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Les cellules endothéliales sinusoïdales hépatiques sont la porte d’entrée du foie, leurs fenestrations transcellulaires permettent le transfert sans entrave de substances petites et dissoutes du sang dans le parenchyme hépatique pour le métabolisme et le traitement. Les fenêtres sont des structures dynamiques - leur taille et/ou leur nombre peuvent être modifiés en réponse à divers états physiologiques, médicaments et maladies, ce qui en fait une cible importante pour la modulation. Pour comprendre comment la morphologie de la LSEC est influencée par diverses maladies, états toxiques et physiologiques, et comment ces changements affectent la fonction hépatique, il faut mesurer avec précision la taille et le nombre de fenêtres. Dans cet article, nous décrivons les techniques de fixation et de traitement de la microscopie électronique à balayage utilisées dans notre laboratoire pour assurer une préparation reproductible des échantillons et une interprétation précise. Les méthodes comprennent la fixation par perfusion, la fixation secondaire et la déshydratation, la préparation au microscope électronique à balayage et l’analyse. Enfin, nous proposons une méthode étape par étape pour l’analyse d’images standardisée qui profitera à tous les chercheurs dans le domaine.