L’étude de l’hétérogénéité des cellules uniques est cruciale pour de nombreuses questions biologiques, mais elle est techniquement difficile. Il est donc nécessaire de disposer d’une méthode simple, mais à haut débit, pour réaliser des expériences de culture sur cellule unique. Ici, nous rapportons une stratégie basée sur une puce microfluidique pour l’isolement de cellules uniques à haut rendement (~77 %) et démontrons sa capacité à effectuer une culture de cellules uniques à long terme (jusqu’à 7 jours) et une analyse de l’hétérogénéité cellulaire à l’aide d’un test clonogénique. Ces applications ont été démontrées avec des cellules souches neurales de souris KT98 et des cellules cancéreuses humaines A549 et MDA-MB-435. Une efficacité élevée d’isolement de cellule unique et une capacité de culture à long terme sont obtenues en utilisant différentes tailles de micropuits en haut et en bas du canal microfluidique. Le petit réseau de micropuits est conçu pour isoler avec précision les cellules uniques, et le grand réseau de micropuits est utilisé pour la culture clonale d’une seule cellule dans la puce microfluidique. Cette plateforme microfluidique constitue une approche attrayante pour les applications de culture unicellulaire, en raison de sa flexibilité d’espaces de culture cellulaire réglables pour différentes stratégies de culture, sans diminuer l’efficacité de l’isolation.