génotypage des<em&gt; Staphylococcus aureus</em&gt; par Ribosomal Spacer PCR (RS-PCR)

Hans U. Graber

doi:10.3791/54623

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Article de méthode

génotypage des

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DOI :

10.3791/54623

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4 novembre 2016

Hans U. Graber¹

¹Institute for Food Sciences IFS, Agroscope

Dans cet article

Résumé

Ici, la PCR d’espacement ribosomique (RS-PCR) est utilisée avec un système d’électrophorèse miniaturisé comme méthode rapide et à haute résolution pour le génotypage de S. aureus à des coûts modérés permettant un débit élevé.

Résumé

La PCR de l’espaceur ribosomique (RS-PCR) est une méthode de génotypage très résolue et robuste pour S. aureus qui permet un débit élevé à des coûts modérés et qui est donc adaptée à une utilisation de routine. Pour une résolution, une évaluation et une gestion des données optimales, un système d’électrophorèse miniaturisé est nécessaire. Avec un tel système d’électrophorèse et le logiciel développé en interne (disponible gratuitement ici), l’attribution du motif des bandes à un génotype est standardisée et simple. L’extraction de l’ADN est simple (préparation à l’ébullition), la configuration des réactions est facile et elles peuvent être exécutées sur n’importe quelle machine PCR standard. Les cycles PCR sont courants, à l’exception des temps de rampe et d’allongement prolongés. Par rapport au typage spa et au typage multi-locus (MLST), la RS-PCR ne nécessite pas de séquençage de l’ADN, ce qui simplifie considérablement l’analyse et permet un débit élevé. De plus, la résolution pour les souches bovines de S. aureus est au moins aussi bonne que le typage spa et meilleure que la MLST ou l’électrophorèse sur gel en champ pulsé (ECP). La base de données RS-PCR comprend actuellement un total de 141 génotypes et variants. La méthode est fortement associée au profil génétique de virulence, à la contagiosité et à la pathogénicité des souches de S. aureus impliquées dans la mammite bovine. Le génotype B de S. aureus (GTB) est contagieux et cause des problèmes de troupeaux entraînant des coûts importants en Suisse et dans d’autres pays européens. Tous les autres génotypes observés en Suisse infectent des vaches et des quartiers. Le génotypage par RS-PCR permet de prédire de manière fiable le potentiel épidémiologique et pathogène de S. aureus impliqué dans l’infection intramammaire bovine (IMI), deux facteurs clés pour la médecine vétérinaire clinique. En raison de ces propriétés bénéfiques, associées à des coûts modérés et à un débit d’échantillons élevé, l’objectif de cette publication est de fournir un protocole détaillé, étape par étape, pour établir et exécuter facilement la RS-PCR pour le génotypage de S. aureus dans d’autres laboratoires.

Introduction

Staphylocoques (S. aureus) est connu comme le pathogène le plus important dans le monde responsable de l' infection intra - mammaire (IMI) chez les bovins ^1. L'étude menée par Fournier et al. ² démontré chez les vaches suisses, les études réalisées par Cosandey et al. ³ et Boss et al. ⁴ vaches de 12 pays européens que S. aureus isolé de bovin IMI est un groupe génétiquement hétérogène. Par amplification par PCR de la région d'espaceur intergénique 16S-23S ARNr (RS-PCR), un total de 17 génotypes ont été initialement détecté dans 101 isolats épidémiologiquement....