Le poisson zèbre s'est imposé comme un organisme modèle puissant pour l'étude du développement intestinal1-5, de la physiologie6-11, des maladies12-16 et des interactions hôte-microbe17-25. Les approches expérimentales destinées à étudier la biologie intestinale nécessitent souvent l'introduction in vivo de matériaux sélectionnés dans la lumière de l'intestin. Dans le modèle du poisson zèbre larvaire, cela est généralement réalisé en plongeant les poissons dans une solution contenant le matériau choisi, ou par injection à travers la paroi abdominale. Lorsqu'on utilise la méthode d'immersion, il est difficile de surveiller ou de contrôler précisément la voie ou le moment de l'administration du matériau dans l'intestin. Pour cette raison, l'exposition par immersion peut provoquer une toxicité non voulue et d'autres effets sur les tissus extraintestinaux, limitant ainsi la gamme possible de quantités de matériau pouvant être délivrées dans l'intestin. De plus, la quantité de matériau ingérée pendant l'exposition par immersion peut varier considérablement d'une larve à l'autre26. Bien que ces problèmes ne se posent pas lors d'une injection directe à travers la paroi abdominale, cette technique est délicate à réaliser et provoque des lésions tissulaires pouvant influencer les résultats expérimentaux. Nous présentons ici une méthode de microsondage chez les larves de poisson zèbre. L'objectif de cette méthode est de proposer un moyen sûr, efficace et reproductible de délivrer un matériau directement dans la lumière de l'intestin antérieur des larves de poisson zèbre, avec un contrôle précis du moment d'administration. Le microsondage utilise du matériel standard d'injection microscopique d'embryons et de stéréomicroscopie, couramment disponible dans la plupart des laboratoires travaillant sur le poisson zèbre. Une fois les poissons correctement positionnés dans la méthylcellulose, le sondage peut être effectué rapidement, à un rythme d'environ 7 à 10 poissons par minute, et le taux de survie après le sondage approche 100 %, selon la nature du matériau administré. Nous montrons également que le microsondage permet de charger la lumière intestinale avec des concentrations élevées de substances qui seraient létales pour les poissons en cas d'exposition par immersion. Afin d'illustrer l'utilité de cette méthode, nous décrivons un test de microsondage avec un dextran fluorescent, utilisable pour quantifier le passage du matériau depuis la lumière intestinale vers les espaces extraintestinaux. Ce test permet de vérifier l'exécution correcte de la procédure de microsondage, et fournit également un nouvel essai chez le poisson zèbre pour évaluer l'intégrité de la barrière épithéliale intestinale dans différentes conditions expérimentales (par exemple : manipulation génétique, traitement médicamenteux ou exposition à des facteurs environnementaux). En outre, nous montrons comment le sondage peut être utilisé pour évaluer la motilité intestinale en administrant des microsphères fluorescentes et en suivant leur transit ultérieur. Le microsondage peut être utilisé pour délivrer divers matériaux tels que des micro-organismes vivants, des facteurs ou toxines microbiens sécrétés, des agents pharmacologiques et des sondes physiologiques. Grâce à ces capacités, la méthode de microsondage chez les larves de poisson zèbre a le potentiel d'améliorer un large éventail de domaines de recherche utilisant ce système modèle.