Introduction à l’écologie microbienne

L’écologie microbienne est l’étude de la diversité microbienne et de la manière dont les micro-organismes interagissent au sein de divers écosystèmes.

Un écosystème est une unité fonctionnelle où les microbes interagissent à la fois avec des facteurs biotiques et abiotiques.

Dans ces écosystèmes, des habitats comme les feuilles, les racines et le sol hébergent de nombreux microbes. Les microbes de la même espèce forment une population.

Lorsque différentes populations coexistent et interagissent dans un habitat, elles forment une communauté microbienne.

Tous les micro-organismes d’un écosystème constituent le microbiote, et l’ensemble de leur matériel génétique est appelé microbiome.

La diversité microbienne au sein des communautés est mesurée par la richesse en espèces et l’abondance relative, toutes deux influencées par des facteurs tels que la disponibilité des nutriments et les conditions environnementales, notamment la température, le pH et les niveaux d’oxygène.

Par exemple, les sols riches en nutriments soutiennent une forte richesse en espèces, avec de nombreux microbes coexistant à des abondances modérées.

En revanche, les écosystèmes extrêmes comme les lacs acides riches en fer soutiennent une faible richesse en espèces mais une forte abondance de microbes spécialisés, tels qu’Acidithiobacillus ferrooxidans.