Les bactéries du sol sont généralement dotées de réseaux de régulation flexibles et de vastes capacités métaboliques. Les deux caractéristiques permettent aux cellules d’ajuster leurs voies cataboliques et anaboliques pour rivaliser avec leurs semblables et d’autres micro-organismes pour les nutriments, qui sont disponibles dans une niche écologique donnée1. Cependant, si les bactéries sont incapables de s’adapter à leur environnement, d’autres mécanismes peuvent expliquer la survie d’une espèce. En effet, comme de nombreuses bactéries prolifèrent rapidement et que les populations peuvent atteindre des densités cellulaires élevées, les sous-populations peuvent avoir spontanément accumulé des mutations bénéfiques qui procurent aux cellules un avantage de croissance sélective et augmentent donc leur aptitude. De plus, les points chauds mutationnels et la mutagenèse adaptative induite par le stress peuvent faciliter l’évolution d’une bactérie mal adaptée2,3. Ainsi, l’accumulation de mutations et la croissance sous sélection continue est à l’origine de l’énorme diversité microbienne, même au sein d’un même genre4,5. Comme dans la nature, la mise en forme des génomes bactériens se produit également en laboratoire en raison de la culture continue sous sélection. Ceci est illustré par la domestication de la bactérie Gram-positive B. subtilis, qui est utilisée dans le monde entier dans la recherche fondamentale et dans l’industrie. Dans les années 1940, B. subtilis a été traité avec des rayons X dommageables pour l’ADN, suivi d’une culture dans une condition de croissance spécifique6. Les mutations qui se sont accumulées dans les bactéries lors de leur domestication expliquent la perte de nombreuses caractéristiques de croissance, c’est-à-dire que la souche de laboratoire B. subtilis 168 a perdu la capacité de former des colonies complexes7,8.
De nos jours, pour les bactéries modèles les mieux étudiées Escherichia coli et B. subtilis,une variété d’outils puissants est disponible pour manipuler génétiquement leurs génomes afin de répondre à des questions scientifiques spécifiques. Parfois, l’inactivation d’un gène d’intérêt provoque un grave défaut de croissance, qui est alors clairement visible sur le milieu de croissance standard9. En revanche, les mutations qui provoquent un défaut de croissance faible et n’affectent donc que légèrement la forme physique de la souche sont souvent ignorées. Cependant, dans les deux cas, l’incubation et le passaging prolongés des souches mutantes pendant plusieurs générations entraînent généralement l’accumulation de mutants suppresseurs qui ont restauré le phénotype de la souche parente2,9. La caractérisation des mutants suppresseurs et l’identification des mutations qui ont restauré le défaut de croissance de la souche mutante mère est une approche très utile qui permet d’élucider des processus cellulaires importants et souvent nouveaux10,11.
Nous nous intéressons au contrôle de l’homéostasie du glutamate chez B. subtilis12. Semblable à E. coli, B. subtilis répond à la perturbation de l’homéostasie du glutamate(c’est-à-direle blocage dans la dégradation du glutamate2)par l’accumulation de mutants suppresseurs. Les changements genomic de ces mutants suppresseurs qui ont été acquis par mutation spontanée ont été montrés pour reconstituer rapidement l’homéostasie de glutamate9,13. Par conséquent, il n’est pas surprenant que l’adaptation de B. subtilis à une condition de croissance spécifique lors de la domestication de la bactérie se reflète dans la synthèse enzymatique et dans les activités enzymatiques évoluées, qui sont impliquées dans le métabolisme du glutamate12. Il a été suggéré que le manque de glutamate exogène dans le milieu de croissance pendant le processus de domestication ait été la force motrice de l’émergence et de la fixation du gène cryptique de la glutamate déshydrogénase (GDH) gudBCR dans la souche de laboratoire 1682,14. Cette hypothèse est soutenue par notre observation que la quantité réduite d’activité de GDH dans la souche de laboratoire fournit aux bactéries un avantage de croissance sélective quand le glutamate exogène est rare2. De plus, la culture d’une souche de B. subtilis, synthétisant le GDH GudB, en l’absence de glutamate exogène entraîne l’accumulation de mutants suppresseurs qui ont inactivé le gène gudB 2. De toute évidence, la présence d’un GDH cataboliquement actif est désavantageuse pour la cellule car le glutamate produit de manière endogène qui pourrait autrement être utilisé pour l’anabolisme est dégradé en ammonium et en 2-oxoglutarate (Figure 1). En revanche, lorsque le glutamate est fourni par le milieu, une souche de B. subtilis équipée d’une activité GDH de haut niveau a un avantage de croissance sélective par rapport à une souche qui ne synthétise qu’un seul GDH fonctionnel. Il est raisonnable de supposer que l’activité GDH de haut niveau permet aux bactéries d’utiliser le glutamate comme deuxième source de carbone en plus des autres sources de carbone fournies par le milieu2 (voir figure 1). Ainsi, l’activité GDH affecte fortement la forme physique des bactéries, en fonction de la disponibilité du glutamate exogène.
Nous présentons ici une méthode très illustrative pour surveiller et visualiser la concurrence intraspécifiques entre deux souches de B. subtilis qui diffèrent par un seul locus sur le chromosome (Figure 2). Les deux souches ont été étiquetées avec les gènes yfp et cfp codant pour les fluorophores YFP et CFP, et cocultivées dans différentes conditions nutritionnelles. En prélevant des échantillons au fil du temps et en plaquant des dilutions appropriées sur des plaques de gélose, les survivants de chacune des cultures ont pu être facilement surveillés à l’aide d’un microscope à fluorescence stéréo commun. Le procédé décrit en ce document est facile à exécuter et approprié pour visualiser l’expansion et l’élimination clonales rapides des mutations salutaires et préjudiciables, respectivement, dans une population de cellules au fil du temps.