El grado de compactación de la cromatina se puede estudiar mediante la tinción de la cromatina utilizando colorantes específicos de unión al ADN. Bajo el microscopio, las regiones densamente compactadas absorben más tinte, apareciendo más oscuras, mientras que las áreas menos compactas absorben menos tinte y parecen más claras. Según el nivel de compactación, las cromatinas se clasifican en dos formas principales: eucromatina y heterocromatina.

La eucromatina es la región menos densa de la cromatina y se tiñe más clara. La eucromatina contiene la histona H3 ampliamente acetilada sobre la lisina en la 9ª posición de la región de la cola de la histona. Las histonas en la región promotora tienen lisina 4 metilada y fosforilación de la posición 10. La acetilación extensiva reduce la atracción entre las histonas y el ADN, aflojando la cromatina. Durante la interfase, la eucromatina se puede encontrar dispersa por todo el núcleo celular. Se replica durante toda la duración de la fase S de la división celular.