Les microARN sont de petits ARN régulateurs non codantes endogènes qui fonctionnent généralement comme des régulateurs négatifs de l'expression de l'ARNm au niveau post-transcriptionnel. Environ 1000 non codante entre 20 et 25 nucléotides de long microARN sont présents dans le génome humain 1,2. Les microARN régulent l'expression des gènes par appariement de bases canonique entre la séquence de semence de la microARN et sa séquence de match de semences complémentaire, qui est généralement situé à la région 3 'non traduite (UTR) des ARNm cibles. Collectivement, les microARN réglementent plus de 30% des gènes codant des protéines 3, mais seulement on connaît peu la transcription de l' ADN de microARN. Il a été suggéré que la régulation de la transcription microARN est similaire à celle de l' ARNm de 4,5. En particulier, celle de son activité dans la promotion de la transcription des gènes codant pour des protéines, des facteurs de transcription sont censés activer la transcription de microARN 6. Facteur de transcription microRNA jeu a été rapporté comme un facteur de modulation de l' expression génique 7, et peut également former un feed-back et des boucles feed-forward. Par exemple, Yamakuchi et al. A rapporté une boucle de rétroaction dans laquelle p53 induit l'expression de microRNA34a, qui à son tour inhibe la traduction de la p53 SIRT répresseur et d' accroître ainsi l' activité de p53 8.
Alors que des exemples spécifiques de facteur de transcription expression dépendante de microARN ont été signalés, une méthode acceptée qui fournit des informations sur la façon dont un facteur de transcription d'intérêt régule l'expression du microARN-transcriptome fait défaut. Le but du protocole proposé ici est de fournir une description détaillée de la réglementation des facteurs dépendant de la transcription du microARN-transcriptome. En combinant les données publiquement disponibles, les outils bioinformatiques et en utilisant la technologie des puces à ADN, les chercheurs qui suivent cet algorithme seraient en mesure de capturer sur une échelle génomique comment unfacteur de transcription dans tout type cellulaire d'intérêt régule l'expression du microARN-transcriptome et d'explorer une contribution putatif du facteur de transcription de l'ARNm dans la régulation de l'expression de microARN.