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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Nous fournissons un protocole détaillé pour l'induction de la potentialisation à long terme dans la région CA1 de l'hippocampe et l'isolement subséquent de fractions enrichies à partir de la zone nucléaire tétanisée de la tranche. Cette approche peut être utilisée pour déterminer l'activité dépend énormément des importations de protéines nucléaires dans des modèles cellulaires de l'apprentissage et de la mémoire.
Étude de l'expression de l'activité de la protéine dépendante, translocation subcellulaire, ou la phosphorylation est essentiel de comprendre les mécanismes cellulaires sous-jacents de la plasticité synaptique. Potentialisation à long terme (LTP) et la dépression à long terme (LTD) induite dans des coupes d'hippocampe aigus sont largement acceptés comme modèles cellulaires de l'apprentissage et de la mémoire. Il existe de nombreuses études qui utilisent l'imagerie cellulaire ou immunohistochimie approches vivantes de visualiser la dynamique des protéines dépendantes de l'activité. Cependant, ces méthodes reposent sur la pertinence d'anticorps pour immunocytochimie ou surexpression de protéines par fluorescence marqués dans les neurones simples. Immunoblotting des protéines est une méthode alternative fournissant une confirmation indépendante des résultats. Le premier facteur limitant dans la préparation de fractions subcellulaires de tranches d'hippocampe tétanisés individuelles est la faible quantité de matière. D'autre part, la procédure de traitement est cruciale, car même les manipulations très courtes et mineures de la vie des tranches peut induire l'activation de certaines cascades de signalisation. Nous décrivons ici un flux de travail optimisé afin d'obtenir une quantité suffisante de la fraction nucléaire enrichi d'une pureté suffisante de la région CA1 de l'hippocampe aiguës tranches de cerveau de rat. A titre d'exemple représentatif, nous montrons que la ERK1 / 2 sous forme phosphorylée de la protéine messager de synapto-Jacob translocation nucléaire activement au noyau lors de l'induction de la LTP et peut être détectée dans une fraction enrichie nucléaire de neurones CA1.
Synaptic N-méthyl-D-aspartate-récepteurs (récepteurs NMDA) jouent un rôle crucial dans la plasticité synaptique et la survie des cellules de signalisation alors que l'activation des récepteurs NMDA extrasynaptiques peut déclencher la neurodégénérescence et la mort cellulaire. Ces variations dépendent de l'expression des gènes dépendant / d'activité régulée étroitement contrôlé et donc nécessitent une communication constante entre les synapses ou dendrites activées et le noyau 7. Le MAP kinases ERK1 / 2 sont des effecteurs en aval de récepteurs NMDA synaptiques de signalisation et sont impliqués dans l'expression des gènes NMDAR-activation induite, alors que la signalisation via NMDAR extrasynaptique n'a aucun effet ou un effet inhibiteur sur ERK1 / 2 activités 8,11.
Il existe un certain nombre de protéines qui ont été montrés pour faire la navette entre les dendrites distales et le noyau. Beaucoup de ces protéines contiennent un signal de localisation nucléaire et sont activement transportés le long de microtubules dans un dynéine et de manière dépendante importin au noyau 6,9. Interestingly, certains seulement de ces messagers transit vers le noyau en réponse à des stimuli spécifiques synaptiques. Par exemple, le transport rétrograde de cyclique élément de réponse AMP protéine de liaison à 2 (CREB2) est induite par LTD chimique mais non LTP 12. Localisée stimulation synaptique NMDAR dépendant entraîne co-activateur transcriptionnel CREB réglementés (CRTC1) dans le noyau, un processus de translocation, qui est impliquée dans la plasticité de l'hippocampe à long terme 4. Il a été récemment montré que le messager de la protéine Jacob translocation vers le noyau après l'autre, l'activation des récepteurs NMDA synaptiques et extrasynaptique et régule CREB gène transcription dépendante 5. L'origine synaptique ou extrasynaptique du signal est encodé dans une modification post-traductionnelle de Jacob. Activité synaptique induit ERK1 / 2 dépend de la phosphorylation de Jacob à une serine en position 180 cruciale (pJacobS 180) qui est une condition nécessaire pour la translocation vers le noyau ultérieur en culture primaire d'hippocampe. De plus, in neurones CA1 de 180 translocation de tranches d'hippocampe aigus vers le noyau après Schaffer garantie LTP mais pas LTD 1,10. PS180 Jacob conduit à une augmentation de l'expression des gènes de plasticité liée et cette expression de gène réinjecte de la fonction synaptique. À l'opposé, Jacob translocation vers le noyau après NMDARs extrasynaptiques activation n'est pas phosphorylée au niveau de Ser180 et peut être associé à différentes complexe protéique dans le noyau provoquant 'CREB arrêt' et une rétraction des contacts synaptiques 10.
La plupart des études publiées sur l'importation nucléaire de la protéine messager synapto-nucléaire ont été réalisées dans des cultures primaires de neurones dissociés. Par conséquent, il serait intéressant de voir si ces résultats peuvent être reproduits dans physiologiquement plus pertinent conditions en utilisant des coupes d'hippocampe où la connectivité et la fonction neuronale sont beaucoup mieux conservées. Nous présentons ici un protocole optimisé pour évaluer LTP-dependants translocation nucléaire de messagers de protéines par immuno. Ce procédé convient également pour l'analyse de l'activité de phosphorylation dépendant de protéines dans une fraction nucléaire brut. Plus précisément, le protocole actuel consiste à préparer des aigus tranches CA1 de l'hippocampe, de l'induction, et l'enregistrement de la LTP. Ensuite, région CA1 est disséqué au microscope à isoler la région stimulée. Nous avons combiné et modifié le protocole pour l'isolement nucléaire fourni par CellLytic nucléaire Extraction Kit avec modifications introduites par Zhao et ses collègues 17. La procédure optimisée comprend la lyse des régions CA1 disséqués dans un tampon hypotonique permettant gonflement des cellules et la libération des noyaux. La lyse des cellules et la morphologie des noyaux peuvent être déterminés par l'examen microscopique. Enrichissement nucléaire est réalisé par une étape de centrifugation de courte. Analyse immunoblot avec des anticorps contre NeuN et NSE2, les marqueurs spécifiques de fractions cytosoliques ou nucléaires, indique que cette approche peut être utilisée comme un jeûneet le protocole reproductible d'isoler ces fractions subcellulaires et d'étudier modifications post-traductionnelles très labiles comme la phosphorylation des protéines. En outre, ce procédé est avantageux pour de petits échantillons de tissus provenant des régions CA1 de tranches d'hippocampe disséqué et peut être utilisé en combinaison pour l'immunohistochimie de coupes d'hippocampe.
1 Préparation de aiguë coupes d'hippocampe de cerveau de rat adulte
2 Positionnement des électrodes, de base d'enregistrement, et l'induction de la LTP
3 Collection de tranches après induction de la LTP et Snap congélation
4. isolement de fractions enrichies nucléaires de la région CA1 de l'hippocampe
5. Immunoblotting semi-quantitative de protéines Synapto nucléaires
Analyse 6. données
| Nom de la mémoire tampon | Réactif | Concentration (mM) | Montant | Commentaires / Description |
| Solution (pH: 7,3 ~ 7,4) de Gey | NaCl | 130 | 7,6 g | filtration stérile |
| 1000 ml | KCl | 4.9 | 0,37 g | |
| CaCl 2 · 2H 2 O | 1.5 | 0,22 g | ||
| MgSO 4 · 2H 2 O | 0,3 | 0,0739 g | ||
| MgCl 2 · 6H 2 O | 11 | 2,24 g | ||
| KH 2 PO 4 | 0,23 | 0,0313 g | ||
| Na 2 HPO 4 · 7H 2 O | 0,8 | 0,2145 g | ||
| Glucose · H 2 O | 5 | 0.9909 g | ||
| HEPES | 25 | 5,96 g | ||
| NaHCO 3 | 22 | 1,85 g | ||
| ACSF (pH: 7,3 ~ 7,4) | NaCl | 110 | 6,428 g | filtration stérile |
| 1000 ml | KCl | 2.5 | 0,1865 g | |
| CaCl 2 · 2H 2 O | 2.5 | 0,368 g | ||
| MgSO 4 · 2H 2 O | 1.5 | 0,370 g | ||
| KH 2 PO 4 | 1,24 | 0,169 g | ||
| Glucose · H 2 O | 10 | 1,9817 g | ||
| NaHCO 3 | 27,4 | 2,3 g | ||
| 1x hypotonique tampon (pH: 7,9) | HEPES | 10 | 0,23 g | |
| 100 ml | MgCl 2 · 6H 2 O | 1.5 | 0,0304 g | |
| KCl | 10 | 0,07455 g |
Tableau 1: Tampons.
Nous avons précédemment montré que la protéine messager de synapto-Jacob nucléaire s'accumule dans le noyau suivant l'induction de la LTP mais pas une LTD. De plus, la translocation de Jacob après stimulation synaptique nécessite l'activation de MAPK ERK1 / 2 et la phosphorylation de Ser180 à Jacob (figure 1). Phosphorylée Jacob translocation vers le noyau d'une manière importin-dépendante et la forme phosphorylée peut être conservé pendant de longues périodes de temps par l'association avec le filament intermédiaire αinternexin 15 (Figure 1). L'état de phospho-Jacob est importante pour l'expression de gènes dépendants de l'activité et de la survie cellulaire. Fait intéressant, l'activation des récepteurs NMDA extrasynaptiques entraîne également Jacob dans le noyau, mais dans ce cas, Jacob n'est pas phosphorylée à Ser180 et son accumulation nucléaire induit CREB 'arrêt' 5,10. Les résultats décrits ci-dessus ont été obtenus par Protocols établies dans notre étude récente (voir Karpova et al. 10 pour une description détaillée du modèle).
Pour prouver que Jacob translocation dans le noyau après l'induction de la LTP, nous avons provoqué et mesuré l'induction de Schaffer garantie fEPSP potentialisation des tranches d'hippocampe aigus et ensuite isolé noyaux neuronaux de neurones CA1 (figures 2 et 3). Nous avons comparé les deux points de temps différents après l'application de la stimulation à haute fréquence (2 min et 30 min) et enregistré l'induction de la LTP pour chaque tranche qui a été ensuite traité pour l'isolement nucléaire et Western blot (figures 2 et 3). Enrichissement du marqueur neuronal NeuN nucléaire peut être vu dans la fraction enrichie nucléaire préparé à partir de la région CA1 disséqué, tandis que le marqueur cytosolique neurone enolase2 spécifique (NSE) est principalement présente dans la fraction de surnageant obtenu après centrifugation de c lyséesaunes (figure 4A). La spécificité de l'anticorps PS180 Jacob a été caractérisée précédemment (pour plus de détails voir Karpova et al. 10). niveaux PS180 Jacob restés inchangés dans le total des homogénats de protéines de CA1 et dans le nucléaire fraction enrichie en 2 min après tétanisation (figure 4B), mais nous avons trouvé une augmentation significative de la pJacobS 180 immunoréactivité 30 min après l'induction de la LTP (figure 4C), ce qui confirme que Jacob translocation vers le noyau, dans ce modèle de plasticité cellulaire est phosphorylée à Ser180.

Figure 1: Jacob phosphorylée au S180 code l'origine synaptique des signaux de récepteurs NMDA. Stimulation tétanique de l'hippocampe Schaffer fibres collatérales des résultats de l'activation des récepteurs NMDA synaptiques et l'activation subséquente de MAPKERK1 / 2 cascade de signalisation. Activé ERK1 / 2 et se lie à la phosphorylation de la serine 180 Jacob et Jacob-ERK1 complexe / 2 translocation vers le noyau, ce qui est en corrélation avec l'activité accrue de la protéine CREB et l'activation de la plasticité liée expression génique.

Figure 2: Matériel et outils utilisés pour la LTP induction et disséquer la région CA1 de tranches d'hippocampe. A) Vibratome utilisé pour la préparation de coupes d'hippocampe de courte durée (1 - Vibratome) B1-2) électrophysiologie et la configuration d'imagerie (2 - Microscope; 3 - Micromanipulateur et système de perfusion; 4 - électrode Recoder; 5 - électrode de stimulation; 6 - L'eau un objectif de ; 7 - Tranche titulaire d'une tranche de l'hippocampe) C) L'équipement utilisé pour la dissection de la région CA1 de tranches d'hippocampe (8 Stereomicroscope; 9 - L'insuline seringue avec des aiguilles; 10 - Les petits ciseaux chirurgicaux; 11 - Scalpel; 12 - plastique pipette Pasteur; 13 - spatule mince; 14-100 mm boîte de culture en plastique rempli d'eau glacée, et 40 mm boîte de culture de plastique utilisé pour la dissection des tranches.

Figure 3 de bande dessinée décrivant la procédure expérimentale. Chiffres indiquent étapes du protocole. 2,1-2,8) Une tranche de l'hippocampe aiguë dans la chambre submergée avec des électrodes de verre placés dans le stratum radiatum de potentialisation de Schaffer garantie-CA1 synapses. L'encart représente les traces analogiques échantillon de fEPSP, la barre horizontale indique 5 ms et la barre verticale indique 0,5 mV. 3.3) Les tranches ont été collectées en tubes de 1,5 ml aprèsLTP enregistrement et congelé instantanément. 4.3) La dissection de la région CA1 de l'hippocampe adulte tranches de rat. 4.4-4.5) régions CA1 homogénéisés dans un tampon de lyse hypotonique, qui provoque un gonflement osmotique des cellules et la libération des noyaux. 4.8) La centrifugation des lysats à 11 000 rpm pendant 1 min. 4.10) Collection des fractions cytoplasmiques et nucléaires enrichies pour immunoblot. 5.3) Chargement de fractions cytoplasmiques et nucléaires enrichies sur SDS-PAGE et après ouest-blot standard.

Figure 4 L'induction de LTP CA1 conduit à l'accumulation de pJacS180 dans le noyau. A) Immunoblot pour homogénat cytosolique et nucléaire de fractions enrichies CA1 lysat sondé avec cytosolique et nucléaire marqueurs. B) Analyse par immunotransfert de niveau pJac-S180 homogénat à 2 min et 30 min après l'induction de tétanisation. C) d'analyse immunoblot de niveau pJacS180 dans le nucléaire fraction enrichie en 2 min et min après tétanisation. Ces résultats font partie du graphique de quantification publié dans Karpova et al 10. Ces immunoblots représentatives ne sont pas inclus dans la publication originale.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Nous fournissons un protocole détaillé pour l'induction de la potentialisation à long terme dans la région CA1 de l'hippocampe et l'isolement subséquent de fractions enrichies à partir de la zone nucléaire tétanisée de la tranche. Cette approche peut être utilisée pour déterminer l'activité dépend énormément des importations de protéines nucléaires dans des modèles cellulaires de l'apprentissage et de la mémoire.
Ce travail a été financé par la DFG (SFB 779 TPB8, Kr1879/3-1 MRK), la subvention DIP (MRK), l’EU FP7 MC-ITN NPlast (MRK), le Center for Behavioral Brain Sciences (CBBS, Sahsen-Anhalt), (AK et SB), MM est récipiendaire de la bourse à long terme de l’Organisation européenne de biologie moléculaire (EMBO ALTF 884-2011) et de l’IEF Marie-Curie.
| Equipment | |||
| CED 1401 AD/DA | converterCambridge Electronics Design, UK | ||
| a href="http://www.iciba.com/stereomicroscope">Stereomicroscope | Leica S4E, Germany | ||
| Vibrotome | Leica VT1000S, Germany | ||
| Stimulateur d’impulsions isolé | A-M Systems, USA | Modèle 2100 | |
| Centrifugeuse | Thermo Scientific | ||
| Système SDS-PAGE | Biorad | ||
| Cooler | Julabo | ||
| Microscope à fond clair | Nikon Eclipse TS100 | ||
| Incubateur de culture cellulaire | Thermo Electron Corporation | ||
| Micromanipulateur | Luigs & Neumann, SM-5, Allemagne | ||
| Chambre de transfert et fournisseur d’énergie électrique | Hoefer Scientific Instruments, San Francisco, CA | ||
| d’enregistrement de type submergé | fabriquée sur | mesure | |
| forme de U et incubateur de type submergé  ; | sur | mesure | |
| Petits ciseaux chirurgicaux | |||
| Scalpel | |||
| Spatule | fine | ||
| Pipette | Pasteur en plastique | ||
| Plat de culture en plastique  ; | |||
| Bunsen | |||
| Seringue | |||
| NaCl | Roth | Art.-Nr.3957.1 | &ge ; 99,5 %, p.a., ACS, ISO |
| KCl | Roth | Art.-Nr.-6781.1 | &ge ; 99,5 %, p.a., ACS, ISO |
| CaCl2· ; 2H2O | Merck | 1.02382.0500 | pro analysis |
| MgSO4· ; 2H2O | Merck | 5886.05 | pro analysis |
| MgCl2· ; 6H2O | AppliChem | NO CAS : 7791-18-6 ; EC-NO :2320946 | pour la biologie moléculaire |
| KH2PO4 | Merck | 12034.025 | pour la biologie moléculaire |
| Na2HPO4· ; 2H2O | Merck | 1.06574.1000 | extra pur |
| Glucose· ; H2O | Roth | Art.-Nr.6887.1 | pour la biologie moléculaire |
| HEPES | Roth | Art.-Nr.9105.4 | PUFFERAN, &ge ; 99,5 %, par an |
| NaHCO3 | Merck | 1.06329.1000 | pro analysis |
| Cocktail d’inhibiteurs de protéase | Roche | ||
| Phosphostop | Roche | ||
| Bicuculline | Tocris Bioscience | ||
| Isoflurane | Baxter | ||
| Antibodies | |||
| Anticorps primaires | Numéro de catalogue | de l’entreprise | Espèce |
| pJac-s180 | Biogenes | lapin (dilué 1:100) | |
| NeuN | Milipore | souris MAB377 | (dilué 1:1 000) |
| NSE | Cell Signaling | D20H2 | lapin (dilué 1:1 000) |
| Souris Beta-actin | Sigma | A-5441 | (dilué 1:5 000) |
| Anticorps secondaires | Espèces | ||
| IgG HRP conjuguée | DAKO | chèvre anti-souris (1:5 000) | |
| IgG HRP conjuguée | NEB | chèvre anti-lapin (1:5 000) | |