研究DNA-蛋白质相互作用的圆二色光谱技术

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摘要

来源：Arya, V.，等。利用圆二色光谱研究DNA-蛋白质相互作用。视觉化实验杂志（2022年）。

本视频演示了利用圆二色光谱（CD）技术研究ATP依赖性染色质重塑蛋白存在时DNA发生的构象变化。在有无ATP水解条件下测得的CD光谱变化表明，ATP对于重塑蛋白诱导结合DNA发生构象改变的能力具有重要作用。

方案

1. 反应组分的工作浓度

新鲜配制圆二色光谱（CD）实验所需缓冲液的工作浓度溶液，并在进行反应前置于 4 °C 保存。
注意： 本文所述 CD 反应中各组分的工作浓度如下：磷酸钠缓冲液（pH 7.0）1 mM，ATP 2 mM，DNA 500 nM，蛋白质 1 µM，MgCl₂ 10 mM，EDTA 50 mM，ADAADiN 5 µM。

2. 圆二色性比色皿的选择与准备

在高透明度石英比色皿中采集圆二色光谱。可使用矩形或圆柱形比色皿。
注意：本论文中描述的所有反应均使用一种石英圆二色比色皿（标称体积为 0.4 mL，光程为 1 mm）。
使用比色皿清洗液清洗比色皿。将1%的比色皿清洗液溶于水中，配制成400 µL溶液，加入比色皿中，并在37 °C下孵育1小时。
用清水多次冲洗比色皿以彻底清洁。在比色皿中装入水或缓冲液进行扫描，检查其是否清洁。
注意：水或缓冲液的读数必须在0至1 mdeg范围内。

3. 蛋白质和DNA寡核苷酸的制备

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材料

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