Une technologie de microréseau peptidique pour le profilage de spécificité des anticorps

Abstract

Source : Cornett, E. M., et al. Analyse de la spécificité des anticorps histones avec des microréseaux peptidiques. J. Vis. Exp. (2017).

Cette vidéo présente une technique qui applique la technologie des microréseaux peptidiques pour profiler la spécificité des anticorps reconnaissant les modifications post-traductionnelles (PTM) sur les peptides d’histones. Une lame de microréseau contenant des peptides d’histones conjugués à des fluorophores immobilisés avec des combinaisons PTM connues est traitée avec des anticorps spécifiques de PTM cibles. Ce processus permet d'identifier la spécificité de l'anticorps pour la cible et sa réactivité croisée potentielle avec les PTM non cibles.

Protocol

1. Conception de la disposition de la diapositive du réseau et de la plaque source

1. Sous la rubrique « Planifier une mise en page de diapositive » sur l'interface ArrayNinja, cliquez sur le lien qui correspond à l'imprimante de microarray utilisée.
   note: ArrayNinja a été programmé pour imiter le mouvement robotique de deux imprimantes à microréseaux couramment utilisées (voir le tableau 1). La compatibilité avec les autres arrayers peut être configurée sur demande.
2. Cliquez dans la boîte de dialogue « Plaque de charge », tapez « vide », puis cliquez sur « Entrée ». Voir la figure 1

Results

Figure 1 : module de conception ArrayNinja. Une capture d’écran du module de conception ArrayNinja est illustrée par la ligne pointillée. Le panneau de commande (en haut) affiche tous les paramètres qui peuvent être modifiés sur l’imprimante à microarray. Au fur et à mesure que ces paramètres sont ajustés, l’image de dessin animé de la mise en page de la diapositive (en bas à gauche) est mise .......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Tampon d’impression	ArrayIt	Ppb
Bsa	Omnipure	Référence 2390
Lames de microscope en verre recouvertes de streptavidine	Greiner Bio-one	Référence 439003-25
Plaque de puits en polypropylène 384	Greiner Bio-one	784201
Biotine-fluorescéine	sigma	Référence 53608
Imprimante à microréseaux de contact	Aushon	Référence 2470	Imprimante à microréseaux Aushon 2470
Imprimante à microréseaux de contact	Machines à gènes	OmniGrid 100	Imprimante de microréseaux OmniGrid
Pbs	Invitrogen	Référence 14190
Tampon de blocage	ArrayIt	Les CFF
Stylo à cire hydrophobe	Laboratoires vectoriels	H-4000	Stylo PAP barrière hydrophobe ImmEdge
Joint en silicone	Grace Bio-labs	622511
Navire d’hybridation	Thermo Scientific	267061	ou bateau similaire
Anticorps secondaire conjugué à un colorant fluorescent	Technologies de la vie	A-21244	Alexa Fluor 647 (anti-lapin)
Anticorps secondaire conjugué à un colorant fluorescent	Technologies de la vie	A-21235	Alexa Fluor 647 (anti-souris)
Imprimante de cire	ArrayIt	MSI48
Préadolescent-20	Omnipure	Référence 9490
Scanner de microréseaux	Innopsys	InnoScan 1100AL	ou un scanner de microréseaux équivalent
Microréseau de peptides d’histones EipTitan	Épicypher	112001
Microréseau de peptides d’histones AbSurance Pro	Millipore	Référence 16668
Réseau de peptides d’histones MODifiés	Motif actif	Référence 13001
Microréseaux peptidiques Histone Code	JPT	His_MA_01
cire	Chêne royal	GulfWax (en anglais	pour imprimante à cire
Chambre d’hybridation de lames de microarray humidifiée	VWR	Référence 97000-284
Chambre de lavage de lames de microscope à haut débit	ArrayIt	HTW
Centrifugeuse à lames de microscope	VWR	Référence 93000-204
Anticorps 1	Abcam	Référence 8898
Anticorps 2	Millipore	Référence 07-473
Peptide d’histones biotinylé	ÉpiCypher	12-2001	Exemple de peptide. Des peptides similaires avec diverses modifications sont disponibles auprès de plusieurs sources commerciales.
ImageMagick			https://www.imagemagick.org/script/index.php
ArrayNinja			https://rothbartlab.vai.org/tools/