Arabidopsis thaliana est un organisme modèle couramment utilisé pour comprendre et manipuler divers processus cellulaires chez les plantes, et il a été largement utilisé dans l’étude de la formation de la paroi cellulaire secondaire. Le dépôt de la paroi cellulaire secondaire se produit après la formation de la paroi cellulaire primaire, un processus effectué exclusivement par des cellules spécialisées telles que celles formant des tissus de vaisseaux et de fibres. La plupart des parois cellulaires secondaires sont composées de cellulose (40 à 50 %), d’hémicellulose (25 à 30 %) et de lignine (20 à 30 %). Plusieurs mutations affectant la biosynthèse de la paroi cellulaire secondaire ont été isolées, et les mutants correspondants peuvent ou non présenter des changements évidents de composition biochimique ou des phénotypes visuels, car ces mutations pourraient être masquées par des réponses compensatoires. Historiquement, les procédures de coloration ont été utilisées pour montrer les différences sur une base cellulaire. Ces méthodes sont exclusivement des moyens d’analyse visuels ; Néanmoins, leur rôle dans l’analyse rapide et critique est d’une grande importance. Le rouge Congo et le blanc calcofluor sont des colorants utilisés pour détecter les polysaccharides, tandis que le Mäule et le phloroglucinol sont couramment utilisés pour déterminer les différences de lignine, et le bleu de toluidine O est utilisé pour colorer différemment les polysaccharides et la lignine. Les techniques apparemment simples de sectionnement, de coloration et d’imagerie peuvent être un défi pour les débutants. En commençant par la préparation d’échantillons à l’aide du modèle A. thaliana, cette étude détaille les protocoles d’une variété de méthodologies de coloration qui peuvent être facilement mises en œuvre pour l’observation de l’organisation cellulaire et tissulaire dans les parois cellulaires secondaires des plantes.