Microbial Phylogeny

Un arbre phylogénétique représente des relations évolutives entre micro-organismes et repose souvent sur l’ADN, l’ARN ou les séquences protéiques.

Dans les phylogrammes, les espèces apparaissent à l’extrémité, et la longueur des branches reflète l’ampleur du changement de séquence.

Les arbres enracinés marquent des ancêtres communs et des points de divergence, tandis que les arbres non enracinés présentent des liens sans direction évolutive.

Les arbres phylogénétiques utilisent des séquences homologues, en particulier les orthologues, qui sont des gènes homologues séparés par spéciation.

Les gènes de petites sous-unités d’ARNr hautement conservés, comme le gène 16S rRNA, servent de marqueurs universels pour les comparaisons microbiennes.

L’ADN de ces gènes marqueurs dans les échantillons est séquencé.

Les séquences sont alignées pour identifier les incompatibilités et les lacunes dues aux insertions ou suppressions.

Ensuite, la distance évolutive est mesurée par le rapport des différences nucléotidiques par rapport au nombre total de positions alignées.

Les arbres phylogénétiques peuvent parfois être trompeurs lorsque des traits similaires évoluent indépendamment ou lorsque le transfert ho