Las proteínas alostéricas tienen más de un sitio de unión al ligando; la unión de un ligando a cualquiera de estos sitios influye en la unión de los ligandos a los otros sitios. Cuando una proteína es alostérica, sus sitios de unión se denominan acoplados o enlazados, mientras que en el caso de las enzimas, el sitio que se une al sustrato se conoce como sitio activo y el otro sitio se conoce como sitio regulador. Cuando un ligando se une al sitio regulador, esto conduce a cambios conformacionales en la proteína que pueden influir en el sitio activo de la proteína.

Los enlaces de sitios de unión pueden causar una regulación positiva o negativa de la unión del ligando a otros sitios. En los casos en que ambos ligandos prefieren unirse a la misma conformación de una proteína, la unión en un sitio aumenta la afinidad del otro sitio por su respectivo ligando. Esto se conoce como vinculación positiva. Por otro lado, si los ligandos prefieren unirse a diferentes conformaciones, la unión de un ligando dificultará que el segundo ligando se una a la proteína. Esto se conoce como enlace negativo.