Split-et-piscine Synthèse et caractérisation de peptides tertiaire Amide Bibliothèque

Summary

Peptides amides tertiaires (APE) sont une superfamille de peptidomimétiques qui incluent, mais ne sont pas limités à des peptides, des peptoïdes et les peptides N-méthylés. Nous décrivons ici une méthode synthétique qui combine à la fois divisée et-piscine et stratégies sous-monomères pour synthétiser un une bille bibliothèque d'un composé de PTA.

Abstract

Peptidomimetics sont d'excellentes sources de ligands protéiques. La nature oligomères de ces composés nous permet d'accéder à de grandes bibliothèques de synthèse sur phase solide en utilisant la chimie combinatoire. Une des classes les plus étudiés de peptidomimétiques est peptoids. Les peptoïdes sont faciles à synthétiser et ont été montrés pour être résistant à la protéolyse et de la cellule-perméable. Au cours de la dernière décennie, de nombreux ligands de protéines utiles ont été identifiés par criblage de banques de peptoïdes. Cependant, la plupart des ligands identifiés dans les bibliothèques peptoïdes ne s'affichent pas une affinité élevée, à de rares exceptions. Cela peut être dû, en partie, à l'absence de centres chiraux et des contraintes conformationnelles des molécules peptoïdes. Récemment, nous avons décrit une nouvelle voie de synthèse pour accéder peptides amides tertiaires (APE). PTA sont une superfamille de peptidomimétiques qui incluent, mais ne sont pas limités à des peptides, des peptoïdes et les peptides N-méthylés. Avec des chaînes latérales sur les deux α-carbone et des atomes d'azote principaux de la chaîne,la conformation de ces molécules sont grandement limitée par encombrement stérique et 1,3 allylique souche. (Figure 1) Notre étude suggère que ces molécules d'ATP sont très structurés en solution et peuvent être utilisés pour identifier des ligands protéiques. Nous croyons que ces molécules peuvent être une source future de ligands protéiques de haute affinité. Ici, nous décrivons la méthode de synthèse combinant la puissance de deux split-et-piscine et stratégies sous-monomères pour synthétiser un échantillon d'un cordon d'un composé (OBOC) bibliothèque de PTA.

Introduction

Sont des composés peptidomimétiques qui imitent la structure des peptides naturels. Ils sont conçus pour conserver l'activité biologique, tout en surmontant certains des problèmes associés aux peptides naturels, y compris la perméabilité cellulaire et la stabilité contre la protéolyse ^1-3. En raison de la nature oligomère de ces composés, de grandes bibliothèques de synthèse peuvent être facilement accessibles par des voies de synthèse de sous-monomères ou monomères ^4-7. Une des classes les plus étudiées de peptidomimétiques est peptoids. Les peptoïdes sont des oligomères de glycines N-alkylés qui peuvent être facilement synthétisés en utili....

Protocol

1. Bases de Split-et-piscine Synthèse

Afin de générer efficacement un grand nombre de composés sur la phase solide, la synthèse split-and-pool est souvent utilisé comme une stratégie générale. Comme le montre la figure 4, de Tentagel perles sont d'abord séparée en trois parties. Chaque portion est mis à réagir avec un réactif différent, la génération du premier résidu sur des billes. Après la première réaction, les trois parties sont regroupées, mélangés, et ensuite divisés à nouveau en trois portions. Chaque partie sera à nouveau réagir avec un réactif différent, la génération du second résidu sur des billes. Après deu....

Results

Ici, nous montrons trois spectres MALDI représentatifs d'un trimère de PTA de liaison. Comme le montre la figure 6A, lorsqu'il est clivé à température ambiante en utilisant 50% de solution de TFA / DCM, une dégradation significative est observée. Sur la figure 6A, un sommet 593 et 484 correspondent au segment de liaison et le trimère de PTA, respectivement, montrent que la molécule entière a été synthétisé avec succès le bourrelet mais dégradée lors du clivage. Lorsque clivé dans des co.......

Discussion

Peptides amides tertiaires (APE) sont une superfamille d'oligomères peptidomimétiques. Outre les peptides bien étudiés, peptoids et les peptides N-méthylés, une grande partie des composés de cette famille reste peu étudié, majorly raison d'un manque de méthode de synthèse pour accéder générales peptides N-alkylés. Ici, nous décrivons une méthode efficace pour synthétiser PTA avec des blocs de construction chiraux dérivés d'acides aminés. Auparavant, nous avons signalé à utiliser un nouveau sous-monomère rout.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2,4,6 triméthylpyridine	ACROS	161950010	CAS :108-75-8
2-morpholinoethanamine	Sigma-Aldrich	06680	CAS :2038-03-1  ;   ;
Solution aqueuse à 48 % HBr	ALFA AESAR	AA14036AT	CAS :10035-10-6
Acétaldéhyde	Sigma-Aldrich	402788	CAS :75-07-0  ;   ;
Acétonitrile	Fisher	SR015AA-19PS	CAS :75-05-8
Tétrahydrofurane anhydre (THF)	EMD	EM-TX0277-6	CAS :109-99-9
Benzylamine	Sigma-Aldrich	185701	CAS :100-46-9
Carbonate de bis(Trichlorométhyle) (BTC)	ACROS	258950050	CAS :32315-10-9
Acide bromoacétique	ACROS	106570010	CAS:79-08-3
Chloranil	Sigma-Aldrich	23290	CAS :118-75-2
Cyclohexanemethylamine	Sigma-Aldrich	101842	CAS :3218-02-8
D2O	Cambridge Isotope	DLM-4-99.8-1000	CAS :7789-20-0
D-Alanine	Anaspec	61387-100	CAS :338-69-2
Dichlorométhane (DCM)	Fisher	BJ-NS300-20	CAS :75-09-2
Diméthylformamide (DMF)	Fisher	BJ-076-4	CAS :68-12-2
Ethylène glycol	Oakwood	44710	CAS :107-21-1
Isopentylamine	Sigma-Aldrich	W321907	CAS :107-85-7
KBr	ACROS	424070025	CAS :7758-02-3
L-Alanine	Anaspec	61385-100	CAS:56-41-7
3-Méthoxypropylamine	Sigma-Aldrich	M25007	CAS :5332-73-0
2-Méthoxyéthylamine	Sigma-Aldrich	143693	CAS :109-85-3
N-(3-Aminopropyl)-2-pyrrolidinone	Sigma-Aldrich	136565	CAS :7663-77-6  ;
N,N'-Diisopropylcarbodiimide (DIC)	ACROS	115211000	CAS :693-13-0
N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS :7087-68-5
NaNO2	ACROS	424340010	CAS :7631-99-4
NAOD solution à 40 % dans l’eau	ACROS	200058-506	CAS :7732-18-5
Pipéridine	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS :110-89-4
Piperonylamine	Sigma-Aldrich	P49503	CAS :2620-50-0
Propylamine	Sigma-Aldrich	240958	CAS :107-10-8
Acide trifluoroacétique	Sigma-Aldrich	299537	CAS :76-05-1
&alpha ;-Acide cyano-4-hydroxycinnamique	Sigma-Aldrich	39468	CAS :28166-41-8  ;   ;
&alpha ;-Ketoglutarate	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS :328-50-7
Résine Tentagel avec linker RINK	Rapp-Polymere	S30023
Alanine transaminase	Roche	10105589001	AKA : Glutamate-Pyruvate Transaminase (GPT)
Incubateur	New Brunswick	Scientific Innova44
NMR	Bruker	400 MHz
Spectromètre de masse MALDI	Applied Biosystems	4800 MALDI-TOF/TOF
Lyophiliseur	SP Scientific		paillasse
	INTAVIS	Colonne de réaction	3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml
Collecteur à vide	Promega	A7231	Vac-Man