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Article de méthode

Hybridation de sonde et amplification de signal dans l’hybridation in situ de l’ARN : une technique de détection de séquences d’ARN spécifiques dans des coupes de tissus

3.2K vues

30 avril 2023

Dans cet article

Résumé

Source : Outh-Gauer, S. et al. Hybridation in situ chromogène comme outil de diagnostic du cancer de la tête et du cou lié au VPH. J. Vis. Exp. (2019)

Cette vidéo décrit une stratégie d’hybridation séquentielle qui consiste à hybrider des sondes d’ARNm avec des ARNm cibles spécifiques. Après l’hybridation de la sonde, l’amplification du signal est effectuée pour améliorer la résolution via la réduction du rapport signal/bruit pendant l’ARN-CISH des échantillons histologiques.

Protocole

Toutes les procédures impliquant des participants humains ont été effectuées conformément aux directives institutionnelles, nationales et internationales en matière de bien-être humain et ont été examinées par le comité d’examen institutionnel local.

1. Exécution du test

REMARQUE : Ne laissez pas les sections se dessécher entre les étapes d’incubation.

  1. Hybridation de la sonde HPV
    REMARQUE : Assurez-vous que les sondes sont préchauffées pour dissoudre toute précipitation avant utilisation. Pour cette étape, au lieu de la sonde HPV, la peptidyl-prolyl isomérase B (PPIB) pour le contrôle positif ou la dihydrodipicolinate réductase (DAPB) pour le contrôle négatif (voir le tableau des matériaux) peuvent également être utilisées.
    1. Tapotez et/ou effleurez les lames pour éliminer tout excès de liquide et placez-les dans le support de diapositives. Ajoutez ~4 gouttes de sonde HPV pour couvrir entièrement chaque section.
    2. Couvrez la plaque avec un couvercle et insérez-la dans le four pendant 2 h à 40 °C.
      REMARQUE : Pour éviter l’évaporation, assurez-vous que le bouton de rotation est complètement tourné en position de verrouillage.
    3. Sortez la plaque du four et retirez la grille coulissante.
    4. Une lame à la fois, retirez rapidement tout excès de liquide et placez la lame dans un support à glissières immergé dans un plat de coloration rempli de 1x tampon de lavage.
    5. Lavez les lames dans 1x tampon de lavage pendant 2 min à température ambiante avec une agitation constante. Répétez cette opération avec 1x tampon de lavage frais.
  2. Hybridation d’AMP1, AMP2, AMP3 et AMP4
    REMARQUE : Ces étapes comprennent l’hybridation dans le four d’hybridation et AMP1-AMP4 à partir du kit acheté (voir le tableau des matériaux).
    1. Tapotez et/ou effleurez pour retirer tout excès de liquide des lames et placez-les dans le support à glissières. Ajoutez ~4 gouttes d’AMP1 pour couvrir entièrement chaque section.
    2. Couvrez la plaque avec un couvercle et insérez-la dans le four pendant 30 min à 40 °C.
    3. Sortez la plaque du four et retirez la grille coulissante.
    4. Une lame à la fois, retirez rapidement tout excès de liquide et placez la lame dans un support à glissières immergé dans un plat de coloration rempli de 1x tampon de lavage.
    5. Lavez les lames dans 1x tampon de lavage pendant 2 min à température ambiante avec une agitation constante. Répétez cette opération avec 1x tampon de lavage frais.
    6. Répétez les étapes 1.2.1 à 1.2.5, mais utilisez ~4 gouttes d’AMP2 au lieu d’AMP1 et incubez pendant 15 min à 40 °C. Lavez les lames 2 fois pendant 2 min, les deux fois dans un tampon de lavage frais.
    7. Répétez les étapes 1.2.1 à 1.2.5, mais utilisez ~4 gouttes d’AMP3 au lieu d’AMP1 et incubez pendant 30 min à 40 °C. Lavez les lames 2 fois pendant 2 min, les deux fois dans un tampon de lavage frais.
    8. Répétez les étapes 1.2.1 à 1.2.5, mais utilisez ~4 gouttes d’AMP4 au lieu d’AMP1 et incubez pendant 15 min à 40 °C. Lavez les lames 2 fois pendant 2 minutes, les deux fois dans un tampon de lavage frais.
  3. Hybridation des AMP5 et AMP6
    REMARQUE : Ces étapes n’incluent pas l’hybridation au four mais l’hybridation à température ambiante. AMP5 et AMP6 proviennent du kit acheté (voir le tableau des matériaux).
    1. Tapotez et/ou effleurez les lames pour éliminer tout excès de liquide et placez-les dans le support de diapositives. Ajoutez ~4 gouttes d’AMP5 pour couvrir entièrement chaque section.
    2. Couvrez le plateau avec un couvercle et laissez incuber pendant 30 min à température ambiante.
    3. Une lame à la fois, retirez rapidement tout excès de liquide et placez-la dans un support à lames immergé dans un plat taché rempli de 1x tampon de lavage.
    4. Lavez les lames dans 1x tampon de lavage pendant 2 min à température ambiante avec une agitation constante. Répétez cette opération avec 1x tampon de lavage frais.
    5. Répétez les étapes 1.3.1 à 1.3.4, mais utilisez ~4 gouttes d’AMP6 au lieu d’AMP5 et incubez pendant 15 min à température ambiante. Lavez les lames 2 fois pendant 2 min, les deux fois dans un tampon de lavage frais.

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Déclarations de divulgation

Aucun conflit d’intérêts n’a été déclaré.

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article
NomEntrepriseNuméro de catalogueCommentaires
Four HybEZ (110v) Advanced Cell Diagnostics Inc. Référence 321710
Porte-glissières HybEZ Advanced Cell Diagnostics Inc. 300104
RNAscope 2.5 HD réactifs de détection-MARRONAdvanced Cell Diagnostics Inc.Référence 322310Ce kit comprend les réactifs d’amplification AMP1, AMP2, AMP3, AMP4, AMP5 et AMP6, ainsi que les réactifs de détection DAB-A et DAB-B
Sonde de contrôle négatif RNAscope 3-Plex Advanced Cell Diagnostics Inc.320871DAPB
Sonde de contrôle positif RNAscope 3-Plex Advanced Cell Diagnostics Inc.320861Le
Sonde ARNOscope - HPV16/18 Advanced Cell Diagnostics Inc.311121
Réactifs de tampon de lavage RNAscopeAdvanced Cell Diagnostics Inc.310091Tampon de lavage 50X x4

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