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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Les tables thermogradient traditionnelles créent une gamme de températures sur toute la surface. Les goussets de soudage perpendiculaires à la surface d’une table à gradient thermique contrôleront la température en profondeur, augmentant ainsi les applications de recherche possibles.
Thermogradient ont été développées pour la première fois dans les années 1950 principalement pour tester la germination des graines sur une plage de températures simultanément sans utiliser une série d’incubateurs. Un gradient de température s’établit passivement sur toute la surface de la table entre les extrémités chauffées et refroidies et se perd rapidement à des distances au-dessus de la surface. Étant donné que la température n’est contrôlée qu’à la surface de la table, les expériences sont limitées à des récipients peu profonds, tels que des boîtes de Pétri, placés sur la table. Le soudage de bandes verticales ou de soufflets continus en aluminium perpendiculairement à la surface d’une table permet un contrôle de la température en profondeur via un flux de chaleur convectif. Le sol dans les canaux entre les goussets a été maintenu à travers un gradient de températures, ce qui a permis une plus grande diversité d’expérimentations. La conception du soufflet a été évaluée en faisant germer des graines d’avoine, de laitue, de tomate et de melon. La température du sol a été surveillée à l’aide d’enregistreurs de données individuels alimentés par batterie placés sur la table. Les lumières LED installées dans les couvercles ou le long des côtés de la table de pente créent une chambre à température contrôlée où les semis peuvent être cultivés dans une gamme de températures. La conception à soufflet a permis de déterminer avec précision les températures optimales pour un taux de germination le plus rapide et le pourcentage de germination le plus élevé pour chaque espèce. L’information sur la germination provenant d’expériences sur table de gradient peut aider à prédire la germination des graines et la croissance des plantules dans les conditions de sol défavorables souvent rencontrées pendant la production de grandes cultures. Les effets de la température sur la germination des graines, la croissance des semis et l’écologie du sol peuvent être testés dans des conditions contrôlées en laboratoire à l’aide d’une table à gradient thermique à soufflet.
Tables thermogradient ne sont pas nouvelles et leur utilisation a été rapporté dans la littérature sur plusieurs décennies 1-6. Les premiers tableaux ont été développés ostensiblement pour les tests de germination des graines de laboratoire souvent sur un substrat de papier sur une large plage de températures dans une seule expérience (figure 1). Il existe différents modèles de tables thermogradient mais l'un des plus commun est constitué d'une feuille rectangulaire relativement épaisse de métal, souvent en aluminium pour sa résistance à la corrosion, avec une boucle de tube carré soudé sur le fond aux extrémités opposées. Tubes en plastique relient la table d'entrée et de sortie des tuyaux à température contrôlée, des bains qui pompent le liquide refroidi et chauffé à travers les tuyaux sur les extrémités opposées sous la table de circulation. Le tuyau conduit mélange fluide, généralement une eau-antigel (éthylène glycol), pour empêcher le gel si le système doit être utilisé à proximité ou au-dessous des températures de congélation. Une autre conception consiste à souder des bandes de métal ensemble pour cremangé un réservoir de fluide à chaque extrémité de la table avec des entrées et des sorties pour la circulation des solutions chaudes et froides à chaque extrémité. Les bains de circulation peuvent être placés sur le plancher sous la table ou sur une table juxtaposée séparée. Tables thermogradient électriques avec des serpentins de chauffage et / ou de modules de refroidissement à effet Peltier ont été construits , mais le coût élevé, les défis générant de faibles températures constantes, et de fiabilité ont empêché l' utilisation commerciale à grande échelle 8.
Les conceptions de fluide circulant créent passivement un gradient unidimensionnel par conduction thermique. Si la plaque d'aluminium est de forme et d' épaisseur uniforme et bien isolé, la chaleur circule uniformément de la chaleur à l'extrémité froide d'une table établissant un gradient de température à une dimension continue, après la deuxième loi de la thermodynamique 7. Le gradient à travers la surface est une fonction de la longueur de la table, et les différences entre les températures extrêmes. Le tableau et plumbing sont généralement logés dans une enceinte isolée avec des couvercles d'accès. L'enceinte isole la table à partir de son environnement, en créant un gradient uniforme sur toute la surface avec une faible variation de température. L'enceinte isolée peut être supporté par des pieds ou posé sur une surface plane, comme une table ou un banc. Pour les applications où le contrôle de la température uniforme est nécessaire sans gradient, une table peut être mis en place pour produire des conditions isothermes si les deux extrémités circulent fluide à la même température.
Lorsque la table de gradient fonctionne correctement, des boîtes de Petri, des sacs en plastique scellés, des récipients à fond plat, etc., sont placés sur la surface et thermo-équilibrent aux différentes températures (figure 1). La température expérimentale dans chaque récipient dépend des espaces aériens qui peuvent exister entre le récipient et la surface de la table, et l'épaisseur et les propriétés isolantes de chaque récipient. Le tableau de gradient maintient efficacement l'échantillon temperatures proche de la surface, mais le contrôle est perdue au-dessus de la surface. Le manque de contrôle vertical de température limite les types d'expériences possibles sur une table de gradient traditionnel.
bandes d'aluminium ou goussets ont été ajoutés à la conception traditionnelle de la table de gradient pour améliorer le contrôle de la température au-dessus de la surface de la table. Goussets ont été soudées à des intervalles perpendiculairement à la surface de la table. Les goussets facilitent le flux de chaleur convective verticalement au-dessus de la surface de la table plate. Les échantillons placés entre goussets, ont des surfaces thermorégulées sur trois côtés assurant le contrôle de la température plus efficace. Clegg et Eastin 2 placés sable de quartz sur une surface de table gradient pour créer un contrôle de température en profondeur. Clegg et Eastin 2 ont également expérimenté de placer l' isolation sur le dessus de la table. Webb et al. 9 placé les tuyaux remplis de terre sur une table dans un effort pour uniformément la température de contrôle.
Le nouveau tala conception able rapportée ici a neuf 7,6 cm (3 pouces) de haut goussets (bandes d'aluminium) qui sont soudées à la surface sur la longueur de la table (figure 2). luminaires LED émettant photosynthétique actif fréquences sont installées sur les côtés de la table pour soutenir la croissance des semis lorsque la table est fermée. L'enceinte isolée pour la table de thermogradient gousset est constitué d'un blanc panneaux de PVC qui sont l'eau, la chaîne, et le crack résistant. Le but de cet article est de décrire la nouvelle conception de la table de gradient gusseted et les applications possibles.
1. Préparation des Bains circulants et Table
2. Préparation de la Table pour Expérimentation
3. Utilisation de la Table thermogradient
Les récipients peu profonds, comme des boîtes de Pétri, peuvent être positionnés sur une table traditionnelle unidimensionnel gradient de sorte que les effets de multiples températures expérimentales peuvent être évaluées simultanément (Figure 1). Pour accroître la diversité des applications de recherche possible sur une table de thermogradient, 7,6 cm (3 pouces) goussets en aluminium hautes ont été point soudées en alternance sur les deux côtés de sorte que chaque gousset se perpendiculaire à la surface de 10,9 cm (4,2 pouces) en contact intime avec la surface (figure 2). Bien qu'une large gamme d'espacements de gousset sont possibles, 10,9 cm a été choisi pour accueillir en plastique "sandwich" boîtes carrées ou des récipients similaires de taille souvent utilisés pour tester la germination des espèces de semences petites ou d' autres échantillons biologiques (figure 3). Contrairement à une table de gradient plat classique, la conception de gousset accueille les sols et autres matériaux friables amorphes pour tempera contrôléeture des expériences. Pour enlever l'excès d'eau, un trou de drainage projeté et filtré a été construit dans un coin. Cales ou «pieds» à chaque coin peuvent être ajustés pour incliner la table pour faciliter le drainage par gravité. Un petit espace entre les extrémités de gousset et l'extérieur de la table permet à l'eau de circuler le long d'un côté au drain du coin.
Les températures du sol ont été mesurés à 70-80% d'humidité du sol après les bains avaient circulé à température constante pendant 24 heures avec les couvercles en place (Figure 4). La variation de température mesurée après une période d'équilibrage de 12 heures à quatre positions différentes dans la table était de 0,4 ° C ou moins (figure 4). Variation des températures de profil du sol mesurées à trois profondeurs du sol était supérieure aux extrêmes. A une température cible de 13 ° C, dataloggers placés sur la surface d'aluminium entre les goussets ont enregistré une moyenne de 11,0 ± 0,0 ° C. Bûcherons placed sur la surface du sol en moyenne de 13,5 ± 0,1 ° C. La température moyenne du sol globale à tous les trois niveaux pour la température de consigne de 13 ° C était de 12,3 ± 0,1 ° C. A une température cible de 18 ° C, la température moyenne dans l'ensemble du profil du sol était de 19,1 ± 0,1 ° C. Variation à la température cible de 23 ° C est supérieure à 18 ° C avec une moyenne de 23,8 ± 0,2 ° C. A l'autre extrême température, 29 ° C, la température de surface de table en aluminium était de 30,8 ± 0,2 ° C tandis que la température de la surface du sol était de 25,7 ± 0,4 ° C. La température moyenne du sol global à 29 ° C était de 28,2 ± 0,3 ° C (Figure 4).
espèces de semences peuvent être testés pour leurs températures de germination et de croissance des semis optimales sur une table de thermogradient avec goussets. Tomate et le melon, les deux cultures de saison chaude considérées, ont germé sur une plage de 14,1 à 40.2 ° C (tableau 1, figure 3). Les réseaux de DEL montées dans le couvercle de table et / ou sur les côtés émettent le spectre photosynthétique permettant de cultiver des plantes dans le sol à des températures du sol expérimentales lorsque la table est fermée (figure 3). La croissance des semis optimale pour la tomate a eu lieu à 29,6 ° C avec un pourcentage d'émergence de 100% et un temps moyen d'apparition de 5,3 jours (tableau 1, figure 5). Emergence a été plus lente à d'autres températures. Pour le melon, le pourcentage optimal d'émergence était de 96% et le temps moyen d'apparition était de 5,1 jours deux à 24,7 ° C (tableau 1). Les deux laitue et l'avoine sont considérés comme des cultures de saison fraîche. Graines d'avoine ont germé sur une plage de 5,1 à 40,2 ° C , la plus large de toute semence testée (tableau 1, figure 5). Pour l' avoine, le pourcentage le plus élevé d'émergence a été de 100% à 24,7 ° C et l'émergence plus rapide était de 3,4 jours à 29,6 ° C (tableau 1, (tableau 1).

Figure 1: Une table de thermogradient plat traditionnel avec les couvercles isolés enlevés , mais avec un couvercle acrylique revêtement interne ½ la table Les traditionnels table plate tests de conception effets de la température sur des échantillons dans des contenants peu profonds.. Contrôle de la température du gradient est rapidement perdu à des distances supérieures à la surface car il n'y a pas de barrière à un mélange d'air. Les expériences qui exige une température constante en profondeur ne sont pas réalisables en utilisant cette conception. S'il vous plaît cliquer ici pour voir a laversion rger de ce chiffre.

Figure 2: Schéma d'une plaque thermogradient avec goussets goussets sont STITCH soudés longitudinalement à travers la table perpendiculaire à la surface.. Un drain dans un coin enlève l'excès d' eau. S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Figure 3:. Illumination table thermogradient avec goussets remplis de terre, le gazon et les conteneurs pour des expériences de germination Le gradient dans ce tableau est mis en place de gauche (extrémité chaude) à droite (extrémité froide). Bien que la conception de gousset a été développé pour une utilisation avec le sol, les conteneurspeut être placé entre les goussets pour des expériences avec de petits échantillons. L'usine de LED élèvent des lumières peuvent être montés dans les couvercles ou périphérie et émettent photosynthétique fréquences actives et laisser les plantes à cultiver à l' intérieur de l'enceinte. S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Figure 4. Les lectures de température à partir de différentes positions du sol sur une table de thermogradient goussets. Les enregistreurs de température ont été placés dans le sol à travers la table à la paroi de gauche, centre gauche (20 cm du mur à gauche), au centre à droite (40 cm du mur à gauche) et, à la mi-chemin de la paroi droite entre goussets. positionnement bas de l'enregistreur de température était proche de la surface de la table en aluminium de 8 cm en dessous de la surface du sol tandis que le placement centre était approximately 4 cm au-dessous du sol. Les enregistreurs de température placés au-dessus du sol ont été découverts. Les valeurs supérieures à barres indiquent les températures moyennes globales ± erreur standard de la moyenne (n = 72). S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Figure 5:. Plantules d'avoine et de tomates cultivées pendant 14 jours sur thermogradient tables sur une plage de température de 5 à 40 ° C L'image illustre comment la germination et la croissance des semis de plusieurs espèces peuvent être évaluées dans le sol en même temps sur une plage de températures dans un expérience unique pour simuler les conditions de terrain. Top (gauche et droite) images montrent la table thermogradient lorsqu'on regarde verticalement. Bottom (gauche et droite) montrent des images de la table d'orientation horizontale. alcool thermomètres ont été placés dans le sol pour contrôler rapidement la température tout au long de l'expérience.
| Température cible | Température mesurée | Tomate | Melon | Salade | Avoine | ||||
| EM † | MTE †† | EM | MTE | EM | MTE | EM | MTE | ||
| ° C | ° C | % | journées | % | journées | % | journées | % | journées |
| 5 | 5.1 | 0 | 0.0 | 0 | 0.0 | 78 | 11.4 | 46 | 12.7 |
| dix | 8.70 | 0.0 | 0 | 0.0 | 92 | 7.5 | 58 | 12.5 | |
| 15 | 14.1 | 100 | 10.8 | 16 | 13.8 | 68 | 5.9 | 96 | 7.2 |
| 20 | 19,8 | 100 | 7.2 | 84 | 7.5 | 66 | 6.5 | 100 | 5.4 |
| 25 | 24.7 | 100 | 6.0 | 96 | 5.1 | 22 | 8.1 | 100 | 3.7 |
| 30 | 29,6 | 100 | 5.3 | 92 | 5.5 | 4 | 12.5 | 98 | 3.4 |
| 35 | 36.1 | 94 | 7.0 | 92 | 4.4 | 0 | 0.0 | 94 | 4.5 |
| 40 | 40.2 | 72 | 7.8 | 88 | 5.1 | 0 | 0.0 | dix | 8.2 |
| † émergence réussie (EM) a été marqué lorsque les semis ont eu au moins un cotylédon ouvert. | |||||||||
| temps d'émergence (MTE) †† moyenne a été calculée en additionnant le produit des germes de nombres qui ont émergé chaque jour par le nombre de jours et en divisant par le nombre total de graines qui ont émergé pour chaque traitement. |
Tableau 1: Germination de tomate, le melon, la laitue et avoine Semences dans le sol à huit températures sur une table thermogradient. Les chiffres en gras indiquent les valeurs optimales pour chaque espèce et illustrent la dépendance de la température des espèces cultivées différentes. L'expérience a été menée pendant 14 jours dans le terreau et les médias a été arrosé tous les jours ou au besoin pour garder le sol visiblement humide. Les données sont basées sur les 25 graines pour chaque espèce.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Les tables thermogradient traditionnelles créent une gamme de températures sur toute la surface. Les goussets de soudage perpendiculaires à la surface d’une table à gradient thermique contrôleront la température en profondeur, augmentant ainsi les applications de recherche possibles.
Nous remercions Kent J. Bradford et ses étudiants du Centre de biotechnologie des semences de l’UC Davis pour l’enregistrement des données d’émergence des semis.
| Table Thermogradient | Appalachian Machinge Inc | Table thermogradient à soufflet sur mesure (les schémas sont inclus dans le manuscrit). La fabrication et le soudage de l’aluminium ont été réalisés par Appalachian Machinge Inc. 5304 State Rd 790, Dublin, VA 24084. | |
| Armoire en panneau polymère isolé | TASCO LLC | L’armoire en panneau polymère isolé contenant la plaque d’aluminium a été construite par TASCO LLC,  ; 1440 Roanoke Street, Christiansburg, VA 24073  ; | |
| Blue Hawk Folding Steel Adjustable Sawhorse | Lowes Home Improvement | 162111 | Modèle # : 60142 Folding Steel Adjustable Sawhorses |
| Circulation Bains d’eau réfrigérés ou unités comparables | Brookfield Engineering | TC-550SD | |
| Seeds (200 graines) | Johnny’s Selected Seeds | Graines d’avoine, de laitue, de tomate, de melon de Johnny’s Selected Seeds 955 Benton Ave, Winslow, ME 04901 ou toute autre graine pour test de germination,  ; | |
| Lampe de croissance Professional 550  ; | SolarOasis  ; | Tube en PVC tresséPro550 | |
| ID | États-Unis Plastics Inc. | 60703 |   ; Pièces de 0,6 m de 200 cm de diamètre extérieur, 130 mm (1/2")  ; |
| Super Tech 50/50 Antigel/Liquide de refroidissement Pré-mélange | Walmart | 1012574 | 4 litres d’eau distillée-antigel (éthylène glycol) |
| Mélange WatchDog Data Loggers | Spectrum Technologies Inc | Modèle 100 | |
| Parafilm M 4 cm de large | Fisher Scientific | S37440 | |
| Conteneur Acrylique 5 1/4"x5"x1 3/8 » boîtes en plastique | Hoffman Manufacturing Inc |   ; Hoffman Manufacturing Inc. 16541 Green Bridge Road, Jefferson, OR  ; | |
| 1" Vis à collet. | Global Industrial | CS16H | Global Industrial,  ; 11 Harbor Park Drive, Port Washington, NY  ; |
| Collier de serrage à vis sans fin | Global Industrial | WGB513588 | 3/4 » - 1-1/2 » Diamètre de serrage Paquet de 10 .  ; |
| Everbilt Modèle Mousse Isolante pour Tuyaux | Home Depot | ORP11812 | Internet # 204760805 Magasin SKU # 1000031792 1 po x 6 pi |
| Tapis capillaire | Farmtek | 106223 | tapis capillaire pour serre - 4' x 100' ou alternativement des feuilles de papier journal |
| Sunshine Mix #3 | TerraLink | 3236320 |   ; Balle compressée de 3,8 pieds cubes, SKU : 3236320, Milieu de germination |