Évolution du génome microbien

Les génomes microbiens évoluent au fil du temps par l’acquisition et la perte de gènes.

Au sein d’une espèce, plusieurs souches héritent systématiquement d’un ensemble commun de gènes appelé génome central.

Par exemple, on estime que l’espèce bactérienne X possède environ 5 familles de gènes de base partagées entre les souches analysées.

De plus, certaines souches peuvent acquérir des gènes supplémentaires, souvent par transfert horizontal de gènes.

Le pangénome de l’espèce X est formé par l’ensemble complet des familles de gènes principales présentes dans les souches étudiées, ainsi que par les gènes supplémentaires présents dans de nombreuses souches.

Chez certaines espèces, le pangénome s’étend continuellement à mesure que de nouveaux ensembles de gènes sont acquis.

Ces gènes acquis peuvent être neutres voire nuisibles, entraînant des délétions génétiques courantes dans les génomes microbiens, tandis que la sélection naturelle conserve les gènes bénéfiques.

Ainsi, tous les gènes de la survie de base font partie du génome central d’une espèce.