Les animaux sauvages sont généralement parasités par un large éventail d’helminthes. Les quatre principaux types d’helminthes sont les « vers ronds » (nématodes), les « vers à tête épineuse » (acanthocéphales), les « douves » (trématodes) et les « ténias » (cestodes). La méthode optimale pour collecter des helminthes est d’examiner un hôte mort depuis moins de 4 à 6 heures, car la plupart des helminthes seront encore vivants. Une nécropsie approfondie doit être effectuée et tous les organes principaux examinés. Les organes sont lavés sur un tamis de 106 μm sous l’eau courante et le contenu est examiné au stéréomicroscope. Tous les helminthes sont comptés et un nombre représentatif est fixé (soit dans de l’éthanol à 70 %, soit du formol tamponné à 10 %, soit dans de l’alcool-formol-acide acétique). Pour l'identification des espèces, les helminthes sont soit éliminés dans du lactophénol (nématodes et petits acanthocéphales), soit colorés (trématodes, cestodes et grands acanthocéphales) à l'aide de l'hématoxyline de Harris ou du carmin de Semichon. Les helminthes sont associés à l’espèce en examinant différentes structures (par exemple, les spicules mâles chez les nématodes ou le rostellum chez les cestodes). Les protocoles décrits ici peuvent être appliqués à n’importe quel animal vertébré. Ils nécessitent une certaine expertise pour reconnaître les différents organes et être capables de différencier les helminthes des autres débris tissulaires ou du contenu intestinal. La collecte, la conservation et la coloration sont des techniques simples qui nécessitent un minimum d’équipement et de réactifs. L’identification taxonomique, en particulier des espèces, peut prendre beaucoup de temps et nécessiter la soumission des spécimens à un expert ou une analyse d’ADN.