El grado de compactación de la cromatina se puede estudiar mediante la tinción de la cromatina utilizando colorantes específicos de unión al ADN. Bajo el microscopio, las regiones densamente compactadas que absorben más tinte se denominan heterocromatina. La heterocromatina se clasifica a su vez en dos formas: heterocromatina constitutiva y heterocromatina facultativa.
Heterocromatina constitutiva: Es una región muy compacta de la cromatina que se concentra principalmente en el centrómero y el telómero. A diferencia de la eucromatina, el aminoácido en la 9ª posición en la cola de histonas H3 está di- o tri-metilado. Esto atrae una proteína no histona especializada llamada proteína heterocromatina 1 (HP1) al sitio metilado. Representa la región reprimida de la cromatina. Los cromosomas humanos 1,9,16 y el cromosoma Y en los hombres humanos contienen una gran porción de heterocromatina constitutiva.
Heterocromatina facultativa: Esta región es más densa que la eucromatina, pero, a diferencia de la heterocromatina constitutiva, la lisina en la posición 27 de la cola de la histona H3 está di- o tri-metilada (H3K27me3). Estas regiones se caracterizan por la unión de los complejos represivos Polycomb: PRC1 y PRC2. Se cree que el dominio PRC2 se une primero e inicia la formación de heterocromatina. Los complejos PRC2 contienen histonas desacetilasas, enzimas que inhiben la transcripción y causan la represión de la cromatina. Además, el complejo PRC2 también contiene el dominio catalítico de varias metiltransferasas de histonas que generan di-trimetil lisinas. A continuación, PRC 1 se une a los nucleosomas metilados y condensa la cromatina en una estructura compacta, inhibiendo la transcripción.
