加入凝胶加样孔中。在空的加样孔中加入 5 µL DNA 分子量标记作为参照。
3. 以每 15 cm 凝胶长度 110 V 的电压电泳约 1 小时，使用基于紫外光的凝胶成像/可视化系统检测是否存在多个（最多五个）代表 PCR 扩增子的条带（参见图 1示例）。电泳结束后弃去凝胶。将剩余的 PCR 产物于 4 °C 保存，以备后续使用。

结果

图1：凝胶电泳验证多种PCR产物的存在。 该图像证实了所有12个加样泳道中均存在多个PCR扩增子，其中第一泳道为所使用的DNA Ladder。图中标注了部分Ladder片段的大小，以及每个泳道对应的PCR检测方法和菌株归属。

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
琼脂糖，通用型，peqGOLD	VWR	732-2789P/732-2788
Tris-硼酸-EDTA（TBE）缓冲液	NA	NA	标准配方；实验室自制
DNA上样染料（6X）	赛默飞世尔科技	R0611
凝胶电泳系统	根据需要选择	NA
GelRed 核酸染料，水溶液 10,000X	Biotium	41003	荧光核酸染料 
GeneRuler 50 bp DNA Ladder，即用型	赛默飞世尔科技	SM0373	DNA分子量标准 
基于紫外光的凝胶成像/可视化系统	根据需要选择	NA