Décrire un règlement dépendant du facteur de transcription de l'microARN transcriptome

Résumé

Dans ce document, nous proposons une stratégie pour étudier l’effet d’un facteur de transcription d’intérêt sur le transcriptome du microARN en utilisant des données accessibles au public, des ressources de calcul et des données à haut débit provenant de réseaux de microARN après transfection de cellules avec de petits ARN en épingle à cheveux (sh)RNA ciblant un facteur de transcription d’intérêt.

Résumé

Alors que la régulation de la transcription des gènes codant des protéines a été largement étudié, on sait peu sur la façon dont les facteurs de transcription sont impliqués dans la transcription des ARN non-codant, en particulier des microARN. Ici, nous proposons une stratégie pour étudier le rôle potentiel du facteur de transcription dans la régulation de la transcription des microARN en utilisant des données publiquement disponibles, les ressources de calcul et de données à haut débit. Nous utilisons la signature épigénétique H3K4me3 pour identifier les promoteurs de microARN et immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) données -sequencing du projet ENCODE pour identifier les promoteurs de microARN qui sont enrichis avec des sites de liaison du facteur de transcription. Par transfection de cellules d'intérêt avec shRNA ciblant un facteur de transcription d'intérêt et à soumettre les cellules à matrice microRNA, nous étudions l'effet de ce facteur de transcription sur le transcriptome microARN. A titre d'exemple illustratif, nous utilisons notre étude sur l'effet de STAT3 sur le transcriptome microRNA de ly chroniqueleucémie mphocytic (CLL) cellules.

Introduction

Les microARN sont de petits ARN régulateurs non codantes endogènes qui fonctionnent généralement comme des régulateurs négatifs de l'expression de l'ARNm au niveau post-transcriptionnel. Environ 1000 non codante entre 20 et 25 nucléotides de long microARN sont présents dans le génome humain ^1,2. Les microARN régulent l'expression des gènes par appariement de bases canonique entre la séquence de semence de la microARN et sa séquence de match de semences complémentaire, qui est généralement situé à la région 3 'non traduite (UTR) des ARNm cibles. Collectivement, les microARN réglementent plus de 30% des gènes codant des protéines ^3,

Protocole

1. Identifier Facteur de transcription sites de liaison dans le promoteur des gènes microARN en utilisant l'approche d'exploration de données

1. Utilisez l'Université de Californie à Santa Cruz (UCSC) navigateur génome pour extraire des données immunoprécipitation (ChIP) de séquençage de chromatine générés dans le cadre de l'Encyclopédie de l'élément d'ADN projet (ENCODE).
   1. Ouvrez le navigateur de table dans le navigateur de génome UCSC.
   2. Utilisez les spécifications suivantes pour extraire la table: Clade: (Mammifères), génome: (Human), Assemblée: (Feb2009 (GRch37 / hg18)), le groupe: (règlement), piste (TxnFactorChIP)....

Résultats

STAT3 est un facteur de transcription qui induit généralement la transcription des gènes qui ont une activité anti apoptotique et des effets prolifératifs ^12. Que STAT3 affectent également l'ARN transcriptome non codant est actuellement inconnue. Dans toutes les cellules CLL STAT3 est constitutivement phosphorylée sur des résidus sérine 707 ^10,13. Navettes phosphosérine STAT3 vers le noyau, se lie à l' ADN et activent des gènes connus pour être activés par l.......

Discussion

Le mécanisme sous-jacent l'ARN polymérase dépendante II- transcription des gènes codant des protéines a été largement étudiée. Bien que ces éléments ne représentent que 1% - 2% du génome humain, la preuve du projet ENCODE suggèrent que plus de 80% du génome humain peut subir la transcription ¹⁷ et ce qui régule la transcription des éléments d'ADN non codantes reste largement inconnue ⁶ .

Plusieurs études, qui indiquaient que Pol II est également responsable de l.......

Matériaux

Liste des matériaux utilisés dans cet article

Nom	Entreprise	Numéro de catalogue	Commentaires
Lipofectamin 2000	Life Technologies	11668027
0,45 & micro ; Filtre à seringue Thermo	Scientific (Nalgene)	190-2545
Dispositif de filtration ultracentrifuge Amicon avec seuil de 100  ; kDa	Merck Millipore
Polybrène	Merck Millipore	TR-1003-G
Réactif TRIzol	Life Tachnologies (Invitrogen)	15596-026
293 Lignée cellulaire humaine	Sigma-Aldrich	85120602