Name: protein interaction capture methods in cells
Uploaded: 2023-04-30T06:31:42.000Z
Duration: 8 min 8 s
Channel: JoVE

K12 Standards

new-york-state-science-learning-standards

New York State Science Learning Standards

High School

Physical Science

HS. Chemical Reactions

HS-PS1-5.

co-immunoprecipitation-and-pull-down-assays

Co-Immunoprecipitation and Pull-Down Assays

La coinmunoprecipitación (CoIP) y los ensayos pull-down son métodos estrechamente relacionados para identificar interacciones proteína-proteína estables. Estos métodos están relacionados con la inmunoprecipitación, un método para separar una proteína diana unida a un anticuerpo de proteínas no unidas. En CoIP, una proteína unida a un anticuerpo se une a otra proteína que no se une al anticuerpo, a lo que le sigue un proceso de separación que preserva el complejo proteína-proteína. La diferencia en los ensayos pull-down es que las proteínas de cebo marcadas por afinidad reemplazan a los anticuerpos, y la cromatografía de afinidad se utiliza para aislar complejos proteína-proteína. 
Este video explica CoIP, los ensayos pull-down y su implementación en el laboratorio. Se cubre un protocolo paso a paso para cada técnica, incluidos los reactivos, aparatos e instrumentos utilizados para purificar y analizar las proteínas unidas. Además, la sección de aplicaciones de este video describe un procedimiento para estudiar cómo las proteínas del mixovirus inhiben la nucleoproteína de la influenza, una investigación sobre el papel de los iones de calcio en la calmodulina a través de un ensayo pull-down y un ensayo pull-down modificado para caracterizar las interacciones transitorias de proteínas.

co-inmunoprecipitación y el ensayo de pull-down

Co-inmunoprecipitación (CoIP) y ensayos de pull-down son métodos de cerca relacionados para identificar las interacciones proteína-proteína estable. Estos métodos están relacionados con inmunoprecipitación, un método para la separación de una proteína diana ligada a un anticuerpo de proteínas independientes. En CoIP, una proteína anticuerpo está obligado a otra proteína que no se une con el anticuerpo, esto es seguido por un proceso de separación que conserva las proteínas complejas. La diferencia en los ensayos de pull-down es que cebo etiqueta de afinidad proteínas sustituir los anticuerpos, y cromatografía de afinidad se utiliza para aislar los complejos de proteínas.
Este video explica CoIP, ensayos de pull-down y su aplicación en el laboratorio. Un protocolo paso a paso de cada técnica está cubierto, incluyendo reactivos, aparatos e instrumentos utilizados para purificar y analizar proteínas encuadernadas. Además, la sección de aplicaciones de este video describe un procedimiento para estudiar cómo las proteínas myxovirus inhiben la nucleoproteína de la gripe, una investigación sobre el papel de los iones del calcio en calmodulina por medio de un análisis descendente y un ensayo modificado de desplegable para caracterizar las interacciones transitorias de proteínas.
<div class="chapter_text" id="script_0">
Las interacciones proteína-proteína juegan un papel importante en una amplia variedad de funciones biológicas. La mayoría de las interacciones proteína-proteína y sus efectos biológicos tiene todavía ser identificado. Co-inmunoprecipitación, o CoIP y ensayos de pull-down son dos métodos estrechamente relacionados para la identificación de las interacciones proteína-proteína estable. Este video cubre los principios de los dos ensayos, sus procedimientos de laboratorio general y aplicaciones de estas técnicas.
</div>
<div class="chapter_text" id="script_1">
CoIP y ensayos de pull-down son variantes de inmunoprecipitación, un método para aislar selectivamente a una especie de proteína de una solución compleja. En un experimento de inmunoprecipitación, un anticuerpo específico para una proteína de la blanco se permite para formar un complejo inmune con ese objetivo en la muestra. El complejo es capturado en un soporte sólido, normalmente proteína un límite a un grano de sefarosa. Cualquier proteínas capturadas no se retiran por pasos de centrifugación. La proteína se libera luego del anticuerpo y el soporte sólido por ebullición en la reducción de buffer de muestra-cargamento SDS-PAGE.
Co-inmunoprecipitación se realiza de la misma manera, excepto que los complejos de la proteína intacta son capturados sobre el soporte sólido. El anticuerpo se une a la proteína diana, que, a su vez, está ligada a otra proteína que no está dirigida el anticuerpo. Como inmunoprecipitación, el complejo de la proteína se libera del anticuerpo y el soporte sólido por ebullición en la reducción de tampón de carga de SDS-PAGE.
Ensayos de pull-down son similares a la co-inmunoprecipitación, difiriendo sólo en el uso de una proteína "cebo", frente a un anticuerpo. A través de técnicas de biología molecular, esta proteína cebo está diseñada con una etiqueta de afinidad, como una serie de residuos de histidina. Estas etiquetas de afinidad se describen en "separaciones de biomoléculas basados en cromatografía." La proteína es capturada en un ligando de afinidad inmovilizado específico para la etiqueta. La proteína capturada luego se incuba con una muestra que contiene las proteínas que forman complejos con el "cebo". El complejo de la proteína se libera con el apoyo de la afinidad por lavado con una solución que contiene un analito competitivo específico para la etiqueta de la proteína "cebo". Ensayos de pull-down son útiles para confirmar las interacciones proteína predichas por la co-inmunoprecipitación y para descubrir las interacciones entre proteínas desconocidas.
Ahora que se han discutido los principios de co-inmunoprecipitación y el análisis pull-down, echemos un vistazo a sus procedimientos de laboratorio.
</div>
<div class="chapter_text" id="script_2">
Primero hablemos de co-inmunoprecipitación. A una serie de tubos de microcentrífuga, se añade lo siguiente: tampón PBS y una solución de 50% de la proteína A-sefarosa, un complejo de resina-proteína que se une al anticuerpo. Los tubos del microfuge se rotan para asegurar la adecuada distribución, y luego la resina se lava con buffer PBS adicional. Lisado, que contiene la proteína deseada, de la célula y 2 μg de anticuerpo se añaden a los tubos de microcentrífuga y se gira la mezcla por 1 h a 4 ° C. Los granos son peleteados por centrifugación, el sobrenadante se descarta y los granos re lavaron tres veces con tampón para eliminar proteínas sin límite. Los granos que contiene el complejo anticuerpo-proteína son en la reducción de buffer de muestra-cargamento SDS-PAGE, para el retiro del complejo de los anticuerpos y para el análisis por SDS-PAGE y el immunoblotting.
</div>
<div class="chapter_text" id="script_3">
Ahora vamos a discutir el procedimiento para los ensayos de pull-down: la proteína de "cebo" se expresa en un plásmido con la etiqueta de afinidad adecuada. Después de alcanzar el crecimiento de la fase logarítmica, las células son sometidas a lisis y luego centrifugadas. Granos de la estreptavidina-sefarosa suspendidos, que capturan la biotina etiquetado proteína de "cebo", se pipetea en un tubo de microcentrífuga. Los granos entonces se centrifugaron y el sobrenadante cuidadosamente removido por aspiración. Los granos entonces se lavan con buffer, centrifugado y el sobrenadante eliminado.
Las células que contienen la proteína supuesta del "presa", que tiene una afinidad para la proteína de "cebo", se cosechan por centrifugación. El sobrenadante es añadido al tubo de microcentrífuga conteniendo la resina y se incubó a 4 ° C por 3 h en un agitador. La resina es centrifugado, retirar el sobrenadante y lava la resina para eliminar proteínas sin límite. Tampón de elución se agrega a la resina, y la mezcla se incuba a temperatura ambiente durante 30 min en un agitador. La resina entonces se centrifuga y el sobrenadante que contiene el complejo deseado es analizado por immunoblotting.
</div>
<div class="chapter_text" id="script_4">
Ahora que hemos analizado los procedimientos, Veamos algunas de las aplicaciones útiles de co-inmunoprecipitación y el análisis pull-down.
Co-inmunoprecipitación puede ser útil en la comprensión del mecanismo de acción de enzimas. Proteínas de resistencia myxovirus, o Mx, inhiben una amplia gama de virus, incluyendo influenza A, para que el mecanismo es mal entendido. Co-inmunoprecipitación se utilizó para estudiar la interacción entre el ratón proteína Mx1 y nucleoproteína de la gripe.
Ensayos de pull-down han demostrado ser útiles en el estudio de los efectos de los segundos mensajeros, que son proteínas que comunican una señal del entorno celular. Son un componente de una vía de señalización donde múltiples proteínas interactúan en respuesta a señales ambientales. Los iones de calcio actúan como mensajeros secundarios al unirse a la calmodulina, que a su vez, se une a una gran variedad de proteínas, mediando muchos tipos de respuestas biológicas. Sin el calcio, la proteína no puede unirse a la calmodulina.</div>Se realizó un análisis pull-down para poner a prueba la capacidad de las proteínas se unen a calmodulina en la presencia o ausencia de iones calcio.
Co-inmunoprecipitación y el análisis pull-down generalmente se utilizan para el análisis de las interacciones de la proteína estable o fuerte, pero no transitoria. Un desarrollo reciente en los ensayos de pull-down, HaloTag, ha simplificado el estudio de las interacciones transitorias de proteínas; HaloTag es una etiqueta de fusión de proteínas codificadas genéticamente, fusionada a la proteína de interés, capaces de reaccionar químicamente con un soporte sólido de haloalkane. Si se desea el análisis funcional, la proteína compleja, menos la etiqueta, en su totalidad podría entonces ser aislada por incubación con tabaco etch proteasa de virus.

<div class="chapter_text" id="script_5">
Sólo has visto video de Zeus de co-inmunoprecipitación y el análisis pull-down. Este video describe los principios de los dos métodos, los procedimientos de laboratorio general y algunas de sus aplicaciones.
¡Gracias por ver!
</div>

Co-inmunoprecipitación y el ensayo de Pull-Down

Co-immunoprecipitation (CoIP) and pull-down assays are closely related methods to identify stable protein-protein interactions. These methods are related ...

Las interacciones proteína-proteína juegan un papel importante en una amplia variedad de funciones biológicas. La mayoría de las interacciones proteína-proteína y sus efectos biológicos aún no se han identificado. La coinmunoprecipitación, o CoIP, y los ensayos pull-down son dos métodos estrechamente relacionados para la identificación de interacciones estables proteína-proteína. Este video cubrirá los principios de los dos ensayos, sus procedimientos generales de laboratorio y las aplicaciones de estas técnicas. Los ensayos CoIP y pull-down son variantes de la inmunoprecipitación, un método para aislar selectivamente una especie de proteína de una solución compleja. En un experimento de inmunoprecipitación, se permite que un anticuerpo específico contra una proteína diana forme un complejo inmunitario con esa diana en la muestra. A continuación, el complejo se captura en un soporte sólido, normalmente proteína A unida a una perla de sepharose. Las proteínas no capturadas se eliminan mediante pasos de centrifugación. A continuación, la proteína se libera del anticuerpo y del soporte sólido mediante la ebullición en el tampón reductor de carga de muestras SDS-PAGE. La coinmunoprecipitación se lleva a cabo de la misma manera, excepto que los complejos de proteínas intactos se capturan en el soporte sólido. El anticuerpo se une a la proteína diana, que, a su vez, se une a otra proteína que no es objetivo del anticuerpo. Al igual que en la inmunoprecipitación, el complejo proteico se libera del anticuerpo y del soporte sólido mediante la ebullición en el tampón de carga de muestra SDS-PAGE, que reduce. Los ensayos pull-down son similares a la coinmunoprecipitación, diferenciándose solo en el uso de una proteína "cebo", en lugar de un anticuerpo. A través de técnicas de biología molecular, esta proteína de cebo se diseña con una etiqueta de afinidad, como una serie de residuos de histidina. Estas etiquetas de afinidad se describen en "Separaciones de biomoléculas basadas en cromatografía". A continuación, la proteína se captura en un ligando de afinidad inmovilizado específico para la marca. A continuación, la proteína capturada se incuba con una muestra que contiene proteínas que forman complejos con el "cebo". El complejo proteico se libera del soporte de afinidad mediante el lavado con una solución que contiene un analito competitivo específico para la etiqueta en la proteína "cebo". Los ensayos pull-down son útiles para confirmar las interacciones de proteínas predichas por coinmunoprecipitación y para descubrir interacciones de proteínas desconocidas. Ahora que se han discutido los principios de la co-inmunoprecipitación y los ensayos pull-down, echemos un vistazo a sus procedimientos de laboratorio. En primer lugar, hablemos de la coinmunoprecipitación. A una serie de tubos de microfuga se les añade: tampón PBS y una solución al 50% de proteína A-sepharose, un complejo resina-proteína que se une al anticuerpo. Los tubos de microfuga se giran para garantizar una distribución adecuada, y luego la resina se lava con tampón PBS adicional. El lisado celular, que contiene la proteína deseada, y 2 μg de anticuerpo se añaden a los tubos de microfuga, y la mezcla se rota durante 1 h a 4 μC. Las perlas se granulan por centrifugación, el sobrenadante se desecha y las perlas se vuelven a lavar tres veces con tampón para eliminar las proteínas no unidas. Las perlas que contienen el complejo anticuerpo-proteína se encuentran en el tampón reductor de carga de muestras SDS-PAGE, para la eliminación del complejo del anticuerpo y para el análisis mediante SDS-PAGE e inmunotransferencia. Ahora discutiremos el procedimiento para los ensayos pull-down: La proteína "cebo" se expresa en un plásmido con la etiqueta de afinidad adecuada. Después de alcanzar el crecimiento en fase logarítmica, las células se lisan y luego se centrifugan. Las perlas suspendidas de estreptavidina-sefarosa, que capturan la proteína "cebo" marcada con biotina, se pipetean en un tubo de microfuga. A continuación, las perlas se centrifugan y el sobrenadante se elimina cuidadosamente por aspiración. A continuación, las perlas se lavan con tampón, se centrifugan y se elimina el sobrenadante. Las células que contienen la proteína "presa" putativa, que tiene afinidad por la proteína "cebo", se recolectan por centrifugación. A continuación, el sobrenadante se añade al tubo de microfuga que contiene la resina y se incuba a 4 ? C durante 3 h en una coctelera. A continuación, la resina se centrifuga, se elimina el sobrenadante y se lava la resina para eliminar las proteínas no unidas. Se añade tampón de elución a la resina y la mezcla se incuba a temperatura ambiente durante 30 minutos en un agitador. A continuación, la resina se centrifuga y el sobrenadante que contiene el complejo deseado se analiza mediante inmunotransferencia. Ahora que hemos revisado los procedimientos, veamos algunas de las aplicaciones útiles de la coinmunoprecipitación y los ensayos pull-down. La coinmunoprecipitación puede ser útil para comprender mejor el mecanismo de acción de las enzimas. Las proteínas de resistencia a los mixovirus, o Mx, inhiben una amplia gama de virus, incluida la gripe A, cuyo mecanismo no se conoce bien. Se utilizó la coinmunoprecipitación para estudiar la interacción entre la proteína Mx1 del ratón y la nucleoproteína de la gripe. Los ensayos pull-down han demostrado ser útiles para estudiar los efectos de los segundos mensajeros, que son proteínas que comunican una señal desde el entorno celular. Son un componente de una vía de señalización en la que múltiples proteínas interactúan en respuesta a señales ambientales. Los iones de calcio actúan como mensajeros secundarios al unirse a la calmodulina, que, a su vez, se une a una amplia variedad de proteínas, mediando muchos tipos de respuestas biológicas. Sin el calcio, la proteína no puede unirse a la calmodulina. Se llevó a cabo un ensayo pull-down para probar la capacidad de las proteínas para unirse a la calmodulina en presencia o ausencia de iones de calcio. Los ensayos de coinmunoprecipitación y pull-down se utilizan generalmente para analizar interacciones proteicas estables o fuertes, pero no transitorias. Un desarrollo reciente en los ensayos pull-down, el HaloTag, ha simplificado el estudio de las interacciones transitorias de las proteínas; HaloTag es una etiqueta de fusión de proteínas codificada genéticamente, fusionada con la proteína de interés, capaz de reaccionar químicamente con un soporte sólido de haloalcano. Si se desea un análisis funcional, el complejo proteico, menos la etiqueta, en su totalidad podría aislarse mediante incubación con la proteasa del virus del grabado del tabaco. Acabas de ver el vídeo de JoVE sobre la coinmunoprecipitación y los ensayos pull-down. Este video describe los principios de los dos métodos, los procedimientos generales de laboratorio y algunas de sus aplicaciones. ¡Gracias por mirar!

Education

Educación

JoVE Science Education

Chemistry

Química

Biochemistry

Bioquímica

protein interaction capture methods in cells

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody.

In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the antibody does not recognize. The intact protein complex is collected on a solid support, such as protein A on sepharose beads, so the interaction is preserved during separation. In pull-down assays, the bait protein is tagged instead of using an antibody. The tagged bait is captured by affinity chromatography and used to isolate the proteins that bind to it.

The CoIP procedure begins with PBS buffer and protein A-sepharose in microfuge tubes. The tubes are rotated, washed, and then mixed with cell lysate and about 2 micrograms of antibody. After 1 hour at 4 degrees Celsius, the beads are centrifuged, washed three times, and placed in reducing SDS-PAGE sample-loading buffer. The released proteins are then analyzed by SDS-PAGE and immunoblotting.

The pull-down procedure uses a bait protein expressed with an affinity tag, such as a series of histidine residues or a biotin tag. After the cells reach log-phase growth, they are lysed and centrifuged. Streptavidin-sepharose beads can capture the biotin-tagged bait, and the beads are then washed before the putative prey protein is added. The mixture is incubated at 4 degrees Celsius for 3 hours on a shaker, washed again, and eluted with buffer. The final complex is analyzed by immunoblotting.

These methods are useful for confirming predicted protein interactions and for finding unknown ones. CoIP has been used to study how mouse Mx1 protein interacts with influenza nucleoprotein, which helps explain the action of myxovirus resistance proteins against influenza A. Pull-down assays have also been used to test how calcium ions affect calmodulin binding, since calmodulin binds many proteins only when calcium is present. For transient protein interactions, a modified pull-down approach using HaloTag can help, and tobacco etch virus protease can remove the tag if functional analysis is needed.

Protein Interaction Capture Methods in Cells

protein-interaction-capture-methods-in-cells

dialysis: diffusion based separation

Dialysis for Buffer Exchange in Biochemistry

Dialysis is a common biochemistry technique for buffer exchange and desalting. It separates molecules by diffusion through a semipermeable membrane, which lets small molecules pass while holding larger biomolecules inside the sample. The membrane is the key part of the setup. Its pores create a molecular weight cutoff, so a membrane such as a 10 kDa membrane usually keeps molecules larger than 10 kilodaltons inside. This cutoff is not exact, because membranes have a range of pore sizes.

enzyme assays and kinetics

Measuring Enzyme Reaction Rates

Enzyme reaction rates can be measured with assays that track how substrate or product levels change over time. Enzymes are proteins, or sometimes RNAs, that speed up chemical reactions by lowering the activation energy needed to start them. They act on a specific substrate and help form a product that supports life processes. Enzymatic reactions are often described in three steps. First, the substrate binds to the enzyme active site and forms an enzyme-substrate complex. That complex can fall...

maldi-tof mass spectrometry

How MALDI-TOF Reads Biomolecules

MALDI-TOF mass spectrometry reads biomolecules by using a laser, a matrix, and a time-of-flight analyzer. MALDI, or matrix-assisted laser desorption ionization, helps fragile molecules keep their structure while they are moved into the mass analyzer. The analyzer then separates compounds based on size and charge. In MALDI, the sample is mixed into a matrix, usually an organic compound with aromatic and conjugated double bonds. A laser pulse strikes the spot, and the matrix absorbs most of the...

tandem mass spectrometry

Tandem Mass Spectrometry for Biomolecule Analysis

Tandem mass spectrometry is used to isolate a biomolecule and break it into smaller pieces so its makeup can be studied. Because biomolecules often have large, complex structures, it can be hard to identify their molecular composition and sequence from a single measurement. By linking mass spectrometers in series, the technique first selects one ion and then analyzes the fragments it produces. The process starts with an ion source that converts the sample into ions. A mass analyzer then...

protein crystallization

Protein Crystals for Structure Analysis

Protein crystals help scientists study protein structure and function. A crystal is a solid lattice made from purified protein molecules. These crystals are useful in structural biology because they reveal details that methods like mass spectrometry and SDS-PAGE cannot show on their own. Protein crystallization is paired with recombinant protein expression and x-ray diffraction to support this work. The process starts with a large amount of very pure protein. Researchers often make that...

chromatography-based biomolecule purification methods

chromatography-based-biomolecule-purification-methods

Protein Purification with SEC and IMAC

Protein purification with size-exclusion chromatography and affinity chromatography helps isolate biomolecules from complex mixtures. These methods are common in biochemistry because purified samples are needed before a biomolecule’s properties and activity can be studied. The video focuses on the principles behind size-exclusion chromatography, affinity chromatography, and immobilized metal affinity chromatography, or IMAC. Size-exclusion chromatography, or SEC, separates molecules by size. A...

two-dimensional gel electrophoresis

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis

Protein mapping with 2D gel electrophoresis separates complex protein mixtures across two steps. The method combines isoelectric focusing, or IEF, with sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, or SDS-PAGE. Together, these methods can resolve thousands of biomolecules from a single sample by their isoelectric point and molecular weight. The first dimension is IEF. Each protein has an isoelectric point, or pI, which is the pH where its net charge is zero. Proteins are loaded...

metabolic labeling

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels

Metabolic labeling tracks cell chemistry by using chemical analogs that cells take up and build into biomolecules. These labels help scientists follow biochemical changes and modifications inside cells. The labeled products can then be studied with tools such as SDS-PAGE and NMR to learn more about metabolic pathways. Several labeling strategies are shown here. Isotopic labeling uses analogs that match the natural molecule but contain uncommon isotopes, such as carbon-13 and nitrogen-15 in an...

electrophoretic mobility shift assay (emsa)

electrophoretic-mobility-shift-assay-emsa

Detecting Protein-DNA Binding by EMSA

Electrophoretic mobility shift assay, or EMSA, is a biochemical method used to detect binding between proteins and nucleic acids. It is also called a gel shift assay. The test compares how a labeled nucleic acid moves through a gel before and after it binds a protein. EMSA is used to see whether a specific protein binds to a specific nucleic acid. First, the nucleic acid is labeled to make a probe. The transcript describes radioactive phosphorus-32 as a common label. The probe is then mixed...

photometric protein determination

Measuring Protein Concentration with Absorbance

Measuring protein concentration with absorbance is a key step in many biochemical assays. Photometric methods use the fact that samples with more light-absorbing material transmit less light. Because concentration and absorption are directly related, this makes it possible to measure an unknown sample. The core idea comes from the Beer-Lambert Law. This law states that the concentration of a light-absorbing species is proportional to its absorbance. The video also introduces the Bradford assay...

density gradient ultracentrifugation

Sucrose Gradient Separation in an Ultracentrifuge

Sucrose gradient separation in an ultracentrifuge is a lab method for isolating cell parts and biomolecules. It uses differences in density to make particles sink or rise in a liquid. A high-speed ultracentrifuge speeds up this process so components can be separated without destroying them. The basic idea starts with a suspension, which is particles mixed in a liquid solvent. Particles that are denser than the solvent sediment, while less dense particles float. A rotor inside the...

co-immunoprecipitation and pull-down assays

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody. In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the...

reconstitution of membrane proteins

Membrane Proteins in Liposome Models

Membrane proteins can be moved into liposome models so their function can be studied outside a cell. Reconstitution means restoring an isolated biomolecule to a working form. For membrane proteins, that usually means placing a purified protein into an artificial lipid membrane. Cell membranes are made mainly of phospholipids and membrane proteins. The phospholipids form a bilayer with hydrophilic phosphate heads facing water and hydrophobic fatty acid tails facing inward. Some membrane...

f&#246;rster resonance energy transfer (fret)

FRET as a Molecular Ruler in Cells

Föster resonance energy transfer, or FRET, is a way to study close-range biochemical interactions using light-emitting molecules. A donor fluorophore can pass energy to an acceptor fluorophore when their emission and absorption spectra overlap. This transfer happens only when the pair is very close together, usually within 10 nm. Because FRET depends on distance, it is often called a molecular or spectroscopic ruler. The strength of the signal is measured as FRET efficiency, which describes...

surface plasmon resonance (spr)

SPR Biosensors for Tracking Binding Kinetics

Surface plasmon resonance, or SPR, is a way to track biomolecular binding on a label-free biosensor. It is used to measure molecular affinity, kinetics, specificity, and concentration. The method works with a thin metal layer on a prism, where changes in reflected light reveal interactions in real time. SPR sensors use a thin layer of a noble metal on the face of a prism. Light is reflected from the prism-metal interface into a photodetector. At one specific angle, called the surface plasmon...

biochemistry

Esta colección presenta varios métodos de purificación comúnmente usados, como la cromatografía de afinidad y métodos analíticos, como MALDI-TOF. Además, los videos muestran métodos para evaluar la interacción y la función de diversas biomoléculas como en la coprecipitación y el etiquetado metabólico.

Learn how CoIP and pull-down assays capture protein-protein interactions, from bead-based lab steps to examples with influenza proteins and calmodulin.

Protein Interaction Capture Methods in Cells | JoVE K12

Life Science

Structure and Function

HS-LS1-2.

matter-and-energy-in-organisms-and-ecosystems

Matter and Energy in Organisms and Ecosystems

HS-LS1-6.

Overview

Principles of Co-Immunoprecipitation and Pull-Down Assays

Protocol for Co-Immunoprecipitation

Protocol for Pull-Down Assays

Applications

Summary

The Periodic Table

As early chemists discovered more elements, they realized that various elements could be grouped by their similar chemical behaviors. One such grouping ...

Alkali Metals

Group 1 elements are soft and shiny metallic solids. They are malleable, ductile, and good conductors of heat and electricity. The melting points of the ...

Halogens

Group 17 elements, known as halogens, are nonmetals. At room temperature, fluorine and chlorine are gases, bromine is a liquid, and iodine a solid. ...

Noble Gases


The elements in group 18 are noble gases (helium, neon, argon, krypton, xenon, and radon). They earned the name &ldquo;noble&rdquo; because they were ...

Classifying Matter by State

Chemistry is the study of matter and the changes it undergoes. Matter is anything that has mass and occupies space. Matter is all around us; the air, ...

Classifying Matter by Composition

Matter: Pure Substances and Mixtures
According to its composition, the matter can be classified into two broad categories &mdash; pure substances and ...

physical-and-chemical-properties-of-matter

Physical and Chemical Properties of Matter

The characteristics that enable us to distinguish one substance from another are called properties.

Physical Properties of Matter

A physical property is ...

Types of Chemical Bonds

Chemical bonding theories were pioneered by American chemist Gilbert&#xA0;N. Lewis. He developed a model called the Lewis model to explain the type and ...

Lewis Symbols and the Octet Rule

Chemical bonds are complex interactions between two or more atoms or ions, which reduce the potential energy of the molecule. Gilbert N. Lewis developed a ...

Ionic Bonding and Electron Transfer

Ions are atoms or molecules bearing an electrical charge. A cation (a positive ion) forms when a neutral atom loses one or more electrons from its valence ...

The Born-Haber Cycle

Lattice Energy&#xA0;

An ionic compound is stable because of the electrostatic attraction between its positive and negative ions. The lattice energy of a ...

trends-in-lattice-energy-ion-size-and-charge

Trends in Lattice Energy: Ion Size and Charge

An ionic compound is stable because of the electrostatic attraction between its positive and negative ions. The lattice energy of a compound is a measure ...

Covalent Bonding and Lewis Structures

Compared to ionic bonds, which results from the transfer of electrons between metallic and nonmetallic atoms, covalent bonds result from the mutual ...

Electronegativity

Whether a bond is nonpolar or polar covalent is determined by a property of the bonding atoms called electronegativity.&#xA0;

Electronegativity values of ...

Ionization Energy

The amount of energy required to remove the most loosely bound electron from a gaseous atom in its ground state is called its first ionization energy ...

bond-polarity-dipole-moment-and-percent-ionic-character

Bond Polarity, Dipole Moment, and Percent Ionic Character

Bond Polarity

The absolute value of the difference in electronegativity (&Delta;EN) of two bonded atoms provides a rough measure of the polarity to be ...

Electron Affinity

The electron affinity (EA) is the energy change for adding an electron to a gaseous atom to form an anion (negative ion).



This process can be either ...

lewis-structures-of-molecular-compounds-and-polyatomic-ions

Lewis Structures of Molecular Compounds and Polyatomic Ions

To draw Lewis structures for complicated molecules and molecular ions, it is helpful to follow a step-by-step procedure as outlined:


	Determine the ...

assembly-of-a-reflux-system-for-heated-chemical-reactions

Assembly of a Reflux System for Heated Chemical Reactions

Source: Laboratory of Dr. Philip Miller &#8212; Imperial College London
Many chemical experiments require elevated temperatures before any reaction is ...

Resonance

The Lewis structure of a nitrite anion (NO2&minus;) may actually be drawn in two different ways, distinguished by the locations of the N-O and N=O ...

conducting-reactions-below-room-temperature

Conducting Reactions Below Room Temperature

Source: Laboratory of Dr. Dana Lashley - College of William and Mary
Demonstration by: Matt Smith
When new bonds are formed in the course of a chemical ...

Formal Charges

In some cases, there are seemingly more than one valid Lewis structures for molecules and polyatomic ions. The concept of formal charges can be used to ...

Coordination Chemistry Complexes

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
Transition metals are found everywhere from vitamin ...

Exceptions to the Octet Rule

Many covalent molecules have central atoms that do not have eight electrons in their Lewis structures. These molecules fall into three categories:


	...

determining-rate-laws-and-the-order-of-reaction

Determining Rate Laws and the Order of Reaction

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
All chemical reactions have a specific rate defining the ...

Bond Energies and Bond Lengths

Stable molecules exist because covalent bonds hold the atoms together. The strength of a covalent bond is measured by the energy required to break it, ...

Determining the Empirical Formula

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams - SUNY College of Environmental Science and Forestry
Determining the chemical formula of a compound is at the heart ...

Bonding in Metals

Metallic bonds are formed between two metal atoms. A simplified model to describe metallic bonding has been developed by Paul Dr&#xFC;de called the ...

determining-the-solubility-rules-of-ionic-compounds

Determining the Solubility Rules of Ionic Compounds

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
An ionic compound&#39;s solubility can be determined via ...

atomic-radii-and-effective-nuclear-charge

Atomic Radii and Effective Nuclear Charge

The elements in groups of the periodic table exhibit similar chemical behavior. This similarity occurs because the members of a group have the same number ...

Introduction to Catalysis

Source: Laboratory of Dr. Ryan Richards &#8212; Colorado School of Mines
Catalysis is among the most important fields of modern technology and presently ...

Ionic Radii

Ionic radius is the measure used to describe the size of an ion. A cation always has fewer electrons and the same number of protons as the parent atom; it ...

Introduction to Titration

Source: Laboratory of Dr. Yee Nee Tan &#8212; Agency for Science, Technology, and Research
Titration is a common technique used to quantitatively ...

Le Ch&#226;telier's Principle

Source: Laboratory of Dr. Lynne O&#39;Connell &#8212; Boston College
When the conditions of a system at equilibrium are altered, the system responds in ...

preparing-anhydrous-reagents-and-equipment

Preparing Anhydrous Reagents and Equipment

Source: Laboratory of Dr. Dana Lashley - College of William and Mary
Demonstrated by: Timothy Beck and Lucas Arney
Many reactions in organic chemistry are ...

Proton Exchange Membrane Fuel Cells

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
The United States consumes a large amount of energy &#8211; the current ...

Solutions and Concentrations

Source: Laboratory of Dr. Michael Evans &#8212; Georgia Institute of Technology
A solution is a homogeneous mixture containing some components in small ...

spectrophotometric-determination-of-an-equilibrium-constant

Spectrophotometric Determination of an Equilibrium Constant

Source: Laboratory of Dr. Michael Evans &#8212; Georgia Institute of Technology
The equilibrium constant, K, for a chemical system is the ratio of product ...

using-differential-scanning-calorimetry-to-measure-changes-in-enthalpy

Using Differential Scanning Calorimetry to Measure Changes in Enthalpy

Source: Laboratory of Dr. Terry Tritt &#8212; Clemson University
Differential Scanning Calorimetry (DSC) is a method of thermodynamic analysis based on ...

Schlenk Lines Transfer of Solvents

Source: Hsin-Chun Chiu and Tyler J. Morin, laboratory of Dr. Ian Tonks&#8212;University of Minnesota Twin Cities
Schlenk lines and high vacuum lines are ...

Construct and revise an explanation for the outcome of a simple chemical reaction based on the outermost electron states of atoms, trends in the periodic table, and knowledge of the patterns of chemical properties.

HS-PS1-2.

Chemical Equations

Chemical equations represent the identities and relative quantities of substances involved in a chemical reaction. The substances undergoing reaction are ...

Chemical Reactions in Aqueous Solutions

Chemical substances interact in many different ways. Certain chemical reactions exhibit common patterns of reactivity. Due to the vast number of chemical ...

Precipitation Reactions

In a precipitation reaction, aqueous solutions of soluble salts react to give an insoluble ionic compound &#x2013; the precipitate. The reaction occurs ...

Oxidation-Reduction Reactions

Oxidation&ndash;Reduction Reactions

Earth&rsquo;s atmosphere contains about 20% molecular oxygen, O2, a chemically reactive gas that plays an essential ...

Oxidation Numbers

In redox reactions, the transfer of electrons occurs between reacting species. Electron transfer is described by a hypothetical number called the ...

Acids, Bases and Neutralization Reactions

An acid-base reaction is one in which a hydrogen ion, H+, is transferred from one chemical species to another. Such reactions are of central importance to ...

Synthesis and Decomposition Reactions

Synthesis and decomposition are two types of redox reactions. Synthesis means to make something, whereas decomposition means to break something. The ...

Develop a model to illustrate that the release or absorption of energy from a chemical reaction system depends upon the changes in total bond energy.

HS-PS1-4.

Reaction Rate

The rate of reaction is the change in the amount of a reactant or product per unit time. Reaction rates are therefore determined by measuring the time ...

Measuring Reaction Rates

Polarimetry finds application in chemical kinetics to measure the concentration and reaction kinetics of optically active substances during a chemical ...

Apply scientific principles and evidence to explain how the rate of a physical or chemical change is affected when conditions are varied.

Protein Interaction Capture Methods in Cells

Description

Transcript

Tags

More videos by Standards