Hier stellen wir ein Protokoll zur Umwandlung von mikroskopischen Bildern von Phytoplankton in Vektorgrafiken und sich wiederholende Muster vor, um die Visualisierung von Verschiebungen in Phytoplanktontaxa und Biomasse über einen Zeitraum von 60 Jahren zu ermöglichen. Dieses Protokoll stellt einen Ansatz dar, der für andere Plankton-Zeitreihen und -Datensätze weltweit verwendet werden kann.
Ozeanographische Zeitreihen bieten eine wichtige Perspektive auf Umweltprozesse in Ökosystemen. Die Narragansett Bay Long-Term Plankton Time Series (NBPTS) in Narragansett Bay, Rhode Island, USA, stellt eine der längsten Plankton-Zeitreihen (1959-heute) ihrer Art in der Welt dar und bietet eine einzigartige Gelegenheit, langfristige Veränderungen innerhalb eines aquatischen Ökosystems zu visualisieren. Phytoplankton stellt die Basis des Nahrungsnetzes in den meisten marinen Systemen, einschließlich der Narragansett Bay, dar. Daher ist es von entscheidender Bedeutung, den 2,4 Milliarden Menschen, die im Küstenmeer leben, ihre Bedeutung zu vermitteln. Wir haben ein Protokoll mit dem Ziel entwickelt, die Vielfalt und Größe von Phytoplankton zu visualisieren, indem wir Adobe Illustrator verwenden, um mikroskopische Bilder von Phytoplankton, die aus dem NBPTS gesammelt wurden, in Vektorgrafiken umzuwandeln, die im Laufe der Zeit in sich wiederholende visuelle Muster umgewandelt werden können. Zahlenmäßig häufige Taxa oder solche, die eine wirtschaftliche und gesundheitliche Bedrohung darstellten, wie z.B. die schädlichen Algenblütentaxa, Pseudo-nitzschia spp., wurden für die Bildkonvertierung ausgewählt. Muster verschiedener Phytoplanktonbilder wurden dann auf der Grundlage ihrer relativen Häufigkeit für ausgewählte Jahrzehnte der gesammelten Daten (1970er, 1990er und 2010er Jahre) erstellt. Dekadische Muster der Phytoplankton-Biomasse prägten den Umriss jedes Jahrzehnts, während ein Hintergrundfarbverlauf von Blau nach Rot verwendet wurde, um einen langfristigen Temperaturanstieg zu zeigen, der in der Narragansett Bay beobachtet wurde. Schließlich wurden große, 96 x 34 Zoll große Tafeln mit sich wiederholenden Phytoplanktonmustern gedruckt, um mögliche Veränderungen der Phytoplanktonhäufigkeit im Laufe der Zeit zu veranschaulichen. Dieses Projekt ermöglicht die Visualisierung von buchstäblichen Verschiebungen in der Phytoplanktonbiomasse, die normalerweise für das bloße Auge unsichtbar sind, während Echtzeit-Seriendaten (z. B. Phytoplanktonbiomasse und -häufigkeit) innerhalb des Kunstwerks selbst genutzt werden. Es stellt einen Ansatz dar, der für viele andere Plankton-Zeitreihen zur Datenvisualisierung, Kommunikation, Aufklärung und Öffentlichkeitsarbeit verwendet werden kann.
Phytoplankton ist der Primärproduzent, der die Basis des Nahrungsnetzes in aquatischen Ökosystemen darstellt 1,2. Während Phytoplankton-Überwachungsprogramme der Schlüssel zur Identifizierung aktueller und zukünftiger Veränderungen in marinen Ökosystemen sind, nimmt ihre Unterstützung im Laufe der Zeit ab 3. Aufgrund ihrer relativ kurzen Generationszeiten und ihrer begrenzten Mobilität reagiert Phytoplankton besonders auf den Klimawandel, was sie zu einem wichtigen Werkzeug in der Zeitreihenüberwachung macht. Phytoplankton-Zeitreihen sind auch wichtig, um das ökosystembasierte Management der Ressourcenverfügbarkeit zu informieren und den Kontext für episodische Ereignisse wie marine Hitzewellen zu liefern4. Kurzfristige Zeitreihen, die sich auf Jahre beziehen, geben Einblicke in die Sukzession von Phytoplanktongemeinschaften und die saisonale Dynamik (z. B. Ref.5,6), während langfristige Zeitreihen wie die Bermuda Atlantic Time Series (BATS) und die Hawaii Ocean Times Series (HOTS) Programme mehr als zwei Jahrzehnte umfassen und die Erkennung langfristiger Trends ermöglichen 7,8. Solche Studien veranschaulichen den Nutzen und die Bedeutung eines hochaufgelösten Phytoplankton-Datensatzes für ein vollständiges Verständnis der langfristigen Veränderung von Ökosystemen in dynamischen Meeresumgebungen. Darüber hinaus sind die Visualisierung und Kommunikation dieser Veränderungen im Phytoplankton, die mit bloßem Auge nicht zu sehen sind, schwieriger zu verstehen als bei großen und leicht sichtbaren Organismen wie Fischen und Walen. Computervisualisierungen bieten eine Technik zur Untersuchung komplexer Datensätze9 und verbesserte illustrative Grafiken werden leicht verfügbar (z. B. Integration and Application Network, University of Maryland Center for Environmental Science). Die meisten Studien zur Ökologie des Phytoplanktons, darunter auch viele, auf die hier verwiesen wird, präsentieren die Ergebnisse jedoch nur als Datengraphen, die ihre Zugänglichkeit für ein allgemeines Publikum verringern. Angesichts der Tatsache, dass Phytoplankton die Grundlage des Nahrungsnetzes in den meisten Meeressystemen darstellt, ist es von entscheidender Bedeutung, den fast 2,4 Milliarden Menschen, die im Küstenozean leben, ihre Bedeutung zu vermitteln10. Hier haben wir ein Protokoll mit dem Ziel entwickelt, die Vielfalt und Größe von Phytoplankton zu visualisieren, wie es durch ein Phytoplankton-Monitoring-Programm gesammelt wird.
Die Narragansett Bay Plankton Time Series (NBPTS) bietet eine langfristige Perspektive von 60+ Jahren (1959-heute) auf die Auswirkungen des globalen Wandels im Klimakontext auf die Phytoplanktonabundanz, Saisonalität und Phänologie (Lebensgeschichte). Die Narragansett Bay (NBay) ist ein Küstenmündungsgebiet, das mit den breiteren Systemen des US-Nordostschelfs und des Nordwestatlantiks verbunden ist und deren Produktion wichtige Auswirkungen auf die Fischerei und die menschliche Nutzung entlang der Küste der USA hat.11. NBay gilt als ein stark saisonales System, das eine langfristige (1950-2015) Erwärmung des Wassers in der Region sowie Verschiebungen der Nährstoffe und eine Zunahme der Wasserklarheit erlebt12,13. Darüber hinaus ist ein Rückgang der Phytoplanktonbiomasse im oberen NBay aufgetreten, der auf eine anthropogene Abnahme des gelösten anorganischen Stickstoffs zurückzuführen ist, was teilweise auf die Modernisierung von Kläranlagen zurückzuführen ist12. Verschiebungen der Phytoplankton-Taxa, insbesondere schädliche Algenblüten (HABs), finden auch in NBay statt. Pseudo-nitzschia spp., die in Auftriebsgebieten entlang der US-Westküste allgegenwärtige toxische Blüten hervorruft, führte 2016 und 2017 zum ersten Mal in der Geschichte von NBay zu nennenswerten Muschelschließungen 14,15,16. Die Vermittlung dieser Veränderungen an unterschiedliche Zielgruppen ist wichtig, um die wissenschaftliche Kompetenz zu erhöhen und die kontinuierliche Unterstützung von Phytoplankton-Monitoring-Studien zu fördern.
Das Ziel dieses Projekts war es, mikroskopische Bilder von Phytoplankton aus NBay sowie Daten aus NBPTS zu verwenden, um die buchstäblichen Verschiebungen von Phytoplankton-Taxa und Biomasse zu visualisieren, die in NBay auftreten, um die Bedeutung von Phytoplankton für ein allgemeines Publikum zu kommunizieren und zu verbessern. NBPTS bietet 60+ Jahre öffentlich zugängliche wöchentliche Phytoplanktonzählungen und Biomasse, um Daten aus (https://web.uri.edu/gso/research/plankton/) zu nutzen. Das Endprodukt war ein großes Wandgemälde mit Planktonmustern, die repräsentativ für die Zeitreihendaten (z. B. Phytoplanktonbiomasse und -taxa, Temperatur) innerhalb des Kunstwerks selbst waren. Dieser Ansatz stellt eine Visualisierungsmethode dar, die für viele andere Plankton-Zeitreihen auf der ganzen Welt verwendet werden kann und auch für Monitoringprogramme mit kurzfristigen, saisonalen Daten angepasst werden kann. Zu den Vorteilen der Implementierung dieses Protokolls gehören verstärkte Bemühungen in den Bereichen Datenvisualisierung, Wissenschaftskommunikation, Bildung und Engagement für lokale Gemeinschaften.
1. Phytoplanktonbilder in Vektorgrafiken umwandeln
2. Erstellung von Phytoplanktonmustern
3. Einbeziehung von Phytoplankton-Biomasse- und Temperaturdaten
4. Hinzufügen von Details zu Phytoplankton-Paneelen
5. Herstellung von Wandbildern
Zu den kritischen Schritten des Protokolls gehört die Aufnahme mikroskopischer Bilder von Phytoplankton und deren Umwandlung in Vektorgrafiken. Die Bilder von Phytoplankton, die mit bloßem Auge nicht wahrnehmbar sind, groß genug zu machen, um ohne Lupe auf dem Wandbild gesehen zu werden, hilft, sie für den Betrachter zum Leben zu erwecken. Um dieses Wandbild nicht nur als Kunstwerk, sondern auch als Datenvisualisierungsmethode zu realisieren, ist es wichtig, beobachtete Daten in das Projekt einzubeziehen. Im Falle des Phytoplankton-Wandbildes stellen die Chlorophyll a (chl a)-Jahreszyklen, die nach Jahrzehnten gemittelt wurden, die tatsächlichen Daten dar und zeigen, wie chl a auf den verschiedenen Tafeln um Jahrzehnt abgenommen hat. Für die Phytoplankton-Häufigkeit variierten die durchschnittlichen Konzentrationen bestimmter Taxa zwischen den Jahrzehnten, daher würde eine höhere Häufigkeit eines Taxas, die in einem bestimmten Jahrzehnt beobachtet wurde, mehr Grafiken dieser Taxa auf das dekadische Panel kopieren als ein anderes Panel mit geringerer mittlerer Häufigkeit. Die Verwendung von beobachteten Daten als Grundlage für die künstlerischen Elemente, wie z. B. ein Farbverlauf von Blau nach Rot, um Temperaturanstiege darzustellen, hilft ebenfalls bei der Visualisierung dieser wissenschaftlichen Daten.
Modifikationen der Methode könnten die Aufnahme mikroskopischer Bilder von Phytoplankton aus frei zugänglichen Bilddatenbanken sowie die Verwendung anderer Phytoplankton-Bildgebungssysteme für fotografische Bilder neben einem Mikroskop (z. B. Imaging Flow-Cytobot) umfassen. Darüber hinaus könnten mikroskopische Bilder und wissenschaftliche Daten tägliche Phytoplanktonzählungen und -bilder anstelle von Jahrzehnten für kürzere Zeitreihendatensätze sowie Zooplanktonbilder enthalten, um Interaktionen zwischen Nahrungsnetzen aufzudecken. Schließlich könnten die für jedes Jahrzehnt aufgezeichneten Durchschnittstemperaturen auf den Tafeln einbezogen werden, um Temperaturänderungen zu quantifizieren, oder eine Trendlinie, die am unteren Rand der Tafeln gezeichnet wird, zusätzlich zu den illustrativen Veränderungen, die durch den Verlaufshintergrund angezeigt werden. Zu den Einschränkungen gehören die Fehlerbehebung bei diesen wissenschaftlichen Daten, um sie innerhalb der Grenzen des physischen Kunstwerks zu skalieren, sowie die Beschaffung von Instrumenten für den Druck auf großen Tafeln. Es ist auch wichtig, darauf zu achten, dass die Hintergrundfarbe transparent genug ist, um die Veränderungen der Phytoplanktonhäufigkeit im Laufe der Zeit deutlich zu erkennen, die bis zum Drucken schwer zu unterscheiden sein können. Schließlich ist Adobe Illustrator eine proprietäre Software, die die Zugänglichkeit für bestimmte Benutzer einschränken kann, aber es gibt kostenlose Software-Illustrationsprogramme (z. B. Inkscape, GIMP, Vectr, Vectornator). Die Anpassung des Protokolls zur Herstellung der Phytoplankton-Wandbilder in diesen freien Programmen stellt eine nützliche zukünftige Arbeit dar, um die Zugänglichkeit zu verbessern.
Angesichts der Tatsache, dass Phytoplankton die Grundlage des Nahrungsnetzes in fast allen marinen Systemen darstellt, ist es von entscheidender Bedeutung, ihre Bedeutung zu kommunizieren. Die meisten Studien zur Ökologie des Phytoplanktons präsentieren die Ergebnisse jedoch nur in Form von Datengraphen, die ihre Zugänglichkeit für ein allgemeines Publikum einschränken. Das hier vorgestellte Protokoll zur Entwicklung des Phytoplankton-Wandbildes zeigt die Auswirkungen der Visualisierung wissenschaftlicher Daten durch eine künstlerische Linse17. Durch die Analyse dieses Wandgemäldes kann der Betrachter erkennen, dass die Biomasse des Phytoplanktons in der Narragansett Bay (NBay) seit den 1970er Jahren abgenommen hat. Dieser Rückgang tritt in einem Zeitraum auf, in dem die Meerwassertemperatur in NBay13 langfristig angestiegen ist. Ähnliche Verschiebungen der Planktongemeinschaften (d.h. Zooplankton) mit steigenden Meerwassertemperaturen wurden auch in der Mündung der Bucht von San Francisco beobachtet, die wie NBay eine große menschliche Population beherbergt 18,19. Dieser Ansatz stellt eine Visualisierungsmethode dar, die für viele andere Plankton-Zeitreihen, wie z. B. die Mündung der Bucht von San Francisco, auf der ganzen Welt verwendet werden kann.
Auf den ersten Blick verändern sich Form und Farbe der Paneele im Laufe der Zeit. Betrachtet man die Tafeln genauer, so spiegeln die Muster des Phytoplanktons Verschiebungen in der Häufigkeit und Biomasse verschiedener Taxa wider. Hier prallen die Welten der Kunst und der Wissenschaft aufeinander, denn die wissenschaftlichen Muster sind die buchstäblichen Muster, die auf dem Wandbild gezeigt werden. Es ist offensichtlich, dass NBay viel mehr ist als das, was auf der Wasseroberfläche erscheint, indem es Phytoplanktondaten durch Kunst visualisiert.
The authors have nothing to disclose.
Adobe Illustrator | Adobe | version 23.0.6 | Free alternatives include: Inkscape, GIMP, Vectr, Vectornator |
Eclipse E800 | Nikon | ECLIPSE Ni/Ci Upright Microscope | Now succeeded by Eclipse Ni-U |
Epson Large Format Printer | Epson | SCT5475SR | |
Heavy Matte Paper | Epson | S041596 | |
RStudio | Rstudio, PBC | version 2022.07.1 | Any statistical software tool will suffice |