Name: protein interaction capture methods in cells
Uploaded: 2023-04-30T06:31:42.000Z
Duration: 8 min 8 s
Channel: JoVE

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Physical Science

HS. Chemical Reactions

HS-PS1-5.

co-immunoprecipitation-and-pull-down-assays

Co-Immunoprecipitation and Pull-Down Assays

La co-immunoprécipitation (CoIP) et les tests pull-down sont des méthodes étroitement liées pour identifier les interactions protéine-protéine stables. Ces méthodes sont liées à l’immunoprécipitation, une méthode permettant de séparer une protéine cible liée à un anticorps des protéines non liées. Dans la CoIP, une protéine liée à l’anticorps est elle-même liée à une autre protéine qui ne se lie pas à l’anticorps, ceci est suivi d’un processus de séparation qui préserve le complexe protéine-protéine. La différence avec les tests pull-down est que les protéines d’appât marquées par affinité remplacent les anticorps, et la chromatographie d’affinité est utilisée pour isoler les complexes protéine-protéine. 
Cette vidéo explique la CoIP, les tests pull-down et leur mise en œuvre en laboratoire. Un protocole étape par étape pour chaque technique est couvert, y compris les réactifs, les appareils et les instruments utilisés pour purifier et analyser les protéines liées. De plus, la section applications de cette vidéo décrit une procédure pour étudier comment les protéines myxovirales inhibent la nucléoprotéine de la grippe, une étude du rôle des ions calcium dans la calmoduline via un test pull-down et un test pull-down modifié pour caractériser les interactions protéiques transitoires.

immunoprécipitation d'un complexe de protéines (co-ip) avec ou sans marqueur (tag)

Co-immunoprécipitation (Pico) et menu déroulant dosages sont étroitement apparentées de méthodes pour identifier les interactions protéine-protéine stable. Ces méthodes sont liées à l’immunoprécipitation, une méthode pour séparer une protéine cible liée à un anticorps des protéines non liés. Pico, une protéine de liaison anticorps est liée à une autre protéine qui ne se lie pas avec l’anticorps, il est suivi par un processus de séparation qui préserve les protéines complexes. La différence dans les essais de la liste déroulante est que protéines d’affinité-tag appât remplacement anticorps et chromatographie d’affinité est utilisée pour isoler des complexes protéine-protéine.
Cette vidéo explique Pico, menu déroulant dosages et leur mise en œuvre dans le laboratoire. Un protocole étape par étape pour chaque technique est couvert, y compris les réactifs, les appareils et les instruments permettant de purifier et d’analyser les protéines liées. En outre, la section des applications de cette vidéo décrit une procédure pour étudier comment les protéines myxovirus inhibent la nucléoprotéine de grippe, une enquête sur le rôle des ions de calcium à la calmoduline via un menu déroulant dosage et d’un test mis à jour le menu déroulant pour caractériser les interactions entre protéines transitoires.
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Interactions protéines-protéines jouent un rôle important dans une grande variété de fonctions biologiques. La plupart des interactions protéine-protéine et leurs effets biologiques doivent encore être identifiés. Co-Immunoprécipitation, ou Pico et menu déroulant dosages sont deux méthodes apparentées pour l’identification des interactions protéine-protéine stable. Cette vidéo couvre les principes des deux essais, leurs procédures générales de laboratoire et les applications de ces techniques.
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Pico et menu déroulant dosages sont des variantes d’immunoprécipitation, une méthode pour isoler sélectivement une espèce de protéine d’une solution complexe. Dans une expérience d’immunoprécipitation, un anticorps spécifique d’une protéine cible est autorisé pour former un complexe immun avec cet objectif dans l’échantillon. Le complexe est ensuite capturé sur un support solide, généralement la protéine une limite d’une bille de Sépharose. Aucune protéine ne pas capturées est éliminées par étapes de centrifugation. La protéine est ensuite libérée de l’anticorps et le support solide en faisant bouillir dans la réduction de tampon de chargement d’échantillons SDS-PAGE.
Co-immunoprécipitation est réalisée de la même façon, sauf que les complexes de protéine intacte sont capturés sur le support solide. L’anticorps se lie à la protéine cible qui, à son tour, est liée à une autre protéine qui n’est pas ciblée par l’anticorps. Comme dans l’immunoprécipitation, le complexe protéique est libéré de l’anticorps et le support solide en portant à ébullition pour réduire la mémoire tampon échantillon de chargement SDS-PAGE.
Menu déroulant essais sont similaires aux co-immunoprécipitation, ne différant que par l’utilisation d’une protéine « appât », par opposition à un anticorps. Par le biais de techniques de biologie moléculaire, cette protéine appât est conçue avec une balise d’affinité, comme une série de résidus histidine. Ces balises d’affinité sont décrites dans « axée sur la chromatographie des séparations de biomolécule ». La protéine est ensuite capturée sur un ligand immobilisé affinité spécifique pour la balise. La protéine capturée est ensuite incubée auprès d’un échantillon qui contient des protéines qui forment des complexes avec le « appât ». Le complexe protéique est libéré de la prise en charge de l’affinité de lavage avec une solution contenant un spécifique de l’analyte compétitif pour la balise sur la protéine « appât ». Menu déroulant dosages sont utiles afin de confirmer les interactions protéine prédites par co-immunoprécipitation et pour découvrir les interactions de protéine inconnue.
Maintenant que les principes de co-immunoprécipitation et menu déroulant dosages ont été discutées, regardons leurs procédures de laboratoire.
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Première nous allons discuter de co-immunoprécipitation. À une série de microtubes, le texte suivant est ajouté : tampon PBS et une solution de 50 % de protéine A-Sépharose, un complexe de résine-protéine qui se lie à l’anticorps. Les microtubes sont tournées pour assurer la distribution correcte, et puis la résine est lavée avec tampon PBS supplémentaire. Cellule lysat, contenant la protéine désirée et 2 μg d’anticorps sont ajoutés aux microtubes et le mélange est tourné pendant 1 h à 4 ° C. Les perles sont granulées par centrifugation, le surnageant est jeté et les perles re-laver trois fois avec le tampon à supprimer non lié aux protéines. Les perles contenant le complexe protéine-anticorps sont dans la réduction de tampon de chargement d’échantillons SDS-PAGE, pour enlèvement du complexe de l’anticorps et analyse par SDS-PAGE et immunoblotting.
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Maintenant, nous allons discuter de la procédure pour des dosages de menu déroulant : la protéine « appât » s’exprime dans un plasmide avec la balise appropriée d’affinité. Après avoir atteint la croissance phase logarithmique, les cellules sont lysées et puis centrifugés. Streptavidine-Sépharose suspension perles, qui capturent de protéine de biotine-étiquetée « appât », sont distribués dans un tube à centrifuger. Les perles sont ensuite centrifugés et le surnageant sera enlevé par aspiration. Les perles sont ensuite lavées avec tampon, centrifugé et le surnageant supprimé.
Les cellules contenant la protéine putative de « proie », qui a une affinité pour la protéine « appât », sont récoltées par centrifugation. Le surnageant est ensuite ajouté à du tube à centrifuger contenant de la résine et incubé à 4 ° C pendant 3 h sur un agitateur. La résine est ensuite centrifugé, le surnageant supprimé, et la résine lavé pour enlever non lié aux protéines. Tampon d’élution est ajouté à la résine, et le mélange est incubé à température ambiante pendant 30 min sur un agitateur. La résine est ensuite centrifugée et le surnageant contenant le complexe désiré est analysé par immunoblotting.
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Maintenant que nous avons passé en revue les procédures, nous allons étudier certaines applications utiles de co-immunoprécipitation et dosages de menu déroulant.
Co-Immunoprécipitation peut être utile dans la compréhension des mécanismes des enzymes d’action. Protéines de résistance Myxovirus ou Mx-, inhibent un large éventail de virus, y compris la grippe A, dont le mécanisme est mal compris. Co-Immunoprécipitation a été utilisé pour étudier l’interaction entre la souris protéine Mx1 et la nucléoprotéine grippe.
Menu déroulant dosages sont avérés utiles pour étudier les effets de seconds messagers, qui sont des protéines qui communiquent un signal provenant de l’environnement cellulaire. Elles constituent un élément d’une voie de signalisation où plusieurs protéines interagissent en réponse à des stimuli environnementaux. Les ions calcium agissent comme des messagers secondaires en se liant à la calmoduline, qui, à son tour, se lie à une grande variété de protéines, médiation de nombreux types de réponses biologiques. Sans le calcium, la protéine ne peut pas lier à la calmoduline.</div>Un essai de menu déroulant a été mené afin de tester la capacité des protéines à lier à la calmoduline dans la présence ou l’absence d’ions calcium.
Co-Immunoprécipitation et menu déroulant dosages sont généralement utilisés pour l’analyse des interactions de protéine stable ou forte, mais pas transitoire. Un développement récent dans le menu déroulant dosages, la HaloTag, a simplifié l’étude des interactions entre protéines transitoires ; HaloTag est une balise de fusion de protéine codée génétiquement, fondue à la protéine d’intérêt, capable de réagir chimiquement avec un support solide haloalcanes. Si vous souhaitez l’analyse fonctionnelle, la protéine complexe, moins l’étiquette, dans son intégralité pourrait alors être isolée en incubant avec tabac etch protéase du virus.

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Vous avez juste regardé les vidéo de JoVE co-immunoprécipitation et dosages de menu déroulant. Cette vidéo décrit les principes de deux méthodes, les procédures générales de laboratoire et certaines de leurs applications.
Merci de regarder !
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Immunoprécipitation d'un complexe de protéines (co-IP) avec ou sans marqueur (tag)

Co-immunoprecipitation (CoIP) and pull-down assays are closely related methods to identify stable protein-protein interactions. These methods are related ...

Les interactions protéine-protéine jouent un rôle important dans une grande variété de fonctions biologiques. La majorité des interactions protéine-protéine et leurs effets biologiques n’ont pas encore été identifiés. La co-immunoprécipitation, ou CoIP, et les tests pull-down sont deux méthodes étroitement liées pour l’identification d’interactions protéine-protéine stables. Cette vidéo couvrira les principes des deux tests, leurs procédures générales de laboratoire et les applications de ces techniques. Les tests CoIP et pull-down sont des variantes de l’immunoprécipitation, une méthode permettant d’isoler sélectivement une espèce protéique à partir d’une solution complexe. Dans une expérience d’immunoprécipitation, on permet à un anticorps spécifique d’une protéine cible de former un complexe immunitaire avec cette cible dans l’échantillon. Le complexe est ensuite capturé sur un support solide, généralement la protéine A liée à une bille de sépharose. Toutes les protéines non capturées sont éliminées par les étapes de centrifugation. La protéine est ensuite libérée de l’anticorps et du support solide en faisant bouillir dans un tampon de chargement d’échantillon réducteur SDS-PAGE. La co-immunoprécipitation est effectuée de la même manière, sauf que les complexes protéiques intacts sont capturés sur le support solide. L’anticorps se lie à la protéine cible, qui, à son tour, est liée à une autre protéine qui n’est pas ciblée par l’anticorps. Comme dans l’immunoprécipitation, le complexe protéique est libéré de l’anticorps et du support solide par ébullition dans un tampon de chargement d’échantillon SDS-PAGE réducteur. Les tests pull-down sont similaires à la co-immunoprécipitation, ne différant que par l’utilisation d’une protéine « appât », par opposition à un anticorps. Grâce à des techniques de biologie moléculaire, cette protéine d’appât est modifiée avec une étiquette d’affinité, telle qu’une série de résidus d’histidine. Ces marqueurs d’affinité sont décrits dans « Chromatography-based Biomolecule Separations ». La protéine est ensuite capturée sur un ligand d’affinité immobilisé spécifique de l’étiquette. La protéine capturée est ensuite incubée avec un échantillon qui contient des protéines qui forment des complexes avec l'« appât ». Le complexe protéique est libéré du support d’affinité par lavage avec une solution contenant un analyte compétitif spécifique de l’étiquette sur la protéine « appât ». Les tests pull-down sont utiles pour confirmer les interactions protéiques prédites par la co-immunoprécipitation et pour découvrir des interactions protéiques inconnues. Maintenant que les principes de la co-immunoprécipitation et des tests de traction ont été discutés, examinons leurs procédures de laboratoire. Parlons d’abord de la co-immunoprécipitation. À une série de tubes microfuges, on ajoute : un tampon PBS et une solution à 50 % de protéine A-sépharose, un complexe résine-protéine qui se lie à l’anticorps. Les tubes microfuges sont tournés pour assurer une bonne distribution, puis la résine est lavée avec un tampon PBS supplémentaire. Du lysat cellulaire, contenant la protéine souhaitée, et 2 μg d’anticorps sont ajoutés aux tubes de microfuge, et le mélange est tourné pendant 1 h à 4 °C. Les billes sont granulées par centrifugation, le surnageant est jeté et les billes sont lavées trois fois avec un tampon pour éliminer les protéines non liées. Les billes contenant le complexe anticorps-protéine servent à réduire le tampon de chargement d’échantillon SDS-PAGE, à éliminer le complexe de l’anticorps et à être analysées par SDS-PAGE et immunoblottage. Nous allons maintenant discuter de la procédure des tests pull-down : la protéine « appât » est exprimée dans un plasmide avec l’étiquette d’affinité appropriée. Après avoir atteint la croissance en phase logarithmique, les cellules sont lysées, puis centrifugées. Des billes de streptavidine-sépharose en suspension, qui capturent la protéine « appât » marquée à la biotine, sont pipetées dans un tube de microfuge. Les billes sont ensuite centrifugées et le surnageant est soigneusement éliminé par aspiration. Les billes sont ensuite lavées avec un tampon, centrifugées et le surnageant éliminé. Les cellules contenant la protéine présumée « proie », qui a une affinité pour la protéine « appât », sont récoltées par centrifugation. Le surnageant est ensuite ajouté au tube de microfuge contenant la résine, et incubé à 4 ? C pendant 3 h sur un agitateur. La résine est ensuite centrifugée, le surnageant éliminé et la résine lavée pour éliminer les protéines non liées. Un tampon d’élution est ajouté à la résine et le mélange est incubé à température ambiante pendant 30 min sur un agitateur. La résine est ensuite centrifugée et le surnageant contenant le complexe souhaité est analysé par immunoblottage. Maintenant que nous avons passé en revue les procédures, examinons quelques-unes des applications utiles de la co-immunoprécipitation et des tests de traction. La co-immunoprécipitation peut être utile pour mieux comprendre le mécanisme d’action des enzymes. Les protéines de résistance aux myxovirus, ou Mx-, inhibent un large éventail de virus, y compris la grippe A, dont le mécanisme est mal compris. La co-immunoprécipitation a été utilisée pour étudier l’interaction entre la protéine Mx1 de souris et la nucléoprotéine de la grippe. Les tests pull-down se sont avérés utiles pour étudier les effets des seconds messagers, qui sont des protéines qui communiquent un signal de l’environnement cellulaire. Ils sont un composant d’une voie de signalisation où plusieurs protéines interagissent en réponse à des signaux environnementaux. Les ions calcium agissent comme des messagers secondaires en se liant à la calmoduline, qui, à son tour, se lie à une grande variété de protéines, médiant de nombreux types de réponses biologiques. Sans calcium, la protéine ne peut pas se lier à la calmoduline. Un test pull-down a été effectué pour tester la capacité des protéines à se lier à la calmoduline en présence ou en l’absence d’ions calcium. Les tests de co-immunoprécipitation et de pull-down sont généralement utilisés pour analyser les interactions protéiques stables ou fortes, mais pas les interactions transitoires. Un développement récent dans le domaine des tests pull-down, le HaloTag, a simplifié l’étude des interactions protéiques transitoires ; HaloTag est un marqueur de fusion de protéines génétiquement codé, fusionné à la protéine d’intérêt, capable de réagir chimiquement avec un support solide d’haloalcane. Si une analyse fonctionnelle est souhaitée, le complexe protéique, moins l’étiquette, dans son intégralité, pourrait alors être isolé par incubation avec de la protéase virale de gravure du tabac. Vous venez de regarder la vidéo de JoVE sur la co-immunoprécipitation et les tests de traction. Cette vidéo décrivait les principes des deux méthodes, les procédures générales de laboratoire et certaines de leurs applications. Merci d’avoir regardé !

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protein interaction capture methods in cells

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody.

In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the antibody does not recognize. The intact protein complex is collected on a solid support, such as protein A on sepharose beads, so the interaction is preserved during separation. In pull-down assays, the bait protein is tagged instead of using an antibody. The tagged bait is captured by affinity chromatography and used to isolate the proteins that bind to it.

The CoIP procedure begins with PBS buffer and protein A-sepharose in microfuge tubes. The tubes are rotated, washed, and then mixed with cell lysate and about 2 micrograms of antibody. After 1 hour at 4 degrees Celsius, the beads are centrifuged, washed three times, and placed in reducing SDS-PAGE sample-loading buffer. The released proteins are then analyzed by SDS-PAGE and immunoblotting.

The pull-down procedure uses a bait protein expressed with an affinity tag, such as a series of histidine residues or a biotin tag. After the cells reach log-phase growth, they are lysed and centrifuged. Streptavidin-sepharose beads can capture the biotin-tagged bait, and the beads are then washed before the putative prey protein is added. The mixture is incubated at 4 degrees Celsius for 3 hours on a shaker, washed again, and eluted with buffer. The final complex is analyzed by immunoblotting.

These methods are useful for confirming predicted protein interactions and for finding unknown ones. CoIP has been used to study how mouse Mx1 protein interacts with influenza nucleoprotein, which helps explain the action of myxovirus resistance proteins against influenza A. Pull-down assays have also been used to test how calcium ions affect calmodulin binding, since calmodulin binds many proteins only when calcium is present. For transient protein interactions, a modified pull-down approach using HaloTag can help, and tobacco etch virus protease can remove the tag if functional analysis is needed.

Protein Interaction Capture Methods in Cells

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dialysis: diffusion based separation

Dialysis for Buffer Exchange in Biochemistry

Dialysis is a common biochemistry technique for buffer exchange and desalting. It separates molecules by diffusion through a semipermeable membrane, which lets small molecules pass while holding larger biomolecules inside the sample. The membrane is the key part of the setup. Its pores create a molecular weight cutoff, so a membrane such as a 10 kDa membrane usually keeps molecules larger than 10 kilodaltons inside. This cutoff is not exact, because membranes have a range of pore sizes.

enzyme assays and kinetics

Measuring Enzyme Reaction Rates

Enzyme reaction rates can be measured with assays that track how substrate or product levels change over time. Enzymes are proteins, or sometimes RNAs, that speed up chemical reactions by lowering the activation energy needed to start them. They act on a specific substrate and help form a product that supports life processes. Enzymatic reactions are often described in three steps. First, the substrate binds to the enzyme active site and forms an enzyme-substrate complex. That complex can fall...

maldi-tof mass spectrometry

How MALDI-TOF Reads Biomolecules

MALDI-TOF mass spectrometry reads biomolecules by using a laser, a matrix, and a time-of-flight analyzer. MALDI, or matrix-assisted laser desorption ionization, helps fragile molecules keep their structure while they are moved into the mass analyzer. The analyzer then separates compounds based on size and charge. In MALDI, the sample is mixed into a matrix, usually an organic compound with aromatic and conjugated double bonds. A laser pulse strikes the spot, and the matrix absorbs most of the...

tandem mass spectrometry

Tandem Mass Spectrometry for Biomolecule Analysis

Tandem mass spectrometry is used to isolate a biomolecule and break it into smaller pieces so its makeup can be studied. Because biomolecules often have large, complex structures, it can be hard to identify their molecular composition and sequence from a single measurement. By linking mass spectrometers in series, the technique first selects one ion and then analyzes the fragments it produces. The process starts with an ion source that converts the sample into ions. A mass analyzer then...

protein crystallization

Protein Crystals for Structure Analysis

Protein crystals help scientists study protein structure and function. A crystal is a solid lattice made from purified protein molecules. These crystals are useful in structural biology because they reveal details that methods like mass spectrometry and SDS-PAGE cannot show on their own. Protein crystallization is paired with recombinant protein expression and x-ray diffraction to support this work. The process starts with a large amount of very pure protein. Researchers often make that...

chromatography-based biomolecule purification methods

chromatography-based-biomolecule-purification-methods

Protein Purification with SEC and IMAC

Protein purification with size-exclusion chromatography and affinity chromatography helps isolate biomolecules from complex mixtures. These methods are common in biochemistry because purified samples are needed before a biomolecule’s properties and activity can be studied. The video focuses on the principles behind size-exclusion chromatography, affinity chromatography, and immobilized metal affinity chromatography, or IMAC. Size-exclusion chromatography, or SEC, separates molecules by size. A...

two-dimensional gel electrophoresis

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis

Protein mapping with 2D gel electrophoresis separates complex protein mixtures across two steps. The method combines isoelectric focusing, or IEF, with sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, or SDS-PAGE. Together, these methods can resolve thousands of biomolecules from a single sample by their isoelectric point and molecular weight. The first dimension is IEF. Each protein has an isoelectric point, or pI, which is the pH where its net charge is zero. Proteins are loaded...

metabolic labeling

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels

Metabolic labeling tracks cell chemistry by using chemical analogs that cells take up and build into biomolecules. These labels help scientists follow biochemical changes and modifications inside cells. The labeled products can then be studied with tools such as SDS-PAGE and NMR to learn more about metabolic pathways. Several labeling strategies are shown here. Isotopic labeling uses analogs that match the natural molecule but contain uncommon isotopes, such as carbon-13 and nitrogen-15 in an...

electrophoretic mobility shift assay (emsa)

electrophoretic-mobility-shift-assay-emsa

Detecting Protein-DNA Binding by EMSA

Electrophoretic mobility shift assay, or EMSA, is a biochemical method used to detect binding between proteins and nucleic acids. It is also called a gel shift assay. The test compares how a labeled nucleic acid moves through a gel before and after it binds a protein. EMSA is used to see whether a specific protein binds to a specific nucleic acid. First, the nucleic acid is labeled to make a probe. The transcript describes radioactive phosphorus-32 as a common label. The probe is then mixed...

photometric protein determination

Measuring Protein Concentration with Absorbance

Measuring protein concentration with absorbance is a key step in many biochemical assays. Photometric methods use the fact that samples with more light-absorbing material transmit less light. Because concentration and absorption are directly related, this makes it possible to measure an unknown sample. The core idea comes from the Beer-Lambert Law. This law states that the concentration of a light-absorbing species is proportional to its absorbance. The video also introduces the Bradford assay...

density gradient ultracentrifugation

Sucrose Gradient Separation in an Ultracentrifuge

Sucrose gradient separation in an ultracentrifuge is a lab method for isolating cell parts and biomolecules. It uses differences in density to make particles sink or rise in a liquid. A high-speed ultracentrifuge speeds up this process so components can be separated without destroying them. The basic idea starts with a suspension, which is particles mixed in a liquid solvent. Particles that are denser than the solvent sediment, while less dense particles float. A rotor inside the...

co-immunoprecipitation and pull-down assays

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody. In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the...

reconstitution of membrane proteins

Membrane Proteins in Liposome Models

Membrane proteins can be moved into liposome models so their function can be studied outside a cell. Reconstitution means restoring an isolated biomolecule to a working form. For membrane proteins, that usually means placing a purified protein into an artificial lipid membrane. Cell membranes are made mainly of phospholipids and membrane proteins. The phospholipids form a bilayer with hydrophilic phosphate heads facing water and hydrophobic fatty acid tails facing inward. Some membrane...

f&#246;rster resonance energy transfer (fret)

FRET as a Molecular Ruler in Cells

Föster resonance energy transfer, or FRET, is a way to study close-range biochemical interactions using light-emitting molecules. A donor fluorophore can pass energy to an acceptor fluorophore when their emission and absorption spectra overlap. This transfer happens only when the pair is very close together, usually within 10 nm. Because FRET depends on distance, it is often called a molecular or spectroscopic ruler. The strength of the signal is measured as FRET efficiency, which describes...

surface plasmon resonance (spr)

SPR Biosensors for Tracking Binding Kinetics

Surface plasmon resonance, or SPR, is a way to track biomolecular binding on a label-free biosensor. It is used to measure molecular affinity, kinetics, specificity, and concentration. The method works with a thin metal layer on a prism, where changes in reflected light reveal interactions in real time. SPR sensors use a thin layer of a noble metal on the face of a prism. Light is reflected from the prism-metal interface into a photodetector. At one specific angle, called the surface plasmon...

biochemistry

Cette collection présente des méthodes de purification couramment utilisées, comme la chromatographie d'affinité, ainsi que des méthodes analytiques, comme le MALDI-TOF. En outre, les vidéos présentent des méthodes permettant d'évaluer l'interaction et la fonction des biomolécules, telles que la co-immunoprécipitation et le marquage métabolique.

Learn how CoIP and pull-down assays capture protein-protein interactions, from bead-based lab steps to examples with influenza proteins and calmodulin.

Protein Interaction Capture Methods in Cells | JoVE K12

Life Science

Structure and Function

HS-LS1-2.

matter-and-energy-in-organisms-and-ecosystems

Matter and Energy in Organisms and Ecosystems

HS-LS1-6.

Overview

Principles of Co-Immunoprecipitation and Pull-Down Assays

Protocol for Co-Immunoprecipitation

Protocol for Pull-Down Assays

Applications

Summary

The Periodic Table

As early chemists discovered more elements, they realized that various elements could be grouped by their similar chemical behaviors. One such grouping ...

Alkali Metals

Group 1 elements are soft and shiny metallic solids. They are malleable, ductile, and good conductors of heat and electricity. The melting points of the ...

Halogens

Group 17 elements, known as halogens, are nonmetals. At room temperature, fluorine and chlorine are gases, bromine is a liquid, and iodine a solid. ...

Noble Gases


The elements in group 18 are noble gases (helium, neon, argon, krypton, xenon, and radon). They earned the name &ldquo;noble&rdquo; because they were ...

Classifying Matter by State

Chemistry is the study of matter and the changes it undergoes. Matter is anything that has mass and occupies space. Matter is all around us; the air, ...

Classifying Matter by Composition

Matter: Pure Substances and Mixtures
According to its composition, the matter can be classified into two broad categories &mdash; pure substances and ...

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Physical and Chemical Properties of Matter

The characteristics that enable us to distinguish one substance from another are called properties.

Physical Properties of Matter

A physical property is ...

Types of Chemical Bonds

Chemical bonding theories were pioneered by American chemist Gilbert&#xA0;N. Lewis. He developed a model called the Lewis model to explain the type and ...

Lewis Symbols and the Octet Rule

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The Born-Haber Cycle

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Trends in Lattice Energy: Ion Size and Charge

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Covalent Bonding and Lewis Structures

Compared to ionic bonds, which results from the transfer of electrons between metallic and nonmetallic atoms, covalent bonds result from the mutual ...

Electronegativity

Whether a bond is nonpolar or polar covalent is determined by a property of the bonding atoms called electronegativity.&#xA0;

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Ionization Energy

The amount of energy required to remove the most loosely bound electron from a gaseous atom in its ground state is called its first ionization energy ...

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Bond Polarity, Dipole Moment, and Percent Ionic Character

Bond Polarity

The absolute value of the difference in electronegativity (&Delta;EN) of two bonded atoms provides a rough measure of the polarity to be ...

Electron Affinity

The electron affinity (EA) is the energy change for adding an electron to a gaseous atom to form an anion (negative ion).



This process can be either ...

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Lewis Structures of Molecular Compounds and Polyatomic Ions

To draw Lewis structures for complicated molecules and molecular ions, it is helpful to follow a step-by-step procedure as outlined:


	Determine the ...

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Assembly of a Reflux System for Heated Chemical Reactions

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Many chemical experiments require elevated temperatures before any reaction is ...

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The Lewis structure of a nitrite anion (NO2&minus;) may actually be drawn in two different ways, distinguished by the locations of the N-O and N=O ...

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Conducting Reactions Below Room Temperature

Source: Laboratory of Dr. Dana Lashley - College of William and Mary
Demonstration by: Matt Smith
When new bonds are formed in the course of a chemical ...

Formal Charges

In some cases, there are seemingly more than one valid Lewis structures for molecules and polyatomic ions. The concept of formal charges can be used to ...

Coordination Chemistry Complexes

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
Transition metals are found everywhere from vitamin ...

Exceptions to the Octet Rule

Many covalent molecules have central atoms that do not have eight electrons in their Lewis structures. These molecules fall into three categories:


	...

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Determining Rate Laws and the Order of Reaction

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
All chemical reactions have a specific rate defining the ...

Bond Energies and Bond Lengths

Stable molecules exist because covalent bonds hold the atoms together. The strength of a covalent bond is measured by the energy required to break it, ...

Determining the Empirical Formula

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams - SUNY College of Environmental Science and Forestry
Determining the chemical formula of a compound is at the heart ...

Bonding in Metals

Metallic bonds are formed between two metal atoms. A simplified model to describe metallic bonding has been developed by Paul Dr&#xFC;de called the ...

determining-the-solubility-rules-of-ionic-compounds

Determining the Solubility Rules of Ionic Compounds

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
An ionic compound&#39;s solubility can be determined via ...

atomic-radii-and-effective-nuclear-charge

Atomic Radii and Effective Nuclear Charge

The elements in groups of the periodic table exhibit similar chemical behavior. This similarity occurs because the members of a group have the same number ...

Introduction to Catalysis

Source: Laboratory of Dr. Ryan Richards &#8212; Colorado School of Mines
Catalysis is among the most important fields of modern technology and presently ...

Ionic Radii

Ionic radius is the measure used to describe the size of an ion. A cation always has fewer electrons and the same number of protons as the parent atom; it ...

Introduction to Titration

Source: Laboratory of Dr. Yee Nee Tan &#8212; Agency for Science, Technology, and Research
Titration is a common technique used to quantitatively ...

Le Ch&#226;telier's Principle

Source: Laboratory of Dr. Lynne O&#39;Connell &#8212; Boston College
When the conditions of a system at equilibrium are altered, the system responds in ...

preparing-anhydrous-reagents-and-equipment

Preparing Anhydrous Reagents and Equipment

Source: Laboratory of Dr. Dana Lashley - College of William and Mary
Demonstrated by: Timothy Beck and Lucas Arney
Many reactions in organic chemistry are ...

Proton Exchange Membrane Fuel Cells

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
The United States consumes a large amount of energy &#8211; the current ...

Solutions and Concentrations

Source: Laboratory of Dr. Michael Evans &#8212; Georgia Institute of Technology
A solution is a homogeneous mixture containing some components in small ...

spectrophotometric-determination-of-an-equilibrium-constant

Spectrophotometric Determination of an Equilibrium Constant

Source: Laboratory of Dr. Michael Evans &#8212; Georgia Institute of Technology
The equilibrium constant, K, for a chemical system is the ratio of product ...

using-differential-scanning-calorimetry-to-measure-changes-in-enthalpy

Using Differential Scanning Calorimetry to Measure Changes in Enthalpy

Source: Laboratory of Dr. Terry Tritt &#8212; Clemson University
Differential Scanning Calorimetry (DSC) is a method of thermodynamic analysis based on ...

Schlenk Lines Transfer of Solvents

Source: Hsin-Chun Chiu and Tyler J. Morin, laboratory of Dr. Ian Tonks&#8212;University of Minnesota Twin Cities
Schlenk lines and high vacuum lines are ...

Construct and revise an explanation for the outcome of a simple chemical reaction based on the outermost electron states of atoms, trends in the periodic table, and knowledge of the patterns of chemical properties.

HS-PS1-2.

Chemical Equations

Chemical equations represent the identities and relative quantities of substances involved in a chemical reaction. The substances undergoing reaction are ...

Chemical Reactions in Aqueous Solutions

Chemical substances interact in many different ways. Certain chemical reactions exhibit common patterns of reactivity. Due to the vast number of chemical ...

Precipitation Reactions

In a precipitation reaction, aqueous solutions of soluble salts react to give an insoluble ionic compound &#x2013; the precipitate. The reaction occurs ...

Oxidation-Reduction Reactions

Oxidation&ndash;Reduction Reactions

Earth&rsquo;s atmosphere contains about 20% molecular oxygen, O2, a chemically reactive gas that plays an essential ...

Oxidation Numbers

In redox reactions, the transfer of electrons occurs between reacting species. Electron transfer is described by a hypothetical number called the ...

Acids, Bases and Neutralization Reactions

An acid-base reaction is one in which a hydrogen ion, H+, is transferred from one chemical species to another. Such reactions are of central importance to ...

Synthesis and Decomposition Reactions

Synthesis and decomposition are two types of redox reactions. Synthesis means to make something, whereas decomposition means to break something. The ...

Develop a model to illustrate that the release or absorption of energy from a chemical reaction system depends upon the changes in total bond energy.

HS-PS1-4.

Reaction Rate

The rate of reaction is the change in the amount of a reactant or product per unit time. Reaction rates are therefore determined by measuring the time ...

Measuring Reaction Rates

Polarimetry finds application in chemical kinetics to measure the concentration and reaction kinetics of optically active substances during a chemical ...

Apply scientific principles and evidence to explain how the rate of a physical or chemical change is affected when conditions are varied.

Protein Interaction Capture Methods in Cells

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