La digestión de proteínas comienza en el estómago, donde el ambiente altamente ácido puede alterar fácilmente la estructura proteica mediante la exposición de los enlaces peptídicos de las cadenas de polipéptidos. Después de que las cadenas de polipéptidos se dividen en aminoácidos individuales por una serie de enzimas digestivas, los aminoácidos se transportan al hígado a través del torrente sanguíneo para producir energía.
La pepsina es una proteasa, o enzima que digiere proteínas, que se produce en el estómago y es una de las principales enzimas digestivas en el sistema digestivo humano. Trabajando en conjunto con quimotripsina y tripina liberada en el intestino delgado, la pepsina corta los eslabones entre tipos específicos de aminoácidos para formar cadenas de polipéptidos más cortas. Otras enzimas, llamadas peptidasas, luego se separan de un aminoácido a la vez que de los extremos de estas cadenas de polipéptidos. El intestino delgado puede absorber fácilmente los aminoácidos resultantes.
El hígado juega un papel esencial en el metabolismo de las proteínas. Las células hepáticas alteran los aminoácidos digeridos del intestino delgado para que puedan ser utilizados para producir energía o carbohidratos y grasas. Un subproducto de este proceso es una sustancia tóxica llamada amoníaco, que el hígado luego convierte en una sustancia mucho menos tóxica llamada urea. La urea luego se libera en la sangre y se transporta a los riñones, que excretan la urea fuera del cuerpo a través de la orina.
