Diversité microbienne et fongique

Les micro-organismes sont définis comme des formes de vie trop petites pour être vues à l’œil nu. Mais bien que nous ne les voyions généralement pas, les microbes sont partout, faisant de bonnes choses comme aider notre digestion ou faire des yaourts et du vin, à des choses moins bonnes comme provoquer des infections ou des maladies.

En parlant d’infections, en 1928, Alexander Fleming est rentré de vacances dans son laboratoire et a remarqué une étrange contamination fongique sur l’une de ses plaques de culture bactérienne. Il est intéressant de noter que les colonies bactériennes situées immédiatement autour de la contamination avaient été détruites. Cette observation a conduit à de nombreuses recherches plus approfondies, qui ont finalement abouti au développement de la pénicilline et d’autres antibiotiques qui pourraient traiter les infections bactériennes. Pourtant, bien qu’ils puissent vivre côte à côte dans le monde microscopique, nous savons, en étudiant leurs formes et leurs phylogénies, que les bactéries et les champignons sont des organismes très différents et diversifiés. Passons brièvement en revue certaines des caractéristiques déterminantes de ces deux grands groupes.

Les bactéries sont des procaryotes unicellulaires, ce qui signifie qu’elles sont des organismes unicellulaires sans noyau. Toutes les bactéries ont une paroi cellulaire, mais sa composition et son épaisseur varient. Les bactéries à Gram positif ont une paroi cellulaire avec une épaisse couche de peptidoglycane, qui retient facilement les molécules de violet cristallin lors de la coloration de Gram. Cependant, les bactéries Gram négatif ont une paroi cellulaire mince entourée d’une membrane lipopolysaccharidique externe, et elles ne retiennent que la contre-couleur, la safranine de couleur rouge. La coloration de Gram permet également d’observer les formes bactériennes. Les bactéries rondes sont appelées cocci. Les bactéries en forme de bâtonnet sont appelées bacilles. Et les bactéries en forme de spirale sont appelées spirille. De plus, les colonies bactériennes peuvent également être caractérisées à l’œil nu, en utilisant des traits tels que la couleur, la forme et la taille de la colonie.

Jetons maintenant un coup d'œil aux champignons. Contrairement aux bactéries, les champignons sont eucaryotes, et leurs cellules ont donc des organites liés à une membrane et un noyau. Ils sont généralement classés en groupes en fonction de leurs stratégies de reproduction. Par exemple, les ascomycètes, ou champignons à sac, qui comprennent les morilles, le penicillium et les truffes, ont des fructifications appelées ascocarpes. Les morilles sont remplies de ces structures. Si nous les regardons de plus près, ils contiennent de nombreuses structures plus petites appelées asques, qui à leur tour contiennent de nombreuses ascospores formées lors de la reproduction sexuée. Cependant, les Ascomycètes se reproduisent souvent de manière asexuée par bourgeonnement. Le deuxième grand groupe de champignons que nous examinerons est celui des Basidiomycota, ou champignons de club. La plupart des champignons comestibles et vénéneux de la forêt sont en fait des structures reproductrices des Basidiomycètes. Dans ce groupe, ce que nous appellerions le chapeau de champignon est techniquement connu sous le nom de basidiocarpe. Chez les champignons à branchies, les branchies sous le basidiocarpe sont tapissées de minuscules structures appelées basides, et celles-ci produisent des basidiospores, des spores reproductrices microscopiques, pendant la reproduction sexuée. Ces spores sont généralement déboursées par le vent, comme de nombreuses graines de plantes. Ici, nous avons examiné plusieurs grands groupes de bactéries et de champignons, ainsi que les caractéristiques qui les définissent de manière très simplifiée. Cependant, en raison du grand nombre d’espèces microbiennes, plus d’un billion selon de nombreuses estimations, les scientifiques les identifient et les regroupent souvent à l’aide de méthodes supplémentaires, y compris l’examen de leur ADN.

Dans ce laboratoire, vous identifierez différentes espèces de bactéries à l’aide de la coloration de Gram et examinerez les caractéristiques des colonies. Vous examinerez également les espèces de champignons pour identifier leurs structures reproductives.