Microarrays de ADN

Un microarray de ADN contiene miles de sondas de ADN monocatenario dispuestas en una rejilla en un chip de vidrio o silicio. El ADN de interés está marcado con fluorescencia y puede hibridarse con su sonda complementaria en el microarray.

Esta técnica permite la medición simultánea de las concentraciones relativas de secuencias específicas de ADNc.

Comúnmente, los microarrays de ADN se utilizan para cuantificar la expresión génica midiendo los niveles de ADNc correspondientes a transcripciones particulares de ARNm.

Otros usos incluyen la detección de la unión de factores de transcripción en la cromatina o la identificación de variaciones de un solo nucleótido en el ADN genómico.

Las sondas de microarrays para medir el ARNm son segmentos de ADN monocatenario que corresponden a la región codificante de cada gen que se va a analizar. Los nucleótidos de la sonda pueden copiarse del ADN genómico mediante PCR o sintetizarse directamente en la superficie del chip.

Estas sondas están unidas covalentemente a un chip formando una matriz de puntos, donde cada sitio representa un solo objetivo. Por lo tanto, un microchip de ADN puede analizar decenas de miles de genes.

Para un análisis de todo el genoma, el contenido total de ARNm se aísla de las células de un organismo y se convierte en ADNc marcados con fluorescencia. Cuando esta muestra se expone a un chip de micromatriz de ADN, las sondas se emparejan con sus ADNc complementarios.

La señal fluorescente en cada punto es directamente proporcional a la cantidad de ADNc unido, y puede ser analizada por el software adecuado para cuantificar la expresión génica.

Aunque este análisis no arroja las concentraciones absolutas de los ARNm, se puede utilizar para comparar sus concentraciones relativas, es decir, los niveles de expresión génica, en dos muestras en diferentes condiciones.

Una muestra de referencia podría etiquetarse con un fluoróforo verde, mientras que una muestra de prueba se etiquetaría en rojo.

Si la muestra de prueba tiene una expresión más baja que la muestra de referencia, la mancha aparece en verde, mientras que una expresión más alta se indica con una mancha roja. El amarillo indica niveles de expresión iguales en ambas muestras.