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L'étude de l'ensemble des ARNm abondance (transcriptome) codée par le génome d'un organisme unicellulaire ou une cellule eucaryote à un moment précis ou dans des conditions spécifiques, y compris la surexpression du gène ou knock-out, est appelé transcriptomique. Transcriptomique nous permet d'observer dans quelle mesure les gènes sont exprimés sous une condition particulière à un instant X et nous donne des informations sur la façon fortement les gènes sont exprimés par rapport à une référence.
Une puce à ADN est une matrice bidimensionnelle sur un substrat solide (généralement une lame de verre ou de silicium cellule à couche mince) qui peut être utilisé pour doser des quantités importantes de matière biologique en utilisant un criblage à haut débit, et miniaturisé, le traitement en multiplex et parallèle et la détection méthodes. Microarrays viennent en différents types, y compris ADN puces, des puces à protéines, puces peptidiques, puces tissulaires, microarrays d'anticorps, puces cellulaires et autres. Une puce à ADN estessentiellement un ensemble de taches microscopiques d'ADN fixé à une surface solide, généralement en verre. Les puces à ADN sont utilisés pour mesurer les niveaux d'expression d'un gène ou d'un ensemble de gènes simultanément ou au génotype plusieurs régions du génome 2,3. Picomoles (10 -12 mole) d'une sonde sont présents au sein de chaque point d'ADN qui représente une séquence d'ADN spécifique, aussi connu comme un journaliste. Les molécules d'ARNm étiquetés à partir des échantillons sont appelés «cibles». Les fluorophores sont utilisés pour mesurer l'hybridation sonde-cible et la détection de cibles marqué par un fluorophore détermine l'abondance relative des séquences d'acide nucléique dans la cible. Une expérience de puces à ADN peut accomplir des tests génétiques multiples en parallèle, car un tableau peut contenir des dizaines de milliers de sondes. La disposition d'une expérience de puces à ADN simple est illustrée à la figure 1. Récemment, il a été établi dans nos laboratoires et d'autres que ces tableaux sont réutilisables, ce qui rend cette technique très coût-effective.
Des techniques d'isolement et de purification d'ARN différents ont été développés au cours des années, y compris C-TAB, SDS et méthodes GT 4-8. En outre, plusieurs kits commerciaux sont également disponibles. Pour l'expression des gènes de l'ARN de haute qualité est très importante. Par conséquent, les procédés d'isolement de l'ARN sont modifiés pour obtenir une quantité maximale de l'ARN. De même, les étapes de préparation d'ADNc et l'étiquetage des ADNc sont minimisés. Normalisation des données après la numérisation est également effectuée efficacement en utilisant maison-intégré paquets et des outils logiciels neuf.
Streptococcus pneumoniae est un agent pathogène humain à Gram positif qui colonise le nasopharynx et est la cause de multiples infections telles que la pneumonie, la septicémie, l'otite moyenne et la méningite 10. La bactérie peut utiliser une grande variété de nutriments nécessaires à la croissance et à la survie 11,12. Un certain nombre d'études ont été menées sur lamétabolisme de l'azote à pneumocoques et la réglementation en soulignant l'importance des acides aminés et de leur rôle dans la virulence 13,14. Dans cette étude, la réponse transcriptomique de S. pneumoniae à l'évolution des concentrations de L-sérine, un acide aminé abondamment présent dans le plasma de sang humain, est présenté en utilisant des puces à ADN. La réponse transcriptomique de S. pneumoniae cultivées dans une concentration minimale de L-sérine (150 uM) a été comparée à celle développée dans une concentration maximale (10 mM) de serine. Milieu défini chimiquement (MDP ou milieu minimal) 15 a été utilisé pour cette étude pour contrôler la concentration de la sérine. L'objectif de cette étude est de rendre cette technique convivial et pour fournir différents outils pour la normalisation et l'analyse des données. Par conséquent, un certain nombre d'outils ont été développés pour l'analyse et l'interprétation des données. FIVA (fonctionnelle Information Viewer et Analyzer) fournit une plate-forme pour traitement de l'information contenue dans des groupes de gènes ayantprofils d'expression des gènes semblables et pour la construction de profils fonctionnels 16. PROCUREUR est un autre logiciel qui facilite l'identification des fonctions putatives et annotations de gènes 17. En faisant usage de méthodes de classification, COMMUNIQUER fournit un algorithme de détection de liaison du site de l'ADN. Cis de les motifs de gènes peuvent être projetées en utilisant cet algorithme 18. Genome2D offre une plate-forme Windows pour la visualisation et l'analyse des données du transcriptome en offrant différentes gammes de couleurs pour caractériser les changements dans les niveaux d'expression des gènes sur une carte du génome 19. Le serveur Web de Pepper propose, en plus de la méthode tout-en-une analyse, une boîte à outils pour l'exploitation minière pour les régulons, promoteurs et de liaison du facteur de transcription 20 sites. Annotation complet de régions intergéniques dans un génome bactérien peut être obtenu en utilisant ce paquet. Les biologistes peuvent grandement bénéficier de poivre car il leur offre une plate-forme pour la conception de l'expériences afin que les informations hypothétique peut être confirmée in vitro 20. Ces logiciels contribuent de manière significative à l'analyse des microréseaux comme la plupart d'entre eux sont librement disponibles et font la normalisation et l'analyse des données très fiable.