Question 1

RNA-seq是什么？它与微阵列有何不同？

Accepted Answer

RNA-seq 是一种高通量测序技术，可以测量细胞群体中表达的所有 RNA 的序列和数量，称为转录组。与探测已知 RNA 序列的微阵列不同，RNA-seq 可以分析 基因表达 来源于未测序基因组的生物体，并准确测量更大范围的转录表达水平，尤其是在非常低或非常高的水平下。

Question 2

为什么在RNA-seq文库制备之前要去除rRNA？

Accepted Answer

大多数细胞中的RNA是核糖体RNA（rRNA），它是细胞蛋白质生产机制的核心组成部分。去除rRNA可以促进其他转录本类型的恢复以便进行准确测量。通常通过将样品与附着在磁珠上的互补寡核苷酸杂交，然后使用磁铁将rRNA与样品其余部分分离来去除rRNA。

Question 3

RNA 样本如何转换为 DNA 以进行测序？

Accepted Answer

由于RNA本质上容易降解，因此首先将其逆转录为双链DNA。然后，将称为适配器的寡核苷酸序列连接到DNA片段上。这些适配器包含作为PCR扩增的引物结合位点的恒定区域，以及称为条形码的唯一序列，用于识别来自每个样品的片段。

Question 4

条形码在RNA-seq文库制备中扮演什么角色？

Accepted Answer

条形码是适配器中包含的唯一的寡核苷酸序列，用于识别来自单一样本的所有DNA片段。这使得来自不同样本的文库能够被混合在一起并同时进行测序。测序之后，条形码使研究人员能够按照其源样本对读数进行分类和分析。

Question 5

RNA-seq 数据在测序过程中如何评估其质量？

Accepted Answer

测序的质量由Q分数表示，反映了识别出错误碱基的可能性。Q分数大于30对应于错误读取的可能性小于千分之一。此外，以低浓度添加的参考DNA序列作为质量控制，它们以预期的速率恢复表示所有文库序列均匀表示。

Question 6

RNA-seq 能揭示样本之间的基因表达差异有哪些？

Accepted Answer

RNA-seq 可以通过比较样本之间的转录组来识别在不同条件下差异表达的基因。研究人员可以计算每个转录本的读数来测量 RNA 丰度。即使对于未测序基因组的生物，也可以将转录组信息与其他已测序物种进行比较，以识别表达水平增加或减少的基因。

Question 7

RNA-seq如何用于研究RNA-蛋白质相互作用？

Accepted Answer

RNA-seq 可以通过用抗体免疫沉淀蛋白质并通过测序定义结合的 RNA 来适应识别感兴趣的蛋白质结合的转录本。当 RNA-蛋白复合物在开始时被交联，测序分析可以映射交联位点并将 RNA 上的蛋白质结合位点识别到核苷酸水平。

RNA-Seq - 评估测验