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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Laborexperimente zur Bodenerwärmung verwenden normalerweise zwei oder mehr konstante Temperaturen in mehreren Kammern. Durch die Präsentation einer ausgeklügelten Klimakammer bieten wir eine genaue Temperaturkontrollmethode, um die Größe und Amplitude der In-situ-Bodentemperatur zu imitieren und das experimentelle Design von Bodeninkubationsstudien zu verbessern.
Die Untersuchung der Auswirkungen der Erwärmung auf Böden erfordert eine realistische und genaue Darstellung der Temperatur. In Laborinkubationsstudien bestand eine weit verbreitete Methode darin, konstante Temperaturen in mehreren Kammern zu erzeugen und durch Vergleiche von Bodenreaktionen zwischen Nieder- und Hochtemperaturkammern die Auswirkungen der Erwärmung auf Bodenveränderungen abzuleiten. Diese häufig verwendete Methode konnte jedoch weder die Größe als auch die Amplitude der tatsächlichen Temperaturen, wie sie unter Feldbedingungen beobachtet wurden, imitieren, was möglicherweise die Gültigkeit solcher Studien untergräbt. Da immer leistungsfähigere Klimakammern immer verfügbarer werden, ist es unerlässlich, alternative Methoden der Temperaturkontrolle für die Bodeninkubationsforschung zu untersuchen. Dieses Protokoll wird eine hochmoderne Umweltkammer einführen und sowohl konventionelle als auch neue Methoden der Temperaturkontrolle demonstrieren, um das experimentelle Design der Bodeninkubation zu verbessern. Das Protokoll besteht hauptsächlich aus vier Schritten: Temperaturüberwachung und -programmierung, Bodensammlung, Laborinkubation und Vergleich des Wärmeeffekts. Ein Beispiel wird vorgestellt, um verschiedene Methoden der Temperaturregelung und die daraus resultierenden gegensätzlichen Erwärmungsszenarien zu demonstrieren; Das heißt, ein konstantes Temperaturdesign, das als schrittweise Erwärmung (SW) bezeichnet wird, und simuliertes In-situ-Temperaturdesign als allmähliche Erwärmung (GW), sowie deren Auswirkungen auf die Bodenatmung, mikrobielle Biomasse und extrazelluläre Enzymaktivitäten. Darüber hinaus präsentieren wir eine Strategie zur Diversifizierung von Temperaturänderungsszenarien, um spezifische Forschungsbedürfnisse zum Klimawandel (z. B. extreme Hitze) zu erfüllen. Das Temperaturkontrollprotokoll und die empfohlenen maßgeschneiderten und diversifizierten Temperaturänderungsszenarien werden den Forschern helfen, zuverlässige und realistische Bodeninkubationsexperimente im Labor zu etablieren.
Es wird erwartet, dass die globale Oberflächentemperatur in diesem Jahrhundert um 1,8-6,4 ° C 1,2 steigen wird. Die globale Erwärmung kann den CO2 -Fluss vom Boden in die Atmosphäre erhöhen, was zu einer positiven Rückkopplung mit der Erwärmungführt 3,4,5,6. Da mikrobielle Gemeinschaften eine entscheidende Rolle bei der Regulierung der respiratorischen Reaktionen des Bodens auf die Erwärmung spielen7,8, waren die Veränderungen der mikrobiellen Atmung und die zugrunde liegenden mikrobiellen Mechanismen mit der Erwärmung ein Forschungsschwerpunkt. Obwohl Bodenerwärmungsexperimente, die im Feldzustand über ein Heizkabel9 und eine offene obere Kammer10 durchgeführt wurden, bei der Erfassung natürlicher Bodenmerkmale wie Temperatur11 vorteilhaft waren, haben ihre hohen Kosten für Installation und Wartung ihre Anwendung eingeschränkt. Alternativ sind Bodeninkubationsexperimente bei unterschiedlichen Temperaturen eine günstige Wahl. Der Hauptvorteil der Bodeninkubation in einem Labor besteht darin, dass die gut kontrollierten Umweltbedingungen (z. B. Temperatur) in der Lage sind, den Ein-Faktor-Effekt von anderen Störfaktoren in einer Feldversuchsumgebungzu trennen 12,13. Trotz der Unterschiede zwischen Wachstumskammer- und Feldexperimenten (z. B. Pflanzenwachstum) ist die Translation von Laborergebnissen in das Feld leicht verfügbar14. Die Inkubation von Bodenproben in einer Laborumgebung könnte dazu beitragen, unser mechanistisches Verständnis der Bodenreaktion auf die Erwärmung zu verbessern15.
Unsere Literaturübersicht identifizierte mehrere Temperaturkontrollmethoden und folglich unterschiedliche Temperaturänderungsmodi in früheren Bodeninkubationsstudien (Tabelle 1). Erstens werden Instrumente zur Temperaturregelung meist durch einen Inkubator, eine Wachstumskammer, ein Wasserbad und in seltenen Fällen durch ein Heizkabel verwendet. Mit diesen Instrumenten wurden drei typische Temperaturänderungsmuster erzeugt (Abbildung 1). Dazu gehören der am häufigsten implementierte Modus, konstante Temperatur (CT), lineare Änderung (LC) mit einer konstanten Temperaturänderungsrate ungleich Null und nichtlineare Änderung (NC) mit einer täglichen Temperaturart. Bei einem CT-Muster kann die Temperatur im Laufe der Zeit in der Größe variieren, obwohl die Temperatur während der Inkubation für einen bestimmten Zeitraum konstant bleibt (Abbildung 1B). Für LC kann die Rate der Temperaturänderung in verschiedenen Studien um mehr als zwei Größenordnungen variieren (z. B. 0,1 ° C / Tag vs. 3,3 ° C / h; Tabelle 1); Bei NC-Fällen stützten sich die meisten auf die intrinsische Kapazität der verwendeten Instrumente, was zu verschiedenen Modi führte. Trotzdem wurde eine Art tägliche Temperaturänderung durch ein Heizkabel oder einen Inkubator16,17 behauptet; Die Kammertemperaturen in diesen Experimenten wurden jedoch nicht validiert. Weitere wichtige Überprüfungsergebnisse in Tabelle 1 umfassen den Bereich der Inkubationstemperatur von 0-40 °C, wobei die meisten zwischen 5-25 °C liegen; Die Dauer der Experimente reichte von wenigen Stunden (<1 tag) bis zu fast 2 jahren (~725 tage). außerdem wurden böden, die inkubationen unterzogen wurden, aus wald-, grasland- und ackerlandökosystemen mit dominantem mineralhorizont, organischem horizont sogar kontaminiertem boden gesammelt, sich hauptsächlich in den usa, china europa befinden (Tabelle 1).
Angesichts der drei wichtigsten Temperaturänderungsmodi wurden mehrere unterschiedliche Erwärmungsszenarien, die in den vergangenen Studien erreicht wurden, in Tabelle 2 zusammengefasst. Dazu gehören die schrittweise Erwärmung (SW), SW mit unterschiedlicher Größe (SWv), die allmähliche Erwärmung linear (GWl), die allmähliche Erwärmung nichtlinear (GWn) und die allmähliche Erwärmung täglich (GWd).
Zusammenfassend lässt sich sagen, dass frühere Bodeninkubationen in der Regel die durchschnittliche Luft- oder Bodentemperatur an einem Standort erfassten. In vielen Fällen, wie in Tabelle 1 gezeigt, wurden Inkubatoren oder Kammern manuell bei einer festen Temperatur programmiert, waren jedoch nicht in der Lage, die Temperatur automatisch wie gewünscht anzupassen, da sie nicht in der Lage waren, den Modus und die Rate der Temperaturänderung mit der Zeit zu steuern (Gleichung 1), was zu Schwierigkeiten führte, die Tagestemperatur des lokalen Bodens nachzuahmen. Auf der anderen Seite, obwohl in zwei Experimenten16,17 versucht, identifizierten wir keine Studien, die explizit die allmähliche Erwärmung tagaktiv (GWd) in ihren Inkubationsexperimenten imitierten (Tabelle 1). Basierend auf der Literaturrecherche liegt das Haupthindernis in einem schlechten experimentellen Design, insbesondere in dem Fehlen eines ausgeklügelten Instruments, das die Implementierung und Validierung von Tages- oder anderen allmählichen Erwärmungsszenarien ermöglicht.
(Gleichung 1)
Dabei ist ΔT die Größe der Temperaturänderung, m die Art der Temperaturänderung, r die Rate der Temperaturänderung und t die Dauer der Änderung.
Um die experimentelle Strenge bei der Bodeninkubation zu verbessern, wird in dieser Studie eine genaue und ausgeklügelte Temperaturkontrollmethode vorgestellt. Unter Verwendung einer hochmodernen Umweltkammer, die zunehmend verfügbar und wirtschaftlich rentabel ist, soll das neue Design nicht nur die genaue Simulation der In-situ-Bodentemperatur (z. B. Tagesmuster) ermöglichen, sondern auch durch die Berücksichtigung möglicher Temperaturänderungen eine zuverlässige Möglichkeit bieten, die Artefakte instrumenteller Verzerrungen zu minimieren. Das derzeitige Bodeninkubationsdesign sollte den Forschern helfen, optimale Strategien zu identifizieren, die ihren Inkubations- und Forschungsbedürfnissen entsprechen. Das übergeordnete Ziel dieser Methode ist es, Bodenbiogeochemikern einen hochgradig operationellen Ansatz zur Reform des Bodeninkubationsdesigns zu präsentieren.
1. Temperaturüberwachung und Programmierung
2. Bodensammlung und Homogenisierung
3. Inkubation im Labor
4. Vergleich der wärmenden Wirkung
Die ausgewählten hochmodernen Kammern replizierten die Zieltemperatur mit hoher Präzision (Abbildung 2A,B,E,F) und erfüllten die technischen Anforderungen des Inkubationsexperiments. Angesichts der einfachen Handhabung und Bedienung bedeutete dies die Technik zur Verbesserung der Temperatursimulation in Bodenerwärmungsstudien und in anderen Anwendungen wie Pflanzenstudien. Das Verfahren wurde in unserer jüngsten Fallstudie angewendet, die auf einem Rutenhirsen-Ackerland in Middle-Tennessee basiert.
Die Forschungsergebnisse zeigten, dass die Erwärmung im Vergleich zur Kontrollbehandlung in beiden Erwärmungsszenarien (SWund GW) zu signifikant größeren Atemverlusten(RS und RC) führte und GW den wärmebedingten Atemverlust (Rc) im Vergleich zu SW verdoppelte, 81% vs. 40% (Abbildung 3). An Tag 42 unterschieden sich MBC und EEA auch signifikant zwischen SW und GW, so dass MBC in SW höher war als in GW (69% vs. 38%; Abbildung 4) und Glykosidasen und Peroxidase (z. B. AG, BG, BX, CBH, NAG, AP, LAP) waren in GW signifikant höher als in SW-Szenarien (Abbildung 5).

Abbildung 1: Die Darstellung des Temperaturänderungsmodus in einem Bodenerwärmungsexperiment, wie aus Tabelle 1 konzipiert. (A) Konstante Temperatur (CT), die von den meisten Studien übernommen wird. (B) Konstante Temperatur mit unterschiedlicher Größe (CTv). (C,D) Lineare Veränderung (LC) mit positiven und negativen Raten. (E,F) Nichtlineare Veränderung (NC) mit unregelmäßigem Muster und Tagesmuster. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 2: Zieltemperatur über Programmierung und Kammertemperatur während einer 24-stündigen Testphase. (A,B) Aufzeichnung der Zieltemperatur (graue Linie) und der Kammertemperatur (gestrichelte Linie) unter Kontrolle und Erwärmungsbehandlungen der schrittweisen Erwärmung (SW); (C,D) Solltemperatur (graue Linie) und Kammertemperaturaufzeichnungen (gestrichelte Linie) unter Kontrolle und wärmende Behandlungen der allmählichen Erwärmung (GW); (E, F) Die Temperaturdifferenz, die für Aufzeichnungen in den Feldern C und D abgeleitet wird. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 3: Mittlere (± SE) kumulative Bodenatmungsrate (Rc, μg CO2-C·gBoden-1) unter Kontrolle (hohl) und wärmende (dunkel) Behandlungen in SW und GW in einem 42-tägigen Bodeninkubationsexperiment. Die Einschübe zeigen die Bodenatmungsraten(Rs, μg CO2-C·h-1·g Boden-1), die zur Schätzung der kumulativen Atmung herangezogen wurden, unter der Annahme, dass Rs bis zur nächsten Messung konstant war. (A) Schrittweise Erwärmung (SW) und (B) allmähliche Erwärmung (GW). N = 4 in jeder Sammlung. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 4: Mittlere (± SE) MBC unter Kontrolle und wärmende Behandlungen in SW und GW in einem 42-tägigen Bodeninkubationsexperiment. MBC = mikrobieller Biomassekohlenstoff; N = 4 in jeder Sammlung. S bezeichnet einen signifikanten Effekt des Erwärmungsszenarios (SW vs. GW) bei p < 0,05, basierend auf einer dreifach wiederholten ANOVA. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 5: Mittlere (± SE) Glykosidasen und Peroxidase (μmol-Aktivität h-1·gsoil-1) unter Kontrolle und wärmende Behandlungen in SW und GW in einem 42-tägigen Inkubationsexperiment. BX =β1,4-Xylosidase; AP = Saure Phosphatase; LAP = Leucin-Aminopeptidase; NAG =β-1,4-N-Acetyl-Glucosaminidase; OCHSE = Oxidative Enzyme; PHO = Phenoloxidase; PER = Peroxidase. N = 4 in jeder Sammlung. S bezeichnet einen signifikanten Effekt des Erwärmungsszenarios (SW vs. GW) bei p < 0,05, basierend auf einer dreifach wiederholten ANOVA. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.
Tabelle 1: Literaturübersicht zu Temperaturregelungsmethoden und Temperaturänderungsmodi in Bodeninkubationsstudien 12,13,16,17,20,21,22,23,24,25,2 6,27,28,29, 30,31,32,
33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50, 51,
52,53,54,55,56,57,58,59,60,61,62.
Insgesamt wurden 46 Studien in den Review eingeschlossen. Bitte klicken Sie hier, um diese Tabelle herunterzuladen.
Tabelle 2: Wichtige Temperaturänderungsmodi und die entsprechenden Erwärmungsszenarien basierend auf einer Literaturrecherche (Tabelle 1). Fünf Modi und Szenarien wurden festgelegt, um eine breite Palette möglicher Temperaturänderungen und Erwärmungsbedingungen darzustellen. Bitte klicken Sie hier, um diese Tabelle herunterzuladen.
Der Autor hat nichts offenzulegen.
Laborexperimente zur Bodenerwärmung verwenden normalerweise zwei oder mehr konstante Temperaturen in mehreren Kammern. Durch die Präsentation einer ausgeklügelten Klimakammer bieten wir eine genaue Temperaturkontrollmethode, um die Größe und Amplitude der In-situ-Bodentemperatur zu imitieren und das experimentelle Design von Bodeninkubationsstudien zu verbessern.
Zu den Finanzierungsquellen, die zur Unterstützung der Forschung verwendet werden, gehören ein HBCU−EiR der US National Science Foundation (NSF) (Nr. 1900885), ein US Department of Agriculture (USDA) Agricultural Research Service (ARS) 1890s Faculty Research Sabbatical Program (Nr. 58-3098-9-005), ein USDA NIFA-Stipendium (Nr. 2021-67020-34933) und ein USDA Evans-Allen Grant (Nr. 1017802). Wir danken den Mitarbeitern des Main Campus Agriculture Research and Extension Center (AREC) der TSU in Nashville, Tennessee.
| 10 mL-Spritze | Fisher Scientific | 14-826-13 | für die Messung der Bodenatmung |
| Composer Software | TestEquity | Model #107 | für die Einstellung der Inkubationstemperatur |
| Klimakammer | TestEquity | Model #107 | für die Bodeninkubation |
| Umweltgasanalysator | PP Systems | EGM5 | für die Messung |
| Filterpapier | Fisher Scientific | 1005-125 | für die Bodeninkubation |
| Einmachglas | Kugel | 15381-3 | für die Bodeninkubation |
| Ofen | Fisher Scientific | 15-103-0520 | für die Messung der Bodenfeuchte |
| Kunststoff Aufbewahrungstasche mit Reißverschluss und Dichtung | Fisher Scientific | 09-800-16 | für die Bodensammlung |
| Plattenleser | Molekulare Geräte | FilterMax F5 | für die Analyse extrazellulärer Enzyme im Boden |
| R Software | The R | Foundation R Version 4.1.3 (10.03.2022) | Für statistische Berechnungen |
| Kühl-/Gefrierschrank | Fisher Scientific | 13-991-898 | für die Bodenlagerung |
| Schraubendreher | Fisher Scientific | 19-313-447 | für die Bodensammlung |
| Sharpie | Fisher Scientific | 50-111-3135 | für Bodensammlung |
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| Silikonsepten | Duran Wheaton kimble | 224100-070 | für Einmachgläser für die Bodeninkubation |
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| Temperaturfühler | Spectrum Technologies | WatchDog E2700 (3340WD2) | für die Bodentemperatur Messungen |
| TOC/TN-Analysator | Shimadzu | TOC-L series | für die Analyse der mikrobiellen Bodenbiomasse |