Il est important de comprendre le rôle des facteurs qui régulent l’homéostasie épithéliale intestinale et la réponse aux lésions et à la régénération. La littérature actuelle décrit plusieurs approches méthodologiques différentes pour obtenir des images de tissus intestinaux pour la validation des données. Dans cet article, nous décrivons un protocole commun relatif à la dérivation et au traitement des tissus intestinaux de souris. La bonne fixation des tissus intestinaux et les techniques de Swiss-roll qui améliorent la morphologie épithéliale intestinale sont abordées. Le traitement post-résection et la réorientation des tissus intestinaux intégrés sont essentiels pour obtenir des blocs inclus dans la paraffine qui présentent des caractéristiques structurelles intestinales intactes après la section. La technique du Swiss-rolling aide à l’évaluation histologique des coupes intestinales ou coliques complètes examinées. La capacité de différencier les caractéristiques structurelles intestinales peut être essentielle dans les mesures quantitatives de l’inflammation intestinale et de la tumorigenèse sur toute la longueur. Enfin, les coupes enrobées de paraffine sont idéales pour un traitement robuste utilisant des méthodes de détection immunohistochimiques et immunofluorescentes. Les coupes immunohistochimiques non fluorescentes fournissent une image vibrante du tissu détaillant différentes caractéristiques structurelles cellulaires, mais n’offrent pas de flexibilité pour les expériences de colocalisation intracellulaire. Plusieurs canaux fluorescents peuvent être utilisés de manière appropriée avec la détection immunofluorescente pour des expériences de co-localisation, ce qui soutient les études mécanistes.